23
BioPerl 1. Wykład wstępny 2. Wprowadzenie do systemu Linux

1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

  • Upload
    others

  • View
    4

  • Download
    0

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

BioPerl

1. Wykład wstępny

2. Wprowadzenie do systemu Linux

Page 2: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Architektura systemu Linux

Dystrybucje

Struktura (drzewo) katalogów

Katalog domowy

Linux a inne systemy operacyjne

Ciekawe strony www

Page 3: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

ARCHITEKTURA SYSTEMU LINUX

bash sh

ksh POWŁOKI

PROGRAMY

nano

firefox

GIMP

nano

perl

vlc

opera

kadu

gedit

emacs Openoffice

Q3A

StarCraft

CPU

JĄDRO

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 4: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Jądro systemu operacyjnego (ang. Linux kernel)

Powłoki systemowa/we (ang. shells)

sh (ang. Bourne shell)

bash (ang. Bourne Again Shel)

ksh (ang. Korn shell)

zsh (ang. Z shell)

inne

ARCHITEKTURA SYSTEMU LINUX

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 5: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Pozostałe oprogramowanie

np.: cron, top, vi, nano, gimp, firefox, openoffice

Serwer X.org (są również inne) >> uruchomienie X window

Menadżery okien (przykłady)

Gnome (ang. GNU Network Object Model Environment)

KDE (ang. K Desktop Environment)

Xfce (ang. XForms Common Environment)

Fluxbox

ARCHITEKTURA SYSTEMU LINUX

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 6: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 7: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 8: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 9: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 10: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 11: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 12: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 13: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Dystrybucje

DYSTRYBUCJA = Linux + Oprogramowanie

Debian

Ubuntu

Knoppix

SUSE

Red Hat

Mandriva

Gentoo

Slackware

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 14: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Struktura (drzewo) katalogów

c:\stefan\zegarek.txt /home/stefan/zegarek

/usr/bin/perl c:\perl\perl.exe

d:\Muzyka\Doda\doda-piosenka1.mp3 /home/Muzyka/Doda/doda-piosenka1.mp3

d:\ /mnt/dysk2

/

/dev /home /boot /usr /mnt /media

/cdrom

/dysk c: /zdzisiu

/hela /dysk d:

/mama

/media/usb

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 15: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Katalog domowy

/home/stasiu

/home/krysia

/home/zdzisia

adrix@quad:~/Dokumenty$ pwd

/home/adrix/Dokumenty

Użytkownik jest właścicielem swojego katalogu domowego

Ma wszystkie prawa

zapis

odczyt

wykonanie

Katalog domowy to przestrzeń pracy użytkownika

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 16: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Katalog domowy

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 17: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Katalog domowy

/home/szyda:~$ ls –l

total 164496

-rw-r--r-- 1 szyda users 1107 2009-11-24 14:45 Register.txt

drwxr-xr-x 2 szyda users 4096 2007-10-03 10:01 bin

drwxr-xr-x 4 szyda users 4096 2009-07-04 00:07 GBV

-rw-rw---- 1 szyda users 2200 2011-08-05 18:04 outputMF.fkg

-rw-rw---- 1 szyda users 440 2011-08-05 18:12 go.pl

-rwxrwx--- 1 szyda users 182047 2011-08-15 01:06 tmp.e

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 18: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

ZALETY

Darmowy (wyjątki)

Otwarty kod źródłowy (ang. open source)

Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD)

Całkowicie spolonizowany (wielojęzykowy)

Całkowicie konfigurowalny

Daje pełną kontrolę nad systemem

Bezpieczeństwo (5 wirusów :), prawa do plików

Możliwość dostosowania do własnych potrzeb

Linux a inne systemy operacyjne

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 19: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

WADY

Dosyć kłopotliwy w obsłudze dla początkowego użytkownika

Producenci sporadycznie dołączają sterowniki do swoich

urządzeń

Pełna kontrola dla niedoświadczonego użytkownika może

okazać się zgubna

Linux a inne systemy operacyjne

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 20: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Ciekawe strony www

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 21: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Ciekawe strony www

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 22: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Ciekawe strony www

Copyright ©2011, Joanna Szyda

Page 23: 1. Wykład wstępny · 2011-10-03 · ZALETY Darmowy (wyjątki) Otwarty kod źródłowy (ang. open source) Wolne oprogramowanie (licencje GPL, LGPL, BSD) Całkowicie spolonizowany

Copyright ©2011, Joanna Szyda

LINUX

/

/dev /home /boot /usr /mnt /media

/cdrom

/dysk c: /zdzisiu

/hela /dysk d:

/mama

/media/usb