Ontologia Uma ontologia uma descrio explcita de um domnio do conhecimento: Conceitos Propriedades e atributos de conceitos Limitaes dos conceitos Uma ontologia dene:Um vocabulrio comum Um entendimento compartilhado do domnio do conhecimento Comprometimento em como usar o vocabulrio Ontologia Representao computvel de um domnio: Que tipos de coisas existem? Quais so as relaes entre essas coisas? Vlvula mitral Vlvulaartica Corao Orgo Sistemacardio-vascular parte de parte de umparte de Por que desenvolver uma ontologia? Para compartilhar um entendimento comum da estrutura da informaoEntre pessoas Entre desenvolvedores de software Para possibilitar a re-utilizao de um dado domnio do conhecimento Evitar a re-inveno da roda Introduzir padres que permitam a inter-operabilidade Algumas ontologias Gene Ontology Anotao de genes e seus produtos Anlise de dados de NGS KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) - Anotao de protenas - Mapeamento em viasGene Ontology (GO) 3 ontologias para anotar genes e seus produtos genes Essas ontologias so organizadas como colees de termos relacionados e organizadas como ns em um grco. Ontologia# termos# links Funo Molecular78899225 Processo Biolgico1397825065 Componente Celular20343894 Gene Onthology !GO" Processo Biolgico Objetivo dentro da clula, tecido Funo Molecular Funo bsica ou tarefa Componente celular Compartimento ou complexo Busca com a palavra collagenase molecular function %&'' termos biological process ()%' termos cellular component *&%'termos all *%+(,, termsConte-do do GO KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and GenomesPropsito Integra: Dados sobre redes de interao molecular Informaes sobre genes e protenas Informaes sobre compostos qumicos Relaes representadas no KEGGRelaes binrias Representam interaes pareadas Bancos Relacionais LIGAND PATHWAY GENES LIGAND Representam relaes binrias entre substrato e produto catalizada por uma enzima. Trs partes: Enzyme,Compound,Reaction Exemplo: 2.7.1.30: ATP + Glycerol ADP + Glycerol 3-phosphate

EnzymeSubstrateProduct 2.6.1.57PrephenatePretyosine 4.2.1.51PrephenatePhenylpyruvate 4.2.1.51ChorismatePrephenate ::: LIGAND Path computation using LIGANDAfter a while diagram show: PATHWAYRelao Coleo de diagramas grficos das vias MapEnzyme Phe,try and trp biosynthesis2.6.1.57 Phe,try and trp biosynthesis4.2.1.51 :: MapEnzyme1Enzyme2 Phe,try and trp biosynthesis4.6.1.44.2.1.51 Phe,try and trp biosynthesis4.2.1.512.6.1.57 ::: KEGG PATHWAY PATHWAY - ExemploGENESColeo de genes de todos os organismos representados no KEGG Cada entrada contm: organism name,gene name, functional description, functional hierarchy, chromosomal position, codon usage, aa sequence, nt sequence Cada entrada possue uma relao especfica con entradas em PATHWAY e LIGAND (automtica e manual). Application of KEGG ( I* )Objectiveuse KEGG to detect functionally related enzyme clusters FREC : a set of enzymes that catalyze successive reactions in the metabolic pathway and that are encoded in close locations on the chromosome * A heuristic graph comparison algorithm and its application to detect functionally related enzyme clusters, Nucleic Acids Research,2000,vol 28, 4021-4028 Ortholog clusters of enzyme genesSuperimpose multiple genome-pathway alignment and obtain a multiple alignment Example of ortholog group table ApplicationEXPRESSION Database Flat-file database, under construction Graphical view by taking ratio of two channels(Cy5- and Cy3-labeled spots) Parkinsons DiseaseSearch the Pathway database Explore a pathway linked with Parkinsons disease in humans Look more closely at the PARK2 gene Features OC Viewer Gene catalog SSDB LinkDB Position Amino Acid sequence Nucleotide Sequence 03/09/11Oracle Life Science Day & User Group MeetingInformation on relations between molecules Databases in KEGG Pathway Genomes Genes Expression Chemicals and their reactions Orthologs Sequence similarity