Introduction

Ouvrage dédié à la mémoire de Nicole DENIS

Il existe de nombreux manuels ou traités de bactériologie permettant d'acquérir des connaissances de base, ou plus fondamentales, sur les bactéries et les maladies dont elles sont responsables.

Mais, on dispose de très peu de « livres de paillasses » anglo-saxons ou français permettant d'avoir une vision d'ensemble du traitement d'un produit pathologique ou de la démarche diagnostique devant une suspicion clinique ou en présence d'un isolement bactérien d'identification difficile.

Il y a près d'un quart de siècle, un ouvrage ayant cet objectif, Bactériologie médicale : techniques usuelles de B. Carbonnelle, F. Denis, A. Marmonier, G. Pinon et R. Vargues avait été publié chez SIMEP. Ce livre souvent appelé « Le Carbonnelle » n'a pas été réédité depuis 1987, introuvable d'occasion, est encore présent dans de nombreux laboratoires, sur la paillasse, au prix de réparations montrant qu'il s'agit d'un bien d'usage.

Plusieurs coordonnateurs ou participants à cet ouvrage sont retraités ou disparus, tel Robert Vargues, initiateur de ce travail commun aux bactériologistes hospitaliers et hospitalo-universitaires de l'Ouest de la France.

Aussi, quand les éditions Masson nous ont proposé de reprendre le flambeau « vingt ans après » en 2007 pour réaliser un ouvrage dans le même esprit, nous avons accepté, avec enthousiasme, de mener à bien ce challenge en actualisant, bien sûr, les connaissances et en utilisant une iconographie en quadrichromie de qualité. Devant le succès remporté par cette première édition et des retirages, il a été décidé de rédiger une deuxième édition (2011) en gardant le même titre Bactériologie médi-cale : Techniques usuelles .

L'esprit de l'ouvrage et le plan restent identiques. La première partie traite des technologies générales, c'est-à-dire du laboratoire, de la démarche,

des outils utilisés dans le diagnostic classique et les enquêtes épidémiologiques, et des démarches qualité qui doivent être respectées.

La seconde partie constitue la suite logique, c'est-à-dire la technologie concernant les prélève-ments que le laboratoire doit analyser en faisant le point sur les technologies nouvelles qui ont beaucoup évolué depuis la première édition.

La troisième partie de systématique, concerne l'identification précise des germes, en évoquant les différentes pathologies induites par ces germes et en détaillant les différentes approches diagnosti-ques directes ou sérologiques, classiques et modernes.

La quatrième partie traite de l'étude de la sensibilité des germes aux antibiotiques et de l'anti-biogramme, ainsi que des notions de dosage et de pharmacocinétique des antibiotiques. Mais il faut rappeler ici que cet ouvrage n'a pas pour but d'être exhaustif, ainsi l'étude de la sensibilité aux antibiotiques n'est abordée que sous un aspect très concret, global, ne faisant pas concurrence à l'ouvrage récemment réédité sur l' « Antibiogramme » qui constitue une référence.

XVI Bactériologie médicale

Enfin, la dernière partie a l'ambition d'être pratique, en donnant les coordonnées des centres de référence, les adresses des fabricants afin de faciliter le biologiste dans sa pratique quotidienne.

Tout au long de l'ouvrage, l'objectif a été de rester pragmatique, il est destiné à rendre service à des laboratoires réalisant une bactériologie de routine, tant dans un contexte privé qu'hospitalier.

Le projet est ambitieux car les bactériologistes sont de plus en plus tenus à un grand écart entre une bactériologie historique avec une démarche « pastorienne » et une bactériologie de pointe trans-formée par les outils de biologie moléculaire avec caractérisation génomique, antigénique, protéi-que permettant des diagnostics d'espèces soit en partant directement des produits pathologiques, soit en pratiquant une identification précise sur culture lorsque l'interprétation à l'aide des galeries traditionnelles est incertaine ou plus lente.

Entre ces deux voies, il faut prendre conscience du caractère provisoire de notre arsenal, il importe ne pas être figé dans le carcan d'un GBEA inchangeable et s'inspirer de la réflexion de Charles Nicolle dans Le Destin des maladies infectieuses en 1893 : « Ne rien imposer de définitif, laisser une certaine liberté pour le choix des méthodes […] laisser la part aux simplifications, aux progrès, aux audaces doit être la règle, la règle des commissions […] si elles en oubliaient la sagesse, les meilleures acquisitions, après une période d'avantages plus ou moins longue, se dresseraient contre les perfectionnements ».

Les contrôles de qualité et la qualité, trop longtemps négligés par les microbiologistes, occupent une place croissante, légitime, mais ils doivent rester raisonnables en terme de praticabilité et de coût.

Charles Nicolle poursuivait : « Il est d'autres moyens […], mais qui jouent un rôle important dans la lutte contre les maladies. L'un des plus importants est la rapidité du diagnostic, l'aide qu'y apporte le laboratoire est des plus précieuse. Plus vite la maladie est reconnue, plus vite on peut prendre les précautions utiles pour empêcher sa diffusion » ; et nous pourrions rajouter, pour permettre une prise en charge rapide et spécifique de l'infection et du patient. Nous vivons une étape décisive en ce qui concerne la rapidité et la qualité du diagnostic à l'aube d'un « antibiogramme » ou d'une détection de mécanisme de résistance quasi instantanée. Le présent ouvrage se veut être pratique, mais cela ne suffit pas, ce ne sont pas les bons livres de recette qui font les bons cuisiniers mais ils peuvent stimuler l'imagination des chefs !

Nous tenons à remercier très vivement les différents auteurs qui ont participé à la rédaction de cet ouvrage, ils ont été sollicités pour leur compétence dans des domaines particuliers, ils ont tous accepté avec enthousiasme de prendre part à cette aventure.

Enfin, ce livre n'aurait pas vu le jour sans le dynamisme et le dévouement d'Isabelle secrétaire du laboratoire de Bactériologie du CHU de Limoges, et sans les encouragements de Nicole Denis qui a voulu que ce projet aboutisse.

Cette deuxième édition n'aurait pas non plus pu voir le jour sans la forte implication de Jean-Baptiste Roux des éditions Elsevier-Masson.

François Denis Marie-Cécile Ploy

Christian Martin, Édouard Bingen, Roland Quentin