DETEKSI MOLEKULER PENYEBAB PENYAKIT KUNING (Tomato chlorosis virus DAN Tomato infectious chlorosis virus) PADA TANAMAN TOMAT

MOLECULAR DETECTION CAUSED YELLOWING DISEASE (Tomato chlorosis virus ANDTomato infectious chlorosis virus) ON TOMATOES

Resti Fajarfika1)*, Sedyo Hartono2), Sri Sulandari2), & Susamto Somowiyarjo2)

1)Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas GarutJln. Raya Samarang No. 52A, Garut, Jawa Barat 44151

2)Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan, Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah MadaJln. Flora 1, Bulaksumur, Sleman, Yogyakarta 55281

*Penulis untuk korespondensi. E-mail: fajarfikaresti@gmail.com

ABSTRACTThis research was aimed to detect the ToCV and TICV caused yellowing disease on tomatoes by molecular detection.

Leaf samples of symptomatic plants were taken from Ketep (Magelang), then the leaves were identified by reversetranscription-polymerase chain reactions (RT-PCR) using specific primer ToCV-CF/ToCV-CR (360 bp) and TICV-CF/TICV-CR (416 bp). The result of nucleotide sequence analysis, amino acid and PCR product phylogeneticsequences were verified as TICV, it showed that TICV from Magelang belongs to the same group with TICV from Japan,North America and Europe, France, Italy, and USA.

Keywords: molecular detection, ToCV, TICV

INTISARIPenelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan ToCV dan TICV penyebab penyakit kuning pada tanaman

tomat. Daun bergejala diambil dari Desa Ketep (Magelang), selanjutnya diuji dengan reverse transcription-polymerasechain reactions (RT-PCR) menggunakan primer spesifik ToCV-CF/ToCV-CR (360 bp) dan TICV-CF/TICV-CR (416 bp).Hasil analisis sekuen nukleotida, asam amino, dan filogenetik produk PCR teridentifikasi sebagai TICV yang menunjukkanbahwa TICV isolat Magelang berada dalam satu kelompok dengan isolat TICV asal Jepang, Amerika Utara dan Eropa,Perancis, Italia, dan USA.

Kata kunci: deteksi molekuler, ToCV, TICV

Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, Vol. 19, No. 2, 2015: 80–88

PENGANTAR

Tomat (Lycopersicon esculentumMill.) merupakankomoditas unggulan hortikultura yang mempunyainilai ekonomis penting di Indonesia (Anonim, 2013).Di dalam upaya peningkatan produksinya seringmengalami kendala yang disebabkan penyakit,salah satunya penyakit kuning yang disebabkan olehTomato infectious chlorosis virus (TICV; Duffus etal., 1996) dan Tomato chlorosis virus (ToCV; Wisler etal., 1998b) anggota dari genus Crinivirus, familiClosteroviridaeyang ditularkan kutu kebul (Wintermantel,2004). ToCV telah menyebabkan epidemik di Eropadan outbreak pada tanaman tomat di Provinsi Malagadan Almeria, Spanyol bagian selatan dengan kejadianinfeksi lebih dari 30% (Navas-Castillo et al., 2000).TICV telah menyebabkan kehilangan hasil mencapai2 juta USD di Calfornia, Amerika Serikat (Wisler etal., 1997). Kedua virus ini juga telah dilaporkanmenyerang tanaman tomat di Yunani (Dovas et al.,2002) dan Jepang (Hirota et al., 2010), ToCVdilaporkan di Portugal (Louro et al., 2000) dan Italia

(Accoto et al., 2001). Di Indonesia, ToCV dan TICVtermasuk virus baru dan sudah mulai menyebar luas diberbagai daerah penghasil tomat (Hartono & Wijonarko,2007).

Gejala ToCVdan TICVsulit dibedakanpada tanamantomat dan gejalanya hampir sama dengan gejalakekurangan unsur hara, yaitu daun kuning di sekitartulang daun, hitam nekrotik, menebal, dan daun bagianbawah keriting (Jacquemond et al., 2009). Kehilanganhasil terutama karena berkurangnya daerah fotosintesis,meskipun gejala tidak jelas pada buah, namun,produksi buah berkurang dengan ukuran dan jumlahbuah menurun (Wisler et al., 1998a).

Keberadaan penyakit selalu berasosiasi denganpopulasi tinggi dari serangga vektornya, TICV hanyaditularkan oleh Trialeurodes vaporarium secarasemipersisten (Li et al., 1998). ToCV tidak dapatditularkan secara mekanik (Dovas et al., 2002),sehingga tergantung pada penyebaran whitefly daritanaman ke tanaman (Wintermantel & Wisler, 2006).ToCV dapat ditularkan oleh dua genus yaitu Trialeurodes

81

(T. vaporarium dan T. abutilonea) dan Bemisia(Bemisia tabaci biotipe A dan B) (Costa & Brown,1991).

Penelitian ini bertujuan untuk deteksi keberadaanToCV dan TICV, penyebab penyakit kuning padatanaman tomat.

BAHAN DAN METODE

Survei dan Pengamatan LapanganSurvei penyakit kuning dilakukan di desa Kopeng dan

Ketep, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah. Pengamatanlapangan dilakukan dengan cara mengambil dokumentasivariasi gejala visual di lokasi pertanaman tomat danpengambilan sampel.Deteksi Molekuler dengan Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)

Tahapan RT-PCR yang dilakukan adalah isolasiRNA total, sintesis complementary-DNA (cDNA),PCR, dan visualisasi. Isolasi RNA total dilakukandengan mengekstrak sampel daun menggunakanRNeasy Mini Kit (Qiagen) dengan mengikuti carakerja protokol kit tersebut. RNA total yang telahdiperoleh, selanjutnya ditranskripsi balik (RT-PCR)menggunakan kit Fermentas untuk mendapatkan cDNA.Hasil cDNA kemudian diamplifikasi menggunakanPCR kit (Promega) dengan primer spesifik (Tabel 1).Reaksi PCR terdiri atas 30 siklus dengan tahapanpredenaturasi pada suhu 95°C selama dua menit,denaturasi pada suhu 95°C selama 30 detik, annealingpada suhu 52°C selama 30 detik, dan elongation padasuhu 72°C selama satu menit, serta time extentionpada suhu 72°C selama lima menit. Hasil PCR kemudiandivisualisasi pada agarose gel dan dielektroforesisdi dalam buffer tris-boric acide-EDTA (TBE). Hasilelektroforesis kemudian dicat dengan pengecatanetidium bromide.

Analisis SekuenFragmen DNA hasil amplifikasi digunakan untuk

sekuen DNA untuk mengetahui susunan DNA dariisolat yang ditemukan. Sekuensing DNA dilakukanFirst Base, Malaysia menggunakan pasangan primerTICV-CF dan TICV-CR (Tabel 1). Analisis homologisekuen basa nukleotida dan asam amino gen CPdTICV menggunakan Blast (Basic Local Alignment

Search Tool) yang terdapat dalam situs National Centerfor Biotechnology Information (NCBI) (www.ncbi.nlmn.nih.gov). Sekuen nukleotida semua isolat terpilihdikoreksi dengan software Bioedit dan Genetyx V.5sebelum dianalisis filogenetik. Pembentukan pohonfilogenetik dengan software Clustal W dan programMega V.6 berdasarkan pendekatan Neighbor Joining(NJ). Homologi sekuen nukleotida dan asam aminodianalisis melalui multiple sequence alignment denganprogram Clustal W dari European BioinformaticsInstitute (http://www.ebi.ac.uk/). Persentase kesamaanbasa nukleotida dan asam amino dianalisis melaluiprogram BioEdit.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Survei dan Pengamatan LapanganHasil survei dan pengamatan lapangan yang di-

lakukan di desa Kopeng dan Ketep, KabupatenMagelang, Jawa Tengah, ditemukan adanya gejalapenyakit kuning. Tanaman tomat yang terinfeksi viruskuning memiliki gejala yang sangat khas, yaituterjadi klorosis mulai dari daun bagian bawah danberkembang ke bagian atas tanaman. Gejala awalyang muncul pada daun menunjukkan klorosis ringanantar tulang daun (chlorosis interveinal). Selanjutnyagejala berkembang pada luasan daun, daun tebal,dan daun menjadi kuning kecuali tulang daunnyatetap hijau. Apabila gejala sudah lanjut, seluruhpermukaan tanaman menjadi klorosis dan rapuh,terkadang daun menjadi nekrotik dan keungunan.Gejala ini mirip seperti yang dilaporkan pada tanamantomat yang terinfeksi TICV dan ToCV yang keduanyaditularkan oleh kutu kebul (Duffus et al., 1996;Wisler et al., 1998b).

Gejala penyakit kuning-ungu mirip dengan gejalayang disebabkan kekurangan unsur hara namundapat dibedakan, untuk mengetahui gejala yangdisebabkan penyakit biasanya terdapat spot-spottidak merata di seluruh lahan dan penyakit menular(Hartono & Wijonarko, 2007).

Di lapangan juga ditemukan gejala penyakitkuning yang beraneka ragam pada bentuk daun,perbedaan warna kuning dan ungu pada daun (Gambar 1),yaitu klorosis antar tulang daun, terdapat flek cokelatdan tepi daun melengkung ke atas; klorosis antar tulang

Tabel 1. Primer spesifik yang digunakan dalam PCRJenis primer Urutan basa Amplifikasi Referensi

ToCV-CF 5’-GTGTCAGGCCATTGTAAACCAAG-3’ 360 bp Hirota et al., 2010ToCV-CR 5’-CACAAAGCGTTTCTTTTCATAAGCAGG-3’TICV-CF 5’-AATCGGTAGTGACACGAGTAGCATC-3’ 416 bp Hartono et al., 2003TICV-CR 5’-CTTCAAACATCCTCCATCTGCC-3’

Fajarfika et al.: Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat

Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 19 No. 2

Gambar 2. Malformasi buah tomat: tomat sehat (A); malformasi pada buah tomat muda (B); malformasi padabuah tomat masak (C)

Gambar 1. Variasi gejala penyakit kuning: daun sehat (A); klorosis antar tulang daun, terdapat flek coklatdan tepi daun melengkung ke atas (B); klorosis antar tulang daun, daun keriting, tebal, dannekrotik (C); klorosis antar tulang daun, warna kuning menyala dan tepi daun rata (D); klorosisantar tulang daun dengan warna kuning dan ungu pucat (E); klorosis ungu tua antar tulang daun (F)

A B C

A B

DC

E F

82

daun, daun keriting, tebal, dan nekrotik; klorosisantar tulang daun, warna kuning menyala dan tepidaun rata; klorosis antar tulang daun dengan warnakuning dan ungu pucat; klorosis ungu tua antar tulangdaun. Gejala daun keunguan tersebut diduga karenaterjadinya peningkatan pigmen antosianin (Hartono &Wijonarko, 2007). Variasi gejala pada suatu tanamandapat dipengaruhi oleh faktor tanaman seperti umurtanaman, kultivar, dan genotip tanaman serta faktorlingkungan seperti tingkat kesuburan tanaman, tanah,dan iklim di sekitar tanaman (Mathews, 1992), serta

dapat juga disebabkan oleh virus yang sama tetapistrain berbeda.

Di daerah pengamatan ditemukan buah menjadimalformasi, terdapat benjolan dan buah mengeras baikpada buah muda maupun sudah masak (Gambar 2),sehingga tidak laku dijual walaupun gejala tersebutmungkin terdapat bersama-sama dengan virus lain.Hasil ini mirip dengan yang dilaporkan Hartono danWijonarko (2007) bahwa penyakit kuning-ungumenyebabkan tanaman menjadi kerdil, buah kecilmengeras apabila serangan terjadi pada fase vegetatif.

Fajarfika et al.: Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat

Gambar 3. Hasil deteksi RT-PCR:100 bp DNA ladder (M); daun tomat sehat (1); daun bergejala kuning isolatMagelang (2)

83

Di lapangan, umumnya gejala Crinivirusmunculpada tanaman fase generatif walaupun secara alamidapat menginfeksi fase vegatatif. Hal ini didugaterkait dengan masa inkubasi TICV sekitar 2−4 minggu(Amir, 2009) dan ToCV mempunyai masa inkubasiantara 2−3 minggu, serta tergantung jumlah populasikutu kebul (Wintermantel & Wisler, 2006). Munculnyagejala ini seiring dengan meningkatnya populasikutu kebul. Amir (2009) melaporkan bahwa populasitertinggi T. vaporarium teramati pada 6 MST (minggusetelah tanam) atau tanaman memasuki fase berbungadan menurun seiring bertambahnya umur tanamansekitar 12 MST.

Di Kopeng, pada tanaman tomat yang terinfeksiCrinivirus juga ditemukan gejala yang mirip denganBegomovirus, yaitu daun menguning dan kecil-kecil,beberapa tanaman kerdil dan tepi daun melengkungke atas (cupping). Tanaman tomat yang terinfeksiCrinivirusmudah dibedakan dengan Begomovirus.Gejala Crinivirus yaitu klorosis antar tulang daundengan warna klorosis bervariasi, daun tetap tumbuhluas, gejala mulai dari daun bagian bawah danberkembang ke daun bagian atas, sedangkan gejalaBegomovirus sangat khas yaitu daun berwarnakuning cerah, penebalan tulang daun, tepi daunmenggulung ke atas dan daun muda yang tumbuhberikutnya kecil-kecil sehingga berdasarkan pengamatangejala dapat digunakan untuk membantu diagnosis(Sulandari, 2004).

RT-PCRDeteksi RT-PCR menggunakan primer spesifik TICV

(TICV-CF dan TICV-CR) mampu mengamplifikasicDNA dari mRNA pada virus. Primer yang digunakanadalah bagian dari gen yang disebut divergen coatprotein (CPd) atau coat protein minor (CPm) dariTICV. Gen CPd merupakan ciri khas dari virusanggota Famili Closteroviridae yang tidak dimiliki

oleh virus kelompok lain (Martelli et al., 2002).Produk RT-PCR dari satu koleksi sampel desa Ketep diMagelang berhasil terdeteksi yang ditunjukkanadanya pita DNA berukuran 416 bp (Gambar 3),sedangkan sampel daun sehat (kontrol negatif) tidakdiperoleh pita DNA. Hal ini menunjukkan bahwa primeryang digunakan bersifat spesifik.

Produk DNA TICV dengan ukuran 416 bp selanjutnyadisekuen dan dianalisis. Primer forward digunakandi dalam analisis sekuen DNA. Sekitar 410 basanukleotida yang terbaca di dalam analisis sekuenDNA. Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwasekuen tersebut merupakan bagian dari sekuen TICV.Setelah sekuen nukleotida dikoreksi, dihasilkan 376basa nukleotida dan 124 asam amino (Gambar 4 dan 5).

Hasil sekuen nukleotida selanjutnya dianalisismenggunakan Program BLAST yang terhubungdengan data base NCBI berdasarkan coat proteindivergen (CPd). Hasil BLAST menunjukkan bahwaisolat Magelang cenderung menyerupai isolat Jepang(AB085603), Italia (EU881362), Perancis (DQ355217),Spanyol (FJ542306), USA (FJ815441), AmerikaUtara dan Eropa (NAE; FJ542305). Berdasarkananalisis BLAST sekuen terkoreksi dari TICV sesuaidengan bagian dari sekuen Open reading frame(ORF) 7 pada sekuen utuh sejumlah isolat TICV.ORF 7 dari genom TICV mengkode gen CPd. Haltersebut membuktikan bahwa sekuen DNA hasilPCR merupakan target amplifikasi dari primerspesifik TICV.

Hasil analisis sekuen menunjukkan adanyasejumlah basa nukleotida yang berbeda posisitertentu pada sekuen TICV. Setelah hasil sekuenDNA TICV isolat Magelang dibandingkan dengansekuen isolat asal luar negeri, terdapat tiga posisiyang menunjukkan perbedaan basa nukleotida.Perbedaan tersebut menunjukkan terjadinya subtitusibasa nukleotida pada isolat (Gambar 4).

Gambar 4. Homologi nukleotida dari CPd (ORF 7) pada isolat Magelang (TICV-Yogya) dengan beberapa isolatdari luar negeri, melalui analisis multiple sequence alignment dengan program Clustal W dari EuropeanBioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/); * = nukleotida identik pada semua isolat

Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 19 No. 284

Gambar 5. Homologi asam amino dari CPd (ORF 7) pada isolat Magelang (TICV-Yogya) dengan beberapa isolatdari luar negeri, melalui analisis multiple sequence alignment dengan program CLUSTAL W dariEuropean Bioinformatics Institute (http://www.ebi.ac.uk/); * = asam amino identik pada semua isolat

Fajarfika et al.: Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat 85

Jenis asam amino yang terbentuk ditentukan olehvariasi sekuen basa nukleotida. Berdasarkan sekuenasam amino yang terbentuk dari sekuen nukleotidapada setiap isolat terlihat bahwa tidak semua subtitusibasa nukleotida pada kodon tertentu menyebabkanperbedaan asam amino. Subtitusi basa nukleotidayang terjadi pada TICV isolat Magelang dan semuaisolat luar negeri tidak membedakan asam aminoyang terbentuk, yaitu kodon TAA dari isolat Magelangterdapat dan terletak pada urutan yang sama dengankodon AAA dari semua isolat luar negeri membentukasam amino yang sama yaitu I (Isoleusin). Namundemikian, adanya kesamaan subtitusi basa nukleotidapada kodon tertentu menyebabkan perbedaan asamamino antara isolat Magelang dan semua isolat luarnegeri, seperti kodon yang sama yaitu AAA padaisolat Magelang dan semua isolat luar negeri membentukasam amino yang berbeda yaitu I pada isolat Magelangdan asam amino lysin (K) pada semua isolat luarnegeri (Gambar 4 dan 5).

Isolat Magelang memiliki satu asam amino (I)yang membedakan dengan isolat NAE dan Jepang (K)dan dua asam amino yang membedakan denganisolat Italia dan USA (I→K dan A→D yaitualanin→asam aspartat), serta Perancis (I→K dan G→Dyaitu glycsin→asam aspartat). Adanya sejumlah asamamino yang berbeda di antara isolat TICV akanmenghasilkan ekspresi protein yang berbeda. Hal

tersebut mengindikasikan adanya interaksi spesifikantara TICV dengan tanaman dan TICV denganvektor baik dalam proses infeksi maupun penularan.

Hasil analisis homologi sekuen pada isolat Magelangdengan isolat negara lain yang dibandingkan terdapatbeberapa distribusi perbedaan dalam susunan nukleotida(Gambar 4). Sekuen isolat Magelang dengan sekuensemua isolat negara lain menunjukkan homologiyang tinggi baik berdasarkan sekuen nukleotidamaupun asam aminonya (Tabel 2), sampel tanamantomat sakit isolat Magelang menunjukkan satu nukleotidatergantikan (Homologi DNA 99,7%; Homologi asamamino 98,3%) jika dibandingkan dengan TICVisolat Jepang (Hartono et al., 2002) dan isolat dariAmerika Utara dan Eropa (NAE; TICV SP5131;Orilio & Navas-Castillo, 2009) dan tidak ada perubahanpada sekuen asam aminonya, sedangkan jikadibandingkan dengan TICV isolat Perancis (Dalmonet al., 2005), isolat Italia (Barone et al., 2009), danisolat USA (Wintermantel et al., 2009) terdapat duanukleotida tergantikan (Homologi DNA 99,4%;Homologi asam amino 97,5%) yang menyebabkanperubahan satu sekuen asam aminonya.

Analisis homologi sekuen juga dibandingkanantara isolat TICV Magelang dengan isolat Tomatochlorosis virus (ToCV) Beijing asal China, isolatLettuce chlorosis virus (LCV) asal USA, dan Citrustristeza virus (CTV) Qaha asal Mesir menunjukkan

nukleotida yang identik berturut-turut 42,2% (ToCV),38,4% (LCV), dan 43,3% (CTV), persentase inilebih rendah apabila dibandingkan dengan asamamino yang identik berturut-turut 18,5% (ToCV),12,9% (LCV) dan 7,2% (CTV). Hasil ini menunjuk-kan bahwa virus penyebab penyakit kuning ungupada tanaman tomat asal Magelang merupakanspesies yang sama dengan isolat dari luar negeriyaitu Tomato infectious chlorosis virus (TICV) danbukan ToCV karena sekuen asam aminonya hanyaidentik 42,2% saja. Menurut Martelli et al. (2000),apabila persentase kesamaan asam amino antaravirus satu dengan virus lain < 90% berarti virustersebut dikelompokkan ke dalam anggota spesiesyang berbeda. Sebelumnya hasil penelitian Hartonodan Wijonarko (2007) juga melaporkan bahwa TICVIndonesia termasuk anggota Crinivirus.

Analisis pohon filogenetik dengan menggunakanpendekatan Neighbor Joining dari variasi basanukleotida penyusun sekuen DNA dan asam aminolebih jelas memperlihatkan hubungan kekerabatanantara TICV isolat Magelang yang dibandingkandengan virus anggota genus Crinivirus yang ada didatabase Gen Bank menujukkan bahwa TICV asalMagelang berada dalam satu cabang kelompok denganTICV asal Jepang, Amerika utara dan Eropa, Perancis,Italia, dan USA (Gambar 6.A dan 6.B). Hal tersebutmenunjukkan bahwa variasi basa nukleotida daribagian tertentu pada sekuen parsial DNA TICV danasam amino mempunyai tingkat kesamaan yang tinggi.

Hasil analisis filogenetik tersebut juga memperlihat-kan bahwa TICV isolat Magelang terpisah dari

Ket

eran

gan:

Isol

at Y

ogya

= Is

olat

Mag

elan

g m

erup

akan

has

il an

alis

is s

ekue

n da

lam

pen

eliti

an in

i; D

ata

di d

alam

tand

a ku

rung

mer

upak

an p

erse

ntas

e ke

sam

aan

asam

am

ino;

Fran

ce (D

Q35

5217

.1),

Italy

(EU

8813

62.1

), Ja

pan

(AB

0856

03.1

), N

AE

= N

orth

Am

eric

a an

d Eu

rope

(FJ5

4230

6.1)

, dan

USA

(FJ8

1544

1.1)

; ToC

V is

olat

Bei

jing

asal

Chi

na (K

C88

7999

.1);

LCV

asa

l USA

(NC

_012

910.

1); C

TV is

olat

Qah

a as

al E

gypt

/Mes

ir (A

Y34

0974

.1)

Tabe

l 2. P

erse

ntas

e ke

sam

aan

basa

nuk

leot

ida

dan

asam

am

ino

dari

seba

gian

gen

CPd

pad

a TI

CV

isol

at M

agel

ang

deng

an v

irus

angg

ota

genu

s C

riniv

irus

dan

Clo

ster

oviru

s dar

i lua

r neg

eri m

engg

unak

an software

Bio

Edit

TIC

V-Yo

gya

TIC

V-Fr

ance

TIC

V-Ita

lyTI

CV-

Japa

nTI

CV-

NA

ETI

CV-

USA

ToC

V-C

hina

LCV-

USA

CTV

-Egy

pt

TIC

V-Yo

gya

*TI

CV-

Fran

ce99

,4 (9

7,5)

*TI

CV-

Italy

99,4

(97,

5)99

,4 (9

8,3)

*TI

CV-

Japa

n99

,7 (9

8,3)

99,7

(99,

1)99

,7 (9

9,1)

*TI

CV-

NA

E99

,7 (9

8,3)

99,7

(99,

1)99

,7 (9

9,1)

100

(100

)*

TIC

V-U

SA99

,4 (9

7,5)

99,4

(98,

3)10

0 (1

00)

99,7

(99,

1)99

,7 (9

9,1)

*To

CV-

Chi

na42

,2 (1

8,5)

42,2

(18,

5)42

(1

8,5)

42

(18,

5)42

(1

8,5)

42

(18,

5)*

LCV-

USA

38,4

(12,

9)38

,9 (1

2,2)

38,9

(12,

9)38

,6 (1

2,9)

38,6

(12,

9)38

,9 (1

2,9)

41,3

(17,

5)*

CTV

-Egy

pt43

,3 (7

,2)

43,5

(7,2

)43

,5 (7

,2)

43,3

(7,2

)43

,3 (7

,2)

43,5

(7,2

)34

(3

,3)

30 (7

,6)

*

Gambar 6. Pohon filogenetik yang menggambarkanhubungan kekerabatan antara TICV isolatMagelang dengan virus genus Crinivirusdan anggotaClosteroviridae menggunakanprogram Mega 6: berdasarkan perbedaansekuen nukleotida dari CPd (A); berdasarkanvariasi asam amino dari CPd (B)

Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 19 No. 286

Fajarfika et al.: Deteksi Molekuler Penyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat 87

kelompok genus Crinivirus lain tetapi masih dalamsatu cabang dengan ToCV asal China dan LCV asalUSA serta berbeda cabang dengan LCV asal Mesir(Gambar 6.A dan 6.B). LCV merupakan spesies darigenus Crinivirus dan CTV termasuk dalam genusClosterovirus, famili Closteroviridae, mendukungdata bahwa TICV adalah anggota genus Crinivrus.

KESIMPULAN

Berdasarkan sekuen nukleotida dan asam aminogen CPd, virus isolat Magelang yang menginfeksitanaman tomat terdeteksi sebagai TICV yang termasukgenus Crinivirus, famili Closteroviridae.

DAFTAR PUSTAKA

Accoto G.P., A.M. Vaira, M. Vecchiati, M.M. FinettiSialer, D. Gallitelli, & M. Davino. 2001. First Reportof Tomato chlorosis virus in Italy. Plant Disease 85:1208.Amir. 2009. Kajian Penularan dan Respon KetahananBerbagai Varietas Tomat terhadap Tomato infectiouschlorosis virus. Tesis. Universitas Gadjah Mada,Yogyakarta. 42 p.Anonim. 2013. Volume Produksi, Impor, dan EksporSayuran Segar Tahun 2011. http://hortikultura.deptan.go.id, diakses 17/2/13.Barone, M., M. Senatore, A. Zoina, & D. Alioto.2009. Severe outbreak of Tomato infectious chlorosisvirus (TICV) on Tomato Crops in Campania, SouthernItaly. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ 215399586?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=2&RD=R954RYXA01R, diakses 3/3/14.Costa, H.S. & J.K. Brown. 1991. Variation in BiologicalCharacteristics and Esterase Patterns among Populationsof Bemisia tabaci and the Association of OnePopulation with Silverleaf Symptom Induction.Entomologia Experimentalis et Applicata 61: 211−219.Dalmon, A., S. Bouyer, M. Cailly, M. Girard, H.Lecoq, C. Desbiez, & M. Jacquemond. 2005. First Reportof Tomato chlorosis virus and Tomato infectiouschlorosis virus in Tomato Crops in France. Plant Disease89: 1243−1243.Dovas, C.I., N.I. Katis, & A.V. Avgelis. 2002.Multiplex detection of CrinivirusesAssociated withEpidemics of a Yellowing Disease of Tomato inGreece. Plant Disease, 86: 1345−1349.Duffus, J.E., H.-Y Liu, & G.C. Wisler. 1996. Tomatoinfectious chlorosis virus- A new clostero-like VirusTransmitted by Trialeurodes vaporarium. EuropeanJournal of Plant Pathology 102: 219−226.

Hartono, S. & A. Wijonarko. 2007. KarakterisasiBiologi Molekuler Tomato infectious chlorosis virusPenyebab Penyakit Kuning pada Tanaman Tomat diIndonesia. Agricultural Science 9: 139−146.Hartono, S., T. Natsuaki, H. Sayama, H. Atarashi,& S. Okuda. 2003. Yellowing Disease of TomatoesCaused by Tomato infectious chlorosis virusNewlyRecognized in Japan. Journal of General PlantPathology 69: 61−64.Hirota, T., T. Natsuaki, T. Murai, H. Nishigawa, K.Niibori, K. Goto, S. Hartono, G. Suastika, & S. Okuda.2010. Yellowing Disease of Tomato Caused byTomato chlorosis virus Newly Recognized in Japan.Journal of General Plant Pathology 76:168–171. Jacquemond, M., A. Dalmont, F. Fabre, L. Guilbaud,& H. Lecoq. 2009. Comparative Whitefly Transmissionof Tomato chlorosis virus and Tomato infectiouschlorosis virus from Single or Mixed Infectious. J.Plant Pathology 58: 221−227.Li, R. H., G. C. Wisler, H.-Y. Liu, & J. E. Duffus.1998. Comparison of Diagnostic Techniques forDetecting Tomato infectious chlorosis virus. PlantDisease 82: 84–88.Louro, D., G.P. Accotto, & A.M. Vaira. 2000. Occurrenceand Diagnosis of Tomato chlorosis virus in Portugal.European Journal of Plant Pathology 106: 589–592.Martelli, G. P., A.A. Agranovsky, M. Bar-Joseph, D.Boscia, T. Candresse, R.H.A. Coutts, V. V. Dolja,B.W. Falk, D. Gonsalves, W. Jelkmann, A.V.Karasev, A. Minafra, A.F. Murant, S. Namba, C.L.Niblett, H.J. Vetten, & N. Yoshikawa. 2000.Closteroviridae, Seventh report of the InternationalCommittee on Taxonomy of Viruses, p. 943−964.InM.H.V. Van Regenmortel, C.M. Fauquet, D.H.L.Bioshop, E.B. Cartens, M.K. Estes, S.M. Lemon, J.Maniloff, M.A. Mayo, D.J. McGeoch, C.R. Pringle,& R.B. Wickner (eds.), Virus Taxonomy, AcademicPress, San Diego.Mathews, R.E.F. 1992. Fundamental of Plant Virology.Academic Press Inc., San Diego. 403 p.Navas-Castillo J., R. Camero, M. Bueno, & E.Moriones. 2000. Severe Yellowing Outbreaks inTomato in Spain Associated with Infections ofTomato chlorosis virus. Plant Disease 84: 835–837.Orilio, A.F. & J. Navas-Castillo. 2009. The CompleteNucleotide Sequence of the RNA2 of the CrinivirusTomato infectious chlorosis virus: Isolates fromNorth America and Europe are Essentially Identical.Archives of Virology 154: 683−687.Sulandari, S. 2004. Karakterisasi Biologi, Serologi,dan Analisis Sidik Jari DNA Virus PenyebabPenyakit Daun Keriting Kuning Cabai. Disertasi.Institut Pertanian Bogor, Bogor. 48 p.

Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia Vol. 19 No. 288

Wintermantel, W. M. 2004. Emergence ofGreenhouse Whitefly (Trialeurodes vaporariorum)Transmitted Criniviruses as Threats to Vegetableand Fruit Production in North America. APSnetfeature. http://www.apsnet.org/online/feature/whitefly/,diakses 12/2/13.Wintermantel, W.M. & G.C. Wisler. 2006. VectorSpecificity, Host Range, and Genetic Diversity ofTomato chlorosis virus. Plant Disease 90: 814–819.Wintermantel, W. M., H. A. G. Laura, R. Sakhuja,Li, H-Y. Liu, & I. E. Tzanetakis. 2009. The CompleteNucleotide Sequence and Genome Organization ofTomato infectious chlorosis virus: A Distinct CrinivirusMost Closely Related to Lettuce infectious yellowvirus. Archives of Virology 154: 1335−1341.

Wisler, G. C., J.E. Duffus, H.-Y. Liu, R. Li, & B.W.Falk. 1997. New Whitefly-transmitted ClosterovirusIdentified in Tomatoes. California Agriculture 51:24−26.Wisler, G. C., J.E. Duffus, H.-Y. Liu, & R.H. Li. 1998a.Ecology ang Epidemioloy of Whitefly-transmittedClosteroviruses. The American PhytopathologicalSociety 82: 270−280.Wisler, G.C., R.H. Li, H.-Y. Liu, D.S. Lowry, & J.E.Duffus. 1998b. Tomato cholorosis virus: A NewWhitefly-transmitted, Phloem-limited BipartiteClosterovirus of Tomato. Phytopathology 88: 402−409.