Disciplinas e Horário das aulas – 2º Semestre 2017

Horário Segunda Terça Quarta Quinta Sexta Sábado

8 BIT 903

BIT 764 BIT 767

BIT 736

BIT 766

BIT 764

10 BIT 903

BIT 767

BIT 736

BIT 720

BIT 766

14 BIT 769 BIT 905

BIT 518

BIT 772 BIT 773

16 BIT 769 BIT 905

BIT 518

BIT 772 BIT 773

OBS:

- Não serão aceitos alunos especiais para as disciplinas Obrigatórias

- Verificar nas ementas as disciplinas que serão ofertadas de forma condensada:

BIT 737

BIT 770

BIT 771

EMENTAS - DISCIPLINAS

BIT 903 - Tópicos Avançados em Bioquímica - Biomoléculas (05 créditos – mestrado/doutorado -

obrigatória)

Professores: Julio Zukerman Schpector e Ignez Caracelli

Ementa:

- Aminoácidos e estrutura de proteínas

- Enzimas e mecanismos catalíticos

- Açúcares e polissacarídeos

- Lipídeos e nucleotídeos

- Enzimas, Catálise e Cinética enzimáticas

- Membranas e Transporte em Membranas

- Interações intermoleculares, Reconhecimento molecular

BIT 769 – Bioinformática II (05 créditos – mestrado/doutorado - obrigatória)

Professores: Euclides Mateucci Jr. e Julio Zukerman Schpector – início 28/08

Ementa: A utilização de informações genéticas aplicadas à saúde, nutrição, sensibilidade aos fármacos, etc.,

depende de análises e interpretação de uma grande quantidade de dados. Nesta disciplina pretendemos

proporcionar a proporcionar a familiaridade com as ferramentas de bioinformática necessárias para a análise de

dados genômicos.

- Introdução a bioinformática, genes e proteínas

- Geração de dados primários, sequenciamento de DNA

- Estabelecimento de workflows para análises genômicas, pacote de softwares UGene

- Análise da qualidade dos arquivos FASTQ

- Alinhamento com genoma de referência

- Chamada das variantes

- Anotação e interpretação das variantes (SNV/InDels e CNV)

- Elaboração de Laudo

BIT 301* – Seminários I – (05 créditos – mestrado – obrigatória)

Professores: Julio Zukerman Schpector e Cristina Paiva de Sousa

BIT 401* – Seminários II – (05 créditos – doutorado – obrigatória)

Professores: Cristina Paiva de Sousa e Julio Zukerman Schpector

Ementas:

- Atendimento a Seminários de exames de qualificação do PPGBiotec-

- Atendimento a Defesas de Mestrado e/ou Doutorado do PPGBiotec

- Atendimento a Seminários Gerais do PPGBiotec e/ou de outros Departamentos da UFSCar

- Atendimento a Seminários em outras instituições até no máximo 20% do total

- Apresentação de Seminário sobre o seu tema de Mestrado (BIT 301)

- Apresentação de Seminário sobre o seu tema de Doutorado (BIT 401)

* será marcado o dia do primeiro encontro para definição dos seminários, serão avisados por email

BIT 767 – Da Academia à Startup (05 créditos – mestrado/doutorado – obrigatória)

Professor: José Dalton Cruz Pessoa

Ementa:

Na introdução apresentará, já na primeira aula, os objetivos a serem perseguidos e os procedimentos a serem

adotados, incentivando a criatividade e independência do aluno. Em seguida será apresentado o movimento

empreendedor moderno e suas principais características.

Durante as demais aulas, o programa é sutentado em dois pilares: i) Desenvolvimento do comportamento

empreendedor; ii) Desenvolvimento de uma proposta de start up, validada.

No pilar (i) o aluno será convidado a: Identificar seu perfil comportamental e compara-lo com o descrito na

literatura, demonstrando a necessidade, ou não, de algum desenvolvimento específico e como fazê-lo; Definir

as bases que sustentarão o empreendedor ao longo de sua trajetória e; Desenvolver habilidades de comunicação

para trabalho em equipe.

No pilar (ii) serão explicadas e aplicadas as ferramentas para planejamento e validação de um novo

empreendimento, ou seja, técnicas e métodos para identificação de oportunidades, desenvolvimento de uma

proposta de negócio, validação da proposta e sua apresentação a uma banca convidada. BIT 905 – Tópicos Avançados em Bioinformática (08 créditos – mestrado/doutorado – obrigatória para

alunos ingressantes até 2016)

Professores: Luis Carlos Trevelin

Ementa:

MÓDULO 1. Reconhecimento de Padrões

1. Introdução - Aprendizado Supervisionado e Não Supervisionado

2. Teoria de Bayes

3. O Classificador de Bayes

3. Funções Discriminantes Lineares

4. Problemas de Dimensionalidade

5. Aglomeração de Dados

MÓDULO 2. Aplicação de datawarehouse e de mineração de dados em bancos

de dados voltada à bioinformática

1. Conceitos introdutórios

2. Modelagem multidimensional para datawarehouse

3. Principais técnicas de mineração

MÓDULO 3. Sistemas Fuzzy Genéticos

3.1 Introdução

3.2 Sistemas Fuzzy baseados em regras

3.3 Algoritmos genéticos como uma técnica de otimização

3.4 A representação do Problema

3.5 Aprendizado de sistemas fuzzy usando algoritmos genéticos

MÓDULO 4. Aprendizado de Máquina

4.1 Introdução

4.2 Aprendizado como Busca no Espaço de Hipóteses

4.3 Árvores de Decisão

4.5 Aprendizado baseado em Instâncias

4.5 Aprendizado Analítico

MÓDULO 5. Visualização Científica

5.1 Introdução a técnicas de visualização

5.2 Ferramentas e ambientes de visualização

5.3 Visualização distribuída e cooperativa

5.4 Projeto de Ambiente de Visualização

- Deslocamento químico e acoplamento

- Análise de espectros de RMN de 1H em uma dimensão

- Espectroscopia por RMN de 13C

- Espectroscopia por RMN de 31P

- Visão geral das aplicações de RMN em sistemas biológicos

BIT 518 – Introdução à Tecnologia de Cultivo de Células Animais (04 créditos – mestrado/doutorado –

específica da área de concentração)

Professores: Cláudio Alberto Torres Suazo e Ronaldo Zucatelli Mendonça

Ementa:

- História e status da tecnologia de cultivo de células animais

- Linhagens de células animais de interesse biotecnológico

- Caracterização de células animais cultivadas in vitro

- Metabolismo de células animais. Modificações pós-traducionais

- Meios de cultura para células animais. Desenvolvimento e otimização

- Crescimento, manutenção e monitoramento de células animais em cultivo

- Cinética e modelagem do crescimento/produção de biomoléculas em cultivos de células animais.

- Biorreatores para cultivo de células animais. Tipos e estratégias de operação

- Seleção, caracterização, otimização e aumento/diminuição de escala de biorreatores

- Desenvolvimento e otimização de bioprocessos com células animais

- Utilidades e aplicações atuais da tecnologia de cultivo de células animais

- Aspectos econômicos, regulatórios e de biossegurança

OBS: o aluno deverá ter conhecimento de cálculo diferencial e integral

BIT 736 – Cristalografia Física (06 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professora: Ignez Caracelli

Ementa:

Física da Difração

Raios X – produção e interação com a matéria

Geometria e Simetria de um Cristal

Difração de Raios X e Estrutura Cristalina

Aspectos Práticos da Difração de Raios X

Aplicações da Difração de Raios X

BIT 764 – Espectroscopia de emissão óptica com plasma induzido por laser (LIBS): princípios básicos e

aplicações em biotecnologia (05 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professores: Débora Marcondes Bastos Pereira Milori e Paulino Ribeiro Villas Boas

Ementa:

- Introdução à espectroscopia: interação da radiação com a matéria

- Conceitos básicos sobre laser e técnicas espectroscópicas que utilizam esta ferramenta

- Princípios básicos da Espectroscopia de emissão óptica com plasma induzido por laser (LIBS)

- Principais parâmetros da técnica LIBS

- Instrumentação para LIBS

- Plasma gerado por laser

- Modelagem de emissão de plasma

- Análises quantitativas com LIBS

- Análises qualitativas com LIBS

- LIBS com múltiplos pulsos

- Combinação de LIBS e fluorescência induzida por Laser (LIF)

- Aplicações de LIBS em biotecnologia

BIT 766 – Ciência dos Materiais: Fundamentos, Nanotecnologia e Aplicações ( 13 créditos –

mestrado/doutorado – optativa)

Professor: Daniel Souza Corrêa

Ementa:

- Introdução a química e ciência dos materiais

- Estrutura atômica e ligação atômica em sólidos

- Estrutura cristalina e imperfeições de sólidos

- Diagrama de fases e transformações

- Ligas metálicas e processamento

- Estruturas e propriedades de cerâmicas

- Aplicações e processamento de cerâmicas

- Estruturas e propriedades de polímeros

- Aplicações e processamento de polímeros

- Compósitos e nanocompósitos

- Propriedades mecânicas de materiais

- Propriedades térmicas, elétricas, ópticas e magnéticas de materiais.

- Fundamentos em nanotecnologia

- Técnicas de Preparação de nanopartículas, filmes finos e sistemas nanoporosos

- Novas fronteiras de aplicação: nanotecnologia em meio ambiente, saúde, cosmética e agricultura

BIT 720 – Espectroscopias na região do infravermelho e por ressonância magnética nuclear aplicadas a

sistemas biológicos (5 créditos – mestrado/doutorado- optativa)

Professor: Lucimara Aparecida Forato

Ementa:

- Introdução à espectroscopia: interação da radiação com a matéria

- Espectroscopia na região do Infravermelho: regras de seleção, modos vibracionais, absorção de grupos

funcionais

- Espectroscopia na região do infravermelho aplicada ao estudo de proteínas

- Espectroscopia na região do infravermelho aplicada ao estudo de polissacarídeos e bactérias

- Princípios básicos da espectroscopia por ressonância magnética nuclear

- Relaxação nuclear

- Deslocamento químico e acoplamento

- Análise de espectros de RMN de 1H em uma dimensão

- Espectroscopia por RMN de 13C

- Espectroscopia por RMN de 31P

- Visão geral das aplicações de RMN em sistemas biológicos

BIT 737 – Ferramentas Imunológicas e Moleculares usadas no diagnóstico, terapia e prevenção de

doenças infecciosas (04 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professora: Fernanda de Freitas Aníbal

OBS: A DISCIPLINA SERÁ OFERTADA DE 20 A 24 DE NOVEMBRO DE 2017 DAS 08H ÁS 18H

Ementa:

- Mecanismos e componentes do sistema imune (defesa inata e adaptativa)

- Moléculas do MHC: Função

- Mecanismos de ativação dos linfócitos T e Apresentação de antígeno

- Citocinas: regulação da resposta imune e terapia

- Técnica ELISA

- Técnica de Citometria de Fluxo

- Técnicas Moleculares no diagnóstico de doenças infecciosas

BIT 770 – Príncipios de Proteômica (04 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professora: Maria Teresa Marques Novo Mansur

OBS: A DISCIPLINA SERÁ OFERTADA DE 27/11/2017 A 06/12/2017 DAS 08H ÁS 18H

Ementa:

- Introdução à Proteômica: Trabalhos em andamento no LBBMA/DGE/UFSCar

- Abordagens em proteômica analítica e eletroforese bidimensional (2D-PAGE, 2D-DIGE)

- Espectrometria de massas: fundamentos para a análise proteômica

- Cromatografia líquida aplicada à proteômica

- Discussão de artigos atuais em proteômica

BIT 771 – Sensores e Biossensores (06 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professor: Bruno Campos Janegitz

OBS: A DISCIPLINA SERÁ OFERTADA DE 07 A 19 DE AGOSTO DE 2017 DAS 08H ÁS 18H

Ementa:

- Sensores potenciométricos

- Eletrodos modificados

- Sensores voltamétricos

- Biossensores enzimáticos

- Sensores de DNA

- Imunossensores

- Sensores descartáveis para Point of Care

- Materiais nanoestruturados

- Sensores implantáveis

- Biossensores impedimétricos

BIT 772 – Introdução a Estatística e Matemática para Biotecnologistas (05 créditos –

mestrado/doutorado – optativa)

Professor: Rubens Bernardes Filho

Ementa:

- Revisão de matemátioca básica: conjuntos, coordenadas, matrizes, equações e trigonometria

- Cálculo de limites, derivadas e integral

- Estatística básica

- Regressão linear

- Ajustes de curva

- Aplicações

BIT 773 – Bases Moleculares de Metabolismo Energético (04 créditos – mestrado/doutorado – optativa)

Professora: Angela Merice de Oliveira Leal

Ementa:

- Bases Moleculares do Metabolismo dos Carboidratos

- Bases Moleculares do Metabolismo dos Lipídios

- Bases Moleculares do Metabolismo das Proteínas

- Metabolismo Energético no Fígado

- Metabolismo Energético no Músculo

- Metabolismo Energético no Tecido Adiposo

- Bases Moleculares da Secreção e Ação da Insulina

- Etiopatogênese da Resistência Insulínica

- Etiopatogênese do Diabetes Mellitus

- Modelos Experimentais de Diabetes Mellitus-Animais Transgênicos

- Intervenções Farmacológicas no Diabetes Mellitus

- Aplicação de Ferramentas Biotecnológicas na Terapêutica do Diabetes Mellitus

BIT 702 - Estágio supervisionado de capacitação docente 1 (4 créditos – mestrado – optativa)

BIT 802 - Estágio supervisionado de capacitação docente 2 ( 04 créditos – doutorado – obrigatória apenas

para bolsistas CAPES)

Professor: Todos os Professores Cadastrados no PPGBiotec poderão oferecer BIT 702 e

802 Ementa:

BIT 702 e BIT 802

Antes de realizarem a matrícula na disciplina, os alunos devem entrar em contato com um docente responsável

por disciplina de graduação na UFSCar de interesse do aluno(a)/ orientador(a) para verificarem a

compatibilidade de horário e elaboração do plano de atividades, conforme modelo constante do Anexo I da

Resolução CEPE Nº 315/97.

No plano de atividade deve constar a Justificativa pormenorizada da participação do aluno no programa, onde

fiquem evidenciadas a convivência da participação e os reflexos da colaboração na disciplina na formação do

aluno.

O plano de atividade (anexo 1 da norma PESCD) deve ser entregue NO ATO DA MATRÍCULA. Esse plano

será posteriormente encaminhado ao docente responsável pela disciplina.

Ao final da disciplina o aluno deve entregar o relatório de Atividades (Anexo 2), com parecer e conceito

atribuído pelo Professor Responsável da disciplina de graduação junto a qual o estágio foi realizado.

A norma PESCD e os modelos de plano de atividades (anexo 1) e relatório de atividades (anexo2) podem ser

obtidos no seguinte link. https://drive.google.com/folderview?id=0By8EgPr3oP0MQk9lMmlVR3dwZnc&usp=drive_web

DISCIPLINAS OBRIGATÓRIAS PARA ALUNOS NOVOS INGRESSANTES A PARTIR DO

1º SEMESTRE DE 2017

DISCIPLINAS OBRIGATÓRIAS – MESTRADO E DOUTORADO

BIT 903 - Tópicos Avançados em Bioquímica - Biomoléculas

BIT 301 – Seminários I (mestrado)

BIT 401 – Seminários II (doutorado)

BIT 767 – Da Academia à Startup

BIT 768 – Bioinformática I

BIT 769 – Bioinformática II