8/18/2019 Docking Ega

1/14

1. DOWNLOAD PROTEIN DI WWW.RCSB.ORG CARI 1HSG PDA SEARCHDOWNLOAD FILE DENGAN PDB FORMAT

2. BUKA DS VISUALIZER

3. KLIK FILE OPEN  1HSG.PDB CTRL+HFILE  SAVE AS

http://www.rcsb.org/http://www.rcsb.org/

8/18/2019 Docking Ega

2/14

8/18/2019 Docking Ega

3/14

8/18/2019 Docking Ega

4/14

8/18/2019 Docking Ega

5/14

8/18/2019 Docking Ega

6/14

BUKA AUTODOCK TOOLSOPEN  PROTEIN.PDB

8/18/2019 Docking Ega

7/14

HIDROGENSADD POLAR ONLY  OK 

8/18/2019 Docking Ega

8/14

GRIDMAKROMOLEKUSCHOOSEPRO

TEINSELECT MOLEKUL CARIPROTEIN.PDBQT

8/18/2019 Docking Ega

9/14

LIGAN INPUT OPEN  CARI

LIGAN.PDB

8/18/2019 Docking Ega

10/14

LIGAN TORSION TREESET MUMBER

OF TORSIONPATIKAN NILAINYA MAKSIMUM 

DISMISS

LIGAN OUTPUTSAVE AS PDBQT 

NAMAIN LIGAN PDBQTSAVE

GRID SET MARK TYPE CHOOSELIGAN LIGAN SELECT LIGAN

GRID GRID BOX0.375 KE 1

8/18/2019 Docking Ega

11/14

FILE CLOSE SETTING CURENT 

MINIMIZE

CARI FILE LIGAN DAN PROTEIN YG ADI

PDBQT BLOK COPY  LOCAL DICK C 

SAVE DI FOLDER VINA BUAT TEXT

DOCUMENT NAMANYA CONF.TXT

BUKA FILE TXT.NYAKETIKrece!"r # r"!e$%.&'(!)$*%& # )$*%.&'(!

",! # ",!.&'(!

8/18/2019 Docking Ega

12/14

ce%!er- # 1/.10ce%!er- # 32.313ce%!er- #13.222

4$e- #4$e-#4$e- #e5,4!$6e # !

CARI NILAI XYZ DI GRID BOX PKAI TITIK".#SIZE CARI YANG $0 FILESAVE

CEK%

SEKARANG PROSES DOCKING

KLIK STARTRUNKETIK CMD ENTER

KETIK c& ..7..76$%ENTERKETIK 6$% 88c"%9* c"%:.!e! 88)"* )"*.!! 

ENTER

SCORE MAKIN MINUS IKATAN MAKIN

BAGUS& MAKIN ERAT' TP DIPERHATIKAN

KEVALIDANNYA NILAI RMSD KURANG

DARI ( ANGTORM ITU YNG DI

VISUALISASIKAN ATAU YANG PALINGKECIL

8/18/2019 Docking Ega

13/14

KETIK 6$%-4)$! ;$%,!.&'(!ENTER KLIK LOG.TXT PILIH YANG RMSDNYA

PALING KECILKLIK FILENYA COPY TARUH DI MY

DOCUMENT

BUKA APLIKASI OPEN BABELUNTUK KONVERSI ULANG PDBQT KE PDB

LAGI

INPUT FORMATPDBQTKLIK)OPENOUTPUT FORMAT PDBKLIK) )$*%

54$) &"c

8/18/2019 Docking Ega

14/14

CARI A*AN ELEKTRON KLIK H BOND