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Tirocinio interno presso laboratori universitari: Programmi dei diversi percorsi. Importante! Per ogni percorso è indicato il periodo previsto ma si invitano gli studenti a controllare, prima dell’inizio, le informazioni sul sito Ariel del Tirocinio dove verranno comunicate per tempo eventuali modifiche.

interno presso laboratori universitari: percorsi.files.ccdbiol.unimi.it/avviso/allegati/allegati480991.pdf · Cromatografia a Scambio Ionico e a Esclusione Molecolare. L’andamento

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Tirocinio interno presso laboratori universitari: Programmi  dei diversi percorsi. 

 

 

 

 

 

Importante! 

Per ogni percorso è indicato il periodo previsto ma si invitano gli studenti a controllare, prima dell’inizio, le informazioni sul sito Ariel del Tirocinio dove verranno comunicate per tempo eventuali modifiche.   

 

Percorso  1  La  fosfatasi  alcalina  di  Escherichia  coli:  purificazione dell'enzima  e  suo utilizzo nello studio della topologia di una proteina transmembrana. 

         Docenti: Gnesutta Nerina (Responsabile), Burlini Nedda, Caretti Giuseppina, Dehò Gianni e Nardini Marco         Laboratori didattici: 13 (biochimica), 15 (microbiologia, genetica) e aula calcolo (bioinformatica)         16 studenti          Periodi:  dal 7 al 31 ottobre,  dal 18 novembre al 10 dicembre          Esami Propedeutici: Genetica, Biologia molecolare e bioinformatica (obbligatorio almeno uno dei due esami) 

 Purificazione e caratterizzazione fosfatasi alcalina (3 CFU) Lab. 13: Burlini e Gnesutta  

In questa prima parte gli studenti dovranno purificare l’enzima fosfatasi alcalina dalla coltura cellulare di un ceppo  costitutivo di Escherichia  coli. Ottenuto  l’enzima dovranno poi  caratterizzarlo valutandone: Massa Molecolare Relativa in condizioni denaturanti e native, struttura quaternaria, costanti cinetiche. 

Purificazione  ‐ L’enzima viene estratto  tramite shock osmotico e purificato tramite  trattamento al calore, Cromatografia a Scambio  Ionico e a Esclusione Molecolare. L’andamento della purificazione è monitorato dosando  attività  enzimatica  e proteine,  calcolando  attività  specifica  e  resa.  L’esito della   purificazione  è valutato  anche  mediante  Elettroforesi  su  gel  di  poliacrilammide  (SDS‐PAGE)  dei  campioni  enzimatici ottenuti. 

Caratterizzazione ‐ Sarà calcolata la Massa Molecolare Relativa in SDS‐PAGE e in Cromatografia a Esclusione Molecolare  dell’enzima  purificato,  da  cui  si  dedurrà  la  struttura  quaternaria  della  proteina  enzimatica. Infine saranno determinati i parametri cinetici dell’enzima: Km, Vmax e numero di turnover. 

Studio  della  topologia  di  una  proteina  transmembrana  3  CFU  Lab.  15:  Caretti, Dehò  e Nardini  (analisi bioinformatica in aula calcolo) 

In questa seconda parte  la fosfatasi alcalina sarà utilizzata come strumento per lo studio della topologia di una  proteina  transmembrana.  La  fosfatasi  alcalina  è  attiva  solo  nel  periplasma  e  non  nel  citoplasma. Utilizzeremo costrutti plasmidici in cui il gene phoA (che codifica per la fosfatasi alcalina) è fuso in posizioni diverse al 3’ di un gene che codifica per una proteina con numerosi domini trans‐membrana. Nelle diverse chimere proteiche ottenute, la porzione enzimatica potrà risultare inattiva o attiva, suggerendo così che  il punto di giunzione della proteina  transmembrana si  trovi,  rispettivamente, nel versante citoplasmatico o periplasmatico della membrana. 

Per ottenere queste informazioni eseguiremo i seguenti esperimenti: 

Trasformazione  col  DNA  plasmidico  di  un  ceppo  di  E.  coli;  saggio  qualitativo  (in  vivo)    e  quantitativo (spettrofotometrico) dell’attività enzimatica della fosfatasi alcalina; caratterizzazione dei plasmidi mediante analisi  di  restrizione  e  PCR;  analisi  delle  proteine  di  fusione  mediante  western  blotting;  analisi bioinformatica della struttura di una proteina e predizione dei domini transmembrana. 

    

Percorso 2 Tecniche di fisiologia cellulare e molecolare                           Fisiologia delle cellule vegetali e animali  Docenti: Bucchi Annalisa (Responsabile), Bonza Cristina, Jennings Robert Laboratori didattici: 15 (Fisiologia Vegetale) e 12 (elettrofisiologia) 15 studenti  Periodo: dal 8  ottobre a 15 novembre Esami Propedeutici: Fisiologia Generale Animale, Fisiologia Vegetale 

         Trasporto di elettroni fotosintetico(2 CFU): Robert Jennings, Cristina Bonza  

Lo scopo principale delle esercitazioni sulla fotosintesi è di utilizzare l'elettrodo di ossigeno per determinare la velocità del trasporto degli elettroni  in tilacoidi estratti e soggetti a diversi trattamenti sperimentali.  In particolare  verranno  studiate  le  influenze  di  un  disaccoppiante  e  dei  substrati  della  fosforilazione  sul trasporto degli elettroni  in  funzione all'intensità dell'illuminazione del sistema dei  tilacoidi. Le  interazioni dei vari trattamenti sperimentali sono complesse e, per meglio valutare i diversi effetti, verranno eseguite delle simulazioni numeriche al computer dei trattamenti sperimentali.  

Il miocita, proprietà funzionali e molecolari (2 CFU): Annalisa Bucchi 

Il potenziale d’azione cardiaco, tessuto di conduzione e muscolo di lavoro. Simulazione  al  computer  del  potenziale  d’azione  cardiaco,  analisi  delle  variazioni  del  pda  in  seguito  a variazioni delle condizioni ioniche, mutazioni genetiche e somministrazione di farmaci. Tecniche di isolamento e coltura di miociti ventricolari di topo. Modulazione della frequenza di firing tramite somministrazione di agonisti adrenergici e muscarinici. Fissazione ed immunomarcatura delle colture di cardiomiociti. analisi di immunofluorescenza al microscopio confocale.  Fisiologia dell’Eccitabilità(2 CFU): Annalisa Bucchi 

Il lavoro di laboratorio sarà articolato nei seguenti punti: Teoria dietro alla tecnica del voltage‐clamp a due elettrodi Preparazione dell’apparato sperimentale e dei protocolli sperimentali con modelli di membrana cellulare; preparazione e messa a punto di microelettrodi; Preparazione degli oociti di Xenopus laevis Registrazione e rappresentazione grafica di una corrente endogena di potassio in oocita di Xenopus laevis con la tecnica del voltage‐clamp a due elettrodi; misura e analisi delle correnti del canale HCN4 espresso in oociti di Xenopus laevis; interpretazione e discussione dei dati.    

 

Percorso 3 La risposta immune negli  Invertebrati   Docente: Scarì Giorgio (responsabile)  Laboratori didattici: 11 e 15 16 studenti Periodo: dal 3 marzo al 4 aprile Esame propedeutico: Biologia e Sistematica Animale (obbligatorio)  

Modelli  sperimentali:  varie  larve  di  Ditteri  Sarcophaga  peregrina,  Calliphora  vomitoria,  Chrysomya megacephala, in stagione anche ditteri Culicidae e anellidi oligocheti 

  

Lo scopo del laboratorio sarà quello di fornire allo studente esercitazioni pratiche su alcune tecniche più 

utilizzate per la valutazione istologica e citologica, al microscopio ottico, di  cellule del sistema immunitario. 

Il laboratorio prevede esercitazioni pratiche finalizzate all’acquisizione di alcune tecniche immunologiche e 

metodiche immuno‐istologiche utilizzate anche nella comune diagnostica di laboratorio biologico‐medico.  

Inoltre prevede l’apprendimento di nozioni di base e saggi in vitro per valutare la funzionalità del sistema 

immunitario utilizzando cellule ottenute da vari donatori. 

 Cenni sull’evoluzione del sistema immunitario Cenni sulla sicurezza e lo smaltimento dei reflui. Preparazione soluzioni, impiego della bilancia e pHmetro. Allestimento preparati istologici mediante inclusione in paraffina, taglio al microtomo e colorazione con E.E. Colorazioni speciali ed istochimiche. Allestimento e colorazione di strisci ematici ed emolinfatici. Immunoistochimica e Immunocitochimica per la ricerca di antigeni. Osservazione vetrini al microscopio ottico. Separazione e purificazione emociti da emolinfa. Dosaggio dell’attività del sistema pro‐PO. Determinazione dell’attività complementare nell’emolinfa.   

  Percorso 4 Biologia e genetica dello sviluppo: zebrafish come      sistema modello Docenti: Cotelli Franco (responsabile), Beltrame Monica, Guerrini Luisa, Zuccato Chiara Laboratori didattici: 13 e 14  12  studenti Periodo: dal 5 maggio al 6 giugno  Esami propedeutici: Genetica (obbligatorio), Biologia dello Sviluppo

 Negli ultimi anni  l’utilizzo di zebrafish  (Danio rerio) come sistema modello ha presentato enormi vantaggi legati alle sue potenzialità nel campo della ricerca di base e  biomedica in vivo e sull’organismo intero.  Grazie  alla  sua  versatilità,  questo  sistema  modello  offre  approcci  multipli  (genetici,  biochimici, morfogenetici e  farmacologici) che consentono uno studio approfondito di numerosi processi di sviluppo fisiologici e patologici quali vasculogenesi, angiogenesi, ematopoiesi,  fisiologia cardiovascolare,   cancro e metastasi.  Il tirocinio è basato sull’analisi dell'espressione e della funzione di geni coinvolti nello sviluppo embrionale. Le metodologie utilizzate, fra di loro interconnesse, verteranno su approcci di analisi del fenotipo e di biologia molecolare e cellulare. Durante il tirocinio lo studente verrà guidato: 

‐ nell’acquisizione e nell'applicazione di tecniche per la localizzazione in situ di trascritti genici (ibridazione in situ “whole mount” o WISH, e su sezione) e proteine; di inclusione di embrioni e larve in paraffina e/o resina e realizzazione di sezioni istologiche; 

‐ nell’acquisizione e nell'applicazione di tecniche di biologia molecolare (RT‐PCR e qRT‐PCR, estrazione e/o digestione di acidi nucleici, trascrizione di sonde per WISH, elettroforesi su gel di acidi nucleici e proteine, Western blotting) 

‐ nell’uso di morfolino (oligonucleotidi antisenso) per l’analisi funzionale del ruolo di prodotti genici nello sviluppo;  

‐ nell’analisi più approfondita dei fenotipi mediante Teoria e pratica per l’utilizzo del Microscopio Confocale e del Microscopio Elettronico nello studio dello sviluppo embrionale; 

‐ nella gestione e nell'attività di monitoraggio di una “facility” di zebrafish; 

‐ nell'utilizzo di database per ricerche bioinformatiche e bibliografiche. 

 

Letture consigliate: alcune parti dei capitoli riguardanti lo sviluppo embrionale del libro di testo, disponibile in biblioteca: S. F. Gilbert, Biologia dello Sviluppo, Zanichelli 

  

   

  Percorso 5 Proteine coinvolte nella risposta ai danni al DNA da lievito all'uomo: un'analisi molecolare, genetica, biochimica e cellulare. 

       Docenti: Pellicioli Achille (responsabile), Cappelletti Graziella, Lazzaro Federico          20 studenti         Laboratorio didattici: 15 e 11        Periodo: dal 10 marzo  al 10  aprile        Esami Propedeutici: Biologia molecolare e bioinformatica (obbligatorio), Genetica 

 Il tirocinio di laboratorio sarà suddiviso in 3 parti indipendenti, ma strettamente interconnesse tra loro per la tematica trattata. Gli studenti saranno guidati nella preparazione di specifici reagenti, al fine di studiare una famiglia di proteine, le Polo chinasi, la cui funzione è fondamentale per la proliferazione e il differenziamento cellulare, anche in presenza di danni al DNA. Gli studenti dovranno applicare specifici protocolli sperimentali, eseguire esperimenti e discutere criticamente i risultati ottenuti. Pertanto, durante lo svolgimento dell’attività di laboratorio, gli studenti familiarizzeranno con le più comuni metodologie e saranno guidati nell’affrontare criticamente una problematica scientifica di ricerca.

L’obiettivo generale prevede la preparazione di reagenti utili per studiare gli interattori e la localizzazione intracellulare della Polo chinasi PLK1, oltre che gli effetti indotti dalla sua overespressione sulla dinamica del citoscheletro microtubulare. Si utilizzeranno opportune fusioni geniche eterologhe e l’espressione di mutanti di PLK1.

Seguiremo un programma sperimentale ideale, che prevede la preparazione di specifici reagenti mediante comuni pratiche di biologia molecolare in cellule batteriche di E. coli. I reagenti ottenuti saranno poi utilizzati per svolgere determinati esperimenti di biologia molecolare e cellulare in cellule eucariotiche, quali il lievito S. cerevisiae e specifiche linee cellulari umane.

Si utilizzeranno comuni tecniche di biologia molecolare e cellulare, tra cui: PCR; analisi di restrizione enzimatica; elettroforesi in gel di agarosio; SDS P.A.G.E.; colture cellulari; trasformazione e transfezione; induzione di espressione eterologa; immunofluorescenza e microscopia; saggio di doppio ibrido; saggi di vitalità cellulare in presenza di danni al DNA; e altro ancora.

In previsione della valutazione finale, saranno fornite indicazioni dettagliate per scrivere una relazione dell’attività svolta, che comprenderà anche la lettura e presentazione critica di un articolo scientifico.

Docenti:

Parte 1: Dr. Federico Lazzaro ([email protected])

Parte 2: Dr. Achille Pellicioli ([email protected])

Parte 3. Dr.ssa Graziella Cappelletti ([email protected])

   

   

Percorso 6 Tecniche di fisiologia cellulare e molecolare.        Fisiologia e citochimica animale e vegetale 

Docenti:   Olivari C. (responsabile turno B), Costa A.,  De Michelis I., Morandini P.,  Moroni A.  Laboratori didattici: 11 e 15 (Fisiologia Vegetale),  12 (elettrofisiologia)  16 studenti   Periodo:   dal 21  ottobre al 29 novembre  Esami propedeutici: Fisiologia Generale Animale, Fisiologia Vegetale 

         Modulo di Immunocitochimica (2 CFU) Lab. 11: Piero Morandini, Alex Costa 

Obiettivo dell’esercitazione è rivelare l’attività dell’enzima β‐glucuronidasi (GUS) e la presenza della Green Fluorescent Protein (GFP) nei tessuti di germinelli transgenici di Arabidopsis thaliana. I germinelli verranno cresciuti in piastra in condizioni sterili. L’enzima β‐glucuronidasi verrà rivelato per aggiunta di un substrato che forma un precipitato blu quando  idrolizzato, mentre  la GFP verrà rivelata mediante un microscopio a fluorescenza.  

Verranno  analizzate  diverse  linee  di  Arabidopsis  thaliana  in  cui  il  gene GUS  o GFP  è  stato  posto  sotto controllo di diversi promotori (e quindi con una diversa distribuzione dell’enzima/proteina fluorescente) e anche popolazioni segreganti per il transgene. 

Verranno discusse le variabili che influenzano la colorazione e come interpretare i risultati 

Modulo di Enzimologia (2 CFU) Lab 15:  Claudio Olivari e M.I. De Michelis 

Dosaggio  dell’attività  β‐Glicuronidasi  in  piante  transgeniche  di  Arabidopsis  thaliana.  L’obiettivo dell’esperienza  è  il  dosaggio  dell’attività  dell’enzima  β‐glucuronidasi  (GUS)  in  tessuti  fogliari  di  piante transgeniche e la determinazione dei suoi parametri cinetici (Km e Vmax). A questo scopo si utilizzano piante di  Arabidopsis  thaliana  transgeniche  per  inserzione  del  gene  GUS  sotto  controllo  del  promotore  35S. Mediante  tecniche  spettrofotometriche  e  fluorimetriche,  utilizzando  un  estratto  enzimatico  grezzo, saranno determinate  la concentrazione di proteine  totali,  la velocità di catalisi e  la  sua dipendenza dalla concentrazione dell’enzima e del substrato fornito. L’attività enzimatica della GUS sarà inoltre misurata sia in  funzione  del  pH    della miscela  di  dosaggio,  sia    in  presenza  di  inibitori  specifici  nella miscela  stessa. Elaborazioni matematiche dei dati ottenuti consentiranno di verificare la coerenza o meno con meccanismi di catalisi noti. 

 Modulo di Fisiologia dell’eccitabilità  (2 CFU) Lab. 12:  Anna Moroni,  Alex Costa       Il lavoro di laboratorio sarà articolato nei seguenti punti: 

1.  tecnica del voltage‐clamp a due elettrodi: teoria, messa a punto e utilizzo dell’apparato sperimentale e preparazione  dei  protocolli  sperimentali  per  programmi  specifici  con modelli  di membrana  cellulare, preparazione e messa a punto di microelettrodi; 

2.  registrazione, modulazione e rappresentazione grafica di una corrente endogena di potassio in oocita di Xenopus laevis con la tecnica del voltage‐clamp a due elettrodi; 

3.  misura e analisi delle correnti del canale di potassio KAT1 espresso in oociti di Xenopus laevis; 

4.  interpretazione e discussione dei dati. 

   

  Percorso  7  Biologia  animale:  struttura  e  funzioni  di  modelli      animali.  

     Docenti: Sugni Michela (Responsabile),  Pasini Maria Enrica          Laboratori didattici: 108, 11, 14         16 studenti          Periodo: dal 31 marzo al 15 maggio  

     Esame propedeutico: Biologia e Sistematica Animale (obbligatorio)  

Il tirocinio propone un percorso multidisciplinare basato su diverse tecniche analitiche e incentrato su diversi aspetti della biologia funzionale degli echinodermi: 

Norme di sicurezza specifiche per le metodiche impiegate.  

Gli echinodermi. 

Il comune riccio di mare Paracentrotus lividus: dissezione di esemplari e fissazione di campioni biologici per le analisi successive.  

La rigenerazione: introduzione teorica e esperienze pratiche con stelle di mare e ofiure. 

Biologia riproduttiva e fecondazione nel riccio di mare.  

Colture cellulari da gonadi di riccio di mare. 

I tessuti mutabili degli echinodermi 

Tecniche istologiche: fissazione, inclusione e microtomia di campioni inclusi in paraffina. 

Tecniche immunocitochimiche: teoria, preparazione e osservazione dei campioni (microscopio a fluorescenza).  

La microscopia elettronica: teoria e osservazione dell’impiego da parte di operatori qualificati di microscopi elettronici a trasmissione e scansione. 

L’acquario marino: lezione teorica e visita presso l’Acquario Civico di Milano  

Questo percorso  è particolarmente consigliato per gli studenti che hanno inserito nel loro piano di studi "Metodologie di citochimica” 

   

  Percorso 8 Tossicologia dello sviluppo: approcci sperimentali su modelli animali diversi. 

         Docenti: Menegola Elena (responsabil), Del Giacco Luca                        Laboratori didattici: 14 e 13               16 studenti                Periodo: dal 3 marzo al 4 aprile               Esame propedeutico:  Biologia dello sviluppo  Durante  questo  modulo  verranno  proposte  attività  sperimentali  nell’ambito  della  tossicologia  dello 

sviluppo. Ci si avvarrà di modelli sperimentali alternativi (l’Anfibio Xenopus laevis e il Pesce Danio rerio) per 

valutare  gli  effetti  tossici  di  inquinanti  ambientali  sullo  sviluppo  e  per  indagare  i  meccanismi 

dismorfogenetici  da  essi  evocati.  Embrioni  di  X.  Laevis  e D.  rerio  verranno  selezionati  dallo  studente  e 

mantenuti  in  adeguati  mezzi  di  crescita  in  presenza  o  meno  delle  sostanze  da  testare.    Lo  sviluppo 

embrionale,  normale  ed  alterato,  verrà  seguito  fino  allo  stadio  di  larva.  Su  embrioni  a  diversi  stadi  di 

sviluppo  si  applicheranno  tecniche  per  lo  studio  della  espressione  e  distribuzione  di  proteine  e mRNA 

specifici: western  blot  ed  immunocolorazione,  RT‐PCR  e  ibridazione  in  situ.  Si  applicheranno metodi  di 

indagine per lo studio dettagliato della morfologia macroscopica e microscopica. 

I risultati ottenuti nei due modelli sperimentali verranno analizzati, comparati e discussi.  

 

Questo percorso  è particolarmente consigliato per gli studenti che hanno inserito nel loro piano di studi "Metodologie di embriologia sperimentale" e che sono particolarmente interessati a temi di Biologia dello Sviluppo animale.   

Percorso 9 La trasformazione cellulare e la crescita tumorale.        Docenti: Minucci Saverio (responsabile), Foiani Marco, Dejana Elisabetta         12 Studenti        Tirocinio svolto presso le postazioni del laboratorio didattico IFOM, presso il Campus IFOM‐IEO        Periodo: aprile ‐maggio        Esame propedeutico: Biologia Molecolare e bioinformatica (obbligatorio)        Obiettivi generali

Gli studenti svolgeranno  attività sperimentale "diretta" presso spazi di laboratorio appositamente allestiti. Tale attività sarà basata sull'introduzione a definiti problemi sperimentali, alla loro contestualizzazione nell'ambito di un progetto specifico, con l'obiettivo principale di avvicinare gli studenti al "pensiero sperimentale", alla corretta impostazione manuale/teorica dell'ideazione sperimentale, ed ad una good laboratory practice.

L'attività sperimentale sarà disegnata in modo di affrontare problemi "di base" mediante l’utilizzo di metodiche di base nell’ambito della biologia molecolare. A questa parte pratica verrà affiancata una parte teorica, che consisterà nella tenuta di un quaderno di laboratorio, e nella preparazione di un journal club selezionando un lavoro attinente alla tematica sperimentale affrontata. 

Il percorso sperimentale avverrà nell'ambito delle specifiche competenze dei gruppi di ricerca coinvolti,  qui brevemente riassunte.  

Alterazioni della cromatina nei tumori: Saverio Minucci 

Le nostre attività di  ricerca hanno  come obiettivo  lo  studio della perdita di  regolazione della  struttura e funzione  della  cromatina  nei  tumori.  In  particolare,  ci  stiamo  concentrando  sulla  funzione  delle  istone deacetilasi  in  cellule  sane  e  cancerose  nella  speranza  di  sfruttare  la  conoscenza  dettagliata  del  loro meccanismo  di  azione  per  migliorare  l'  impiego  di  inibitori  delle  istone  deacetilasi  nella  terapia antitumorale. Il modello da noi scelto e' quello della Leucemia Promielocitica Acuta, per la quale esiste una dettagliata caratterizzazione delle alterazioni epigenetiche che ne causano lo sviluppo. 

Stabilità del genoma e riparo del danno al DNA: Marco Foiani 

Il controllo dell'integrità' dei cromosomi e' un processo di fondamentale importanza per la vita della cellula la  cui  compromissione  porta  all'accumulo  di  mutazioni  e  riarrangiamenti   genomici,  morte  cellulare  e cancro.  Il nostro  laboratorio studia  i meccanismi che mediano  il controllo della stabilità del genoma nelle cellule eucariotiche su tre  linee di ricerca principali:  i)  il controllo della stabilità dei cromosomi durante  la fase  di  replicazione  del  DNA;  ii)  la  risposta  cellulare  al  danno  al  DNA;  iii)  studio  farmacogenomico  di composti antitumorali. 

 Angiogenesi tumorale: Elisabetta Dejana 

La formazione di vasi nel tumore è essenziale per la sua crescita. Noi studiamo l’angiogenesi tumorale, ed in particolare: i) meccanismi alla base della proliferazione vascolare nelle malattie mieloproliferative; ii) meccanismi di regolazione della stabilità dei vasi tumorali; iii) regolazione trascrizionale dello sviluppo del sistema vascolare nell'embrione.   

 

Percorso 10 Immunologia dei tumori      Docente: La Porta Caterina (Responsabile)         Laboratori didattici: 14 e 11         20 studenti         Periodo: dal 7 gennaio al 7  febbraio        Esami propedeutici: Genetica (obbligatorio), Immunologia 

 

Il tirocinio ha l’obiettivo di avvicinare gli studenti alle più moderne tecniche utilizzate per lo studio dei tumori affrontando allo stesso tempo aspetti innovativi emersi nell’ambito della ricerca sui tumori come le cellule staminali tumorali e il ruolo del sistema immunitario. 

Il  corso  sarà quindi  suddiviso  in  due parti:  in  una  prima  parte  si  affronteranno  le  strategie  che  usano  i tumori  per  evadere  il  sistema  immunitario  e  si  utilizzeranno  tecniche  di  immunofluorescenza  per  la visualizzazione di  infiltrati  linfocitari o cellule tumorali mediante marcatori specifici. Mediante tecniche di biologia molecolare  verranno  poi  studiati  specifici  fattori  che  sembrano  svolgere  un  ruolo  chiave  nella progressione  del  tumore  come molecole  di  adesione,  integrine  etc.  Pertanto  su  cellule  trasfettate  con plasmidi GFP opportuni,  si valuterà  la  loro capacità di migrazione utilizzando  la camera di Boyden. Nella seconda  parte  si  discuterà  dell’eterogeneità  dei  tumori  e  di  come  possono  essere  identificate  e  isolate sottopopolazioni tumorali con caratteristiche di aggressività diversa con le ovvie problematiche legate alla scelta  terapeutica  più  opportuna  e  sulla  mancata  risposta  da  parte  del  sistema  immunitario. Sottopopolazioni tumorali verranno portate al citofluorimetro a flusso e si analizzeranno le loro potenzialità di crescita e l’espressione di specifici marcatori mediante RT‐PC. La parte di citometria a flusso verrà svolta presso l’Istituto Neurologico Carlo Besta. 

   

 

Percorso 11 Genetica molecolare e biologia dello  sviluppo applicate alle piante  

     Docenti: Kater Martin (Responsabile), Pesaresi Paolo, Masiero Simona         Laboratori didattici: 13 e 14          16 studenti         Periodo: dal 10 marzo al 11 aprile        Esami propedeutici:  Biologia molecolare e bioinformatica (obbligatorio), biologia dello sviluppo   Arabidopis thaliana è il sistema modello più utilizzato nei laboratori di biologia vegetale per studiare le basi molecolari dello sviluppo, della  fisiologia e della riproduzione delle piante.  In questo tirocinio gli studenti impareranno a  lavorare  con questo organismo e acquisiranno  le principali metodiche per  lo  studio della funzione di geni coinvolti nello sviluppo. 

1.  Individuazione  di  alleli  mutati  per  inserzione  di  T‐DNA  in  popolazioni  segreganti  e  analisi dell’espressione genica 

In questa fase gli studenti acquisiranno esperienza: Con l’estrazione di acidi nucleici, DNA e RNA Con la generazione di oligonucleotidi specifici per l’amplificazione di alleli selvatici e mutati e con la tecnica della PCR Con l’esecuzione di RT‐PCR e qRT‐PCR e frazionamento degli amplificati su gel di agarosio  2. Analisi morfologiche delle piante selvatiche e mutate per identificare la presenza di malformazioni  Le piante mutate dapprima saranno osservate con l’ausilio di stero‐microscopi per una prima descrizione. In seguito gli studenti acquisiranno familiarità con alcune tecniche di microscopia ottica utili per condurre dettagliate analisi dei fenotipi. Gli  studenti  utilizzeranno  la  tecnica  del  Contrasto  d’Interferenza  Differenziale  (DIC)  in  luce  trasmessa, inoltre saranno introdotti all’impiego dei più comuni fissativi utilizzati per le osservazioni microscopiche  in campo chiaro e a fluorescenza.  Eseguiranno anche delle colorazioni istologiche per meglio evidenziare i difetti delle piante mutate. Il profilo d’espressione  spazio‐temporale di un gene d’interesse verrà  inoltre analizzato mediante  saggio GUS