La gran Barrera de Coral es un hábitat para gran cantidad de especies, es posible encontrar una gran cantidad de peces que se estima en 1500 distintas especies y más de 4000 especies de moluscos. Además de unas 400 especies de coral. Especies en peligro de extinción, también es posible encontrar en la barrera, especies como dugongo y la gran tortuga verde.

El dugongo (Dugong dugon) es el sirenio actual de tamaño más pequeño

La tortuga verde(Chelonia mydas) es una gran tortuga marina

Peces, tiburones y rayas

Incluye peces de arrecife de coral, peces pelágicos, tiburones de agua caliente, mantas y rayas

Australian bass (Macquaria novemaculeata)

Barcoo grunter (Scortum barcoo)

Bloomfield river cod (Guyu wujalwujalensis)

Barramundi (Lates calcarifer)

Freshwater catfish (eel-tailed catfish) (Tandanus tandanus)

Freshwater sawfish (Pristis microdon)

Golden perch (yellowbelly) (Macquaria ambigua)

Jungle perch (Kuhlia rupestris)

Khaki grunter (Hephaestus tulliensis)

Longfin eel (Anguilla reinhardtii)

Lungfish(Neoceratodus forsteri)

Mangrove jack (Lutjanus argentimaculatus)

Mary River cod(Maccullochella peelii mariensis)

Murray cod (Maccullochella peelii peelii)

Northern saratoga (Scleropages jardinii)

Pacific shortfin eel (Anguilla obscura)

Rainbow fish (Melanotaenia spp.)

Redclaw (Cherax quadricarinatus)

River blackfish (Gadopsis marmoratus)

Silver perch (Bidyanus bidyanus)

Sleepy cod (Oxyeleotris lineolatus)

Snubnose garfish (Arrhamphus sclerolepis)

Sooty grunter (Hephaestus fuliginosus)

Southern saratoga (Scleropages leichardti)

Southern shortfin eel (Anguilla australis)

Spiny crayfish (Euastacus spp.)

Spotted flagtail (Kulia marginate)

Welch's grunter (Bidyanus welchi)

Yabby (Cherax destructor)

Mamíferos

Incluye los dugongos, ballenas, delfines.

Aves

Incluye una gran variedad de aves comunes a los cayos de coral, la costa y las aguas oceánicas.

Reptiles y anfibios

Principalmente las tortugas marinas y serpientes marinas.

Ascidias y otros cordados inferiores

Equinodermos

Incluye las estrellas de mar o estrellas de mar, estrellas de plumas, estrellas brittles, erizos de mar, pepinos de mar o mer

Moluscos

Incluir los caracoles de mar, babosas de mar, nudibranquios, almejas, pulpo, calamar, jibia.

Crustáceos

Incluye los cangrejos, camarones, gambas, percebes, langostas.

Celentéreos, que no sean de coral

Incluye zooanthids, hidroides, anémonas, medusas, corales látigo, corales abanico o gorgonias.

Celenterados

Incluye corales blandos.

Celenterados

Incluye todos los corales duros o escleractinios.

Las esponjas marinas

Gusanos

Incluye una variedad de gusanos marinos, tales como gusanos planos, gusanos de tubo, poliquetos, poliquetos y otros animales como los gusanos.

Organismos microscópicos

Incluye foraminíferos, zooplancton, fitoplancton y jaleas combe.

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