mgr inż. Karolina Makiełamgr inż. Karolina Makieła

dr hab. Piotr Jonczykdr hab. Piotr Jonczyk

Krajowa Sieć Informacji o Krajowa Sieć Informacji o Bioróżnorodności Bioróżnorodności

spotkanie sprawozdawczespotkanie sprawozdawczeWarszawa 15.XII.2007Warszawa 15.XII.2007

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWCENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW „ColIBB” „ColIBB”

INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN

Pawińskiego 5A, 02-106 WarszawaPawińskiego 5A, 02-106 Warszawa

http://kolekcja.ibb.waw.pl/

•2000 r

•Zbiór unikalnych szczepów skonstruowanych przez pracowników i studentów IBB

•Źródło informacji

KSIB - ColIBB

Zakup materiałów niezbędnych do deponowania i przechowywania szczepów bakteryjnych i drożdżowych: raków, pudełek i fiolek kriogenicznych, także sprzętu komputerowego, zasilacza UPS

Informatyk, opiekun kolekcji

6200

6400

6600

6800

7000

7200

7400

7600

7800

2005 2006 2007

liczbarekordów

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWIBB PAN „ColIBB”

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH2605 REKORDY (311 w przygotowaniu)

KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH 3422 REKORDY(178 w przygotowaniu)

KOLEKCJA PLAZMIDÓW1624 REKORDY(495 w przygotowaniu)

KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW

IZOLATY ŚRODOWISKOWE(300 rekordów w przygotowaniu)

CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓWIBB PAN „ColIBB”

Euroscarf

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH

replikacja DNA metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy segregacja chromosomów w bakteriach G+ G-

segregacja plazmidów

ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW I MAPOWANIA MUTACJI

kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach na chromosomie

KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH

SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW FARMACEUTYCZNYCHFARMACEUTYCZNYCH Lactobacillus rhamnosusLactobacillus rhamnosus , , Streptococcus equisimilisStreptococcus equisimilis

ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCHZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH

LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus

ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7, LambdaLambda

Bacillus subtilis ok.100

Bifidobacterium longum Enterococcus faecalis

Escherichia coli ok.1000

Lactobacillus sp.Lactobacillus casei Lactobacillus paracaseiLactobacillus plantarumLactobacillus rhamnosus

Lactococcus cremoris Lactococcus garvieae Lactococcus hordniae Lactococcus lactis ok.1000 Lactococcus raffinolactis Salmonella typhimurium

Staphylococcus aureus

Streptococcus agalactiae Streptococcus bovisStreptococcus equisimilisStreptococcus thermophilus

KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych transport wewnątrzkomórkowy regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA) translacja mitochondrialna inne

KOLEKCJA PLAZMIDÓW

PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH replikacja DNA naprawa DNA segregacja plazmidów transport wewnątrzkomórkowy segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa)

PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW BAKTERIOFAGÓW P1 I P7

PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCHO SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI

WEKTORY LINIOWE WEKTORY EKSPRESYJNE

KOLEKCJA IZOLATÓW

ŚRODOWISKOWYCH

Izolaty z terenów skażonych z okolic kopalni: Złoty StokZłoty Stok, Szklary, Olkusz

Grupa bakterii opornych na wysokie stężenia Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda, skały, osady) – tworzą maty i biofilmy

Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty Stok

Konieczność dokumentacji fotograficznej

KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW

Unikalna kolekcja bakteriofagów bakterii mlekowych, enterobakterii i gronkowców

Badania nad genomiką i biologią fagów umożliwią wykorzystanie ich potencjału bakteriotoksycznego i przemysłowego

Wymagająca nowych rozwiązań deponowania i przechowywania

W PLANACH Przebudowa bazy danych usprawniająca

wprowadzanie i wyszukiwanie danych Współtworzenie sieci informacji o

referencyjnych szczepach bakteriofagowych oraz bakteriofagach

Rozbudowa bazy danych dotyczących Bakteriofagów (współpraca z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów) oraz Izolatów Środowiskowych

Zakup niezbędnych materiałów do deponowania bakteriofagów oraz liofilizacji i dokumentacji fotograficznej izolatów środowiskowych

Dostosowanie formatu bazy danych ColIBB do standardów międzynarodowych

Dziękuję za uwagę