Upload
voanh
View
227
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
Mitochondrie
Peroxisómy
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Mitochondrie
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Krátká historie objevu mitochondrií
Jako granulární struktury pozorovány v buňkách od poloviny 19. století
1886, Richard Altmann: popsal pozorování bioblastů a navrhl hypotézu, že se jedná
o místo buněčné oxidace
1888, Albert von Kölliker: první jasná izolace a popis mitochondrií z hmyzího
létacího svalu, popis membránového obalu
1898, Carl Benda: jméno mitochondrion – mitochondrie (do posud mitochondrie
pojmenovávaly různě: sarcosomes, bioblasts, chondrioconts.)
1898, Michaelis: oxidoredukční změny v mitochondriích
1949, Eugene Kennedy a Albert Lehninger: důkaz že mitochondrie jsou místem
oxidačního energetického metabolismu
Rozvoj fluorescenční mikroskopie: pozorování dynamiky mitochondrií v buňkách
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Ultrastruktura mitochondrií
Endosymbióza (před cca 1,5 miliardou let)
Předchůdce dnešních alfaproteobakterií, snad Rickettsií
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Seminars in Cell & Developmental Biology 21 (2010) 550–557
Mezofyl Arabidopsis tthaliana: mitochondrie,
plastidy.
Kultivované buňky tabáku: ER, mitochondrie.
Epidermis Arabidopsis
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Živočišná buňka
Buňka kvasinky
EMBO reports 2002 3(6):527-531
Tvar mitochondrií
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Pohyb mitochondrií v rostlinné buňce
Plastické organely
Dochází k neustálému dělení, fúzím a větvení mitochondrií:
Hypotéza nespojitého celku (Logan 2006)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Dynamika mitochondrií
PNAS 2004 101(20):7805–7808
Mitochondrial fusion in onion bulb epidermal cells.
Arimura S et al. PNAS 2004;101:7805-7808
©2004 by National Academy of Sciences
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Plant Physiology, 2008 148: 1380–1393,
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UKPlant Physiology, 2008 148: 1380–1393,
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Funkce mitochondrií
Hlavní funkce mitochondrií:
Aerobní respirace
Podílí se na fotorespiraci
Produkce sacharidových stavebních kamenů pro další biosyntézy
Mitochondriální kompartmenty:
Vnější membrána
Vnitřní membrána
(Membrána krist)
Mezimembránový prostor
(Vnitřní prostor krist)
Matrix
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Journal of Experimental Botany, Vol. 57, No. 6, pp. 1225–1243, 2006
Biochimica et Biophysica Acta 1864 (2017) 737–746
Cristae junctions jsou organizovány
proteinovým komplexem MICOS
MICOS (mitochondrial contact site
and cristae organizing system)
zajišťují tvorbu cristae junctions.
Jedná se o proteinový komplex
sestávající z velké části z
membránových proteinů. MICOS se
nachází v membráně cristae
junctions.
MICOS mají i další důležité funkce
(zřejmě jde o centrální strukturu
regulující funkce membrán
mitochondrie):
- Import proteinů do mitochondrie
- Kontrola transportu lipidů do
mitochondriální membrány
- Fúze mitochondrií
- Organizace genomu mitochondrie
- Organizace respiračního řetězce
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Vnější membrána mitochondrií:
-Propustná pro roztoky a molekuly menší než 10 kDa
-Poriny (propustnost pro metabolity, ne však pro proteiny)
-Translokázy (transport proteinů)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Mezimembránový prostor:
-Není v kontaktu s matrix
-Propojen s vnitřním prostorem krist úzkými kanály
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Vnitřní membrána mitochondrií:
-Nepropustná
-Četné přenašeče
-Kardiolipin
-Velmi zvrásněná – tvorba krist
-Molekuly elektrontransportního řetězce (oxidativní fosforylace)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Matrix:
-DNA a ribozómy
-Enzymy citrátového cyklu
-Glycin dekarboxyláza
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Aerobní respirace: hlavní funkce mitochondrií
Aerobní respirace: sled metabolických reakcí, ve kterém jsou
oxidovány organické látky na CO2 a H2O, a uvolněná energie
je uskladněna jako ATP. Hlavní produkty respirace jsou tedy:
CO2, H20 a ATP.
3 fáze aerobní respirace:
1. Glykolýza
2. Citrátový (Krebsův) cyklus
3. Oxidativní fosforylace
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
1. Glykolýza
- Probíhá v cytosolu
- Zahrnuje enzymy, oxidující cukry na organické kyseliny,
především pyruvát
- Organické kyseliny jsou transportovány do matrix mitochondrií
(škrob a sacharóza jsou
primárním zdrojem u
rostlin)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
2. Citrátový cyklus (CC)/cyklus kyseliny citrónové/Krebsův cyklus
- Probíhá v matrix mitochondrie
- Do CC vstupuje pyruvát, metabolizovány mohou být ale také
aminokyseliny či mastné kyseliny
- Cílem CC je kompletně oxidovat pyruvát na CO2 za redukce NAD+
a FAD (tedy vzniku NADH a FADH2) a vzniku ATP
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)
- Probíhá na vnitřní membráně mitochondrií
- Redukované NADH a FADH2 jsou oxidovány složkami řetězce (typicky složený
z proteinového komplexu I-IV)
- Konečným akceptorem elektronů je molekula kyslíku za vzniku vody
- Volná energie, uvolněná při oxidaci, je využívána na tvorbu
elektrochemického gradientu na vnitřní membráně (H+ ionty se hromadí
v mezimembránovém prostoru).
- Gradient využívá ATP syntáza na tvorbu ATP (translokace protonů po
koncentračním spádu)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)- série prostorově oddělených redoxních reakcí, kde je elektron předáván z
donoru na akceptor tak, že postupně uvolňovaná energie je využita na
transport H+ iontů do mezimembránového prostoru.
- Hlavním cílem je vznik elektrochemického gradientu….
… který využívá ATP syntáza pro syntézu ATP
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)
- Rostlinné alternativní NAD(P)H dehydrogenázy
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
3. Oxidativní fosforylace (elektrontransportní řetězec)
Alternativní oxidáza:
- přenáší elektrony z ubichinolu na O2 za tvorby H2O (obchází -
cytochrom c oxidázu (komplex IV)
- neprodukuje energii využitelnou pro syntézu ATP
- funkce ve vyrovnávání uhlíkového metabolismu a elektronového
transportu; termogeneze
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Membrána krist je místem oxidativní fosforylace, zatímco vnitřní
membrána, jež je v kontaktu s vnější membránou, obsahuje
četné přenašeče.
FEBS Letters 546 (2003) 355-358
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Vliv metabolické aktivity na morfologii mitochondrií
Ortodoxní stav
(zvětšený prostor matrix a málo krist;
mitochondrie respiračně málo aktivní)
Kondenzovaný stav
(zvětšený prostor krist; mitochondrie
respiračně aktivní)Journal of Experimental Botany, Vol. 57, No. 6, pp. 1225–1243, 2006
Mitochondrie embrya kukuřice:
24h po klíčení 48h po klíčení
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Transport proteinů do mitochondrií
DNA rostlinných mitochondrií kóduje 3-67 proteinů
Odhadem 1000 proteinů musí být transportováno z cytoplazmy. Transport
proteinů do mitochondrie se podobá transportu proteinů do plastidů, ale využívá jiné presekvence a
jiný importní aparát!
Transportované proteiny obsahují signální presekvenci. (Transport do
matrix – nutné dvě presekvence).
Transport v nesbaleném nebo velmi volně sbaleném stavu.
Translokázy: proteinové komplexy zajišťující transport skrze mitochondriální
membránu:
TOM komplex (Translocase of the Outer Membrane)
TIM komplex (Translocase of the Inner Membrane)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Transport proteinů do mitochondrií
-TOM komplex
Živočichové
a houby
Rostliny
a řasy
Tom40:
transmembránový
kanál
Tom70 a Tom20
(mtOM64 a
Tom20 rostlin):
receptory pro
rozpoznání
presekvence
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Cell. Mol. Life Sci. 66 (2009) 1903 – 1923
Transport proteinů do mitochondrií
-SAM komplex (Sorting and Assembly Machinery) pro
membránové proteiny vnější membrány
TOM komplex
SAM komplex
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Cell. Mol. Life Sci. 66 (2009) 1903 – 1923
Transport proteinů do mitochondrií
-TIM komplexy:
TIM22: transport do vnitřní membrány; funkce závislá na
existenci transmembránového potenciálu.
TIM23: translokace proteinů do matrix a některých proteinů do
vnitřní membrány. TOM komplex
TOM komplex
TIM23 komplexTIM22 komplex
Transport proteinů do mitochondrií (přehled komplexů):
TOM: transport přes vnější membránu
Následné transporty:
SAM: transport membránových proteinů do vnější membrány
TIM22: transport membránových proteinů do vnitřní membrány
TIM23: transport proteinů do matrix
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Genom rostlinných mitochondrií
Mitochondriální genom: Velikost:
Buněk živočichů 14-42 kb
Buněk hub 18-176 kb
Buněk rostlin 200 (Brassica) -2400 kb (meloun)
či 10 000 kb (silenka)
Plastidový genom 120-200 kb
Proteiny kódované mitochondriálním genomem:
Živočichové cca 13 proteinů + komponenty pro translaci
genom vysoce kompaktní
Rostliny 57 známých proteinů + další předpokládané
ORF; vysoká akumulace nekódujících
sekvencí(geny pro: tRNA; rRNA pro malou a velkou ribozomání podjednotku; proteiny energetického metabolismu; několik
ribozomálních proteinů; proteiny neznámé funkce)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Genom rostlinných mitochondrií – subgenomické útvary
Trends in Plant Science 1997 2(12):477
Struktura genomu mitochondrií vyšších rostlin: genom existuje jako soubor menších
cirkulárních DNA o různých velikostech (subgenomické cirkulární DNA) a detekovány byly i
jiné formy (lineární či větvená molekula DNA, sigma struktury atd.).
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
New Phytologist (2010) 186: 299–317
Hnací motor diverzity mitochondriálního genomu rostlin je zřejmě vysoké
množství repetitivních sekvencí a intenzivní rekombinační aktivita
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Invertované
repetitivní
sekvence:
Změna pořadí
genů na
chromozomu
Přímé repetitivní
Sekvence:
generování
subgenomických
útvarů
http://6e.plantphys.net/topic12.06.html
Hnací motor diverzity mitochondriálního genomu rostlin je zřejmě vysoké
množství repetitivních sekvencí a intenzivní rekombinační aktivita
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Dělení mitochondrií
Mitochondrie nevznikají de novo, ale pouze dělením.
FtsZ (Filamentous temperature-sensitive line Z) protein se podílí na
dělení téměř všech prokaryot
Dělení plastidů: pomocí PD prstence (obsahuje FtsZ protein)
Dělení mitochondrií: pomocí MD prstence
Hlavní prokaryotní komponenty dělícího aparátu (FtsZ) se v
mitochondriích vyšších eukaryot nedochovaly
(geny nenalezeny v Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabiditis elegans ani
Arabidopsis).
→ Nahrazeny byly eukaryotními proteiny – dynaminy v MD prstenci
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Dělení mitochondrií
Mitochondrie nevznikají de novo, ale pouze dělením.
FtsZ (Filamentous temperature-sensitive line Z) protein se podílí na
dělení téměř všech prokaryot
Dělení plastidů: pomocí PD prstence (obsahuje FtsZ protein)
Dělení mitochondrií: pomocí MD prstence
Hlavní prokaryotní komponenty dělícího aparátu (FtsZ) se v
mitochondriích vyšších eukaryot nedochovaly
(geny nenalezeny v Saccharomyces cerevisiae, Caenorhabiditis elegans ani
Arabidopsis).
→ Nahrazeny byly eukaryotními proteiny – dynaminy v MD prstenci
WT mitochondrie
(Arabidopsis, pokožková
buňka)
Mitochondrie v buňkách
Arabidopsis nesoucích
mutaci dynaminu ADL2b,
který se podílí na dělení
mitochondrií.
Arimura and Tsutsumi 2002, PNAS 8:5729
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Dělení mitochondrií
- Evoluční spojky
a-proteobakteriální FtsZ byl však nalezen u některých nižších eukaryotů
jako je řasa Mallomonas splendens, primitivní červená řasa
Cyanidioschyzon merolae, nebo u Dictyostelium discoideum
Geny pro FtsZ přesídlily do eukaryotického jádra.
TRENDS in Plant Science Vol.8 No.9 September 2003
Dělící aparát mitochondrií řasy Cyanidioschyzon:
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Peroxisómy
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Peroxisómy
(též microbodies)
-Zpravidla sférické organely o průměru 0,2-1,7 mm
-Obalené jednou membránou
-Někdy tubulární propojení
-Nalezeny ve všech eukaryotických buňkách
-Rostlinné peroxisómy obsahují specifické složení enzymů:
-oxidoreduktázy
-katalázy
-enzymy b-oxidace mastných kyselin (u rostlin
výhradně v peroxisómech!)
-enzymy pro biosyntézu některých fytohormonů a
metabolismus dusíku
Peroxisómy
(též microbodies)
Vznik peroxizómů:
- de novo z ER
- replikací díky růstu a dělení
jednotlivých organel
Zánik peroxizómů:
autofágií (vakuola; též nazýváno
pexofágie)
Peroxisomální proteiny jsou
kódovány jádrem a do
peroxisómu jsou transportovány
specifickým transportním
systémem za využití signální
sekvence proteinu.
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
PeroxisómyMB: peroxisóm
(z názvu
microbody);
CY: kataláza;
C: chloroplast;
L: vakuola
Pohyb peroxizómů je
zajištěn pomocí
aktinového
cytoskeletu
(pokožkové buňky
Arabidopsis)
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Typy rostlinných peroxisómů:
Peroxisómy listových buněk (role ve fotorespiraci)
Glyoxysómy (semena bohatá na MK jako zásobní
látky, mobilizovány b-oxidací MK v peroxisómech); typ
peroxisómů
Peroxisómy ve specializovaných buňkách kořenů
bobovitých rostlin (role ve fixaci N2).
Peroxisómy
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Role peroxisómů ve fotorespiraci
Fotorespirace je výsledkem vlastností centrálního
fotosyntetického enzymu enzymu Rubisco v chloroplastech:
Karboxylázová x oxygenázová aktivita enzymu Rubisco
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Glykolátový cyklus - fotorespirace
Fotorespirace:
Regenerace
cca 75%
uhlíku,
ztraceného
oxygenázovou
aktivitou
Rubisca.
Rostlinná cytologie, Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
MB: peroxisóm
CY: kataláza
M: mitochondrie
G: granum
CR: plastidové
ribozómy
F: stromatální
thylakoidy
I: vnitřní
membrána
plastidu
Glykolátový cyklus - fotorespirace