7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

1/21

REPLIKASI DAN

POLYMERASE CHAIN REACTION(PCR)

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

2/21

Central Dogma of Molecular Biology

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

3/21

Replikasi

Replikasi adalah penggandaan DNA

Sintesis 2 molekul DNA dari 1molekul DNA

Konsep pasangan basa

Arah 5 ke 3 pada untai yang

disintesis Dikatalisis oleh DNA polimerase

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

4/21

Mulai pada origin of replication (ori) Protein DnaA mengenali pertama kali

Protein pengikat DNA untai tunggal Helikase (pembuka untai) Girase (merelakskan super kumparan) Primase (RNA polimerase) DNA polimerase DNA ligase (menyambungkan fragmen

Okazaki)

Komponen komponen Replikasi DNA

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

5/21

REPLIKASI DNA

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

6/21

Gap filling & DNA repairPol-

Replikasi pada mitokondriaPol-

Replikasi leading strandPol-

Gap filling & DNA repairPol-

Replikasi lagging strandPol-

Eukariot

ReplikasiPol III

Gap filling & DNA repairPol II

Gap filling & DNA repairPol I

FungsiProkariot

DNA POLIMERASE

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

7/21

PCR :

Polymerase Chain Reaction(Karry Mulis, 1985)

Perbanyakan DNAin vitro, hanya ditabung reaksi,tidak di dalam sel

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

8/21

Dasar : Struktur DNA

* Ikatan kovalen antara satu nucleosida dan yang lain

*Ikatan hidrogen antara kedua buah strand

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

9/21

PCR

Perbanyakan karena adanya pembentukancopy DNA

Komponen yang diperlukan:

* cetakan DNA

* oligonukleotida pendek (primer)

* DNA polimerase & buffer

* dNTP (dATP, dTTP, dCTP dan dGTP)

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

10/21

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

11/21

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

12/21

Typical PCR Cycles

94 oC

55 oC

72 oC

Cycle 1 Cycle 2 Cycle 3

T

Time (seconds)

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

13/21

PERBANYAKAN DNA:

EKSPONENSIAL

2

4

8

16

220

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

14/21

PCR?

* DNA Polymerase :

enzim termostabil :Taq Polymerase(Thermus aquaticus)

* Tidak perlu penambahan enzim di setiap siklusnya

* Enzym tetap bekerja setelah proses denaturasi

(94oC)Dalam 1mesin saja

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

15/21

Tahap PCR

* siapkan PCR di dalam tabungreaksi: template DNA, primers, TaqDNA polymerase, dNTP

* reaksi PCRdalam mesin

* perancangan primer

0.5 kb

deteksi

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

16/21

PCR

GEN TARGETP1

P2

PRODUK PCR: 490 pb

TARGET HARUS SPESIFIK PATOGEN

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

17/21

PCR

product

DETEKSI PRODUK PCR

1400 pb

500 pb

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

18/21

DETEKSIMYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

FRAGMEN TARGET IS6110, BERSALINAN TINGGI

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

19/21

DETEKSICHLAMYDIA TRACHOMATIS

Keterangan :

1. Standar Marker DNA ( 1,0 ; 0,75; 0,5 ; 0,3 ; 0,15 ; 0,05 KB)

2. Kontrol Negatif Chlamydiatrachomatis

3. Kontrol Positif Chlamydiatrachomatis (0,281 KB)

4. Pasien Positif dari Bahan UsapVagina

5. Pasien Positif dari Bahan Darah

6. Pasien Positif dari Bahan Usap

MataLaboratorium Klinik Utama PRAMITA

Cabang Bandung

GEN MAJOR OUTER MEMBRANE PROTEIN = MOMP

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

20/21

DETEKSIMYCOPLASMA PNEUMONIAE

FRAGMEN DNA SPESIFIK M. pneumoniae

7/26/2019 REPLIKASI DAN PCR.pdf

21/21

DETEKSIVIRUS HEPATITIS B

GEN PENGKODE HBsAg