Sécurité des Aliments et Microbiologie UMR 1014 ... ?· Sécurité des Aliments et Microbiologie Présentation…

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    14-Sep-2018

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  • Unit mixte de recherche

    UMR 1014

    SECALIM

    Scurit des Aliments et Microbiologie

    Prsentation de lunit

    La mission de SECALIM est de produire et diffuser des connaissances et des mthodes scientifiques dans le domaine de la scurit microbiologique des aliments pour rpondre aux demandes socitales de sant publique et de matrise des pertes alimentaires. Ses actions de recherche visent caractriser et matriser le risque microbien (sanitaire et altration) dans les produits carns et produits de la mer. Des mthodes molculaires, de microbiologie classique et de microbiologie prvisionnelle sont utilises pour comprendre, quantifier et modliser le comportement des microorganismes au cours de la transformation des aliments, lchelle de lcosystme microbien ou lchelle despces modles cibles, notamment Campylobacter et Brochothrix thermosphacta. Une meilleure valuation du risque microbiologique permet dapporter des solutions expertes et innovantes et dassurer la scurit microbiologique des aliments.

    Comment les environnements alimentaires de la bactrie, rencontrs au long de la chane de production, influencent

    lcologie et les risques microbiens

    INRA Pays de la LoireSite de la Chantrerie, Groupe 5Oniris, Atlanpole / CS 40706F - 44307 Nantes Cedex 3

    ContactTl. : +33 (0)2 40 68 76 81contact-secalim@oniris-nantes.frwww.angers-nantes.inra.fr/secalim

    DirectionMarie-France Pilet, directrice

    Quelques chiffres19 agents permanents dont 7 titulaires INRA, 12 Oniris10 HDR11 chercheurs et enseignants-chercheurs 6 ingnieurs dtudes et techniciens 2 administratifs8 doctorants et post-doctorants

  • Thmatique de recherche

    Rponses aux modifications abiotiques (atmosphre protectrice, Hautes pressions)

    Rponses aux modifications biotiques (Bioprservation)Deux bactries modles : Brochothrix thermosphacta et

    Campylobacter jejuni

    Faits marquants 2016Couverture dune thmatique de recherche sur Campylobacter dans la srie Frontiers Odile Tresse.Une thmatique de recherche a t propose aux journaux internationaux de la srie Frontiers sur Campylobacter About the foodborne pathogen Campylobacter. Cette action ditoriale a t mene conjointement par Odile Tresse (Secalim, Inra, France), Avelino Alvarez-Ordez (Univer-sidad de Len, Espagne) et Ian F. Connerton (University of Nottingham, Nottingham, UK).Campylobacter reprsente la premire cause de zoonose dans lUnion Europenne. En 2017, la rglementation de la commission Europenne a pour la premire fois statu spcifiquement sur la contamination Cam-pylobacter des produits alimentaires provenant de carcasses de poulet de chair en imposant un critre dhygine dun maximum de 1000 cfu/g. 19 articles ont t publis sur des tudes originales propos des deux espces les plus pathognes, C. jejuni et C. coli. Ils seront rassembls dans un ouvrage lectronique disponible en open access afin de mieux com-prendre et matriser ce pathogne dans lagrofourniture et les chanes de transformations/conservations des aliments issus de la volaille. Participation de SECALIM lorganisation du congrs CHRO2017- Marie-France Pilet.Une participation de lunit dans (i) les comits scientifique et dorgani-sation de la confrence internationale sur Campylobacter, Helicobacter et bactries apparentes qui sest tenue Nantes ; (ii) confrence introductive par O. Tresse sur les stratgies dadaptation de Campylobacter son envi-ronnement ; (iii) communications orales dA. Gurin, sur le complexome de C. jejuni, et J.-M. Cappelier, sur le TNF et linternalisation de C. jejuni, et (iv) trois posters sur linfluence des stress, notamment du stress oxydant, sur la survie et la structure des biofilms de C. jejuni.

    Evnements de communication destination des professionnels de la filire viande, et des services officiels de contrle.

    - Direction Gnrale de lAlimentation (DGAL) et agents des services de contrle en abattoir, les 1-2 juin 2016.

    - Journe Rencontre chercheursentreprises consacre la Filire par Cap Aliment, le 9 juin 2016.

    - Journe SteaKexpert 2016 organise par Terrena les 22-23 juin 2016- Matine Clean label et naturalit : quels enjeux pour vos produits ? organise par Cap Aliment et Valorial le 15 nov 2016.

    - Formation aux mthodes douces de conservation incluant la bioprser-vation organise par Cap Aliment* en octobre 2016.

    Portage du projet ANR REDLOSSES rduire les pertes alimentaires par la prdiction de laltration - Monique Zagorec et Sandrine GuillouCe projet implique 10 partenaires dans les domaines de lcologie micro-bienne, la bio-informatique, la modlisation, la microbiologie des ali- ments, et lconomie, avec notamment deux autres units Inra (MICA-LIS et MaIAGE), trois centres techniques, ainsi que deux partenaires industriels des filires porc et volaille. Lobjectif du projet est de rduire les pertes pour les viandes les plus consommes en France (volaille et porc) en tablissant un lien quantitatif entre la dynamique des commu-nauts bactriennes tout au long du procd de production, les facteurs de process (atmosphre de conditionnement, lactate, etc.) et lapparition de phnomnes daltration. Les donnes permettront didentifier des mar-queurs pertinents de laltration et de construire des modles mathma-tiques innovants pour prdire laltration et ainsi proposer aux industriels des outils daide la dcision pour limiter laltration des produits et donc diminuer les pertes.

    Thses et post-doctorats en coursDoctorants :Evaluationquantitativedesrisquesetbnficesdesantlislaprpa-

    ration et consommation de viande de buf. Approche mthodologique (co-encadrement UMR TOXALIM) - Juliana De Oliveira Mota.

    EvaluationdelacapacitdesurviedeCampylobacterjejuniparlutilisation de gnes biomarqueurs de stress - Benjamin Duqu.

    Caractrisationdescommunautsbactriennesetdesgnesdersistanceaux antibiotiques dans le poisson dlevage - Application la matrise des contaminations microbiennes, environnementales, dans la filire de pro- duction de saumon fum (co-encadrement UMR BIOEPAR et Anses Fougres) - Nicolas Helsens.

    Caractrisationdesgnesimpliqusdanslexpressiondupotentieldalt-ration des aliments chez Brochothrix thermosphacta - Nassima Illikoud.

    Acquisitiondedonnesbiologiquesetdveloppementdemodlesstatis-tiques en vue de quantifier le risque daltration de la viande (co-enca- drement LUBEM, UBO) - Ngoc-Du Luong.

    Caractrisationdumicrobioteenvironnementaldelusineagro-alimen-taire (co-encadrement Biofortis Nantes) - Aurlien Maillet.

    Amliorationdelaqualitetdelascuritdesproduitsdelamerparlatechnologie des barrires, incluant la bioprservation. Impact sur les co- systmes microbiens (co-encadrement EM3B Ifremer)- Norman Wiernasz.

    Post-doctorants :ProtinesmembranairesducomplexomedeCampylobacter jejuni (projet

    COMPCAMP financ par le RFI Food For Tomorrow) - Alize Gurin.

    PartenariatNational:AnsesPloufragan,UMR-Cnrs6270Rouen,UMR6026Rennes,

    UMR-INRA 1319 Micalis Jouy-en-Josas, UMR-INRA1331 Toxalim Tou-louse, Unit BRM (Biotechnologies et Ressources Marines) - laboratoire EM3B Ifremer Nantes, LuBEM Quimper, ADRIA-Dveloppement Quimper.

    International:ITQBLisbonne(Portugal),VSCHTPrague(RpubliqueTchque), Universit dOttawa (Canada), Universit de Virginie Charlot- teVille (Etats-Unis), Universit de Gand (Belgique), Universit dHelsinki (Finlande), University College of Dublin (Irlande).

    Formation - ExpertiseMissionsdexpertiselANSES,laDGAL,ILSIEurope.MembreduRFIFoodForTomorrowetco-animateurdelaxe3Scu-rit Sanitaire des Chanes de Production - Transformation Co-direction de lcole doctorale EGAAL (Ecole Doctorale Ecologie,

    Gosciences, Agronomie Alimentation) de lUniversit Bretagne LoireFormationparlarecherchedanslecadredeparcoursdemastersdelUniversit Nantes : master NSA (Nutritionet Science des Aliments) et master international, totalement anglophone,

    IDEFI MAN-IMAL (ANR 11-0003).PartenairedunIntensiveProgrammeErasmus+surlethmePre-dictive Modelling and Risk Assessment .CatherineMagras,porteurduProgrammeMAN-IMAL,lauratdesInitiatives DExcellence en Formations Innovantes(IDEFI) du GrandEmprunt. Ce programme, pionnier franais de formation, est bas surle concept One world, One health port par lOMS, la FAO et lOIE.

    SECALIM - Oniris, Atlanpole - CS 40706 - F - 44307 Nantes Cedex 3Tl. : +33 (0)2 40 68 76 81 - Contact : contact-secalim@oniris-nantes.fr - Info : www.angers-nantes.inra.fr/secalim

    Serv

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    INRA

    - Ja

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    18

    Dispositifs dexprimentationLUMR SECALIM est dsormais runie dans de nouveaux locaux sur le site de la Chantrerie Oniris. Lunit dispose dun laboratoire de classe L2 et dun laboratoire de biologie molculaire, de dispositifs pour la culture microbienne contrle (bioracteurs et stations de travail atmosphres contrles) et la culture cellulaire. Des travaux damnagement sont pr- vus en 2017 pour la ralisation de challenge-tests sur aliment dans des conditions semi-industrielles et de confinement L2.

    Biodiversit des cosystmes microbiensDynamique des communauts microbiennesMcanismes des interactions bactriennes

    Modlisation de la croissance, la survie, ladaptation bactrienne

    Apprciation des risques micro-biologiques encourus par le consommateur

    Approches risques - bnfices

    MESURER & INTERPRETER

    les Rponses Microbiennes

    CARACTERISER & CONTROLER

    les Communauts Microbiennes

    EVALUER & REDUIRE

    le Risque pour le Consommateur

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