31
Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A. 15-22 Octubre 2006 Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES www.gbif.es [email protected] Reunión Anual TDWG 2006 Sumario

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES [email protected] @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Reunión Anual TDWG 2006Sumario

Page 2: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Acerca del TDWG

• TDWG (Taxonomic Databases Working Group )Grupo de trabajo internacional sobre bases de datos

taxonómicas Es una organización sin ánimo de lucro, afiliada a la Unión

Internacional de Ciencias Biológicas (IUBS), formada para:

– establecer colaboraciones internacionales entre diferentes proyectos de bases de datos biológicas

– promover la divulgación de la información sobre los organismos vivos para beneficio de la sociedad.

• Para conseguir sus objetivos el TDWG:– Desarrolla, adopta y promueve estándares para el

intercambio de datos sobre los organismos vivos.– Actúa como foro de discusión a través de reuniones,

publicaciones y newsletter

Page 3: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Historia– 1985. Primera reunión. Génova. Desde entonces, reunión anual cada año en una

ciudad distinta (en España:1989 Las Palmas Gran Canaria (Jardín Botánico) y en 1995, Real Jardín Botánico de Madrid)

– La Mayoría de las instituciones y proyectos miembros provenían del campo botánico (estándares de datos de bases taxonómicas de plantas)

– A partir de 1994: Expansión a otras áreas de trabajo como la zoología, microbiología, geológía, etc

– 1988. Afiliación a (IUBS) Unión Internacional de Ciencias Biológicas

Page 4: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TDWG 2006 meeting

• Fecha: 15-22 de Octubre• Lugar: Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri,

U.S.A. • Más de 160 participantes de 22 países y de 94

instituciones científicas, museos, etc.• Programa de trabajo:

» http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/documents/TDWG2006_Schedule_Active_061016.pdf

• 85 Presentaciones, posters y comunicaciones.• Sesiones de trabajo organizado en:

» Presentaciones ,Symposios,» Posters, Demostraciones on-line» Sesiones de trabajo de los subgrupos

Page 5: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TDWG 2006 meeting

Presentaciones:

http://tdwg2006.tdwg.org/programme/presentations/

Page 6: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TDWG 2006 meeting

Temas tratados:• La nueva infraestructura del TDWG• Estándares • Identificadores Globales únicos (GUIDs:Globally Unique

Identifiers) • Ontologías y semántica• Lenguajes de representación de datos (UML, BNF, RDF,

XML)

• Presentación del trabajo de los subgrupos y sesiones paralelas de trabajo

• Simposio sobre Aplicaciones para datos de biodiversidad

Page 7: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TDWG Infrastructure Project (TIP)• Objetivo: Rediseñar la infraestructura del TDWG • Financiación y Duración:

– 1.5 mill $(Fundacion Gordon&Betty Moore)– Julio 2005-Diciembre 2007– En Oct-2006 (80 % objetivos cumplidos)

• Tareas:– Trabajo sobre la nueva constitución– Technical Arquitecture Group (TAG) – Rediseñar la Documentación (Especificaciones, Plantillas)– Desarrollo de Identificadores globales Únicos– Rediseñar el Entorno de trabajo

» TDWG website» Automatización del proceso de desarrollo de

estándares

Page 8: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nueva Constitución• [Nombre]

• TDWG ……(Biodiversity Information Standars)

• Nueva constitución: http://wiki.tdwg.org/twiki/pub/Process/WebHome/TDWG_Constitution_2006-08-16.pdf

– Establece como miembros a dirigirse a los creadores, administradores y usuarios de información sobre biodiversidad vs proyectos de bases de datos biológicas

– El Comité Ejecutivo aumenta sus atribuciones debido al cambio en la nueva infraestructura de trabajo

– Nuevo articulo 10. Votaciones:

• Las decisiones han de estar basadas en el consenso en vez de en una mayoría simple.

• El comité ejecutivo asegurará ese consenso mediante mecanismos como revisiones y peticiones de comentarios públicos.

• Si no se alcanza un consenso, el comité ejecutivo convocará una votación sobre el tema en cuestión

• El sistema de votación seguirá siendo el mecanismo de elección del comité ejecutivo, officers y de todo aquél proceso que dicta la actual constitución

Page 9: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares

• Nueva Estructura del TDWG: http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/slides/StanBlum_ProcessOverview.ppt

El TDWG necesita un nuevo Marco de trabajo para:– Proporcionar una visión unificada e integrada de los

estándares del TDWG– Fomentar la coordinación y la comunicación interno– Asegurar revisiones críticas (públicas y por

expertos), así como consensos– Control del Ciclo de vida de los estándares

(mantenimiento y retirada:, consenso, no anual)– Asegurar la coherencia entre TDWG estándares y

comunicación con estándares externos (OGC, W3C, etc.)

Page 10: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nueva estructura organizativa• Nueva estructura organizada a través de:

– Interest Group• Supervisar el progreso de los estándares así como el estatus

de los mismos (uso activo, sustitución/retirada)• Actualizaciones de estatutos

– Task Group • Para realizar tareas ó productos concretos (estándar)

• Para crear un IG ó TG se requiere de la elaboración y aprovación (Comité Ejecutivo) de unos estatutos (intenciones, actividades, etc) y un “convener”

• …En proceso. Los antiguos subgrupos están readaptando su estructura

• Borrador de cómo posible escenario futuro:http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/

documents/TDWG_Group_Structure_WorkingDraft_061014.pdf

Page 11: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares

(slide by Stan Blum)

Page 12: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nuevo entorno de trabajo• El TDWG Infrastructure Project (TIP), ha desarrollado un entorno de

trabajo basado en una nueva web con varias herramientas de trabajo colaborativo on line:

– El TDWG website: http://www.tdwg.org. Canal de comunicación para los miembros y los usuarios. Información sobre los Interest y Task Group, sobre los estándares y sobre las actividades destacadas. Cada subgrupo puede editar la información referente a su trabajo.

– El TDWG wiki: wiki.tdwg.org. Sistema utilizado por los miembros de los subgrupos para desarrollar el trabajo de forma colaborativa desarrollando borradores de los estándares, documentación, etc. Para usuarios registrados

– El TDWG blog: http://www.tdwg.org/blog. Aplicación que permite a los miembros compartir ideas de forma informal en forma de artículos

– El TDWG Proceedings: http://www.tdwg.org/ojs. Aplicación que funciona como una revista on line para la publicación de actas de los eventos, proceso de desarrollo de los estándares, etc

– Repositorio de estándares: http:/rs.tdwg.org donde están los paquetes de información de los estándares (documentos RDDL (Lenguaje de descripción de directorio de recursos ), .xsd, etc). Principalmente documentos para acceso por las máquinas (software) por lo que se considera que deben de tener urls permanentes. Documentos experimentales también pueden ser cargados aquí durante el proceso de desarrollo del estándar. Acceso vía WebDAV

– TYPO3. http://www.tdwg.org/typo3.Aplicación para el manejo de estándares (proceso)

– Mailing lists: http://lists.tdwg.org. Listas de correo públicas.

Page 13: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Nueva estrategia de documentación

• Documentación: toda aquella información que define y ayuda al desarrollo de los estándares

• Basada en tres tipos de documentos:– Tipo 1: documentos que han de formar parte del estándar

de forma obligatoria (XML Schemas, especificaciones definidas de acuerdo a lenguajes controlados)

• Controlados por -IG Process- • Altamente estables una vez ratificado el estándar• En inglés

– Tipo 2: documentos que forman parte del estándar a modo informativo (no obligatorios) (Ejemplos, código, diagramas, ilustraciones, etc)

– Tipo 3: documentos que quedan fuera del estándar (tutoriales, guías, wikis, grupos de discusión)

Documentos tipo 1+ tipo 2 Estándar (paquete de información+metadatos)

Page 14: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

GUIDS (Globally Unique Identifiers) en la Informática para la Biodiversidad

• Creación de un Task Group en esta dirección: TDWG-GUID Group– 2 reuniones (Febrero y Junio 2006) (estudio de los requerimientos-

evaluación de tecnología-documentación)– wiki (http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=HomePage), y

mailing list (http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid)• Necesidad de Identificadores únicos:

– Intercambio de información en la red (Internet) con datos servidos desde múltiples fuentes + Modelado de la información de biodiversidad (registros) en objetos Surge la necesidad de identificar objetos de forma única

• Los GUIDS son:– Globales y permanentes. Solucionan la identificación de objetos

provenientes de distintas fuentes – Poseen mecanismos que definen al objeto (metadatos)

• Evaluadas distintas tecnologías (LSID, DOI (Digital Objet Identifier), Handles, PURL(Persistent Uniform Resource Locator))

• Recomendado el uso de LSID (Life Sciences Identifier).

Page 15: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

LSID (Life Sciences Identifier )• Desarrollado por OMG (The Object Management Group) &

W3C • Arquitectura cliente-servidor

– LSID authority server + resolver client• No centralizada • Estructura

– urn:lsid:authority:namespace:object:revision Ejemplo:

urn:lsid:indexfungorum.org:names:213649 resolución en: http://lsid.biopathways.org/resolver/

• Implementaciones:– Open Source (sourceforge.net) lsid.sourceforge.net– IBM (Java, C++, Perl)– Kevin Richards (Landcare Research NZ) (Microsoft .NET)

• Ejemplos de servidores LSID:– Bio Pathways, Index Fungorum, IPNI (IPNI:The International

Plant Names Index ), uBio (Universal Biological Indexer and Organizer)

• Por hacer…definir cómo usar LSID en la aplicaciones

Page 16: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Estándares y Protocolos

Page 17: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

ABCD (Access to Biological Collections Data )

• ABCD Access to Biological Collections Data (Nueva versión 2.0.6a)– Será el Estándar del Task Group:ABCD del Interest Group: Primary

Biodiversity Data– Para datos de colecciones biológicas (especímenes y observaciones)– Proporciona definiciones semánticas– Estructura jerárquica (alta estructuración con gran número de

elementos. Pretende cubrir un máximo de detalle)– Trabaja con extensiones– Posibilidad de trabajo con diferentes niveles de detalle

(atomización/fusión)– Incluye GUID’s– Indica en que idioma está la información contenida– Permite la repetición de registros (por ejemplo revisiones)– Compatibilidad con Darwin Core (versiones 1.2 y 1.4), HISPID

(Herbarium Information Standards and Protocols for Interchange of Data ), etc.

– http://www.bgbm.org/tdwg/codata/schema/

Page 18: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Extensión EFG-Geocase

• Extensión EFG del esquema ABCD– Será el estándar del Task Group:ABCDEFG del

Interest Group: Primary Biodiversity Data– Para datos de colecciones paleontológicas,

geológicas (minerales,fósiles, rocas)– Compatible con la extensión DarwinCoPE

(DarwinCore Paleontology Extension) – XML Schema (http://eim.metapath.org/

ABCDEFGWeb/EFG-1.XSD.html) – GeoCASE = BioCASE+EFG

• (http://projects.naturkundemuseum-berlin.de/synthesys_activity_d/index.htm)

– Próximo workshop: Berlín Enero 2007 (dirigido a instituciones dispuestas a usar este esquema)

Page 19: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Darwin Core (DwC)• Será el estándar del Task Group: DarwinCore del Interest Group:

Primary biodiversity data• Estándar diseñado para facilitar el intercambio de información de

datos primarios de las colecciones (especimenes). • Información en espacio y tiempo: El qué, el cuando y el dónde.• Trata de recopilar conceptos ampliamente utilizados por diferentes

disciplinas que trabajan en biodiversidad• Simplicidad:

– minimizando las barreras entre los proveedores de datos– maximizando la disponibilidad para los usuarios

• Para intercambio no para modelos de datos• Versiones: http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/

DarwinCoreVersions– 1.2 (la versión usada mayoritariamente)– 1.4 (Borrador):

• incluye GlobalUniqueIdentifier • independiente del protocolo DiGIR• Extensiones: mecanismos para compartir información adicional:

(Paleontológica,Curatorial,Geospatial)

• Temas futuros (debates):– Lista de elementos ordenados-mayor estructuración (orden-herencia,…)– Vocabularios controlados

Page 20: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

NCD (Natural Collections Descriptions)• Será el Estándar del Task Group NCD del Interest Group: Institutions,

Organisations, Agents• XML Schema para intercambio de descripciones de colecciones de

historia natural (especimenes, archivos, observaciones, material de libros, bases de datos, fotografías, etc

• Cada registro definiría una colección entera según el NCD: “Business card”

• Relación con otros estándares: Dublin-Core y EAD (Encoded Archival Description)

• Origen: Biocase project (Biodiversity Collections Access Service for Europe )

• Desarrollado por RAVNS (Resources Available in the Natural Sciences) es un grupo formado por la mayoría de bibliotecarios y archivistas de historia natural de Norte América e Inglaterra

• Pretenden tener una implementación del estándar ya testada a finales del 2006 y una versión estable (final draft) para el primer cuatrimestre del 2007

• Documentos:– Esquema: http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.xsd – Diagrama: http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.png

• Uso de este estándar: NLBIF Metadatabase– Catálogo de organizaciones, colecciones y personas– Desarrollado como open source por el nodo holandés de GBIF.

Page 21: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TCS (Taxonomic Concept Schema)• Será el estándar del Task Group: TNC (Taxon Names and Concepts).

– Objetivo: Promover el estudio de la nomenclatura y los conceptos taxonómicos

– Desarrollan estándares y modelos de datos para representar la nomenclatura y la taxonomía y cómo se relaciona con modelos de información en biodiversidad (como los que describen especímenes y observaciones)

– wiki: http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TNC/WebHome• Presentación de la primera versión TCS1 el año pasado,

aprovada.incorporados los cambios TCS1.01• Objetivo del estándar:

– Permitir el intercambio de información entre de conceptos taxonómicos definidos en clasificaciones taxonómicas publicadas, en bases de datos.

– Representación de un modelo abstracto para conceptos taxonómicos que pueda ser mapeado con los diversos modelos de los proveedores de este tipo de datos

• XML Schema : http://www.tdwg.org/uploads/media/v101.xsd• Documentación: Guía de usuario http://www.tdwg.org/uploads/media/

User_Guide_01.pdf• Projectos que usan este estándar:

– SEEK (Science Environment for Ecological Knowledge )– Euro + Med– EML (Ecological Metadata Language)

Page 22: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

SDD (Structured Descriptive Data)• Será el Estándar del Task Group SDD del Interest Group: Descciptions (Species

descriptions)• Surge como sustitución y modernización del anterior estándar: DELTA• http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/SDD/Primer/SddIntroduction• Desarrolla un esquema para controlar cómo se construye el

“vocabulario” para trabajar con descripciones.• Para expresar y transferir información descriptiva de organismos biológicos y

taxones– conceptos y caracteres descriptivos y conceptos y caracteres de jerarquización– Incluye descripciones, ontologías, terminología y herramientas de identificación

• Version 1.1 es la aconsejada para implementaciones.• Posibles usos de SDD:

– codificar descripciones cortas (sumarios)– descripciones en lenguaje natural– para creación de claves

• Proyectos que lo usan– LUCID 3 :software para identificación y diagnosis– UMB import/export generator

• acepta XML Schema y mapea• produce código java para import/export

– Electronic Field Guide (EFG) Project (http://efg.cs.umb.edu/SDD)– UMB visual SDD editor

Page 23: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval )

• TAPIR es un WebService protocolo para acceso a datos estructurados provenientes de bases de datos distribuidas de estructura lógica y física diferentes

• TAPIR combina las características de los protocolos BioCASe y DiGIR protocolos y amplía las posibilidades de comunicación entre aplicaciones cliente y proveedores de datos a través de Internet

• Su potencialidad permite la interoperabilidad no solo entre especimenes u observaciones si no que se puede utilizar en otros dominios (geológico, ecológico, clima, secuenciación genética, geoespacial, etc.)

• Implementaciones:– PyWrapper 2.0 de Biocase es la primera implementación del

TAPIR provider – PHP DiGIR provider está siendo actualizada para integrar TAPIR– La primera red en implementar TAPIR: Plant Genetic Resources

Community – CGIAR (Grupo Consultivo para la Investigación Agrícola Internacional ) – Generation Challenge Programme

Page 24: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval )

• Características:– Trabaja con GUID’s– TAPIR Request/Response

• requests pueden ser hechas en:– documentos XML – Key-Value Pairs (HTTP)

• responses siempre codificadas en XML – Operaciones posibles: ping, metadata, capabilities (servicios),

inventory y search – XML Schema Definition (XSD) para describir y validar la

estructura de los mensajes request/response– No trabaja con un esquema en concreto

• Conceptual Schemas (XML Schema, RDF Schema) (DarwinCore, ABCD, TCS,NCD)

• Outputmodels-capabilities response– Knownoutputmodels– Anyoutputmodels (mappedConcepts)

– Especificaciones: http://www.tdwg.org/dav/subgroups/tapir/1.0/docs/TAPIRSpecification_2006-12-06.html

– Esquema: http://ww2.biocase.org/svn/tapir/trunk/protocol/tapir.xsd

Page 25: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

OTROS

Page 26: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Geospatial• Probablemente se formará un Geospatial Interest Group

(GIG)• Objetivo: integración de estándares, especificaciones, tecnologías y

buenas prácticas entre la comunidad biológica y la geoespacial• Cooperación TDWG-OGC (Open Geospatial Consortium):

• Firmado MoU– http://www.opengeospatial.org/pressroom/pressreleases

• El TDWG y el the OGC colaborarán en el desarrollo de esquemas y perfiles del OGC como el GML (Geography Markup Language) y estándares del TDWG para la representación de localizaciones de especimenes biológicos, organismos y su distribución, comunidades, movimientos, etc

• El proyecto BioGeomancer (http://www.biogeomancer.org/)

• Colaboración entre expertos de historia natural y geoespaciales • Está desarrollando WebServices y aplicaciones de escritorio que

permitirán georeferenciar a los colectores, conservadores, etc• El trabajo con estándares está basado en

– GML para la descripción de los aspectos espaciales de los datos de historia natural.

– Integrando con DwC2 y ABCD

Page 27: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Imagenes• Probablemente se formará un Images Interest Group (IIG)

– Objetivo: Desarrollar una estándarización en los mecanismos para el manejo y la transferencia de información descriptiva acerca de los “media” incluyendo

• Trabajo http://wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/TDWGImage– Manual de buenas prácticas para Imágenes de especímenes (enbi

project).– Uso de imágenes en sustitución de los ejemplares– Metadatos para la descripción– Formatos de archivo (JPEG2000 )

• estándar ISO con nueva forma de codificar/decof imágenes, sonidos, películas

• Alta compresion• Decodificacion de Regions of Interest (ROIs) posibilidades de

embeber en una imagen de un especimen un ABCD XML record+pdf+…

• JPIP (JPEG2000 Interactive Protocol), necesario cliente (kdu_show client from Kakadu Software )

– Estándares para el manejo de LSID para imágenes• Qué debe de ir asociado al dato/metadato en la resolución

Page 28: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Observaciones• Estarían ubicados como un Task Group en Interest

Group: Primary biodiversity data• Una observación caracteriza la presencia/ausencia de

un organismo ó conjunto de organismos a través de un evento de recolección en una localización determinada

• Posible desarrollo de un estándar. Core:• Quien• Cuando• Donde• Como• Evidencia (especimen,imagen,literatura)• Biología asociada (número de individuos,densidad,

distribución,evidencia de reproducción)• Medio ambiente (habitat, condiciones del lugar, tiempo)• …

• http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/Observational/WebHome

Page 29: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Especies Invasivas

Probablemente se formará un Interest Group: Invasive Species Information Systems - ISIS – Objetivo: Trabajo con especies invasivas incluida

taxonomía, distribuciones, terminología, descripciones, herramientas de identificación, etc

– Checklists mapas modelos– Trabajan con GISIN (Global Invasive Species

Information Network)

Page 30: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Monitorización DiGIR providers- The Big Dig

• The "Big Dig" es un proyecto de ecoforge.net desarrollado en 2006 por el Natural History Museum and Biodiversity Research Center of the University of Kansas.

http://bigdig.ecoforge.net/

• Servicio que genera de manera automática informes del estado y las características de los DiGIR providers– Status:Una vez al día– Schema: Una vez a la semana

• Evalua el estado de las instalaciones de los DiGIR provider– Examina registros y reporta las características del software

instalado• Status, versión, número de colecciones, número de registros,

schema, tiempo de respuesta, encoding– Ayuda a los administradores ante posibles problemas

Page 31: Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES  lusa@gbif.es @gbif.es Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St

Sumario TDWG Annual Meeting 2006Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A.

15-22 Octubre 2006

Silvia LusaUnidad de Coordinación GBIF-ES

www.gbif.es [email protected]

Openmodeller

– Desarrollado por CRIA (Centro de Referência em Informação Ambiental)

– Proyecto Open Source de sourceforge– Librería para modelado de nichos– Intenta proveer métodos para el modelado usando

una variedad de algoritmos (GARP, Bioclim, CSM etc ya implementados)

– Estándar propuesto: OMWS (open standard for distributed ecological niche modelling)

– http://openmodeller.sf.net