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2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A. 15-22
Octubre 2006 Acerca del TDWG TDWG (Taxonomic Databases Working
Group ) Grupo de trabajo internacional sobre bases de datos
taxonmicas Es una organizacin sin nimo de lucro, afiliada a la Unin
Internacional de Ciencias Biolgicas (IUBS), formada para:
establecer colaboraciones internacionales entre diferentes
proyectos de bases de datos biolgicas promover la divulgacin de la
informacin sobre los organismos vivos para beneficio de la
sociedad. Para conseguir sus objetivos el TDWG: Desarrolla, adopta
y promueve estndares para el intercambio de datos sobre los
organismos vivos. Acta como foro de discusin a travs de reuniones,
publicaciones y newsletter
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Octubre 2006 Historia 1985. Primera reunin. Gnova. Desde entonces,
reunin anual cada ao en una ciudad distinta (en Espaa:1989 Las
Palmas Gran Canaria (Jardn Botnico) y en 1995, Real Jardn Botnico
de Madrid) La Mayora de las instituciones y proyectos miembros
provenan del campo botnico (estndares de datos de bases taxonmicas
de plantas) A partir de 1994: Expansin a otras reas de trabajo como
la zoologa, microbiologa, geolga, etc 1988. Afiliacin a (IUBS) Unin
Internacional de Ciencias Biolgicas
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Octubre 2006 TDWG 2006 meeting Fecha: 15-22 de Octubre Lugar:
Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A. Ms de 160
participantes de 22 pases y de 94 instituciones cientficas, museos,
etc. Programa de trabajo:
http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/documents
/TDWG2006_Schedule_Active_061016.pdfhttp://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/documents
/TDWG2006_Schedule_Active_061016.pdf 85 Presentaciones, posters y
comunicaciones. Sesiones de trabajo organizado en:
Presentaciones,Symposios, Posters, Demostraciones on-line Sesiones
de trabajo de los subgrupos
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Octubre 2006 TDWG 2006 meeting Temas tratados: La nueva
infraestructura del TDWG Estndares Identificadores Globales nicos
(GUIDs: Globally Unique Identifiers ) Ontologas y semntica
Lenguajes de representacin de datos (UML, BNF, RDF, XML)
Presentacin del trabajo de los subgrupos y sesiones paralelas de
trabajo Simposio sobre Aplicaciones para datos de
biodiversidad
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Octubre 2006 TDWG Infrastructure Project (TIP) Objetivo: Redisear
la infraestructura del TDWG Financiacin y Duracin: 1.5 mill
$(Fundacion Gordon&Betty Moore) Julio 2005-Diciembre 2007 En
Oct-2006 (80 % objetivos cumplidos) Tareas: Trabajo sobre la nueva
constitucin Technical Arquitecture Group (TAG) Redisear la
Documentacin (Especificaciones, Plantillas) Desarrollo de
Identificadores globales nicos Redisear el Entorno de trabajo TDWG
website Automatizacin del proceso de desarrollo de estndares
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Octubre 2006 Nueva Constitucin [Nombre] TDWG (Biodiversity
Information Standars) Nueva constitucin:
http://wiki.tdwg.org/twiki/pub/Process/WebHome/TDWG_Constitution_2006-08-16.pdf
http://wiki.tdwg.org/twiki/pub/Process/WebHome/TDWG_Constitution_2006-08-16.pdf
Establece como miembros a dirigirse a los creadores,
administradores y usuarios de informacin sobre biodiversidad vs
proyectos de bases de datos biolgicas El Comit Ejecutivo aumenta
sus atribuciones debido al cambio en la nueva infraestructura de
trabajo Nuevo articulo 10. Votaciones: Las decisiones han de estar
basadas en el consenso en vez de en una mayora simple. El comit
ejecutivo asegurar ese consenso mediante mecanismos como revisiones
y peticiones de comentarios pblicos. Si no se alcanza un consenso,
el comit ejecutivo convocar una votacin sobre el tema en cuestin El
sistema de votacin seguir siendo el mecanismo de eleccin del comit
ejecutivo, officers y de todo aqul proceso que dicta la actual
constitucin
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Octubre 2006 Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estndares Nueva
Estructura del TDWG:
http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/slides/StanBlum_ProcessOver
view.ppt El TDWG necesita un nuevo Marco de trabajo para:
Proporcionar una visin unificada e integrada de los estndares del
TDWG Fomentar la coordinacin y la comunicacin interno Asegurar
revisiones crticas (pblicas y por expertos), as como consensos
Control del Ciclo de vida de los estndares (mantenimiento y
retirada:, consenso, no anual) Asegurar la coherencia entre TDWG
estndares y comunicacin con estndares externos (OGC, W3C,
etc.)
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Octubre 2006 Nueva estructura organizativa Nueva estructura
organizada a travs de: Interest Group Supervisar el progreso de los
estndares as como el estatus de los mismos (uso activo,
sustitucin/retirada) Actualizaciones de estatutos Task Group Para
realizar tareas productos concretos (estndar) Para crear un IG TG
se requiere de la elaboracin y aprovacin (Comit Ejecutivo) de unos
estatutos (intenciones, actividades, etc) y un convener En proceso.
Los antiguos subgrupos estn readaptando su estructura Borrador de
cmo posible escenario futuro:
http://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/documents/TDWG
_Group_Structure_WorkingDraft_061014.pdf
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Octubre 2006 Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estndares (slide by
Stan Blum)
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Octubre 2006 Nuevo entorno de trabajo El TDWG Infrastructure
Project (TIP), ha desarrollado un entorno de trabajo basado en una
nueva web con varias herramientas de trabajo colaborativo on line:
El TDWG website: http://www.tdwg.org. Canal de comunicacin para los
miembros y los usuarios. Informacin sobre los Interest y Task
Group, sobre los estndares y sobre las actividades destacadas. Cada
subgrupo puede editar la informacin referente a su
trabajo.http://www.tdwg.org El TDWG wiki: wiki.tdwg.org. Sistema
utilizado por los miembros de los subgrupos para desarrollar el
trabajo de forma colaborativa desarrollando borradores de los
estndares, documentacin, etc. Para usuarios registrados El TDWG
blog: http://www.tdwg.org/blog. Aplicacin que permite a los
miembros compartir ideas de forma informal en forma de
artculoshttp://www.tdwg.org/blog El TDWG Proceedings:
http://www.tdwg.org/ojs. Aplicacin que funciona como una revista on
line para la publicacin de actas de los eventos, proceso de
desarrollo de los estndares, etchttp://www.tdwg.org/ojs Repositorio
de estndares: http:/rs.tdwg.org donde estn los paquetes de
informacin de los estndares (documentos RDDL (Lenguaje de
descripcin de directorio de recursos ),.xsd, etc). Principalmente
documentos para acceso por las mquinas (software) por lo que se
considera que deben de tener urls permanentes. Documentos
experimentales tambin pueden ser cargados aqu durante el proceso de
desarrollo del estndar. Acceso va WebDAVhttp:/rs.tdwg.org TYPO3.
http://www.tdwg.org/typo3.Aplicacin para el manejo de estndares
(proceso)http://www.tdwg.org/typo3 Mailing lists:
http://lists.tdwg.org. Listas de correo
pblicas.http://lists.tdwg.org
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Octubre 2006 Nueva estrategia de documentacin Documentacin: toda
aquella informacin que define y ayuda al desarrollo de los
estndares Basada en tres tipos de documentos: Tipo 1: documentos
que han de formar parte del estndar de forma obligatoria (XML
Schemas, especificaciones definidas de acuerdo a lenguajes
controlados) Controlados por -IG Process- Altamente estables una
vez ratificado el estndar En ingls Tipo 2: documentos que forman
parte del estndar a modo informativo (no obligatorios) (Ejemplos,
cdigo, diagramas, ilustraciones, etc) Tipo 3: documentos que quedan
fuera del estndar (tutoriales, guas, wikis, grupos de discusin)
Documentos tipo 1+ tipo 2 Estndar (paquete de
informacin+metadatos)
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Octubre 2006 GUIDS (Globally Unique Identifiers) en la Informtica
para la Biodiversidad Creacin de un Task Group en esta direccin:
TDWG-GUID Group 2 reuniones (Febrero y Junio 2006) (estudio de los
requerimientos- evaluacin de tecnologa-documentacin) wiki
(http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=HomePage), y mailing
list
(http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid)http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=HomePagehttp://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid
Necesidad de Identificadores nicos: Intercambio de informacin en la
red (Internet) con datos servidos desde mltiples fuentes + Modelado
de la informacin de biodiversidad (registros) en objetos Surge la
necesidad de identificar objetos de forma nica Los GUIDS son:
Globales y permanentes. Solucionan la identificacin de objetos
provenientes de distintas fuentes Poseen mecanismos que definen al
objeto (metadatos) Evaluadas distintas tecnologas (LSID, DOI
(Digital Objet Identifier), Handles, PURL(Persistent Uniform
Resource Locator)) Recomendado el uso de LSID (Life Sciences
Identifier).
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Octubre 2006 LSID (Life Sciences Identifier ) Desarrollado por OMG
(The Object Management Group) & W3C Arquitectura
cliente-servidor LSID authority server + resolver client No
centralizada Estructura
urn:lsid:authority:namespace:object:revision Ejemplo:
urn:lsid:indexfungorum.org:names:213649 resolucin en:
http://lsid.biopathways.org/resolver/http://lsid.biopathways.org/resolver/
Implementaciones: Open Source (sourceforge.net)
lsid.sourceforge.net IBM (Java, C++, Perl) Kevin Richards (Landcare
Research NZ) (Microsoft.NET) Ejemplos de servidores LSID: Bio
Pathways, Index Fungorum, IPNI (IPNI:The International Plant Names
Index ), uBio (Universal Biological Indexer and Organizer) Por
hacerdefinir cmo usar LSID en la aplicaciones
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Octubre 2006 Estndares y Protocolos
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Octubre 2006 ABCD (Access to Biological Collections Data ) ABCD
Access to Biological Collections Data (Nueva versin 2.0.6a) Ser el
Estndar del Task Group:ABCD del Interest Group: Primary
Biodiversity Data Para datos de colecciones biolgicas (especmenes y
observaciones) Proporciona definiciones semnticas Estructura
jerrquica (alta estructuracin con gran nmero de elementos. Pretende
cubrir un mximo de detalle) Trabaja con extensiones Posibilidad de
trabajo con diferentes niveles de detalle (atomizacin/fusin)
Incluye GUIDs Indica en que idioma est la informacin contenida
Permite la repeticin de registros (por ejemplo revisiones)
Compatibilidad con Darwin Core (versiones 1.2 y 1.4), HISPID
(Herbarium Information Standards and Protocols for Interchange of
Data ), etc.
http://www.bgbm.org/tdwg/codata/schema/http://www.bgbm.org/tdwg/codata/schema/
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Octubre 2006 Extensin EFG-Geocase Extensin EFG del esquema ABCD Ser
el estndar del Task Group:ABCDEFG del Interest Group: Primary
Biodiversity Data Para datos de colecciones paleontolgicas,
geolgicas (minerales,fsiles, rocas) Compatible con la extensin
DarwinCoPE (DarwinCore Paleontology Extension) XML Schema
(http://eim.metapath.org/ABCDEFGWeb/EFG-
1.XSD.html)http://eim.metapath.org/ABCDEFGWeb/EFG- 1.XSD.html
GeoCASE = BioCASE+EFG (http://projects.naturkundemuseum-
berlin.de/synthesys_activity_d/index.htm)http://projects.naturkundemuseum-
berlin.de/synthesys_activity_d/index.htm Prximo workshop: Berln
Enero 2007 (dirigido a instituciones dispuestas a usar este
esquema)
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Octubre 2006 Darwin Core (DwC) Ser el estndar del Task Group:
DarwinCore del Interest Group: Primary biodiversity data Estndar
diseado para facilitar el intercambio de informacin de datos
primarios de las colecciones (especimenes). Informacin en espacio y
tiempo: El qu, el cuando y el dnde. Trata de recopilar conceptos
ampliamente utilizados por diferentes disciplinas que trabajan en
biodiversidad Simplicidad: minimizando las barreras entre los
proveedores de datos maximizando la disponibilidad para los
usuarios Para intercambio no para modelos de datos Versiones:
http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/DarwinCoreVersions
http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/DarwinCore/DarwinCoreVersions
1.2 (la versin usada mayoritariamente) 1.4 (Borrador): incluye
GlobalUniqueIdentifier independiente del protocolo DiGIR
Extensiones: mecanismos para compartir informacin adicional:
(Paleontolgica,Curatorial,Geospatial) Temas futuros (debates):
Lista de elementos ordenados-mayor estructuracin (orden-herencia,)
Vocabularios controlados
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Octubre 2006 NCD (Natural Collections Descriptions) Ser el Estndar
del Task Group NCD del Interest Group: Institutions, Organisations,
Agents XML Schema para intercambio de descripciones de colecciones
de historia natural (especimenes, archivos, observaciones, material
de libros, bases de datos, fotografas, etc Cada registro definira
una coleccin entera segn el NCD: Business card Relacin con otros
estndares: Dublin-Core y EAD (Encoded Archival Description) Origen:
Biocase project (Biodiversity Collections Access Service for Europe
) Desarrollado por RAVNS (Resources Available in the Natural
Sciences) es un grupo formado por la mayora de bibliotecarios y
archivistas de historia natural de Norte Amrica e Inglaterra
Pretenden tener una implementacin del estndar ya testada a finales
del 2006 y una versin estable (final draft) para el primer
cuatrimestre del 2007 Documentos: Esquema:
http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.xsdhttp://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.xsd
Diagrama:
http://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.pnghttp://www.nhm.ac.uk/hosted_sites/tdwg/NCD/NCDv0pt40.png
Uso de este estndar: NLBIF Metadatabase Catlogo de organizaciones,
colecciones y personas Desarrollado como open source por el nodo
holands de GBIF.
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Octubre 2006 TCS (Taxonomic Concept Schema) Ser el estndar del Task
Group: TNC (Taxon Names and Concepts). Objetivo: Promover el
estudio de la nomenclatura y los conceptos taxonmicos Desarrollan
estndares y modelos de datos para representar la nomenclatura y la
taxonoma y cmo se relaciona con modelos de informacin en
biodiversidad (como los que describen especmenes y observaciones)
wiki:
http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TNC/WebHomehttp://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TNC/WebHome
Presentacin de la primera versin TCS1 el ao pasado, aprovada.
incorporados los cambios TCS1.01 Objetivo del estndar: Permitir el
intercambio de informacin entre de conceptos taxonmicos definidos
en clasificaciones taxonmicas publicadas, en bases de datos.
Representacin de un modelo abstracto para conceptos taxonmicos que
pueda ser mapeado con los diversos modelos de los proveedores de
este tipo de datos XML Schema :
http://www.tdwg.org/uploads/media/v101.xsdhttp://www.tdwg.org/uploads/media/v101.xsd
Documentacin: Gua de usuario
http://www.tdwg.org/uploads/media/User_Guide_01.pdf
http://www.tdwg.org/uploads/media/User_Guide_01.pdf Projectos que
usan este estndar: SEEK (Science Environment for Ecological
Knowledge ) Euro + Med EML (Ecological Metadata Language)
Diapositiva 22
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Octubre 2006 SDD (Structured Descriptive Data) Ser el Estndar del
Task Group SDD del Interest Group: Descciptions (Species
descriptions) Surge como sustitucin y modernizacin del anterior
estndar: DELTA
http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/SDD/Primer/SddIntroduction
Desarrolla un esquema para controlar cmo se construye el
vocabulario para trabajar con descripciones. Para expresar y
transferir informacin descriptiva de organismos biolgicos y taxones
conceptos y caracteres descriptivos y conceptos y caracteres de
jerarquizacin Incluye descripciones, ontologas, terminologa y
herramientas de identificacin Version 1.1 es la aconsejada para
implementaciones. Posibles usos de SDD: codificar descripciones
cortas (sumarios) descripciones en lenguaje natural para creacin de
claves Proyectos que lo usan LUCID 3 :software para identificacin y
diagnosis UMB import/export generator acepta XML Schema y mapea
produce cdigo java para import/export Electronic Field Guide (EFG)
Project (http://efg.cs.umb.edu/SDD) UMB visual SDD editor
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Octubre 2006 TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval
) TAPIR es un WebService protocolo para acceso a datos
estructurados provenientes de bases de datos distribuidas de
estructura lgica y fsica diferentes TAPIR combina las
caractersticas de los protocolos BioCASe y DiGIR protocolos y ampla
las posibilidades de comunicacin entre aplicaciones cliente y
proveedores de datos a travs de Internet Su potencialidad permite
la interoperabilidad no solo entre especimenes u observaciones si
no que se puede utilizar en otros dominios (geolgico, ecolgico,
clima, secuenciacin gentica, geoespacial, etc.) Implementaciones:
PyWrapper 2.0 de Biocase es la primera implementacin del TAPIR
provider PHP DiGIR provider est siendo actualizada para integrar
TAPIR La primera red en implementar TAPIR: Plant Genetic Resources
Community CGIAR (Grupo Consultivo para la Investigacin Agrcola
Internacional ) Generation Challenge Programme
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Octubre 2006 TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval
) Caractersticas: Trabaja con GUIDs TAPIR Request/Response requests
pueden ser hechas en: documentos XML Key-Value Pairs (HTTP)
responses siempre codificadas en XML Operaciones posibles: ping,
metadata, capabilities (servicios), inventory y search XML Schema
Definition (XSD) para describir y validar la estructura de los
mensajes request/response No trabaja con un esquema en concreto
Conceptual Schemas (XML Schema, RDF Schema) (DarwinCore, ABCD,
TCS,NCD) Outputmodels-capabilities response Knownoutputmodels
Anyoutputmodels (mappedConcepts) Especificaciones:
http://www.tdwg.org/dav/subgroups/tapir/1.0/docs/TAPIRSpecification_20
06-12-06.html
http://www.tdwg.org/dav/subgroups/tapir/1.0/docs/TAPIRSpecification_20
06-12-06.html Esquema:
http://ww2.biocase.org/svn/tapir/trunk/protocol/tapir.xsdhttp://ww2.biocase.org/svn/tapir/trunk/protocol/tapir.xsd
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Octubre 2006 OTROS
Diapositiva 26
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Octubre 2006 Geospatial Probablemente se formar un Geospatial
Interest Group (GIG) Objetivo: integracin de estndares,
especificaciones, tecnologas y buenas prcticas entre la comunidad
biolgica y la geoespacial Cooperacin TDWG-OGC (Open Geospatial
Consortium): Firmado MoU
http://www.opengeospatial.org/pressroom/pressreleaseshttp://www.opengeospatial.org/pressroom/pressreleases
El TDWG y el the OGC colaborarn en el desarrollo de esquemas y
perfiles del OGC como el GML (Geography Markup Language) y
estndares del TDWG para la representacin de localizaciones de
especimenes biolgicos, organismos y su distribucin, comunidades,
movimientos, etc El proyecto BioGeomancer
(http://www.biogeomancer.org/)http://www.biogeomancer.org/
Colaboracin entre expertos de historia natural y geoespaciales Est
desarrollando WebServices y aplicaciones de escritorio que
permitirn georeferenciar a los colectores, conservadores, etc El
trabajo con estndares est basado en GML para la descripcin de los
aspectos espaciales de los datos de historia natural. Integrando
con DwC2 y ABCD
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Octubre 2006 Imagenes Probablemente se formar un Images Interest
Group (IIG) Objetivo: Desarrollar una estndarizacin en los
mecanismos para el manejo y la transferencia de informacin
descriptiva acerca de los media incluyendo Trabajo
http://wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/TDWGImagehttp://wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/TDWGImage
Manual de buenas prcticas para Imgenes de especmenes (enbi
project). Uso de imgenes en sustitucin de los ejemplares Metadatos
para la descripcin Formatos de archivo (JPEG2000 ) estndar ISO con
nueva forma de codificar/decof imgenes, sonidos, pelculas Alta
compresion Decodificacion de Regions of Interest (ROIs)
posibilidades de embeber en una imagen de un especimen un ABCD XML
record+pdf+ JPIP (JPEG2000 Interactive Protocol), necesario cliente
(kdu_show client from Kakadu Software ) Estndares para el manejo de
LSID para imgenes Qu debe de ir asociado al dato/metadato en la
resolucin
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Octubre 2006 Observaciones Estaran ubicados como un Task Group en
Interest Group: Primary biodiversity data Una observacin
caracteriza la presencia/ausencia de un organismo conjunto de
organismos a travs de un evento de recoleccin en una localizacin
determinada Posible desarrollo de un estndar. Core: Quien Cuando
Donde Como Evidencia (especimen,imagen,literatura) Biologa asociada
(nmero de individuos,densidad, distribucin,evidencia de
reproduccin) Medio ambiente (habitat, condiciones del lugar,
tiempo)
http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/Observational/WebHome
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Octubre 2006 Especies Invasivas Probablemente se formar un Interest
Group: Invasive Species Information Systems - ISIS Objetivo:
Trabajo con especies invasivas incluida taxonoma, distribuciones,
terminologa, descripciones, herramientas de identificacin, etc
Checklists mapas modelos Trabajan con GISIN (Global Invasive
Species Information Network)
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Octubre 2006 Monitorizacin DiGIR providers- The Big Dig The "Big
Dig" es un proyecto de ecoforge.net desarrollado en 2006 por el
Natural History Museum and Biodiversity Research Center of the
University of Kansas. http://bigdig.ecoforge.net/ Servicio que
genera de manera automtica informes del estado y las caractersticas
de los DiGIR providers Status:Una vez al da Schema: Una vez a la
semana Evalua el estado de las instalaciones de los DiGIR provider
Examina registros y reporta las caractersticas del software
instalado Status, versin, nmero de colecciones, nmero de registros,
schema, tiempo de respuesta, encoding Ayuda a los administradores
ante posibles problemas
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Octubre 2006 Openmodeller Desarrollado por CRIA (Centro de
Referncia em Informao Ambiental) Proyecto Open Source de
sourceforge Librera para modelado de nichos Intenta proveer mtodos
para el modelado usando una variedad de algoritmos (GARP, Bioclim,
CSM etc ya implementados) Estndar propuesto: OMWS (open standard
for distributed ecological niche modelling)
http://openmodeller.sf.nethttp://openmodeller.sf.net
