Taller básico de Bibmaster

Real Jardín Botánico - CSIC

Aula de informática GBIF.ES-RJB

Madrid, 14 y 15 de marzo de 2005

Introducción

• Contexto del curso (GBIF)• Planteamiento del curso• Bibmaster

– ¿Para qué sirve?– Un poco de historia– Aspectos técnicos

• Teoría de base de datos en 8 diapositivas Integridad referencial y sus consecuencias

¿Que es GBIF?

Contexto del curso

• Iniciativa internacional para hacer accesible por

Internet toda la información disponible sobre los

organismos vivos conocidos a nivel mundial

• A instancias de la OCDE (1996, MegaScience Forum)

• Los miembros ordinarios de GBIF son estados

• Los estados miembros se comprometen a establecer

un nodo nacional de GBIF que –entre otras cosas –

será portal de esta información, además

contribuyen económicamente a la inciativa

Global Biodiversity

Information Facility

Infraestructura Mundial de Información en Biodiversidad

Programas temáticos de GBIF• Informatización de las colecciones de Historia

Natural

• Tecnología e interoperabilidad de bases de datos

• Catálogo electrónico de nombres científicos

• Formación y cooperación

• “Species bank”: bases de datos con información

sobre especies (descripciones, claves, imágenes, …)

• Biblioteca Virtual de la Biodiversidad

Contexto del curso

GBIF en España

Contexto del curso

Museo Nacional de Ciencias Naturales

Real Jardín Botánico

Resolución

del MCYT

Consejo Superior de Investigaciones

CientíficasNodo Nacional de GBIF

Unidad de Coordinación

El aula de informática

Contexto del curso

Planteamiento del curso

Objetivos• Proporcionar una visión de las

funciones de Bibmaster• Dar una base de partida para

trabajar de manera autónoma con Bibmaster

• Establecer el contacto útil entre los desarrolladores de Bibmaster y sus usuarios para beneficio mutuo

• Probar el aula

ProgramaLunes 149:30h Introducción

Francisco Pando 10:15h Instalación y puesta

en MarchaDavid Rodríguez

 Descanso 11:00 – 11:30  11:30h Manejo de bibliografía

Alberto Glez. Talaván 13:00h Nomenclatura y

listados nomenclaturales Alberto Herrero

 

Martes 15  9:30h Corología y especímenes

Alberto Glez. Talaván Introducción de datos, creación de “bases corológicas”, etiquetas de ejemplares y cuadernos de campo

 Descanso 11:00 – 11:30  11:30h Manejo de táxones Alberto

Glez. Talaván 12:15h Configuraciones avanzadas

David Rodríguez 12:40h Sistema de soporte al

usuario BUGZILLADavid Rodríguez

13:00h Discusión y futura evolución del programaFrancisco Pando

Planteamiento del curso

El equipo docente

Planteamiento del curso

¿Para qué sirve Bibmaster?

• Información sobre biodiversidad• Puntos de vista• Un poco de historia

Información sobre biodiversidadEspecimenes•Colecciones•Observaciones •Citas

Nombres•Correctos y sinónimos•Información del tipo•Esquema taxonómico

Táxones•Descripciones,claves, conservación, usos, distribución, habitat, etc.

Literatura•Referencias•TL2 & BPH•palabras clave

Adaptado de: Leenhouts, Regnum Veg. 58. 1968.

Puntos de vista

Herbar(gestión de herbarios)

-captura de datos

-transacciones• préstamos• intercambios

-énfasis en colecciones

Bibmaster(proyectos - investigadores)– recopilación, gestión, publicación

-énfasis en flexibilidad de implementación

Nombres Especímenes

Literatura Descripciones

Un poco de historia

“de dBase III y varias aplicaciones a una aplicación en MS-Access”

Aspectos técnicos

• Ms-Access (+ MySQL)• Acceso directo a datos • 3 “MDBs”

Qué es una base de datos• “conjunto de datos almacenados con una estructura

lógica. Es decir, tan importante como los datos, es la estructura conceptual con la que se relacionan entre ellos. En la práctica, podemos pensar esto como el conjunto de datos más los programas (o software) que hacen de ellos un conjunto consistente”

Tablas y relaciones

relaciones 1 a N relaciones N a M

Integridad referencial (no nulos, no duplicados, c. primaria, c. candidatas)

modelos extendidos (orientados a objetos): objetos, supertipos, subtipos, procedimientos, atributos

Códigos abreviaciones y estándares• nombres entendibles para campos y tablas; fáciles de recordar y usar; abreviar lo mínimo y de manera consistente.

• códigos arbitrarios => problemas de compatibilidad y fuente de errores

• el coste: • Razones para códigos en las claves primarias: cuando la clave primaria es muy larga o compleja (¿para salvar espacio en disco? quien se lo cree)

• estándares => compatibilidad => acceso unificado, interoperabilidad, soluciones comunes

Coste

Normalización y modelo lógico de los datosAl modelar una base de datos, desearemos evitar puntos que crean confusión, duplicación de la información y por ende, un mal funcionamiento y exploración de la información. Entre las propiedades indeseables en un diseño de bases de datos tenemos:

– Redundancia en la información. – Incapacidad de representar cierta información.

– Registrar información que no sea identificable.

Primera forma normal • Una relación está en primera forma normal (1FN)

si y sólo si todos los dominios son atómicos. Un dominio es atómico si los elementos del dominio son indivisibles.

• Es decir, no tenemos grupos de repetición o un conjunto de valores asociados repetidos asociados a un misma registro.

• Datos separados en tablas, cada tabla con su clave primaria, no hay grupos repetitivos

• Ej.: nombres vernáculos en un registro o en una tabla...

Segunda forma normal • Una relación está en segunda forma normal (2FN) si y

sólo si está en 1FN y todos los atributos que no sean llaves dependen por completo de llave primaria.

• Quita todos los campos que no dependen de la clave principal o que dependen solo de parte de la clave principal

• Ej.: Tener una tabla para países y otra para provincias en vez de tener países y provincias en una sola tabla

Tercera forma normal • Una relación están en tercera forma normal (3FN) si

y sólo si están en 2FN y todos los atributos no llave dependen de manera no transitiva de la llave primaria. Se dice que existe una dependencia transitiva cuando tenemos el par de dependencias funcionales: 78#78 y 79#79, porque de ellas se sigue que 80#80.

• Elimina todo aquello en las tablas que que no dependa únicamente de la clave principal

• Ej. En una base de datos de citas donde para todos ellos disponemos de las coordenadas, los datos del sitio de recolección (pais, provincia, localidad, municipio, ...) en la tabla de especímenes

“Practicalities”:

usuarios y palabras de paso

recursos compartidos

preguntas antes de empezar

http://www.gbif.es/bibmaster/bibmaster.php