TerminThema

20. Okt Microarray-Technologien, Grundlagen der Datenanalyse

27. Okt Normalisierung von Microarrays I

3. Nov Normalisierung von Microarrays II

10.NovVarianzanalyse I(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)

17. Nov

Varianzanalyse II(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)

24. NovVarianzanalyse III(Differentielle Genexpression, Schätzung von Effekten, Multiples Testen)

1. Dez Clusterverfahren

8. Dez Klassifikation I

15. Dez Klassifikation II

22. Dez Bayessche Netzwerke/MCMC I

5. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC II

12. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC III

19. Jan Bayessche Netzwerke/MCMC IV

26. JanModellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen I

2. Feb Modellierung mit Hilfe von Differentialgleichungen II

9. Feb Zusammenfassung, Wiederholung, Ausblick

16. FebKlausur

Zellen isolieren

mRNA isolieren und cDNA synthetisieren

Transkript mit Anchor Enzym schneiden

„Taggen“

Ligieren der Tags

Sequenzierung

Quantifizierung

SAGE – Serial Analysis of Gene Expression

Trends in BiotechHess et al, 19(11),2001

-> Schätzung für Hintergrund und Signal

cDNA-Arrays: Bildanalyse

Affy-Arrays: Signalabhängigkeitvom Sequenzgehalt

Mitt

lere

Roh

inte

nsitä

t

Mitt

lere

Roh

inte

nsitä

t

Analyse von mRNAC-,U- Markierung

Analyse von DNAEndmarkierung

Affy-Arrays: Bildanalyse

Lokal verschiedener Hintergrund

Artefakte

Northern Blot

Unterschiede in den Promotoren

Regulation der Transkription

Regulation der mRNA-Stabilität

cDNADNA-RNA-Hybrid

DoppelsträngigecDNA

cRNA

Biotin markiertecRNA

~100 ng Poly-A - RNA

RNase-H Verdau

~1 ng Poly-A - RNA

Reverse Transkriptionmit Oligo-dT-T7 - Primern

Reverse TranskriptionMit Random-Hexamer - Primern

Invitro - Transkription

Invitro – Transkription mit Biotin markierten dCTP‘s und dUTP‘s

Zweitstrangsynthese

AAA…

AAA…TTT…T7

AAA…T7TTT…T7

TTT…

**

5‘

5‘

5‘3‘

3‘

3‘5‘

TTT… 5‘3‘