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Terminologie utilisateur, Terminologie d’interface, Terminologies de référence, et Terminologie d’ agrégation le projet MERITERM CISP Club , Rouen, 16 octobre, 2015 Robert Vander Stichele, Département d’ Informatique médicale, EuroRec, Université de Gand, Belgique

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Terminologie utilisateur, Terminologie d’interface, Terminologies de référence, et Terminologie d’ agrégation le projet MERITERM

CISP Club , Rouen, 16 octobre, 2015 Robert Vander Stichele, Département d’ Informatique médicale, EuroRec,

Université de Gand, Belgique

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Déclaration de conflit d’ interêt Je suis médecin généraliste, pratiquant dans la ville de Gand, Belgique Je suis pharmacologue clinique, professeur à l’ Université de Gand Je travaille sur des projets Européens (FP7 et H2020), dans le cadre :

• un service universitaire d’ informatique médicale (RAMIT) • une association Européenne de marchands de logiciels médicaux (EuroRec)

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Acknowledgements of co-workers Elena Cardillo Joseph Roumier Marc Jamoulle Maxime Warnier Dirk Van Nimwegen

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“Investigation starts with a problem” Karl Popper International reference terminologies are in English. Health care worker have the fundamental right to work, document, practice continuing education, search for point of care EBM information IN THEIR MOTHER TONGUE LANGUAGE. Evidence shows that it provides a more efficient information flow. Many E-health engineers and medical informaticians speak of semantic interoperability, as if English is the only language in the world.

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Objective

Provide a hybrid healthcare interface terminology capable of automatically linking patients’ and physicians’ medical words to the corresponding concept(s) in international classifications

That includes:

1. A conceptual reference terminology

– Multidisciplinary, multilingual – Restricted to reference concepts – Linked to international nomenclatures, thesauri, classifications, ontologies

2. A series of specific end-user lexicons

– One for each language – Bridged to the reference terminology – Connected to rich linguistic corpora for NLP

‘‘Systematic collection of healthcare-related phrases (terms) to support clinicians’ entries of patient-related information into computer programs …”

Rosembloom et al, 2006

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Terminology : What’s in a name ?

End-user Terminology in language X

Reference Terminology in language X

Interface Terminology In language X

Reference Terminologies

in English

SNOMED-CT UMLS MeSH

Aggregate Terminologies

in English

ICD ICPC ATC ICF

Nomenclatures Thesauri

Classifications

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Word

Sense 1

Sense 2

Concept

(n = 1)

Term

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Approach

Interface Terminology

End-user Lexicons Reference Terminology

18/10/2015 9 Terminologie et Intelligence Artificielle - TIA

2013, Paris

Word

Sense 1

Sense 2

Concept

(n = 1)

Term

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The Lemon core structure of a lexical terminology

The ISO-Norm LMF : Lexical Markup Framework (ISO 24613)

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The ISO-Norm TMF : Terminological Markup Framework (ISO 16642)

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Lemon/LMF-based End-user Lexicons • ISO 24613 - Language Markup Framework (LMF)

as a Requirement for the Lexicon • Use of the Lemon model (LExicon Model for

ONtologies) because: – Based on LMF – RDF-native model – Easy to link to data category registries (ISOcat) – The sense of a lexical entry can be defined by a reference to an

external resource (E.g. our TMF-based resource) – More powerful and less verbose than the LMF model – http://lemon-model.net/ (McCrae et al.)

The Lemon core

18/10/2015 12 Terminologie et Intelligence Artificielle - TIA

2013, Paris

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TMF-based Reference Terminology

• ISO 16642: Terminological Markup Framework

Resource

Concept

Language

Term

Term components

• ISO 12620 and ISOcat Data categories registry

10/18/2015 13 Terminologies et Intelligence Artificielle -

TIA 2013, Paris

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TMF-based Reference Terminology

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Architecture

Nomenclatures

Thesauri &

Metathesauri

Ontologies

Multilingual Reference

Terminology

Classifications

Interface Terminology Service External Reference

Sources

End-user Lexicon L1

End-user Lexicon L2

End-user Lexicon L3

External Reference Sources

Linguistic Corpus in L3

Linguistic Corpus in L1

Linguistic Corpus in L2

LMF/Lemon – TMF Connection NLP Connection Conceptual linking

TMF (ISO 16642) LMF (ISO 24613)

18/10/2015 15 Terminologie et Intelligence Artificielle - TIA

2013, Paris

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Architecture

Nomenclatures

Thesauri &

Metathesauri

Ontologies

Multilingual Reference

Terminology

Classifications

Interface Terminology Service External Reference

Sources

End-user Lexicon L1

End-user Lexicon L2

End-user Lexicon L3

External Reference Sources

Linguistic Corpus in L3

Linguistic Corpus in L1

Linguistic Corpus in L2

LMF/Lemon – TMF Connection NLP Connection Conceptual linking

TMF (ISO 16642) LMF (ISO 24613)

18/10/2015 16 Terminologie et Intelligence Artificielle - TIA

2013, Paris

BABELNET

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Lexical terminologies

ISO – Standard LMF (ISO 24613) Lexicons Dictonaries, Glossaries, Vocabularies Babelnet (www.babelnet.org)

Conceptual terminologies ISO – Standard TMF (ISO 16642)

Controlled Vocabularies Nomenclatures Classifications

International standards for multilingual terminologies

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Fig 5. Resources and tools

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Site manager Concept manager Concept committee Lexical managers Language 1 team Language 2 team Language 3 team … … Language n team

Publication platform

Edition platform

CSV, EXCEL, SQL, RDF

Dissemination and Translation Website for a multilingual interface terminology

End-user (Human consultation) Web services (SQL, OWL)

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Existing end-user terminologies in General Practice ICPC-PLUS (Australia) 3BT (Belgique) Belgian, Bilingual, Bicoded 300.000 words and phrases, of which 45.000 double coded to ICD and ICPC

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Woord

ICD

ICPC

Mot

3BT Belgian Bicoded Bilingual Thesaurus

IBUI

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Woord

ICD

ICPC

Mot

3BT Belgian Bicoded Bilingual Thesaurus

IBUI International Reference Terminology SNOMED-CT

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Woord

ICD

ICPC

Mot

3BT Belgian Bicoded Bilingual Thesaurus

IBUI International Reference Terminology SNOMED-CT

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Woord

ICD

ICPC

Mot

3BT Belgian Bicoded Bilingual Thesaurus + Belgian Core Set

IBUI Belgian Core set

SNOMED-CT

International Reference Terminology SNOMED-CT

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Woord

ICD

ICPC

Mot

Medical Enduser Reference Interface Terminology (Meriterm)

IBUI Belgian Core set

SNOMED-CT

International Reference Terminology SNOMED-CT

Belgian Reference Terminology TMF

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Woord

ICD

ICPC

Mot

Medical Enduser Reference Interface Terminology (Meriterm)

IBUI Belgian Core set

SNOMED-CT

International Reference Terminology SNOMED-CT

Belgian Reference Terminology TMF Concept Definition

Core Set Criteria Post coordination Ontological hooks

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Woord

ICD

ICPC

Mot

Belgian Reference Terminology TMF Concept Definition

Core Set Criteria Post coordination Ontological hooks

International Classifications

Medical Enduser Reference Interface Terminology (Meriterm)

Belgian Core set

SNOMED-CT

International Reference Terminology SNOMED-CT

ICF

Loinc, ATC

IBUI

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Woord

ICD

ICPC

Mot

Belgian Reference Terminology TMF Concept Definition

Core Set Criteria Post coordination Ontological hooks

Unilingual (NL) End User Terminology LMF

Unilingual (Fr) End User Terminology LMF

Sense disambiguation

Synonymy

Sense disambiguation Synonymy

International Classifications

Medical Enduser Reference Interface Terminology (Meriterm)

Belgian Core set

SNOMED-CT

International Reference Terminology SNOMED-CT

ICF

Loinc, ATC

IBUI

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For the end-user approach The choice between:

• An end-user thesaurus with translated SNOMED-CT Terms

• An end-user thesaurus linked to a

standardized Interface Terminology

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The context of the terminology problem In the Electronic Health Record

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Strategy for running consultations

Man Machine Interface

End-user terminology

Reference terminology

EHR Records

EHR System

Templates Process models

Nurse Practitioner

Nursing Management Minimum Data Set SUMEHR

Export Interchange Format

External EBNursing Kwowledge Sources and Decision Support Systems

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Local end-user terminology (linguistic)

Local reference terminology (core set)

International reference terminology

SNOMED (comprehensive )

International reference terminology

UMLS (comprehensive )

Information

model 1 OpenEHR

Information

model 2 HL7

Information

model 3 ISO 13606

Classification system 1

ICPC (low granularity)

Semantic layer for iso-semantic information

Classification system 2

ICD (high granularity)

Thesaurus

MeSH (information retrieval)

Information

model 4 epSOS

Value Sets

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Ce ne sera pas demain la veille de la révolution Mais on peut toujours débuter, en sachant le chemin

CONCLUSIONS