SEGUNDA PRESIDENCIA Y LA REGENERACIÓN

En 1884 fue reelegido con el apoyo del Partido Conservador. Para lograr este cometido, fundó el Partido Nacional con la colaboración de Miguel Antonio Caro.

En 1885, tras las disputas electorales en el Estado Soberano de Santander entre los generales Solón Wilches y Eustorgio Salgar, los liberales radicales iniciaron un movimiento que pronto se extendió por todo el país y desencadenó una guerra civil con el propósito de derrocar a Núñez. Tras la victoria. Con el camino despejado, convocó el 10 de septiembre de 1885 a dos representantes de cada uno de los estados soberanos para dar inicio a una Asamblea Constituyente que se instaló el 11 de noviembre, cuyo objetivo era redactar una nueva Constitución de carácter centralista.

TERCERA PRESIDENCIA

Debido al quebranto de su salud tras las alteraciones nerviosas al afrontar la guerra civil, Núñez renunció a la presidencia. Durante su ausencia se hicieron cargo de la presidencia el designado José María Campo Serrano (1 de abril de 1886 a 6 de enero de 1887) y el vicepresidente Eliseo Payán (desde enero hasta junio de 1887).

En representación de Antioquia, Campo Serrano asistió al Congreso Nacional de Delegatarios para la redacción de la nueva Constitución Nacional. El Consejo eligió como presidente a Rafael Núñez, vicepresidente, al general Eliseo Payán, y designado, el general José María Campo Serrano. El 30 de marzo de 1886, el Consejo de Delegatarios, en sesión extraordinaria, aceptó la separación del cargo de presidente a Rafael Núñez y el general Campo Serrano, como designado, fue llamado para reemplazarlo. Se posesionó el 1 de abril de 1886. Le correspondió sancionar la Constitución Nacional de 1886, el 5 de agosto del mismo año. En esta Constitución se estableció el principio de la centralización política y la descentralización administrativa.

De su gobierno se destacan obras como los contratos de alumbrado eléctrico y agua potable para Bogotá y el impulso que dio a los ferrocarriles de la Sabana y el Magdalena. Posteriormente fue elegido senador por el departamento del Magdalena, en 1888. Murió en 1915.

• Los liberales radicales, adversarios de Núñez, se fueron acercando a Payán para cambiar el rumbo político establecido, Núñez decide regresar a ejercer la presidencia al conocer la noticia, Payán renunció al cargo y se retiró, iniciando así el tercer período de gobierno de Rafael Núñez, entre junio de 1887 y agosto de 1888.

• Uno de los logros fundamentales de esta etapa fue la firma del Concordato con la Santa Sede el 31 de diciembre de 1887. A través de él se restablecieron las relaciones entre el Estado y la Iglesia Católica, lo cual era considerado como un elemento esencial de orden social capaz de lograr la unificación del país.

• Núñez durante su gobierno acostumbró a solicitar la organización de festejos para celebrar la fiesta patria de la independencia de Cartagena. El director de teatro José Domingo Torres, quien animaba las fiestas patrias, buscó al maestro italiano Oreste Síndici para pedirle la composición de una canción patriótica para la celebración de 1887. Para la letra de la canción, Torres le presentó a Síndici el poema "Himno Patriótico" escrito por Rafael Núñez en 1850. La interpretación se realizó en el "Teatro de Variedades" de la escuela pública de Santa Clara, con un coro de niños de tres escuelas, alumnos de Oreste Síndici y fue anunciada como el himno nacional de Colombia. El himno posteriormente se oficializó como símbolo patrio a través de la ley 33 del 28 de octubre de 1920.

• En las elecciones del 20 de mayo de 1888 Carlos Holguín Mallarino fue nombrado presidente por el Congreso de la República por unanimidad de votos. Núñez entregó el poder el día 7 de agosto, regresó a su casa en El Cabrero y se dedicó nuevamente a escribir artículos en diversos periódicos del país.