Solunum yolu infeksiyonlarında mikrobiyolojik yaklaşım

DR. SERAP GENÇER

İnfeks iyon Hasta l ık lar ı ve Kl in ik Mikrobiyo lo j i K l in iğ i

gencerse@gmai l .com

9.11 .2012

Alt Solunum Yolu İnfeksiyonlarında

Mikrobiyolojik Yaklaşım

mailto:[email protected]

Asıl başlık stili için tıklatınAlt solunum yolu infeksiyonları

TrakeitTrakeobronşitBronşit BronşiolitBronkopnömoniPnömoni

Asıl başlık stili için tıklatınTKP etiyolojisi

IDSA/ATS guideline 2007

Asıl başlık stili için tıklatınTKP’de epidemiyolojik durum ve risk faktörlerine göre olası etkenler


Asıl başlık stili için tıklatın

TKP’de empirik tedavi başarılıEmpirik tedavi vs. laboratuvara dayalı, patojene

yönelik tedavi Etkinlik farklı değil Yan etkiler fazla

• ……………………………………

Spesifik etyolojiyi belirleme sayesinde Antibiyotik spektrumunu daraltma ve daha az ajan kullanma Spesifik antibiyotik seçimi (etkene ve direnç paternine uygun) Şüphelenilmeyen ve empirik tedavinin kuşatmadığı etkenlerin

ortaya konmasıEn gelişmiş tekniklerle agresif çabalara rağmen ancak

%58’inde pozitif sonuç alınabilmekte.


Balgamİndükte balgamMide suyuPlevral sıvıEndotrakeal aspiratTranstrakeal aspiratBronkoalveolar lavaj (BAL)Korunmuş fırça örneği (KFÖ=PBS)Akciğer biopsi örnekleri

İncelenecek klinik örnekler


%40-60 balgam veremiyor%45-50 uygunsuz örnekÖnceden antibiyotik kullanımıBazı mikroorganizmalar için gram boyama

uygun değil

Yine de; non-invaziv, riski yok, tanı ve tedaviye yarar sağlayabilir.

Pnömonide balgam incelemesinin değeri


Balgam toplanmasından 1-2 saat öncesi gıda alınmaması

Sabah balgamı Ağzın steril su ile çalkalanması Öksürük ile derinden gelen balgamBalgam örneğinin steril kaba alımıHızla laboratuvara ulaştırma Balgam örneğini bekletmeden boyama ve

ekim Balgam işlenmesi gecikecekse, buzdolabında

bekletme

Balgam toplanması


Renk, miktar, yapısı, kokusu Mukopürülan balgam bakteriyel pnömoni,

mikoplazma, adenovirüs inf. Az miktarda veya sulu balgam atipik pnömoniler Paslı balgam alveoler tutulum, pnömokokal pnömoni Koyu kırmızı, mukoid balgam

(kuş üzümü jölesi balgam) Friedlander’s pnömonisi (Klebsiella pneumoniae)

Kötü kokulu balgam aspirasyon pnömonisi (mikst anaerobik inf)

Balgam makroskopisi


Uygunsuz balgam tanısal değildir ve atılmalıdır.

Kaliteli balgam Küçük büyütmede (x100) ≥ 25 nötrofil ≤ 10 epitel hücresi

Balgam kalitesi


Yayma, kurutma, tespit sonrasıKristal viyole 1 dk.Lugol 1-2 dk%96’lık etil alkol 10-15 snSulu fuksin 15 sn

İmmersiyon yağı damlatıp, 100x’lük objektifte inceleme

Mor renkli bakteriler; Gram pozitifPembe-kırmızı renkli bakteriler; Gram negatif

Gram boyama


Baskın organizmalar kayıt edilmelidir.

Kaliteli balgam + baskın morfoloji Pnömokok için (öz. ≥ 10 org.) sensitivite %62-85, spesifisite %85 Bakteremik olgularda tanısal değeri%80

H.influenza için sensitivite %50

Balgam incelemesi


M.tuberculosis, Legionella, Pneumocystis balgam kalitesine bakılmaksızın klinik infeksiyonu gösterir.


%5 koyun kanlı agarÇikolatamsı agar (H.influenzae)EMB agarBCYE (Buffered charcoal yeast extract agar)

(Legionella pneumophila) PPLO agar (Mycoplasma pneumoniae)

Balgamın pürülan, müköpürülan veya kanlı kısımlarından

%5-10 CO2’li ortamda 35-37ºC’de 24-48 sa. inkübasyon

Balgam kültürü


Gram pozitif diplokok, mum alevi veya lanset şeklinde S.pneumoniae


Küçük, Gram negatif kokobasil H.influenzae


Küçük, Gram negatif diplokok Moraxella catarhalis


Pnömokok için (öz.bakteremik olgularda) kültür pozitifliği %50-60

H.influenzae için kültür pozitifliği %53-66

Balgam kültürlerinde invaziv yöntemle alınan örneklere göre daha fazla bakteri ortaya konur.

Orofarinksten gram-negatif basil kontaminasyonu kültürlerin %32’si.

Balgam kültürü değeri


DFA testleri Pneumocystis jirovecii için sensitivite %80 L.pneumophila için sensitivite %25-75 Chlamydophila pneumoniae için sensitivite %20-60 Spesifisite %90

Antijen testleri


M.tuberculosis ve Legionella için FDA onaylı testler M.tuberculosis için sensitivite %83.5, spesifisite %99 Yayma negatif, kültür pozitif hastalarda %63

sensitivite bildirilmiş. Yalancı pozitiflik %70 (aktif hastalığı olmadan önceden

TB maruziyeti olanlarda)

Diğerleri için standardizasyon olmaması ve infeksiyonu kolonizasyondan ayıramaması sorunlu.

Nükleik asid amplifikasyonu, PCR


Balgam veremeyen olgulardaGram boyama veya kültürde potansiyel bir

patojen baskınlığı olmadığındaAntibiyotiklere kötü cevap veren olgulardaBalgamda gram-negatif basiller veya mayalar

bulunduğunda Süperenfeksiyon olasılığında

Alt solunum sekresyon örneği almak için daha direkt metodlar gerekebilir.

Bronkoskopi


>103 CFU/mL klinik olarak önemliSensitivite %36-100, spesifisite %50-77 Gram boyama pozitifliği olan örnekte kültür

sensitivitesi %78 Fakat bazı hasta gruplarında (pürülan

bronşit, altta yatan yapısal hastalık) yararı düşük

Örnekleme alanı önemli: %30-40 yalancı negatiflik (AB kullanımı, teknik sorunu, bakteri sayısının düşüklüğü)

Korunmuş fırça yöntemi


Yaklaşık 100 milyon alveol örnekleniyor daha geniş bir AC alanı değerlendiriliyor

Tanısal eşik değeri: 104 CFU/mL (fırça yönteminden 10 kat fazla organizma)

AIDS hastalarında PCP tanısında değeri %89-98

M.tuberculosis tanısında yararlı. BAL kültür sensitivitesi %85

Milier TB’lu hastalarda balgam kültürünün yararı %25, BAL kültürünün %100’e yakın.

BAL


VİP tanısı koymada 105 CFU/mL eşik değerinin sensitivitesi korunmuş fırça veya BAL’la eşdeğer fakat spesifisitesi düşük

Nonbronkoskopik BAL sensitivitesi %70-80, spesifisitesi %66-96.

Endotrakeal aspirasyon


İmmunkompromize konak veya balgam veremeyen pediatrik grup

Perkütan AC aspirasyonu Tanısal değeri %30-82, yalancı negatiflik %18

Transbronşial AC biyopsisiTorakoskopi

Tanısal değeri %90, deneyimler yetersizAçık AC biyopsisi

Tanısal değeri %60-100

AC biyopsisi


TKP’de %30-50 parapnömonik effüzyon Komplike plevral sıvıda

Kültür pozitifliği pnömonide %50 M.tuberculosis için

PCR sensitivitesi %70, spesifisitesi %100 ADA sensitivitesi ve spesifisitesi %93

Gram boyama ve kültür için 1-2 mLFungal veya mikobakteriyel infeksiyon

şüphesinde >5 mL

Plevra sıvısı


Bakteriyel pnömonilerin yaklaşık %20-30’u bakteremi ile seyreder.

Hospitalize TKP’de %4-18 pozitifSpesifisitesi yüksekHospitalize tüm hastalardan alınmalı !

Kan kültürü


En az 20 mL. kan En az 2 (veya 3) hemokültür şişesi Farklı damarlardanEn az yarım saat ara ile

Uygun cilt antisepsisi (önce %70 alkol, ardından %0.5 klorheksidin veya iyodin tentürü veya %10 povidon-iyodin)

Şişe ağzı %70 alkolle silinmeliİğne değiştirilmemeli

Kan kültürü alma tekniği


Kateter varsa eşzamanlı periferik venden kültür Daha erken üreme sinyali Kantitatif kültür sistemi

Kateter ucu kültürü Semikantitatif kültür

>15 koloni Kantitatif kültür

SVK kültürü


S.pneumoniae’da Ag ve Ab testleri mevcut fakat hiç biri klinik olarak anlamlı değil

Legionella, M.pneumoniae, Chlamydophila pneumonia, Coxiella burnetii’de hızlı tanı koymada yararları sınırlı, sensitivite ve spesifisiteleri değişken

Serolojik testler


Legionella için sensitivitesi %80-95, spesifisitesi %99 tedaviden haftalar veya aylar sonra pozitif kalabiliyor.

S.pneumonia için (C polisakkarit hücre duvar antijeni) Sensitivitesi %65-100 (bakteremik hastalarda daha yüksek),

spesifisitesi%94-100, PPD %62 AB kullanımından etkilenmiyor Yalancı pozitiflik (non-pnömokokal organizmalarda zayıf

pozitiflik, nazofaringeal taşıyıcılığı olan çocuklar, pozitifliğin haftalarca devamı)

AB duyarlılığını göstermiyor Kabul edilebilir tanısal metod (IDSA/ATS) İdrarda pnömolizin ???

Üriner antijen testleri


S.pneumoniae’da deneysel.AIDS’de kan veya BAL sıvısında

Pneumocystis tanısındaLegionellaM.tuberculosis (identifikasyon süresini 59

günden 17-31 güne indirebilir)

PCR

Asıl başlık stili için tıklatınTKP’de tanısal testler için klinik endikasyonlar


Asıl başlık stili için tıklatınMycobacterium tuberculosis

Aerobik, sporsuz, hareketsizYüksek molekül ağırlıklı

lipidlerden oluşan kalın hücre duvarı

Yavaş üremeMakrofajlarca öldürülmeye

dirençli, bu hücreler içinde çoğalma


3 gün üst üste balgam örneği Steril kapBalgam çıkaramayanlarda

İndükte balgam Bronkoskopi (BAL) Gastrik aspirasyon

Balgam örneği toplama


Pozitiflik için balgamda >10.000 org/mLPulmoner TB’de balgamda basil %40-80Sensitivite %60Hızlı sonuç

Erlich-Ziehl-Neelson (EZN) boyama


Yayma, kurutma, tespit Karbol fuksin5 dk alttan ısıtma

Yıkama sonrası %3 asit-alkol 3-5 dk

Yıkama sonrası metilen mavisi 20-30 sn

Boyanın akıtılması ve yıkama

Erlich-Ziehl-Neelson (EZN) boyama

38

Asıl başlık stili için tıklatınARB derecelendirme kriterleri


Altın standartBalgamın dekontaminasyon-sıvılaştırma-

homojenizasyonu gerekli3 tip vasat kullanılabilir:

Solid yumurta bazlı (ör.Löwenstein Jensen by) Solid agar bazlı (ör.Middlebrook 7H11) Sıvı buyyon (ör.Middlebrook 7H12)

1-3 hf. İnkübasyon

Önerilen: Katı ve Sıvı by bir arada kullanılması

TB kültürü


Katı besiyerinde; 4-8 haftaSıvı besiyerinde; 2 hafta

Kenarları düzensiz, ortası karnıbahar görünümünde, soluk sarı-krem, kuru koloni

Sensitivite % 80-85Spesifisite % 98

TB kültürünün değeri

Asıl başlık stili için tıklatınKültür sonuçlarının rapor edilmesi


Amplified M.tuberculosis direkt test (Gen-Probe)AMPLICOR M.tuberculosis test (Roche)

Yayma (+) örnekler için sensitivite ve spesifisite >%95

Yayma (-) örnekler için sensitivite %40-77, spesifisite >%95

Tedavi cevabını izlemede kullanılamaz (ölü organizmaları ayıramaz)

Vücut sıvılarında yetersiz veri, tanısal değeri?, duyarlılığı düşük

Nükleik asid amplifikasyonu

TEŞEKKÜR EDERİM.

Health & Medicine

Solunum yolu infeksiyonlarında mikrobiyolojik yaklaşım