Bioinformatics Resources and Tools

Bioinforma)cs Resources and Tools

141212 Kanegae

1

Springer exemplar 〜学術論文中の特定の単語やフレーズが、どのような文脈・用法で使用されているのか?を検索 h:p://www.springerexemplar.com

Spr inger ’s co l lec)on to find authen)c examples of how a word or phrase is used in published literature.

2

興味のある研究がどの雑誌に掲載されているか？を調べることができる論文を投稿する際にも参考になる

どこの国で、その分野の研究が盛んであるか？を知ることが出来る

Pubmed検索でヒットしない文献も調べることが可能論文を執筆する際にも使える

phytozome 10 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

Sta)s)cs Genome Size 726,616,606 base pairs arranged in 2n=20 chromosomes Loci 33,032 loci containing protein-‐coding transcripts Transcripts 39,441 protein-‐coding transcripts 3

様々な植物のゲノム情報を収集できる

phytozome 10 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物ゲノム情報をダウンロード可能 fa -‐> fasta file annota)on file protein gene cds gff3 -‐> Generic Feature Format version 3

4

phytozome 10 Biomart 〜植物ゲノムDB h:p://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

Tools -‐> Biomart

5

IDの変換やOrtholog Table作成に便利

TogoTV 〜生命科学分野の有用なデータベースやツールの使い方を動画で紹介 h:ps://www.youtube.com/user/togotv

Tutorial videos of bioinforma2cs resources: online distribu2on trial in Japan named TogoTV

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OpenRefine 〜データセットのクリーニング, 解析, 変換ツール h:p://openrefine.org

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データの編集ができる外部データの利用など、Excelにはない様々な機能があるデータの名寄せをする際には便利


h:p://togows.dbcls.jp/entry/protein/" + value + "/defini)on" 8

外部データの利用


9 データの名寄せ

大文字か？小文字か？

カンマの有無の違い

difff デユフフ〜テキスト比較 h:p://difff.jp/

10

スクリプトを比較する際にも便利

Science

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