VIII Taller de Seguimiento Técnico de Proyectos FONTAGRO Julio 23 al 25 de 2013, Montevideo - Uruguay

Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para

enfrentar la inestabilidad climática”

Leve incremento de las temperaturas mínimas

Aumento en la variabilidad que puede provocar imprevisibilidad y eventos extremos

Componentes

Componente 1

_ Validación y estandarización de marcadores y metodologías de SAM

desarrolladas en Japón y las que están disponibles al público.

Componente 2

_ Implementación de la SAM en los programas de mejoramiento de las

instituciones del consorcio.

Componente 3

_ Evaluación en condiciones naturales de estrés de frío de las poblaciones

obtenidas por SAM.

Componente 4

_ Capacitación y divulgación.

VALIDACIÓN Y ESTANDARIZACIÓN

NaOH Calor

Protocolo de Extracción de ADN

Tris,HCl, NP40 Calor

Guía Práctica de Laboratorio Quintero y otros

Protocolos Fenotipado en Floración

I= IT x CP Índice de Duque & Cruz

SAM: IMPLEMENTACIÓN

Termociclador 384 Hasta 3

placas/equipo/día

Cámara de electroforesis vertical Acrilamida – Nitrato Plata Hasta 192 muestras/ gel

Cámara de electroforesis horizontal

Agarosa - SYBRsafe Hasta 240 muestras / gel

Micropipetas 8- canales

ARGENTINA - Vegetativo

URUGUAY -Reproductivo

BRASIL- IRGA

CHILE In

teg

ració

n

CIA

T - F

LA

R - N

AR

O

EVALUACIÓN EN CONDICIONES NATURALES DE ESTRÉS POR FRÍO

INTA- Argentina: Selección de siete líneas BC2F4.

INIA-Uruguay: Evaluación al frío en floración de BC2F2

Evaluación en Chile, de población BC2F2

VIVERO FONTAGRO

Argentina-Brasil-Chile-Uruguay

Oportunidades

Confianza : Facilita el flujo de información para agilizar procesos

Capacitación – Integración - Recursos

Quintero, C

Capacidad Logística

Incremento del 16% en la capacidad de evaluación fenotípica en floración Incorporación de alternativas de riego Ventajas comparativas a disponibilidad de la comunidad Fenotípado en condiciones controladas Fenotipado en campo y genotipado plántula Fenotipado en Campo y genotipado floración Genotipado y actualización de técnicas

Impacto

Silewah

Silewah

IRGA 424 FL11375-18-137 FL12378-2-58

1,5 – 3,0

7,0 - 12

t/ha

LECCIONES

Integración de RRHH y técnicas

Instituciones: FONTAGRO

Centros Internacionales Programas Nacionales

Apropiación del conocimiento

GRACIAS

Proyecto FTG-8009/08:“Selección asistida por marcadores moleculares para tolerancia al frío del arroz en el cono sur latinoamericano; una estrategia para

enfrentar la inestabilidad climática”

TestigoslosdefríoalTolerancia

ipoGenotidelfríoalTolerancia

IT

ITIT

C

i

normalesscondicioneeniGenotipo

fríodescondicioneenipoGenoti

G

GIT

i

c

ii

normalesscondicioneentestigogenotiposdepromedio

fríoentestigogenotiposdepromedio

C

CIT c

c

normalesscondicioneentestigoGenotipos

normalesscondicioneenipoGenoti

C

GCP i

I= IT x CP donde:

Índice de Duque & Cruz

Regiones asociadas con Tolerancia al frio

20cM

Tolerancia en etapa reproductiva

Tolerancia en germinacion

Chr1

qCTB1

Chr2

qCTB2

Chr3

Chr4 Chr5

Chr9 Chr12

qCTB12 qCTS12 qCTB9

qCTB5

qCTS4

Ctb1 Ctb2

qCTB3

Quintero, C.

Saito, et al

Evaluación genotípica de población BC2F3 en proceso

200 Materiales: 181 líneas BC2F3 19 progenitores + controles 11 Marcadores moleculares: 9 marcadores en QTLs Ctb1 y

Ctb2, que se han usado en la selección de progenies desde BC1F1.

Integración de 3 nuevos marcadores del QTL llamado qCTB3-Silewah, reportado por Mori et.al. (2011).

Concepto Expresión Interpretación

Prevalencia (prevalence)

Proporción de observados “ + ” (aceptables)

Potencia global de

diagnóstico (overall disgnostic power)

Proporción de observados “ – ” (no aceptables)

Tasa de clasificación

correcta (Correct classification rate)

Proporción de predicciones correctas (aceptables + no

aceptables)

Tasa de clasificación errada (Missclasification rate)

Proporción de predicciones incorrectas (aceptables + no

aceptables)

Nba )(

Ndc )(

Nda )(

Ncb )(

Matriz de confusión (frecuencias absolutas)

PREDICCIÓN (GENOTIPO)

“ + “ AAB

“ - “ BB

MARGINALES

OBSERVACIÓN (FENOTIPO)

“ + “ aceptable a b a + b

“ - “ no aceptable c d c + d

MARGINALES a + c b + d N

MC Duque E -- CIAT

Indicadores:

Probabilidades condicionales:

conoce fenotipo (fila) = p(f y g) / p(f)

PREDICCIÓN GENOTIPO

AAB BB MARGINAL

OBSERVACIÓN

FENOTIPO

aceptable p(AAB/a )

S p(BB/a) TF(BB)

1.00

no aceptable

p(AA B/na) TF(AAB)

p(B B/na) E

1.00

MARGINAL

Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo AAB ?

SENSIBILIDAD

Dado que el fenotipo es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo BB ?

TASA DE FALSO GENOTIPO BB

Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo AAB ?

TASA DE FALSO GENOTIPO AAB

Dado que el fenotipo no es aceptable, cuál es la probabilidad de tener genotipo BB ?

ESPECIFICIDAD

Matriz de confusión (frecuencias absolutas)

PREDICCIÓN (GENOTIPO)

“ + “ AAB

“ - “ BB

MARGINALES

OBSERVACIÓN (FENOTIPO)

“ + “ aceptable a b a + b

“ - “ no aceptable c d c + d MARGINALES a + c b + d N

MC Duque E -- CIAT