OXFORD NANOPORE: MinIONSECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN

Bothrops atrox

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

¿SECUENCIACIÓN DE TERCERA GENERACIÓN? MinION?

05/02/2023 2Unidad de Venómica Estructural y Funcional

El Genetista, El Químico y El Biólogo

3

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

George Church David Deamer Daniel Branton

UN POCO DE HISTORIA

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

4

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Hitos de la secuenciación nanopore

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

5

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

¿CÓMO FUNCIONA?

6

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

CONSTRUCCIÓN DE LA LIBRERÍA 7

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

(Jain et al. Nature Methods 2015.)

TECNOLOGÍA EN DESARROLLO

MinION(2015)

MinION MkIB(201

6)

8

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

α-Hemolisina (Exp)

MspA (R7)

MspA (R7)HOLEY GRAIL(R9)

MinION MAP(2014)

(Deamer, et al. 2015 Nature Biotchnology, Volumen 34, pag 519)

OUTPUT

.fast5

.fasta.fastq

https://www.hdfgroup.org/

9

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

HERRAMIENTAS PARA FORMATO FAST5

10

(Hengyun Lu, et al Oxford Nanopore MinION Sequencing and Genome Assembly, 2016)

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

11

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

APLICACIONES

PARTIMOS DE: 12

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Bothrops atrox

13NUESTRO TRABAJO HASTA EL MOMENTO

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Freq

uenc

y

Read length

Bothrops atrox

PRIMEROS RESULTADOS 14

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

PRIMEROS RESULTADOS

05/02/2023 15Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Secu

enci

a de

Ref

eren

cia

Secuencia de Interés

Grafico de Dot-Plot

PRIMEROS RESULTADOS

05/02/202316Unidad de Venómica Estructural y Funcional

NUESTRO OBJETIVO

17Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Echis ocellatus

AGRADECIMIENTOS:18

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Unidad de Venómica Estructural y Funcional

Unidad de Genética molecular