Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274

Bases de datos secundarias

Bases de datos secundarias

Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274

Bases de datos secundarias

http://prosite.expasy.org/

Puedes descargarte

la BD

Bases de datos secundarias

Información almacenada en PROSITE

Bases de datos secundarias

Información registrada en un Fichero .DAT

- La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea

- Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia

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Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE

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Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)

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Los registros PROSITE.DOC

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Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano)

1.- Descripción de las características de la familia o

dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen

2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado.

3.- Referencias bibliográficas

Códigos ID

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Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE

Referencias

Parte técnica

Descripción

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Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias

Puedes ir directamente a la

parte del registro .DOC que te

interesaEl patrón

Puedes ver el logo

Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)

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Logo del patrón almacenado en PROSITE

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PROSITE también almacena perfiles

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Construcción de perfiles

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Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)

Bases de datos secundariasPenalizaciones aplicadas

por defecto a la introduccion de

inserciones o deleciones y a sus extensiones

Región más tolerante a la presencia de indels

Distintos estados M (match) e I (insertion)

Puntuaciones específicas para cada posición

Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)

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Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)

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Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DOC de un perfil

Formato planoFormato PROSITE

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Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (2)

Bases de datos secundarias

Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (3)

Bases de datos secundarias

Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática.

PRORULE: Las reglas de PROSITE

Bases de datos secundarias

Cómo utilizar PRORULE

http://prosite.expasy.org/prorule.html

Introduce aquí el código de acceso de la

regla o una palabra clave

Puedes ver los registros de

PRORULE según diversos criterios

Bases de datos secundarias

Fichero .DAT de una regla

Bases de datos secundarias

Fichero de una regla en formato Nice Site

Bases de datos secundarias

Puedes ver los registros de la BD

según diversos criterios

Acceso directo a un registro de la

BD (introduciendo un código o una palabra clave)

Acceso directo a un registro de PROSITE

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Introduce aquí el nombre de un dominio:

leucine zipper

1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave

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PROSITE: Resultado de la búsqueda

Pincha aquí para acceder a la información

sobre el dominio (el fichero .DOC)

Bases de datos secundarias

El fichero .DOC contiene información sobre el dominio

Pincha aquí para ver el patrón o el

perfil (el fichero .DAT)

Bases de datos secundarias

El fichero .DAT describe el perfil del dominio

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http://prosite.expasy.org/scanprosite/

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Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador

válido)

1.- Búsqueda rápida

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Resultado de la búsqueda (1)

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Resultado de la búsqueda (2)

Ha encontrado dos perfiles

También ha encontrado

dos patrones

Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil

Pincha aquí para acceder a la

documentación del perfil

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Resultado de la búsqueda (3)

Ha encontrado dos patrones

Pincha aquí para acceder a la

documentación del patrón

Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón

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2.- Búsqueda avanzada

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Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1

Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against

the PROSITE collection of motifs

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Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2

Option 2 - Submit MOTIFS to scan them

against a PROTEIN sequence database.

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Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3

Option 3 - Submit PROTEIN sequences and

MOTIFS to scan them against each other.

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Bases de datos secundarias

Nucleic Acids Research 29 (2001): 202-204

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Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865-5871

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Puedes bajarte el software EMOTIF

http://motif.stanford.edu/distributions/emotif/

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Programas incluidos en el software EMOTIF