Bioinformatics Da wikipedia: Involve the use of techniques including: applied mathematics,...

BioinformaticsDa wikipedia:Involve the use of techniques including:applied mathematics, informatics, statistics, computer science, artificial intelligence, chemistry and biochemistry

to solve biological problems usually on the molecular level

I Computers nella scienza

Comunicazione

Informazione Calcolo

Banche datiSequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna- 100 miliardi di basi 100 milioni di sequenze 100 mila organismi

Testi: letteratura scientifica 15 milioni di articoli 5 mila riviste

Altre:strutture, enzimi, malattie, promotori etc..

Analisi di sequenzeSequenze: (proteine, geni, reg. regolative, rna)

1 sequenza nel 1977nel 1983 2000 in banca dati

strumenti e metodi per l'analisi delle sequenze sono alla base di quasi tutta la bioinformatica

Annotazione funzionale

Ricerche in banche dati

Motivi funzionali

Analisi filogeneticheRicostruire la storia evolutiva di geni e organismi

Bioinformatica strutturale

Visualizzazione

Classificazionee funzione

Predire la struttura

Trovare la struttura 3D di una proteina a partire dalla sua sequenza

Simulazioni

Drug design

Protein design

Docking

Genomicaacaccacacc cacaccacac ccacacccac acaccacacc cacacacaca cacacaccac acccacacac acccacacac cacaccacac ccacacacca cccacacaca cacaacacta ccctaatcta accctgtcca acctgtctcc aaacttaccc tccattacct tacctccccactcgttaccc tgccccattt aaccatacca cagcgaacca cgatccacat ctctacttcc taccaccaac ccaccgtcca ccataaccgt taccctccaa ctacccatat cctactccac tgccacttac cctgccattc ctctaccatc catcatctgg tactcactat actgttgttc tacccaccat attgaaacgc taacaaatga tcgtaaataa tacacatata cttaccctaccactccaatc ccaccaccac atgccatact caccttcact tgtatattga tatgccatac gcccacggat gctatagtat ataccatctc aaacttaccc tactttcaca ttccactcca tggcccatct ctcactaaat cagtaaatat gcacccacat cattatgcac ggcgcttgcc tcagcggtct ataccctttg ccatttaccc ataaattcca tgattatcta cattttaata tctatatctc atttggcggc ccaaaatatt gtataactgc ccttaataca tacgttatac tattttacac cgtatactaa ccactcaatt tatatacact tatgtcaatg t

Genomi al 4-2006

Finiti Incompleti In corso Totale

Procarioti 330 238 342 910

Funghi 9 33 20 62

Altri eucarioti 11 41 110 162

Totale 350 312 472 1134

AssemblaggioRicostruire un genoma da milioni di sequenze di DNA

Annotazione genomica

Cercare geni e promotori all’interno di un genoma

10 Kb

200 bp

1 Mb

200 Mb

Browser genomici

Genomica Comparata

altri "...omi"ProteomaTrascrittomaInterattomaMetaboloma

Nuove tecnologie

+ dati

- qualità

Analisi dei microarrays

Classificare i geni a seconda di quando e dovesono trascritti in RNA

Systems biology• Studio dei processi biologici (spesso a livello cellulare e

molecolare) considerati come sistemi composti da molte parti interagenti

• Raccolta dati• Modello matematico• Simulazione e previsione• Verifica

Reti di interazioni

Reti metaboliche

Simulazioni

in vivo

in vitro

in silicio

Cellule virtuali

Analisi di testiCercare di estrarre in modo automatico informazione scientifica dalla letteratura

Analisi di testi

OntologieClassificare e ordinare la conoscenza biologica