Chapter 36: Clinical microbiology

Chapter 36: Clinical microbiology

Näytteenotto

• Pumpulituppo, kurkku

• Neula, veri

• Putki, ohut-/paksusuoli

• Ulostenäytteet

• Virtsanäytteet

Nielunäyte

pumpulituppo

Veri-/selkäydinäyte

• Tavallisesti, veri on steriiliä

Kolonoskopia/sisätähystys (=endoskopia)

paksusuoli

mahalaukku

Kolonoskopia/ sisätähystys

Uloste- ja virtsanäytteet

Mikrobiston eroavaisuuksia limakalvo/uloste

Anaerobinen kuljetus

Redoxindikatori

Säilytys• Viljely: +4°C, vähän aikaa

• Ulostenäytteet anaerobisesti

• Molekyylibiologiset tekniikat: -70°C, monta vuotta

Mikrobien identifiointi

• Virukset

• homeet/hiivat

• Bakteerit

• Riketsia, klamydia, mykoplasma

• Parasiitit

Virusten identifiointi

• Soluviljely

• Immunologiset tekniikat– Fluoresoivat merkkityt vasta-aineet– ELISA– Lateksi agglutinaatio

• Molekyylibiologiset tekniikat– PCR

Virusten identifiointi

ELISA

Virusten identifiointiLateksi agglutinaatio

Virus

Virus

Virus Virus

Virus

Virus Virus

Virus

Sieni/hiiva identifiointi

• Morfologia

• Biokemialliset ominaisuudet

• Calcofluor valkoinen värjäys (kiinnittyy kitiiniin)

Parasiittien identifiointi

• Suoraan näytteestä (mikroskopointi)

• Immunologiset testit

Plasmodium vivax (malaria)Nematodit

Bakteerien identifiointi

• Selektiiviset mediumit:– vain yksi bakteeriryhmä kasvaa, muuiden

bakteerien kasvu estynyt

Gram -

Gram - Gram +

Gram +

Bakteerien identifiointi

• Differentiaaliset mediumit

PseudomonasaeruginosaEscherichia coli

MacConkey agar (selektiivinen ja differentiaalinen)

Bakteerien identifiointi

• Rikastus liuos– Jos näyte sisältää vähän bakteereja (veri,

selkäydinneste, jne.).

• Bakteerien näytteenotto– selektiiviset agarit– differentiaaliset agarit

Gram värjäys

Gram - Gram +

Bakteerien identifiointi biokemiset testit

Hiilihydraattifermentaattio

+ -

Happo - + + - +Kaasu - - + - +

Glukoosi

Katalaasitesti

H2O2katalaasi

O2 + H2O

Oksidaasitesti Sytokromioksidaasin läsnäolo aeroobeja

Liikkuvuustesti

pehmeäagari

Koagulaasi- ja gelatinaasitesti

Gelatinaasitesti

-

+

+

verihyytymä

Koagulaasi-testi

Ureaasitesti

Urea ureaasiCO2 + 2NH3

Kittitesti

Riketsia, klamydia, mykoplasma

• Riketsia: immunologiset testit (ELISA)

• Klamydia: Giemsa värjäys

• Mykoplasma: vasta-aine titteri

inclusion body

Testit ilman viljelyä

• Immunologiset testit

• DNA hybridisaatio

• Plasmidi sormenjälki

• 16S rRNA sekvenssi

• PCR

Immunologiset testit

Staphaurex (lateksitesti)

Bactigen

DNA hybridisaatioTuntematon DNA DNA probi

hybridisaatio

substraati

väri

Plasmidi sormenjälki

16S rRNA sekvenssi

AVAINSANAT (1)

• Näytteenotto

• Näytteensäilytys

• Virusten identifiointi: immunologiset tekniikat

• Sieni/hiiva identifiointi: Calcofluorvärjäys

• Parasiittien identifiointi: immunologiset tekniikat

AVAINSANAT (2)• Bakteerien identifiointi:

– selektiiviset, differentaaliset mediumit, Gram väräys

• Biokemiset testit:– hiilihydraattifermentaatio, katalaasi-,

oksidaasi-, liikkuvuus-, koagulaasi-, gelatinaasi-, ureaasitesti

• Viljetön testit– Immunologiset testit, DNA

hybridisaatio, Plasmidi sormenjälki, 16S rRNA sekvenssi, PCR