COMPARISON#OFTHREE#EXTRACTION#PROTOCOLS#FOR...

1.  6  litres  of  seawater  were  sampled  in  a  Nalgen®  bo5le  

2.  1  Litre  of  water  was    then  pumped  with  a  peristal:c  pump  

3.  A  prefiltra:on  was  done  through  10  and  3  µm  PC  membrane  filters    

4.  Prokaryotes  were  recolted  in  a  0.22  µm  Sterivex®  filter.  

COMPARISON  OF  THREE  EXTRACTION  PROTOCOLS  FOR  GENOMIC  STUDIES  OF  PELAGIC  BACTERIA  

Clarisse  Lemonnier    M2  Microbiologie  Fondamentale  et  Appliquée,  UBO  

lemonnier.clarisse@gmail.com    

INTRODUCTION  Ø  Culture-­‐independant  technics  are  essan:al  

to  assess  marine  bacterial  diversity  

Ø  The  first  step  is  cri:cal  :  DNA  extracAon  

MATERIALS  &  METHODES  

     OBJECTIVES  

à  Enough  DNA  quality  and  quan:ty?  à  Is  all  the  diversity  extracted?  

1  Filtra:ons  

Ø  Comparison  of  3  DNA  extracAon  applied  to  marine  bacteria                                        (collected  on  a  0,22µm  Sterivex  filter)    

2  Extrac:ons   3  Analyses  Protéinase  K  –  55°C  

   Phenol-­‐chloroform  

MO-­‐Bio  PowerSoil  kit  

S2  

S3  

S1  

DNA  quan:ty  and  quality  

Nanodrop1000  

Picogreen    Quant-­‐iTTM  PicoGreen®  kit.  

Diversity  analysis    

RESULTS  &  DISCUSSION  

ARISA    kit  Agilent  7500  

DNA  Quan:ty  and  Quality     Diversity  

S1  S3  S2  

PCR  of  ITS  

S1   S2   S3  

S1  allows  to  extract  the  greatest  DNA  quanAty  

S3  really  countains  DNA    DNA  quan<ty  extracted  with  S3  is  not  detactable  by  the  Picogreen  

S3  shows  the  highest  specific  richness    

a      b      c      -­‐        a      b      c      -­‐      a        b      c      -­‐                         +   -­‐  

A  too  longer  Ame  of  bead  beaAng  might  explain  the  low  DNA  extracted  with  the  S3  method.  However  it  seems  to  be  the  most  efficient  technic  to  beWer  asses  diversity  

5-­‐10min  

CONCLUSION  Finding  the  opAmal  extracAon  protocol  is  quite  complex  and  need  a  lot  of  few  rearrangements.  It  would  be  interesAng  to  repeat  S3  and  compare  different  Ame  of  bead-­‐beaAng.    

10  µm  3  µm