Molecular Typing of Salmonella enterica Serovars using Two PFGE Systems Geraldine Doran Martin...

Molecular Typing of Salmonella enterica Serovars using Two PFGE Systems

Geraldine DoranMartin Cormican

Interim Salmonella Reference LaboratoryIreland

Serovars S. KedougouS. Bredeney

Systems Pharmacia Gene NavigatorBio-Rad CHEF Mapper (PulseNet)

Molecular Typing of S.enterica Serovars using two PFGE Systems

Pharmacia: 4 Subtypes

CHEF Mapper: 7 Subtypes

S. Kedougou Results

Molecular Typing of S.enterica Serovars using two PFGE Systems

Comparison of 2 Systems

Time Pharmacia 6 DaysCHEF Mapper 4 Days (3)

Reproducibility Both reproducible

Result Quality CHEF MapperEasier to intrepretStandardised

PFGE of S. Kedougou using Pharmacia

λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ ? A4 A4 A1 λ

48.5

97.0

145

194

242

291

339

kb

PFGE of S. Kedougou using

CHEF Mapper

λ A1 A6 A2 λ A3 A3 A5 A4 λ A5 A5 A7 A1 λ

48

97

145

194

242

291339

kb

PFGE of S. Kedougou

CHEF Mapper Pharmacia

4897

145

242

339

kb Λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ

S Kedougou Pharmacia Reproducibility

λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ ? A4 A4 A1 λ λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ

Run 1 Run 2

48

97

145

194

242

291

339

kb

PFGE of S. Bredeney

48

97

145194

242291

kb λ A A2 A3 λ B C D E λ F G λ A A2 A3 B C D E F G λ

CHEF Mapper Pharmacia

Dendogram of S. Kedougou using Bionumerics Software

CHEF Mapper QuickerEasier to IntrepretMore ReproducibleStandardised (PulseNet)

Conclusions