Upload
others
View
2
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
MiniSeqالنظامدليل
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
2020سبتمبر
شركةمملوك ILLUMINAل
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت
ستندهذا شركةمملوكةومحتوياتهالم ,Illuminaل Inc،شركات ستخداميتعلقفيمافقطلعمالئهاالتعاقدياالستخدامإلىوتهدف")،Illumina("لهاالتابعةوال المنتجباالمنتجات) ستخداميتمأاليجبآخر.غرضأليوليسهناالموضح( ستندهذاا سخهأوعنه،الكشفأوإرساله،و/أوآخرغرضأليتوزيعهأوومحتوياتهالم بأين
سبقةخطيةموافقةدونآخرشكل التأليفحقوقأوالتجاريةالعالماتأواالختراع،ببراءاتتتعلقتراخيصأيIlluminaشركةتقدمال.Illuminaشركةمنمشر، ستند.هذابموجبأخرىأطرافأليالمماثلةالحقوقوالالعامالقانونحقوقأووالن الم
شكلوالمدربينالمؤهلينالموظفينعلىيجب ستندهذافيالواردةالتعليماتاتباعجيدب شكلالم سليماالستخدامضمانأجلمنوصريحصارمب للمنتجواآلمنالالمنتجات) ستندهذامحتوياتجميعقراءةتجببه.الموضحة( شكلوفهمهاالم ستخدامقبلكاملب المنتجات).(هذهالمنتجهذاا
شكلهناالواردةالتعليماتقراءةعدميؤديوقد المنتجات)،المنتجفيتلفحدوثإلىبوضوحواتباعهاكاملب ستخدمذلكفيبمالألشخاص،إصابةأو( أوالمشخاص المنتجات).المنتجعلىينطبقضمانأيوستفقدأخرى،بممتلكاتالضرروإلحاقآخرون،أ )
ستخدامسوءعنناجمةمسؤوليةأيILLUMINAشركةتتحملال المنتجات)المنتجا منها).أجزاءأوالبرامجذلكفي(بماهناالموضح(
شرالطبعحقوق ,Illuminaشركةلصالحمحفوظة2020لعام©والن Inc.محفوظة.الحقوقجميع
شركةمملوكةالتجاريةالعالماتجميع ,Illuminaل Inc.راجعالتجارية،العالماتحولمحددةمعلوماتعلىللحصولالمعنيين.أصحابهاأوwww.illumina.com/company/legal.html.
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم التii
MiniSeqنظامدليل
المراجعةتاريخريخالمستند صفالتا رو غيي الت
20014309رقمالمادةستند رقمالم
إصدار100000000269504
سبتمبر2020
شمللكيالبرنامجومعلوماتالتحميلتركيزاتتحديثتم سريعة.المجموعاتت ال
20014309رقمالمادةستند رقمالم
إصدار100000000269503
فبراير2020
شغيللخياراتالعملسيرمعلوماتتحديثتم شغيلبمديروالخاصةاليدويةالت المحلي.التا: تمتالمثبتةالجينوماتتحديثتم سبق وإضافةBacillus_cereus_ATCC_10987إزالةم
HumanRNAFusion.BaseSpaceحولالمعلوماتإزالةتمت Onsiteا.يعدلمألنه مدعوم
سيطةتعديالت للنص.ب
20014309رقمالمادةستند رقمالم
إصدار100000000269502
مارس2018
سمفيIlluminaلدىاالستباقيةالمراقبةخدمةحولمعلوماتإضافةتمت التحليل.إعداداتتهيئةقسمحذفتم ستخدما سجيلالمطلوبيناالفتراضيينالمروروكلمةالم شغيل.نظامإلىالدخوللت توصيالت
Illuminaستخدام بالموقع.الخاصةاالعتمادبياناتباسيطةتعديالت للنص.ب
20014309رقمالمادةستند رقمالم
إصدار100000000269501
سبتمبر2016
الوضعيتضمنوالذي،MiniSeqالتحكمبرنامجمن1.1.8اإلصدارإلىالبرنامجأوصافتحديثالتجريبي.شغيلبعدماغسيلمدةتحديث دقيقة.60إلىالتلقائيالتالتحليل.إلجراءBaseSpaceلتحديداإلرشاداتإلىالخادمتهيئةخطوةإضافةشغيلمديربرنامجأنمالحظة المعينة.األقراصمحركاتيدعمالالمحليالت
20002370رقمالمادةستند رقمالم
إصدار100000000269500
يناير2016
المبدئي.اإلصدار
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم التiii
MiniSeqنظامدليل
المحتوياتجدول1عامة نظرة1الفصل 1المقدمة
1اإلضافيةالمصادر2الجهازمكونات4التسلسلمستهلكاتعلىعامةنظرة
عدالجينومات 6مسبقاالمثبتةالبياناتوقوا
الستخدام بدء2الفصل 7ا7الجهازتشغيلبدء
عداداتتخصيص 7النظامإ9المستخدميوفرهاالتيوالمعداتالمستهلكات
11 التسلسل3الفصل 11المقدمةعداد 11المستهلكاتإ
12للتسلسلالمكتباتتحضيرعداد 13التسلسلتشغيلعمليةإ21التشغيلتقدممراقبة22التلقائيالتشغيلبعدماغسيل922رقمالموقعمنالمستعملالخزانإزالة
25 الصيانة4الفصل 25المقدمةجراء 25للجهازيدويغسيلإ
28البرنامجتحديثات
فAالملحق ألخطاء استكشا صالحهاا 31وإستكشافملفات 31وإصالحهااألخطاءا32األخطاءمنالتلقائيالتحققخطاء 33الفعليالوقتفيالتحليلأعادةعملسير 33التهجينإ
35النظاممنالتحققعدادات 37الشبكةتكوينإ38المخصصةالجينومات
38الجهازتشغيلإيقاف
لBالملحق 39الفعليالوقتفي التحلي39الفعليالوقتتحليلعلىعامةنظرة39واإلخراجاإلدخالملفات39الفعليالوقتفيالتحليلعملسير
تCالملحق إلخراج ملفا 43ا
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم التiv
43التسلسللعمليةاإلخراجملفاتخراجمجلدبنية 44التسلسلإ
44اإلدخالملفتحليلمتطلبات
45الفهرس
48الفنيةالمساعدة
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم التv
MiniSeqنظامدليل
عامةنظرة1الفصل 1المقدمةإلضافيةالمصادر 1ات زمكونا 2الجهاىعامةنظرة تعل كا 4التسلسلمستهل
ت توقواعدالجينوما االمثبتةالبيانا 6مسبق
المقدمة®Illuminaنظاميقدم MiniSeq™منالصناعةلمعاييرتمتثلالجودةعاليةتسلسلتقنيةIllumina،االستخدامسهلمكتبسطحنظامإلىباإلضافةالتكلفة.وقليل
الميزاتtنظاميعمل—الجودةعاليتسلسلMiniSeqوتسلسلالمستهدف،والتخصيبالمكبر،النوويالحامضوجزءالصغير،الجينومتمكينعلى
حجامباستخدام)RNA(الرايبوزيالنوويالحمض المنخفضة.المكتباتأtنظامبرنامجMiniSeq—نظاميتضمنMiniSeqالصور،بمعالجةوتقومالجهاز،تشغيلعملياتفيتتحكمالتيالمتكاملةالبرامجمنمجموعة
خرى،خياراتباستخدامالبياناتنقلوأدواتالجهازفيالبياناتتحليلبرنامجالحزمةتتضمناألساسية.االستدعاءاتوإنشاء تسلسلمركزمثلأBaseSpace.
tتتحليل زفيالبيانا حزمةالتشغيل.لعمليةالمحددةالتحليللوحدةوفقاالتشغيلبياناتبتحليلالمحليالتشغيلمديربرنامجيقوم—الجهاالبرنامج.فيمتضمنةتكونالتحليلوحدات
tتسلسلمركزتكاملBaseSpace®—تسلسلمركزمعالتسلسلعملسيريتكاملBaseSpace،لشركةالجينومعلمحوسبةوبيئةIlluminaتسلسلمركزإلىالفعليالوقتفياإلخراجملفاتتتدفقوالتعاون.والتخزين،البيانات،وتحليلالتشغيل،لمراقبةBaseSpace
جلمن التحليل.أtتتحميل كا خلالتدفقحجرةبوضعالتثبيتآليةتقوم—المناسبةالمستهل رتحميلها.بمجردالجهازدا التيمسبقاالمعبأةالكاشفخرطوشةتوف
ستخدم حدةلمرةت شفوا التعقبلتمكينمتكاملاتعريفاالكاشفوخرطوشةالتدفقخليةتتضمنالتالي.الجهازوغسيلللتشغيلالمطلوبةالكواالدقيق.
اإلضافيةالمصادروالمنتجاتوالتدريب،البرامج،منتجاتالمصادرتلكوتتضمنإضافية.مصادرIlluminaموقععلىMiniSeqبنظامالخاصةالدعمصفحاتتقدم
جعالتالية.والمستنداتالمتوافقة، حدثعلىللحصولباستمرارالدعمصفحاترا اإلصدارات.أ
ر صد الوصفالم
شاءمعالجالمخصصالبروتوكولمحدد سبمخصصةمتكاملةوثائقإلن شغيل،ومعلماتالمكتبات،تحضيرطريقةمعتتنا وطريقةالتستخدمةالتحليل شغيلالم سل.لت سل الت
ستندMiniSeqنظامموقعإعداددليل رقم(الم1000000002696(
ساحةمواصفاتيقدم البيئية.واالعتباراتالكهربية،والمتطلباتالمختبرية،الم
سالمةدليل ستندMiniSeqلنظامواالمتثالال رقم(الم1000000002698(
سالمةاعتباراتحولمعلوماتيقدم شغيلية،ال الجهاز.علىعالماتووضعاالمتثالوبياناتالت
ستخدامالهويةتحديدقارئامتثالدليل الراديوموجاتبا)RFID(ستند )1000000002699رقم(الم
ستخدامالهويةتحديدقارئحولمعلوماتيقدم االمتثال،وشهاداتالجهاز،في)RFID(الراديوموجاتباسالمة.واعتبارات ال
ستندMiniSeqلنظاموتخفيفهاالمكتباتتغييردليل (الم)1000000002697رقم
شغيلوتخفيفهاالمجهزةالمكتباتطبيعةتغيرحولتعليماتيقدم سل،لت سل PhiXالتحكموحدةوإعدادالتاالختيارية.
شغيلمديربرنامجدليل ستندالمحليالت رقم(الم1000000002702(
ستخدامحولمعلوماتيوفر شغيلمديربرنامجا المتوفرة.التحليلوخياراتالمحليالت
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت1
الجهازمكوناتالكاشف.وحجرةالتدفق،حجرةوحيزالمعلومات،وشريطباللمس،تعملشاشةMiniSeqنظاميتضمن
ل الجهازمكونات1الشك
Aعدادهالجهازتهيئةمنتمكن—باللمستعملشاشة جهةباستخداموإ التحكم.برنامجواBبالجهاز.المتضمنينالتشغيلونظامالكمبيوترجهازبتشغيليقوم–الطاقةزرCمنافذUSB—الطرفية.للمكوناتمالئمةتوصيالتبعملتقومDالتسلسل.تشغيلأثناءالتدفقحجرةيثبت—التدفقحجرةحيزEخضر)،التسلسللعمليةجاهزأو(برتقالي)،االنتباهيتطلبأو(أزرق)،المعالجةجارمثلالجهازحالةإلىيشير—الحالةشريط عندماأو(أ
(أصفر).التاليةساعةوعشريناألربعغضونفيضرورياالغسيليصبحFشفوزجاجةالكاشفخرطوشةيثبت—الكاشفحيز المستعملة.الكوا
التدفقحجرةحيزغالقأثناءغلقها.يتمعندماالحجرةتلكيؤمنالذيالتدفق،حجرةمزالجعلىالتدفقحجرةمنصةتحتوي قاعدةمنبالقربالدبابيستقومالمزالج،إالسوائليات.توصيالتخاللمنالتدفقحجرةمنافذبمحاذاةالمزالج
ل ز2الشك التدفقحجرةحي
Aزباب التدفقحجرةحيBالتدفقحجرةمزالجCالتدفقحجرةمنصةDالتدفقحجرةEالتدفقحجرةمزالجإطالقزر
سفلالموجودة-الحراريةالمحطةتتحكم وتسلسلها.العناقيدإنشاءيتطلبهاالتيالحرارةدرجةتغييراتفيالتدفق-حجرةمنصةأ
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت2
MiniSeqنظامدليل
مالحظةزمنبالقربالجهازفوقجسمأيتضعال التدفق.حجرةحي
الكاشفحجرةعداديتطلب شفزجاجةوتفريغالتشغيلمستهلكاتلتحميلالكاشفحجرةإلىالوصولMiniSeqنظامعلىالتسلسلتشغيلإ المستعملة.الكوا
ل شفحجرة3الشك الكا
Aشفزجاجة حملها.أثناءاالنسكابلمنعمحكمغطاءعلىتحتوي—المستعملةالكواBشفتقدم—الكاشفخرطوشة ستخدممسبقامملوءةمستهلكةمادةفيكوا حدة.مرةت واCب زبا الكاشف.حيزإلىالوصولمنيمكن—الكاشفحي
سحبالباب،لفتحللجهاز.السفليةالحافةعندالمفصالتناحيةمنالخارجإلىالكاشفحيزبابيفتح للباب.الجانبيةالحوافمناألمامإلىبرفقا
مالحظةشياءتضعال كرف.لالستخداممصممغيرالحيزبابالكاشف.حيزبابعلىأ
الطاقةزرجهةعلىالموجودالطاقةزريوصل ذبه.الخاصالكمبيوتروإلىالجهازإلىالطاقةالجهازوا الطاقةلحالةوفقاالتاليةاإلجراءاتالطاقةزرينفللجهاز.
طاقةحالة إلجراءال ا
بالطاقة.لتوصيلهالزرعلىوجيزةلفترةاضغطبالطاقةمتصلغيرالجهاز
شةعلىحوارمربعيظهرالطاقة.عنلفصلهالزرعلىوجيزةلفترةاضغطالطاقةبمصدرمتصلالجهاز شا شغيلإيقافلتأكيدال شكلالجهازت طبيعي.ب
الغلق.علىبهالخاصوالكمبيوترالجهازلتجبرثوانعشرلمدةالطاقةزرعلىاالستمرارمعاضغطالطاقةبمصدرمتصلالجهازستخدم شغيلإليقافالطريقةهذها ستجابتهعدمحالفيالجهازت فقط.ا
مالحظةالجهاز.طاقةتفصلفالالطبيعية،الظروفظلفيأما
عادةتتعذرنهائي.أمرهوالتشغيلوإنهاءالحال.فيالعمليةهذهينهيالتسلسلتشغيلأثناءالجهازففصل ستخدامإ وبياناتالتشغيلمستهلكاتاالمحفوظة.غيرالتسلسل
النظامبرنامجالجهاز.فيوالتحليلالتسلسلتشغيلعملياتبتنفيذتقوممتكاملةتطبيقاتالجهازبرامجحزمةتتضمن
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت3
MiniSeqنظامدليل
tالتحكمبرنامجMiniSeq—الجهاز،تشغيلعملياتفيوالتحكمالتسلسل،تشغيلعمليةإلعدادالخطواتخاللمنبإرشادكالتحكمبرنامجيقومحصائياتعلىعامةنظرةوعرض التشغيل.تقدمأثناءالتشغيلإ
tالفعليالوقتفيالتحليلبرنامج)RTA(—برنامجيقومRTAجعالتشغيل.عمليةأثناءاألساسيواالستدعاءالصورةتحليلبإجراء نظرةرا.39الصفحة فيالفعليالوقتتحليلعلىعامة
tستخدمالتسلسل،قبل—المحليالتشغيلمديربرنامج البياناتتحليليبدأالتحليل.وطريقةالتشغيلمعلماتلتحديدالمحليالتشغيلمديربرنامجاجراءبعدتلقائياالجهازفي جعالمعلومات،منلمزيدالتسلسل.إ .)1000000002702رقم(المستندالمحليالتشغيلمديربرنامجدليلرا
الحالةأيقوناتعلىفيالموجودةالحالةأيقونةتشير جهةشاشةفياأليمنالركنأ عدادخاللالحالةتغيرإلىالتحكمبرنامجوا التشغيل.خاللأوالتشغيلإ
الوصفالحالةاسمالحالةأيقونة
شكلالنظاميعملجيدةالحالة طبيعي.ب
بالمعالجة.النظاميقومالمعالجة
مطلوب.االنتباهانتباه
تحذير.حدثتحذيرشغيلعمليةبإيقافالتحذيراتتقومال المتابعة.قبلإجراءاتخاذتطلبأوالت
خطأ.حدثخطأشغيل.متابعةقبلإجراءاتخاذاألخطاءتتطلب الت
Closeوالرسالةلقبول(إقرار)Acknowledgeحددالحالة.وصفلعرضاأليقونةحددالحالة.فيتغيرحدوثعندلتنبيهكاأليقونةتومضغالق) الحوار.مربعإلغالق(إ
سلمستهلكاتعلىعامةنظرة سل التجراءيتطلب ستخدمالتيMiniSeqمجموعةMiniSeqنظامعلىالتسلسلتشغيلإ حدة.لمرةت شفتدفقحجرةمجموعةكلتتضمنوا والكوا
التسلسل.لتشغيلالمطلوبةمعلماتمعالتوافقولضمانللمستهلكاتدقيقتعقبعلىللحصول)RFID(الراديوموجاتتعريفنظامالكاشفوخرطوشةالتدفقحجرةتستخدمالمحددة.التشغيلعملية
التدفقحجرةجراءعليها،العناقيدإنشاءيتمالزجاجعلىقائمةركيزةهيالتدفقحجرة التدفق.حجرةخرطوشةفيمغلفةالتدفقحجرةتكونالتسلسل.تفاعلوإ
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت4
MiniSeqنظامدليل
ل التدفقحجرةمكونات4الشك
AالتصويرمنطقةBالتدفقحجرةحشيةCالمخرجمنفذDالمدخلمنفذ
شفتدخل حدة،الحارةذاتالتصويرمنطقةطريقعنوتعبرالمدخل،منفذعبرالتدفقحجرةالكوا منفذعبرالتدفقحجرةمنذلكبعدتخرجثمالواالمخرج.
لفبها،خاصأنبوبفيجافةحالةفيالتدفقحجرةشحنيتم درجةعندالغلقمحكمةالرقاقةحزمةفيالتدفقحجرةخزنمعدنية.رقاقةحزمةفيوتستخدامها.يحينحتىمئويةدرجات8إلىمئويتيندرجتينمنتتراوححرارة جعالمعلومات،منلمزيدا .12الصفحة فيالتدفقحجرةتحضيررا
الكاشفخرطوشةعلىعامةنظرةستخدممستهلكةقطعةهيالكاشفخرطوشة حدةلمرةت شفوالتسلسل،بالعناقيد،مسبقاتعبئتهاوتتمبرقاقة،مغلفةبخزاناتومزودةوا الغسيل.وكوا
ل شة5الشك شفخرطو الكا
حجرةإلىالكاشفخرطوشةمنتلقائياالمكتباتنقليتمالتشغيل،بدءبعدالمجهزة.المكتباتلتحميلمخصصخزانعلىالكاشفخرطوشةتحتويالتدفق.
تحذيرشفمنالمجموعةهذهتحتوي ىالكوا حتملكيميائيةموادعل إلصابةتحدثقدخطرة.تكونأني ستنشاقطريقعنالشخصيةا اك العها،المواد،تل كفيبماالحماية،معداتارتدوالعين.للجلدومالمستهاوابت زات،العين،واقيةذل المختبرومعطفوالقفا
شفمعتعاملللمخاطر.التعرضلتجنبالمناسب رهاالمستخدمةالكوا تباعتبا امنهاوتخلصكيميائيةنفايا واللوائحللقوانينوفقإلقليمية، جعبالسالمة،والمتعلقةوالصحية،البيئية،المعلوماتعلىللحصولبها.المعمولوالمحليةوالوطنية،ا السالمةبياناتورقةرا
)SDS(علىsupport.illumina.com/sds.html.
جعالمعلومات،منلمزيداالستخدام.يتمأنإلىمئويةدرجة15-إلىمئويةدرجة25-حرارةدرجةفيالكاشفخرطوشةخزن خرطوشةإعدادرا.11الصفحة فيالكاشف
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت5
MiniSeqنظامدليل
المحفوظةالخزاناتل المرقمةالخزانات6الشك
ضع الوصفالو
االختياريالمخصصللمشرعمحفوظة15و14و13
ل16 تتحمي المكتبا
9رقمالموقعفيلإلزالةالقابلالخزانجلمنلإلزالةقابلالخزانهذاالفورماميد.مادةعلىيحتويالذي9رقمالموقعفيتغيركاشفمسبقاالمعبأةالكاشفخرطوشةتتضمن تسهيلأجعالمعلومات،منلمزيدالتسلسل.تشغيلبعدمستعملغيركاشفأيمناآلمنالتخلص .22الصفحة في9رقمالموقعمنالمستعملالخزانإزالةرا
االمثبتةالبياناتوقواعدالجينومات مسبقعدمنمجموعةتثبيتيتممحاذاة.لعملمرجعوجوداألمريتطلبالتحليل،طرقأفضلعلىللحصول علىمسبقاالمرجعيةوالجينوماتالبياناتقوابالجهاز.الخاصالكمبيوتر
امثبتة الوصفمسبق
تقواعد سانmiRbase•البيانا لإلن•dbSNPسان لإلن•RefGeneسان لإلن
ت ثالرشاد•الجينوما•Bacillus_cereus_ATCC_
10987)الباردةالمناطقأبقار(األبقار•القولونيةاإلشريكيةساللة•
DH10Bالقولونيةاإلشريكيةساللة•
MG1655سوداءالفاكهةذبابة(الفاكهةذبابة•
)البطنسانبنية• شريالجنس(اإلن )الب
hg19
شري)RNA(الريبوزيالنوويالحمضاندماج• الب)المنازلفأر(فأر••PhiX)النرويجيالجرذ(جرذ•2.4.1سفايرويدز""رودوباكترالضوئيالتمثيلبكتيريا•ستافيلوكوكسالذهبيةالعنقوديةالكرويةالبكتيريا• أوريس)(
NCTC 8325)S288Cالخميرةفطريات(الخميرة•
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت6
MiniSeqنظامدليل
االستخدامبدء2الفصل زتشغيلبدء 7الجها
7النظامإعداداتتخصيصت كا تالمستهل 9المستخدميوفرهاالتيوالمعدا
شغيلبدء الجهازتعدادواكتمالمالئم،بشكلوتهيئتهالجهازتثبيتمنتأكد بالنظام.اإلخاللإلىجاهزايصبحأنقبلالجهازتشغيلبدءيؤديقدالجهاز.هذاإ
.I(التشغيل)وضعإلىالطاقةوضعتبديلزربتشغيلقم1
ل الجهازمنالخلفيالجزءفيالطاقةمفتاحيوجد7الشك
الكاشف.حيزفوقالموجودالطاقةزرعلىاضغط2المدمجين.التشغيلونظامالكمبيوترجهازبتشغيلالطاقةزريقوم
ل الجهازمناألماميالجزءفيالطاقةزريوجد8الشك
التشغيل.نظامتحميلانتهاءحتىانتظر3.Windowsالتشغيلنظامإلىالدخولتسجيلنافذةلفتحزرأيعلىاضغطالتهيئة.بعدWindowsالتشغيللنظامالرئيسيةالشاشةتفتح
ل4 ستشرالمطلوب.Windowsحسابإلىالدخولسج سمعلىللحصوللديكالمنشأةمسؤولا المرور.وكلمةالمستخدما
ستخدمحسابتحديدتمإذا5 برنامجتشغيليجبمسؤول،حسابتحديدتمإذاتلقائيا.وتهيئتهالنظامبتشغيلMiniSeqبرنامج التحكمفسيقومعام،مالمكتب.سطحعلىMiniSeqنظامرمزفوقالمزدوجالنقرخالل منMiniSeqالتحكم
النظامإعداداتتخصيصعداداتعلىالتحكمبرنامجيحتوي التالية:العملسيرولتفضيالتالجهازلتعريفللتخصيصقابلةإ
tستخدام عدادخطواتعلىللحصولالشاشةعلىتظهرالتيالمفاتيحلوحةا التشغيل.إtالتشغيل.نهايةفيالمستهلكاتمنالتخلص
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت7
tالصوت.مؤشراتتمكينtإلىالجهازأداءبياناتإرسالIllumina.
tتلقائيا.التشغيلعمليةلبدءالتشغيلقبلالتحققتأكيدتخطىtتسلسلمركز(فيتلقائياالبرنامجتحديثاتوجودمنالتحققBaseSpace Sequence Hub.(
tالعميل.وصفاتتمكين
الجهازتعريفتخصيصSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
مفضلة.صورةإلىوانتقلتصفححددللجهاز،الرمزيةالصورةلتعيين2
سماأدخلاللقب،حقلفي3 للجهاز.مفضلاا
الشاشة.إلىوالرجوعاإلعداداتلحفظ(حفظ)Saveحدد4شاشة.كلمناليمنىالعلويةالزاويةفيواالسمالصورةستظهر
التلقائيالتنظيفخيارتعيينSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
Purgeاالختيارخانةحدد2 consumables at end of runالتشغيل).نهايةفيالمستهلكات(إزالةشفمنالتخلصيتماإلعداد،هذاخاللمن شفزجاجةإلىالكاشفخرطوشةمنالمستخدمةغيرالكوا إذاتلقائيا.تشغيلكلبعدالمستخدمةالكواشففستبقىمعطلا،اإلعدادهذاكان شف.خرطوشةفيالمستخدمةغيرالكوا الكوا
مالحظةشفمنالتخلصيستغرقالمثال،سبيلعلىالعمل.سيرإلىإضافياوقتاالمستهلكاتمنالتخلصعمليةتضيف دورة300تشغيلبعدالكوا
تقريبا.دقيقة50)151 × 2(
الشاشة.منوالخروجاإلعداداتلحفظ(حفظ)Saveحدد3
التلقائيالبدءخيارتعيينSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
ختيارخانةحدد2 Skipا pre-run check confirmationالتشغيل).قبلالتحققعمليةتأكيد(تخطيجراءبعدتلقائياالتسلسلتشغيلببدءاإلعدادهذايقوم جراءبعديدوياالتشغيلفابدأمعطلااإلعدادهذاكانإذاناجح.تلقائيتحققإ ماتحققعمليةإالتشغيل.قبل
(حفظ).Saveحدد3
البرامجتحديثاتمنالتلقائيالتحققتعيينSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
Automaticallyاالختيارخانةحدد2 check for software updatesالبرامج).تحديثاتمنالتلقائي(التحققباإلنترنت.اتصالوجوديلزم
الشاشة.منوالخروجاإلعداداتلحفظ(حفظ)Saveحدد3
شةعلىتظهرالتيالمفاتيحلوحةخيارتعيين شا الSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
ختيارخانةحدد2 ستخداما ىتظهرالتيالمفاتيحلوحةا .الشاشةعلاإلعداد.تشغيلخطواتأثناءالكتابةمنالشاشةعلىتظهرالتيالمفاتيحلوحةاإلعدادهذايمكن
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت8
MiniSeqنظامدليل
(حفظ).Saveحدد3
الصوتيةالمؤشراتتمكينSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Customizationالنظام).(تخصيص
ختيارخانةحدد2 Playا audioالتالية.لألحداثالصوتمؤشراتلتشغيلالصوت)(تشغيلtالجهازتهيئةعندtتشغيلعمليةبدءعندtخطأحدوثعندtلمنتدخلإلىالحاجةعند المستخدمقبtالتشغيلانتهاءعند
(حفظ).Saveحدد3
Illuminaإلىالجهازأداءبياناتإرسالإلىالتشغيليةغيرالجهازبأداءالمتعلقةالبياناتإرسالعلىذلكويعملافتراضيا.Illuminaإلىالجهازبأداءالمتعلقةالبياناتإرسالخيارتمكينيتم
BaseSpaceتسلسلمركزخادم Sequence Hub.
المستخدميوفرهاالتيوالمعداتالمستهلكاتجلمنالتاليةوالمستهلكاتالمعداتتستخدم النظام.وصيانةالتسلسلأ
سلمستهلكات سل الت
كةالمادة رضالموردالمستهل غ ال
1N NaOHسيد الصوديوم)(هيدروك
0.1Nإلىالمكتبة،مخففتغييرالعامالمختبرمورد
%70الكحولية،آيزوبروبيلمناديلأو
%70إيثانول،
VWR، 95041-714كتالوج رقمأو يعادله)ما(
العامالمختبرمورد
العاموالغرضالتدفقحجرةتنظيف
ساحيقمنالخاليةالقفازات العامالغرضالعامالمختبرموردواحدةمرةلالستعمالوالقابلةالم
21905-026كتالوج # ،VWRالوبرقليلالمختبر،منديلأو يعادله)ما(
التدفقحجرةتنظيف
ستكشافالصيانةمستهلكات وإصالحهااألخطاءوا
كةالمادة رضالموردالمستهل غ ال
NaOCl، 5%الصوديوم)(هيبوكلوريت
Sigma-Aldrich،239305رقمكتالوجأو المختبرات)جودةدرجةيعادلما(
شغيل;بعديدويغسيلإجراء %0.12إلىمخففالت
%0.05إلىللجهاز;مخففيدويغسيلإجراءP7949رقمكتالوج,20Sigma-Aldrichتوين
االجودةعاليماء، للجهازيدويغسيلإجراءالعامالمختبرموردالمختبراتلمعاييروفق
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت9
MiniSeqنظامدليل
ستخدامإرشادات االجودةعاليالماءا المختبراتلمعاييروفقستخدم جراءاتلتنفيذاأليوناتمزالماءأوالمختبراتلمعاييروفقاالجودةعاليالماءدائماا سوىتستخدمالأبدا.الصنبورماءتستخدمالالجهاز.إيعادلها:ماأوالمياهمنالتاليةالفئات
tاأليوناتمزالماءtIllumina PW1
tأومميجا18ماء)MΩ(
tالنقاءعاليماء)Milli-Q(
tالنقاءفائقماء)Super-Q(
tاألحياءعلملمعاييروفقاالجزيئيالماء
المعدات
صر رعن صد م
العامالمختبرموردالصقيعمنخاليةمئوية،درجة15-إلىمئويةدرجة25-منتجميد،حجرة
العامالمختبرموردثلجدلو
العامالمختبرموردمئويةدرجات8إلىمئويةدرجة2منثالجة،
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت10
MiniSeqنظامدليل
التسلسل3الفصل 11المقدمةتإعداد كا 11المستهل
تتحضير 12للتسلسلالمكتبا13التسلسلتشغيلعمليةإعداد21التشغيلتقدممراقبة22التلقائيالتشغيلبعدماغسيلزالة 922رقمالموقعمنالمستعملالخزانإ
المقدمةالتسلسل.تشغيلعمليةإلعدادالبرنامجمتطلباتاتبعثمالتشغيلمستهلكاتبتحضيرقم،MiniSeqنظامفيتسلسلعمليةتشغيلإلجراء
العملسيرعلىعامةنظرة
شاء العناقيدإنالعناقيد.لتكونتتضخمثمالتدفق،حجرةسطحإلىالفرديةDNAجزيئاتتوجيهيتمالعنقود،إنشاءخالل
سل سل التتصويريتممفلورة.بمادةالموسومةالسلسلةنهاياتمننهايةلكلمحددةفلترةومجموعاتالقناةثنائيةالتسلسلكيمياءباستخدامالعناقيدتصويريتم
ستدعاءبإجراءالبرنامجيقومالتسلسل.دوراتمندورةلكلالعمليةتكررالتدفق.حجرةفيالموجودةالشريحةتصويراكتمالبعدالتاليةالشريحة اساسي، التالية.الصورةلتحليلالجودةوتسجيلوفلترة،أ
التحليلخراجموقعإلىاألساسياالستدعاءملفاتبنقلالتحكمبرنامجيقوم جلمنمحددإ للتحليلطرقعدةتتوفرالتشغيل.عمليةتقدمأثناءالبيانات،تحليلأ
ستخدامكحسب لديك.للنظامالمحددةالتحليلوتهيئةا
شغيلمدة سلت سل التجراؤها.يجبالتيالدوراتعددعلىالتسلسلتشغيلمدةتعتمد مقترنة،نهايةذاتدورة150بهاتشغيلعمليةهوالتشغيلعمليةلطولاألقصىالحدإ
مرة.كلفيدوراتلثمانيفهرسقراءتيحواليإلىباإلضافةاإللكتروني.IlluminaموقععلىMiniSeqنظاممواصفاتصفحةبزيارةتفضلاألخرى،النظامومواصفاتالمتوقعةللمددبالنسبة
القراءاتإحدىفيالدوراتعددجريتالتيالدوراتعدديكونالتسلسل،تشغيلفي حدةبدورةأكثرقراءةفيأ 150إلجراءالمثال،سبيلعلىتحليلها.تمالتيالدوراتعددمنوا
تحليلسيتمالتشغيلنهايةوفيدورة.302المجموعليصبح)151 × 2(قراءةلكلدورة151إلجراءالتشغيلبإعدادقممقترنة،نهايةذاتدورةستخداميتمدورة.151 × 2 المطاورة.قبلوماالمطاورةلحساباتقراءةكلفياإلضافيةالدورةا
المستهلكاتإعداد
الكاشفخرطوشةإعدادخرج1 مئوية.درجة15-إلىمئويةدرجة25-منحرارةدرجةفيالتخزينمنخرطوشة الكاشفأ
شفبإذابةقم2 المتابعة.قبلالقاعدةجففاإلذابة،عندالخرطوشة.تغمرالالتالية.المائيالحمامخياراتباستخدامالكوا
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت11
طريقة رحدلإلذابةالمتبقيالوقتال را الستق ا
ساعتينإلىيصلدقيقة35مئويةدرجة37مائيحمام
الغرفةحرارةدرجةفيمائيحماممئوية)درجة25إلىمئويةدرجة19(
ساعة24إلىيصلدقيقة90
لإلذابة.إضافياوقتااتركنفسه،المائيالحمامفيمتعددةخراطيشإذابةحالفيشفبإذابةقمذلك،منبدال التالية.الخياراتباستخدامالكوا
طريقة رحدلإلذابةالمتبقيالوقتال را الستق ا
الغرفةحرارةدرجةفيالهواءمئوية)درجة25إلىمئويةدرجة19(
ساعة24إلىيصلساعات5
ساعة72إلىيصلساعة18مئويةدرجات8إلىدرجتينمنحرارةدرجةفيالتبريد
شف.لخلطمراتخمسالخرطوشةاقلب3 الكوا
شفإذابةمنللتأكدالخرطوشةفيالكبيرةالخزاناتمنالسفليالجزءافحص4 الثلج.بلوراتمنوخلوهاالخزاناتوإذابةالكوا
الهواء.فقاعاتلتقليلالحافةعلىبلطفاضغط5
التدفقحجرةتحضيرمئوية.درجات8إلىدرجتينمنتتراوححرارةدرجةفيالتخزينمنالجديدةالتدفقحجرةحزمةأزل1
دقيقة.30لمدةالغرفةحرارةدرجةفيجانباالمغلقةالتدفقحجرةحزمةضع2
مالحظةالتدفق.لحجرةالمكررةوالتدفئةالتبريدعمليةتجنب
الرقائقي.غالفهامنالتدفقحجرةحاويةأزل3
المساحيق.منالخاليةالقفازاتمنجديدازوجاارتد4
الحاوية.منوأزلهاالبالستيكيةبالخرطوشةالتدفقحجرةأمسك5
ل التدفقحجرةأزل9الشك
ف6 الوبر.منوخاليةبالكحولمبللةقماشبقطعةالتدفقلحجرةالزجاجيالسطحنظ
.السوداءالتدفقحجرةحشيةحولاالقترابعندالحذرتوخالوبر.منخالعدساتتنظيفمنديلباستخدامجففها7
حكاممنتأكدالتدفق.حجرةمنافذفيعوائقأيوجودعدممنتأكد8 جيد.بشكلالحشيةإ
سلالمكتباتتحضير سل للت
وتخفيفهاالمكتباتتغييرجعالمعلومات،منلمزيداالختيارية.PhiXتحكمأداةوإضافةوتخفيفهاالمكتباتبتغييرقمالكاشف،خرطوشةعلىالمكتباتتحميلقبل تغييردليلرا
.)1000000002697رقم(المستندMiniSeqلنظاموتخفيفهاالمكتبات
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت12
MiniSeqنظامدليل
MiniSeqلنظامالتحميلحجميبلغ منالسريعة.للمجموعاتبيكوموالر1.6والقياسيةللمجموعاتبيكوموالر1.4التحميلتركيزيبلغ ميكرولتر.500الكمي.القياسوطرقالمكتبةتحضيرحسبالتحميلتركيزيختلفقدالعملية،الناحية
الكاشفخرطوشةفيالمكتباتتحميلف1 الوبر.قليلمنديلباستخدامهناالمكتبةتحميلوالمسمى16رقمالخزانتغطيالتيالرقاقيةالسدادةنظ
مل.1ونظيفةماصةبرأسالسدادةاثقب2
توزيعأثناءالرقاقيةالسدادةلمستجنب.16رقمالخزانإلىموالربيكو1.6أو1.4بتركيزالمجهزةالمكتباتمنلترميكرو500أضف3المكتبات.
ل المكتباتتحميل10الشك
شغيلعمليةإعداد سلت سل التعدادخطواتتختلف النظام:تهيئةحسبالتشغيلعمليةإ
tعدادشاشةفيالتشغيلمعلماتبتحديدالمستخدمينالنظاميطالب—المستقلةالتهيئة التحكم.ببرنامجالتشغيلإtضمنالمستخدمإدارةتمكينتمإذاالمحلي.التشغيلمديرفيمسبقاالمحددةالتشغيلعملياتقائمةمنخياركحدد—المحليالتشغيلمديرتهيئة
عدادات لةالمستخدمإدارةمطلوبة.الدخولتسجيلفمعلوماتالنظام،إ افتراضي.بشكلمعط
شغيلعمليةإعداد يدوية)(تهيئةت(تسلسل).Sequenceحددالرئيسية،الشاشةمن1
عدادشاشاتسلسلةويفتحالسابقةالتشغيلعمليةمنالمستهلكاتبتحريرالتسلسلأمريقوم التشغيل.إ
(يدوي).Manualحددالتشغيل،وضعشاشةمن2
ري3 ختيا Useحدد—ا BaseSpace Sequence Hubستخدام أووالتخزينالتشغيلعمليةمراقبةحدد).BaseSpaceتسلسلمركز(اباإلنترنت.واالتصالBaseSpaceتسلسلمركزإلىالدخولتسجيليلزمتمكينه،يتمعندمافقط.التشغيلعمليةمراقبة
شغيلمعلماتإدخال التسمأدخل1 تفضله.الذيالتشغيلعمليةا
ري]2 ختيا ا تفضله.الذيالمكتبةمعرفأدخل[
.مقترنةنهايةوإمافرديةقراءةإماالقراءة،نوعحدد3
التسلسل.تشغيلفيقراءةلكلالدوراتعددأدخل4tدورة.151إلىتصلقيمةأدخل—1رقمقراءةtشرعدورات8إلىتصلقيمةأدخل—1رقممؤشر ).i7(1رقمالمؤشرلمt2رقمالمؤشرلمشرعدورات8إلىتصلقيمةأدخل—2رقممؤشر)i5.(
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت13
MiniSeqنظامدليل
t1رقمللقراءةنفسهالدوراتعددهيالقيمةهذهتكونماعادةدورة.151إلىتصلقيمةأدخل—2رقمقراءة.التالية:المعاييرباستخدامالمحددةالدوراتعددالتحكمبرنامجيؤكدtللتشغيل.المحملةالكاشفخرطوشةعلىبناءبهاالمسموحللدوراتاألقصىالحدالدوراتمجموعيتجاوزالtقالب.إلنشاءالمطلوبةدوراتالستمنأكبر1رقمللقراءةالدوراتتكونt2و1القراءةدورتيالفهرسقراءةدوراتتتجاوزال.
مالحظةجريالتيللمكتباتالفهرسقراءةلدوراتالمناسبللعددتحديدكمنتأكد جعالمعلومات،منلمزيدتسلسلا.لهات تحضيرمستنداترا
المكتبة.
ري]5 ختيا ا المستخدم.للمشرعاالختيارخانةفحددمخصصا،مشرعاتستخدمكنتإذا[t1رقمللقراءةمخصصمشرع—1رقمقراءة.t1رقملفهرسمخصصمشرع—1رقمفهرس.t2رقملفهرسمخصصمشرع—2رقمفهرس.t2رقمللقراءةمخصصمشرع—2رقمقراءة.
ري]6 ختيا ا عداداتتغييريتم[ الحالية.التشغيلعمليةإtزالة تإ كا عمليةالمستهل الحالية.التشغيلعمليةبعدتلقائياالمستهلكاتإلزالةاإلعدادتغييريتم—هذهالتشغيللtإلخراجمجلد المجلد.موقعإلىلالنتقال(تصفح)Browseحددالحالي.للتشغيلاإلخراجمجلدموقعبتغييرقم—ا
(التالي).Nextحدد7
مالحظةالتسلسل.تشغيلخاللأواآلليالفحصخاللالتدفقحجرةحيزبابأوالكاشفحجرةبابتفتحال
التدفقحجرةتحميلزبابافتح1 التدفق.حجرةحي
التدفق.حجرةلمزالجاأليمنالجانبعلىالتحريرزرعلىاضغط2
ل فتح11الشك التدفقحجرةمزالجا
وجدت.إنالسابقة،التشغيلعمليةفيالمستعملةالتدفقحجرةأزل3
فالتدفق.حجرةمنصةنظافةمنتأكد4 مخلفات.وجودحالفيبالكحول،مبللةقماشقطعةباستخدامالتدفقحجرةمنصةنظ
المسامير.بمحاذاةمنصتهاعلىالتدفقحجرةضع5
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت14
MiniSeqنظامدليل
ل المنصةعلىالتدفقحجرةضع12الشك
غلق6 غلقها.إلحكامالتدفقحجرةمزالجأ
ل التدفقحجرةمزالجأغلق13الشك
غلق7 زبابأ التدفق.حجرةحي
الكاشفخرطوشةتحميلزبابافتح1 الكاشف.حي
وجدت.إنالمستخدمة،الكاشفخرطوشةأزل2
مالحظةقابلايكونكي9رقمالموقعفيالموجودالخزانصممالفورماميد،علىيحتويالذيالمستعملغيرالكاشفمناآلمنالتخلصلتسهيلجعلإلزالة. .22الصفحة في9رقمالموقعمنالمستعملالخزانإزالةرا
زإلىتنزلقالكاشفخرطوشةدع3 الخرطوشة.تتوقفحتىالكاشفحي
ل شةتحميل14الشك شفخرطو الكا
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت15
MiniSeqنظامدليل
شفزجاجةتفريغ المستعملةالكواشفزجاجةأزل1 الحيز.منالمستعملةالكوا
ل شفزجاجةأزل15الشك ستعملةالكوا الم
شفزجاجةحملعندالتسربلمنع2 غلقالمستعملة،الكوا محكم.بغطاءالزجاجةفتحةأ
ل شفزجاجةأغلق16الشك ستعملةالكوا الم
بها.المعمولللمعاييروفقاالمحتوياتمنتخلص3
تحذيرشفمنالمجموعةهذهتحتوي ىالكوا حتملكيميائيةموادعل إلصابةتحدثقدخطرة.تكونأني طريقعنالشخصيةا
ستنشاق كا العها،المواد،تل كفيبماالحماية،معداتارتدوالعين.للجلدومالمستهاوابت زات،العين،واقيةذل ومعطفوالقفاشفمعتعاملللمخاطر.التعرضلتجنبالمناسبالمختبر رهاالمستخدمةالكوا تباعتبا امنهاوتخلصكيميائيةنفايا وفقإلقليمية،واللوائحللقوانين جعبالسالمة،والمتعلقةوالصحية،البيئية،المعلوماتعلىللحصولبها.المعمولوالمحليةوالوطنية،ا را.support.illumina.com/sds.htmlعلى)SDS(السالمةبياناتورقة
شفزجاجةدعاإلحكام،غطاءإزالةمع4 زإلىتنزلقالفارغةالمستعملةالكوا تتوقف.حتىالحي
غلق5 خترالحيزبابأ (التالي).Nextوا
شغيلمعلماتتأكيد التالتشغيل.معلماتتأكيد1
التالية:المعاييرباستخدامالمحددةالدوراتعددالتحكمبرنامجيؤكدtللتشغيل.المحملةالكاشفخرطوشةعلىبناءبهاالمسموحللدوراتاألقصىالحدالدوراتمجموعيتجاوزالtقالب.إلنشاءالمطلوبةدوراتالستمنأكبر1رقمللقراءةالدوراتتكون
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت16
MiniSeqنظامدليل
t2و1القراءةدورتيالفهرسقراءةدوراتتتجاوزال.
مالحظةجريالتيللمكتباتالفهرسقراءةلدوراتالمناسبللعددتحديدكمنتأكد جعالمعلومات،منلمزيدتسلسلا.لهات تحضيرمستنداترا
المكتبة.
ري]2 ختيا ا (حفظ).Saveحدداالنتهاء،عندالتشغيل.معلماتلتغيير(تحرير)Editحدد[tت قراءة.لكلالدوراتعددأوالقراءةنوعتغييريتم—التشغيلمعلماtمخصص.مشرععلىللحصولاإلعداداتتغييريتم—مخصصمشرع
(التالي).Nextحدد3
مالحظةالتسلسل.تشغيلخاللأواآلليالفحصخاللالتدفقحجرةحيزبابأوالكاشفحجرةبابتفتحال
شغيلقبلمافحصمراجعة التجع1 اآللي.التحققنتائجرا
tحددالجارية،التحققعمليةإليقافCancel.(إلغاء)tطلب جراء،اتخاذمنكي جلمنإ جعالمتابعة.يمكنكأنقبلالفحصتجتزلمالتيالعناصرأ .32الصفحة فياألخطاءمنالتلقائيالتحققراtحددالتحقق،تشغيلإلعادةRetryعادة ناجحة.غيرأومكتملةغيرتحققعمليةأولعندالتحققيستأنفالمحاولة).(إ
خترالتشغيل،لبدء2 التالية.الخياراتبينمناtفحددالتحقق،عمليةنجاحبعدتلقائياللبدءمهيأالنظاميكنلمإذاStart.(البدء)tجدعليكيتوجبالتلقائيا.التسلسلتشغيليبدأالتحقق،عمليةنجاحبعدالتلقائيللبدءمهيأالنظامكانإذا ذلك،ومعالتحقق.عمليةأثناءالتوا
خطاءأيحدثتإذا تلقائيا.التشغيليبدأفلنالتحقق،عمليةخاللأ
شغيلعمليةإعداد شغيلمدير(تهيئةت المحلي)الت(تسلسل).Sequenceحددالرئيسية،الشاشةمن1
عدادشاشاتسلسلةويفتحالسابقةالتشغيلعمليةمنالمستهلكاتبتحريرالتسلسلأمريقوم التشغيل.إ
عدادشاشةمن2 Localحددالتشغيل؛عمليةإ Run Managerالمحلي).التشغيل(مدير
ري3 ختيا Useحدد—ا BaseSpace Sequence Hubستخدام أووالتخزينالتشغيلعمليةمراقبةحدد).BaseSpaceتسلسلمركز(اباإلنترنت.واالتصالBaseSpaceإلىالدخولتسجيليلزمتمكينه،يتمعندمافقط.التشغيلعمليةمراقبة
سجيل شغيلمديرإلىالدخولت المحليالتسمأدخل1 بك.الخاصينالمروروكلمةالمستخدما
عتمادبياناتوجوديلزمال المحلي.التشغيلمديرمستخدمإدارةتشغيلإيقافعندالدخولتسجيلا
(التالي).Nextحدد2
شغيلعمليةتحديد المتاحةالتسمحدد1 المتاحة.التشغيلعملياتقائمةمنتشغيلعمليةا
ستخدم سمأدخلأوالقائمةخاللللتمريرألسفلوسهمألعلىسهما البحث.حقلفيتشغيلعمليةا
(التالي).Nextحدد2
التدفقحجرةتحميلزبابافتح1 التدفق.حجرةحي
التدفق.حجرةلمزالجاأليمنالجانبعلىالتحريرزرعلىاضغط2
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت17
MiniSeqنظامدليل
ل فتح17الشك التدفقحجرةمزالجا
وجدت.إنالسابقة،التشغيلعمليةفيالمستعملةالتدفقحجرةأزل3
فالتدفق.حجرةمنصةنظافةمنتأكد4 مخلفات.وجودحالفيبالكحول،مبللةقماشقطعةباستخدامالتدفقحجرةمنصةنظ
المسامير.بمحاذاةمنصتهاعلىالتدفقحجرةضع5
ل المنصةعلىالتدفقحجرةضع18الشك
غلق6 غلقها.إلحكامالتدفقحجرةمزالجأ
ل التدفقحجرةمزالجأغلق19الشك
غلق7 زبابأ التدفق.حجرةحي
الكاشفخرطوشةتحميلزبابافتح1 الكاشف.حي
وجدت.إنالمستخدمة،الكاشفخرطوشةأزل2
مالحظةقابلايكونكي9رقمالموقعفيالموجودالخزانصممالفورماميد،علىيحتويالذيالمستعملغيرالكاشفمناآلمنالتخلصلتسهيلجعلإلزالة. .22الصفحة في9رقمالموقعمنالمستعملالخزانإزالةرا
زإلىتنزلقالكاشفخرطوشةدع3 الخرطوشة.تتوقفحتىالكاشفحي
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت18
MiniSeqنظامدليل
ل شةتحميل20الشك شفخرطو الكا
ختر4 فقط.المتوافقةالوصفاتسرديتمالمنسدلة.الوصفاتقائمةمنوصفةا
شفزجاجةتفريغ المستعملةالكواشفزجاجةأزل1 الحيز.منالمستعملةالكوا
ل شفزجاجةأزل21الشك ستعملةالكوا الم
شفزجاجةحملعندالتسربلمنع2 غلقالمستعملة،الكوا محكم.بغطاءالزجاجةفتحةأ
ل شفزجاجةأغلق22الشك ستعملةالكوا الم
بها.المعمولللمعاييروفقاالمحتوياتمنتخلص3
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت19
MiniSeqنظامدليل
تحذيرشفمنالمجموعةهذهتحتوي ىالكوا حتملكيميائيةموادعل إلصابةتحدثقدخطرة.تكونأني طريقعنالشخصيةا
ستنشاق كا العها،المواد،تل كفيبماالحماية،معداتارتدوالعين.للجلدومالمستهاوابت زات،العين،واقيةذل ومعطفوالقفاشفمعتعاملللمخاطر.التعرضلتجنبالمناسبالمختبر رهاالمستخدمةالكوا تباعتبا امنهاوتخلصكيميائيةنفايا وفقإلقليمية،واللوائحللقوانين جعبالسالمة،والمتعلقةوالصحية،البيئية،المعلوماتعلىللحصولبها.المعمولوالمحليةوالوطنية،ا را.support.illumina.com/sds.htmlعلى)SDS(السالمةبياناتورقة
شفزجاجةدعاإلحكام،غطاءإزالةمع4 زإلىتنزلقالفارغةالمستعملةالكوا تتوقف.حتىالحي
غلق5 خترالحيزبابأ (التالي).Nextوا
شغيلمعلماتتأكيد التالتشغيل.معلماتتأكيد1
التالية:المعاييرباستخدامالمحددةالدوراتعددالتحكمبرنامجيؤكدtللتشغيل.المحملةالكاشفخرطوشةعلىبناءبهاالمسموحللدوراتاألقصىالحدالدوراتمجموعيتجاوزالtقالب.إلنشاءالمطلوبةدوراتالستمنأكبر1رقمللقراءةالدوراتتكونt2و1القراءةدورتيالفهرسقراءةدوراتتتجاوزال.
مالحظةجريالتيللمكتباتالفهرسقراءةلدوراتالمناسبللعددتحديدكمنتأكد جعالمعلومات،منلمزيدتسلسلا.لهات تحضيرمستنداترا
المكتبة.
ري]2 ختيا ا (حفظ).Saveحدداالنتهاء،عندالتشغيل.معلماتلتغيير(تحرير)Editحدد[tت قراءة.لكلالدوراتعددأوالقراءةنوعتغييريتم—التشغيلمعلماtمخصص.مشرععلىللحصولاإلعداداتتغييريتم—مخصصمشرع
(التالي).Nextحدد3
مالحظةالتسلسل.تشغيلخاللأواآلليالفحصخاللالتدفقحجرةحيزبابأوالكاشفحجرةبابتفتحال
شغيلقبلمافحصمراجعة التجع1 اآللي.التحققنتائجرا
tحددالجارية،التحققعمليةإليقافCancel.(إلغاء)tطلب جراء،اتخاذمنكي جلمنإ جعالمتابعة.يمكنكأنقبلالفحصتجتزلمالتيالعناصرأ .32الصفحة فياألخطاءمنالتلقائيالتحققراtحددالتحقق،تشغيلإلعادةRetryعادة ناجحة.غيرأومكتملةغيرتحققعمليةأولعندالتحققيستأنفالمحاولة).(إ
خترالتشغيل،لبدء2 التالية.الخياراتبينمناtفحددالتحقق،عمليةنجاحبعدتلقائياللبدءمهيأالنظاميكنلمإذاStart.(البدء)tجدعليكيتوجبالتلقائيا.التسلسلتشغيليبدأالتحقق،عمليةنجاحبعدالتلقائيللبدءمهيأالنظامكانإذا ذلك،ومعالتحقق.عمليةأثناءالتوا
خطاءأيحدثتإذا تلقائيا.التشغيليبدأفلنالتحقق،عمليةخاللأ
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت20
MiniSeqنظامدليل
شغيلتقدممراقبة التالشاشة.علىتظهرمقاييسشكلعلىالجودةودرجاتوالكثافات،التشغيل،تقدممراقبة1
ل شغيلتقدم23الشك سلت سل سهالت ومقايي
Aر—التشغيلتقدم ظه خطوة.لكلالتشغيللمعدلمناسباليسالتقدمشريطقراءة.كلفيالمكتملةالدوراتوعددالحاليةالخطوةيBر—الجودةسجل ظه جعالجودة).(درجاتالجودةدرجاتتوزيعي .42الصفحة فيالجودةدرجاتتعيينراCكثافة ر—ال ظه هوواألخضر،Aهواألحمرقاعدة:كلإلىالمخططألوانتشيرشريحة.لكلالتسعينالمئويةالنسبةفيالعنقودكثافاتقيمةت
C،هوواألزرقG،هوواألسودT.Dعنقودكثافة ك/ممال ر—)²( ظه للتشغيل.عنهاالكشفتمالتيالعناقيدعددتEعناقيدمرورفلترة ر—(%)ال ظه جعالفلتر.منالعناقيدلمرورالمئويةالنسبةت .41الصفحة فيالفلترمنالعناقيدمرورراFجيجاالمقدرةالنتيجة ر—بايت)( ظه للتشغيل.المتوقعةاألسسعددتGتنقلحالة ر—البيانا ظه التحليل.تهيئةعلىبناءالبياناتنقلحالةتHلوقت الكتما ر—ا ظه ساعة:دقيقة).يومشهر-(سنة-حدوثهووقتالتشغيلإكمالتاريخي
مالحظةختياربعد ،BaseSpaceفيالتشغيلمقاييسإلىالوصوليمكنذلك،ومعالتشغيل.مقاييسالستعراضالعودةيمكنكلنالرئيسية،الصفحةاالتشغيلمديرباستخدامبالشبكةمتصلكمبيوترجهازخاللمنأوالتسلسل،تحليلعارضباستخدامبالشبكةمتصلكمبيوترجهازخاللمن
المحلي.
شغيلمقاييسدورات التالتشغيل.عمليةفيمختلفةبمواضعالتشغيلمقاييستظهر
tالعناقيد.إنشاءخطواتأثناءمقاييستظهرالtالقالب.إلنشاءدوراتخمسأولحفظتمtاألولى.الدورةوكثافاتالخامالعنقودكثافةتتوفرالسادسة،الدورةوفيtالجودة.ودرجاتوالنتيجة،العناقيد،مرورفلترةستتوفردورة،25وبعد
البياناتنقلحالةاالتصال.حالةإلىلإلشارةالتشغيلعمليةأثناءالشاشةعلىأيقونةستظهرالمحددة،التحليللتهيئةوفقا
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت21
MiniSeqنظامدليل
رBaseSpaceالحالة لمدي مستقلةالمحليالتشغي
متصلة
البياناتنقلجار
متصلةغير
معطلة
اإلضافي،الناتجمجلدوموقعBaseSpaceإلىالتشغيلبياناتنقلحالةفيالمثال،سبيلعلىالشاشة.علىمتعددةأيقوناتتظهرأنالممكنمن.BaseSpaceوأيقونةمستقلةأيقونةستظهر
سخخدمة العالميةالنموقعإلىالملفاتالخدمةتنسخالملفات،بإنشاءالفعليالوقتفيالتحليليقومأنبمجردالعالمية.النسخخدمةMiniSeqنظامبرامجحزمةتتضمنالمحدد.اإلخراجمجلدستئنافسيتماالتصال،وضعيتحسنوعندمابالجهاز.الخاصالكمبيوترعلىمؤقتاالبياناتتخزينفسيتمالتشغيل،أثناءالبياناتنقلعمليةقطعتمإذا ايدويا.المفضلالمكانإلىالبياناتنقلفسيتمالتشغيل،انتهاءقبلاالتصاليتحسنلموإذاالتشغيل.أثناءتلقائياالبياناتنقل
BaseSpaceإلىالنقل.BaseSpaceإلىالعالميةالنسخخدمةمنباستمرارالبياناتتنقل.BaseSpaceإلىالتشغيلبياناتنقلعلىالعالميةالنسخخدمةتعمل
العالمية.النسخخدمةحالةعنالنظربغضالموقعهذاإلىنقلهافسيتمالتشغيل،لبياناتإضافياموقعاحددتإذا
شغيلبعدماغسيل التلقائيالتجراءفيالبرنامجيبدأالتسلسل،تشغيلاكتمالعند فيالموجودين)NaOCl(الصوديوموكلوريدالغسيلمحلولباستخدامالتشغيلبعدتلقائيغسيلإ
الكاشف.خرطوشةظاهرةالتسلسلنتائجتظلالرئيسية.الصفحةزرتفعيليتمسوفالغسيل،عمليةاكتمالعندتقريبا.دقيقة60التلقائيالتشغيلبعدماغسيليستغرقالغسيل.عمليةأثناءالشاشةعلى
الغسيلبعدالتشغيلعمليةموعديحينحتىمكانهافيالخرطوشةدعالنظام.فيالدخولمنالهواءلمنعالسفليالموضعفيالشفطأكوابستبقىالغسيل،بعد
التالية.
9رقمالموقعمنالمستعملالخزانإزالةقبلمنفصل،بشكلمنهللتخلص9رقمالموقعمنالخزانإزالةيمكنكالفورماميد.مادةعلىالكاشفلخرطوشة9رقمالموقعفيالخزانيحتويالمستعملة.الكاشفخرطوشةمنالتخلص
الثالثة.االتصالنقاطلقطع9رقمالموقعفيالمنفصلاألبيضالمقبضعلىألسفلوالضغطالقفازاتارتداء1
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت22
MiniSeqنظامدليل
ل 9رقمالموقعفيالمنفصلالمقبض24الشك
AكاملاالمنفصلالمقبضيظهرBالخزانمشبك
الخرطوشة.غطاءتحتالمقبضهذاينزلقكيللخرطوشة،اليسرىالحافةتجاهجانباينزلقالمنفصلالمقبضدع2
ل شبكيصبحالمنفصل،المقبضإزالةعند25الشك االخزانم شوف مك
AالخرطوشةغطاءتحتالمنفصلالمقبضيظهرBالخزانمشبك
اليمين.تجاهلألسفلالشفافالبالستيكيالخزانمشبكعلىاضغط3سفلالموقعمنالخزانيتحرر الكاشف.خرطوشةأ
بها.المعمولللمعاييروفقاالخزانمنتخلص4
تحذيرشفمنالمجموعةهذهتحتوي ىالكوا حتملكيميائيةموادعل إلصابةتحدثقدخطرة.تكونأني ستنشاقطريقعنالشخصيةا اك العها،المواد،تل كفيبماالحماية،معداتارتدوالعين.للجلدومالمستهاوابت زات،العين،واقيةذل المختبرومعطفوالقفا
شفمعتعاملللمخاطر.التعرضلتجنبالمناسب رهاالمستخدمةالكوا تباعتبا امنهاوتخلصكيميائيةنفايا واللوائحللقوانينوفقإلقليمية، جعبالسالمة،والمتعلقةوالصحية،البيئية،المعلوماتعلىللحصولبها.المعمولوالمحليةوالوطنية،ا السالمةبياناتورقةرا
)SDS(علىsupport.illumina.com/sds.html.
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت23
MiniSeqنظامدليل
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت24
MiniSeqنظامدليل
الصيانة4الفصل 25المقدمةجراء زيدويغسيلإ 25للجها
ت 28البرنامجتحديثا
المقدمةجراءاتتتضمن جراءيشترطالتوفرها.عندالنظاملبرنامجوتحديثاتللجهازيدويةغسيلعملياتالصيانةإ خرى.دوريةصيانةأيإ أ
tت زغسيلعمليا جرىالتلقائيالتشغيلبعدماغسيلعنعبارة—الجها يتطلبذلك،ومعالجهاز.أداءعلىليحافظللتسلسلتشغيلكلبعدي.25الصفحة فيللجهازيدويغسيلإجراءانظرمعينة.ظروفظلفيللجهازاليدويالغسيل
tت BaseSpaceبـاتصالوجودخاللمنتلقائياالبرنامجتحديثيمكنكالنظام،برامجحزمةمنجديدإصداريتوفرعندما—البرنامجتحديثاجع.Illuminaموقعمنالمثبتتنزيلبعديدوياأو .28الصفحة فيالبرنامجتحديثاترا
الوقائيةالصيانةلشركةالفنيالدعمأومنطقتكفيالحساببمديرفاتصلبالخدمة،متعاقداتكنلمإذاسنويا.وقائيةصيانةخدمةبجدولةIlluminaشركةتوصيك
Illuminaمدفوعة.وقائيةصيانةخدمةلترتيب
للجهازيدويغسيلإجراءالتشغيل.بعداليدويوالغسيلالسريعالغسيلللجهازاليدويالغسيلخياراتتتضمن
لأنواع غسي الوصفال
سريعغسيلدقيقة20المدة:
سيليكون سريعالغ اال شغيله.إيقافبعدأوالخمولوضعفيالجهازوجودحالفيأيام7كلمطلوب تسيليعمل االجودةعاليماءمنمكونغسيلبمحلولالجهازتنظيفعلىالغ منتوفيرهيتم20وتوينالمختبراتلمعاييروفقبل ستخدم.ق الم
شغيلبعداليدويالغسيل التدقيقة90المدة:
سيليكون شغيلبعداليدويالغ االت شغيل،بعداآلليالغسيلإجراءعدمحالفيمطلوب عمليةانتهاءعندالمثالسبيلعلىالتشغيل االت بعد.فيماالتهجينإعادةإلجراءالتدفقحجرةوحفظمبكرسيليعمل وتوينالمختبر،فئةمنوماء،%0.12بتركيزالصوديومهيبوكلوريتمنمكونغسيلبمحلولالنظامتنظيفعلىالغستخدم.يوفرها20 الم
مالحظةستخدم خفف)NaOCl(صوديومهيبوكلوريتدائماا جهزحديثا،الم خرخاللوالم عددتإذا.ساعة24آ السائلفخزنمللي،1منأكبركميةأخرى،ناحيةومنالقادمة.ساعةوالعشريناألربعخاللالستخدامهمئويةدرجات8إلىدرجتينمنحرارةدرجةفيالمتبقيالمخفف أالمتبقي.المخففالصوديومهيبوكلوريتمنتخلص
ستخداميمكنكذلك،منوعوضاالجهاز.معالمتوفرينالتدفقوحجرةالغسيلخرطوشةللجهازاليدويالغسيليتطلب للغسيل.مستعملةتدفقحجرةا
ل شة26الشك سيلخرطو الغ
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت25
شغيلبعدللغسيلالتحضير اليدويالتجمع1 )NaOCl(الصوديومهيبوكلوريتمن%0.12إلنتاجالتاليةالكمياتا
t5%لتر) ميكرو31(الصوديومهيبوكلوريتtلترا)ميكرو1269(المختبرفئةمنماء
الغسيل.خرطوشةإلى%0.12بتركيزالصوديومهيبوكلوريتمنمللي1.3أضف2مسبقا.المعبأةالكاشفخرطوشةفي31رقمالموضعيعادلماهوالصحيحالخزان
ل سيل.محلولوموضعالصوديومهيبوكلوريتموضع27الشك الغ
A0.12بتركيزالصوديومهيبوكلوريت%Bالغسيلمحلول
جمع3 .20توينالغسيلمحلولمن%0.05إلنتاجالتاليةالكمياتاtلترا)ميكرو40(%100بتركيز20توينtمللي)80(المختبرفئةمنماء
الغسيل.خرطوشةإلىالغسيلمحلولمنمللي80أضف4مسبقا.المعبأةالكاشفخرطوشةعلى40رقمالموقعيعادلماهوالصحيحالخزان
Performحددالرئيسيةالشاشةمن5 Washجراء Manualحددثمغسيل)،(إ post-run washالتشغيل).بعداليدوي(الغسيل
سريعللغسيلالتحضير الجمع1 .20توينالغسيلمحلولمن%0.05إلنتاجالتاليةالكمياتا
tلترا)ميكرو20(%100بتركيز20توينtمللي)40(المختبرفئةمنماء
الغسيل.خرطوشةإلىالغسيلمحلولمنمللي40أضف2مسبقا.المعبأةالكاشفخرطوشةعلى40رقمالموقعيعادلماهوالصحيحالخزان
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت26
MiniSeqنظامدليل
ل سيلمحلولموقع28الشك الغ
Aالغسيلمحلول
Performحددالرئيسية،الشاشةمن3 washجراء Quickحددثمغسيل)،(إ Washغسيل سريع).(
الغسيلوخرطوشةللغسيلالمخصصةالتدفقحجرةتحميلغلقللغسيل.المخصصةالتدفقحجرةبتحميلقم1 بها.الخاصوالبابالتدفقحجرةمشبكأ
مالحظةمستعملة.تدفقحجرةتحميليمكنكذلك،عنوعوضا
موجودة.كانتإذاالسابقة،التشغيلعمليةمنالمستعملةالكاشفخرطوشةأزل2
المجهزة.الغسيلخرطوشةبتحميلقم3
شفزجاجةأزل4 بها.المعمولللمعاييروفقاالمحتوياتمنوتخلصالمستهلكةالكوا
تحذيرشفمنالمجموعةهذهتحتوي ىالكوا حتملكيميائيةموادعل إلصابةتحدثقدخطرة.تكونأني طريقعنالشخصيةا
ستنشاق كا العها،المواد،تل كفيبماالحماية،معداتارتدوالعين.للجلدومالمستهاوابت زات،العين،واقيةذل والقفاشفمعتعاملللمخاطر.التعرضلتجنبالمناسبالمختبرومعطف رهاالمستخدمةالكوا تباعتبا وتخلصكيميائيةنفايا
امنها إلقليمية،واللوائحللقوانينوفق والمتعلقةوالصحية،البيئية،المعلوماتعلىللحصولبها.المعمولوالمحليةوالوطنية،اجعبالسالمة، .support.illumina.com/sds.htmlعلى)SDS(السالمةبياناتورقةرا
شفزجاجةحرك5 خلالفارغةالمستهلكةالكوا تتوقف.حتىالحيزدا
غلق6 الكاشف.حيزبابأ
(التالي).Nextحدد7
الغسيلبدء(البدء).Startحددالتحقق،عمليةاكتمالبعد1
الرئيسية).(الصفحةHomeحددالغسيل،اكتمالعند2
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت27
MiniSeqنظامدليل
الغسيلبعدالتشغيلعمليةموعديحينحتىمكانهافيالخرطوشةدعالنظام.فيالدخولمنالهواءلمنعالسفليالموضعفيالشفطأكوابستبقىالغسيل،بعد
التالية.
البرنامجتحديثاتالتالية:البرامجتتضمنوالتيالنظام،بحزمةتسمىبرنامجحزمةفيمجمعةالبرنامجتحديثاتتكونtالتحكمبرنامجMiniSeq
tوصفاتMiniSeq
t2الفعليالوقتفيالتحليل)RTA2(
tالمحليالتشغيلمديرtخدمةبرنامجMiniSeq
tالعالميةالنسخخدمةاإللكتروني.IlluminaشركةموقععلىMiniSeqبنظامالخاصةالدعمصفحةعلىالبرنامجإصدارحولمالحظاتتتوفر.USBأوالشبكةموقعمنيدوياأوباإلنترنتاالتصالباستخدامتلقائياالبرنامجتحديثاتتثبيتيمكنك
tت حينالرئيسيةبالشاشةالجهازإدارةزرعلىتنبيهرمزيظهرباإلنترنت،االتصالتوفربشبكةالمتصلةلألجهزةبالنسبة—التلقائيةالتحديثاحديتوفر التحديثات.أ
tت اإللكتروني.IlluminaموقععلىMiniSeqنظامدعمصفحةمنالنظامحزمةمثبتبتنزيلقم—اليدويةالتحديثا
مالحظةأواإللغاءلنقطةحدثتتغيراتأيإلغاءيتمالالتثبيت.فيالحاليةالنقطةعندالتحديثتوقفإلىالتثبيتاكتمالقبلالتحديثإلغاءيؤدي
السابق.اإلصدارإلىالرجوع
االبرنامجتحديث تلقائيManageحدد1 Instrumentالجهاز).(إدارة
Softwareحدد2 Updateالبرنامج).(تحديث
.BaseSpaceمنبالفعلتنزيلهتمالذيالتحديثتثبيتحدد3
األمر.لتأكيدحوارمربعفتحيتمالتحديث.لبدء(تحديث)Updateحدد4
التثبيت:معالجفيالتوجيهاتاتبع5
aالترخيص.اتفاقيةعلىوافقbجع التحديث.فيالمتضمنةالبرامجقائمةرا
عادةتتم التحديث.اكتمالعندتلقائيا،التحكمبرنامجتشغيلإ
مالحظةعادةتصبح متضمنا.تحديثهكانإذاالثابتة،البرامجتحديثبعدضروريةللنظامالتلقائيالتشغيلإ
االبرنامجتحديث يدويحفظهاإلنترنت،علىIlluminaموقعمنالنظامحزمةمثبتبتنزيلقم1 أوD:\IlluminaباستخدامIlluminaتوصيبه.موثوقشبكةموقعفيوا
C:\Illumina.أقراصمحركإلىالبرنامجتثبيتملفانسخذلك،منبدلاUSB.محمول
Manageحدد2 Instrumentالجهاز).(إدارة
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت28
MiniSeqنظامدليل
Softwareحدد3 Updateالبرنامج).(تحديث
Manuallyحدد4 install the update from the following locationالتالي).الموقعمنيدوياالتحديث(تثبيت
(تحديث).Updateحددثمالبرنامج،تثبيتملفموقعإلىلالنتقال(تصفح)Browseحدد5
التثبيت:معالجفيالتوجيهاتاتبع6
aالترخيص.اتفاقيةعلىوافقbجع التحديث.فيالمتضمنةالبرامجقائمةرا
عادةتتم التحديث.اكتمالعندتلقائيا،التحكمبرنامجتشغيلإ
مالحظةعادةتصبح متضمنا.تحديثهكانإذاالثابتة،البرامجتحديثبعدضروريةللنظامالتلقائيالتشغيلإ
سريعةالمجموعةبرنامجمتطلبات الستخداميتطلب حدث.إصدارأو2.1باإلصدارMiniSeqالتحكمبرنامجMiniSeqنظاممعالسريعةالمجموعاتا إلجراءمسؤولمطلوبأ
Windowsالتشغيلنظاميلزم.2.1اإلصدارإلى2.0اإلصدارمنالتحديث حدث.أو2.0باإلصدارMiniSeqالتحكمبرنامجلتثبيت10 أ
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت29
MiniSeqنظامدليل
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت30
MiniSeqنظامدليل
ستكشافAالملحق وإصالحهااألخطاءات ستكشافملفا ألخطاءا صالحهاا 31وإألخطاءمنالتلقائيالتحقق 32اخطاء 33الفعليالوقتفيالتحليلأ33التهجينإعادةعملسير
35النظاممنالتحقق37الشبكةتكوينإعدادات
ت 38المخصصةالجينومازتشغيلإيقاف 38الجها
ستكشافملفات وإصالحهااألخطاءا
ألساسيالملف الوصفمجلدا
شغيلمعلوماتملف الت)RunInfo.xml(
التالية:المعلوماتعلىيحتويالجذرمجلدسم• شغيلعمليةا التشغيلعمليةفيالدوراتعدد• التقراءةكلفيالدوراتعدد•الأومفهرسةقراءةالقراءةكانتماإذا•شرائحالقطاعاتعدد• التدفقحجرةفيوال
شغيلمعلماتملف الت)RunParameters.xml(
شغيلعمليةمعلماتحولمعلوماتعلىيحتويالجذرمجلد ستخدامالهويةتحديدالمعلوماتتتضمنومكوناتها.الت باسلي،والرقم)،RFID(الراديوموجات سل شحنة،ورقمالت الصالحية.انتهاءوتاريخال
الوقتفيالتحليلتهيئةملفالفعلي
)RTAConfiguration.xml(
شغيل.لعمليةالفعليالوقتفيالتحليلتهيئةإعداداتعلىتحتويبيانات/الكثافة التشاءيتم شغيل.عمليةبدايةعندRTAConfiguration.xmlملفإن الت
InterOpملفات (*.bin(InterOpستخداميتم سل.تحليللعارضالثنائيةالتقريرملفاتا سل التشغيل.خاللInterOpملفاتتحديثيتم الت
سجلملفات سجالتال سجلملفاتتصفال جريتخطوةكلال سطةأ سرددورة،لكلالجهازبوا الثابتةوالبرامجالبرامجإصداراتوتستخدمة شغيل.عمليةفيالم سمالمسمىالملفالت InstrumentName]_CurrentHardware.csv[با
سرد سليةاألرقامي سل الجهاز.لمكوناتالت
األخطاءسجلملفات)ErrorLog*.txt(*
سجالت التحليلالفعليالوقتفي)RTA(
).RTA(الفعليالوقتفيالتحليلأخطاءسجلشكلة.تحدثعندماالخطأسجلملفاتتحديثيتم م
سجلملفات شاملةال ال*)GlobalLog.tsv(*
سجالت التحليلالفعليالوقتفي)RTA(
).RTA(الفعليالوقتفيالتحليلأحداثلكلسجلسجلملفاتتحديثيتم شاملةال شغيل.عمليةخاللال الت
الممرسجلملفات*)LaneLog*.txt(
سجالت التحليلالفعليالوقتفي)RTA(
).RTA(الفعليالوقتفيالتحليلمعالجةأحداثسجلشغيل.عمليةخاللالممرسجلملفاتتحديثيتم الت
ستكشافمصادر وإصالحهااألخطاءالالفنية،لألسئلة الوصولإمكانيةالدعمصفحاتتوفراإللكتروني.IlluminaشركةموقععلىMiniSeqبنظامالخاصةالدعمصفحاتبزيارةتفض
الشائعة.واألسئلةوالتنزيالتالوثائقإلىل الدعم.نشراتإلىللوصولبكالخاصMyIlluminaحسابإلىالدخولسججع.Illuminaلشركةالفنيبالدعماتصلالتشغيل،عمليةجودةأوباألداءتتعلقمشكالتوجودحالةفي .48الصفحة فيالفنيةالمساعدةرا
ستكشافعمليةلتسهيلIlluminaلشركةالفنيالدعممعBaseSpaceفيالتشغيللملخصرابطمشاركةيمكنك وإصالحها.األخطاءا
المعالجةحالةProcessحددالجهاز،إدارةشاشةمنللنظام.المؤقتالمجلدفياألقلعلىعملياتثالثآلخرالحالةبسردMiniSeqالتحكمبرنامجيقوم
statusالمعالجة).(حالة
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت31
سملكل طلقا التالية:المكوناتحالةالنظاميسردتشغيل؛عمليةعلىيtالفعليالوقتفيالتحليل)RTA(—ملفاتلمعالجةوفقاBCL
tستخدامتمإذا—المحليالتشغيلمدير للتشغيلالمحليالتشغيلمديراtالتشغيلعمليةنسخخدمةباستخدامالملفنقلعلىيعتمد—ملفنسخtBaseSpace—ستخدامتمإذا للتشغيلBaseSpaceا
سلأرشيفمجلد سل التعمليةلكلD:\Illumina\MiniSeqالتسلسلأرشيففيالنظامكمبيوترعلىالتسلسلتشغيلعمليةملخصملفاتMiniSeqالتحكمبرنامجيحفظالجهاز.علىتنفيذهاتمتشغيلالتالية:الملفاتعلىويحتويالجهازعلىتنفيذهاتمتشغيلعمليةلكلفرعيمجلديوجدالمجلد،هذافيtRunCompletionStatus.xml—سماالكتمال،حالةعلىيحتوي وكثافةتنفيذها،تموالتيلهاالمخططالدوراتوعددالتشغيل،مجلدوا
للتشغيل.المقدروالناتجالعناقيد،مروروفلترةالعنقود،tRunParameters.xml—موجاتباستخدامالهويةتحديدالمعلوماتتتضمنومكوناتها.التشغيلعمليةمعلماتحولمعلوماتعلىيحتوي
الصالحية.انتهاءوتاريخالشحنة،ورقمالتسلسلي،والرقم)،RFID(الراديو
األخطاءمنالتلقائيالتحققخطاءحدوثحالفي ستخدمالتشغيل،قبلالتلقائيالفحصخاللأ الخطأ.لحلبهاالموصىالتاليةاإلجراءاتاشفبخرطوشاتالخاصالراديوموجاتتعريفنظامغلقيتملنالتشغيل،قبلالفحصفشلحالفي ستخدامهويمكنالكوا الحقة.تشغيلعمليةفياالرقاقية.السداداتثقببعد)RFID(الراديوموجاتتعريفنظامغلقسيتمذلك،ومع
ت ظاممنالتحققعمليا إلجراءالن بهالموصىا
الحيز.أبوابغلقمنتأكداألبوابغلق
ستهلكاتتحميل سجيليتملمالم شعارأجهزةت ست ستهلكات.ا ستهلكاتكلتحميلمنتأكدالم صحيحة.بطريقةالمشاتعلى شغيل،إعدادشا شغيل.إعدادوكررالتحميل،خطوةإلىللرجوع(رجوع)Backحددالت الت
سيةمكوناتالمطلوبالبرنامج سا مفقودة.البرنامجمنأاأجر اتحديث مكوناته.جميعالستعادةللبرنامجيدوي
ساحة ساحةتوجدالالجهازقرصم شغيل.إلجراءالصلبالقرصمحركعلىكافيةم التشغيلبياناتامسح بالجهاز.الخاصالصلبالقرصمحركمنالت
شبكةاتصال سميةمنالرغمعلىاإلخراج.لمجلدالمحددبالموقعاالتصالقطعتمال شبكة"،"اتصالالتحققعمليةت االتصالمنالنظاميتحققالمحلي.أقراصمحركأوخارجي،صلبأقراصمحركأوالخوادم،أحدعلىاإلخراجلمجلدمحددموقعبأيالمحدد.اإلخراجمجلدبموقعاالتصالحالةمنتحقق
ساحة شبكةقرصم سميةمنالرغمعلىممتلئ.اإلخراجلمجلدالمحددالموقعال ساحةالتحققعمليةت شبكة"،قرص"م موقعأيمنالنظاميتحققالمحلي.صلبأقراصمحركأوخارجي،صلبأقراصمحركأوخادم،علىاإلخراجلمجلدمحددساحةفرغ المحدد.اإلخراجمجلدموقعمنالقرصم
رجة رةد إلجراءالحرا بهالموصىا
شركةالفنيبالدعماتصلالحرارةدرجةزيادة .Illuminaل
شعارأجهزة ست شركةالفنيبالدعماتصلالحرارةدرجةا .Illuminaل
شركةالفنيبالدعماتصلالمراوح .Illuminaل
ظام رن صوي إلجراءالت بهالموصىا
شركةالفنيبالدعماتصلالتصويرحدود .Illuminaل
شغيل شركةالفنيبالدعماتصلZحرفشكلعلىالثباتثمخطوةت .Illuminaل
شركةالفنيبالدعماتصلالبتخطأمعدل .Illuminaل
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت32
MiniSeqنظامدليل
ظام رن صوي إلجراءالت بهالموصىا
سجيل شكلالتدفقحجرةسديتمأالالممكنمنالتدفقحجرةت سليم.بشاتعلى• شغيل،إعدادشا رجوع)Backحددالت التدفق.حجرةخطوةإلىللرجوع(شكلإحكامهامنللتأكدتحميلهاوأعدالتدفقحجرةأفرغ• سليم.ب
كاشفتسليم إلجراءال بهالموصىا
ستجابة شركةالفنيبالدعماتصلالصماما .Illuminaل
شركةالفنيبالدعماتصلالمضخة .Illuminaل
الصلبالقرصمساحةستناداتشغيلعملية45منيقرببمااالحتفاظيمكنهالجهازلكمبيوترالصلبالقرصمحرك باستخدامالتشغيلعمليةمنإنشاؤهاتمالتيالبياناتإلىاالتالية:التشغيلمعلمات
tدورة.150إلىتصلالتيالمقترنةاإلنهاءعمليةلتشغيلالمساحةمنبايت جيجا6–5حوالياألمريتطلبtجلمنإضافية جيجابايت10مساحةاألمريتطلب ستخدامعندالتحليلملفاتأ عادةتحليلوحدةا المحلي.التشغيلمديرتسلسلإ
نسخسيتمالمؤقت،التشغيلمجلدإلىالملفاتإرساليتمبينماالبرامج.تشغيلمنكجزءمؤقتتشغيلمجلدإنشاءسيتمتشغيل،عمليةبكلالقيامعندعمليةمننسختينعلىفستحصلبالجهاز،الخاصالصلبالقرصعلىالمخرجاتمجلدمكانحددتإذاثم،ومنالمخرجات.مجلدإلىالملفاتخرالبرنامجيحفظالصلب.القرصعلىمسجلتينهذهالتشغيل المؤقت.للتشغيلمجلدات3آ
ستخدامعندافتراضياالمؤقتةالملفاتحذفيتمال عداداتشاشةمنيدويااالحتفاظسياسةتعيينيتمللتحليل.المحليالتشغيلمديربرنامجا مديرنظامإالمحلي.التشغيلخيرا، ستخداماالعتبارفيضعالصلب.القرصمساحةالمؤقتةالملفاتتمألأنيمكنوأ وضعإلىباإلضافةالتشغيل،لبياناتاإلنترنتشبكةعلىموقعابها.قمتالتيالتشغيلعملياتعددحسبالمحليالتشغيلبمديرلالحتفاظمنطقيةسياسة
الفعليالوقتفيالتحليلأخطاءخطاءالستكشاف هذايتوفرال.RTALogsمجلدفيمخزنايكونالذياألخطاء،سجلمنأولاتحققوإصالحها،)RTA(الفعليالوقتفيالتحليلأ
بالمشكالت.Illuminaلشركةالفنيالدعمفريقإبالغعندالخطأسجلبتضمينقمالناجحة.التشغيللعملياتالملف
األخطاءمعالجةاألخطاءتسجيلتم).RTA(الفعليالوقتفيالتحليلسجالتمجلدفيوكتابتهاالسجلملفاتبإنشاء)RTA2(2الفعليالوقتفيالتحليلبرنامجيقوم*.tsv.الملفبتنسيقاألخطاءملففي
المعالجة:نهايةفيالنهائيةالنواتجوجهةإلىالتاليةواألخطاءالسجالتملفاتنقلتمt*GlobalLog.tsv*حداثيلخص المهمة.التشغيلأt*LaneNLog.tsv*حداثيسرد .MiniSeqتدفقحجرةفي1دائمايكونNالمعالجة.أ
t*Error.tsv*التشغيل.أثناءحدثتالتياألخطاءيسردt*WarningLog.tsv*التشغيل.أثناءحدثتالتيالتحذيراتيسرد
التهجينإعادةعملسيرعادةتشغيليكونقد ظهراألولىالقليلةالدوراتخاللإنشاؤهاتمالتيالمقاييسكانتحالفيضرورياالتهجينإ ظهرقد.2500منأدنىكثافاتت ت
عادةدونحلهيمكنوالمتوقعأمروهو،1000منأدنىكثافاتالتنوعقليلةالمكتباتبعض التهجين.إ
مالحظةستئنافيتعذرنهائيا.التشغيلإنهاءأمريعد عادةيمكنوالالتشغيل،ا ستخدامإ منالخاصةالتسلسلبياناتحفظيتموالالتشغيل،مستهلكاتا
التشغيل.التشغيل:إنهاءقبلالتاليةالخطواتالبرنامجينفذوحفظها،التدفقحجرةلتشغيلإنهائكعند
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت33
MiniSeqنظامدليل
tآمنة.حالةفيالتدفقحجرةيضعtالراديوموجاتتعريفنظاميفتح)RFID(الحقة.تشغيللعمليةtعادةصالحيةانتهاءموعديحدد التدفق.لحجرةالتهجينإtطبيعيا.أمراالتأخيريعدالكاملة.للدوراتالتشغيلسجالتيكتبtجراءيتجاوز التلقائي.التشغيلبعدماالغسيلإ
عادةتشغيلفيالبدءعند جريالتهجين،إ التشغيل:إلجراءالتاليةالخطواتالبرنامجسيtسمعلىبناءتشغيلمجلدينشئ للتشغيل.فريداtعادةتاريخصالحيةانتهاءعدممنيتأكد التدفق.حجرةتهجينإtشف.يمأل طبيعيا.أمراالتأخيريعدالكواtالعناقيد.خطوةيتخطىtالسابقة.1رقمالقراءةمشرعيزيلtالجديد.1رقمالقراءةمشرعيهجنtالمحددة.التشغيللمعلماتوفقاللتشغيلاألخرىواإلجراءات1رقمالقراءةعبريستمر
شغيلإلنهاءنقاط التهجينإعادةأجلمنالتعادةيمكن فقط:التاليةالنقاطعندالتشغيلبإنهاءقمتإذاذلكبعدالتهجينإtإالاألولى،الدورةبعدالتشغيلإنهاءسالمةمنبالرغمللتسلسل.دورات5أوليتطلبالذيالقالب،تسجيلبعدالكثافاتتظهر—دورات5بعد
عنقود.إنشاءأثناءالتشغيلتنهال.5الدورةبعدبإنهائهايوصىإنهtعادةعمليةبدءقبلالتشغيلإنهاء—1رقمالفهرسقراءةأو1رقمالقراءة إلعادةالتدفقحجرةحفظيتعذرالمقترنة.النهايةذاتالتخليقإ
عادةبدءبعدالحقةتهجين المقترنة.النهايةذيالتخليقإ
المطلوبةالمستهلكاتعادةتشغيليتطلب التشغيل.توقفوقتعنالنظربغضجديدةMiniSeqكاشفخرطوشةالتهجينإ
شغيلإنهاء الحاليالتEndحدد1 Runحدداألمر،بتأكيدمطالبتكعندالتشغيل).(إنهاءYes.(نعم)
عادةصالحيةانتهاءتاريخالحظ(نعم).Yesحددالتدفق،حجرةبحفظمطالبتكعند2 التهجين.إ
عادةتشغيلإلعدادمستعداتصبححتىمئويةدرجات8إلىدرجتينمنحرارةدرجةفيجانبابوضعهاوقمالمحفوظةالتدفقحجرةأزل3 إالتهجين.
مالحظةخلمئويةدرجات8إلىمئويتيندرجتينمنحرارةدرجةفيأيام7إلىتصللمدةالتدفقحجرةتخزينيمكنك معالتدفقحجرةحاويةداغالق أيام.3خاللالمحفوظةالتدفقحجرةتهجينبإعادةقمالنتائج،أفضلعلىللحصولالغطاء.إ
يدويغسيلإجراءPerformحددالرئيسية،الشاشةمن1 Washجراء غسيل).(إ
ختيارشاشةمن2 Manualحددالغسيل،ا Post-Run Washغسيل .25الصفحة فيللجهازيدويغسيلإجراءانظراليدوي).التشغيلبعدما(
مالحظةف،التشغيلمنالكاشفخرطوشةبإزالةبعدتقملمإذا ستخدامهايمكنكالمتوق جراءيمكنكأواليدوي.الغسيلإلجراءا اليدويالغسيلإ
الغسيل.خرطوشةباستخدام
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت34
MiniSeqنظامدليل
شغيلعمليةإعداد الجهازعلىتز1 جديدة.كاشفخرطوشةجه
دقيقة).30-15(الغرفةحرارةدرجةإلىتصلحتىفاتركهامخزنة،التدفقحجرةكانتإذا2
فها.المحفوظةالتدفقحجرةبتنظيفقم3 ونظعادةصالحيةتاريخويؤكدمحفوظةتدفقكحجرةالتدفقلحجرةالراديوموجاتباستخدامالهويةتحديدبقراءةالنظاميقوم التهجين.إ
شفزجاجةأزل4 عدثمالمالئم،النحوعلىالمحتوياتمنوتخلصالمستعملةالكوا الفارغة.الحاويةتحميلأ
الجديدة.الكاشفخرطوشةبتحميلقم5
عدادشاشةمن6 التالية:الخياراتبينمنحددالتشغيل،إtمعلماتها.بتأكيدوقمالتشغيلعمليةحدد—المحليالتشغيلمديرتهيئةtسمأدخل—يدويةتهيئة األصلية.التشغيلعمليةفيكمانفسهاالمعلماتوحددالتشغيلعمليةا
التشغيل.وبدءالتشغيلقبلماالفحصلمتابعة(التالي)Nextحدد7
النظاممنالتحققبإجراءتقومأنIlluminaلشركةالفنيالدعمممثلمنكيطلبقدذلك،ومعالجهاز.لصيانةأوالعاديةالتشغيللعملياتضرورياليسالنظاممنالتحققستكشافبهدفللنظامفحص وإصالحها.األخطاءا
مالحظةالنظام.منالتحققبدءقبلالغسيلعمليةبإجراءفقمالجهاز،غسلالضروريمنكانإذا
مهيأةتكونالتيالتحميل،شاشةعلىفتحهويتمالخدمةبرنامجيبدأ.MiniSeqالخدمةبرنامجبتشغيلويقومالتحكمبرنامجتلقائياالنظامفحصبدءيغلقمتقدم.تحميلخيارالستخدام
ل المتوفرةالنظاممنالتحققعمليات29الشك
فتحالمستهلكات،تحميلبعد االختيارشاشةفيالنشطةغيراالختيارمربعاتتشيرالمتوفرة.النظاممنالتحققعملياتتعرضوالتياالختيار،شاشةت.Illuminaحقلممثلمنالمساعدةتتطلبالتياالختباراتإلى
للنظامفحصإجراءSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Checkحددالتحكم،برنامجبإغالقمطالبتكعندالنظام).من(التحققYes.(نعم)
الغسيل.خرطوشةإلىاأليوناتمنزوعالماءمنمليلترا40أضف2مسبقا.المعبأةالكاشفخرطوشةعلى40رقمالموقعيعادلماهوالصحيحالخزان
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت35
MiniSeqنظامدليل
ل سيلمحلولموقع30الشك الغ
Aالغسيلمحلول
كاآلتي:المستهلكاتتحميل3
aل جدعدمحالفيمستعملة،تدفقحجرةحم الجهاز.فيبالفعلمستعملةتدفقحجرةتواbشفزجاجةبإفراغقم عدهاثمالمستعملةالكوا للجهاز.أcالغسيل.خرطوشةبتحميلقم
(تحميل).Loadحدد4بالموقع.الموجودةالخرطوشةويغسلالتدفقحجرةالبرنامجيحرك
النظام.منالتحققيبدأ(التالي).Nextحدد5
ري]6 ختيا ا خترالنظام،منالتحققاكتمالعند[ ستعراض)Viewا سمبجوار(ا تحقق.عمليةلكلالمصاحبةالقيملعرضالتحققعمليةا
(التالي).Nextحدد7ح فت النظام.منالتحققتقريري
الملف.لحفظالشبكةموقعإلىانتقلمضغوط.ملففيالتقريرلحفظ(حفظ)Saveحدد8
(خروج).Exitحدداالنتهاء،عند9
عادةالخدمةبرنامجبإغالقمطالبتكعند10 (نعم).Yesحددالتحكم،برنامجتشغيلوإتلقائيا.التحكمبرنامجتشغيليعاد
الحركةمنالتحققعمليات
ظاممنالتحقق الوصفالن
)FCLM(التدفقحجرةتحميلآليةشغيلووحدة سوائلياتاآلليالت لل
)FAM(
سافةالتقدممنتتحقق شغيلووحدة)FCLM(التدفقحجرةتحميلآلليةوالم سوائلياتاآلليالت أنمنللتأكد)FAM(للشكلتعملالوحدات مالئم.ب
"ع".والطورص""سللطورواألداءاالنتقالحدودمنتتحققالطوراختبارات
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت36
MiniSeqنظامدليل
البصرياتمنالتحقق
ظاممنالتحقق الوصفالن
سجيل ستوىعلىالتدفقحجرةميلمقداريقيسالتدفقحجرةت سجيلمنويتحققالتصوير،وحداتويختبرالكاميرا،وظائفويختبرالبصري،الم حجرةتالصحيح.التصويرموقعفيالتدفق
سوائلياتمنالتحققعمليات ال
ظاممنالتحقق الوصفالن
ستجابة للحركة.المضخةحقنةنطاقويختبروالمضخة،الصمامحركاتدقةمنيتحققالصماما
سربمعدلمنيتحققالضغطتضاؤل سوائلياتلنظامالت شكلمركبةالتدفقحجرةأنيؤكدوالذيالغلق،محكمال سل.موقعفيصحيحب سل الت
شعارأجهزةوظائفمنيتحققالتدفقمعدل ستخدموالتيالفقاعية،االست منللتحققالتدفقمعدالتيقيسالكاشف.خطوطفيالهواءوجودلتحديدتسدادوجودعدم سرب.أوان ت
الحراريالتحققعمليات
ظاممنالتحقق الوصفالن
سببتعملالالتيالمراوحتعمل.المراوحأنمنللتأكد)PPM(الدقيقةفيالنبضاتبحسابالنظاممراوحسرعةمنيتحققالمراوح فيتتسلبية.نتائجحدوث
شعارجهازلكلالحرارةمتوسطمنتتحققالحرارةمجسات ست شعارأجهزةحراري.ا سببتعملالالتيالحراريةاالست سلبية.نتائجحدوثفيتت
شبكةتكوينإعدادات العداداتتهيئةتتم عادةإلىبحاجةالنظامكانإذاالتركيب.أثناءالشبكةإ عادةأواإلعداداتتغييريمكنكالتكوين،إ تتضمنالشبكة.تهيئةشاشةمنضبطهاإ
عدادات سمخادموعنوان،IPعنوانالتهيئةإ سم)،DNS(المجالا المجال.وا
مالحظةاإلعدادات.هذهلتغييرWindowsالتشغيلنظامعنمسؤولكمستخدمالدخولتسجيلعليكيجب
شبكةتهيئةتعيين الSystemحددالجهاز،إدارةشاشةمن1 Configurationالنظام).(تهيئة
Networkحدد2 configurationالشبكة).(تهيئة
Obtainحدد3 an IP address automaticallyعنوانعلى(الحصولIP(عنوانعلىللحصولتلقائياIPخادمباستخدامDHCP.
مالحظةجلمنIPشبكاتفييستخدمقياسيشبكةبروتوكولهو)DHCP(الحيويالمضيفتهيئةبروتوكول تهيئةلمعاييرالحيويالتوزيعأالشبكة.
Useحددذلك،منبدلا the following IP addressستخدام خربخادمالجهازلتوصيلالتالي)IPعنوان(ا بمسؤولاتصلكاآلتي.يدوياآلمنشأتك.المحددةالعناوينعلىللحصولبكالخاصةالشبكة
tعنوانأدخلIP.عنوانIPالمثال.سبيلعلى،168.62.20.37يشبهبنقطة،بعضهاعنمفصولةأرقام4منمكونةسلسلةهوtلشبكةفرعياتقسيمايعدوالذيالفرعية،الشبكةقناعأدخلIP.tباإلنترنت.يتصلالذيالشبكةعلىالتوجيهجهازتعدوالتياالفتراضية،البوابةأدخل
Obtainحدد4 a DNS server address automaticallyخادمعلى(الحصولDNS(سمبخادمالجهازلتوصيلتلقائيا المرتبطالمجالا.IPبعنوانUseحددذلك،منبدال the following DNS server addressesستخدام سمبخادمالجهازلتوصيلالتالية)DNSخادمعناوين(ا المجالاكاآلتي.يدويا
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت37
MiniSeqنظامدليل
tعنوانأدخلDNS.عنوانالمفضلDNSسمهو سماءلترجمةالمستخدمالخادما .IPعناوينإلىالمجالأtعنوانأدخلDNS.يستطعلمإذاالبديليستخدم البديلDNSسمترجمةالمفضل .IPعنوانإلىمحددمجالا
(حفظ).Saveحدد5
الكمبيوترمجالتهيئةمالحظة
سمتعيينيتم سمفيتغييراتأيتؤثرأنيمكنتصنيعه.وقتخاللبالجهازالخاصالكمبيوترا مسؤولوجودوتتطلباالتصالعلىالكمبيوتراالشبكة.
كاآلتي.عملمجموعةأومجالإلىبالجهازالخاصالكمبيوتربتوصيلقم1tألجهزةبالنسبة صلةل إلنترنتالمت Memberحدد—با of domainعضو سمأدخلثمالمجال)،( بشبكةاتصالبوجودالمرتبطالمجالا
منشأتك.فياإلنترنت
مالحظةسمالمجالتغييراتتتطلب المرور.وكلمةالمسؤولالمستخدما
tألجهزةبالنسبة صلةغيرل إلنترنتالمت Memberحدد—با of work groupعضو سمأدخلثمعمل)،مجموعة( العمل.مجموعةاالعمل.مجموعةباسممنشأتكتنفرد
(حفظ).Saveحدد2
المخصصةالجينوماتحدملفأواألحاديFASTAبتنسيقملفاتعدةتحميليمكنكبالجهاز.الخاصالكمبيوترعلىFASTAبتنسيقالخاصمرجعكتحميليمكنك وااالثنين.دمجدونولكنبه)،(موصىالمتعددFASTAبتنسيق
ستيفاءمنتأكدوإصالحها،المخصصالجينومبملفالمتعلقةاألخطاءالستكشاف التالية.المتطلباتا
إليه.للرجوعمخصصمجلدفيتخزينهتموأنه.*fastaأو.*faامتداديستخدمالملفأنمنتأكد1
سمأنمنتأكد2 التالية:األحرفمنأيعلىيحتويالالكروموسوما#-? )( ][/\=+><:;"',*^|&
ستخدمالنتائج،أفضلعلىللحصول الكروموسومات.تسميةفيفقطرقميةأبجديةحروفاا
شغيلإيقاف الجهازتالعادية.الظروففيالجهازتشغيلإليقافسببيوجدال
Manageحدد1 Instrumentالجهاز).(إدارة
Shutdownحدد2 optionsالتشغيل).إيقاف(خيارات
Shutحدد3 downالتشغيل).(إيقافخرى.مرةالجهازتشغيلقبلاألقلعلىثانية60لمدةانتظرالجهاز.عنالطاقةويفصلبأمانالبرنامجتشغيلبإيقافاألمريقوم األمريتطلبأ
جراء التالي.التسلسلتشغيلقبلالغسيلإ
تنبيهنقلعليكتوجبإذاالبيانات.صحةعدمإلىويؤديالبصريةالمحاذاةعلىخطأبصورةالجهازتحريكيؤثرأنيمكنالجهاز.بنقلتقمال
بمنطقتك.Illuminaبممثلفاتصلالجهاز،
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت38
MiniSeqنظامدليل
الفعليالوقتفيالتحليلBالملحق ىعامةنظرة 39الفعليالوقتتحليلعلت لملفا إلدخا إلخراجا 39وا39الفعليالوقتفيالتحليلعملسير
الفعليالوقتتحليلعلىعامةنظرةيعينثمومناألساسي،االستدعاءإلجراءالصورمنالكثافاتويستخرجبالجهاز،الخاصالكمبيوترعلىيعملبرنامجاالفعليالوقتفيالتحليليعد
األساسي.لالستدعاءالجودةسجلسمىالفعليالوقتفيللتحليلتطبيقاMiniSeqنظاميستخدم جهةخاللمنRTA2والنظامفيالتحكمبرنامجبيناالتصاليتم.RTA2ي HTTPواستئنافيتمفلن)،RTA2(الفعليالوقتفيالتحليلبرنامجإنهاءتمإذاالمشتركة.الذاكرةوملفاتالويبعلى حفظولنالمعالجةا التشغيل.بياناتت
واإلخراجاإلدخالملفات
اإلدخالملفاتجلمنالتالياإلدخالالفعليالوقتفيالتحليلبرنامجيتطلب المعالجة:أ
tالمحلي.النظامذاكرةفيالمتضمنةالشرائحصورtRunInfo.xml،سملكويقدمالتشغيلعمليةبدايةفيتلقائياإنشاؤهيتمالذي ال،أومفهرسةالقراءةكانتماوإذاالدورات،وعددالتشغيل،عمليةا
التدفق.حجرةعلىالموجودةالشرائحوعددال.أومحددااالختيارياإلخراجمجلدكانماوإذاRunInfo.xmlبموقعيتعلقفيماالتحكمبرنامجمناألوامرالفعليالوقتفيالتحليلبرنامجيتلقى
اإلخراجملفاتررت رفالتدفقحجرةفيصغيرةتصويرمناطقالشرائحتعدالشرائح.هيئةعلىالذاكرةفيقناةلكلصورم سطةالرؤيةمجالأنهاعلىتع بواستخدمعالية.بجودةالمسجلةالفلترةوملفاتاألساسياالستدعاءملفاتمنمجموعةشكلفياإلخراجالبرنامجينتجالصور،هذهومنالكاميرا. تسطةأوBaseSpaceعلىالنهائيالتحليللنقلاإلخراجملفات المحلي.التشغيلمديرتحليلوحداتبوا
الوصفالملفنوع
سياالستدعاءملفات سيلالستدعاءمجمعةملفاتداخلتحليلهايتمشريحةكلتوجداألسا االستدعاءملفويحتويدورة.وكلممرلكل.*)bcl(األساسي سياالستدعاءعلىالمجمعاألسا الممر.ذلكفيعنقودلكلالمرفقالجودةوسجلاألسا
نتجالفلترملفات حددممر.لكلواحد.*)filter(فلترةملففيالمجمعةالفلترةمعلوماتشريحةكلت يعبرالعنقودكانماإذاالفلترةملفيال.أوالفالتر
شريحة.فيعنقودلكلX،Yإحداثياتعلى.*)locs(العنقودموقعملفاتتحتويالعنقودموقعملفات شاءيتمال أثناءممرلكلالعنقودموقعملفإنشاء القالب.إن
سياالستدعاءفهرسملفات نتجاألسا سياالستدعاءفهرسملفاتت شريحةمعلوماتحفظأجلمنممرلكل.*)bci(األسا علىالفهرسملفيحتوياألصلية.الشريحةرقموهماشريحة،لكلالقيممنزوج شريحة.لهذهالعناقيدوعددال ال
ودورة،شريحة،علىيحتويثنائيامخرجاInterOpملفاتتعد.InterOpكملفاتالمخزنةالتشغيلعمليةلجودةالفعليالوقتمقاييسRTA2يوفرستخدمالقراءة،مستوىومقاييس Sequencing(التسلسلتحليلعارضبرنامجباستخدامالفعليالوقتمقاييسلعرضوت Analysis Viewer.(
الفعليالوقتفيالتحليلعملسيرالعناقيد.مواقعيحددقالبإنشاء
ل كثافةواستخراجالتسجي سجلال عنقود.لكلالكثافةقيمةويحددالتدفقحجرةفيعنقودلكلموقعي
صحيح رةت طاو المطاورة.قبلوماالمطاورةآثاريصححالم
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت39
الستدعاء ألساسيا سياالستدعاءيحددا عنقود.لكلاألسا
عيين تت رجا ستدعاءلكلالجودةدرجةيعينالجودةد سي.ا سا أ
شاء قالبإنوالصادي.السينياإلحداثيينباستخدامالشريحةفيعنقودكلموقعيحددوالذيقالب،إنشاءهيالفعليالوقتفيعمل التحليلسيرفياألولىالخطوةخربعدالقالبإنشاءيتمللتشغيل.األولىدوراتالخمسمنصورةبياناتالقالبإنشاءيتطلب الشريحة.تصويرإلتمامقالبدورةآ
مالحظةجداألقلعلىيجبالقالب،إنشاءخاللعنقودعنللكشف ساستوا حدأ دورات.5أولفيGغيروا
ستخدم ستخراجللتسجيلالتاليةللخطوةكمرجعالقالبي العنقودموقعملفاتفيمكتوبةتكونبالكاملالتدفقلحجرةالعنقودمواقعالتسلسل.فيالكثافةوا)locs،(*.حدملف خط.لكلوا
سجيل ستخراجالت الكثافةواستخراجالتسجيليبدأ القالب.إنشاءبعدالكثافةواtالقالب.تجاهبالتصويرخاصةالحقةدورةكلخاللإنتاجهاتمالتيالصورالتسجيليرتبtستخراجيحدد المحددة.للصورةالقالبفيعنقودلكلالكثافةقيمةالكثافةاستخراجيتمالالدورة،فيصورةأيفيالتسجيلفشلحالفي ستدعاءويتمكثافاتأيا ستخدمالدورة.لتلكالشريحةهذهفيNكرمزاألسسجميعا ا
Sequencing(التسلسلتحليلعارضبرنامج Analysis Viewer(خفقتالتيوالدوراتالشرائحعلىللتعرف علىالتعرفيتمالتسجيل.فيأالتصوير.تبويبعالمةفيالموجودP90العمودفي0علىحصلتودوراتكشرائحبسهولةالتسجيلفياإلخفاقات
المطاورةتصحيححدفينوويحمضشريطكليمتدالتسلسل،تفاعلأثناءفي حدةبقاعدةالعناقيدأ شريطيخرجعندماالمطاورةقبلوماالمطاورةتحدثدورة.لكلواالحالية.الدمجدورةخاللالطورمنtفعندالمطاورةتحدث حدىتخل عد.إ القواtحدىتتقدمعندماالمطاورةقبلماعمليةتحدث عد.إ القوا
ل المطاورةقبلوماالمطاورة31الشك
Aحدىمعقراءة عدإ المطاورةبمرحلةتمرالتيالقواBحدىمعقراءة عدإ المطاورةقبلمابمرحلةتمرالتيالقوا
عمليةطوالدورةكلفيالبياناتلجودةاألقصىالحدمنيزيدوالذيقبلها،وماالمطاورةتأثيرات)RTA2(2الفعليالوقتفيالتحليليصححالتشغيل.
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت40
MiniSeqنظامدليل
األساسياالستدعاءحدىاألساسياالستدعاءيحدد عدإ ثنائيالتسلسلMiniSeqنظاميستخدممحددة.بدائرةمعينةشريحةفيعنقودلكل)TأوGأوCأوA(القواسسمنألربعةالبياناتلتشفيرفقطصورتينيتطلبوالذيالقناة، حدة)،DNA(النووي الحمضأ حدةالحمراءالقناةمنوا الخضراء.القناةمنووا
خرىصورةبنتيجةمقارنتهاتمتصورةمنالمستخرجةالكثافات حدةكلتتطابقمتميزة،سكانيةتجمعاتأربعةفيأ حدىمعمنهاوا النوكليوتيدات.إالسكان.إليهاينتميالتيالعناقيدأياألساسياالستدعاءعمليةتحدد
ل العنقوديةالكثافاتتصور32الشك
راءالقناةالقاعدة النتيجةالخضراءالقناةالحم
A1(يعمل)والخضراء.الحمراءالقناةمنكلفيالكثافةتظهرالتيالعناقيد(يعمل)1
C1(يعمل)فقط.الحمراءالقناةفيالكثافةتظهرالتيالعناقيديعمل)(ال0
G0معروف.موقعفيكثافةوجودعدمتظهرالتيالعناقيديعمل)(ال0يعمل)(ال
T0فقط.الخضراءالقناةفيالكثافةتظهرالتيالعناقيد(يعمل)1يعمل)(ال
سيةاالستدعاءات1الجدول سلفياألسا سل قناتينذيالت ال
الفلترمنالعناقيدمرورالبيانات.جودةمستوىمعتتطابقالالتيالعناقيدإلزالةالتشغيلأثناءالخامالبياناتبفلترة)RTA2(الفعليالوقتفيالتحليليقوم
منأكثريوجدالعندما)PF(الفلترمنالعناقيدتمراألساسي.االستدعاءنقاءلتحديدالسكانعلىقائمانظاماRTA2يستخدمالقناة،ثنائيللتحليلبالنسبةستدعاء ساسيا حدأ ستدعاءمحلتكونلنالفلترمنتمرالالتيالعناقيدمقبولة.غيرنقاءقيمةلديهدورة25أولفيوا ساسيا الدوراتفيأالمستقبلية.
بالمؤشرالمتعلقةاالعتباراتاألخرى.القراءاتخاللاألساسياالستدعاءمناألساسياالستدعاءعمليةمؤشرقراءاتتختلفحدبأساسالفهرسةقراءاتتبدأأنيجب ساسيينباستدعائينالفهرسةقراءةبدأتإذااألوليين.الدورتينمنأيفيGبخالفاألقلعلىوا فلن،Gلـأشارةبثيتم اإلرسال.تعددإزالةلضماناألوليينالدورتينمنكلفيموجودةاإلشارةتكونأنيجبقوية.إ
شارةتقدمالتيالفهرسةتسلسالتحدداإلرسال،تعددإزالةإمكانيةلتحسين حدةقناةفيإ لاألقل،علىوا فض هذهاتباععنددورة.لكلالقناتين،كلتايسستنتجالتيالفهرسةتركيباتتجنبيمكنكاإلرشادات، دورة.أيفيفقطGأ
tالحمراء—القناةAأوC
tالخضراء—القناةAأوT
الضعيفة.اإلشاراتإرسالنماذجتحليلعندالدقةاألساسياالستدعاءعمليةتضمن
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت41
MiniSeqنظامدليل
الجودةدرجاتتعيينستدعاءوجودالحتماليةتوقعهيالجودة،درجاتأوالجودة،درجة ساسيا شيرصحيح.غيرأ لياالجودةدرجةت حدأنإلىالع االستدعاءاتأ
علىاألساسية صحيحا.يكونأنإلىوأقربالجودةفيأحتماالتإلىللوصولمدمجةوسيلةالجودةدرجةتعتبر لالصغيرة.الخطأا الجدوليبينالجودة.درجة هيXتكونحيثالجودة،درجاتQ(X)يمثحتماليةالجودةدرجةبينالعالقةالتالي الخطأ.وا
ت رجا الخطأاحتماليةQ(X)الجودةد
Q400.0001)110000في(
Q300.001)11000في(
Q200.01)1100في(
Q100.1)110في(
مالحظةلةنسخةعلىالجودةدرجاتتعيينيستند ".Phred"فريدخوارزميةمنمعد
ستدعاءلكلالتوقعمؤشراتمنمجموعةحسابيتمالجودةدرجاتتسجيلعند ساسي،ا ستخدمثمأ جدولفيالجودةدرجةعنللبحثالمتوقعةالقيمتلجهازمحددةتهيئةطريقعنإنشاؤهاتمالتيالتشغيللعملياتمثالينحوعلىدقيقةجودةذاتتوقعاتتقديمبهدفالجودةجداولإنشاءيتمالجودة.الكيميائي.واإلصداراألساسيالتسلسل
األساسي.االستدعاءملفاتفيالنتائجتسجيليتمالجودة،درجةتحديدبعد
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت42
MiniSeqنظامدليل
اإلخراجملفاتCالملحق اإلخراجملفات
ت إلخراجملفا عمليةا 43التسلسللخراجمجلدبنية 44التسلسلإ
ت لملفتحليلمتطلبا إلدخا 44ا
سللعمليةاإلخراجملفات سل الت
صفالملفنوع واسمهومكانه،الملف،و
سياالستدعاءملفات ستدعاءملفداخلمتضمنةتحليلهاتمشريحةكلاألسا سي،ا سا علىالمجمعالملفيحتويدورة.لكلواحدملففيتجميعهاوتمأسياالستدعاء عنقود.لكلمشفرجودةوسجلاألسا
Data\Intensities\BaseCalls\L001]Cycle].bcl.bgzf،الدورة]تمثلحيث سياالستدعاءملفاتضغطيتمخانات.4منالمكونالدورةرقم[ ستخداماألسا با
.gzipالملفاتضغطبرنامج
سياالستدعاءفهرسملف سرداألسا شريحةاألصليةالمعلوماتالثنائيالفهرسملفي شريحةرقموهماشريحة،لكلقيمتينصورةفيلل العناقيدوعددالشريحة. لل
شاءعند سياالستدعاءفهرسملفاتإن شاءيتممرة،ألولاألسا سي.االستدعاءملفإن األساData\Intensities\BaseCalls\L001
s_[Lane].bci
سينياإلحداثيينجمعيتمالعنقودموقعملفات نتيجةهيالعنقودموقعملفاتشريحة.لكلواحدعنقودموقعملفداخلعنقودلكلوالصاديالشاء القالب.إن
Data\Intensities\L001s_[lane].locs
حددالفلترملفات قراءة.لكلالفلترملففيالفلترمعلوماتتجميعيتمالفالتر.يعبرالعنقودكانماإذاالفلترملفيشاءيتم ستخدام26الدورةفيالفلترملفاتإن البيانات.مندورة25با
Data\Intensities\BaseCalls\L001s_[lane].filter
ستخداميتمInterOpملفات سل.تحليللعارضالثنائيةالتقريرملفاتا سل شغيل.خاللInterOpملفاتتحديثيتمالت التInterOpمجلد
الفعليالوقتفيالتحليلتهيئةملف)RTA(
شغيل،عمليةبدايةعنديتكون سردالت العملية.بتلكالخاصةاإلعداداتالفعليالوقتفيالتحليلتهيئةملفويRTAConfiguration.xml،الجذر][مجلد
شغيلمعلوماتملف سرديقومالت سمب شغيل،ا شرائحالقطاعاتوعددفهرس،قراءةهيالقراءةكانتسواءقراءة،لكلالدوراتوعددالت حجرةفيوالشاءيتمالتدفق. شغيلمعلوماتملفإن شغيل.بدايةعندالت الت
]Root folder]، RunInfo.xml
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت43
سلإخراجمجلدبنية سل التسمالتحكمبرنامجينشئ تلقائيا.اإلخراجمجلدا
ت التهيئةعمليات البيانا
ت كثافا الت الستدعاءا ألساسيةا اL001—دورةكلفيالمجمعةاألساسي،االستدعاءملفات
L001—ملفlocs*.مجمع
صورالتركيز
L001—التركيزصور
زتحليلسجالت الجهازتحليالتخطواتتصفالسجلملفات—الجها
InterOp—ستخدمثنائيةملفات التسلسلتحليلعارضطريقعنت
التشغيليةالخطواتتصفالسجلملفات—السجالت
سمىمحددةتشغيلوصفةملف—الوصفة الكاشفخرطوشةبمعرفي
التحليليةالخطواتتشرحالتيالسجلملفات—الفعليالوقتفيالتحليلسجالت
RTAComplete.xml
RTAConfiguration.xml
RunInfo.xml
RunNotes.xml
RunParameters.xml
اإلدخالملفتحليلمتطلباتعادتهأوتحليلإلجراءالتسلسلتشغيلخاللإنشاؤهاتمالتيالتاليةالملفاتالمحليالتشغيلمديريتطلب وحداتبعضتتطلباالنتظار.قائمةإلىإجعالمعلومات،منلمزيدالتحليل.إلجراءإضافيةإدخالملفاتالتحليل تستخدمه.الذيالتحليللنموذجالعملسيردليلرا
الوصفالملفنوع/اسم
RTAComplete.txtحددملف شيرم شغيلإلىالملفهذاوجوديؤدي).RTA(الفعليالوقتتحليلمعالجةاكتمالإلىي شغيلمديربرنامجت التاالنتظار.قائمةفيالتحليللوضعالمحلي
RunInfo.xmlستوىرفيعةمعلوماتعلىيحتوي شغيل،حولالم شغيلفيوالدوراتالقراءةمراتعددمثلالت سل،ت سل إذاماومعرفةالتال.أوالقراءةفهرسةتمتقدكانت
سياالستدعاءملفات سياالستدعاءنقاطعلىتحتوي)bcl(*.األسا دورة.لكلواحدملففيتجميعهايتمشريحة،كلفيعنقودلكلالجودةوترميزاألسا
قراءة.لكلالفلترملففيالفلترمعلوماتتجميعيتمال.أوالفالترتعبرالعناقيدكانتإذاماتحدد.*)filter(الفلترملفات
سينياإلحداثيينعلىتحتوي.*)locs(العنقوديةالموقعملفات العنقودي.الموقعملففيتجميعهاويتمشريحة،كلفيعنقودلكلوالصاديال
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت44
MiniSeqنظامدليل
الفهرسB
BaseSpace121النقلأيقونات
I
InterOp31,43
R
RTA v239إنهاء39عامةنظرة
RTA233األخطاءمعالجة
RunInfo.xml43
ا
خطاء 32التشغيلقبلمافحصأالجهازإدارة38التشغيلإيقاف
ستخدامإرشادات 10المختبراتلمعاييروفقاالجودةعاليالماءا8المستهلكاتإزالةسم 7المروروكلمةالمستخدماسم 7المروروكلمةالنظاممستخدماعادة 133رقمالقراءةالتهجين،إعادة 33المشرعتهجينإعداد 8متقدمخيارالتشغيل،إ
عدادات 37التهيئةإاألخطاء
Phred"42"فريداالحتمالية،خوارزمية4والتحذيراتاألخطاء
33اإلخراجملفاتفياألساسياالستدعاء41بالفهرسةالمتعلقةاالعتبارات
41القناةثنائي41بالفهرسةالمتعلقةاالعتبارات4األيقونات4والتحذيراتاألخطاءالبرامج3الجهازفيالتحكم3التحليل3األساسيالصور،االستدعاءتحليل
البرنامجعدادات 37التهيئةإ8تحديثاتوجودمنالتحقق28تلقائيتحديث
28يدويتحديث7تهيئة11التشغيلمدة
17,20التشغيلقبلالتحققالتحليل3البرامج43اإلخراجملفات
أوليالتحليل،41اإلشارةنقاء
1التدريب41القناةثنائيالتسلسلالتصوير،48الفنيةالتعليمات،
13اليدويةالتهيئةالتوافقRFID4-5تعقب4الكاشفخرطوشةتدفق،حجرة9المستخدميوفرهاالتي
الجهازعدادات 37التهيئةإ7تشغيل3الطاقةزر
المرجعيةالجينومات38المخصصةالجينومات
6الملفتنسيق6مسبقامثبتة4الحالة
حدةالقراءةفيالدورات 11الوا25الوقائيةالصيانةالغسيل
25توفيرهاالمستخدمعلىيلزمالتيالمستهلكات25يدويغسيل25الغسيلمكونات41الكثافاتشف الكوا15,18مناسببشكلمنهاالتخلص4مجهزة
شف المستعملةالكوا16,19,27منهاالتخلص48الفنيةالمساعدة48المستندات4,9المستهلكات
10المختبراتلمعاييروفقاالجودةعاليالماء4التدفقحجرة9الجهازصيانة9التسلسلتشغيلعمليات
26-25الغسيلمستهلكات9توفيرهاالمستخدمعلىيلزمالتيالمستهلكات9المستخدميوفرهاالتيالمستهلكات40المطاورة
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت45
المقاييس41األساسياالستدعاء21الكثافةدوراتالمكونات
2التصويرحيز2الكاشفحيز2التدفقحجرةحيز
2الحالةشريط1الوثائق13اليدويالوضع40قالبإنشاء38الجهازتشغيلإيقاف
ب
28التحديثبرنامج3التحكمبرنامج1,3الفعليالوقتفيالتحليلبرنامج43النتائج
ت
41القناةثنائيتصويرRFID4تعقب
4الحالةتنبيهات13التحليلتهيئة
ج
42الجودةجداول
ح
التدفقحجرةعادة 33التهجينإ
12اإلعداد1األنواع4عامةنظرة2التصويرحيز2الكاشفحيز2التدفقحجرةحيز
خ
22العالميةالنسخخدمةالكاشفخرطوشة11اإلعداد2826رقمخزان5عامةنظرة8متقدمتحميلخيار
د
42الجودةدرجات48العمالءدعم
ز
7التشغيلزر3الطاقةزر
س
13العملسير41بالفهرسةالمتعلقةاالعتبارات
17,20التشغيلقبلالتحقق39التسلسلشف 16,19المستعملةالكوا
13التحليلتهيئة11,15,18الكاشفخرطوشة
8متقدمتحميلخيار11التشغيلمدة
21التشغيلمقاييس26هيبوكلوريت
39التسلسلعملسير
ش
2الحالةشريط
ص
1الدعمصفحاتالجهازصيانة
9المستهلكات25وقائيةصيانة،
ط
11القراءةطول
ع
11التسلسلتحليلعارضستكشافعملية وإصالحهااألخطاءا
31االتصالخيارات35النظامفحص32التشغيلقبلمافحص33الصلبالقرصمحركمساحة33منخفضةجودةذاتمقاييس
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت46
MiniSeqنظامدليل
31محددةتشغيلملفات
غ
غسيل22تلقائي25الجهازغسيل22التشغيلبعدماغسيل
ف
35النظامفحص41التنقيةفلترPF)41(المرورفلتر41العناقيدمرورفلترة
ق
dbSNP6بياناتقاعدةmiRbase6بياناتقاعدةRefGene6بياناتقاعدةعد 6مسبقامثبتةالبيانات،قوا
م
40المطاورةقبلما622رقمالموقعالفورماميد،مادة11التشغيلمدة3المحليالتشغيلمدير
33الصلبالقرصمحركمساحةمستهلكات5الكاشفخرطوشة
2التدفقحجرةمشبك13التشغيلمعلمات7الطاقةمفتاحمقاييس21العنقودكثافةدورات21التشغيلمقاييسRunInfo.xml31,43ملفات43اإلخراجملفات43اإلخراج،التسلسلملفات43األساسياالستدعاءملفاتالسجلملفات33العالميالسجلN33الممرسجل43الفلترملفات43الموقعملفاتالعنقودموقع
43الملفات40قالبإنشاء
13المجلدموقع
ن
البياناتنقل21النشاطأيقونات22العالميةالنسخخدمة
ه
26الصوديوم،الغسيلهيبوكلوريت
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت47
MiniSeqنظامدليل
الفنيةالمساعدة.Illuminaشركةلدىالفنيالدعمبمسؤولياتصلالفنية،للمساعدة
روني:الموقع كت إلل www.illumina.comاريدعنوان روني:الب كت إلل [email protected]ا
Illuminaشركةلدىالعمالءدعممسؤوليهواتفأرقام
طقة رقمالمن إلقليميالمجانيال ا
كا ري +1.800.809.4566الشماليةأم
+80030014334+91189941734إسبانيا
راليا +1.800.775.688أست
رك +8987115645+8082018345الدانما
+20088397946+85061967146السويد
صين 400.066.5835ال
+893803567749+800101494049ألمانيا
كة +207305719744+800012601944المتحدةالممل
رويج +2193969347+1683680047الن
+1928654043+80000624943النمسا
0.800.111.5011اليابان
رلندا +016950506 353+1800936608353أي
طاليا +23600375939+80098551339إي
كا +3400297332+8007716032بلجي
صينتايوان، 00806651752ال
غافورة +1.800.579.2745سن
+80020044241+56580000041سويسرا
رنسا +17077044633+80510219333ف
+974790110358+800918363358فنلندا
+53002348082الجنوبيةكوريا
0.800.451.650نيوزيلندا
+20713296031+800022249331هولندا
صينكونج،هونج 800960230ال
+44.1799.534000أخرىدول
تورق Illuminaشركةموقععلىمتوفرة—)SDS(السالمةبيانا support.illumina.com/sds.html.
.support.illumina.comخاللمنللتنزيلمتوفرة—المنتجمستندات
ستند 20014309رقمالمادة04ARAإصدار1000000002695رقمالم
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم الت48
Il lumina
5200Illumina Way
San Diego, California 92122 U.S.A.
+1.800.809.ILMN (4566(
شمالية)أمريكا(خارج1.858.202.4566+ ال[email protected]
www.illumina.com
خصصغيرفقط.البحثيالمجالفيلالستخدام شخيصية.اإلجراءاتفيلالستخدامم التشرالطبعحقوق2020© شركةمحفوظةوالن ,Illuminaل Inc.محفوظة.الحقوقجميع
ستند 04ARAإصدار1000000002695رقمالم
20014309رقمالمادة