Стандартная запись Swiss-Prot

Стандартные поля: entry, name, origin

Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

Enzyme (ферменты) http://enzyme.expasy.org/EC/2.7.10.1

NiceZyme Viewhttp://www.icp.ucl.ac.be/~opperd/lysozyme00/results/enzyme-search-ec.html

UniProt - Taxonomy http://www.uniprot.org/taxonomy/9986

Ссылки на статьи, использованные для аннотации

Комментарии

Возможные разделы комментариев

Cross-References

Cross-References

регистрация

3D-Structure (список структур)

Reactome - курируемая база знаний биологический путей

http://www.reactome.org/ReactomeGWT/entrypoint.html

http://www.genomeknowledge.org/cgi-bin/eventbrowser?DB=gk_current&ID=177934

GO terms

Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова, дата последней модификации

http://www.geneontology.org/

Поиск гена или его продукта, BLAST, поиск по GO ID, просмотр онтологии

Cross-References, Keywords

KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/

KEGG (pathway viewer)

DrugBank

UniProt http://www.uniprot.org/

http://www.uniprot.org/uniprot/Q7M419

Keywords

Сервер Expasy http://www.expasy.org/

Словарь ключевых слов http://www.uniprot.org/docs/keywlist

FASTA format

Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):>(the definition line)_уникальный_ID + короткое описаниеПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ

RAW format – без definition line

Базы данных

 Exp.Method  Proteins  Nucleic Acids Protein/NA Complexes

 Other  Total

На 22.02.2011

PDB

Базы данных OCA