A los treinta y tres años, en 1797, amparándose en una amnistía para quienes no tuvieran delitos de sangre, ingresó como soldado raso al recién creado cuerpo de Blandengues de Montevideo, una milicia especialmente autorizada por el rey en el virreinato del Río de la Plata, que tenía como fin de proteger las fronteras. En esta función, Artigas participó del control de los avances portugueses en la frontera norte y en la lucha contra el contraba y el pillaje.

Poco antes de finalizar el siglo XVIII, Artigas se encontró, en la frontera con el Brasil, con un afro-montevideano que había sido capturado por los portugueses y reducido a la esclavitud. Decidió entonces comprarlo para darle la libertad. Desde entonces Joaquín Lenzina, más conocido como «el negro Ansina», acompañaría a Artigas durante el resto de su vida, convirtiéndose en su mejor amigo, su camarada de armas y su cronista.6

A Ansina corresponden estos versos sobre los años en el cuerpo de Blandengues:

Aunque en Maldonado está

el cuartel general,

el blandengue siempre va

por toda la tierra Oriental.

Artigas enseña

a no encender el seña

de su posición...

Sigue, de noche y de día,

las huellas criminales

buscando con porfía

a hombres y animales.7

En 1800 José Artigas cumplió destacada labor en la fundación de la ciudad de Batovy en las Misiones Orienta, actual estado brasileño de Río Grande del Sur. En 1806, ante la primera de las Invasiones Inglesas y la ocupación de Buenos Aires por el ejército británico, colaboró con Juan Martín de Pueyrredón y llegó a organizar por sí mismo una fuerza de 300 soldados que no llegaron a entrar en combate.

El conocimiento adquirido hizo que desempeñara la tarea con éxito, siendo ascendido primero a capitán de milicias, posición alcanzada antes por su padre y por su abuelo, y luego ayudante mayor.

A poco de fallecer Isabel Sánchez, Artigas solicita licencia en su campamento de Tacuarembó Chico para contraer matrimonio, arreglado a la usanza de la época, con su prima Rosalía Rafaela Villagrán. La boda se realiza el 31 de diciembre de 1805. Al tener los novios un parentesco relativamente próximo, el cura les encomienda mantenerse en la oración, persignarse, etc. (arrodillados) por tres semanas.

El matrimonio tuvo tres hijos, un varón, José María (nacido el 24 de setiembre de , Francisca Eulalia (nacida el 13 de noviembre de 1807—fallecida de pocos meses en 1808) y Petrona Josefa (nacida en 1809 —fallecida a los cuatro meses en 1810). La muerte prematura de las dos hijas y una fiebre puerperal mal curada sumieron a Rafaela Rosalía Villagrán en una grave enfermedad mental (alucinaciones, manías persecutorias, etc.), hecho que acabaría por destruir su matrimonio. Cuidada por una tía de Artigas, Rafaela Rosalía Villagrán muere finalmente en Montevideo en el año 1824.5