Afspraken biomaterialen en SOPs Radboud Biobank

Afspraken biomaterialen en SOPs

Radboud Biobank

Versie 1.4 – september 2013

Afspraken biomaterialen Radboud Biobank 2

Inhoud

Inhoud ..................................................................................................................................................... 2

1. Te verzamelen materiaal ................................................................................................................. 3

1.1 Implementatie van biobankafspraken .................................................................................... 3

1.2 Wijzigingsbeleid biobankafspraken ......................................................................................... 3

2. Te verzamelen materiaal ................................................................................................................. 4

3. Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen ................................................................... 5

4. Codering van biomateriaal .............................................................................................................. 5

5. Uitgifte van materiaal ...................................................................................................................... 6

6. Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent ......................................................... 6

7. Materiaal specifieke afspraken ....................................................................................................... 7

7.1 DNA uit bloed .......................................................................................................................... 7

7.2 Serum ...................................................................................................................................... 8

7.3 EDTA plasma ............................................................................................................................ 9

7.4 Citraat plasma........................................................................................................................ 10

7.5 Liquor ..................................................................................................................................... 11

7.6 Urine ...................................................................................................................................... 12

7.7 Urine met antioxidans ........................................................................................................... 13

7.8 Feces ...................................................................................................................................... 14

7.9 Vriesmateriaal ....................................................................................................................... 15

7.9.1 Biopten .......................................................................................................................... 15

7.9.2 Weefsels ........................................................................................................................ 15

7.10 Paraffine materiaal ................................................................................................................ 16

7.10.1 Biopten .......................................................................................................................... 16

7.10.2 Weefsels ........................................................................................................................ 16

7.11 Isolatie van viabele cellen...................................................................................................... 17

7.12 RNA isolatie uit intacte cellen ............................................................................................... 18

7.13 DNA isolatie uit intacte cellen ............................................................................................... 19

7.14 Peritoneaal dialysaat ............................................................................................................. 20

7.15 DNA uit speeksel .................................................................................................................... 21


Inleiding

In het UMC St Radboud wordt door diverse afdelingen, ketens en consortia biomateriaal verzameld.

Deze biomaterialen worden in verschillende deelbiobanken opgeslagen, maar worden uiteindelijk

allemaal ondergebracht bij de Radboud Biobank. Om de kwaliteit en de vergelijkbaarheid van het

biomateriaal te borgen zijn er algemene afspraken gemaakt. Deze afspraken zijn afgeleid van de

afspraken die gemaakt zijn in het kader van het Parelsnoer Initiatief (PSI) en zijn vastgelegd in dit

document.

1. Te verzamelen materiaal

1.1 Implementatie van biobankafspraken

Voor de vergelijkbaarheid van het biomateriaal dat verzameld wordt, is het belangrijk dat de

afspraken die opgenomen zijn in dit document door alle deelbiobanken van de Radboud Biobank

nageleefd worden indien mogelijk. In het geval van bestaande biobanken en restmateriaal is het niet

altijd mogelijk de gemaakte biobankafspraken exact na te leven. Dit geldt echter wel voor nieuwe

deelbiobanken.

De afspraken die vastgelegd zijn in dit document zijn opgesteld in overeenstemming met alle

betrokken partijen binnen het UMC St Radboud tijdens de aanvang van PSI. Wijzigingen van deze

afspraken moet op een zelfde wijze tot stand komen. Waarbij centraal bijgehouden wordt waarom

en wanneer een wijzing doorgevoerd is. Hierdoor is het te allen tijde mogelijk te achterhalen wat de

oorsprong van het biomateriaal is.

1.2 Wijzigingsbeleid biobankafspraken

Het moet mogelijk zijn de biobankafspraken te wijzigen. Hiervoor zijn echter goede argumenten

nodig. Een wijzigingsverzoek moet met argumentatie ingediend worden bij het lid van het

management team van de Radboud Biobank, dat verantwoordelijk is voor de biomaterialen. Indien

alle betrokken partijen binnen het UMC St Radboud instemmen met het wijzigingsverzoek, wordt de

wijziging doorgevoerd in dit document en in de praktijk.


2. Te verzamelen materiaal

Voor iedere deelbiobank is een up-to-date versie van de algemene SOP “Procedures deelbiobank X”

opgesteld. In dit document wordt het hele proces beschreven van welke gegevens en materialen

verzameld moeten worden en door wie en wanneer dit gebeurt. De laatste versie van deze SOP dient

aanwezig te zijn bij het secretariaat van de Radboud Biobank.

In de SOP “Procedures deelbiobank X” wordt ook aangegeven welke de te verzamelen biomaterialen

zijn. Onderstaande opsomming geeft een overzicht van de biomaterialen die door de verschillende

deelbiobanken verzameld kunnen worden. Specifieke details zoals afnamefrequentie,

afnamehoeveelheden, bewaartemperatuur en type buis zijn terug te vinden in Hoofdstuk 8 van dit

document.

Bloed

o EDTA bloed voor DNA (8.1)

o Serum (8.2)

o EDTA plasma (8.3)

o Citraat plasma (8.4)

Liquor (8.5)

Urine

o Met antioxidans (8.6)

o Zonder antioxidans (8.7)

Feces (8.8)

Weefsel

o Biopt vriesmateriaal (8.9.1)

o Resectiemateriaal vriesmateriaal (8.9.2)

o Biopt paraffine (8.10.1)

o Resectiemateriaal paraffine (8.10.2)

Heparine bloed voor cellen

o Viabele cellen (8.11)

o RNA uit cellen (8.12)

o DNA uit cellen (8.13)

Beenmerg voor cellen

o Viabele cellen (8.11)

o RNA uit cellen (8.12)

o DNA uit cellen (8.13)

Peritoneaal dialysaat (8.14)

Speeksel voor DNA (8.15)


3. Procesgegevens afname en opslag van biomaterialen

De onafhankelijkheid van de deelbiobanken staat centraal in het kwaliteitsbeleid. Er zijn echter wel

afspraken die essentieel zijn in het biobankproces. Het inrichten van de processen en procedures is

vrij voor iedere deelbiobank, mits:

Er SOPs aanwezig zijn;

SOPs voldoen aan de SOP afspraken zoals vastgelegd in dit document (zie Hoofdstuk 8 van dit

document).

Alle partijen binnen het UMC St Radboud die betrokken zijn bij het verwerken, opwerken en opslaan

van de biomaterialen dienen de onderstaande gegevens vast te leggen:

Gebruikte apparatuur, kalibratiegegevens, onderhoud;

Datum/tijd registratie van verschillende stappen in het verzamelproces;

Vertragingstijden (derivaat van datum/tijdregistratie);

Specifieke afwijkingen van SOP;

Locatie van opslag;

Soort materiaal;

Hoeveelheid die is opgeslagen – aantal eenheden;

Procesinformatie (bijvoorbeeld patiënt nuchter bij afname ja/nee);

Samplecodes;

Biobankcodes;

Concentratie DNA in μg/ml;

Kwaliteit DNA uitgedrukt als OD 260/280 ratio.

Het is wenselijk om het volume te registreren.

Deze data zijn van belang voor de controle van kwaliteit. Daarnaast zijn deze gegevens ook van be-

lang voor onderzoekers bij het selecteren van materiaal voor een onderzoeksaanvraag.

4. Codering van biomateriaal

Het UMC St Radboud gebruikt een eigen systeem voor het coderen van de materialen die in de Rad-

boud Biobank worden opgeslagen. Omdat voor het verrichten van wetenschappelijk onderzoek geen

gebruik gemaakt mag worden van (in)direct identificerende persoonsgegevens, wordt pseudonimisa-

tie uitgevoerd. Hiermee is het onder strikte condities mogelijk om de identiteit van een patiënt te

achterhalen.

In ItemTracker wordt voor elk nieuw sample(Item) een uniek Id aangemaakt. Dit Item Id staat ver-

meld op het label van het Item. Het Item Id is in de databsae van ItemTracker gelinked aan het Rad-

boudnummer.


5. Uitgifte van materiaal

De Radboud Biobank en de deelbiobanken hebben afspraken gemaakt over hoe de besluitvorming

plaatsvindt over de uitgifte en het gebruik van deze verzamelingen ten behoeve van onderzoek. Deze

afspraken vastgelegd in “Zeggenschap Radboud Biobank”.

6. Hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent

In het geval dat een patiënt (een deel van) zijn/haar informed consent intrekt middels het

zogenaamde “Intrekkingformulier” (aanwezig bij iedere deelbiobank) en hierbij aangeeft dat (een

deel van) zijn/haar data en lichaamsmateriaal vernietigd dient te worden, dienen opgeslagen

samples en data vernietigd te worden in opdracht van de patiënt en zoals aangegeven op het

“Intrekkingformulier”. De procedure hoe te handelen na (deels) intrekken van informed consent is

vastgelegd in de memo “Procedures na intrekken informed consent of foutieve inclusie”.


7. Materiaal specifieke afspraken

7.1 DNA uit bloed

Afname

Type buis Standaard EDTA buis, geen gel, geen proteaseremmers.

Minimaal 4 ml, bij voorkeur 7 – 10 ml.

Type naald Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.

Temperatuur Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen te worden bewaard bij

kamertemperatuur, 4°C of ≤ -20°C.

Tijd tot bewerking DNA isolatie (of isolatie van buffy coat) dient zo snel mogelijk plaats te vin-

den.

Tussentijdse opslag KT: opwerken op dag van afname.

Tussentijdse opslag 4 °C: binnen 4 weken opwerken.

Tussentijdse opslag <-20 °C: binnen 3 maanden opwerken.

DNA isolatie

Protocol Gezien de verschillen in technieken worden alleen eisen aan het eindproduct

gesteld.

DNA concentratie Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden be-

paald.

Opslag

Aliquotering Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing.

De stockoplossing wordt opgeslagen in 1 aliquot. Daarnaast worden er 2 ali-

quots DNA met een concentratie van 100 μg/ml opgeslagen.

Type buis Geen afspraak.

Temperatuur Materiaal wordt opgeslagen bij 4°C of wordt ingevroren bij ≤ -20°C. Na ver-

dunnen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4°C.

PIM gegevens Aan centrale database wordt concentratie (µg/ml) aangeleverd.

Aan centrale database wordt OD-ratio 260 – 280 nm aangeleverd.


7.2 Serum

Afname

Type buis Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers.

BD buis 367896 of gelijkwaardig.

Bloedmonsters niet poolen: Bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis

van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml.


Patiënt nuchter Is afhankelijk van afspraken binnen een parel.

Stoltijd Minimaal 60 minuten, maximaal 120 minuten.

Stolling vindt plaats bij kamertemperatuur.

Temperatuur Buizen tot bewerking bewaren bij kamertemperatuur.

Tijd tot invriezen Afgenomen bloed dient zo snel mogelijk bewerkt te worden:

Streeftijd: binnen 2 uur.

Maximum: binnen 4 uur.

Centrifugeren

g-kracht Advies 2000g, toegestane range is 1500-2500g.

Tijd 10 minuten.

Temperatuur Kamertemperatuur of bij 4°C.

Opslag

Aliquotering Materiaal wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.

Er worden minimaal 5 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.

Als er meer materiaal is, dan wordt dit niet opgeslagen door aliquots aan te vul-

len, maar door meerdere aliquots van 0,5 ml op te slaan.


Temperatuur Materiaal wordt opgeslagen bij ≤ -80°C.

Opmerking:

Voor het verzamelen van serum ten behoeve van parels NDZ en DIA is gebruik van gelbuizen toege-

staan mits deze afwijking op juiste en volledige wijze gedocumenteerd wordt.


7.3 EDTA plasma

Afname

Type buis Standaard buis, geen gel, geen proteaseremmers.

Bloedmonsters niet poolen: bij afname van 10 ml bloed bij voorkeur één buis

van 10 ml gebruiken in plaats van twee van 5 ml.



Temperatuur Buizen tot bewerking bewaren op kamertemperatuur of bij 4°C.




Centrifugeren


Tijd 10 minuten.

Temperatuur Bij kamertemperatuur of bij 4°C.

Opslag








7.4 Citraat plasma

Afname

Type buis Standaard buis, geen glazen buis tenzij gesiliconeerd, geen gel, geen proteaser-

emmers. BD buis 366575 (6ml), Greiner buis 455322 (9 ml) of gelijkwaardig.

Bij voorkeur één buis gebruiken en bloedmonsters niet poolen.







Centrifugeren


Tijd 10 minuten.

Temperatuur Kamertemperatuur.

Opslag








7.5 Liquor

Afname

Type buis Liquor moet in een polyprolyleen buis worden afgenomen.

Type naald Bij voorkeur een dunne naald (patiëntcomfort).

Hoeveelheid Minimaal 3 ml, de beoogde hoeveelheid is 20 ml.

Temperatuur Buizen tot bewerking bewaren bij RT of 4°C.

Tijd tot bew. Maximaal 2 uur.

Centrifugeren


Tijd 10 minuten.

Temperatuur RT of 4°C.

Opslag


Er worden bij voorkeur 6 aliquots van 0,5 ml opgeslagen.



Type buis Liquor moet in een polypropyleen buis worden opgeslagen.



7.6 Urine

Afname

Type buis Geen afspraak, wordt als niet kritisch beschouwd.

Type urine Bij voorkeur midstream urine.

Temperatuur Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4°C.

Tijd tot bew. Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC).

Centrifugeren

Mengen Voor verwerking monster mengen.

g-kracht 2000g, toegestane range is 1500-2500g.

Tijd 10 minuten.

Temperatuur 4°C.

Opslag








7.7 Urine met antioxidans

Afname


Type urine Bij voorkeur midstream urine.

Temperatuur Materiaal tot bewerking bewaren op ijs of bij 4°C.

Tijd tot bew. Maximaal 4 uur na afname (afname in UMC).

Antioxidans: ascorbinezuur/EDTA oplossing

Weeg 1,3 g EDTA af.

Weeg 1,3 g Ascorbinezuur af.

Los op in demiwater en vul aan tot 100ml (maatkolf).

Verdeel de oplossing over ca. 100 buisjes van 1 ml.

Vries in -20°C vriezer.

Ververs elke week de ascorbinezuur/EDTA oplossing.

Toevoegen van antioxidans

Pipetteer 10 ml urine (goed gemengd) en voeg 50 µl EDTA/ascorbinezuur toe en meng.

De rest van de urine wordt verdeeld.

Centrifugeren

Mengen Voor verwerking (toevoeging antioxidans)monster mengen.


Tijd 10 minuten.

Temperatuur 4°C.

Opslag


Er worden 6 aliquots van 0,9 ml opgeslagen.




7.8 Feces

Afname


Temperatuur Kamertemperatuur (tot bewerking).

Tijd tot bew. Maximaal 12 uur.

Bewerking

Homogenisatie Homogeniseren en niet-homogeniseren is beide toegestaan.

Opslag

Aliquotering Er worden minimaal 5 aliquots van 5 ml opgeslagen.




7.9 Vriesmateriaal

7.9.1 Biopten

Afname

Tijd tot invriezen Na afname direct ter plekke invriezen.

Opslag



Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel

vriestraject).

Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan.

7.9.2 Weefsels

Afname

Temperatuur Na afname zo snel mogelijk invriezen, bij voorkeur in de ruimte van af-

name.

Tijd tot invriezen Direct na afname en vóór diagnostiek.

Opslag


Hoeveelheid Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa)

0,5 cm3.


Invriezen gebeurt bij voorkeur door plaatsing in gekoeld isopentaan (snel

vriestraject).

Het gebruik van vloeibaar stikstof is ook toegestaan.


7.10 Paraffine materiaal

7.10.1 Biopten

Afname

Tijd tot fixatie Na afname direct ter plekke onder formaline brengen.

Bewerking

Inbedden Materiaal wordt ingebed in paraffine.

Opslag

Temperatuur Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur.

7.10.2 Weefsels

Afname

Tijd tot fixatie Na afname zo snel mogelijk onder formaline brengen.

Bewerking

Inbedden Materiaal wordt ingebed in paraffine.

Opslag

Hoeveelheid Hoeveelheid dient te worden aangegeven in aantal eenheden van (circa)

0,5 cm3.

Temperatuur Materiaal wordt opgeslagen bij kamertemperatuur.


7.11 Isolatie van viabele cellen

Alle handelingen dienen steriel uitgevoerd te worden.

Bronmateriaal (bloed)

Type buis 2-4 Heparine-containers, 6 ml.



Tijd tot bewerking Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn.

Bronmateriaal (beenmerg)

Type buis Heparine-container (30 ml max.).


Temperatuur Flesje gedurende transport op kamertemperatuur.

Tijd tot bewerking Cellen moeten binnen 24 uur na afname ingevroren zijn.

Isolatie van Cellen

Methode Cellen worden uit het bloed geïsoleerd d.m.v. dichtheidsscheiding

centrifugatie.

medium Dichtheids-scheidingsmedium moet 1.077 g/ml zijn.

Lysis Ficoll-scheiding mag worden gevolgd door erythrocyten-lysis met een hypo-

toon medium. Dit is echter niet verplicht.

Tijd Na scheiding moeten cellen direct worden opgeslagen.

Opslag

Opslagmedium 10% cryoprotectant (meestal 10% DMSO).

Aliquots 1-8 ampullen (1ml) a 10x10E6 cellen/ml. Als er minder dan 10x10E6

cellen aanwezig zijn, worden bij voorkeur 2 ampullen van 2x10E6

cellen/ml opgeslagen. Als er ook niet genoeg materiaal aanwezig is

voor 2 ampullen van 2x10E6 cellen/ml, hoeven er geen cellen opges

lagen te worden.




7.12 RNA isolatie uit intacte cellen

Bronmateriaal Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid.

RNA concentratie Concentratie van het RNA moet bepaald worden middels spectrofo

tometrie of Nanodrop technologie.

Kwaliteitscontrole De kwaliteit van het RNA wordt bepaald door analyse van het 18S en

28S rRNA middels een agarosegel elektroforese of bijvoorbeeld een

BioAnalyzer.

Opslagtemperatuur RNA zal worden bewaard als ethanol precipitaat bij ≤ -80°C zodat

vaker een monster kan worden genomen zonder herhaald ontdooien

en invriezen.


7.13 DNA isolatie uit intacte cellen

Bronmateriaal Viabele cellen uit Bloed of beenmerg, vers of vers ontdooid.

DNA concentratie Concentratie van het DNA moet bepaald worden met behulp van spectrofoto-

metrie of Nanodrop technologie.

Kwaliteitscontrole Op DNA moet een standaard PCR kunnen worden uitgevoerd.

Indien een lab routinematig DNA isoleert is deze controle niet noodzakelijk op

elk sample.

Temperatuur Materiaal wordt opgeslagen bij 4°C of wordt ingevroren bij ≤ -20°C. Na verdun-

nen tbv uitgifte worden de oplossingen opgeslagen bij 4°C.




7.14 Peritoneaal dialysaat

Inleiding

Een deel van de patiënten die geincludeerd zijn in de Parel Nierfalen zullen op enig moment de be-

handeling “peritoneaal dialyse” (PD) ondergaan.

De behandeling houdt in dat de patiënten via een permanent aanwezige catheter meermalen per

dag een dialysevloeistof in de buikholte laten lopen.

Na een verblijftijd van enkele uren in de buikholte, waarin afvalstoffen en biomarkers worden opge-

nomen in de vloeistof (dialysaat), wordt de vloeistof via dezelfde catheter weer uit het lichaam ver-

wijderd.

Binnen het veld van de peritoneaal dialyse neemt het onderzoek naar de karakteristieken van PD

dialysaat (zoals bijvoorbeeld aanwezigheid van biomarkers) een essentiële plaats in.

De Parel Nierfalen heeft op verzoek van een van de deelnemende centra besloten om onderzoek

naar PD dialysaat te ondersteunen voor patiënten die vervolgd worden binnen de Parel.

Hiertoe is de Parel voornemens om bij patiënten die PD behandeling ondergaan jaarlijks PD dialysaat

af te nemen voor opslag in de biobank.

Verwerking en opslag dialysaat

Afname

Type buis Twee steriele 5ml buizen zonder toevoegingen.

Temperatuur Afhankelijk van tijd tot bewerking dienen de buizen bewaard te worden kamer-

temperatuur of bij 4°C.

Tijd tot bew. Bij voorkeur direct.

Opslag bij kamertemperatuur: bewerken binnen 2 uur.

Opslag bij 4°C: bewerken binnen 24 uur.

Centrifugeren

Het dialysaat van 1 buis wordt niet afgedraaid, zie verder.

Voor het dialysaat van de 2e buis geldt:


Tijd 10 minuten.

Temperatuur RT.

Opslag

Aliquotering Materiaal van beide buizen wordt opgeslagen in aliquots van 0,5 ml.





7.15 DNA uit speeksel

Afname

Type buis Voeg 2 ml speeksel toe aan Oragene/saliva vial (Oragene kit)

(Oragene.DNA (OG-500) van DNAgenotek, Ontario, Canada)

Type naald n.v.t.

Temperatuur Kamertemperatuur

Tijd tot bewerking Wanneer het speekselmonster is samengevoegd met de Oragene oplossing

dan is deze bij kamertemperatuur houdbaar tot één jaar.

DNA isolatie

Protocol Het DNA uit speeksel wordt geïsoleerd conform het protocol, van DNA-

genotek “sample handling for DNA”.

DNA concentratie/

zuiverheid Na de isolatie moet de DNA concentratie van de stockoplossing worden be-

paald met behulp van de OD(-ratio) meting bij 260-280 nm.

Opslag

Aliquotering Materiaal wordt opgeslagen in een stockoplossing.

De stockoplossing wordt opgeslagen in een aliquot van 2 ml en een genorma-

liseerde oplossing (100ng/µl)

Type buis 2 ml epjes

Temperatuur Materiaal wordt ingevroren bij ≤ -20°C.



Documents

Afspraken biomaterialen en SOPs Radboud Biobank