PRÁTICA 9

SITES DA INTERNET DE INTERESSE COMO FERRAMENTAS DE TRABALHO E ANÁLISE DE DADOS MOLECULARES

A página abaixo deve ser guardada como uma referência para aquisição de

programas de análise genética.

Página de Softwares de Análise Genéticas mantida pelo Laboratório de Genética

Estatística da Rockefeller University

http://linkage.rockefeller.edu/soft/list.html

Os objetivos desses endereços são demonstrar como realizar análises básicas de

nucleotídeos e proteínas:

Análise de Nucleotídeo: busca de similaridade por BLAST; avaliar para contaminação

com vetores em seqüências; alinhamento múltiplo por ClustalW; traduação de

DNA/RNA em proteínas; desenho e análsie de primers; análsie de restrição; busca

genômica; uso de codons

Análise de Proteínas: busca de similaridade por BLAST; alinhamento em par ou múltiplo

por ClustalW; estrutura de proteínas.

Agora, visite a primeira e/ou segunda página abaixo para escolher uma espécie de

interesse, selecionar um gene entre as sequências apresentadas, com a sequência grande.

Fazer uma busca de sequência homólogas usando o software BLAST. Usar a sequência

disponível através de Cut e Paste, para acessar o quarto sítio e desenhar primers no

programa Primer3.

GenBank Nucleotide Sequence Databank Searches

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://www.ebi.ac.uk

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Plant Genoma Data and Information Center

http://www.tigr.org/tdb/tgi/

Nucleotide query: banco de dados de sequência

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html

BLAST: software de busca de homologia de sequências nos bancos de dados

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/

Site com várias opções de análise: Molecular Toolkit

http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/index.html Análise de Digestão por gel:

http://tools.neb.com/REBsites/index.php3

Primer3 Programa para desenho de primers:

Primer3: http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www.cgi

Alinhamento de seqüências

http://prodes.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html

Digestão de seqüências:

http://rebase.neb.com

http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html

Após o desenho de primers, obtido através do software Primer3, testá-lo nas páginas:

Primer NetPrimer http://www.premierbiosoft.com/netprimer/index.html

Operon Technologies http://www.operon.com/oligos/toolkit.php

Identificação de contaminação de vetores em seqüências:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html

Identificação de possível produto de traduçãohttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomeshttp://www.genome.ad.jp/kegg/

Codon Usagehttp://www.kazusa.or.jp/codon/