Chapitre VI-1 Chapter VI-1 Analyse des sous-populations de ...onerba-doc.onerba.org/Rapports/Rapport-ONERBA-2013-2014/onerb… · Dans les figures suivantes, la valeur de diamètre

Rapport annuel / Annual report 2013-2014 43

Chapitre VI-1 - Chapter VI-1Analyse des sous-populations de souches

selon leur niveau de sensibilité(informations de type 1)

Sub-population analysis of isolatesaccording to their susceptibility level

(type 1 information)

Figures 1 .1 à 1 .34 - Figures 1.1 to 1.34Tableaux 1 .1 à 1 .8 - Tables 1.1 to 1.8

44 Rapport annuel / Annual report 2013-2014

Chapitre VI-1 - Chapter VI-1

Dans les figures suivantes, la valeur de diamètre 36 mm correspond en fait à ≥ 36 mm . En effet, 36 mm est souvent la valeur maximalemesurée par les caméras ou entrée dans les systèmes de gestion des laboratoires .D et d représentent les valeurs supérieures et inférieures des diamètres critiques .

In the following Figures, the 36 mm diameter value corresponds to ≥ 36 mm. Indeed, 36 mm is often the highest value given by automaticcameras or recorded in laboratory information systems.D and d represent the high and low critical values of diameters.


% d

e so

uche

s /

% s

trai

ns

Diamètre/diameter (mm)

% d

e so

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trai

ns


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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D Non ESBL N = 12949ESBL N = 993

% d

e so

uche

s /

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trai

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0,0

60,0

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30,0

20,0

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70,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


0,0

50,0

40,0

30,0

20,0

10,0

60,0

70,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


Figure 1.1

Escherichia coli : non BLSE / BLSE (13 942 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour les furanes Escherichia coli: non ESBL/ESBL (13 942 strains): distribution of inhibition zone diameters for nitrofuran(Réseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.1 and 1.4

Figure 1.2

Escherichia coli : non BLSE / BLSE (5 821 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le mecillinamEscherichia coli: non ESBL/ESBL (5 821 strains): distribution of inhibition zone diameters for mecillinamRéseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.1 and 1.4

Figure 1.3

Escherichia coli : non BLSE / BLSE (12 899 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la fosfomycine Escherichia coli: non ESBL/ESBL (12 899 strains): distribution of inhibition zone diameters for fosfomycin(Réseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.1 and 1.4


Chapitre VI-1 - Chapter VI-1%

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


0,0

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4,0

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


Figure 1.4

Klebsiella pneumoniae : non BLSE / BLSE (1 669 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour les furanes klebsiella pneumoniae: non ESBL/ESBL (1 669 strains): distribution of inhibition zone diameters for nitrofurantoin Réseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.2 et 1.3

Figure 1.5

Klebsiella pneumoniae : non BLSE / BLSE (551 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le mecillinam klebsiella pneumoniae: non ESBL/ESBL (551 strains): distribution of inhibition zone diameters for cefotaxime(Réseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.2 et 1.3

Figure 1.6

Klebsiella pneumoniae : non BLSE / BLSE (1 775 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la fosfomycine klebsiella pneumoniae: non ESBL/ESBL (1 775 strains): distribution of inhibition zone diameters for fosfomycin (Réseau REUSSIR, 2012). Cf. Tableau 1.2 et 1.3


% d

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

0,0

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4,0

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

0,0

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


Figure 1.7

Escherichia coli : (4 192 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’amoxicilline, souches isolées de bovins Escherichia coli: (4 192 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.5

Figure 1.8

Escherichia coli : (4 841 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’association amoxicilline-clavulanate, souches isolées de bovins Escherichia coli: (4 841 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin-clavulanate; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.5

Figure 1.9

Escherichia coli : (4 603 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le ceftiofur, souches isolées de bovinsEscherichia coli: (4 603 strains): distribution of inhibition zone diameters for ceftiofur; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.5



de

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

d D

0,0

5,0

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25,0

30,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

Figure 1.10

Escherichia coli : (4 832 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la gentamicine, souches isolées de bovins Escherichia coli: (4 832 strains): distribution of inhibition zone diameters for gentamicin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.5

Figure 1.11

Escherichia coli : (4 444 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’enrofloxacine, souches isolées de bovins Escherichia coli: (4 444 strains): distribution of inhibition zone diameters for enrofloxacin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.5

Figure 1.12

Streptococcus uberis : (1 151 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’érythromycine, souches isolées de bovinsStreptococcus uberis: (1 151 strains): distribution of inhibition zone diameters for erythromycin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.7


% d

e so

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trai

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

d D

0,0

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15,0

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25,0

30,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

0,0

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6,0

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12,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.13

Streptococcus uberis : (1 238 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la lincomycine, souches isolées de bovinsStreptococcus uberis: (1 238 strains): distribution of inhibition zone diameters for lincomycin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.7

% d

e so

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trai

ns


0,0

2,0

4,0

6,0

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.14

Streptococcus uberis : (1 271 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la spiramycine, souches isolées de bovins Streptococcus uberis: (1 271 strains): distribution of inhibition zone diameters for spiramycin; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.7

% d

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0,0

2,0

4,0

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.15

Streptococcus uberis : (1 154 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la tétracycline, souches isolées de bovinsStreptococcus uberis: (1 154 strains): distribution of inhibition zone diameters for tetracycline; strains isolated from bovines (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.7



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12,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Non ESBL N = 5090ESBL N = 174

0,0

10,0

20,0

30,0

40,0

50,0

60,0

70,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


0,0

10,0

5,0

15,0

20,0

25,0

30,0

35,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

Figure 1.16

Escherichia coli : non BLSE / BLSE (5 264 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le mécillinam Escherichia coli: non ESBL/ESBL (5 264 strains): distribution of inhibition zone diameters for mecillinam (Réseau REUSSIR, 2010).

Figure 1.17

Escherichia coli : non BLSE / BLSE (14 384 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’acide nalidixique Escherichia coli: non ESBL/ESBL (14 384 strains): distribution of inhibition zone diameters for nalidixic-acid (Réseau REUSSIR, 2010).

Figure 1.18

Escherichia coli : (1 167 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’amoxicilline, souches isolées de chiens Escherichia coli: (1 167 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin; strains isolated from dogs (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.6


% d

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s /

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10,0

12,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


0,0

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20,0

30,0

40,0

50,0

60,0

70,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36


0,0

10,0

5,0

15,0

20,0

25,0

30,0

35,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.19

Escherichia coli : (1 189 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’association amoxicilline-clavulanate, souches isolées de chiens Escherichia coli: (1 189 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin-clavulanate; strains isolated from dogs (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.6

% d

e so

uche

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ns


0,0

2,0

4,0

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18,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.20

Escherichia coli : (1 127 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le ceftiofur, souches isolées de chiens Escherichia coli: (1 127 strains): distribution of inhibition zone diameters for ceftiofur; strains isolated from dogs (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.6

% d

e so

uche

s /

% s

trai

ns


0,0

2,0

4,0

6,0

8,0

10,0

12,0

14,0

20,0

18,0

16,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d Figure 1.21

Escherichia coli : (1 184 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la gentamicine, souches isolées de chiens Escherichia coli: (1 184 strains): distribution of inhibition zone diameters for gentamicin; strains isolated from dogs (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.6



de

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6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

D d

0,0

40,0

30,0

20,0

10,0

50,0

60,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

0,0

5,0

15,0

10,0

20,0

25,0

30,0

6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

Figure 1.22

Escherichia coli : (1 162 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’enrofloxacine, souches isolées de chiens Escherichia coli: (1 162 strains): distribution of inhibition zone diameters for enrofloxacin; strains isolated from dogs (Réseau RESAPATH, 2013). Cf. Tableau 1.6

Figure 1.23

Escherichia coli : (1 347 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’amoxicilline, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 347 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

Figure 1.24

Escherichia coli : (1 342 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’association amoxicilline-clavulanate, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 342 st strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin-clavulanate; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8


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Figure 1.25

Escherichia coli : (1 344 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le céfotaxime, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 344 strains): distribution of inhibition zone diameters for cefotaxime; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

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Figure 1.26

Escherichia coli : (1 344 a la b souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’imipénème, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 344 strains): distribution of inhibition zone diameters for imipenem; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

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Figure 1.27

Escherichia coli : (1 346 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la gentamicine, souches isolées de bactériémiesEscherichia coli: (1 346 strains): distribution of inhibition zone diameters for gentamicin; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8



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Figure 1.28

Escherichia coli : (1 088 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour l’acide nalidixique, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 088 strains): distribution of inhibition zone diameters for nalidixic acid; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

Figure 1.29

Escherichia coli : (1 345 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la ciprofloxacine, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (1 345 strains): distribution of inhibition zone diameters for ciprofloxacin; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

Figure 1.30

Escherichia coli : (762 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la ciprofloxacine sur les souches sensibles à l’acide nalidixique, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (762 strains): distribution of inhibition zone diameters for ciprofloxacin on strains susceptible to nalidixic acid; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8


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Figure 1.31

Escherichia coli : (319 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour la ciprofloxacine sur les souches intermédiaires ou résistantes à l’acide nalidixique, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (319 strains): distribution of inhibition zone diameters for ciprofloxacin on nalidixic acid non-susceptible strains (I+R); strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

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Figure 1.32

Escherichia coli : (525 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour amoxicilline-clavulanate sur les souches sensibles à l’amoxicilline, souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (525 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin-clavulanate on strains susceptible to amoxicillin; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8

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Figure 1.33

Escherichia coli : (816 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour amoxicilline-clavulanate sur les souches non sensibles à l’amoxicilline (I+R), souches isolées de bactériémies Escherichia coli: (816 strains): distribution of inhibition zone diameters for amoxicillin-clavulanate on amoxicillin-non susceptible strains (I+R); strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8



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Figure 1.34

Escherichia coli : (940 souches) : distribution des diamètres d’inhibition pour le cotrimoxazole Escherichia coli: (940 strains): distribution of inhibition zone diameters for cotrimoxazole; strains isolated from bacteraemia (Réseau AZAY-Résistance, 2012). Cf. Tableau 1.8


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2141

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4612

730

169

127

96

98

1326

2238

4478

9512

915

914

110

310

752

4521

135

122

8

Amox

icilli

ne

+ cla

vula

nate

1421

4841

165

2750

8614

712

919

616

615

517

414

916

119

022

630

639

245

036

237

130

822

316

010

068

3616

131

43

7

Cefti

ofur

1821

4603

178

410

1124

2334

5049

2825

2111

1832

5470

112

174

253

374

621

680

781

437

322

179

8052

49

Gent

amici

ne14

1648

3215

026

3244

8778

105

9810

066

2921

4010

734

342

266

173

676

049

021

711

149

3011

45

53

11

Enro

floxa

cine

1722

4444

568

4782

7171

4730

167

16

89

1624

4988

9112

715

411

913

216

815

642

927

737

330

331

722

843

0

S : s

ensib

le /

sus

cept

ible

- R

: rés

istan

t / re

sista

nt

tabl

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1.5

Esch

eric

hia

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amèt

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RES

APA

TH, 2

013)

. Cf.

Figu

res

1.7

à 1.

8

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89

1011

1213

1415

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2021

2223

2425

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2829

3031

3233

3435

≥ 36

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l

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147

123

7932

1914

94

22

21

21

Amox

icilli

ne

+ cla

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1189

553

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124

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82

20

01

2

Cefti

ofur

1821

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12

Gent

amici

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1611

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2141

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216

513

054

2312

34

21

11

10

0

Enro

floxa

cine

1722

1162

161

45

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31

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23

77

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1917

1732

3647

8312

011

211

311

387

5281

S : s

ensib

le /

sus

cept

ible

- R

: rés

istan

t / re

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1.6

Esch

eric

hia

coli

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utio

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amèt

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d’in

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, tou

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ns.

Tabl

e 1.

6 Es

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TH, 2

013)

. Cf.

Figu

res

1.18

à 1

.22

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3031

3233

3435

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l

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3023

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1721

1238

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5711

568

6556

5734

68

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myc

ine

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55

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1910

917

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55

8

Tétra

cycli

ne17

1911

5431

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2017

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1723

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1212

20

S : s

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1.7

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1.7

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1.1

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121

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icilli

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+ cla

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6

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taxi

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77

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1313

1722

2635

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9337

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9

Gent

amici

ne17

2213

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46

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22

224

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20

00

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énèm

e16

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00

00

00

00

00

00

00

05

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513

615

511

211

232

715

6

Cotri

mox

azol

e11

1694

032

43

02

30

21

15

22

38

79

1412

1816

2047

4058

6960

6733

2877

9

Ac. n

alid

ixiq

ue15

2010

8826

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318

116

74

34

11

23

21

58

2025

6670

9310

291

8470

4628

3913

Cipr

oflox

acin

e19

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4418

80

105

1010

61

41

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1226

2827

5451

5642

5128

343

3

S ac

. na

lidix

ique

Cipr

oflox

acin

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2576

20

00

00

00

00

00

00

00

00

00

01

48

1122

1220

1835

261

370

R ac

. na

lidix

ique

Cipr

oflox

acin

e19

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80

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41

41

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36

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714

109

914

85

12

2

S Amox

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lline

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2152

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00

00

00

00

00

00

00

57

3742

6483

8854

4323

1610

57

365

R Amox

icilli

neAm

oxici

lline

+

clavu

lana

te14

2181

65

00

710

1517

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4120

4141

5211

353

7590

6747

3422

82

21

32

06

1

S : s

ensib

le /

sus

cept

ible

- R

: rés

istan

t / re

sista

nt

tabl

eau

1.8

Esch

eric

hia

coli

: dis

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s di

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ches

res

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s de

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ble

1.8

Esch

eric

hia

coli:

dis

trib

utio

n of

inhi

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n zo

ne d

iam

eter

s, s

trai

ns is

olat

ed fr

om b

acta

erem

ia (

rése

au A

zay-

rési

stan

ce, 2

012)

. Cf.

Figu

res

1.23

à 1

.34



Documents

Chapitre VI-1 Chapter VI-1 Analyse des sous-populations de ...onerba-doc.onerba.org/Rapports/Rapport-ONERBA-2013-2014/onerb… · Dans les figures suivantes, la valeur de diamètre