ChIP-seqとプロテオーム：公共データをつないで使う

ChIP-Atlas /jPOSTチーム

Since 2015

Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス(c)2018石濱 泰（京都大学大学院薬学研究科）

ChIP-seqとプロテオーム：公共データをつないで使う

1．jPOST概要

2．ChIP-Atlas概要

3．つないで使うには？ （フリーディスカッション）

Since 2015

What is jPOST?

Supported by NBDC-JST since 2015

https://jpostdb.org

for Data Integration

& Sharing

in Life Science

4

ProteomeXchange Consortium

Only one repository in Asia-Oceania

PRIDE

MassIVE

PASSEL

5

iProX

Panorama-public

6

180 users from 25 countries

データ提供者との連携：PXC

2018.7

7

データ提供者との連携：PXC

2018.7

Registered 323 projects

8

Dataset:PXD005159

Tryptic peptides from human HeLa cells

by Thermo Q-Exactive

PSM

#P

SM#

Mascot score

jPOST score

X! tandem score

jPOST score jPOST score

Mascot X! tandem Mascot + X!tandem + Comet + MQ

PSM

#

9

Moriya et al., Nucleic Acids Res, in pressThe jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database

jPOSTrepo jPOSTdb

The jPOST Environment

データベーストップページ

検索フォーム

データセット リスト

11

データの絞り込み検索 (slicing)

• オントロジーで整理されたメタデータをもとに、ユーザが自由にデータを切り取ることが可能

12

• 絞り込まれたデータセットのリストから、一部、または全部を切り出し(Slice)

“ヒト”の”癌”で検索した例

必要なデータセットにチェックを入れ、“Add to Slice”ボタンをクリックすることで、Sliceをブラウザに記憶

データの絞り込み検索 (slicing)

13

複数のSliceを管理

Sliceの書き出し、読み込み機能

データの絞り込み検索 (slicing)

14

Since 2015

jPOST slice comparison

HDFs vs iPS cells

ChIP-Atlas

An example of jPOST-ChIP-Atlas interplay

ChIP-Atlas enrichment analysis of iPS cells specific proteome

たんぱ君が片思いしてるのは？

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PDB

UniProt