用户手册 - Thermo Fisher Scientific · 使用本文档来取代或修改任何“Terms and Conditions of Sale （销售条款与条件）”，若两份文档信息发生冲突，则以“Terms

Thermo Xcalibur

库浏览器用户手册

创建及检索质谱库

软件版本 4.0XCALI-97915 修订版 A 2015 年 8 月

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© 2015 Thermo Fisher Scientific Inc. 保留所有权利。

Xcalibur 是 Thermo Fisher Scientific Inc. 在美国的注册商标。

Microsoft、 Windows 和 Excel 是 Microsoft Corporation 在美国以及其他国家和地区的注册商标。

Adobe、 Acrobat 和 Reader 是 Adobe Systems Incorporated 在美国及其他国家和地区的注册商标。

下列名称是在美国以及可能其他国家（地区）的注册商标：NIST 是 National Institute of Standards and Technology 的注册商标。

所有其他商标都是 Thermo Fisher Scientific Inc. 及其子公司的财产。

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本文档不属于 Thermo Fisher Scientific Inc. 和购买者之间销售合同的一部分。任何情形下，都不得

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息发生冲突，则以 “Terms and Conditions of Sale （销售条款与条件） ” 中的信息为准。

发行历史：修订版 A， 2015 年 8 月

软件版本：Xcalibur 4.0 或更高版本

仅供研究使用。不可用于诊断。

目录

目录

前言. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v相关文档 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v特殊注意事项 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . vi联系我们 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .vii

第 1 章 Library Browser （库浏览器）概述 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1Library Browser （库浏览器）处理概述 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2关于 Library Browser （库浏览器） . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4

第 2 章将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器） . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件 . . . . . . . . . . . . .5在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .8扣除背景谱图 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .12使用背景扣除工具 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .12以图形化方式扣除背景质谱图 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .14

从 Qual Browser （定性浏览器）中手动导出质谱图文件 . . . . . . . . . . . . . .16在序列处理期间，自动导出质谱图文件 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16

第 3 章管理库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21添加谱图文件至用户库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .21管理 NIST Libraries （NIST 库）. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24添加库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .25删除库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26复制库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26

将库转化为其他格式 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27

第 4 章检索库 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索 . . . . . . . . . . . . . .30设置和运行自动库检索 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35在处理方法中设置库检索 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .35设置定性处理序列 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .53批次重新处理序列并打印库检索报告 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .55

Thermo Scientific Xcalibur 库浏览器用户手册 iii

目录

附录 A 库样品报告 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59批处理期间来自库检索的报告 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .60利用 Qual Browser （定性浏览器）获取库检索报告 . . . . . . . . . . . . . . . . . .63

附录 B 库浏览器 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65Library Manager （库管理器）应用程序 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65

Convert Libraries （转换库）页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66Manage Libraries （管理库）页面 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69

Library Search Results （库检索结果）窗口 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .71

索引 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73

iv Xcalibur 库浏览器用户手册 Thermo Scientific

前言

前言

本 Thermo Xcalibur™ 质谱数据系统包含创建、检索和编辑库所需的所有软件。本手册介绍了以下内容：

• 如何为 MS、 MS/MS 或 MSn 谱图创建并编辑自定义库

• 如何管理多个库

• 如何检索多个库

相关文档用户可以通过两种方式获取 Xcalibur 数据系统用户手册（PDF 文件）：

• 从计算机任务栏中，选择 Start （开始） > All Programs （所有程序） > Thermo Xcalibur > Manuals （手册） > Xcalibur。

• 从 Xcalibur 数据系统的主页 – Roadmap （导航图）视图的菜单栏中选择 Help（帮助） > Manuals （手册）。

除本手册外， Thermo Fisher Scientific 为 Xcalibur 数据系统提供以下手册：

• Xcalibur 快速入门（Xcalibur Quick Start）

• Xcalibur 入门手册（Xcalibur Getting Started Guide）

• Xcalibur 数据采集和处理用户手册（Xcalibur Data Acquisition and Processing User Guide）

• Xcalibur 定量浏览器用户手册（Xcalibur Quan Browser User Guide）

• Xcalibur 定性浏览器用户手册（Xcalibur Qual Browser User Guide）

• XReport 用户手册（XReport User Guide）

目录

• 相关文档

• 特殊注意事项

• 联系我们

Thermo Scientific Xcalibur 库浏览器用户手册 v

前言

可从 Xcalibur 数据系统内和 National Institute of Science and Technology (NIST) Mass Spectral Search （质谱检索）中申请 Help （帮助）。

特殊注意事项确保遵循本手册中发布的事先声明。特殊注意事项出现在方框内。

特殊注意事项包括下列内容：

重要信息强调防止软件损害、数据丢失或无效测试结果必需的信息；或可能包含获得系统佳性能的重要信息。

注释强调普遍关注的信息。

提示强调能够帮助简化工作的信息。

vi Xcalibur 库浏览器用户手册 Thermo Scientific

前言

联系我们可通过多种方式联系 Thermo Fisher Scientific，获取所需信息。用户可以使用智能手机扫描 QR code （二维码），打开电子邮箱应用程序或浏览器。

联系我们客户服务和销售技术支持

(U.S.) 1 (800) 532-4752 (U.S.) 1 (800) 532-4752

(U.S.) 1 (561) 688-8731 (U.S.) 1 (561) 688-8736

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若要查找全球联系信息或自定义用户请求

1. 转至 www.thermoscientific.com。

2. 点击 Contact Us （联系我们），选择 Using/Servicing a Product（使用 / 维修产品）选项，然后输入产品名。

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若要查找产品信息

转至 www.thermoscientific.com/lc-ms。

注释若要为本文档提供反馈：

• 向技术出版部门发送电子邮件（[email protected]）。

• 完成 www.surveymonkey.com/s/PQM6P62 中的调查。

Thermo Scientific Xcalibur 库浏览器用户手册 vii

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1

Library Browser （库浏览器）概述

本章节简要概述 Library Browser （库浏览器）窗口并总结创建、编辑及检索用户库和打印结果报告的步骤。

利用 Xcalibur Library Browser （Xcalibur 库浏览器）窗口执行下列操作：

• 创建谱图库，包括 MS/MS 碎裂谱图库。

• 对 MS/MS 碎裂谱图自动运行或手动、采集后的库检索。

目录

• Library Browser （库浏览器）处理概述

• 关于 Library Browser （库浏览器）

注释在本手册中 , 术语 Library Browser （库浏览器）和术语 NIST MS Search（NIST MS 检索）（美国国家标准和技术研究所质谱检索程序和库系统）同义，代表 NIST™ MS 检索桌面。

Thermo Scientific Xcalibur 库浏览器用户手册 1

1 Library Browser （库浏览器）概述Library Browser （库浏览器）处理概述

Library Browser （库浏览器）处理概述图 1 总结利用 Xcalibur 数据系统创建、编辑、检索库及打印报告的步骤。

在利用 Library Browser （库浏览器）时，用户可从 Qual Browser （定性浏览器）窗口中按每次一个条目导出质谱图，以创建一个 MS/MS 或 MSn 用户自定义的质谱图库。若要将谱图添加到一个库中，首先在 Qual Browser （定性浏览器）中打开原始数据文件1。其次，可以通过平均几次扫描结果和扣除背景扫描的方法来优化谱图。随后，将谱图导出至 Library Browser （库浏览器）。有关本过程的更多信息，参阅将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）。

当谱图被导入 Library Browser （库浏览器）后，即可编辑谱图信息。例如：可改变条目的名称、指定分子量及 CAS （美国化学文摘）登记号。也可以在库条目中添加化学结构或者选择需包含在内的质荷比。更多相关信息参阅管理库。

后， Xcalibur 数据系统提供三种库检索和打印自定义报告的方法：

• 自动利用 Sequence Setup （序列设置）中合适的处理方法进行批处理的数据文件（有关更多信息，参阅设置和运行自动库检索。）

• 手动利用 Qual Browser （定性浏览器）中的单个谱图（有关更多信息，参阅在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索。）

• 手动利用导入到 Library Browser （库浏览器）中的谱图（参阅更多有关信息。）

若要在序列处理或批处理期间打印自定义报告，必须在处理方法中选择合适的报告模板。此外，可在 Library Browser （库浏览器）中建立序列处理或批处理期间能自动导出到用户库的处理方法。

若要在 Qual Browser （定性浏览器）窗口或 Library Browser （库浏览器）窗口中按手册库检索打印自定义报告，则从 Qual Browser （定性浏览器）菜单栏上选择 File （文件） > Print （打印）或从 Library Browser （库浏览器）菜单栏上选择 File （文件） > Print Report （打印报告）。

1 原始数据文件是由 Xcalibur 数据系统或相当的应用程序控制 Thermo Scientific 仪器采集到的未经处理的数据文件。

重要信息对于 MS/MS 和 MSn 谱图，切勿删除由数据系统检测到的任何质量数，特定的质荷比是鉴定化合物的基础，而非它的强度。

2 Xcalibur 库浏览器用户手册 Thermo Scientific

1 Library Browser （库浏览器）概述Library Browser （库浏览器）处理概述

图 1. Library Browser （库浏览器）处理概述

创建谱库

创建一个库或添加至一个已存在的库

搜索库并打印报告

手动使用单个谱图

自动使用 RAW 或 RST 文件

在 Qual Browser （定性浏览器）中打开原始数据文件。

显示谱图。将谱图导出至 Library Browser（库浏览器）。

在 Library Browser （库浏览器）中指出条目名、 CAS# 和 MW。

为新建库命名或选择一个已存在的库。

添加结构（可选）。添加其它谱图至库中。

使用库检索参数创建处理方法。

添加处理方法至现有序列或新的序列中。

设置批处理以运行库检索并打印报告。然后，提交分析至任务队列。

在 Qual Browser （定性浏览器）中打开原始数据文件并显示谱图。

指定库选项；检索。

打印报告。将谱图导出至 Library Browser（库浏览器）。

指定库选项；检索。

打印报告。


1 Library Browser （库浏览器）概述关于 Library Browser （库浏览器）

关于 Library Browser （库浏览器）Xcalibur 数据系统利用 NIST Mass Spectral Search Program （NIST 质谱检索程序）和 Library System （库系统）。

NIST 库提供下列访问：

• 广泛的化学名称集合

• 美国化学文摘（CAS）登记号

• 分子式及分子量

• 化学结构

用户可从下列位置通过谱图来创建用户库：

• 从 Qual Browser （定性浏览器）导出

• 序列处理或批处理时自动导出

• 来源于其它文件，包括文本文件

本程序允许以多种不同的方式进行检索：

• 检索与所提交谱图匹配度高的标准谱图。

• 找出具有指定特征的谱图或化合物（例如特征峰等）。

• 显示所选分子的质谱。

有关 NIST Mass Spectral Search （NIST 质谱检索）应用程序的相关信息，参阅应用程序提供的 Help （帮助）系统。

注释 Thermo Fisher Scientific 随 Xcalibur 数据系统提供 NIST Mass Spectral Search Program （NIST 质谱检索程序）（版本 2.0f）。


2

将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）

Xcalibur 数据系统包含 NIST 质谱库的子库，被称为 nistdemo。NIST/EPA/NIH Main Library （NIST/EPA/NIH 主库）包含超过 100 000 种化合物，这些化合物的 MS 类型谱图主要在电子电离（EI）扫描模式下获得。

以下步骤显示了如何使用下列文件夹中的一个 steroid.raw 数据文件将质谱图文件导出到 Library Browser （库浏览器）窗口：

drive:\Xcalibur\examples\data

按以下步骤将质谱图文件从 Qual Browser （定性浏览器）导出到 Library Browser（库浏览器）或在序列处理或批处理期间将质谱图文件添加到现有库中。

在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件该步骤描述如何在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件。打开原始数据文件示例 steroids14.raw 或具有感兴趣的质谱或质谱图的代表性原始数据文件。

若要在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件

1. 通过执行下列操作之一打开 Qual Browser （定性浏览器）窗口：

• 在 Xcalibur Roadmap （Xcalibur 导航图）视图上，点击 Qual Browser （定性

浏览器）图标，。

– 或 –

目录

• 在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件

• 在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图

• 扣除背景谱图

• 从 Qual Browser （定性浏览器）中手动导出质谱图文件

• 在序列处理期间，自动导出质谱图文件


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件

• 在 Xcalibur Roadmap （Xcalibur 导航图）菜单栏上，选择 GoTo （转至） > Qual Browser （定性浏览器）。

2. 按如下打开原始数据文件：

a. 从菜单栏上选择 File （文件） > Open （打开），或者点击工具栏上的 Open

（打开）图标，。

Open Raw File （打开原始文件）对话框打开。

b. 浏览至原始数据文件的位置（图 2）：

drive:\Xcalibur\examples\data

c. 选择一个 steroids.raw 文件或想要从中导出质谱图的原始数据文件。

d. 在对话框底部的列表中，选择 Default Layout （默认布局）。

Xcalibur 数据系统提供的默认布局显示了一个带有色谱图视图和质谱图视图的双窗格布局。色谱图视图显示总离子色谱图（TIC），而质谱图视图显示从初始时间点（RT = 0.0 分钟）开始的质谱图。

图 2. Open Raw File （打开原始文件）对话框，并选择 steroid14.raw


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件

e. 点击 Open （打开）。

数据文件的 TIC 色谱图和一级质谱图在窗格中打开（图 3）。

图 3. 原始数据文件的默认布局

转到下一个步骤，在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图。


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图

在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图利用 Qual Browser （定性浏览器）窗口中的交互式窗格，查看目标质谱图。下列步骤介绍如何使用以下视图设置四窗格布局：色谱图、质谱图、扫描过滤器和平均质谱图。

若要显示目标质谱图

1. 从网格中的两个窗格的默认布局开始，上方窗格显示色谱图视图，下方窗格显示质谱图视图，再向网格中添加两个以上窗格：

• 点击工具栏上的 Insert Cells Left （在左侧插入窗格）图标，。

– 或 –

• 在菜单栏上，选择 Grid（网格）> Insert Cells（插入窗格）> Left（左侧）。

所有窗格均为未激活窗格。

2. 在左下方的窗格上，通过右击窗格并从快捷菜单上选择 Scan Filters （扫描过滤器），将视图更改为扫描过滤器视图（图 4）。

图 4. 从快捷菜单中选择 Scan Filters （扫描过滤器）

注释当网格中的窗格都没有被固定时，单击窗格使其成为激活窗格。激活但未固定的窗格具有灰色边框。

快捷菜单



3. 在左下方的窗格上，按如下所示将扫描过滤器视图的范围更改为色谱图的整个时间范围：

a. 右击扫描过滤器视图，然后从快捷菜单中选择 Ranges （范围）。

Scan Filter Range （扫描过滤器范围）对话框打开。

b. 若在 Time （时间）框中输入值 0.00、连接号及色谱图的结束时间点（图 5）。否则，将时间范围设置为色谱图的全部时间范围（first time point–last time point [ 第一个时间点 – 后一个时间点 ]）。

图 5. 在 Scan Filter Range （扫描过滤器范围）对话框的 Time （时间）框中指

定时间范围

c. 点击 OK （确定）。

扫描过滤器视图列出了原始数据文件中所有的扫描过滤器（图 6）。

图 6. 扫描过滤器

4. 在左上方的窗格中，将 TIC （总离子流）色谱图更改为所选扫描过滤器的质量数范围色谱图，如下所示：

a. 点击窗格右上角的针形图标（将单元格固定），，使其激活并固定单元

格。

扫描过滤器列表中的后一个条目为 m/z 150 到 375 之间的质量数范围内的所有离子的色谱图。

b. 从扫描过滤器列表中选择后一个条目。

后一个条目被一个框包围，光标变为页面光标。

c. 将页面光标拖至左上角的窗格。

松开页面光标时，左上角的窗格显示所选扫描过滤器质量数范围内的色谱图（图 7）。



图 7. 所选扫描过滤器质量数范围内的色谱图（MS2 全扫描 m/z）

5. 在右上角的窗格上，将显示更改为平均质谱图，如下所示：

a. 固定窗格。

b. 右击已固定的窗格，然后从快捷菜单中选择 View （查看） > Chromatogram（色谱图）。

c. 在左上角的窗格上（MS2 全范围色谱图），拖动光标穿过色谱峰的基线宽度。

在右上角窗格上显示平均质谱图。

6. 固定右下角窗格并从快捷菜单中选择 View （查看） > Chromatogram （色谱图）。

在窗格中出现未过滤的 TIC （总离子流）色谱图。确认网格看起来与图 8 中类似。



图 8 显示以下视图（从左下角顺时针方向）：扫描过滤器视图、（已过滤）色谱图视图、（已过滤）质谱图视图（平均及色谱图视图 [ 未过滤 ]）。

图 8. Qual Browser （定性浏览器）窗口

保持此布局打开，然后转至下一步扣除背景谱图。

Scan filter （扫描过滤器）视图 Chromatogram （色谱图）视图（未过滤）

Chromatogram （色谱图）视图（已过滤） Spectrum （质谱图）视图（平均）


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）扣除背景谱图

扣除背景谱图用户可以通过以下两种方法扣除背景谱图：通过从 Qual Browser （定性浏览器）菜单栏中选择 Actions （操作） > Subtract Spectra （扣除谱图）进行图形化或通过在 Subtract Background （扣除背景）对话框中指定背景文件进行自动扣除。

下列步骤描述了可以执行背景扣除的两种方式：

• 使用背景扣除工具

• 以图形化方式扣除背景质谱图

使用背景扣除工具

利用 Subtract Background （扣除背景）对话框从任意所选的原始文件上扣除某个原始文件或某个原始文件的单次扫描。用户可以利用这一功能从一个原始数据文件或去卷积合并或重叠组分峰上扣除背景质谱图。

更多有关信息，参阅 Xcalibur 定性浏览器用户手册（Xcalibur Qual Browser User Guide）。

若要扣除原始数据文件中的背景

1. 选择 Qual Browser （定性浏览器）窗口上的 Tools （工具） > Background Subtract （背景扣除）。

Subtract Background （扣除背景）窗口打开（图 9）。

2. 在 Input （输入）区域中，按下列设置输入文件数据源信息：

a. 在 File （文件）框内键入输入文件的路径名和文件名，或点击 Browse （浏览），利用 Open （打开）对话框找到文件。

b. 在 Single Detector （单检测器）列表中，选择已采集到所需数据的检测器。若原始数据文件包含多个检测器的数据，则 All Detectors （所有检测器）复选框可用。若要使用原始文件中的所有数据源进行背景扣除，选择 All Detectors （所有检测器）复选框。

c. 在 Scan Filter （扫描过滤器）列表中，从存储在 RAW 文件的扫描过滤器列表中选择一个扫描过滤器。

3. 在 Background （背景）区域中，执行以下操作：

a. 若要选择背景文件，在 File （文件）框内输入背景文件的路径名和文件名，或点击 Browse （浏览）然后利用 Open （打开）对话框找到文件。

b. 选择扣除背景文件的操作范围，如下：

• 若要从导入文件中扣除整个背景文件，选择 Subtract Whole File （扣除整个文件）选项。

• 若要在导入文件的每次扫描中扣除背景文件的单个扫描，选择 Subtract Single Scan (RT in Min) （扣除单扫描）（保留时间，分钟）选项并在相关框中键入扫描的保留时间。



c. 指定调整和缩放，如下：

• 若要对导入文件的背景文件扣除进行补偿，则在 Alignment Offset (RT in Min) （调整补偿）（保留时间，分钟）框中输入所需补偿值。

• 若要对导入文件的背景文件扣除进行缩放，则在 Scaling Factor （比例因子）框中键入所需因子。

4. 在 Output （导出）区域，通过在 Folder （文件夹）框中键入完整路径位置，或点击 Folder （文件夹）并浏览至所需位置来指定输出文件的位置。

在 Name （名称）框中显示输出文件，如 BG_<Input File> （图 9）。

图 9. Subtract Background （扣除背景）对话框

5. 执行下列操作之一：

• 点击 Exit （退出），放弃文件操作并关闭对话框。对话框关闭。

• 点击 Proceed （处理），开始扣除背景文件操作。背景扣除完成后，会出现一个消息框。点击 OK （确定）关闭消息框。点击 Exit （退出）关闭对话框。



以图形化方式扣除背景质谱图

若要通过在任一范围内（感兴趣色谱峰的任一边）或在两个范围内（感兴趣色谱峰的两边）扣除背景峰来扣除背景质谱图，固定质谱图视图，并在色谱图视图内使用光标。

若要选择背景扣除的两个扫描范围

1. 固定质谱图视图以便在色谱图视图中进行交叉查看。

2. 右击质谱图视图并从快捷菜单上选择 Actions （操作） >Subtract Spectra （扣除质谱图） > 2 Ranges （2 个范围）。

标有 –1 的十字光标出现（图 10）。

图 10. 在色谱图视图中进行背景扣除的十字光标

3. 在色谱图视图中，选择一个靠近感兴趣色谱峰的基线区域。

4. 将光标拖离该峰并穿过部分扫描区域作为首个需扣除的扫描范围。然后，释放鼠标按钮，确定首个范围。

光标标记更改为 –2。

5. 选择另一边感兴趣峰的基线区域。

6. 将光标拖离该峰并穿过部分扫描区域作为第二个需扣除的扫描范围。然后，释放鼠标按钮，确定第二个范围。

当释放鼠标按钮时，数据系统将会扣除选中扫描的平均值并刷新质谱图视图。质谱图视图标题显示扣除的扫描数（图 11）。



例如， SB： 49 0.12–0.54， 0.89–1.99 代表如下：

• Qual Browser（定性浏览器）窗口利用 49 次平均扫描结果扣除质谱图背景。

• 用于扣除的保留时间范围为 0.12 至 0.54 分钟及 0.89 至 1.99 分钟。

图 11. 两个范围进行背景扣除后的质谱图视图

若要撤销背景扣除

从菜单栏中选择 Actions（操作）> Subtract Spectra（扣除质谱图）> Clear（清除）。


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）从 Qual Browser （定性浏览器）中手动导出质谱图文件

从 Qual Browser （定性浏览器）中手动导出质谱图文件若要为自定义库创建一个库条目，用户可以从 Qual Browser （定性浏览器）窗口的质谱图视图上将质谱图导出到 Library Browser （库浏览器）窗口或者在 Sequence Setup （序列设置）视图的原始数据文件处理或批次重新处理期间将质谱图导出到 Library Browser （库浏览器）窗口。

该主题介绍了如何从 Qual Browser （定性浏览器）窗口上导出质谱图文件。

若要将质谱图文件从 Qual Browser （定性浏览器）上导出至 Library Browser（库浏览器）

1. 在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件。

2. 在质谱图视图中，选择想要导出的质谱图（参阅在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图）。

3. 右击质谱图视图并选择 Library（库） > Export to Library Browser（导出至库浏览器）。

NIST Library Search （NIST 库检索）窗口打开。

数据系统将质谱图的质量数和强度数据转化为一个文本文件，并将该文件复制到 Spec List （质谱图列表）窗格中。 Qual Browser （定性浏览器）窗口保持打开。数据系统创建以下文件：

• 位于 Xcalibur\Libspecs 文件夹下的导出质谱图的副本。

该文件扩展名为 .msd，文件名与原始数据文件一致并精简为 8 个字母（8.3 文件名格式）。

• 包含所有导出谱图详细信息的索引文件。

数据系统将导出谱图放在 Spec List （质谱图列表）中。有关使用 NIST Mass Spectral Search （NIST 质谱检索）应用程序的相关信息，阅读应用程序随附的文档。

在序列处理期间，自动导出质谱图文件用户可在处理方法中将质谱图自动导出到用户库。当运行或批次重新处理包含处理方法的序列时，可以打开质谱图导出功能。

当导出的质谱图文件与所选库中的任何质谱图文件都不匹配时，数据系统会将新的质谱图文件添加到库中。

注释为了得到佳结果，在导出质谱图文件至应用程序前，务必认真阅读 National Institute of Standards and Technology (NIST) （美国国家标准和技术研究所， NIST）所提供的 NIST Mass Spectral Search （NIST 质谱检索）应用程序的相关文档。


2 将质谱图文件导出至 Library Browser （库浏览器）在序列处理期间，自动导出质谱图文件

若要设置一个将质谱图导出到用户库的处理方法

1. 从主页菜单栏上选择 GoTo （转至） > Processing Setup （处理设置）。

Processing Setup （处理设置）窗口打开。

2. 选择 View （查看） > Qual （定性）。

从 Processing Setup （处理设置）窗口的 Qual （定性）视图中打开已显示的 Identification （识别）页面。

3. 点击 Library Search Options （库检索选项）选项卡，显示 Library Search Options（库检索选项）页面。

4. 检查正在使用中的库，如下：

a. 点击 Search List （检索列表）。

Search List （检索列表）对话框打开。

b. 检查可用库列表。

c. 从 Available Libraries （可用库）区域添加或删除库，然后点击 OK （确定），保存修改并关闭对话框。

5. 在 Append to User Library （添加至用户库）区域，选择 Enable （启用）复选框。

图 12 显示在 Qual （定性）视图 –Processing Setup （处理设置） Library Search Options （库检索选项）页面上的 Append to User Library （添加至用户库）区域。

图 12. Append to user library （添加至用户库）区域

6. 在 User Library （用户库）列表，选择一个现有的库，或输入想要将导出的质谱图添加至谱库的名称。

若输入一个新库名，只有当谱图无法与标准匹配时才能被创建。为确保将谱图文件添加至指定的库，在 Thresholds （阈值）框中输入大概率值。数据系统只添加无法与标准匹配的质谱文件。



7. 输入 Match Factor （匹配因子）、 Reverse Match Factor （逆向匹配因子）和 Probability (%)（概率百分比， %）的阈值。分别输入 999、999 和 100，确定所有谱图已添加到库中。

在处理过程中及相关色谱峰峰尖扫描优化后， Xcalibur 数据系统将谱图提交至库检索：

• 若库检索的大目标超过（或等于）任一阈值，数据系统即返回目标列表，谱图将不会被添加至指定的库中。

• 若库检索的大目标未能达到任一阈值，数据系统将放弃目标列表（不报告检索结果）并将检索谱图添加至指定的库。若不指定其它文件夹，用户库将被保存在 NIST\MSSearch 文件夹下。

8. 保存处理方法。

若要将谱图自动导出至指定的库

1. 在 Processing Setup（处理设置）窗口中，通过选择菜单栏上的 GoTo（转至） > Xcalibur Home Page （Xcalibur 主页）打开 Sequence Setup （序列设置）视图。若 Sequence Setup （序列设置）视图未显示，选择 View （视图） > Sequence Setup View （序列设置视图）将其打开。


• 若尚未采集到一组原始数据文件，按照 Xcalibur 数据采集和处理用户手册（Xcalibur Data Acquisition and Processing User Guide）所述创建新的序列。

• 若包含要处理的原始数据文件的采集序列未打开，选择 File （文件） > Open （打开）。然后，在 Open （打开）对话框上，浏览至适合的文件夹，选择目标序列文件（SLD）并点击 Open （打开）。

3. 若尚未添加处理方法至序列中，执行以下操作：

a. 双击 Processing Method （处理方法）列。

Select Processing Method （选择处理方法）对话框打开（图 13）。



图 13. Select Processing Method （选择处理方法）对话框

b. 浏览至适合的文件夹，选择目标处理方法（PMD 文件）并点击 Open（打开）。


• 若要在数据采集时导出质谱图，在 Run Sequence （运行序列）对话框的 Processing Actions （处理操作）区域中，选择 Qual （定性）复选框。

• 若要在批次重新处理时导出质谱图，在 Batch Reprocess （批次重新处理）对话框上，选择 Qual （定性）复选框。然后，选择 Peak Detection and Integration （峰检测和积分）复选框和 Library Search （库检索）复选框。

若处理方法中指定的库不存在，可通过 Xcalibur 数据系统来创建。



当谱图被添加至用户库中时，它包含如下基本信息：

• 完整的质量数 / 强度列表

• 名称格式为 <filename>#<scannumber> RT: <rt> AV: <av> NL: <nl>，例如：steroids02#1 RT: 0.01 AV: 1 NL: 2.14E3

• 显示扫描过滤器的注释，如 T： + c Full ms2 363.30 [150.00 – 375.00]

• 分子量（Mol Weight）和 CAS 号设为 0

客户也许想修改基本信息或提供如下信息：

• 化学分子式

• 异名列表

• 分子量

• CAS 号

• 化学结构（以 MOL、 SDF 或 MDL 文件格式）

在将化学结构添加至文件时，按照管理 NIST Libraries （NIST 库）所述，用户可以通过点击 Structure （结构）自动将化学分子式和分子量添加至文件中。


3

管理库

在 Library Browser （库浏览器）窗口中，可以创建、管理、检索用户库。利用这些功能，可创建质谱图的参考库。

按照以下步骤将质谱图文件添加到用户库中，以管理库列表，并将库转换为其他格式。

数据系统将谱库保存在下列文件夹内：

drive:\Program Files\NISTMS\MSSEARCH\

添加谱图文件至用户库从 Qual Browser （定性浏览器）窗口手动导出文件后，可将谱图文件添加至用户库。或者若在处理方法中启用 Add to Library （添加至库）功能并设置合适的阈值匹配条件，则可在序列处理期间自动将谱图文件添加至用户库（参阅在序列处理期间，自动导出质谱图文件）。

以下步骤描述了如何将从 Qual Browser （定性浏览器）窗口手动导出的谱图添加到用户库。

若要将未编辑的谱图文件添加到库

1. 从 Qual Browser （定性浏览器）中导出谱图。参阅从 Qual Browser （定性浏览器）中手动导出质谱图文件。

Library Browser （库浏览器）窗口打开。

2. 选择 Window （窗口） > Librarian （库管理员）。

Librarian （库管理员）窗口打开。

目录

• 添加谱图文件至用户库

• 管理 NIST Libraries （NIST 库）

• 将库转化为其他格式


3 管理库添加谱图文件至用户库

3. 在 Spec. List （质谱图列表）中，选中欲添加至库中的质谱图（图 14）。

Spec List（质谱图列表）每行包含一个质谱图。 Src（检索）列按下列之一列出了质谱源信息：文本文件 (A)， Spectrum Editor (E) （质谱图编辑器 , E）或库。用户库使用库名称的前两个字母进行编码。 Name （名称）列列出了质谱图名称。

图 14. NIST MS Search 2.0 （NIST MS 检索 2.0） – Librarian （库管理员）窗口

Text File （文本文件）标记从 steroids05.raw 数据文件中导出在 RT = 0.68 分钟峰的质谱图


3 管理库添加谱图文件至用户库

4. 在 Librarian （库管理员）窗口的工具栏上，点击 Add to Library （添加至库）

图标，。

Choose Library to Copy To （选择库至复制至）对话框打开（图 15）。

图 15. Choose Library to Copy To （选择库至复制至）对话框

5. 选择要添加质谱图文件的库或在框中输入新库的名称。

6. 点击 OK （确定）将新的质谱图文件添加至已存在的库或者新库。

列有库的名称和库中的质谱图数的消息框出现（图 16）。

图 16. 有关库的信息

7. 点击 OK （确定），以添加质谱图至库中。


3 管理库管理 NIST Libraries （NIST 库）

管理 NIST Libraries （NIST 库）利用 Library Manager （库管理器）应用程序的 Manage Libraries （管理库）页面在 NIST 库列表中添加、删除或移动库。本部分详述如何完成以下任务：

• 添加库

• 删除库

• 复制库

更多有关 Library Manager （库管理器）应用程序的 Manage Libraries （管理库）页面信息，参阅 Library Manager （库管理器）应用程序。

若要打开 Library Manager （库管理器）应用程序

1. 打开 Xcalibur 主页 – Roadmap （导航图）视图。

2. 从菜单栏上选择 Tools （工具） > Library Manager （库管理器）。

Library Manager （库管理器）应用程序打开， Manage Libraries （管理库）页面显示（图 17）。

图 17. Thermo Library Manager （Thermo 库管理器）对话框



添加库

当在 NIST 库列表中添加一个库时，可以将库文件复制至本地计算机，或不复制文件而远程链接到库。

若要添加库

1. 如管理 NIST Libraries （NIST 库）所述打开 Library Manager （库管理器）应用程序的 Manage Libraries （管理库）页面。

2. 点击 Add （添加）。

Add Library （添加库）对话框打开（图 18）。

图 18. Add Library （添加库）对话框

3. 在 Add Library （添加库）对话框中，在 Source （源文件）框输入新库文件的路径或单击 Browse （浏览），打开 Browse for Folder （浏览文件夹）对话框，并查找目标文件。

4. 从两个选项中选择一个：

• 将该库复制到本地计算机。

• 从远程位置或计算机链接至库。

5. 点击 OK （确定）。

数据系统在 Library Manager （库管理员）应用程序中将已选库添加至 NIST Libraries （NIST 库）列表中。

6. 若在 Library Manager （库管理器）中无其他需完成的任务，单击 Exit （退出）。

提示因为有些库很大，可以通过选择 Link （链接）而不是 Copy （复制）选项来节约时间。



删除库

若要删除 NIST Libraries （NIST 库）列表中选中的库


2. 在 NIST Libraries （NIST 库）列表中选中要删除的库。

3. 点击 Delete （删除）。

系统提示确认删除。

4. 单击 Yes （是）删除选中库。


复制库

可以利用 Archive （存档）功能，将选中库复制到计算机或者网络的其他目录下。

若要复制库


2. 从 NIST Libraries （NIST 库）列表中选择一个库进行复制。

3. 点击 Archive （存档）。

Archive Library （将库存档）对话框打开参阅（图 19）。

图 19. Archive Library （将库存档）对话框

4. 在 Destination （目标）框中输入复制库文件的路径或单击 Browse （浏览）打开 Browse for Folder （浏览文件夹）对话框，选择目标保存目录。

5. 若要将所选库复制到远程位置，点击 OK （确定）。



3 管理库将库转化为其他格式

将库转化为其他格式若要将库全部或任何部分转换为其他格式，利用 Library Manager （库管理器）应用程序的 Convert Libraries （转换库）页面（图 20）。同样的，利用此页面将库复制到另一个位置。

有关 Convert Libraries （转换库）页面的更多信息，参阅 Convert Libraries （转换库）页面。

图 20. Convert libraries （转换库）页面

若要将库转化为其它格式

1. 如管理 NIST Libraries （NIST 库）中所述，打开 Library Manager （库管理器）应用程序。

2. 点击 Convert Libraries （转换库）选项卡以打开 Convert Libraries （转换库）页面。

3. 在 Source Library Details （原始库详细信息）区域执行以下操作：

• 在 Type （类型）列表中，根据文件扩展名选择原始库类型。


3 管理库将库转化为其他格式

• 在 Library （库）框中，输入原始库的路径，或者点击 Browse （浏览）打开 Browse for Folder （浏览文件夹）对话框，查找文件。

• 在 Process Entries （处理条目）框中，若只要转化原始库中的某些条目，则输入待转换的条目编号范围。例如：仅转化 #100 至 #200 的条目时，输入 100–200。

4. 在 Target Library Details （目标库详细信息）区域，执行以下操作：

• 在 Type （类型）列表中，根据文件扩展名选择目标库类型。

• 在 Library （库）框中输入目标库的路径或者单击 Browse （浏览）打开 Browse for Folder （浏览文件夹）对话框，并选择文件夹。

当选择 ICIS/GCQ/ITS 40 或 MassLab 作为目标库类型时， Title （标题）区域激活。

• 在 Title （标题）框中，输入转化库的标题。

5. 在 Options （选项）区域中，执行以下操作：

• 选择 Create/Replace （创建 / 替换）选项或 Append （添加）选项。

默认选择 Create/Replace （创建 / 替换）。

当选择 NIST 作为原始库类型时， Include Replicate Entries from the NIST Library in the Target Library （在目标库中包括 NIST 库的重复条目）复选框激活。

• 点击 Include Replicate Entries from the NIST Library in the Target Library（在目标库中包括 NIST 库的重复条目）复选框以复制重复条目。

当选中 Include Replicate Entries （包括复制条目）复选框时， Replicate Library（重复库）区域被激活。数据系统默认复制库 REPLIB 存储在以下文件夹中：

drive:\NIST02\MSSEARCH\

• 若要使用不同的重复库，在 Replicate Library （重复库）框输入目标库的路径或点击 Browse （浏览）打开 Browse for Folder （浏览文件夹）对话框并选择文件夹。

6. 单击 Convert （转化），开始转化过程。

Conversion Status （转化状态）框显示按顺序（从高到底）排列的消息，例如：

Started the conversion on SEP 3, 1999 at 10:01, please waitFinished the conversion on SEP 3, 1999 at 10:02Converted 570 entries （1999 年 9 月 3 日 10:01 开始转化，请等待， 1999 年 9 月 3 日 10:02 完成了 570 条转化）

7. 若在 Library Manager （库管理器）中无其他需完成的任务，单击 Exit （退出）关闭 Library Manager （库管理器）对话框。

注释当选择 NIST 作为目标库类型时，默认目标库为 Xcalibur 数据系统的库文件夹：C:\NIST02\MSSEARCH\。


4

检索库

当创建一个自定义库后，可利用它进行谱库检索。可以通过以下三种方式检索质谱库：

• 从 Qual Browser （定性浏览器）窗口中手动检索

• 从 Library Browser （库浏览器）窗口中手动检索

• 在序列处理或批次重新处理期间自动检索

按照本章中的步骤，在 Qual Browser （定性浏览器）窗口或批次重新处理时运行库搜索。

目录

• 在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索

• 设置和运行自动库检索


4 检索库在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索

在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索在 Library Browser（库浏览器）窗口中创建一个自定义用户库之后，用户可以从 Qual Browser（定性浏览器）窗口提交质谱图至库检索。Qual Browser（定性浏览器）利用库或者利用 Search List （检索列表）页面上列出的多个库及在 Search Properties （检索属性）对话框 Search Parameters （检索参数）页面上指定的检索参数。

若要将 Qual Browser （定性浏览器）中的质谱图提交至库检索

1. 在 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打开原始数据文件。

2. 打开色谱图视图，如下：

a. 在想要打开色谱图视图的窗格右上角，点击针形图标，。

针形图标变为固定状态，，以表示色谱图视图为激活状态及已固定窗格。

b. 选择 View （查看） > Chromatogram （色谱图）或点击工具栏上的 View

Chromatogram （查看色谱图）图标，。

3. 打开质谱图视图，如下：

a. 在想要打开质谱图视图的窗格右上角，点击针形图标，。

针形图标变为固定状态，，以表示色谱图窗格为激活状态及已固定窗格。

b. 选择 View （查看） > Spectrum （质谱图）或点击 View Spectrum （查看质

谱图）图标，。

4. 若要显示或优化质谱图，选择以下操作：

• 当质谱图窗格被锁定时，点击目标保留时间的色谱图（例如：峰顶）。

此时间点的质谱图出现在质谱视图中。

• 若要查看一个平均穿过峰的谱图，拖曳鼠标横穿过目标峰。

• 如有必要，通过背景扣除来优化谱图。有关该步骤的更多信息，参阅扣除背景谱图。

5. 设置库检索选项，如下：

a. 选择 Actions （操作） > Library （库） > Search （检索）。

Search Properties （检索属性）对话框打开， Search List （检索列表）显示（图 21）。



图 21. Search Properties （检索属性）对话框

b. 选择用户想要检索的库，如下：

• 若要将库从 Available Libraries （可用库）框移动到 Selected Libraries （已选库）框中，选中库，然后点击 Add （添加）。

• 若要将库从 Selected Libraries （已选库）框移动到 Available Libraries （可用库）框中，选中库，然后点击 Remove （移除）。

• 若要更改已选库的检索顺序，选中要移动的库。然后，点击合适的按钮：

– 点击 Top （置顶），将选中库移至列表顶部。

– 点击 Up （上移），将选中库上移一个位置。

– 点击 Down （下移），将选中库下移一个位置。

– 点击 Bottom （置底），将选中库移至列表底部。

c. 点击 Search Parameters （检索参数）选项卡。

Search Parameters （检索参数）页面打开（图 22）。



图 22. Search Parameters （检索参数）页面

d. 作出适当选择并输入条目。

e. 点击 Apply （应用）保存设置。

f. 点击 OK （确定）关闭对话框。

6. 若要开始进行库检索，执行以下操作之一：

• 从菜单栏上选择 Actions （操作） > Library （库） > Search （检索）。

• 点击工具栏上的 Library Search Spectrum （库检索质谱图）图标，。

– 或 –

• 右击质谱图视图并从快捷菜单中选择 Library （库） > Search （检索）。

Qual Browser （定性浏览器）在 Library Search Results （库检索结果）窗口中显示库检索结果（图 23）。



图 23. 在 Qual Browser （定性浏览器）上的 Library Search Results （库检索结果）窗口

Library Search Results （库检索结果）窗口的活动窗格从左上方按顺时针方向显示如下检索结果：

• 目标列表（匹配的质谱图文件列表）

• 分子结构，包括分子式、分子量、名称以及库索引号

• 差异谱图（原始数据减去库条目）

– x 轴上方的峰表示样品质谱中的峰强度高于库谱中的峰强度。

– x 轴下方的峰表示样品质谱中的峰强度低于库谱中的峰强度。

• 样品谱图与库谱的比较



若要打印库检索报告

1. 选择 File （文件） > Print Preview （打印预览）。

Print （打印）对话框打开（图 24）。

图 24. Print （打印）对话框

2. 为打印显示选择选项。

3. 点击 OK （确定）关闭对话框并预览结果。

4. 若要再次显示 Print （打印）对话框，点击 Print （打印）然后再点击 OK （确定）。

5. 若要打印结果，则在第二个 Print （打印）对话框中点击 OK （确定）。

参阅库样品报告，了解更多从 Qual Browser （定性浏览器）中获取库检索结果的例子。

有关该窗口的更多信息，参阅 Library Search Results （库检索结果）窗口。

注释当从 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打印报告时，数据系统使用计算机的默认打印机。


4 检索库设置和运行自动库检索

设置和运行自动库检索在处理方法中设置库检索参数。在序列中添加处理方法之后，用户可以在序列运行时自动处理数据或数据采集之后对序列进行批次重新处理时自动处理数据。

若要自动进行库检索并打印报告，按照下列步骤：

1. 在处理方法中设置库检索

2. 设置定性处理序列

3. 批次重新处理序列并打印库检索报告

在处理方法中设置库检索

若要自动检索库，需在处理方法中设置定性参数。在 Processing Setup （处理设置）窗口的 Qual （定性）视图中，设置处理方法的定性参数。

若要打开 Processing Setup （处理设置）窗口中的 Qual （定性）视图


• 在 Xcalibur Roadmap （Xcalibur 导航图）视图上，点击 Sequence Setup （序

列设置）图标，。

– 或 –

• 在 Xcalibur 主页菜单栏上，选择 GoTo （转至） > Processing Setup （处理设置）。

2. 在 Processing Setup （处理设置）菜单栏上，选择 View （视图） > Qual （定性）。

按照下列步骤为处理方法设置库检索参数：

1. 设置定性处理方法的识别参数

2. 在处理方法中设置库检索选项

3. 指定自动检索库

4. 为自动库检索设置检索限定

5. 设置自动库检索报告

注释利用 Library Search Constraints （库检索限定）页面需要了解用户正在检索的目标化合物的特定信息。当对样品组进行定性分析时，用户可能不知道样品中有哪些组分，因此有时无法利用 Library Search Constraints （库检索限定）页面上的参数来优化自动处理。



设置定性处理方法的识别参数

利用 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图上的 Identification （识别）页面，以选择峰积分算法和扫描过滤器。

若要设置 Qual （定性）视图 Identification （识别）页面上的参数

1. 打开 Processing Setup （处理设置）窗口的 Qual （定性）视图（参阅若要打开 Processing Setup （处理设置）窗口中的 Qual （定性）视图）。

2. 打开代表性的原始数据文件，如下：

a. 从菜单栏上选择 File （文件） > Open Raw File （打开原始文件）。

Open Raw File （打开原始文件）对话框打开。

b. 浏览并选中合适的目标原始文件。然后，点击 Open （打开）。

色谱图视图和质谱图视图使用原始数据文件中的数据填充（图 25）。

图 25. Processing Setup （处理设置）窗口 Qual （定性）视图的原始数据文件示例



3. 在 Identification （识别）页面上执行以下操作：

a. 选择检测器类型。

b. 在 Peak Detect （峰检测）列表中选中峰检测算法，指定数据系统如何寻找和处理色谱峰。

c. 在 Filter （过滤器）列表中，选中一个扫描过滤器。

d. 若要接受 Identification （识别）页面的当前修改，点击 OK （确定）。

e. 若要设置高级参数，点击 Advanced （高级）（图 26）。

f. 确认选中了 Noise Method （噪声方法）区域的 INCOS Noise （INCOS 噪声）选项。

图 26. ICIS Advanced Parameters （ICIS 高级参数）对话框

ICIS 该算法专为处理 MS 数据设计，在 MS 信号水平低时具有优异的峰检测效率。该算法为 Xcalibur 默认峰检测算法。

Genesis 该检测算法是原始的 Xcalibur 峰检测算法，为 Xcalibur 1.0 数据系统研究提供兼容性。

Avalon 该算法支持除 MS 检测器外的其他检测器，与 Genesis 和 ICIS 相比，可更准确检测色谱倒峰和肩峰。

注释执行后续步骤， ICIS Advanced Parameters （ICIS 高级参数）对话框打开。若选择另一种峰检测方法，则另一个 Advanced Parameters （高级参数）对话框打开。输入符合该方法的合适的数值。



g. 若要关闭对话框并返回到 Processing Setup （处理设置）窗口，点击 OK（确定）。

h. 若要应用 Identification （识别）页面的当前修改，点击 OK （确定）。

转至下一步骤，在处理方法中设置库检索选项，设置库检索选项。

在处理方法中设置库检索选项

利用 Processing Setup （处理设置）窗口 Qual （定性）视图上的 Library Search Options （库检索选项）页面（参阅图 27），设置处理方法中的库检索选项。

有关创建处理方法的更多信息，参阅 Xcalibur 数据处理和采集用户手册（Xcalibur Data Processing and Acquisition User Guide）。

若要为处理方法设置库检索选项参数

1. 若尚未设置，则按设置定性处理方法的识别参数中所述设置识别参数。

2. 点击 Library Search Options （库检索选项）选项卡，打开 Library Search Options（库检索选项）页面（图 27）。

图 27. Processing Setup （处理设置）窗口 Qual （定性）视图上的 Library Search Options （库检索选项）页面

注释 Xcalibur 数据系统利用 NIST 质谱图检索程序算法执行库搜索。算法和相关软件由 National Institute of Standards and Technology （美国国家标准和技术研究所）的 Standard Reference Data Program （标准参考数据程序）发布，美国商务部享有其版权。



3. 在 Search Type （检索类型）区域中，执行下列操作之一：

• 若要提交已处理谱图进行一致性检索，则选择 Identity （一致性）选项。然后，选择以下三种 Identity （一致性）检索类型之一：

– 选中 Normal （常规）选项，进行常规一致检索。

– 选中 Quick （快速）选项，进行快速一致检索。

– 若想要执行修正过的常规一致检索，则选中 Penalize Rare Compounds（不优先考虑罕见化合物）选项。

• 若要提交对已处理谱图进行相似检索，选择 Similarity （相似性）选项。然后，选择以下三种 Similarity （相似性）检索类型之一：

– 选中 Simple （简单）选项，进行 Simple Similarity （简单相似性）检索。

– 选中 Hybrid （混合）选项，进行 Hybrid Similarity （混合相似性）检索。

– 若想要进行 Neutral Loss Similarity （中性丢失相似性）检索，选中 Neutral Loss （中性丢失）选项。

以上两种检索类型的主要区别为随质量数变化的谱图的加权情况。

4. 在 Options （选项）区域中，执行以下操作：

• 若要限定库检索保留和在结果文件中报告的检索结果的数量，则需在 Maximum Number of Hits （大目标数）框中输入一个数值。

• 若已知目标分析物的分子量，并希望将检索限定为相同分子量的库化合物，则需选择 Search with MW = （检索分子量 =）复选框并在相关框中输入分子量。

当选中 Search with MW = （检索分子量 =）选项时， Library Search Constraints（库检索限定）页面上的 Molecular Weight （分子量）选项不可用。

• 若要选择目标物的排序方法，执行以下操作之一：

– 若要按 Reverse Match Factor （逆检索匹配因子）对目标结果进行排序，选中 Reverse Search （逆检索）复选框。

– 若要按 Forward Match Factor （正检索匹配因子）对目标结果进行排序，清除 Reverse Search （逆检索）复选框。

5. 若要在库检索中包含质量亏损值，则需在 Mass Defect （质量数亏损）区域中选中 Enable （启用）复选框。

6. 若要添加新谱图至用户库，执行以下操作：

a. 在 Append to User Library （添加至用户库）区域，选择 Enable （启用）复选框。

User Library （用户库）列表和 Thresholds （阈值）区域中的参数变为可用。



b. 按以下步骤选中用户库并指定谱图阈值：

• 在 User Library （用户库）列表中，选中目标用户库。

• 在 Match Factor （匹配因子）框中输入阈值。

• 在 Reverse Match Factor （逆向匹配因子）框中输入阈值。

• 在 Probability (%) （概率百分比， %）框内输入一个阈值。

7. 若要保存 Library Search Options （库检索选项）页面上的设置，点击 OK （确定）。

Library Search Options （库检索选项）页面保持打开，然后转至下一步，指定自动检索库。

指定自动检索库

当设置自动检索库的处理方法时，必须指定要检索的库。

若要指定待检索的库

1. 在 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图的 Library Search Options（库检索选项）页面上，点击 Search List （检索列表）（第 38 页上的图 27）。

Search List （检索列表）对话框打开（图 28）。

图 28. Search List （检索列表）对话框

2. 若要选中需检索的库，在 Available Libraries （可用库）列表中选中库名，并点击 Add （添加）将库移至 Selected Libraries （已选库）列表中。

3. 点击 OK （确定）以选择库并返回至以选择库并返回至 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图。

若要为自动库检索设置检索限定，转至下一步骤，为自动库检索设置检索限定。否则，转至设置自动库检索报告添加库检索报告至方法中。



为自动库检索设置检索限定

为更有效处理检索，利用 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图 Library Search Constraints （库检索限定）页面上的某些选项对自动库检索进行限定（这些通常都未被激活）。例如，可以排除许多化合物或谱图背景中存在的某些高强度离子。可以指定特定分子量范围或包含某种特定元素的化合物的检索。

设置 Library Search Constraints （库检索限定）页面上的选项，需要了解色谱图中目标化合物的特定信息。有时无法通过定性分析来获取这些信息。

Library Search Constraints （库检索限定）页面包含 5 组选项对库检索进行限定（图 29）。若要显示 Library Search Constraints （库检索限定）页面，在 Processing Setup （处理设置）窗口的 Qual （定性）视图中选择 Library Search Constraints（库检索限定）选项卡。

参阅以下主题以设置限定：

• 应用分子量限定

• 应用其他数据库限定

• 使用 Name Fragment （命名碎片）限定库检索

• 使用元素限定

• 应用质谱峰限定

图 29. Qual （定性）视图中的 Library Search Constraints （库检索限定）页面



点击 OK （确定）设置参数并保存设置。点击 Save as Default （另存为默认），保存设置作为之后检索的默认设置。

应用分子量限定

按下列步骤设置 Processing Setup（处理设置） – Qual（定性）视图 Molecular Weight（分子量）区域上的参数。

若要按指定分子量或分子量范围来限定库检索

1. 选中 Molecular Weight （分子量）区的 Enable （启用）复选框（图 30）。

图 30. 分子量区域

2. 在 Range （范围）框中，输入分子量或分子量范围。

使用低分子量 —— 高分子量的格式指定范围。有效范围为 1 至 999 999。所有检索结果必须满足指定分子量范围。

注释若已在 Processing Setup（处理设置）– Qual（定性）视图 Library Search Options （库检索选项）页面选中 Search with MW= （检索 MW=）复选框，则该限定无法设置。



应用其他数据库限定

按如下步骤，在 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图 Other Databases（其他数据库）区域中设置参数。

若要将库检索限定为在 NIST 库且同时在其他数据库中存在的条目

1. 选中 Other Databases （其他数据库）区域的 Enable （启用）复选框（图 31）。若其他商业数据库中包含某化合物的信息， NIST 库条目中会包括其他数据库的引用信息。

图 31. 其他数据库区域

2. 在可用列表中选择一个或多个数据库。若要限定某个数据库，选中它的复选框。若不希望限定某个数据库，确认它的复选框未被选中。

数据系统仅报告在一个或多个数据库中存在的检索结果，此结果不必出现在所有选择数据库中。

Fine （精细化学品）

Commercially Available Fine Chemical Index （市售精细化学品索引）

TSCA Toxic Substances Control Act Inventory （有毒物质控制法案目录）

RTECS Registry of Toxic Effects of Chemical Substances （化学物质毒性数据库）

EPA EPA Environmental Monitoring Methods Index （美国环保署环境监测方法索引）

USP US Pharmacopoeia （美国药典） /U.S.A.N.

HODOC CRC Handbook of Data of Organic Compounds（有机化合物 CRC 数据手册）

NIH NIH-NCI Inventory File （NIH-NCI 清单文件）

EINECS European Index of Commercial Chemical Substances （欧洲现有商用化学物质索引）

IR NIST/EPA Gas Phase IR Database （NIST/EPA 气态 IR 数据库）



使用 Name Fragment （命名碎片）限定库检索

按如下步骤，在 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图 Name Fragment（名称碎片）区域中设置参数。

若要按指定名称或命名碎片以限定库检索

1. 选择 Name Fragment （命名碎片）区的 Enable （启用）复选框（图 32）。

Name （名称）框接受文本串（多达 39 个字符），以代表一个化合物名称的碎片，如：“cyclo”。库检索过滤所有检索结果，仅保留那些名称中包含指定文本的条目。该条目不会区分大小写，例如：输入 “CYCLO”，所返回的化合物名称包含文本 “cyclo”、 “Cyclo”、 “CYCLO” 和其他大小写排列情况。

图 32. Name fragment （命名碎片）区域

2. 在 Name （名称）框中输入名称碎片。

使用元素限定

按如下步骤，在 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图 Library Search Constraints （库检索限定）页面的 Element Constraints （元素限定）区域中设置参数。

若要限定含特定元素化合物的库检索，按下列方法之一：

• 若要使用 Individual Elements （单元素）限定

• 若要使用 Elements in Compound （化合物中的元素）限定

若要使用 Individual Elements （单元素）限定

1. 在 Elements Constraints （元素限定）区域中，选择 Enable （启用）复选框。

在 Individual Elements （单元素）区域设置库检索结果（目标列表）中所需元素的特定标准。例如，图 33 中显示的条目仅保留包含多于 5 个氟原子和只有 3 个氯原子的化合物的检索结果。



图 33. Element Constraints （元素限定）区域

无需提供完整的元素信息。库检索将保留那些满足所有指定检索标准的化合物，其他元素的存在不影响检索结果。利用此选项可指定不想在检索目标中出现的元素（谱图匹配）。例如：C = 0 表示检索结果中不含碳原子。

例如，当限定发生如下矛盾时：C < 2 且 C > 4，数据系统将会显示一条错误信息。更正此限定后继续。

2. 在 Individual Element （单元素）区域，为希望限定的每个元素执行下列操作：

• 在 Element （元素），输入所需元素的缩写。为每个元素输入 IUPAC 认可的缩写名称。例如，氟元素则输入大写的 F，而氯元素则输入 Cl。

• 在同一行的 Condition（条件）列中，从以下三个条件中选择：<（小于）、 >（大于）或者 = （等于）。

• 在同一行的 Value （值）列中，输入元素限制条件中所需的原子数。

若要使用 Elements in Compound （化合物中的元素）限定

1. 在 Elements Constraints （元素限定）区域中，选择 Enable （启用）复选框。

2. 在 Elements in Compound （化合物中的元素）区域的 Elements （元素）框中，输入保留检索结果中必须存在的每种元素（参阅图 33）的 IUPAC 缩写。按照指定的列表分隔字符，分隔列表中的每种元素（多达 30 个字符）。有关更多信息，参阅 Xcalibur 数据采集和处理用户手册（Xcalibur Data Acquisition and Processing User Guide）中 “Changing the List Separator Character （更改列表分隔符） ” 的内容。

3. 选择 All （所有）选项，检索结果将保留包含且仅包含所有列出元素的条目。例如：“C、 H、 O” 将保留 HCHO，但不保留 CO2、 CH4 或 CH2Cl2。



4. 选择 Some （部分）选项，检索结果将保留包含至少一种指定的元素，且不包含其他未指定元素的条目。例如 “C、H、O” 将保留 CO2、CH4 和 HCHO，但不包含 CH2Cl2 （不允许含 Cl）。

若元素框空白，则数据系统不使用 Elements in compound （化合物中的元素）限定功能。若输入一个不合法的元素，当点击页面上的任意位置时，数据系统将报告错误信息。

若两者不矛盾，可以同时使用两种类型的元素限定。例如，当 All （所有）选项被选中，若 Individual Element （单元素）区域包含 “C = 0” 或者 “C < 1”，而 Elements In Compound （化合物中的元素）框包含 “C”，则数据系统将显示一条错误信息。更正此限定后继续。

应用质谱峰限定

按如下步骤，在 Processing Setup （处理设置） – Qual （定性）视图 Mass Spectral Peak Constraints （质谱峰限定）区域中设置参数。

质谱峰限定功能在检索过程中创建了与库谱条目相匹配的离子轮廓图和丰度值。

有关在 Mass Spectral Peak Constraints （质谱峰限定）区域中设置参数的信息，参阅 Xcalibur 数据采集和处理用户手册（Xcalibur Data Acquisition and Processing User Guide）。

若要应用和设置质谱峰限定

1. 在 Mass Spectral Peak Constraints （质谱峰限定）区域中，选中 Enable （启用）复选框（图 34）。

检索算法仅保留符合指定限定的检索结果。

图 34. 相对质谱峰限定举例

2. 选择 Absolute （绝对）或 Relative （相对）选项：

• 选择 Absolute （绝对）选项，以谱图中基（大）离子的百分比来评估所有的库条目。

• 选择 Relative （相对）选项，把首个条目看作一个绝对的 Normal （常规）或者 Loss （丢失）类型。数据系统相对首个条目对表格中的其他条目进行处理。



3. 在 Mass Spectral Peak Constraints （质谱峰限定）表中，对于希望限定的每个质谱峰，执行下列操作：

• 在 Type （类型）列表中，执行以下操作：

– 从 Absolute （绝对）选项的四种可用类型中选择：Normal （常规）、Loss （丢失）、 Rank （排序）或者 Maxmass （大质量数）。

– 从 Relative （相对）选项的两种可用类型中选择：Normal （常规）或 Loss （丢失）。

• 在相同行的 m/z 列中，执行以下操作：

– 当限定类型为 Normal （常规）、 Rank （排序）或者 Maxmass （大质量数）时，输入限定质谱峰的 m/z 值。有效范围为 0–2000，

– 当限定类型为 Loss （丢失）时，输入中性丢失值。有效范围为 0–64。

• 在相同行的 From （从）列中，执行以下操作：

– 当限定类型为 Normal （常规）、 Loss （丢失）、或 Maxmass （大质量数）时，输入限定质谱峰的小丰度值。

– 当限定类型为 Rank （排序）时，输入质谱峰强度列表位于底部的离子。

当限定类型为 Rank （排序）时， From （从）值不能大于 To （到）值。若 From （从）值与 To （到）值相同，则指定离子必须在检索质谱中具有该数值所代表的排序位置。

• 在相同行的 To （到）列中，执行以下操作：

– 当限定类型为 Normal （常规）、 Loss （丢失）、或 Maxmass （大质量数）时，输入限定质谱峰的大丰度值。

– 当限定类型为 Rank （排序）时，输入质谱峰强度列表位于顶部的离子。

注释若在 Absolute （绝对）和 Relative （相对）两种模式之间进行切换，Xcalibur 数据系统在清除表格中的所有行之前，出现一个警告信息提醒用户。



设置自动库检索报告

若要自动生成并打印报告，当设置库检索参数后，在 Processing Setup （处理设置）窗口的 Reports （报告）视图中指定报告选项。

若要以自定义报告模板显示数据

1. 在 Processing Setup （处理设置）窗口上，选择 View （查看） > Reports （报告）。

Reports （报告）视图打开（参阅图 35）。

图 35. Processing Setup （处理设置）窗口的 Reports （报告）视图

2. 若 Apply Changes? （应用更改 ?）对话框打开，读取消息，并点击 Yes （是）。



3. 点击 Sample Reports （样品报告）区域的 Enable （启用）框。当出现复选框时，选中此框，激活第一行（图 36）。

图 36. 行 1 激活状态下的 Reports （报告）视图

4. 指定第一行的样品类别，如下：

a. 点击 Std （标样）列中的 Yes （是）并清除复选框，从报告中排除标样类型。

b. 点击 QC （质控样）列中的列中的 Yes （是）并清除复选框，从报告中排除质控样类型。

c. 点击 Other （其他）列中的 Yes （是），清除复选框。



5. 选择第一行的报告模板，如下：

a. 双击 Report Template Name （报告模板名）列中的单元格。

Sample Report Template （样品报告模板）的 Browse （浏览）对话框打开。

b. 选择 LibrarySearchReport.xrt 模板或自定义库报告模板。然后，点击 Open（打开）。

6. 点击 OK （确定）应用 Reports （报告）视图中的更改。

图 37 显示 Reports （报告）视图和已指定的 Report Template Name （报告模板名称）。

图 37. Processing Setup （处理设置）窗口的 Reports （报告）视图



7. 保存处理方法，如下：

a. 选择 File （文件） > Save As （另存为）。

File Summary Information （文件总结信息）对话框打开（图 38）。

图 38. File Summary Information （文件总结信息）对话框

b. 在 Description （描述）框内输入文件总结信息，然后点击 OK （确定）。

Save As （另存为）对话框打开。



c. 在 File Name （文件名）框中输入处理方法文件的名称（图 39）。

图 39. Save As （另存为）对话框

d. 点击 Save （保存），保存方法并返回至 Reports （报告）视图。

8. 点击 File （文件） > Exit （退出），关闭 Processing Setup （处理设置）窗口并返回至 Xcalibur 主页。



设置定性处理序列

若要自动检索库和打印报告，则设置包含要处理的原始数据文件和库检索参数处理方法的处理序列。

有关创建自动库检索处理方法的信息，参阅在处理方法中设置库检索。

若要设置处理序列

1. 执行下列操作之一，打开 Sequence Setup （序列设置）视图：

• 在主页 – Roadmap （导航图）视图上，点击 Sequence Setup （序列设置）

图标，。

– 或 –

• 在 Xcalibur 主页上，从菜单栏上选择 View （视图） > Sequence Setup View（序列设置视图）。

2. 从菜单栏中选择 File （文件） > Open （打开）。

Open （打开）对话框打开。

3. 选择包含要重新处理的原始数据文件的序列文件（SLD）。然后，点击 Open（打开）。

样品信息出现在 Sequence Setup （序列设置）视图中（图 40）。

图 40. Sequence Setup （序列设置）视图



4. 适当修改样品列表：

• 若要在列表中取消样品，选中行并选择 Edit （编辑） > Delete Row （删除行）。数据系统显示消息框，确认 Delete Row （删除行）命令。点击 Yes（是）。

• 若要查看 Sample Type （样品类型）列，首先点击工作区底部水平滚动条的左侧。双击 Sample Type （样品类型）列中的第一行单元格，显示下拉菜单。然后滚动并选择 Unknown （未知样）。

• 拉伸 Path （路径）列的宽度，确认该目录下保存了原始数据文件。例如：含类固醇数据的原始数据文件在 C:\Xcalibur\examples\data 目录下。

5. 若要选择感兴趣的处理方法，执行以下操作：

a. 双击 Processing Method （处理方法）的第一行。

Select Processing Method （选择处理方法）对话框打开。

b. 选择想要自动运行库检索的处理方法。然后，点击 Open （打开）。

数据系统将所选的处理方法填充至 Processing Method （处理方法）列上。

6. 选择 File （文件） > Save As （另存为），保存序列列表文件。

File Summary Information （文件总结信息）对话框打开。

7. 在 Comment （注释）框中输入描述内容，然后点击 OK （确定）。

Save As （另存为）对话框打开。

8. 在 File Name （文件名）框中输入名称，对序列进行命名。

9. 点击 Save （保存）保存序列列表并返回至 Sequence Setup （序列设置）窗口。

若要批次重新处理序列并打印报告，转至下一步，批次重新处理序列并打印库检索报告。



批次重新处理序列并打印库检索报告

按该步骤批次重新处理序列并打印报告。

若要批次重新处理序列并打印库检索报告

1. 按照设置定性处理序列中的说明设置处理序列。

2. 若已关闭处理序列，则在 Sequence Setup （序列设置）视图中，通过从菜单栏中选择 File （文件） > Open （打开）打开。

3. 若要在当前序列中选择行，选择需处理的第一行的行号并拖动鼠标至底部行。

数据系统高亮显示所选行。


• 点击工具栏上的 Batch Reprocess （批次重新处理）图标，。

– 或 –

• 选择 Actions （操作） > Batch Reprocess （批次重新处理）。

Batch Reprocess Setup （批次重新处理设置）对话框打开（图 41）。

提示在批次重新处理期间，数据系统将用户指定的报告发送到数据系统计算机的默认打印机上。用户可以在 Page Setup （页面设置）对话框中选择纸张尺寸和页面方向。若要打开此对话框，从菜单栏上选择 File （文件） > Page Setup（页面设置）。



图 41. Batch Reprocess Setup （批次重新处理设置）对话框

5. 验证 Process Rows （处理行）框列出所有行号（如 1–2）。若行号丢失，双击该框并输入行号。

6. 若要选择从 Qual （定性）复选框中执行库检索。然后，选择 Peak Detection & Integration （峰检测和积分）复选框、（可选） Spectrum Enhancement （质谱优化）复选框和 Library Search （库检索）复选框。

7. 若要打印库检索样品报告，选择择 Reports （报告）复选框。然后，选择 Print Sample Reports （打印样品报告）复选框。

8. 点击 OK （确定）执行选中样品的批次处理。若数据系统提示保存修改，单击确认框中的 Yes （是）。



9. 若要显示 Processing Status（处理状态）窗口（图 42），点击计算机任务栏上的 Queue Manager （队列管理器）任务。

图 42. Processing Status （处理状态）窗口

批次处理结束后会发出两次嘀嘀声。

10. 检查打印的报告，确认是否已提供所需信息。


A

库样品报告

本附录包含在序列批处理期间打印的可能的库检索报告样品或 Qual Browser （定性浏览器）窗口的样品。

目录

• 批处理期间来自库检索的报告

• 利用 Qual Browser （定性浏览器）获取库检索报告


A 库样品报告批处理期间来自库检索的报告

批处理期间来自库检索的报告当序列进行处理或批处理时， Xcalibur 数据系统将自动打印库检索报告。该库检索报告生成 LibrarySearchReport.xrt 的报告模板。有关更多信息，参阅设置和运行自动库检索。






A 库样品报告利用 Qual Browser （定性浏览器）获取库检索报告

利用 Qual Browser （定性浏览器）获取库检索报告下列是可从 Qual Browser （定性浏览器）窗口中打印的库检索报告示例。有关更多信息，参阅在 Qual Browser （定性浏览器）中提交质谱图至库检索。


B

库浏览器

本章介绍了用户可从 Xcalibur 主页 Tools （工具）菜单上进行访问的 Library Manager（库管理器）应用程序，及当用户从 Qual Browser （定性浏览器）应用程序的质谱图视图中提交库检索时打开的 Library Search Results （库检索结果）窗口。

更多有关 NIST MS Search （NIST MS 检索）应用程序的信息，参阅应用程序提供的 Help （帮助）。

Library Manager （库管理器）应用程序在 Library Manager （库管理器）应用程序中，利用 NIST 检索软件管理 NIST 库，将库在 ICIS/GCQ/ITS 40、 MassLab、 NIST 和 ANDI-MS 等格式间转换。

Xcalibur Library Manager （库管理器）支持如下转换。

目录

• Library Manager （库管理器）应用程序

• Library Search Results （库检索结果）窗口

ICIS/GCQ/ITS 40 MassLab ANDI-MS NIST

ICIS/GCQ/ITS 40

MassLab

ANDI-MS

NIST

注释 Xcalibur 数据系统并不直接支持 INCOS、 LAB-BASE 或 JCAMP 库转换。但是， MassLab 数据系统利用一个转换程序将 LAB-BASE 用户库转换为 MassLab 用户库。此外， ICIS（一个 UNIX 系统）中包含一个转换工具，可将 LAB-BASE 用户库转换成 MassLab 用户库。

目标库原始库


B 库浏览器Library Manager （库管理器）应用程序

Library Manager （库管理器）应用程序包含以下页面：

• Convert Libraries （转换库）页面

• Manage Libraries （管理库）页面

Convert Libraries （转换库）页面

利用 Library Manager （库管理器） – Convert Libraries （转换库）页面，可在目标位置将原始库转换成另一种格式，也可将库复制至另一位置。本表介绍了 Convert Libraries （转换库）页面上的参数。

表 1. Convert Libraries （转换库）页面参数（第 1 页，共 3 页）

参数描述

Source Library Details （原始库详细信息）

Type [Source]（类型 [ 原始库 ]）

指定想要转换成其他文件格式的原始库文件格式。

输入或选中如下任一文件类型：ICIS/GCQ/ITS 40 （LIB 或 LBR）、MassLab（IDB）、ANDI-MS （CDF）、NIST 或 AutoMass （SPR、 PRS、 NAM 或 HDR）。

Library/Browse [Source]（库 / 浏览 [ 原始库 ]）

指定想要转换的原始库。若要更改库，首先点击 Browse（浏览），选中计算机或网络上原始库的路径。

Process Entries [Source]（处理条目 [ 原始库 ]）

指定想要从原始库中转换出来的库条目的数量范围。若该框为空，则 Xcalibur 数据系统将转换所有条目。格式为 First Entry–Last Entry （首条目 – 末条目）。例如：若要转换 #100 至 #200 的库条目，在 Process Entries （处理条目）框中输入 100–200。

Target Library Details （目标库详细信息）

Type [Target]（类型 [ 目标库 ]）

在转换原始库时，指定目标库文件类型。

若选择的原始库文件类型为 ICIS/GCQ/ITS 40、 MassLab、ANDI-MS 或 NIST，可以从如下目标库文件类型中进行选择：ICIS/GCQ/ITS 40 （LIB 或 LBR）、 MassLab （IDB）、NIST 或 ANDI-MS （CDF）。

若选择的原始库文件类型为 AutoMass，仅可选择 NIST 目标库文件类型。

若用户选择的库类型为 NIST， Xcalibur 数据系统会在 Library （库）框中显示 NIST 库文件夹的路径。在安装 NIST 时，该位置已指定。

Library/Browse [Target]（库 / 浏览 [ 目标库 ]）

指定文件夹，保存已转换的库文件。若要更改文件夹，首先单击 Browse （浏览）选中计算机或网络上目标文件夹的路径。



Title [Target]（标题 [ 目标库 ]）

在转换过程中为创建的 ICIS/GCQ/ITS 40 库或 Mass Lab 库输入一个标题。用户可以以任何格式为新建库添加一个标题。

注释当选择 ICIS/GCQ/ITS 40 或 MassLab 库时， Target library details （目标库详细信息）中的该框为激活状态。

Add the library to the NIST software for use with Xcalibur （将此库添加至 NIST 软件中，以便和 Xcalibur 一起使用）

选中该复选框将已转换库添加至 NIST 软件中，以便和 Xcalibur 一起使用。

Options （选项）

Target Library action（目标库操作）：Create/Replace （创建 /替换）

选中该选项，在目标文件夹中创建一个新库或替换一个已存在库。可以将新（已转换）库条目添加至先前创建的目标库中。

Target Library action（目标库操作）：Append （添加）

选中该选项，将新（已转换）库条目添加至先前创建的目标库中。也可以在目标文件夹中创建一个新库或替换一个已存在库。

Include replicate entries from the NIST library in the target library （在目标库中包括 NIST 库的重复条目）

选中该复选框，在目标库中包括了重复条目。

注释仅当将 NIST 库转化为其他格式时，该框才激活。

Replicate library/browse（重复库 / 浏览）

指定重复库的位置。若要更改重复库，首先单击 Browse（浏览）选中计算机或网络上重复库的路径。若指定一个重复库， Xcalibur 数据系统会将重复条目添加至一个合适的重复库中。

若选择的库类型为 NIST， Xcalibur 数据系统会在 Library（库）框中显示 NIST 重复库文件夹的路径。在安装 NIST 软件时，该位置已指定。


参数描述



Button （按钮）

Convert （转换）利用 Convert Libraries （转换库）页面，开始执行已指定的库转换。 Xcalibur 应用程序打开 Library Conversion Status（库转换状态）对话框，并显示 Conversion Status （转换状态）进度条和框。 Status （状态）进度条显示如下信息：

Processed 100% of the entries （处理 100% 条目），continuing on （继续）

Conversion Status （转换状态）框内显示按时间顺序（从上到下）排列的消息，例如：

• Started the conversion on SEP 3, 1999 at 10:01, please wait（1999 年 9 月 3 日 10:01 分开始转化，请等待）

• Finished the conversion on SEP 3, 1999 at 10:02（1999 年 9 月 3 日 10:02 分完成转换）

• Converted 570 entries （共转换 570 个条目）


参数描述



Manage Libraries （管理库）页面

利用 Library Manager （库管理器） – Manage Libraries （管理库）页面将库添加至 NIST 库列表中或从 NIST 库列表中删除库。也可将库复制至另一位置。该表介绍了 Manage Libraries （管理库）页面参数。

表 2. Manage Libraries （管理库）页面参数（第 1 页，共 2 页）

参数描述

NIST Libraries （NIST 库）

NIST Libraries（NIST 库）列表

列出当前计算机或网络上可用的 NIST 库。可以在该列表中添加或删除库，也可以将列表中的库复制至另一位置。

Buttons （按钮）

Add （添加）添加库至 NIST 库列表。 Add Library （添加库）对话框打开。

Add Library （添加库）对话框包含以下参数：

• Source （清洗源）：指定希望添加的库的名称和位置。

• Action （操作）选项 :.

– 将库复制到本地计算机：选中该选项，将选中库复制到用户的计算机。

– 从远程位置或计算机链接至库：选中该选项，从远程位置进入库。

因为有些库容量很大，可以通过选中 Link （链接）而不是 Copy （复制）选项来节约时间。

当选中想要添加的库和 Action （操作）选项后，单击 OK（确定）。



Delete （删除）删除先前在 NIST Libraries （NIST 库）列表中选中的库。选中想要从 NIST Libraries （NIST 库）列表中删除的库。点击 Delete （删除）。 Delete Library （删除库）对话框打开并显示以下信息：

Are you sure you want to delete the selected NIST library?（确定要删除选中的 NIST 库吗 ?）

点击 Yes （是）。 Xcalibur 数据系统将从列表中删除此库。

Archive （存档）将选中库复制至用户计算机的另一目录下或网络上。选中想要复制至其他位置的库。点击 Archive （存档）。Archive Library （将库存档）对话框打开。

Archive Library （将库存档）对话框包含以下参数：

• 参数

• 描述

• Destination （目标位置）：指定选中库的位置。

单击 Browse （浏览）选择已选文件的目标位置。点击 OK（确定）。数据系统复制 NIST 库并将其保存在选中的目录下。

表 2. Manage Libraries （管理库）页面参数（第 2 页，共 2 页）

参数描述


B 库浏览器Library Search Results （库检索结果）窗口

Library Search Results （库检索结果）窗口当在 Spectrum （质谱图）视图中将谱图提交至库检索或当从定性处理打开一个包含库检索结果的结果文件时， Qual Browser （定性浏览器）在工作区显示这一窗口。

Library Search Results （库检索结果）窗口在四窗格内显示匹配的库谱（目标）。从左上角顺时针，四个窗格分别为：Hit List （目标列表）、 Molecular Structure （分子结构）、 Difference Spectrum （差异质谱图）和 Comparison （比对）。

Hit List （目标列表）

Hit List （目标列表）列出了库检索过程中佳的匹配谱图。有三个因子可描述谱图匹配的精确度：

对于 SI （检索索引）和 RSI （逆向检索索引）匹配因子，一个完美匹配的结果值为 1000。 900 及以上为精确匹配； 800–900 为良好匹配； 700–800 为中等匹配。匹配因子低于 600 则为较差匹配。含多个峰的未知谱图与峰更少的相似谱图相比，匹配因子更低。

概率因子是一个基于 SI 匹配因子和相邻匹配因子之间差异的复杂参数。若一个目标的 SI （检索索引）匹配因子 > 900，而下一个佳匹配因子为 300，则该化合物的正确识别概率高。相反地，若一些目标具有非常相似的 SI （检索索引）匹配因子，则该化合物的正确识别概率较低。

Molecular Structure （分子结构）

显示 Hit List （目标列表）中当前所选目标的分子式、结构、分子量、名称和库索引号。

Difference Spectrum （差异质谱图）

比较已提交质谱图和 Hit List （目标列表）中当前所选库谱。样品谱图 x 轴上方的峰比库谱中的更强。库谱 x 轴下方的峰比样品谱图中的更强。

SI （检索索引）未知物谱图和库谱的正向检索匹配因子。

RSI （逆向检索索引）逆向检索匹配因子。该因子忽略那些在库谱中不存在但未知物中存在的峰。

Prob （概率因子）概率因子。该因子基于 SI （检索索引）次序列表中相邻两个目标之间的差异。


B 库浏览器Library Search Results （库检索结果）窗口

Comparison （比对）

在 Hit List （目标列表）中当前所选库谱上方显示已提交谱图（匹配质谱图文件列表）。

注释避免基于纯粹库检索统计结果的产生的匹配。 Xcalibur 数据系统可能以明确的方式识别一个具有非常规结构（或一个非常规质谱图）的化合物。更多情况下，未知谱图很可能是具有非常相似质谱图的一类化合物中的一个。Qual Browser（定性浏览器）或其他检索系统对这类化合物进行区分的能力是有限的。在多数情况下，检索算法至多可以识别具有相似质谱图的一类化合物 — 通常还具有相似的结构。在多数情况下，需要寻求其他分析技术进行确认。


索引

索引

AActions （操作）菜单 14ANDI-MS 用户库 65Append to User Library （添加至用户库）区域 17

B报告打印在 Qual Browser （定性浏览器）中 34在 Sequence Setup （序列设置）中 55

添加报告模板至处理方法 50添加至处理方法 48

背景扣除 14

C处理方法导出质谱图 19添加库检索 38

从 NIST Libraries （NIST 库）列表中删除库 26

D打印报告从 Qual Browser （定性浏览器）中 34Sequence Setup （序列设置） 56

对话框Search List （检索列表） 17Search Properties （检索属性） 30

EEPA 环境监测方法索引数据库 43

F分子量，限定库检索 42

G概率阈值 18

HHybrid （混合）选项 39化合物中的元素 45化学物质毒性数据库 43

J将库转化为其他格式 27精细化学品索引数据表 43

K扣除背景质谱图 14库创建条目 24–27从 NIST Libraries （NIST 库）列表中删除 26复制，从 NIST 库列表 26检索在 Qual Browser （定性浏览器）中 30在批次重新处理时 35

添加，至 NIST Libraries （NIST 库）列表 25转化为其他格式 27

库检索创建序列 53添加至处理方法 38

LLAB-BASE 用户库 65Library Browser （库浏览器）窗口关于 4

Library Manager （库管理器）应用程序 24Library Search Constraints （库检索限定）页面分子量 42化合物中的元素 45命名碎片 44


索引 : M

元素限定 44质谱峰限定 46

Library Search Results （库检索结果）窗口 71利用谱图数据创建库条目 24–27联系我们 vii

MMassLab 用户库 65美国国家标准和技术研究所 1, 4美国药典数据库 43目标列表，描述 71

NName Fragment （命名碎片）限定 44Neutral Loss （中性丢失）选项 39NIH-NCI 清单文件数据库 43NIST Browser （NIST 浏览器） 4NIST MS Search （NIST MS 检索） 4NIST/EPA 气态 IR 数据库 43逆向检索，匹配因子阈值 18

O欧洲现有商用化学物质索引数据库 43

PPenalize Rare Compounds（不优先考虑罕见化合物）选项 39

Processing Setup （处理设置）窗口打开 35Qual （定性）视图打开 35Identification （识别）页面 36Library Search Constraints （库检索限定）页面 41Library Search Options （库检索选项）页面 38Search List （检索列表）对话框 40

批次处理期间进行库检索 35添加谱图至库 19

匹配因子阈值 18

QQual Browser （定性浏览器）窗口将质谱图导出至 Library Browser （库浏览器） 16扣除背景工具 12库检索 30Library Search Spectrum （库检索质谱图）图标 32Print （打印）对话框 34Search Properties （检索属性）对话框 30视图中的光标操作 8

使用交互式视图 8网格布局 8

SSearch List （检索列表）对话框 40Subtract Background （扣除背景）窗口 12扫描过滤器视图 9

TThermo Library Manager （Thermo 库管理器）

Convert Libraries （转换库）页面 66Manage Libraries （管理库）页面 69

添加库至 NIST 库列表 25手动添加谱图文件至用户库 21在序列处理期间将质谱图文件添加到用户库中 16

添加库至 NIST Libraries （NIST 库） 26

W网格布局， Qual Browser （定性浏览器） 8文本文件标记，质谱图 22文件类型，库 66

Y用户库包含一个检索在 Qual Browser （定性浏览器）中 30在处理方法中 40

创建 21添加 25

用户手册， Xcalibur v有毒物质控制法案目录数据库 43有机化合物CRC 数据手册数据库 43阈值，添加至用户库选项 18元素限定 44

Z在 Qual Browser （定性浏览器）中查看质谱图 8质谱峰限定 46质谱图文件手动导出 16添加至库 5

自定义报告，示例 50用户库 17, 23


Documents

用户手册 - Thermo Fisher Scientific · 使用本文档来取代或修改任何“Terms and Conditions of Sale （销售条款与条件）”，若两份文档信 息发生冲突，则以“Terms

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