Compte Rendu Bactériologie 152-Version finale · Compte rendu Bactériologie 152 ... classifications de bactéries, • Permettre de connaître les mécanismes de résistance aux

Compte rendu Bactériologie 152 Campagne 2015

EN.CRBAC.22-06-15.01 Page 1 sur 8

Date d’émission : 22/06/2015 Statut du document : Définitif

Expert biologiste Coordonnateur des programmes

Vérification du contenu scientifique et autorisation du rapport d’essai d’aptitude

Bactériologie Dr C. DELMAS

[email protected]

Dr S. ALBAREDE Pharmacien Biologiste [email protected]

Documentation

Le compte rendu comporte les éléments suivants : - Une partie commune pour tous les laboratoires :

� Pages explicatives : présentation du programme, présentation du système de notation des laboratoires et informations générales,

� Exploitation statistique, � Commentaire éventuel sur les réponses des participants.

- Une partie propre à chaque laboratoire « Résultats individuels » en annexe 1 :

� Résultats du laboratoire � Evaluation de la performance du laboratoire

Sommaire

1. Présentation du programme d’inter-comparaison page 2 2. Détermination de la notation du laboratoire page 2 3. Scenario page 2 4. Commentaires concernant les réponses des biologistes page 2 5. Fiche technique Lactobacillus sp. page 4 6. Fiche technique Moraxella catarrhalis page 6 7. Répartition des résultats de l’identification des souches 1521 page 7 8. Répartition des résultats de l’identification des souches 1522 page 8

Centre Toulousain pour le Contrôle de qualité

en Biologie clinique

Compte rendu 152 Bactériologie

Association déclarée à la Préfecture de la Haute-Garonne le 30 Octobre 1973 et enregistrée sous le n° W313002633

CTCB - 33 route de Bayonne - 31300 TOULOUSE ℡ : 05 34 51 49 80 – Fax : 01 57 67 25 90

Email : [email protected]– site Internet : www.ctcb.com Siret : 428 789 853 000 28 – APE : 8559A

ACCRÉDITATION N° 1-2178 PORTÉE DISPONIBLE SUR WWW.COFRAC.FR



1 - PRESENTATION DU PROGRAMME D’INTERCOMPARAISON Expert du programme : Mme DELMAS, Laboratoire de Bactériologie - Hygiène, CHU Toulouse - Institut Fédératif de Biologie, [email protected].

� Fréquence de passage : Ce programme s’effectue 4 fois dans l’année et comporte 2 souches à identifier : l’ensemble des souches est envoyé en début d’année (conditionnement individuel en flacon de verre et emballage sécurisé agréé individuel).

� Présentation du programme et des produits de contrô le utilisés : Un antibiogramme est à réaliser sur l’une des deux souches. Les souches lyophilisées, toutes d’origine humaine, sont choisies dans le but de :

• D’évaluer les compétences sur les souches rencontrées en routine de laboratoire, • Faire connaître des espèces rares ou inhabituelles et le cas échéant informer des nouvelles

classifications de bactéries, • Permettre de connaître les mécanismes de résistance aux antibiotiques et les règles d’interprétation

des antibiogrammes. INFORMATION : La préparation et l’emballage des échantillons sont confiés à la société ELITECH ayant une certification ISO 9001 et ISO 13485. Les souches lyophilisées sont testées par notre sous-traitant le laboratoire de Bactériologie du CHU de Toulouse (IFB Purpan) selon les modalités internes (procédures et modes opératoires). Suite à la validation des échantillons, les échantillons sont ensuite acheminés par ELITECH au CTCB pour l’expédition. Tous les essais réalisés permettent de :

• vérifier l’homogénéité des échantillons au sein d’un même lot, • vérifier la stabilité des échantillons afin de garantir qu’ils ne subiront pas de modifications significatives

tout au long de l’essai, • déterminer les valeurs assignées.

2 - DETERMINATION DE LA NOTATION DU LABORATOIRE Le système de notation qualitatif repose sur l’échelle d'évaluation suivante :

• A = Réponse attendue • B = Réponse acceptable • C = Réponse non-conforme • NE = Non évalué

Le résultat attendu est la valeur assignée qualitative transmise par l’expert.

3 - SCENARIO Souche 1521 Souche courante. Bactérie isolée dans plusieurs hémocultures d'une femme âgée de 17 ans, immunodéprimée, en pseudo-occlusion; en alimentation parentérale à domicile.

Souche 1522 Souche courante. Bactérie isolée dans le lavage broncho-alvéolaire d'un enfant de un an.



4 - COMMENTAIRES CONCERNANT LES REPONSES DES BIOLOG ISTES Souche 1521: Lactobacillus rhamnosus La répartition des résultats de l'identification est représentée dans le graphique en page 7. Très mauvais résultats pour une bactérie rencontrée si souvent dans les laboratoires de Bactériologie: 61,9% de diagnostic de genre (267/431). Autres identifications: - 79 bacilles à Gram positif : 34 Actinomyces, 11 Arcanobacterium, 9 Corynébactéries, 11 Listeria, 7 Erysipelothrix, 2 Clostridium, 2 Bacillus, 2 Propionibacterium, 1 Actinobaculum. La recherche de quelques caractères faciles (la morphologie, le type respiratoire, la recherche d'une catalase, la présence ou non d'une hémolyse) permettait de faire la plupart des diagnostics différentiels (voir tableau page 4). - 13 coques à Gram positif. - 8 bacilles à Gram négatif. - 2 identifications "autres". - 41 identifications transmises. - 21 bactéries non identifiées. _______________________________________________________________________________________ Souche 1522: Moraxella catarrhalis La répartition des résultats de l'identification est représentée dans le graphique en page 8. Très bons résultats pour cette souche: près de 97% des participants ont identifié le genre (418/431) et 96,3% (415/431) ont identifié l'espèce. Parmi les autres identifications: - 2 Haemophilus (exigence en facteurs de croissance). - 1 Neisseria cinerea (tributyrine). - 1 Aeromonas. - 1 Acinetobacter. - 4 Coques à Gram positif. - 1 bactérie non identifiée. - 2 identifications transmises. - 1 pas de subculture. Antibiogramme - Ampicilline ou amoxicilline : 98,2% (374/381) de résultats exacts (résistant). Sept laboratoires ont répondu sensible (6 milieux solides, 1 autre). La détection de la production d'une β-lactamase est obligatoire en pratique courante; les tests iodométriques et chromogéniques ont une très bonne efficacité, contrairement aux méthodes acidimétriques. -Amoxicilline + acide clavulanique: 99% (378/382) de réponses exactes (sensible). Quatre laboratoires répondent résistant (3 milieux solides, 1 milieu liquide). -Cefotaxime: 79,5% (295/371) de bons résultats (sensible). 76 d'entre vous (20,5%) ont répondu résistant ou intermédiaires (6 milieux solides, 62 milieux liquides, 2 automates et 6 techniques "autres"). Sur les infections sévères à Moraxella catarrhalis productrices de β-lactamase, il est conseillé d'utiliser l'association amoxicilline-acide clavulanique ou une céphalosporine de troisième génération. -Tétracycline: 99,5% (373/375) de réponses exactes (sensible), les deux réponses résistant sont données par un automate.

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- PS : Ces documents doivent être archivés selon les recommandations du GBEA (Arrêté du 26 novembre 1999, paru au JO du 11 décembre 1999 ). Pour tout renseignement : COORDONNATEUR / BIOLOGISTE : Stéphanie ALBAREDE - [email protected] ADMINISTRATIF : Marie-Christine ONDERBEKE, Tél. : 05.34.51.49.80 - Fax : 01.57.67.25.90 - [email protected] TECHNIQUE : Delphine GARIMBAY, Tél. : 05.34.51.49.81 - [email protected] QUALITE : Erick SANCHEZ, Tél. : 05.34.51.49.82 - [email protected] INFORMATIQUE : Philippe GONZALVO - [email protected] Information : Les essais d’homogénéité et de stabilité se sont avérés conformes aux modalités décrites dans la procédure de contrôle. Les documents utilisés pour réaliser ce programme d’intercomparaison (préparation des objets d’essai, détermination des valeurs indicatives et assignées, traitement statistique, …) sont disponibles sur demande auprès du CTCB. L’interprétation de ces résultats ne doit pas se faire isolément et doit être rapprochée de ceux obtenus lors des autres opérations de contrôle effectuées dans le cadre de l’évaluation interne et de l’évaluation externe du laboratoire



5 - FICHE TECHNIQUE: Lactobacillus sp. CLASSIFICATION - NOMENCLATURE Le genre Lactobacillus appartient à la famille des Lactobacillaceae qui comprend pour l'instant : 192 espèces. HABITAT-POUVOIR PATHOGENE Les lactobacilles sont les hôtes naturels de nombreuses muqueuses de l'homme et des animaux : cavité buccale, intestin, vagin, urètre... Contaminants fréquents des produits alimentaires, ils contribuent à l'altération des aliments (verdissement des viandes par transformation de l'hémoglobine). Quelques espèces interviennent dans la production de produits alimentaires : yaourts, fromages, vin... Ce sont des bactéries peu virulentes mais dans de très rares cas, ils peuvent être responsables d'infections chez les immunodéprimés : septicémies et endocardites, les infections localisées sont encore plus rares. Les espèces de Lactobacillus les plus fréquemment concernées sont Lactobacillus rahmnosus et Lactobacillus casei. CARACTERES BACTERIOLOGIQUES 1/-Morphologie-coloration Bacilles à Gram positif, non sporulés, non ramifiés, immobiles. 2/-Caractères culturaux La culture est favorisée par l'adjonction de 5 à 10% de CO2, certaines espèces exigent l'anaérobiose (20% des souches rencontrées chez l'homme). Les Lactobacillus cultivent assez bien sur gélose au sang et gélose chocolat, il n'y a pas d'hémolyse. Les Lactobacillus ont des exigences nutritives particulières, ils ne cultivent pas en milieu ordinaire. Ils se développent en milieu acide, notamment dans le milieu MRS (De Man, Rogosa et Sharpe; 1960). 3/-Caractères d'identification Catalase négative, Deux restrictions:

- certaines espèces peuvent synthétiser une catalase si le milieu de culture contient du sang (L. casei et L. plantarum).

- certaines souches manifestent une fausse activité catalasique due à une enzyme non cytochromique appelée "pseudo-catalase". Oxydase négative H2S négatif Culture en MRS. Résistance à la vancomycine. DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL Caractères différentiels entre Lactobacillus et bactéries proches Lactobacillus*

Erysipelothrix Listeria

monocytogenes Corynebacterium

sp. Arcanobacterium

haemolyticum Arcanobacterium

pyogenes Catalase -* - + + - - Hémolyse - - + -/+ + + Mobilité à 25°C - - + - - - H2S (Kliger-Hajna) - + - - - - Esculine v + + v - v Vancomycine R** R S S S S Culture en MRS* + - nt nt nt nt *certaines espèces ont des pseudocatalases **espèces hétérofermentaires (parmi elles, L.rhamnosus et L.casei)



SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES La sensibilité aux différentes familles d'antibiotiques dépend des espèces. En général, il y a une bonne activité in vitro de l'imipenem, pipéracilline/tazobactam, erythromycine, clindamycine et nétilmycine. La sensibilité aux pénicillines et aux céphalosporines est variable. Les CMI des pénicillines et des ampicillines sont variables selon les espèces. Les céphalosporines de deuxième génération semblent avoir une meilleure activité que celles de troisième génération. Les espèces hétérofermentaires (L. brevis, L. casei, L. confusus, L. fermentum, L. paracasei, L. plantarum, L. reuteri et L. rhamnosus), qui sont celles rencontrées le plus fréquemment dans les infections humaines, sont naturellement résistantes à haut niveau aux glycopeptides. Les espèces homofermentaires strictes (L.acidophilus, L. amylovorus, L. crispatus, L. gasseri, L. jensenii et L. salivarius) sont sensibles. Dans les bactériémies à Lactobacillus, L. rhamnosus est responsables de récidives fréquentes. Ces bactériémies surviennent chez des patients très immunodéprimés, ayant des pathologies "lourdes". De bons résultats ont été rapportés avec les associations pénicillines/aminosides. Les céphalosporines n'apparaissent pas être le traitement "idéal" des bactériémies à Lactobacillus.



6 - FICHE TECHNIQUE: Moraxella catarrhalis CLASSIFICATION - NOMENCLATURE Après avoir été décrite sous le nom de Micrococcus catarrhalis (1896), puis Neisseria catarrhalis (1920) et Branhamella catarrhalis (1970), Moraxella catarrhalis appartient actuellement à la famille des Moraxellaceae. Cette famille comprend trois genres: Moraxella, Acinetobacter et Psychrobacter. Dans le genre Moraxella, un cluster distinct regroupe les bactéries de forme coccoïde: M. catarrhalis, M. cuniculi et M. caviae; les autres clusters comprennent les bactéries de forme bacillaire. HABITAT-POUVOIR PATHOGENE Moraxella catarrhalis est un commensal du tractus respiratoire supérieur, plus souvent rencontré chez les enfants et les adultes jeunes. Cette bactérie est responsable la plupart du temps d'infections respiratoires : bronchites, pneumopathies. Les surinfections respiratoires basses prédominent chez les jeunes et les adultes présentant des facteurs prédisposants (immunodépression, bronchites chroniques,...). M. catarrhalis arrive en troisième position dans les surinfections respiratoires derrière Streptococcus pneumoniae et Haemophilus influenzae. M. catarrhalis peut être responsable d'infections de la sphère ORL : otites, sinusites, laryngites, surtout chez l'enfant. Il existe des localisations plus rares : conjonctivites, urétrites, manifestations invasives chez les immunodéprimés (méningites, endocardites). CARACTERES BACTERIOLOGIQUES 1/-Morphologie-coloration Coques à Gram négatif groupés en diplocoques (grains de café), immobiles. 2/-Caractères culturaux Aérobie strict. Culture à 37°C sur milieux simples, favorisée par C O2 mais non indispensable. Colonies blanchâtres, arrondies, non hémolytiques sur gélose au sang. Le sang n'est pas indispensable à la culture. 3/-Caractères d'identification Catalase +, oxydase + Hydrolyse de la tributyrine (butyrate estérase), production d'une désoxyribonucléase (DNase+), réduction des nitrates et des nitrites, absence d'acidification des sucres. ϒ-glutamyl transférase négative, absence de synthèse de polysaccharides à partir du saccharose. DIAGNOSTIC DIFFERENTIEL Avec les bactéries coccoïdes oxydase + Les Kingella sont catalase négative. Les Neisseria sont tributyrine et DNase négatives. Les deux autres espèces de Moraxella de forme coccoïde ne sont retrouvées que chez les animaux: M. cuniculi chez le lapin et M. caviae chez le cochon d'inde. La recherche d'une β-lactamase, positive dans près de 95% des cas, permet d'orienter le diagnostic. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES M.catarrhalis est naturellement sensible aux pénicillines, aminosides, téracyclines, macrolides, quinolones et sulfamides. Elle est naturellement résistante aux lincosamides et au triméthoprime. β-lactamines : La résistance acquise aux β-lactamines par production de β-lactamase: concerne plus de 90% des souches et doit être recherchée. La présence de β-lactamase entrainera une résistance à l'ampicilline, amoxicilline, ticarcilline et aux uréidopénicillines. L'interprétation pour les céphalosporines de 1ère génération n'est pas consensuelle, en présence de β-lactamase, une interprétation "intermédiaire" est conseillée. Autres antibiotiques: Il y a très peu d'évolution de résistance acquise aux autres familles d'antibiotiques. D'exceptionnelles résistances aux fluoroquinolones, responsables d'échecs thérapeutiques, ont été décrites. Bien que M. catarrhalis soit naturellement résistante au triméthoprime, l'association triméthoprime-sulfaméthoxazole est synergique lorsque la souche est sensible aux sulfamides; de rares souches résistantes ont été signalées.



7 - Répartition des résultats de l’identification d es souches 1521

Lactobacillus; 267; 61,9%

Coques à Gram positif; 13;

3,0%

Identifications "Autres"; 10;

2,3% Identification transmises; 41;

9,5%

Non identifiés; 21; 4,9%

Actinobaculum; 1; 0,2%

Actinomyces; 34; 7,9%

Arcanobacterium; 11; 2,6%Bacillus; 2; 0,5%

Clostridium; 2; 0,5%Corynébactéries; 9; 2,1%

Erysipelothrix; 7; 1,6%

Listeria; 11; 2,6%

Propionibacterium; 2; 0,5%

Autres Bacilles Gram

positif; 79; 18%



8 - Répartition des résultats de l’identification d es souches 1522

Moraxella catarrhalis; 415;

96,3%

Moraxella sp.; 3; 0,7%

Haemophilus; 2; 0,5%

Neisseria cinerea ; 1; 0,2%

Aeromonas; 1; 0,2%

Acinetobacter; 1; 0,2%

Coques à Gram positif; 4; 0,9%

Bactérie non identifiée; 1; 0,2%

Identifications transmises; 2; 0,5%

Pas de subculture; 1; 0,2%

Autres; 13; 3,0%

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