Cours Atelier Epiinfo

Champagne-Ardenne

Les ateliers du Resclin

Prparation des donnes issues dEpi-Info en utilisant le tableur Excel

Mars 2007

SOMMAIRE 1. RAPPEL 1.1.Qu'est ce qu'un chemin d'accs? 1.2.Qu'est ce qu'une base de donnes? 2. Epi-Info : PRESENTATION 2.1. Les modules d'Epi-info 2.2. Les fichiers EPI-INFO 3. MISE EN PLACE DU MASQUE DE SAISIE 3.1. Cration du fichier questionnaire (.QES) 3.2. Cration du fichier de saisie (.REC) 3.3. Restructuration de la base de donnes 3.4. Mise en place des contrles de saisie (.CHK) 3.4.1. Listes des contrles les plus frquents 3.4.2. Suppression d'un contrle 4. SAISIE DES DONNEES 4.1. La saisie 4.2. Recherche d'enregistrements dj saisis 4.2.1. Pour retourner l'enregistrement prcdent ou aller au suivant 5. ANALYSE DES DONNEES 5.1. Lcran du module analyse 5.2. Le principe 5.3. Les principales commandes 5.3.1. Commandes gnrales 5.3.2. Commandes de manipulation de variables 5.3.3. Commandes statistiques 6. EXPORTATION / IMPORTATION DE DONNEES (Epi-Info- Excel) 6.1. Exportation de donnes Epi-info 6.2. Importation de donnes Excel 7. Excel: TABLEAU CROISE DYNAMIQUE 7.1. Introduction 7.2. Avant de crer un tableau 7.3. Cration d'un tableau crois dynamique 7.4. Placer les champs 7.5. Changer les paramtres des champs 7.6. Voir les donnes 7.7. Filtrer sur les valeurs 7.8. Grouper les valeurs 7.9. Les options de la barre d'outils 7.9.1. Mettre en forme le rapport 7.9.2. Graphique croise dynamique 8. PRESENTATION DANS WORD

Atelier Epi-Info Mounir JEBABLI Mars 2007

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1. RAPPEL 1.1.Qu'est ce qu'un chemin d'accs?

Ex : R:\ISO2007\ISO2007.BAT Le fichier ISO2007.BAT est situ sur le disque R, dans le rpertoire (ou dossier) ISO2007. Outre le fichier, ce rpertoire contient aussi des sousrpertoires (ou sous-dossiers) tels que les sous-rpertoires data07, epi6.


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1.2.Qu'est ce qu'une base de donnes ? Structure : Le modle c'est la feuille de calcul Excel avec les variables (Champ), en colonnes et les enregistrements en lignes. Ex : variables : datsortie, sexe, CCAM

On retrouve exactement la mme structure dans une base EPI-INFO.

une variable est dfinie par: - un nom : 10 caractres maximum sans caractres spciaux (ex: .,/) - un format: alphanumrique (lettre et chiffre sans opration mathmatique possible), numrique, format de date, numro automatique,...


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2. Epi-Info : PRESENTATION 2.1.Les modules d'Epi-info

EPED : Editeur de texte d'Epi-info. Il est utilis pour la ralisation du masque de saisie et la rdaction de programmes, notamment des programmes d'analyse. ENTERX et ENTER : Module utilis pour la saisie des donnes. ENTERX est conseill quand on a une mmoire d'ordinateur insuffisante. ANALYSIS : Module d'analyse de donnes. CHECK : Module qui permet d'tablir les contrles la saisie: limitation de la saisie, sauts conditionnels, caractre obligatoire de la saisie d'une variable, IMPORT, EXPORT, MERGE : Ces 3 modules permettent respectivement l'importation, l'exportation et la fusion de donnes. STATCALC : Module de calculs statistiques rapides: Khi2 de Pearson, Khi2 de tendance et calculs d'chantillon et de puissance. EPITABLE : Module plus perfectionn de calculs statistiques. 2.2.Les fichiers Epi-Info QES : fichier questionnaire dans lequel est dfini le format des diffrentes variables c'est dire leur nom et leur type (caractre ou alphanumrique, numrique, date, ... ) REC : fichier de donnes CHK : fichier de contrle la saisie dans lequel sont dfinis tous les contrles qui peuvent tre mis en place pour faciliter la saisie et limiter les erreurs de saisie (sauts conditionnels, bornes de valeurs autorises, variables obligatoires,.) PGM : fichier programme RPT : fichier rapport


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3. MISE EN PLACE DU MASQUE DE SAISIE 3.1.Cration du fichier questionnaire (.QES) Le fichier questionnaire est cr ou modifi dans l'diteur de texte EPED. Il est sauvegard sous le format .QES. Il contient l'ensemble des variables (champs) recueillies, et peut donc tre directement cr partir du questionnaire papier. Mode opratoire A partir du menu EPI INFO, slectionnez l'option "Programme" puis "EPED" diteur de texte. - La premire tape consiste rdiger le texte qui apparatra l'cran au cours de la saisie. A partir de ce texte le logiciel va dterminer le nom des variables (au maximum 10 caractres sans ponctuation ni caractres spciaux). Il est possible et fortement conseill de dfinir exactement les noms de variables. Ceci peut tre fait en insrant des accolades {} avant et aprs le nom des variables. - La seconde tape est l'attribution d'un format chaque variable cre. Ce format peut tre numrique, alphanumrique, dates. _____ ### , , , , Alpha numrique (caractres + chiffres autoriss) Numrique Dates Europennes Dates Amricaines L'anne n'est pas prise en compte Date du jour Format YES/NO Format alphanumrique majuscule insre le numro de fiche (ce numro prend la valeur +1 chaque nouvelle fiche saisie).

Vous pouvez accder aux formats des variables avec la touche F4 - La dernire tape consiste sauvegarder ce fichier sous le format .QES. Appuyer sur la touche F2 et slectionner l'option "sauvegarder sous". Taper le nom du fichier .QES. EX : ISO2007.QES (le fichier s'appellera iso2007.qes, sera un fichier questionnaire, et sera plac par dfaut dans le rpertoire d'EPI6). Toutefois il est prfrable de sauvegarder l'ensemble des fichiers dans un rpertoire spcifique. EX: c:\iso2007\data07\iso2007.qes (le fichier s'appellera iso2007.qes, sera un fichier questionnaire et sera plac dans un rpertoire " ISO2007" et un sous-rpertoire data07 que vous aurez cr prcdemment). - Lorsque la sauvegarde est termine vous pouvez quitter l'diteur de texte (en appuyant sur la touche F10) pour revenir au menu d'Epi-Info.


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3.2.Cration du fichier de saisie (.REC) Ce fichier sera celui utilis pour la saisie des donnes et constituera donc la base de donnes. Il est cr partir du module "ENTER" saisie des donnes. Mode opratoire A partir du menu EPI-INFO, slectionnez l'option "Programme" puis "ENTER saisie des donnes". - Sur la premire ligne : Fichier de donnes (REC) Vous devez donner un nom au fichier (.REC) que vous allez crer. Si vous souhaitez placer ce fichier dans un autre rpertoire que celui d'Epi-Info, vous devez lui spcifier le chemin. EX: c:\iso2007\data07\iso2007.rec le fichier iso2007.REC sera ainsi cr et plac dans un rpertoire iso2007 et un sous-rpertoire data07 - Sur la deuxime ligne: Choix Vous devez prciser l'option 2 "crer un nouveau fichier de donnes partir du fichier.qes". - Sur la troisime ligne Vous devez valider votre choix (tapez la lettre O pour Oui). Lorsque cette tape est ralise, le masque de saisie apparat et vous pouvez si vous le souhaiter commencer la saisie. 3.3.Restructuration de la base de donnes Si vous souhaitez modifier la base de donnes (rajouter une variable, amliorer le masque de saisie), vous pouvez modifier le fichier questionnaire (.QES) et restructurer le fichier (.REC). Mode opratoire - Ouvrez le fichier questionnaire dans l'diteur de texte (touche F2, puis choisir ouvrir un fichier et tapez le chemin daccs de votre fichier .QES), puis apportez les modifications que vous souhaitez. Sauvegarder le fichier modifi (touche F9), sortir du module EPED (touche F10) et retourner dans le module saisie des donnes. Il faut dans ce cas choisir l'option 3 : restructuration du fichier base de donnes . NB : ATTENTION, si vous avez dj saisi un certain nombre de fiches vous ne devez modifier ni le nom et ni le format des variables. Dans le cas contraire, vous perdriez les donnes correspondantes. 3.4.Mise en place des contrles de saisie (.CHK) Pour que la saisie des donnes se fasse dans de bonnes conditions, il est utile de placer un certain nombre de contrles destins viter les erreurs. Ces contrles sont raliss dans le module CHECK "contrle la saisie". Mode opratoire - A partir du menu EPI-INFO, slectionner l'option "Programme" puis "CHECK contrle la saisie". Sur la ligne: Fichier de donnes (REC) Vous devez entrer le nom du fichier base de sonnes (.REC) auquel vous voulez associer des contrles. Si ce fichier est dans un autre rpertoire que celui d'Epi-info, il vous faut encore une fois prciser le chemin d'accs. Ds que vous validez ce nom de fichier .rec un cran semblable au masque de saisie apparat. Les 3 dernires lignes de lcran reprennent les touches de raccourci utiliser pour mettre en place les contrles.


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3.4.1. Listes des contrles les plus frquents LE SAUT CONDITIONNEL : Il permet au cours de la saisie de sauter certains champs qui n'ont pas tre remplis. LES VALEURS LEGALES : Ce contrle permet d'numrer les valeurs pouvant tre entres pour un champ, et vitent la saisie de valeurs aberrantes. LES VALEURS MINIMUN ET MAXIMUM : Ce contrle permet de dfinir les valeurs seuil d'un champ. LA SAISIE OBLIGATOIRE : Vous permet de forcer la saisie de donnes que vous jugez primordiales. L'oprateur sera oblig de remplir ces champs pour pouvoir continuer. LES VALEURS REPETEES : Lorsque la valeur d'un champ est la mme sur un grand nombre de fiches, il est avantageux que cette valeur soit saisie automatiquement l'ouverture d'une nouvelle fiche. De nombreux autres contrles peuvent tre dvelopps dans ce module, ils font appel des rudiments de programmation et sont trs bien dtaills dans le guide de l'utilisateur d'EPI 6 diffus par les ditions ENSP. 3.4.2. Suppression d'un contrle Tous les contrles peuvent tres supprims, soit en utilisant la touche "Ctrl + F6 ou F7 ou F8", soit en ditant le champ grce la touche F9 et en effaant les lignes correspondantes. Pour quitter le module CHECK, appuyez sur la touche F10, et enregistrez les donnes sur le disque. Lorsque le masque de saisie et les contrles sont en place, vous pouvez commencer la saisie de vos fiches. 4. SAISIE DES DONNEES A partir du menu EPI-INFO, slectionner l'option Programme , puis "ENTER saisie de donnes". Sur la ligne : Fichier de donnes (REC) Vous devez donner le nom du fichier base de donnes (.REC) dans lequel vous souhaitez saisir de nouveaux enregistrements. Si ce fichier est dans un autre rpertoire que celui d'Epi-info, il vous faut encore une fois prciser le chemin d'accs. NB : si vous ne vous souvenez pas exactement du chemin d'accs taper, vous pouvez faire apparatre les fichiers et rpertoires en appuyant sur la touche F9. Puis slectionner le fichier de saisie. Ds que vous validez, le masque de saisie apparat l'cran. 4.1.La saisie La saisie des donnes ne prsente pas de difficults particulires. Aprs l'entre des donnes du dernier champs, la question "enregistrer sur disque O/N" s'affiche en bas de l'cran. La rponse "0" fait sauvegarder l'enregistrement et amne l'cran l'enregistrement suivant 4.2.Recherche d'enregistrements dj saisis Le numro d'enregistrement courant est toujours affich en bas droite de l'cran. 4.2.1. Pour retourner l'enregistrement prcdent ou aller au suivant Appuyez sur la touche F7 pour aller l'enregistrement prcdent, et F8 pour l'enregistrement suivant.


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Pour revenir une fiche vierge, appuyez sur la touche "Ctrl" et gardez la enfonce alors que vous tapez "N" 4.2.2. Pour rechercher des enregistrements Vous pouvez rechercher des enregistrements selon des critres dfinis. Par exemple si vous souhaitez rechercher les hommes (H) prsent dans le service A : Appuyer simultanment sur les touches CTRL + F, une fiche vierge apparat l'cran, dans le champ SEXE taper H et A dans le champs service, puis appuyer sur la touche F3. Une liste des individus correspondant vous est propose. 5. ANALYSE DES DONNEES 5.1. Lcran du module analyse

Fichier de donnes ouvert Critres de slection

Zone de rsultats

Zone de saisie des commandes 5.2. Le principe 1re tape : ouverture de la base de donnes read c:\iso2007\data07\iso2007.rec

Sur la 1re ligne de votre cran apparat alors le nom du fichier et son chemin daccs ainsi que le nombre denregistrements


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2me tape : saisie dune commande suivie du nom de la variable sur laquelle on souhaite effectuer cette commande A savoir : vous pouvez faire apparatre : . la liste des commandes en tapant F2 . la liste des variables en tapant F3 . laide en ligne en tapant F1 (tapez le nom de la commande puis F1 pour obtenir la syntaxe) Liste des commandes Liste des variables de la base de donnes active

5.3. Les principales commandes 5.3.1. Commandes gnrales READ : pour ouvrir un fichier de donnes. La commande doit tre suivie du chemin d'accs du fichier ouvrir. Syntaxe : READ c:\iso2007\data07\iso2007.REC VARIABLES : pour afficher les variables de la base et leur format. Syntaxe : VARIABLES ROUTE : pour diriger la sortie de rsultats vers l'cran, l'imprimante ou un fichier texte (indiquer le chemin daccs du fichier cible). Syntaxe : ROUTE SCREEN ROUTE PRINTER ROUTE c:\iso2007\data07\iso2007.txt BROWSE : pour visualiser la base de donnes, sans pouvoir la modifier. Syntaxe : BROWSE pour afficher toute la base (F4) BROWSE pour afficher que les variables stipules UPDATE : pour visualiser ET faire des modifications dans la base de donnes. ATTENTION: les modifications sont dfinitives. Syntaxe : UPDATE LIST : pour lister des donnes sous forme de colonnes Syntaxe : LIST pour lister toutes les variables LIST pour lister que les variables stipules LIST NOT pour lister toutes les variables sauf les variables stipules


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SET : pour spcifier des options. La liste de ces options est disponible en tapant SET + F1 . Le nom de loption est suivi de = ON ou = OFF selon que lon veut activer (= allumer = ON) ou dsactiver (= teindre = OFF) loption. La commande devient effective aprs sa saisie (pas en retro actif sur les commandes danalyse prcdentes). Les 2 options les plus utilises sont : SET IGNORE = ON / OFF pour ignorer les donnes manquantes SET PERCENTS = ON / OFF pour afficher tous les pourcentages 5.3.2. Commandes de manipulation de variables SELECT: pour slectionner un sous-groupe d'enregistrements. Si elle est tape seule (cest dire non suivie d'un critre sur une variable), cette commande annule la slection en cours. Il est important de toujours faire attention la slection en cours. Syntaxe : SELECT slection sur 1 critre SELECT AND slection sur le 1er ET le 2me critre SELECT OR slection sur le 1er OU le 2me critre SELECT pour annuler la slection en cours Le critre est un nom de variable suivi dun oprateur mathmatique et dune valeur. Ces oprateurs sont : =, , 15 Seuls les enregistrements concernant des patients de plus de 15 ans seront pris en compte conduite par la suite (jusqu annulation de cette slection) SORT: pour trier les enregistrements selon les valeurs d'une ou plusieurs variables (ordre croissant). Syntaxe : SORT SORT DEFINE : pour crer une nouvelle variable. La variable ainsi cre est dfinie pour tous les enregistrements. Reste attribuer une valeur la variable. - Le nom de la variable et son format rpondent aux mmes obligations et sont dfinis par les mmes symboles que lors de la cration du masque de saisie (nom = maximum 10 caractres et format = entier, rel, chane,(##, ##.#, ____, ,.). - un espace est ncessaire entre le nom de la variable et son format. Syntaxe : DEFINE Ex : DEFINE age ### WRITE RECFILE : pour enregistrer dans un autre fichier .REC une partie de la base ou / et les variables cres avec la commande DEFINE Syntaxe : SELECT age. and age

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