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Diagnosticdesinfectionsvirales–Aideàlaprescription

LaboratoiredeVirologie,CHRUdeToursFBarin,CGaudy-Graffin,JMarlet,KStefic.

Références:Rémic2015&2018,RéférentielenMicrobiologieMédicale(SFM);

TraitédeVirologieMédicale,2001(ESTEM)&2018(SFM).Guideétabliàl’intentiondescliniciensafind’optimiseretrationnaliserlesprescriptionsd’examensbiologiquesdansledomainedesinfectionsvirales.Pour toute information complémentaire, joindre lebiologiste référent auposte72651(ousecrétariat78057).SOMMAIRE:

PageAdénovirus 2Arbovirus(Dengue,Chikungunya,Zika,West-Nile)

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Entérovirus(Entérovirus,Echovirus,Coxsackievirus)

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Herpesviridae(HSV-1/2),VZV,CMV,EBV,HHV-6-HHV-8

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Oreillons 9Papillomavirus 10ParvovirusB19(ErythrovirusB19) 11Polyomavirus(BKV,JCV)

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Rétrovirus(VIH,HTLV)

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Rougeole 14Rubéole 15Virusdesgastro-entérites(Rotavirus,Norovirus,Adénovirus)

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Virusdeshépatites(HAV,HBV,HCV,HDV,HEV)

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Virusrespiratoires(Grippe,VRS,autresvirusrespiratoires)

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Bilans effectués dans certainscontextes

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ADENOVIRUS(ADV)Contexte:

- Chez l’immunocompétent: infections des voies aériennes, adénopathies,gastroentérites(sérotypes40et41),conjonctivitesetkératoconjonctivites.

- Chez l’immunodéprimé: infections disséminées de symptomatologie peuspécifique(fièvre,pneumonie,…).

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdirectuniquement:

o Prélèvementsenfonctiondessignescliniques:aspirationnaso-pharyngée(ou écouvillon nasal), écouvillon avec milieu de transport (œil), LBA,selles,…

o Recherchepartestrapidedanslesselles.o Recherche de l’ADN par PCR dans les autres prélèvements (et dans les

selleschezlespatientsimmunodéprimés).o Eventuellementisolementenculturecellulaire.o Danslecasd’infectionsrespiratoires:rechercheenPCRmultiplex.

- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-ADV):nonpertinent.

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ARBOVIRUSIlexisteunetrèsgrandediversitéauseindesarbovirus,avecnotammentdesspécificitésgéographiques.Ne sont abordées que les arboviroses pour lesquelles les demandes sont les plusfréquentes:Dengue(DENV),Chikungunya(CHIKV),Zika(ZIKV),West-Nile(WNV)Ladémarchedudiagnosticvirologiqueestlamêmepources4virus.Contexte:

- Syndrome fébrile,méningo-encéphalite, au retour d’une zone de circulation decesvirus(ycomprispossibilitédecasautochtonesdanslesuddelaFrance).

- Précisersurlademandelanotiondevoyageetlepays.Diagnosticvirologique:

- Enfonctiondudélaiaprèsl’apparitiondessymptômes:o J0-J7:recherchedel’ARNviraldanssérumouplasma.o ApartirdeJ5:diagnosticsérologique,recherched’IgGetIgM.

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ENTEROVIRUS(Entérovirus,Echovirus,Coxsackievirus)Contexte:

- Infections du système nerveux central (méningites à liquide clair [fréquentes],encéphalites[+rares]).

- Eruptionsvésiculeuses(Herpangine,syndromepieds-mains-bouche)- Infectionsrespiratoires.- Péricarditesetmyocardites.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdirectuniquement:

o Prélèvements en fonction des signes cliniques: LCR, écouvillon avecmilieudetransport(lésionscutanéo-muqueuses,gorge),aspirationnaso-pharyngée (ou écouvillon naso-pharyngé), sang (recherche de virémie),selles,liquidepéricardique,…NB. En cas de suspicion d’infection sévère à entérovirus effectuer des

prélèvementsenplusieurssites(LCR,gorge,selles).o Recherchedel’ARNparPCR.o Eventuellementisolementenculturecellulaire.o Danslecasd’infectionsrespiratoires:rechercheenPCRmultiplex.

- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-entérovirus):nonpertinent.

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HERPESVIRIDAEHerpessimplextypes1/2(HSV-1/2)Contexte:

- Infections cutanéo-muqueuses (vésiculeuses): gingivo-stomatite, infectiongénitale,kérato-conjonctivite,…

- Infections sévères (rares): méningo-encéphalite, herpès néonatal, pneumonie,hépatiteherpétique.

- Statutimmunitaire.Diagnosticvirologique:

- Diagnosticdirect:o Prélèvementsenfonctiondessignescliniques:écouvillonavecmilieude

transport,humeuraqueuse,LCR,LBA…o Recherche de l’ADN par PCR (et éventuellement isolement en culture

cellulaire).o Recherche par PCR dans le sang (sérum/plasma) dans les atteintes

sévères (hépatite, pneumonie), et éventuellement lors des primo-infections.

- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-HSV):intérêttrèslimité.o Recherched’IgGanti-HSV:pourstatutimmunitaire(sinécessaire).o Recherche d’IgM anti-HSV: non réalisée, manque de spécificité

(suppriméedelanomenclaturedesactesdebiologiemédicaleenjanvier2019).

VirusdelaVaricelleetduZona(VZV)Contexte:

- Diagnosticessentiellementclinique.- Diagnosticvirologiquenécessaireuniquementdanscertainescirconstances:

o Suspiciondepneumonievaricelleuse, atteintesneurologiques(méningo-encéphalite,radiculite,paralysiefaciale,…),kérato-conjonctivite,infectionmaterno-foetale…

o Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé,grossesse,pré-vaccination.Diagnosticvirologique:

- Diagnosticdirect:o Prélèvementsenfonctiondessignescliniques:écouvillonavecmilieude

transport,humeuraqueuse,LCR,LBA,liquideamniotique…o Recherche de l’ADN par PCR (et éventuellement isolement en culture

cellulaire,maislongetdifficile).- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-VZV):

o Recherche d’IgG anti-VZV: pour statut immunitaire (technique rapidedisponible en urgence uniquement si exposition en cours de grossesse; prélèvement àeffectuermoinsd’unesemaineaprèsexposition).

o Recherche d’IgM anti-HSV: non réalisée, manque de spécificité(suppriméedelanomenclaturedesactesdebiologiemédicaleenjanvier2019).

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Cytomégalovirus(CMV)Contexte:

- Diagnostic de primo-infection à CMV chez l’immunocompétent (fièvre,adénopathies,syndromemononucléosique,cytolysehépatique,…)

- Diagnosticetsurveillanced’infectionàCMVchezl’immunodéprimé.- Diagnosticd’infectiondanslecadredelagrossesse.- Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé,grossesse.

Diagnosticvirologique:

- Chezl’immunocompétent:o Privilégierlediagnosticindirect,recherched’IgGetIgManti-CMV.o Attention, manque de spécificité des IgM anti-CMV: en présence d’IgM

anti-CMV, notamment en cours de grossesse, une recherche de l’aviditédesIgGpeutêtrefaitepourestimerladated’infection(examenajoutéparlebiologistesinécessaire).

- Chezl’immunodéprimé:o Documenterlestatutimmunitaire:recherched’IgGanti-CMV.o Diagnosticdirectsisuspiciond’infection:

! Prélèvements en fonction du contexte clinique: sang (virémiequantitative),LCR,LBA,biopsies,urines,humeuraqueuse,…

! Recherchede l’ADNparPCRet/ou isolementenculturecellulaire(cultureclassiqueetculturerapide).

! En cas d’échec thérapeutique: recherche de mutations derésistance(sur isolementviralousurADNviral[sangprélevésurEDTA])effectuéeauCNRHerpesvirus(CHULimoges).

- Infectioncongénitale:o Diagnosticanténatal:Liquideamniotique

! RechercheparPCRet/ouisolementenculturecellulaireo Diagnosticchezlenouveau-né:urines

! Recherche par PCR et/ou isolement en culture cellulaire. Ladétectionavantle15èmejourdeviepermetlediagnosticd’infectionacquiseinutero.

o Diagnosticrétrospectifchezl’enfant(retardpsychomoteur,surdité):! Détectiondel’ADNviral(PCR)àpartirdesangséchésurcartede

Guthrie(nécessitéduconsentementmaternel).

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Virusd’Epstein-Barr(EBV)Contexte:

- Diagnosticdemononucléoseinfectieuse.- Diagnosticetsurveillanced’infectionàEBVchezl’immunodéprimé.- Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé.

Diagnosticvirologique:- DiagnosticdeMNI(primo-infectionEBV):

o Diagnostic indirect: recherche du profil sérologique «complet», c’est àdireIgManti-VCA(et/ouanti-EAselonlestests),IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA.L’interprétationnécessitededisposerdeces3marqueurs.

- Chezl’immunodéprimé:o Documenter le statut immunitaire: recherche d’IgG anti-VCA et anti-

EBNA.o Diagnosticdirectsisuspiciond’infectionoudelymphoprolifération:

! Prélèvements en fonction du contexte clinique: sang (virémiequantitative),LCR,LBA,…

! Recherchedel’ADNparPCR.HerpesvirusHumain6(HHV-6)Contexte:

- Diagnostic de primo-infection (roséole [exanthème subit], parfois signes deméningo-encéphalite):quasi-exclusivementchezl’enfant.

- Diagnosticetsurveillanced’infectionàHHV-6chezl’immunodéprimé.- Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdeprimo-infection:

o Diagnostic sérologique indirect: recherche d’anticorps anti-HHV-6,nécessitant deux prélèvements à 15 jours d’intervalle (recherche deséroconversion).

o Diagnosticdirect:! Recherched’ADNparPCRdanslesang.! Recherche d’ADN par PCR dans le LCR, en cas de méningo-

encéphalitechezl’enfant.- Chezl’immunodéprimé:

o Documenter le statut immunitaire: recherche d’anticorps anti-HHV-6(positivechez>90%delapopulationadulte).

o Diagnosticdirectsisuspiciond’infection:! Prélèvements en fonction du contexte clinique: sang (virémie

quantitative),LCR,…! Recherchedel’ADNparPCR.! Attention, facteur de confusion: l’intégration chromosomique de

l’ADN du HHV-6 s’accompagne de quantités très élevées d’ADNviral à la fois dans le sang (de l’ordrede106 copies/mL) et dansl’ensembledesorganeschezenviron1%delapopulationgénérale,nécessitantunerecherchedanslesphanères(folliculespileux).

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HerpesvirusHumain8(HHV-8)Contexte:

- Aide au diagnostic d’une infection chronique, notamment pathologie tumorale(maladiedeKaposi,maladiedeCastleman,lymphomeBdesséreuses).

- Statut immunitairechez l’immunodépriméou lespatientsà risque (partenairessexuelsmultiples).

Diagnosticvirologique:- Chezl’immunocompétent:Diagnosticd’expositionàHHV-8

o Diagnosticindirectuniquement:recherched’anticorpsanti-HHV-8.- Chezl’immunodéprimé:

o Documenterlestatutimmunitaire:recherched’anticorpsanti-HHV-8.o Diagnosticdirectsisuspiciond’infectionoudelymphoprolifération:

! Sang(virémiequantitative).! Recherchedel’ADNparPCR.

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OREILLONS(VIRUSOURLIEN)Contexte:

- Paroditite.- Orchite,ovarite.- Pancréatite.- Méningite.- Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé,pré-vaccination.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticsérologique(recherched’anticorps):

o Recherched’IgM:en1èreintentionpourdocumenteruneprimo-infection.o Recherched’IgG:pourstatutimmunitaire.

- Diagnosticdirect:Uniquementencasdefortesuspiciondeprimo-infectionetsérologie(IgMetIgG)négative.

o Prélèvementsenfonctionducontexteclinique:salive,LCR,…o Recherchedel’ARNparPCR(envoiauCNR,CHUCaen).

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PAPILLOMAVIRUSHPVgénitauxContexte:

- DépistagesystématiqueencasdecytologiedutypeASCUS- Présencedelésionsgénitalessuspectes

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdirectuniquement

o Apartirdufrottisenmilieuliquide:DépistagedesprincipauxHPVàhautrisqueoncogène(avecidentificationpossibledesHPV16et18)

o Apartirdebiopsies (lésions):GénotypagedesHPVàbasethaut risqueoncogène

- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-HPV):nonpertinent.

AutresHPV(sphèreORL)Contexte:

- Présencedelésionssuspectes(papillomeparexemple)Diagnosticvirologique:

- Diagnosticdirectuniquemento Apartirdebiopsies (lésions):GénotypagedesHPVàbasethaut risque

oncogène- Diagnosticindirect(recherched’anticorpsanti-HPV):nonpertinent.

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PARVOVIRUSB19(ERYTHROVIRUSB19)Contexte:

- Eruptionmaculo-papuleuse(Mégalérythèmeépidémique).- Polyarthrite.- Erythroblastopénie (notamment chez sujet porteur d’anémie hémolytique

constitutionnelle)ouanémiechezlesujetimmunodéprimé.- Anémiefoetale.- Myocarditeaiguë.- Statutimmunitaire:grossesse.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticindirect(recherched’anticorps,en1èreintention):

o Recherched’IgM:pourdocumenteruneprimo-infection.o Recherched’IgG:pourstatutimmunitaire.

- Diagnosticdirect(pourcompléterlediagnosticsinécessaire):o Sérumouplasma,moelleosseuse,liquideamniotique,sangfœtal.o Recherchedel’ADNparPCR.

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POLYOMAVIRUSBKvirus(BKV)Contexte:

- Surveillancechezl’immunodéprimé.- Néphropathie,cystitehémorragiquechezl’immunodéprimé.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdirectuniquement:

o Sang:virémiequantitative(chargeviraleplasmatique)o Urineséventuellement (suspicion de cystite hémorragique chez

l’allogreffédeCSH):viruriequantitative(valeurprédictiveinférieureàcelledelavirémie;intérêtlimitéendehorsducontexted’allogreffedeCSH).

o Recherchedel’ADNparPCR.

JCvirus(JCV)Contexte:

- Diagnosticdeleucoencéphalitemultifocaleprogressive(LEMP).Diagnosticvirologique:

- Diagnosticdirectuniquement:o LCR,biopsiecérébrale:détectiondel’ADNviral.o Recherchedel’ADNparPCR.

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RETROVIRUSVirusdel’ImmunodéficienceHumaine(VIH)Contexte:

- Infectionchroniquesymptomatiqueouasymptomatique.- Primo-infection.- Dépistage.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticsérologique(dépistage).

o Recherched’infectionpartestELISAmixte-combiné(détectionsimultanéedesanticorpsanti-VIH1etanti-VIH2etde l’Agp24).Les TROD (tests rapidesd’orientationdiagnostique) sontmoins sensibleset sont réservésaux situationsd’urgence(patientsourced’unAES,grossessenonsuivie).

o Encasdepositivité,confirmationparwestern-blot(àl’initiativedubiologiste).- Suspicion de primo-infection: la recherche d’infection par test ELISA mixte-

combinépeutêtrecomplétéepar:o Recherched’Agp24.o Recherched’ARNviralplasmatique(chargevirale).

- Suividel’efficacitéthérapeutique:o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.o Recherche de mutations de résistance aux antirétroviraux (Inhibiteurs

nucléosidiques et non-nucléosidiques de la reverse transcriptase,Inhibiteurs de la protéase, Inhibiteurs de l’intégrase, Inhibiteurs defusion):

! PCRetséquençage.! ExameneffectuésurARNviralplasmatique.

- Chezlenouveau-néetlenourrisson:o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.o RecherchepartestELISAmixte-combinéuniquementaprès15-18mois.

HTLV(HumanT-lymphotropicVirus1&2)Contexte:

- Infection chronique symptomatique (leucémie/lymphome, neuromyélopathie)ouasymptomatique.

- Dépistage.Diagnosticvirologique:

- Diagnosticsérologiqueuniquement.o Recherched’infectionpartestELISA.o Encasdepositivité,confirmationparwestern-blot(àl’initiativedubiologiste).

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ROUGEOLE(VIRUSMORBILLEUX)Contexte:

- Maladieéruptivedel’enfantoul’adultejeune,vaccinéounon.- Diagnosticd’unecomplicationrespiratoireoud’uneatteinteneurologiqueliéeà

larougeole.- Suspiciondepanencéphalitesclérosantesubaiguë(PESS).- Statutimmunitaire:sujetimmunodéprimé,pré-vaccination.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticsérologique(recherched’anticorps)en1èreintention:

o Recherched’IgM:pourdocumenteruneprimo-infection(attention:encasdeprélèvementtrèsprécocelesIgMpeuventnepasêtreencoredétectables).

o Recherched’IgG:pourstatutimmunitaire.o TitragedesIgGdanslesérumetleLCRpourundiagnosticdePESS.

- Diagnosticdirect(pourcompléterlediagnosticsinécessaire):o Salive,prélèvementoro-pharyngé,LBA,sérum,LCR,…selonlecontexte.o Recherchedel’ARNparPCR(envoiauCNR,CHUCaen).

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RUBEOLEContexte:

- Eruption,notammentchezlafemmeenceintesistatutimmunitairenonconnuouconnunégatif.

- Statutimmunitaire:grossesse,sujetimmunodéprimé,pré-vaccination.Diagnosticvirologique:

- Diagnosticindirectuniquement(recherched’anticorps):o Recherched’IgM:pourdocumenteruneprimo-infection.o Recherched’IgG:pourstatutimmunitaire.

- Diagnosticdirect(uniquementsisuspiciond’infectioncongénitale):o Liquideamniotique.o Recherchedel’ARNparPCR(envoiauCNR,APHP–HôpitalPaulBrousse).

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VIRUSDESGASTRO-ENTERITESSeule la recherche des virus les plus fréquents est réalisée en routine:Rotavirus,Norovirus,Adénovirus.Contexte:

- Diarrhée.- Chez le nourrisson et l’enfant de moins de 5 ans: rotavirus, norovirus,

adénovirus.- Chezl’adulteimmunocompétent:norovirus.- Chezlesujetâgéouimmunodéficient:rotavirus,norovirus,adénovirus.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticdirectuniquement.

o Selles.o Recherchedesantigènesvirauxpartestunitairerapide.o Encasdenégativitédecesrechercheschezlessujetsimmunodéprimésou

fragiles,possibilitéderecherched’autresvirusentériques(envoiauCNR,CHUDijon).

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VIRUSDESHEPATITESHépatiteA(HAV)Contexte:

- Hépatiteaiguë.- Recherchedustatutimmunitaire.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticindirectuniquement(recherched’anticorpsanti-HAV):

o Recherched’IgManti-HAV:pourdiagnosticd’hépatiteAaiguë.o Recherche d’IgG anti-HAV: pour documenter le statut immunitaire

(expositionancienneouvaccination).HépatiteB(HBV)Contexte:

- Hépatiteaiguë.- Hépatitechroniqueouportagechroniqueasymptomatique.- Recherchedustatutimmunitaire(immuniténaturelleoupost-vaccinale).- Suividel’efficacitéthérapeutique.

Diagnosticvirologique:Complexe car, selon le contexte, nécessite la combinaison de marqueurs directs etindirects.

- Dépistaged’infectionparlevirusdel’hépatiteB:o Recherched’AgHBs et des anticorps anti-HBc et anti-HBs (depuis janvier

2019laNABMprécisequeledépistagedel’hépatiteB,endehorsdeladéclarationdegrossesse,nécessitelarecherchesimultanéedes3marqueurs).

o Dépistage obligatoire chez la femme enceinte(début de grossesse):Recherched’AgHBsuniquement.

- Diagnosticdifférentielentreinfectionaiguëetinfectionchronique:o Encasdepositivitédel’AgHBs,rechercherlesIgManti-HBc(marqueurde

contact récent, permettant de distinguer infection aiguë de portagechronique).Larecherchesystématiqued’IgManti-HBcen1èreintentionestinutile.

- Contrôledelaréponsevaccinale:o Recherche(titrage)desanticorpsanti-HBs.

- Priseencharged’unehépatiteBaiguëouchronique(AgHBspositif),notammentsuividel’efficacitéthérapeutique:

o Quantificationdel’ADNviralplasmatiqueparPCR(chargeviraleHBV).o Suivi de la persistance de l’AgHBs, et éventuellement recherche de l’Ag

HBeetdesanticorpsanti-HBe.o Encasd’échec thérapeutique: recherchedemutationsderésistanceaux

antiviraux(Inhibiteursdel’ADNpolymérase):! PCRetséquençage.! ExameneffectuésurADNviralplasmatique.

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HépatiteC(HCV)Contexte:

- Hépatiteaiguë(rare).- Hépatitechroniqueouinfectionchroniqueasymptomatique.- Suividel’efficacitéthérapeutique.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticinitial(dépistage):

o Diagnosticindirectuniquement:recherched’anticorpsanti-HCV.- Encasdepositivité(Acanti-HCVpositifs):

o Le contrôle sérologique sur un second prélèvement (recherched’anticorps anti-HCV par une seconde technique) est supprimé de lanomenclaturedesactesdebiologiemédicaledepuisjanvier2019.

o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.- Suivi de l’efficacité thérapeutique ou diagnostic de nouvelle infection chez un

sujetséropositifguéri:o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.

- Aideauchoixdesmoléculesantivirales(DAA,directantiviralagents):o Génotypagepartechniquemoléculaire.o Encasd’échec thérapeutique: recherchedemutationsderésistanceaux

antiviraux(Inhibiteursdelaprotéase,InhibiteursdeNS5A,InhibiteursdeNS5B):

! PCRetséquençage.! ExameneffectuésurARNviralplasmatique.

HépatiteD(HDV)Contexte:

- Recherchedeco-infectionoudesurinfectionuniquementchezunsujetAgHBspositif.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticindirect:

o Recherched’anticorpsanti-HDV.- Encasdepositivité(Acanti-HDVpositifs):

o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.- Suividel’efficacitéthérapeutique:

o Recherchedel’ARNviral(chargeviraleplasmatique)parPCR.

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HépatiteE(HEV)Contexte:

- Hépatiteaiguë.- Infectionpersistanteouchroniquechezl’immunodéprimé.- Recherchedustatutimmunitaire.

Diagnosticvirologique:- Diagnosticindirectenpremièreintention(recherched’anticorpsanti-HEV):

o Recherched’IgManti-HEV:pourdiagnosticd’hépatiteEaiguë.o Recherche d’IgG anti-HEV: pour documenter le statut immunitaire

(exposition ancienne). Cet acte a été supprimé de la nomenclature desactesdebiologiemédicaleenjanvier2019.

- Diagnosticdirect:o Prélèvement:sang(virémie),selles.o Recherchedel’ARNparPCR.o Intérêt:

! confirmer une primo-infection (hépatite E aiguë) chezl’immunocompétent.

! rechercher une infection aiguë ou chronique chezl’immunodéprimé(privilégierleprélèvementdeselles).

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VIRUSRESPIRATOIRESLagrandediversitédesagentsresponsablesd’infectionsrespiratoiresrendlediagnosticclinique différentiel difficile. Il est possible de réaliser un diagnostic étiologique desinfections respiratoires (diagnostic syndromique) incluant virus et certaines bactériesdifficilement cultivables. L’approche«multiplex»dediagnostic syndromiquedoit êtreréservée à certaines situations: sévérité des symptômes, possibilité de traiterefficacement,nécessitédemettreenplacedesmesuresprophylactiques,….Le diagnostic direct est privilégié, et le choix des outils tient compte de leursperformances. Le diagnostic sérologique (recherche d’anticorps) des infectionsrespiratoiresviralesestnonpertinentpourlediagnosticderoutine.Lecaractèresaisonnierdecertaines infectionsvirales, toutparticulièrement infectionsgrippales (virus influenza A et B) et à virus respiratoire syncytial (VRS), rend larecherche de ces virus inutile en dehors de la période épidémique dans l’hémisphèrenord(engénéralmi-octobre–finavril).Enpériodeépidémique(1eroctobre–30avril):

- Chezlenourrissonetl’enfantdemoinsde4ans:o Aspirationnaso-pharyngéeouécouvillonnagenasal.o RechercheduVRSenpremièreintentionpartestunitairerapide(Sensibilité

del’ordrede90%).o Si VRS négatif, recherche des autres pathogènes respiratoires par PCR

multiplex*.- Chezl’enfantetl’adulte:

o Ecouvillonnagenasalouaspirationnaso-pharyngée,LBA.o Recherchedel’ensembledespathogènesrespiratoiresparPCRmultiplex*

(les tests rapides de dépistage des virus influenza sont actuellement insuffisammentsensiblesetnepermettentpasd’écarterundiagnosticdegrippeavecunefiabilitésuffisantedanslecadredelamiseenplacedemesuresd’hygiène).

Horspériodeépidémique(1ermai–30septembre):

- Sisuspiciond’infectionbactériennespécifique(bactériesdifficilementcultivables):o prélèvement à adresser en bactériologie (Legionella pneumophila, Bordetella

pertussis,Bordetellaparapertussis,Mycoplasmapneumoniae,Chlamydophilapneumoniae).- Encasd’atteinterespiratoiresévèreetsansorientationétiologique,surdemande

spécifiqueauprèsdubiologisteréférentenVirologie(tel.72651):o Recherchedel’ensembledespathogènesrespiratoiresparPCRmultiplex*

rapide (test unitaire très coûteux, à réserver uniquement pour situations cliniques lesjustifiant).

* PCRmultiplex(pathogènes recherchés): virus influenza A & B, VRS A & B,métapneumovirus,virus parainfluenza 1-4, adénovirus, coronavirus NL63–OC43-229E, rhinovirus, entérovirus, bocavirus,Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Mycoplasma pneumoniae,Chlamydophilapneumoniae.

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Examensréalisésdanslecadredebilansprédéfinisliésàcertainscontextescliniquesetépidémiologiques

Contexted’infectionsaiguëso Hépatiteaiguë:

! En1èreintention:! IgManti-HAV! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgManti-HEV

! Eventuellementcomplétépar:! IgMetIgGanti-CMV! ProfilsérologiqueEBV(IgManti-VCA,IgGanti-VCA,IgGanti-EBNA).

o Hépatitefulminante:

! En1èreintention:! IgManti-HAV! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgManti-HEV! ADNHSV

! Eventuellementcomplétépar:! IgMetIgGanti-CMV! ProfilsérologiqueEBV(IgManti-VCA,IgGanti-VCA,IgGanti-EBNA).

o Suspiciond’infectionviraleencoursdegrossesseavecrisqued’embryopathieoude

fœtopathie(examensmaternels):! IgMetIgGanti-CMV! IgMetIgGanti-parvovirusB19! IgGanti-VZV! ADNVZV! IgGetIgManti-rubéole(sistatutimmunitaireinconnuouantérieurementnégatif)

o Syndromemononucléosique:

! DépistageVIH! ProfilsérologiqueEBV(IgManti-VCA,IgGanti-VCA,IgGanti-EBNA).! IgMetIgGanti-CMV

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Bilanspré-greffe(receveurs)o ReceveurRein/Coeur:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGanti-CMV! IgGanti-EBV(IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA)! Anticorpsanti-HHV8! IgGanti-VZV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV! IgGanti-rougeole! IgGanti-oreillons! IgGanti-rubéole! Dépistagesyphilis

o ReceveurFoie:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGanti-HAV! IgGetIgManti-HEV! IgGanti-CMV! IgGanti-EBV(IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA)! IgGanti-VZV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV! IgGanti-rougeole! IgGanti-oreillons! IgGanti-rubéole! Dépistagesyphilis

o ReceveurCSH/MO:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGanti-CMV! IgGanti-EBV(IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA)! IgGanti-HSV! IgGanti-VZV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV! Anticorpsanti-HHV6! Dépistagesyphilis

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o ReceveurCornée:! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV

Bilansdonneurs(euses)o Donneur(euse)CSH/MO:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGanti-CMV! IgGanti-EBV(IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA)! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV! Dépistagesyphilis! ARNHIV! ARNHCV! ADNHBV

o Donneur(euse)gamètes:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGetIgManti-CMV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV! DépistagesyphilisEtseloncontexte:! ARNHIV! ARNHCV! ADNHBV

o Lactarium:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV! Anticorpsanti-HTLV

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Bilanspopulationsexposéeso Accidentd’expositionausang(AES)patientsource:

! AgHBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV

o Accidentd’expositionausang(AES)personnelexposé:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV

o Hémodialyse(Bilanpré-dialyse):

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV

o Oncologieadulte(bilanpré-chimiothérapie/pré-biothérapie):

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV

o Oncologiepédiatrie(bilanpré-chimiothérapie/pré-biothérapie):

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV! IgGanti-CMV! IgGanti-EBV(IgGanti-VCAetIgGanti-EBNA)! IgGanti-VZV! IgGanti-rubéole! IgGanti-oreillons! IgGanti-rougeole

o Usagerdedrogues:

! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! DépistageHIV

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o BilaninitialpriseenchargeinfectionVIH:! WesternblotVIH! ChargeviraleVIH! AgHBs! Anticorpsanti-HBc! Anticorpsanti-HBs! Anticorpsanti-HCV! IgGanti-HAV! IgGanti-CMV! Dépistagesyphilis