BAÜ FEF BİYOLOJİ BÖLÜMÜ İ.ÖMOLEKÜLER BİYOLOJİ 1 ARASINAVI (27.11.2008) Toplam puan 100, Süre: 60dk.

1. Bir molekülün genetik materyal olarak davranabilmesi için dört özelliği bulunmalıdır. Bunlar 1. ..Kendini eşleme (replikasyon... . 2. Bilgi depolama... 3. Bu bilgiyi ifade etme. 4. Mutasyonlar çeşitlenme.... olarak sıralanabilir. 8p

2. 1940’da DNA’nın değil de proteinlerin genetik materyal olduğu fikrinin ağırlık kazanmasının en büyük nedeni neydi? 4p a) DNA’nın henüz keşfedilmemiş olması b) Proteinlerin kendi kopyalarını çıkarabilmeleri c) Tetranükleotit hipotezi d) Proteinlerin amino asit çeşidinin az olması e) Proteinler çok çeşitli 3 boyutlu yapı kazanırken DNA’nın tek tip 3 boyutlu yapıya sahip olması.

3. Harriet Taylor’ın, transformasyonun anlaşılması için Griffith ve Avery grubundan farklı olarak yaptığı neydi? 4p a) ER (extremely rough) suşunu bulması b) R suşunun alıcı olarak davrandığını göstermesi c) Karbohidratların kalıtım materyali olmadığını ispatlamış olması d) proteinlerin kalıtım materyali olmadığını ispatlamış olması e) RNA’nın kalıtım materyali olmadığını ispatlamış olması

4. Adenin (A), 6-amino pürin olarak ta adlandırılır. Bu alternatif sistemle aşağıdaki bazların adlarını karşılarına yazınız. 8p Guanin: ...2-amino-6-oksipürin Sitozin: ...2-oksi-4-aminopirimidin... Timin: ...2,4-dioksi-5-metilpirimidin Urasil: ...2,4-dioksipirimidin

5. Adenin ve Guaninden oluşan bir dinükleotitin kimyasal yapısını atomlar arası bağları göstererek çiziniz (Adenin ve Guanini A ve G olarak gösterebilirsiniz). 12p

6. Watson-Crick Modelinin özelliklerini yazınız. (14p)

1. Sağ el ikili sarmalı şeklindedir. 2. İki zincir birbirine antiparaleldir (biri soldan sağa doğru 5’-3’ yönündeyken diğeri sağdan sola doğru 5’-3’ yönündedir) 3.Bazlar düzlemseldir ve düzlemler eksene diktir, bazlar arasında 3.4 Ǻ (0.34nm) mesafe vardır. 4. Azotlu bazlar A=T ve G≡C şeklinde H bağlarıyla eşleşirler. 5. Sarmalın her bir tam dönüşü 34Ǻ’dir (3.4nm) ve böylece 10 baz içerir. 6. Sıra ile büyük (majör) oluklar ve küçük (minör) oluklar içerir. 7. Sarmalın çapı 20Ǻ (2nm)’dir.

7. Hiperkromik etki nedir? nasıl ölçülür? Tm ne anlama gelir? 9p

Hiperkromik etki ısıtılan DNA moleküllerinin tek zincir haline gelmelerinden dolayı 260nm’deki absorbsiyonlarının artmasıdır. Hiperkromik etkiyi ölçmek için DNA örneği ısıtmadan önce ve sonra 260nm’de ölçülür ve ölçümler karşılaştırılır. A260 değerindeki artış miktarı hiperkromik etkinin miktarını gösterir.

Tm bir DNA molekülünün yarısının tek zincirli hale geldiği andaki sıcaklık değeridir.

8. Aşağıdakilerden hangisinin Tm derecesi en yüksektir? (4p) a)TAACTACGAA b)TCATGCGATCGC c)AAATTTGGGA d)CTTAAATTTG e) ATTGAGTGTAAAA

9. Aynı miktardaki X ve Y etiketli 2 DNA örneğinin Cot ½ değerleri sırasıyla 10 ve 5’tir. Buna göre aşağıdakilerden hangisi doğrudur? (nt:nükleotit) 4p a)Birinci ikinciden daha çok nt içerir. (2p) b)İkinci birinciden daha çok nt içerir c)eşit miktarda nt içerirler d)birincinin tekrar miktarı daha fazladır e)hiçbiri

10. Aşağıdaki grafiğe göre E. coli ile karşılaştırıldığında diğer iki DNA eğrisi hakkında ne söylenebilir? (C / Co : Tek zincirli kalan fraksiyn) 8p

11. DNA polimeraz III’ü oluşturan 10 alt birimi sıralayıp işlevlerini tamımlayınız. Holoenzim ile kor enzim arasındaki farkı belirtiniz. 10p

12. Tek bir replikasyon çatalındaki DNA sentezini ve hangi enzimlerin ne iş yaptığını belirterek şekil üzerinde veya metin olarak açıklayınız. 10p

13. Aşağıdaki durumlarda E.coli’nin hangi enzim ya da işlevlerinin etkilendiğini tahmin ediniz. (5p)

a) Yeni sentezlenin DNA bir çok yanlış eşleşmiş baz çifti içeriyor: DNA polimeraz I (ya da III’ün ε altbirimi) bozuk veya eksik b) Okazaki fragmanları birikiyor ve DNA sentezi tamamlanmıyor: DNA ligaz eksik veya bozukc) Sentez başlamıyor: RNA primeri sentezleyen primaz eksik yada bozukd)Sentez çok az: DNA polimeraz 3 bozuk veya iyi çalışmıyore) Replikasyon sonrası tamamlanmamış üstün kıvrımlı zincirler bulunuyor: DNA giraz bozuk ya da eksik.

0.5

1.0

Cot0.0

C/Co

1. grafik aslında E. coli’den daha çok genoma sahip olmasına rağmen tekrarlayan DNA’ya sahip olduğu için A bölgesi E.coli’den önce birleşmiş (B Bölgesi ise tekrarsız DNA). 2. grafik ise yine E.coli’den fazla DNA’ya sahip ancak tekrarlayan DNA’sı yok. 1 en çok DNA’ya sahip.

2

1