+92­334­304­3093   qaiser.fatmi@comsats.edu.pk   http://www.researchgate.net/profile/M_Qaiser_Fatmi

  

Dr. M. Qaiser FatmiAssociate ProfessorMolecular Modeling; Computational Organic/Medicinal Chemistry; Structural BioinformaticsDepartment of Biosciences, COMSATS IIT, Chak Shahzad, Islamabad, Pakistan

Summary & ObjectivesI am a molecular modelist with over 8 years of post­PhD experience inresearch, 4.5 years in teaching and over 7 years in administration in the USAand Pakistan.

I believe that in silico studies together with wet­lab experiments can lead to abetter solution in health­care, pharmaceutical and biotechnology sectors. I, therefore, focus in a research where I can integrate these dry­lab studieswith wet­lab experiments with an ultimate goal to serve the community in a better way.

'Passionate about research,believe in learning,striving for solution andwelcome any challenge.'

Target Positions:Target Positions:

Faculty Position

Qualification:Qualification:

Dr. Rer. Nat. (PhD), 2007University of Innsbruck, Austria

M. Phil. Course, 2002University of Karachi, Pakistan

M. Sc.,  2001University of Karachi, Pakistan

B. Sc.,  1998University of Karachi, Pakistan

Career History:Career History:

Associate Professor CIIT, Islamabad, PakistanMarch 2015 to Present

Team LeaderBioinformatics GroupCIIT, Islamabad, PakistanJan. 2013 to present

In­charge (Head)Department of BiosciencesCIIT, Islamabad, PakistanJan. 2013 to Sep. 2013

Assistant Professor CIIT, Islamabad, PakistanJul. 2011 to March 2015

Visiting Foreign FacultyQAU, Islamabad, PakistanFeb. 2011 to Jul. 2011

Post­doctoral EmployeeUCR, Riverside, USAJun. 2008 to Oct. 2010

Research OfficerICCBS, Karachi, PakistanMar. 2007 to May 2008

Interest & SkillsI am trained in different academic and commercial computational chemistry/bioinformatics tools based on windows and Linux OS. My study focuses on:

Protein structure dynamics and function Structure and Ligand based drug/inhibitor discovery Biomolecular modeling and simulations Chemoinformatics and Structural bioinformatics Quantum mechanics and semi­empirical calculations Organic chemistry and computational organic chemistry Database and tools development

I have taught courses related to bioinformatics, computational chemistry, 

general chemistry and organic chemistry.

Achievements & Highlights   Actively involved in teaching, research, administration & community services.   Published 24 papers with over 72 cumulative impact factor.   Supervised 10 BS and 6 MS research students.   Currently supervising 5 MS and 2 PhD students.   Active reviewer for PLoS One, Bioinformatics, EJMECH & JCSP.   Approved 2 M PKR research fund grant from PSF.   Honorarium for the good academic and administrative performance during 

     year 2013 by COMSATS IIT.   Research Productivity Award 2013 and 2014 by COMSATS IIT.   Letter of Appreciation for organizing a '2 Day Vice Chancellors forum'

     (11th to 12th June 2012).   Received fund to attend a course on Agrochemicals and Drug Design, 

     São Paulo, Brazil, (1st to 6th April 2012).   HEJ start up grant (2007­2008).   OAD scholarships for Doctoral Program  (2004­2007).   Awarded HEC indigenous scholarship 2004 (declined).   HEJ Fellowship (2001­2003).

  First Prize in poster presentation ­ 2nd Intl. and 12th National Chemistry     Conference, University of Sindh, Jamshoro, Pakistan (4th to 6th Feb. 2002).

   Third Prize in model presentation ­ Science Exhibition of Fed. Government     Urdu Science College (1998).

ADMINISTRATIVE EXPERIENCES

Highlights:

• Over 7 years of university/departmental/group administration experiences.• Awarded honorarium for the excellent performance in 2013 by the university.• Awarded appreciation letter for actively organizing Vice Chancellor meeting during 2012.

Job Details:

# Title for Administrative Posts Period Main Job Description

01 Young Advisor to Rector CIIT FA14 ­ Present • Discussion on CIIT vision• New ideas to improve the quality of student 

at campus.• Ideas to improve the teaching, research and 

services at CIIT.• Report to Rector

02 Member Departmental Academic Regulatory Committee (DARC), CIIT

FA13 ­ Present • Overview course distribution to Faculty• Monitor the quality of teaching and lab.• Evaluate exam paper and marks distribution• Monitor students attendance• Monitor online portal• Address any teaching problem reported by 

students• Report to Convener

03 In­charge Admission Campaign Biosciences Department, CIIT

FA13 ­ Present • Run admission campaign• Meet students in colleges and schools• Invite students for demonstration• Report to HoD

04 Member Examination Panel Undergraduate/Graduate Bioinformatics, CIIT

FA13 ­ Present • Assess the quality of research and presentation of BS/MS thesis

• Grading• Report to Convener

05 Convener Interview Panel for MS Bioinformatics Admission, CIIT

FA13 ­ Present • Evaluate the eligibility and ability of students

• Based on merit, recommend student for admission

• Report to HoD

06 Team Leader Bioinformatics Division, CIIT

SP13 ­ Present • Lead the Computational Biology & Bioinformatics Group (CBBG)

• Review and improve curricula• Introduce new courses and degree programs• Meeting bioinformatics faculty members 

periodically• Resolve students' issues related to research, 

career etc

07 In­charge (Head) Department of Biosciences, CIIT

Jan 2013 ­ Sep 2013

• Run Biosciences Department• Report to Director CIIT

08 Member Review Committee for Exam disputed paper other than cheating, CIIT

SP13 ­ FA13 • Resolve the issue related to disputed exam papers

• Report to the Convener

09 In­charge Undergraduate Program of Biosciences, CIIT

FA11 ­ FA12 • Course distribution to faculty• Prepare semester schedule and time table• Prepare examination date sheet

• Resolve all students' issues related to academia, teaching and research

• Report to HoD

10 Student Counsellor, CIIT  FA11 ­ Present • Meet students periodically• Resolve students' issues• Motivate students for academia, sports, 

career etc• Report to HoD

11 In­charge Departmental Transport Committee, CIIT

FA11 ­ FA11 • Arrange transport for students and faculty for official purpose

• Arrange transport for study tour and fun trips

12 Any other Duty Assigned by the HoD, CIIT

FA11 ­ Present • Any short­term job

13 Lab Administration, UCR, USA Jun 2008 – October 2010

• Linux machine administration• Software installation and networking• Facilitate other lab researcher• Report to Advisor (PI)

TEACHING EXPERIENCES

Highlights:

• Over 4.5 years of teaching experiences in Chemistry, Bioinformatics and Computational Chemistry at university level students.

• Student teaching evaluation is ''Excellent''.• Designed ''Biomolecular Modeling'' course for MS/PhD students during 2012.

Course Details:

Semester Level Course title Credit hours

SP15 MS/PhD  • Biomolecular Modeling 3(3,0)

FA14 MS/PhD  • Special Topics in Bioinformatics 3(3,0)

FA13MS/PhD  • Special Topics in Bioinformatics 3(3,0)

BS • General Chemistry with lab 4(3,1)

SP13 MS/PhD  • Biomolecular Modeling with lab 3(2,1)

FA12 MS/PhD • Protein Chemistry 4(4,0)

SP12 BS BS

• General Chemistry with lab• Bioinformatics Colloquium 

4(3,1)1(1,0)

FA11

BS MS/PhDMSMS/PhD

• Bioinformatics Colloquium• Special Topics in Bioinformatics• Bioinformatics• Protein Chemistry

1(1,0)2(2,0)4(4,0)4(4,0)

SP11MPhil/PhD • Computational Chemistry 3(3,0)MSc • Retro­synthesis 3(3,0)

RESEARCH EXPERIENCES

Highlights:

• Over   15   years   of   research   experiences   in   Organic   Chemistry,   Bioinformatics   and Computational Chemistry.

• Around  8  years  of  post  PhD  research  experiences   in  Bioinformatics   and  Computational Chemistry.

• Research Team Leader for Computational Biology and Bioinformatics Group (CBBG).• Research   Productivity   Award   2013   &   2014   by   COMSATS   Institute   of   Information 

Technology.• Published 23 papers in ISI­indexed impact factor journals.

Dissertation Titles:

• Ph.D. Molecular Dynamics Simulations of Industrially and Biologically Relevant Ions.• M.Sc. Microbial Transformation of Steroids and Antibiotic.

Team Leader ''Computational Biology and Bioinformatics Group (CBBG)'':

• Leading the Research Group and Establishing Research labs.• Introducing PhD Bioinformatics Programs• Bioinformatics Accreditation from National Computing Education Accreditation Council 

(NCEAC), Higher Education Commission (HEC) Pakistan 

Research Collaborations:

• National:◦ HEJ Research Institute of Chemistry, International Centre for Chemical and 

Biological Sciences (ICCBS), University of Karachi, Karachi◦ Centre of Excellence for Molecular Biology (CEMB), The University of Punjab, 

Lahore◦ Department of Chemistry, GC University, Lahore◦ Department of Chemistry, Quaid­e­Azam University, Islamabad◦ Department of Plant Breeding & Genetics ­ PMAS­Arid Agriculture University, 

Rawalpindi◦ Department of Chemistry, University of Faisalabad, Faisalabad◦ COMSATS Institute of Information Technology, Abbottabad Campus

• International:◦ Faculty of Pharmacy, Universiti Teknologi MARA (UiTM), Malaysia. ◦ Atta­ur­Rahman Institute for Natural Products Discovery (AuRIns), Universiti 

Teknologi MARA (UiTM), Malaysia.◦ Department of Biophysics, School of Medicine, Bahcesehir University, 

Istanbul, Turkey◦ Department of Chemical and Biological Engineering, Koc University, Istanbul 

Turkey◦ King   Fahd   Medical   Research   Center,   King   Abdulaziz   University,   Saudia 

Arabia.

Research Funding:

# Title of the Project Investigator Funding Agency

Amount in Million PKR

Status

01 Thermostability and Thermoactivity of Tryptophan Synthase: An In Silico Study

PI PSF 2 Approved in July 2014

02

Battle Against Cancer: In Silico Discovery of Potential Tyrosine Kinase Inhibitors 

PI HEC 5.84 Minor Revision 

(May 2015) (Budget cut 

down)

03 Identification of microRNAs as a diagnostic method in chronic kidney disease patients and in silico discovery of their potential regulators

Co­PI HEC 2.59 Under Review

04 Structural Studies of Nitric Oxide Signaling: A Computational Approach for Discovering Cure of Cardiovascular Disorders

Co­PI HEC 2.57 Under Review

05 Strengthening Biotechnology Industry in the Country: Developing an educational tool kit for training undergraduate students as well as for research purposes: Lab to Commercialization

Co­PI HEC 8.53 Minor Revision 

Submitted (May 2015)

Supervision of Research Students:

# Student's Name Dissertation Title Status

PhD Student01 Shahr Bano Mirza

(SP13­PBS­002)Identification   and   Development   of   Antiviral   Agents   Against Dengue   Virus   using   Designed   Automated   Workstation   and Bioassay­Guided Studies.

Under Progress

4th Semester02 Andleeb Zahra

(FA13­PBS­006)Detection   of   Oral   Cancers   at   Early   Stages   using   miRNA Profiling.

Under Progress

4th SemesterMS Students

03 Mahrukh Imtiaz(SP15­RBI­007)

Synopsis under preparation Under Progress1st Semester

04 Maria Khalid(FA14­RBI­003)

Synopsis under preparation Under Progress2nd Semester

05 M. Taimoor Khan(SP14­RBI­007)

Developing   a   Tool   for   Input   File   Generation   for   Molecular Dynamics Simulations

Under Progress3rd Semester

06 Ayesha Kanwal(SP14­RBI­004)

Extension of GraphMD: A User­Friendly Python­Based Interface for the Analysis of Molecular Dynamics Simulations’ Results 

Under Progress3rd Semester

07 Tamseela Perveen(SP14­RBI­002)

Understanding   the   Structural   and   Dynamical   Stability   of Psychrophilic Tryptophan Synthase

Under Progress3rd Semester

08 Aasia Saleem Khan(FA13­RBI­001)

Re­optimization,   Pharmacokinetics   and   Spectral   Prediction   of Natural Products for Chemical Database of Pakistan

Under Progress4th Semester

09 Sadaf Shaheen(FA13­RBI­003)

Computational   Analysis   of   Protein   Binding   Sites   of   Some Pathogenic Bacteria

SP15 (Completed)

10 Ammarah Anwar(FA13­RBI­004)

A Comprehensive Analysis of Human Proteins’ Binding Sites and its Implications for Drug Design

SP15 (Completed)

11 Amina Khan(FA13­RBI­005)

Bioinformatics   Analysis   of   the   miRNA   Target   Genes   in   Gene Expression Profile of Chronic Kidney Diseases

SP15 (Completed)

12 Maryam Latif(FA11­RBI­001)

Probing   Ligand   Interactions   with   different   –Glucosidaseα  Orthologs

SP13 (Completed)

13 Rashid Hussain(FA11­RBI­002)

Rationalizing   Ligand­Protein   Interactions   for   Cholinesterase Inhibitors Using Computational Methods

SP13 (Completed)

14 Ayesha Babar(FA11­RBI­003)

In Silico Identification of Src Tyrosine Kinase Inhibitors SP13 (Completed)

BS Students

15 Yusra Irshad Synopsis under preparation FA15(In Progress)

16 Hina Jahangir Synopsis under preparation FA15(In Progress)

17 Khushboo Akhlaq(SP11­BSB­014)

Improving   the   Binding   Affinity   of  ­Secretase   1   Inhibitors through Virtual Derivatization using Flexible Docking Approach

FA14 (Completed)

18 Sumaira Malik(SP11­BSB­031)Itrat Rubab(SP11­BSB­012)

In  Silico  Characterization  and  Analysis   of  miRNA  Involved   in Oral Cancer

FA14 (Completed)

19 Mahrukh Imtiaz(SP11­BSB­016)

Computational   Designing   of   Peptide   Inhibitors   Against   NS3 Protein of Dengue Virus

FA14 (Completed)

20 Kamilia Tasleem(SP11­BSB­013)

Virtual  Screening of  NS5 Protein  of  Dengue Virus:  A  Ligand­Based Pharmacophore Modeling Approach

FA14 (Completed)

21 Hira Batool (SP10­BSB­013)

GraphMD: A python Based Interface for the Graphical Analysis of Molecular Dynamics Simulations' Results of Proteins and their Complexes

FA13 (Completed)

22 Abeerah Nawaz (SP08­BSB­002)

The Effect  of  Different  DNA Gyrase Conformations  on Ligand Binding 

FA12 (Completed)

23 Adil Bhatti(FA08­BSB­004)

Identification   of   Spleen   Tyrosine   Kinase   Inhibitors   using Structure­Based   Drug   Design   Approaches   and   Preliminary Studies of Mutational Dynamics

SP12 (Completed)

24 Ammarah Anwar (FA08­BSB­046)Sana Vaqar (FA08­BSB­030)

Structural and Dynamical Comparison of Hyperthermophilic and Mesophilic   Tryptophan   Synthase:   Probing   through   Molecular Dynamics Simulations and Molecular Docking Studies

SP12 (Completed)

Co­Supervision of Research Students:

# Student's Name Dissertation Title Status

PhD Students

01 Sara KhanCIIT Abbottabad

Exploring   the   driving   forces   responsible   for   the   stability   of hyperthermophilic tryptophan synthase.

Under Progress5th Semester

02 Sadia NazCIIT Abbottabad

Identification of prospective inhibitors for tryptophan synthase to combat tuberculosis.

Under Progress5th Semester

MS Students

03 Shahr Bano Mirza(FA11­RBI­004)

3D Structure Optimization and Database Development for Pakistani Relevant Natural Products and their Derivatives

SP13 (Completed)

BS Students

Over 17 students have been co­supervised

Research Publications:Summary:Published Articles =    24Impact Factor = ~72Citations = ~300h­Index =    11

# Articles/Letters/Communications Journal Territory

ImpactFactor(5­yr 

mean, 2013)

25 Can  Yeast  a­Glucosidase  be  used  as  a  Target  Model   in  Computer­Aided  Drug Discovery Studies for Human Type 2 Diabetes?M. Qaiser Fatmi, Maryam Latif, Mohammad A. KamalPLoS One, (2015), Revision Submitted.

3.534

24 Synthesis of Novel Derivatives of Oxindole, their Urease Inhibition and Molecular Docking Studies Muhammad   Taha,   Nor   Hadiani   Ismail,   Ajmal   Khan,   Syed   Adnan   Ali   Shah, Ammarah Anwar, Sobia Ahsan Halim, M. Qaiser Fatmi,  Fazal Rahim Bioorg. Med. Chem. Lett. (2015), In Press

2.447

23 Computational   docking   study   of   p7   ion   channel   from   HCV   Genotype   3   and Genotype 4 and its interaction with natural compoundsShilu   Mathew,   Kaneez   Fatima,  M.   Qaiser   Fatmi,   Govindaraju   Archunan, Muhammad Ilyas, Nargis Begum, Ishtiaq QadriPLoS One, (2015), In Press.

3.534

22 Synthesis of Novel Inhibitors of  α­Glucosidase Based on Benzothiazole Skeleton Containing Benzoydrazide Moiety and their Molecular Docking Studies.Muhammad Taha, Nor Hadiani Ismail,  Salima Lalani,  M. Qaiser Fatmi,  Khalid Mohammed Khan, Salman Siddiqui, Momin Khan, Muhammad Iqbal ChoudharyEur. J. Med. Chem., 92, 387­400 (2015).

FRANCE 4.071

21 Computational  Study  of   Human  Tyrosine  Hydroxylase   Mutants   to  Uphold   [4­(Propan­2­yl) Phenyl]Carbamic Acid as a Potential Inhibitor.Muhammad Sulaman Nawaz,  Zahida  Parveen,  Liyong Wang,  Sajid  Rashid,  M. Qaiser Fatmi, Mohammad A. KamalCNS Neurol. Disord. ­ Drug Targets, 13, 1169­1174 (2014).

UAE 3.298

20 Theoretical   Calculations   on   Hydroxybutyl   4­aroyloxybenzoates:   Synthesis   and Mesomorphic Properties of their H­bonded Complexes with poly(4­vinylpyridine).Khushi Muhammad, M. Qaiser Fatmi, Shahid HameedMol. Cryst. Liq. Cryst., 593, 93–103, (2014). 

ENGLAND 0.493

19 Synthesis,   Molecular   docking   studies,   and  in   vitro  screening   of   barbiturates/ thiobarbiturates as antibacterial and cholinesterase inhibitors.Saira   Mumtaz,   Rashad   Hussain,   Abdul   Rauf,   H.   Bokhari,  M.   Qaiser   Fatmi, Michael Oelgemöller, A. M. QureshiMed. Chem. Res., 23, 2715­2726, (2014). 

UNITED STATES

1.612(2012)

18 Synthesis, biological evaluation and molecular docking of N'­(1­(phenylsulfonyl) piperidine­4­carbonyl)sulfonohydrazide derivatives.Hira   Khalid,   Aziz­ur­Rehman,   Muhammad   Athar   Abbasi,   Rashad   Hussain, Mohammad Khalid Khan, Muhammad Ashraf, Syeda Abida Ejaz, M. Qaiser FatmiTurk. J. Chem., 38, 189­201 , (2014).

TURKEY 1.167

17 In   silico  prediction   of   regulatory   elements   and   corresponding   protein­DNA interaction in plant promoters.Madiha Tanveer, Hina­ur­Razaq Qureshi, M. Qaiser Fatmi, Tayyaba YasminPak. J. Bot., 45, 309­319 (2013)

PAKISTAN 1.123

16 Fungal   Transformation   of   Cedryl   Acetate   and   ­Glucosidase   Inhibition   Assay,α  Quantum   Mechanical   Calculations   and   Molecular   Docking   Studies   of   its Metabolites.Sadia   Sultan,  M.   Iqbal   Choudhary,   Shamsun   Nahar   Khan,  Urooj   Fatima, Muhammad Atif, Rahat Azhar Ali, Atta­ur­Rahman, M. Qaiser FatmiEur. J. Med. Chem. 62, 764­770 (2013)

FRANCE 4.071

15 X­Ray and NMR crystallography in an enzyme active site: the indoline quinonoid intermediate in tryptophan synthase.Jinfeng Lai, Dimitri Niks, Yachong Wang, Tatiana Domratcheva, Thomas Barends, Ryan Olsen, Douglas Elliot, M. Qaiser Fatmi, Chia­en A. Chang, Ilme Schlichting, Michael F. Dunn and Leonard J. Mueller.J. Am. Chem. Soc., 133, 4­7 (2011)

UNITED STATES

11.051

14 Kinetics of reduction of thionine with ribose and structural properties of dye at different pH using DFT methods.Khalid Ahmed, Rafia Azmat, Fahim Uddin, M. Qaiser Fatmi.Chin. J. Chem., 29, 643­649 (2011)

CHINA 0.876

13 The role of oligomerization and cooperative regulation in protein function: The case of tryptophan synthase.M. Qaiser Fatmi, Chia­en A. Chang.PLoS Comput. Biol., 6, (2010),  DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000994

UNITED STATES

5.670

12 T­Analyst: A program for efficient analysis of protein conformational changes.Rizi Ai, M. Qaiser Fatmi, Chia­en A. Chang.J. Comput­Aided Mol. Des., 24, 819­827 (2010)

NETHER­LANDS

3.048

11 The   Stability   of   [Zn(NH3)4]2+  in   Water:   A   Quantum   Mechanical/Molecular Mechanical Molecular Dynamics Study.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernd M. Rode.Phys. Chem. Chem. Phys., 12, 9713­9718, (2010)

ENGLAND 4.023

10 Classical  and QM/MM MD Simulations of  Sodium(I)  and Potassium(I)   ions  in aqueous solution.S. Sikander Azam, Zaheer­ul­Haq, M. Qaiser Fatmi.J. Mol. Liq., 153, 95­100 (2010)

NETHER­LANDS

1.902

09 Synergistic Regulation and ligand­induced conformational changes of tryptophan synthase.M. Qaiser Fatmi, Rizi Ai, Chia­en A. Chang.Biochemistry, 48, 9921­9931 (2009)

UNITED STATES

3.104

08 Exploring   structure   and   dynamics   of   the   diaquotriamminezinc(II)   complex   by QM/MM MD simulation.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.J. Phys. Chem. B, 112, 5788­5794 (2008). 

UNITED STATES

3.527

07 Stability of different zinc(II)­diamine complexes in aqueous solution with respect to structure and dynamics: A QM/MM MD study.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.J. Phys. Chem. B, 111, 151­158 (2007).

UNITED STATES

3.527

06 Quantum mechanical charge field (QMCF) molecular dynamics simulation of the TiO2+ ion in aqueous solution.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.J. Comput. Chem., 28, 1704­1710 (2007).

UNITED STATES

4.720

05 Temperature   effects  on   the   structural   and  dynamical  properties  of   the  Zn(II)­water complex in aqueous solution: A QM/MM molecular dynamics study.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.

UNITED STATES

3.527

J. Phys. Chem. B, 110, 616­621 (2006).

04 Structure and dynamics of the [Zn(NH3)(H2O)5]2+  complex in aqueous solution obtained by an ab initio QM/MM molecular dynamics study.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.Phys. Chem. Chem. Phys., 8, 1675­1681 (2006).

ENGLAND 4.023

03 A QM/MM MD simulation study of hydrated Pd2+.S.  Adnan Ali  Shah,  Thomas S.  Hofer,  M.  Qaiser Fatmi,  Bernhard R.  Randolf, Bernd M. Rode.Chem. Phys. Lett., 426, 301­305 (2006)

NETHER­LANDS

2.088

02 The microbiological hydroxylation of levonorgestrel.Muhammad Iqbal  Choudhary,  Muhammad Atif,  Sarfaraz A.  Nawaz,  M.  Qaiser Fatmi, Atta­ur­Rahman.Nat. Prod. Res., 20, 1074­1081 (2006).

ENGLAND 1.166

01 An Extended ab initio QM/MM MD approach to structure and dynamics of Zn(II)  in aqueous solution.M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.J. Chem. Phys., 123, 54514­54521 (2005).

UNITED STATES

3.142

Research Posters:

• "The role of oligomerization and synergistic regulations in tryptophan synthase's function."M. Qaiser Fatmi and Chia­en A. Chang.São Paulo School of Advanced Science (ESPCA), Campinas, São Paulo, Brazil(April 1­6, 2012).

• "Discovering Drug Candidates for the alpha­subunit of Tryptophan Synthase: From Docking, Molecular Dynamics Simulations, to Experiments."M. Qaiser Fatmi,  Wai M. Thant,  Sunny Lee,  Demetri  Niks,  Michael F.  Dunn,  Chia­en A. Chang.239th ACS National Meeting & Exposition, San Francisco, California, USA(March 21­25, 2010).

• "Application  of   the  new  quantum mechanical   charge   field   (QMCF)  molecular  dynamics formalism to structure and dynamics of TiO2+ complex."M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.42nd Symposium on Theoretical Chemistry, Humboldt University, Erkner, Germany(Sep. 3­6, 2006).

• "QM/MM   MD   Simulation   Study   of   the   Pentaquozinc(II)­amine   Complex   in   Aqueous Solution"M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.10th International Symposium on Natural Product Chemistry (ISNPC­10), Karachi, Pakistan(Jan. 6­9, 2006).

• "An   extended   ab   initio   QM/MM   MD   simulation   of   Zn(II)   in   aqueous   solution   and temperature effects on the structure and dynamics of [Zn(H2O)6]2+ complex."M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.2nd Annual CMBI Meeting (Center for Molecular Biosciences Innsbruck), Vill, Austria (Sep. 30­ Oct. 7, 2005).

• "An   extended   ab   initio   QM/MM   MD   simulation   of   Zn(II)   in   aqueous   solution   and temperature effects on the structure and dynamics of [Zn(H2O)6]2+ complex."M. Qaiser Fatmi, Thomas S. Hofer, Bernhard R. Randolf, Bernd M. Rode.

41st Symposium on Theoretical Chemistry, University of Innsbruck, Innsbruck, Austria (Sep. 5­7, 2005).

• "Microbial Transformation of Deoxycholic Acid."M. Qaiser Fatmi, M. Iqbal Choudhary, Farzana Shaheen, Atta­ur­Rahman.H.E.J.­COMSTECH (CPC)­TWAS International Workshop on the development of medicines from plants, University of Karachi, Karachi, Pakistan(Sep. 8­13, 2003).

• "Stereo­ and Regio­selective Microbial Transformation of Norgestrel."M. Qaiser Fatmi, M. Iqbal Choudhary, Atta­ur­Rahman, Farzana Shaheen.3rd  International and 13th  National Chemistry Conference,  University of Karachi,  Pakistan (Dec. 28­31, 2002).

• "Fungal Transformation of 4­Androstene­3,17­dione."M.  Qaiser  Fatmi,  M.   Iqbal  Choudhary,  Sadia  Sultan,  Rahat  Azhar  Ali,  Atta­ur­Rahman, Farzana Shaheen.7th Eurasia Conference on Chemical Sciences, Karachi, Pakistan(March 9­12, 2002).

• "Microbial Oxidation of 4­Androstene­3,17­dione."M.  Qaiser  Fatmi,  M.   Iqbal  Choudhary,  Sadia  Sultan,  Rahat  Azhar  Ali,  Atta­ur­Rahman, Farzana Shaheen.2nd  International and 12th  National Chemistry Conference, University of Sindh, Jamshoro, Pakistan(Feb. 4­6, 2002).

• "Glycolysis and TCA Cycle."M. Qaiser Fatmi.Science Exhibition of Federal Government Urdu Science College, Karachi, Pakistan (1998). 

COMMUNITY SERVICES

Journal Reviewer:

• Journal of Pakistan Chemical Society• PLoS One• Bioinformatics• European Journal of Medicinal Chemistry

Member:

• Jury Member for National Awards of Young Scientists (NAYS) since 2011• Member National Testing Services (NTS) for Bioinformatics since 2013• Nominated Member for National Curriculum Revision Committee (NCRC) of Higher 

Education Commission Pakistan in 2014.

Workshop Organization:

• "Workshop on Molecular Modeling in Chemistry and Beyond"Department of Chemistry, Quaid­i­AzamUniversity, Islamabad, Pakistan,

(May 27­29, 2011).

• "Workshop on In Silico Tools in Medicinal Chemistry"Department of Chemistry, Quaid­i­AzamUniversity, Islamabad, Pakistan,(Dec. 22­25, 2011).

COMPUTER/SOFTWARE SKILLS

Operating Systems: Linux and Windows (installation and administration)Language Skills:  Perl and Python (beginner), shellSoftware: Discovery Studio, MOE,  Gaussian, Turbomol, NAMD, Amber,  

Hyperchem,  AutoDock,  Gold,  Vdock,  Catalyst,  LigandScout,  VMD, MOLVISION, Pymol, Chimera and other computational tools.

CERTIFICATE COURSES ATTENDED

• “Advanced Topics in Computational Biology – Agrochemicals and Drug Design”,Conducted by Prof. Dr. Goran Neshich at Embrapa, São Paulo School of Advanced Science (ESPCA), Campinas, São Paulo, Brazil(1st to 6th April 2012). 

• “Students'   Counseling   for   Teachers”   conducted  by   Faculty   Development   Academy,  CIIT Islamabad.(8th to 12th August 2011). 

• “An Introduction to Bioinorganic and Medicinal Chemistry of Metals”,Conducted by Dr. M. Maroof Tahir (USA) at the HEJ Research Institute of Chemistry (17th to 31st May 2003).

• “Biochemical Basis of Diabetes and Ageing”, Conducted by Dr. Nessar Ahmed (UK) at the HEJ Research Institute of Chemistry (15th to 24th April 2003).

• “Animal Cell Culture”, Conducted by Dr. Rafat Ali Siddiqui (USA) at the HEJ Research Institute of Chemistry(23rd December 2002 to 3rd January 2003).

• “Lecture Series on Scientific Integrity”, Conducted by Dr. Mohsin Raza (Pak.) at the HEJ Research Institute of Chemistry (2nd to 16th September 2002).

• “Bangladesh­Pakistan Binational Seminar on Natural Product Chemistry”,Organized by HEJ Research Institute of Chemistry (24th to 26th September 2002).

ORAL TALKS

• "Understanding Protein Function using Bioinformatics Tools: Tryptophan Synthase as a case study" (Invited Talk)M. Qaiser Fatmi

Symposium on Epigenetics and Computational Biology, University of Gujrat, Pakistan(May 15, 2015)

• "Understanding   Protein   Function   through   Ligand­Induced   Conformational   Changes, Oligomerization and Synergistic Regulation of Tryptophan Synthase " (Invited Talk)M. Qaiser Fatmi, Chia­en A. Chang.6th  One  day  workshop  on   impact   of  bioinformatics   in   life   sciences,  MAJU,   Islamabad, Pakistan(May 09, 2015) 

• "Protein 3D structure prediction" M. Qaiser FatmiDepartment of Chemistry, Quaid­i­Azam, University, Islamabad, Pakistan(Dec. 22­25, 2011).

• "Introduction to molecular mechanics and its applications"M. Qaiser FatmiDepartment of Chemistry, Quaid­i­Azam, University, Islamabad, Pakistan(May 27­29, 2011).

• "Homology modeling of alpha­glucosidase"M. Qaiser FatmiDepartment of Chemistry, Quaid­i­Azam University, Islamabad, Pakistan(May 27­29, 2011).

• "Driving forces behind allosteric and synergistic regulations in tryptophan synthase"M. Qaiser Fatmi, Rizi Ai, Chia­en A. Chang.239th ACS National Meeting & Exposition, San Francisco, California, USA (March 21­25,2010).

• "Synergistic regulation and ligand­induced conformational changes of tryptophan synthase."M. Qaiser Fatmi, Chia­en A. Chang.237th ACS National Meeting & Exposition, Salt Lake City, Utah, USA (March 22­26, 2009).

SCIENTIFIC MEMBERSHIP

• American Chemical Society (Active member 2008 ­ 2011)