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ED N°3 (2014). Diagnostic bactériologique des infections ORL (les streptocoques), Endocardites et hémocultures. Plan et Objectifs. 1 ère partie: infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques Composition de la flore oropharyngée Epidémiologie des infections ORL - PowerPoint PPT Presentation
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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Mise à jour le:
ED N°3(2014)
Diagnostic bactériologique des infections ORL (les streptocoques),
Endocardites et hémocultures
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
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Plan et Objectifs
• 1ère partie: infections Oto-rhino-laryngologiques (ORL) et streptocoques– Composition de la flore oropharyngée– Epidémiologie des infections ORL
• Otite moyenne aiguë• Angine
– Famille des Streptococacceae (Streptococcus, Enterococcus):
• Caractères microbiologiques• Classification• Pouvoir pathogène
• 2ème partie: Bactériémies et endocardites– Physiopathologie– Hémocultures : réalisation et interprétation– Epidémiologie des endocardites
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
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Mise à jour le:
1ère Partie
Flore oropharyngée, infections Oto-rhino-laryngologiques
(ORL) et streptocoques
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
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Flore oro-pharyngée
(et autres BG- du groupe HACCEK)
Espèces pathogènes occasionnelles (pneumocoque, méningocoque, Staphylococcus aureus, streptocoques β-hémolytiques) : portage sain transitoire
Actinomyces
(anaérobies)
CorynebacteriumStaphylococcus
Streptococcus
Fusobacterium
(anaérobies)
Haemophilus
Neisseria / Moraxella
Genres principaux
!
(Streptococcaceae)
(Micrococcaceae)
(Pasteurellaceae)
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Les streptocoques
Cocci Gram + en chainettes ou diplocoques
Ne pousse bien que sur sang,
StreptococcusStreptococcusFlores oropharyngée et digestiveFlores oropharyngée et digestive
Hémolyse α
Hémolyse β
Pneumocoque (S. pneumoniae): capsule, Optochine SPneumonie, Otite, Méningite...
Streptocoques αH. commensaux
Sérogroupage de Lancefield: A à V
(S. mitis, S. oralis,…)(S. mitis, S. oralis,…)
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Sérogroupes de Lancefield : structure des streptocoques
Polyoside C : Antigènes polysaccharidiques définissant les sérogroupes de Lancefield : de A à V
Membrane Plasmique
{Capsule}
Peptidoglycane épais: Gram +
Cytoplasme
Polyoside C (streptocoques)(Groupes de Lancefield)
PLP
Streptocoque du groupe A (SGA), du groupe B (SGB) etc…
Streptocoque β-hémolytique
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Laslo, 2 ans, amené chez le pédiatre pour fièvre et pleures
inconsolables…• Le pédiatre pratique un examen otoscopique
Tympan droit bombé, collection purulente rétro tympanique :
• (OMA) Otite Moyenne Aiguë purulente
tympantympantympan
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Epidémiologie bactérienne des Otites Moyennes Aiguës (OMA)
• Haemophilus influenzae : ~40%
• Streptococcus pneumoniae : ~30%= pneumocoque(pas de pénicillinase)
• Moraxella (Branhamella) catarrhalis :~7%(90% pénicillinase +)
Bacille Gram – (ou coccobacille)
Cocci Gram –
Cocci Gram +(diplocoque ou courtes chaînettes)
Infection virale Inflammation de l’oreille moyenne aspiration de germes de la flore oropharyngée Surinfection avec bactéries virulentes (~2/3 cas)
(10-30% pénicillinase +)
Plus rarement : Streptocoque du groupe A, Staphylococcus aureus…
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Laslo est traité par l’association amoxicilline +
acide clavulanique• Deux jours après la fin du traitement, il est toujours
fébrile• Laslo est envoyé chez un médecin ORL qui pratique
une paracentèse (incision du tympan après nettoyage du conduit auditif et prélèvement du pus, réalisée après échec de l’antibiothérapie probabiliste)
Décrivez la démarche d’analyse bactériologique de ce pus
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Analyse d’un pus ORL – J1
1-Ensemencement sur milieux riches
2-Frottis Coloration de Gram
Prélèvement
Gélose au sang hémolysé(« gélose chocolat »)+ vitamines
Gélose au sang
Examen direct au microscope
Anaérobiose
Atmosphère enrichie à 5% CO2
Incubation à 37°C
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Analyse d’un pus ORL – J2
Résultat des cultures
(coccobacille)
Culture sur gélose chocolat uniquement
Bacille Gram – (coccobacille)
Exigeant en hémine (X) et NAD (V)
Culture sur les 2 milieux Cocci
Gram +
Culture sur les 2 milieux
Hémolyse α
CocciGram +
Sensible à l’optochine
Haemophilus influenzae Antibiogramme : recherche d’une pénicillinase
Streptococcus pneumoniae Antibiogramme et mesure des CMI aux β-lactamines
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Pneumocoque : mesure de la Concentration minimale inhibitrice
(CMI) par méthode E-test
CMI Pénicilline G = 0,5 mg/l
C’est un pneumocoque de sensibilité diminuée aux pénicillines
Mutations sur la cible : Protéine Liant la Pénicilline (PLP)
(Pneumocoque sensible si CMI < 0,1 mg/l)
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Traitement des OMA
• H. influenzae, M. catarrhalispénicillinase : associer amoxicilline et acide clavulanique ou
donner une céphalosporine orale
• S. pneumoniae modification des PLP : augmenter les doses d’amoxicilline
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S. pneumoniae de sensibilité diminuée
à la pénicilline en France
0,5 0,7 14 5
7
12
1720
25
3236
43
4852 53
48
0
10
20
30
40
50
60
n = 44 470 souches
CNRP E. Varon, L. GutmannCNRP P. Geslin
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S. pneumoniae de sensibilité diminuée
à la pénicilline en Europe
S. pneumoniae de sensibilité diminuée à la pénicilline isolé d’OMA : 60% en France en 2000… Pourquoi ?
Autriche 7 %
Portugal 20 %
24 %12 %
Belgique 11 %
Pays-Bas 5,5 %
14 %
Rép. Tchèque 5 %
Pologne 14 %
11 %
7 %
Slovaquie 26 %
Hongrie 37 %
Norvège 9%Suède 3%
Grèce 16 %
7 %
60 %
60 %
Bulgarie 34 %
Roumanie 41 %
15%
Autriche 7 %
Portugal 20 %
24 %12 %
Belgique 11 %
Pays-Bas 5,5 %
14 %
Rép. Tchèque 5 %
Pologne 14 %
11 %
7 %
Slovaquie 26 %
Hongrie 37 %
Norvège 9%Suède 3%
Grèce 16 %
7 %
60 %
60 %
Bulgarie 34 %
Roumanie 41 %
15%
Felmingham, JAC, 2000
Baquero, AAC, 1999
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Consommation des ATB en Europe en doses quotidiennes / 1000 hab.
~ 50% pour des rhinopharyngites toujours virales…
Goossens, Lancet, 2005
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Laslo, 6 ans, amené chez le généraliste pour fièvre et
dysphagie.A l'examen de la gorge, il existe une angine
érythémato-pultacée.
Faut il donner un antibiotique ?
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Etiologie des angines
…Que faire pour Laslo ?
Examen au Gram : Association fuso-spirillaire
Angine érythémateuse (+ fréquente) / érythémato-pultacée
Angine ulcéreuse de Vincent
Enfant : 1/3 streptocoque SGA (SGC, SGG), 2/3 virusAdulte : 10% streptocoque, 90% virus
Ulcération très douloureuse : anaérobies et sprirochètes
Angines à fausses membranes
Autrefois : Diphtérie (vaccination contre Corynebacterium diphteriae)Maintenant : ++ Mononucléose infectieuse (virus Epstein-Barr = EBV)
Angines vésiculeuses
Virus : herpes ou entérovirus
Fusobacterium (anaérobie)Treponema (spirochète)
+++
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Test de diagnostic rapide (TDR) du streptocoque du groupe A (SGA)
Devant une angine érythémateuse ou érythémato-pultacée, il est recommandé de pratiquer un TDR chez tous les enfants à partir de 3 ans. Les scores cliniques n’ont aucune valeur chez l’enfant.
Sensibilité >90%Spécificité >95%
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Le TDR est positif
• Le médecin veut prescrire de l’amoxicilline (traitement de première intension recommandé) mais la maman signale que Laslo était devenu « tout rouge » la dernière fois qu’il en a reçu…
– Que va faire le médecin ?
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Le TDR est positif
• On peut craindre une allergie aux β-lactamines– Le médecin propose un macrolide– Le SGA est toujours sensible aux β-lactamines
(≠ du pneumocoque) mais il peut être résistant aux macrolides
Il envoie un deuxième écouvillon au laboratoire pour culture et antibiogramme
Que va faire le laboratoire sur cet écouvillon ?
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Examen bactériologique d’un écouvillon d’amygdale
Cocci Gram +
Culture sur gélose au sang à 37°C
• Angine érythémateuse
• Angine de Vincent
E.D. non contributif
Colonie β-hémolytique
Sérogroupage de Lancefield
A
C
E.D. du frottis (Gram)Association fusospirillaire
Pas de culture
agglutinats
Antibiogramme
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Famille des Streptococcaceae
Hémolyse α Hémolyse β
Sérogroupage de Lancefield: A-V
Ne pousse bien que sur sang,
Péni S, Céphalo S
Pousse sur milieu hyper-salé,
Péni S, Céphalo R
Cocci Gram + en chainettes ou diplocoques
Pneumocoque (S. pneumoniae): capsule, Optochine SPneumonie, Otite, Méningite...
Streptocoques αH. commensaux
Sérogroupage de Lancefield : D
- S. G. A (S. pyogenes): Angine, scarlatine, inf. cutanées, fièvre puerpérale, GNA, RAA
- S. G. B (S. agalactiae): inf. néonatales, IU
- S. G. C & G (S. dysgalactiae): Angine
- S. G. D (S. bovis) non-H.: endocardite
Streptococcus EnterocococcusFlores oropharyngée et digestive Flore digestive
IU (inf. urinaire)
(S. mitis, S. oralis,…)
, endocardite…
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Laslo part jardiner avec sa cousine Rose et son grand-père Gaston…
• Sa grand-mère oublie le traitement.• Deux jours plus tard, Rose présente une éruption
cutanée généralisée et Gaston un placard inflammatoire du bras gauche, là où il s’était blessé avec un rosier. Il est emmené par le SAMU aux urgences car son état général se dégrade rapidement.
• Quelles pathologies présentent Rose et Gaston?• Quelles en sont les causes?
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Facteurs de virulence du streptocoque β-hémolytique du groupe A (Streptococcus pyogenes)
Invasion et nécrose destissus mous, bactériémie
Dermo-hypodermite +/- nécrose
Derme
Hypoderme
Aponévrose
Muscle
Épiderme
« Bactérie mangeuse de chair »
scarlatine
Exotoxines : provoquent parfois l’éruption cutanée de la scarlatine (pathologie bénigne / angine streptococcique) et/ou un choc toxinique (inf. sévère)
Groupes de Lancefield
Pouvoir pathogène du SGA (S. pyogenes) dû à :.
•Ag externes
Capsule Protéine M
•Substances élaborées:
Enzymes: Hyaluronidase (détruit le tissu conjonctif) Streptokinase (dégrade la fibrine) Streptodornase (DNase)Toxines: Streptolysine O hémolysine (ß-Hémolyse)
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Trois semaines plus tard,
Rose consulte en néphrologie pour une hématurie et Laslo se plaint de douleurs articulaires des genoux et des coudes.
• Quelles pathologies présentent Rose et Laslo?• Quelles en sont les causes ?• Que risque Laslo ?
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Maladies post-streptococciques
Diagnostic sérologique:
ASK antistreptokinaseASD antistreptodornaseASLO antistreptolysine O
Groupes de Lancefield
Pouvoir pathog ène du S. G. A ( S. pyogenes ) due à :.
Ag externes
Protéine M
Substances élaborèes:
• Enzymes :Hyaluronidase (détruit le tissu conjonctif)Streptokinase (dégrade la fibrine)Streptodornase (DNase)
•Toxines:
Streptolysine O hémolysine (ß-H / gélose au sang).
Le traitement antibiotique des angines à SGA a pour but principal la prévention du RAA.(pas de risque de RAA avec les autres streptocoques)
Réactions immunologiques croisées (Ac auto-immuns)~1-3 semaines après l’infection à SGARhumatisme Articulaire Aiguë (RAA) Risque de lésion de l’endocarde (valves cardiaques)Glomérulonéphrite Aiguë (GNA)
RAA : 1ère cause de valvulopathie cardiaque dans les pays en voie de développement, quasi disparu en France métropolitaine.
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2ème partie
Bactériémies et endocardites
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Bactériémie et sepsis
1.La bactériémie = passage de bactéries dans le sang
Passage transitoire dans la circulation sanguine de bactéries viables.A l’état normal, il n’y a pas de bactéries dans le sang circulant : il est stérileMais, on observe des bactériémies physiologiques (sans conséquences cliniques)Exemple : période post-prandiale, lors du brossage des dents.
2.Les états septiques = réaction de l’organisme à l’infection
Sepsis : Signes généraux inflammatoires (fièvre +/- frissons) liés à un foyer infectieux pouvant entrainer une bactériémieRisque de métastases septiques (foyers infectieux secondaires).
Sepsis sévère : Sepsis + défaillance organe et/ou hypotension. Choc septique : Hypotension sévère résistante au traitement.
Rôle des exotoxines et/ou de l’endotoxine des bacilles Gram - (Lipide A du LPS).
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Origine des infections bactériémiques
● A partir d’un foyer infectieux : Recherche de la porte d’entrée (bactérie concernée) +++ :
Urinaire : pyélonéphrite, prostatite à E. coli Cutanée : Staphylococcus aureus, SGA Pulmonaire : pneumocoque Digestive : entérocoques, entérobactéries Matériel infecté : Cathéter, sonde, prothèse…
● Origine lymphatique (translocation digestive) : Salmonella (fièvre typhoïde), Brucella (fièvre de Malte), Listeria….
● Origine circulatoire : endocardite.
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Gaston, 70 ans, est hospitalisé en réanimation
• Il présente un sepsis (fièvre et frissons) avec choc (hypotension et perte de connaissance)
• Il existe une infection purulente et nécrosante des tissus mous au niveau de sa blessure
• Un prélèvement de pus est réalisé ainsi que 6 flacons d’hémoculture
Décrivez la réalisation des hémocultures
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Hémoculture - prélèvement
Trois séries de 2 flacons d’hémoculture (aérobie et anaérobie) remplis de bouillon de culture ensemencés directement par l’infirmière avec 10-20 ml de sang (enfant 2 ml )
Problème : Risque de contamination+++ lors du prélèvement par la flore cutanée : staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries…
•1 flacon avec O2 pour les germes aérobies et •1 flacon sans O2 pour les germes anaérobies(! flacons spéciaux pour mycobactéries)
++ Après désinfection du pli du coude et du bouchon du flacon
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Hémoculture - analyse
L’examen direct du sang juste après le prélèvement est inutile car la plupart des bactériémies ont < 10 bactéries/ml de sang
Culture :Flacons mis en incubation à 37°C dans un automate qui détecte une multiplication bactérienne par CO2 dans le flacon
Si flacon détecté positif :Examen au GRAM du bouillon, appel téléphonique, identification et antibiogramme
1-6 jours1-6 joursAutomateAutomate
GRAM
Isolementsur gélose
Flacon détecté positif
Flacon détecté positif
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Le lendemain
• Un flacon aérobie est détecté positif, la culture révèle un streptocoque du groupe A (Streptococcus pyogenes)
• Un flacon anaérobie est détecté positif, la culture révèle un staphylocoque à coagulase négative (Staphylococcus epidermidis)
• Comment interpréter ces deux résultats?
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Interprétation d’une hémoculture positive
1-Bactérie pathogène : contamination du flacon d’hémoculture peu probable Rechercher le foyer infectieux Geste chirurgical ? ATB et/ou Posologie adaptés?
• Origine alimentaire infection associée possible– Brucella– Salmonella
• Origine oropharyngée ou cutanée– Méningocoque méningite, purpura fulminans– Pneumocoque– Haemophilus influenzae– Pasteurella abcès cutané (morsure)– Staphylococcus aureus– SGA
• Origine : flore digestive– Entérobactéries– Entérocoques– Listeria monocytogenes méningite selon âge/statut immunitaire– SGB méningite néonatale, infection ostéo-articulaire
atteinte ostéo-articulaire
méningite, pneumonie, infection ORL
infection cutanée, ostéo-articulaire, pleuropulmonaire
Infection urinaire, infection des voies biliaires, péritonite
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Interprétation d’une hémoculture positive
2-Bactérie peu pathogène : contamination possible
• Flore cutanée : – Staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries, Propionibacterium
• Flore oro-pharyngée :– Streptocoques α-hémolytiques
• Environnement :– Bacillus
Interpréter selon le terrain, le nombre d’hémocultures positives, si doute : répéter les hémocultures ++
Patient immunocompétent, sans facteur de risque : contamination probable
Grand immunodéprimé, porteur de cathéter/sonde, grand brulé… : Vigilance ! Répéter les hémocultures Prélever les foyers potentiels (sang au cathéter, urine sur sonde, flore cutanée/digestive…)
Lésion pré-existante de l’endocarde ( Echographie cardiaque): Possible greffe de bactéries des flores oropharyngée et cutanée endocardite Répéter les hémocultures +++
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Laslo, 30 ans, suivi pour une insuffisance mitrale liée à un RAA,
• Il est hospitalisé pour une fièvre avec majoration d’un essoufflement.
• L’échographie cardiaque montre une végétation sur une valve mitrale
Que doit-on redouter? Quels examens microbiologiques doit-on
réaliser ? Que doit-on dire au laboratoire?
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Endocardite bactérienne
● Infections bactériennes de l’endocarde (valves +++)
● Survenue : Généralement sur des lésions valvulaires
préexistantes : valvulopathies du cœur gauche (RAA, athérome…)
Sur prothèse valvulaire (15%)précoce (inoculation per-opératoire) ou tardive
Sur cœur apparemment sain (30 à 40 % des cas)mode de révélation d’une valvulopathie infra-clinique
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Endocardite : Physiopathologie
Soins dentaires :Flore oropharyngée
Derme
Hypoderme
Aponévrose
Muscle
ÉpidermeBlessure, piqûre :Flore cutanée
Bactériémie transitoire
Colonisation du dépôt fibrinoplaquettaire végétations infectées
Lésion valvulaire avec dépôt fibrinoplaquettaire
Tumeur, lésion entérique :Flore digestive
Foyer infectieux
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Epidémiologie bactérienne des endocardites
• Staphylocoques (~50%)– Staphylococcus aureus 30-40 %– Staphylocoque à coagulase nég. 10-15 %
• HACCEK 1-5 % Haemophilus, Actinobacillus, Cardiobacterium, Capnocytophaga, Eikenella,
Kingella = Bacilles Gram négatif de culture lente et difficile
• Streptocoques (~30%)– Streptocoques α-hémolytiques 15-20 %– Streptocoques β-hémolytiques 5 %– Streptococcus bovis/gallolyticus 10-15 % (S.G.D)
• Entérocoques (~10%)• Autres (entérobactéries, levures, et germes non cultivables)
Derme
Hypoderme
Aponévrose
Muscle
Épiderme
Flore cutanée
Flore oropharyngée
Flore digestive
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Diagnostic microbiologique d’une endocardite
• Hémocultures +++ (à répéter si première série négative)– La bactérie doit être retrouvée dans plusieurs
hémocultures pour éliminer une contamination– Il faut signaler au laboratoire la suspicion
d’endocardite allongement de la durée d’incubation (germes à croissance lente : groupe HACCEK, Brucella, streptocoques déficients, levures)
• Serodiagnostic des germes non cultivables (Chlamydia, Coxiella burnetii, Bartonella, Mycoplasma) si hémocultures négatives
• Culture et PCR sur valve cardiaque si résection
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A Retenir - Streptocoques
• Classification des streptocoques :– Selon l’hémolyse– Sérogroupes de Lancefield (polyoside C)– Pouvoir pathogène selon le sérogroupe
• Pneumocoque : – Caractères (capsule, sensibilité à l’optochine)– Pouvoir pathogène (ORL, pulmonaire, méningite)– Mécanisme de résistance aux β-lactamines (PLP)
• Entérocoques :– Flore digestive, résistance aux céphalosporines,
pouvoir pathogène (urines, voies biliaires, endocardite)
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A Retenir – Infections ORL
• Principaux composants de la flore oropharyngée – Streptocoques α-hémolytiques– Neisseria (commensales)– Autres (staphylocoques, HACCEK, anaérobies)
• Epidémiologie des otites moyennes aiguës (OMA) et mécanismes de résistances des principaux germes : – Pneumocoque– Haemophilus influenzae
• Epidémiologie des angines érythémateuses– Streptocoques β-hémolytiques (SGA++, SGC, SGG)– Virus
• Prise en charge d’une angine érythémateuse (TDR du SGA et/ou culture)
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A Retenir – Bactériémies
• Réalisation d’une hémoculture– Prélèvement– Prise en charge au laboratoire
• Interprétation d’une hémoculture– Selon le germe isolé– Selon le terrain– Recherche du foyer infectieux
• Endocardite– Diagnostic microbiologique– Epidémiologie des germes