1

Effetto ipercromico della denaturazione del DNA

2

% C+G

Tm

5’ - CTAG - 3’3’ - GATC - 5’

5’ - CTAG - 3’

3’ - GATC - 5’

5’ - CTAGTGGAATTGCGTGTCGATG - 3’3’ - GATCACCTTAACGCACAGCTAC - 5’

5’ - CTAGTGGAATTGCGTGTCG

ATG - 3’

3’ - GATCACCTTAACGCACAGCTAC - 5’

Very low stability

Higher stability

3

4

5

6

Doublet Sequence ∆G (kcal/mole)

A-U doublets 5’ - AA UU – 5’ -0.9

AUUA -0.9UAAU -1.1

Mixed doubletsCAGU -1.8CUGA -1.7GACU -2.3GUCA -2.1

G-C doubletsCGGC -2.0GCCG -3.4GGCC -2.9

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Si possono formare interazioni sullo stesso piano anche tra tre oquattro basi

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Model of a tRNA structure

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The Hammerhead ribozyme

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Complex structure ofthe 16S ribosomal RNA

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Il supercoiling (superavvolgimento) viene espresso come“linking number” (numero di legame)

per una molecola chiusa circolare, è il numero di rivoluzioniche un filamento compie attorno all’altro

Il “linking number” ha due componenti: twist (T) e writhe(W)

L = T + W

twist = il numero totale di giri della doppia elica; per unamolecola rilassata, è eguale al numero totale di bp divisoper il numero di bp per giro, che nel DNA B è di 10,5.

Writhe = numero di avvolgimenti nello spazio fatti dall’assedel duplex; per molecole completamente rilassate, W = 0.

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Esempio: molecola di DNA circolare di 2.100 bp2.100 / 10,5 = 200 (Linking number se rilassata)

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