ELEKTROFORESIS

Untuk memverifikasi apakah PCR kita berhasil menggandakan gen maka digunakanlah teknologi elektroforesis gel.  

Elektroforesis gel merupakan suatu teknik analisis penting dan sangat sering dipakai dalam bidang biokimia dan biologi molekular.

Secara prinsip, teknik ini mirip dengan kromatografi: memisahkan campuran bahan-bahan berdasarkan perbedaan sifatnya.

Dalam elektroforesis gel, pemisahan dilakukan terhadap campuran bahan dengan muatan listrik yang berbeda-beda.

Suatu alat yang digunakan untuk mendeteksi molekul DNA dari hasil isolasi DNA

Prinsip dasar adalah perpindahan partikel bermuatan karena pengaruh medan listrik

Karena kecepatan perpindahan (pergerakan atau mobilitas) partikel berbeda maka akan terjadi pemisahan

Peralatan elektroforesis gel poliakrilamida (SDS-PAGE)

ION ASAM OR/ANOR

PROTEIN ASAM NUKLEAT

Elekt. Gel poliakrilamida untuk memisahkan DNA ukuran kecil (sekitar 6 -2000 psg basa)

Elekt. Gel agarosa untuk memisahkan DNA ukuran besar (sekitar0.1 – 20 kb)

Kemampuan pemisahan DNA pada elektroforesis juga ditentukan oleh Konsentrasi dari masing-masing gel

Elektroforesis Konsentrasi gel (% w/v)

Ukuran DNA yg dpt dipisah (kb)

Poliakrilamida 3.55.08.0

12.015.020.0

1.20.08 - 0.50.06 - 0.40.04 – 0.20.025 – 0.150.006 – 0.1

Agarosa 0.10.30.60.70.91.21.52.0

< 7505 – 601 – 200.8 – 100.5 – 70.4 – 60.2 – 30.1 – 2

Pemisahan DNA dg elektroforesis

ELEKTROFORESIS STANDAR

DNA migrasi menuju anoda hanya sedikit pemisahan

ELEKTROFORESIS GEL

FUNGSI BUFFER DALAM ELEKTROFORESIS-Mempertahankan pH didalam reservoir dan dalam gel- sebagai elektrolit pembawa aliran listrik

Pengamatan hasil elektroforesis harus dibawah sinar UV dgn bantuan EtBr yg dapat berfluoresensi bila disinari UVEtBr membentuk khelat dgn molekul DNA sehingga jml molekul EtBr sebanding dgn ukuran rantai DNA yg dpt diamati

Sebagai contoh hasil dari analisa pada gel elektroforesis

Dari gambar terlihat bahwa si peneliti makai dua buah primer pada positive control.

 Peneliti juga menyiapkan ladder (di ujung kanan) sebagai rujukan.

Dari tiga buah sampel, Tissue 1 tidak memiliki gen yang dicari karena terlihat tidak memiliki garis hitam pada hasil elektroforesis.

HASIL ELEKTROFORESIS DIBAWAH SINAR UV

Data elektroforesis bakteriosin dari Lb. plantarum