Erratum suite à mon retard

Les diapositives sont celles présentées en cours. Les numéros ne se suivent pas forcément puisque j’ai du en passer quelques unes sous silence faute de temps.

Encore désolé pour ce contretemps!!! Seules les diapos vues en cours peuvent

donner lieu à des questions au concours

Bon courage et à lundi 8h00!!!

Enzymes

1. Généralités

2. Classification

3. Cinétique enzymatique

4. Effecteurs de l’activité enzymatique

5. Isoenzymes

6. Le site actif

7. Régulation de l'activité enzymatique

8. Utilisation des enzymes en Biologie49

5. Les isoenzymes

Protéines différentes qui catalysent la même réaction biochimique Gènes différents (ex malate déshydrogénase) Composition en sous-unités différentes (ex

lactate déshydrogénase) Différences fonctionnelles

Affinité Propriétés immunologiques…

Comportement électrophorétique50

M4

M3H

M2H2

MH3

H4

Cœur, rein

Foie, muscle

Globules blancs, cerveau

Cerveau, globules rouges

Lacticodeshydrogénase (LDH)CH3-CHOH-COOH + NAD+ ↔ CH3-CO-COOH + NADH + H+

a. lactique a. pyruvique 51

Enzymes

1. Généralités

2. Classification

3. Cinétique enzymatique

4. Effecteurs de l’activité enzymatique

5. Isoenzymes

6. Le site actif

7. Régulation de l'activité enzymatique

8. Utilisation des enzymes en Biologie52

6. LE SITE ACTIF

6.1. Topologie du site actif C'est un entité tridimensionnelle Il correspond habituellement à une fissure ou une

crevasse Il occupe une part réduite du volume de l'enzyme Dans l'interaction avec le substrat, il y a mise en œuvre

d’interactions faibles non covalentes : Groupes de contact Groupes auxiliaires Groupes indifférents

La liaison du substrat est stéréospécifique

53

Deux éléments site de liaison :reconnaissance et maintien du substratpar des interactionsFaibles site catalytique :

intervention d’acides aminés ayant des potentialités réactives His, Ser, Asp, Glu, Tyr, Lys, Cys

Bouclecatalytique

Liaison dusubstrat

6.1 topologie du site actif

54

6.1 topologie du site actif

Site catalytiqu

e

Site de liaison

Enzyme Substrat

55

6.2. Ajustement induit

ATP ADP

Glucose Glucose 6 phosphate

Exemple : l’hexokinase

FERMEOUVERT

Domaine 1

Domaine 2

Glucose

57

6.3. Interactions enzyme - substrat

Pas de liaison covalente (hors réaction ES ->P) Interactions ioniques

Asp, Glu, Arg, Lys Interactions hydrogène

Ser, Thr, Asp, Glu, Asn, Gln, Arg, His, Lys, Tyr, Trp Transfert de charge

Phe, Tyr, Trp

E + S k -1

k1ES

58

Ser 82

Arg 83

Glu 92

Thr 127

Ser 128

6 interactionshydrogène

1 interactionionique

EXEMPLE : LIAISON DE L’AMPc

59

7. REGULATION

pourquoi ? Économie - Adaptation notion de :

voie métabolique : linéaire ou cycle

étape limitante : vitesse la plus faible quantité enzyme et état conformationnel

64

7. REGULATION

7.1. Contrôle génétique de la synthèse des enzymes

InductionRépression

7.2. Modification structurale de l’enzyme

E1

E2

E Ei a

65

7.2. Régulation par modification structurale de l’enzyme

7.2.1. Systèmes réversibles Phosphorylation (Ser, Thr, Tyr)

PPi

Enz—Tyr—OH Enz—Tyr—O—AMP

ATP

R—CH3 R

Enz—Glu—COOH Enz—Glu—CO—O—CH 3

NAD Nicotinamide

Enz—Arg—ribosyl—ADPEnz—Arg

Adénylation (Tyr)

Méthylation (Glu)

ADN ribosylation (Arg, Asn, Lys, Cys)

ADP

Enz—Ser—OH

ATP

Enz—Ser—O—PO3H2Kinase / phosphatase

adénylase / désadénylase

carboxyméthyltransférase

monoADPribosyltransférase 66

7.2. Régulation par modification structurale de l’enzyme

7.2.2. Systèmes

irréversiblesProtéolyse d’un

précurseur (zymogène)

Etat inactif

Site de coupure

Coupure

protéolyt.

Catalyse 67

7.3. Régulation au niveau du site catalytique

7.3.1. En fonction de KM et de [S]

7.3.2. Inhibiteurs et activateurs Inhibition par le produit de la réaction Limitation de la vitesse par [S] et [coenzyme] Limitation de vitesse si plusieurs enzymes

différentes

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7.4. Régulation

7.4.1. Inhibition par le produit final

7.4.2. Activation par le précurseur

7.4.3. Activation ou inhibition par des métabolites

A B C D PE1 E2 E3 E4 E5

E

A B C D PE1 E2 E3 E4 E5

E

+

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Propriétés des enzymes

les enzymes sont des protéines les enzymes sont des catalyseurs les enzymes sont spécifiques les enzymes sont thermosensibles les enzymes sont pH dépendantes les réactions catalysées sont réversibles l'activité enzymatique est régulée

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