Cytoscape

University of California, San Diego生命工学部　統合ネットワーク生物学研究室

大野　圭一朗

C

Cytoscape複雑ネットワーク解析のためのプラットフォーム

自己紹介

本講演の概要

•Cytoscapeとは？•基本的な機能•プラグインによる拡張•今後のロードマップ•デモ

Cytoscapeとは？✓ ネットワーク可視化と解析のためのプラットフォーム

✓ オープンソースプロジェクト (LGPL)

プロジェクトの組織 Institute for Systems Biology

University of California, San Diego

Memorial Sloan-Kettering Cancer Center

Institut Pasteur

Agilent Technologies

University of California, San Francisco

NIH

NSF

ユニリーバ (UK)

現在の最新バージョン

Cytoscape 2.5

基本的な構造

Cytoscape Core

Core Plugins

3rd-Party Plugins

NetworkAttributes

何が出来るのか？

•各種ネットワークファイルの読み込み• VizMapperによる柔軟な可視化•プラグインによる自由な拡張•出版物に使える品質での画像出力

各種データの読み込み•SIF (Simple Interaction Format)• GML• XGMML• BioPAX• SBML• PSI-MI• Excelスプレッドシート•テキスト形式（タブ区切り等）

VizMapper

•属性を色や形へマッピング•連続値・非連続値に対応• Visual Styleとしてマッピングを管理

Visual Styleとは•複数のマッピングとデフォルトの外観をひとまとめにしたもの

•例：•頂点の色を種によって決定•辺の色を相互作用決定に用いた手法にマッピング•度数で頂点の大きさを決定

Visual Style適用前

Visual Style適用後

プラグインによる拡張

•解析等の機能をプラグインにより追加可能

•簡単なJavaによるプログラミングによりCytoscapeのすべての機能にアクセス可能

Agilent Literature Search

•文献データベースをマイニング•そこから得られた情報をもとにネットワークを構築

MCODE

Bubble Router

今後のロードマップ

Version 2.6　(1)

•全般的なテーマ：•システム生物学研究における、一般的なワークフローをスムーズに実行できる環境の整備

•１２月リリース予定

Version 2.6　(2)

•よくあるワークフローの一例i. ネットワークデータのロードii. アノテーションのロードiii.解析プログラムの実行iv.可視化v. 論文用の画像出力

Version 2.6　(３)•世界中に分散したデータベースからいかに効率よくデータを入手し、統合するか？

•バラバラに管理されたIDの統一•例：• UniProt Unified Acc. #からNCBI Entrez Gene ID

•既知のパスウェイへのマッピング

Version 2.6　(4)•各種Web Serviceクライアントの統合• Biomart　（IDマッピング等）• NCBI Entrez　（ネットワークデータとアノテーションのインポート）

•UniProt　（UniProtKB全てのアノテーションへのアクセス）

•WSDLなどから生成されたクライアントコードは、簡単なラッピングを施すことによりCytoscapeで管理可能

Version 3.0

Version 3.0

•テーマ：高度なモジュール化と全般的構造のクリーンアップ

•２００８年末リリース予定

Version 3.0

•モジュール化•OSGiモデルの採用• Eclipseなどが採用している•ライブラリの管理が厳密に•全体的な構造の見直し•公開APIのクリーンアップ

Version 3.0

•スクリプト言語の本格的サポート• BSF (Bean Scripting Framework)、もしくはJava 6のスクリプティング機能を利用

• Ruby, JavaScript, Python等の実行環境をJVM上に、動的にロード

•プレビューとして、2.6用のRubyプラグインを年末までに公開

Cytoscapeに関する情報

•公式サイト（英語）http://www.cytoscape.org/

•日本語サイトhttp://cytoscape.seesaa.net/

•日本語ドキュメント整備プロジェクトhttp://cydoc.sourceforge.jp/

デモCytoscapeの基本的な機能紹介