GC/MS Translator for the MS WorkStation Quick Start...和美国政府机构所受限制以 FAR 52.227-19(c)(1-2)（1987 年 6 月）中定义的“限制性权利”为准。美国政府用户

Agilent Technologies

GC/MS Translator

快速入门

GCMS Quick Start.book Page 1 Friday, January 24, 2014 4:58 PM

声明© Agilent Technologies, Inc. 2014

按照美国和国际版权法的规定，未经Agilent Technologies, Inc. 事先同意和书面许可，不得以任何形式或采取任何手段（包括电子存储和检索或翻译成其他语言）复制本手册中的任何内容。

手册部件

号G3335-97089

版本

第二版， 2014 年 2 月第一版， 2010 年 8 月

美国印刷

Agilent Technologies, Inc. 5301 Stevens Creek Boulevard Santa Clara, CA 95051

担保

本文档中的材料以 “原样”提供，在以后的版本中的内容如有更改，恕不另行通知。此外，在适用的法律所允许的最大范围内，Agilent 对与此手册相关的内容及其中所含的信息不作任何明示或默示的保证，包括但不限于为特定目的的适销性和适用性所作的默示保证。 Agilent不对因提供、使用或执行本文档或其中所包含的信息而造成的任何错误或任何意外或附带的损失承担责任。如果 Agilent 与用户签订了单独的书面协议，而其中涉及本手册内容的担保条款与这些条款存在冲突，则以协议中的担保条款为准。

技术许可

本文档中所述的硬件和／或软件是依据许可提供的，且只能根据此类许可的条款进行使用或复制。

受限权利说明

如果软件在美国政府的项目原始合同和转包合同中使用，则所交付并许可使用的软件是 DFAR 252.227-7014（1995 年6 月）中定义的“商用计算机软件”，或 FAR 2.101(a) 中定义的“商用品” ，或 FAR 52.227-19（1987 年 6 月）或任何同等机构法规或合同条款中定义的“限制性计算机软件”。使用、复制或公布本软件受 Agilent Technologies 标准商用许可条款的限制，非国防部 (DOD) 机构和美国政府机构所受限制以 FAR 52.227-19(c)(1-2)（1987 年 6 月）中定义的“限制性权利”为准。美国政府用户所受限制以 FAR 52.227-14（1987 年 6 月）或 DFAR 252.227-7015 (b)(2) （1995 年 11 月）中定义的“限制性权利”为准，该条款适用于任何技术数据。

安全声明

小心提示表示危险。它表示在执行某个操作过程或操作方法时必须加以注意；如果操作不当或没有遵守相应的规程，则可能会导致产品损坏或重要数据丢失。不要忽视小心提示，直到完全理解和符合所指出的条件。

警告事项表示存在危险。它表示在执行某个操作过程或操作方法时必须加以注意；如果操作不当或没有遵守相应的规程，则可能会导致人身伤亡。只有完全理解并符合指定的条件时，才可以忽略警告事项的要求继续进行操作。


适用于 MS WorkStation 的 GC/MS Translator 3

关于本手册 ...本指南将指导您完成使用 GC/MS WorkStation 收集样品数据、将这些数据转换为 MassHunter 格式以及在 MassHunter 定量分析中进行分析的过程，其中还包含将 ChemStation 数据分析方法转换为 MassHunter 格式的过程。

GC/MS ChemStation 和 MassHunter 定量分析之间的其中一个主要区别是它们完成数据分析的方式不同。

• 在 GC/MS ChemStation 中，会对每个样品数据文件分别进行分析。

• 而在 MassHunter 中，相关数据文件将保存在称为“批处理文件夹”的单个文件夹中，并使用一个数据分析方法对该批处理中的每个文件一起进行分析。

这样做，您可以尽可能灵活地对已分析文件的色谱图进行并排比较。

在本指南中，您将了解如何完成以下操作：

• 将 GC/MS ChemStation 数据分析方法转换为 MassHunter 数据分析方法。

• 定义 ChemStation 方法中的后运行宏，该宏会将样品数据文件自动转换为 MassHunter 格式。

• 通过转换为 MassHunter，准备 GC/MS ChemStation 样品序列表和方法。

• 利用已转换的 GC/MS ChemStation 样品数据文件和方法在 MassHunter 中创建批处理。

• 在 MassHunter 中分析数据。


4 适用于 MS WorkStation 的 GC/MS Translator



目录

1 将 GC/MS ChemStation 定量方法转换为 MassHunter 方法

转换方法 8

在 MassHunter 中验证已转换的 MS WorkStation 方法 11

2 转换数据文件

手动 16

过程 16

自动 19

标识 ChemStation 方法中的后运行宏 19

准备样品序列表 20

检查生成的数据文件 21

3 使用 GC/MS ChemStation 生成的文件在 MassHunter 中创建批处理

创建批处理 24

4 安装 GC/MS ChemStation File Translation 软件

安装 30




7

适用于 MS WorkStation 的 GC/MS Translator快速入门


1将 GC/MS ChemStation 定量方法

转换为 MassHunter 方法

通过使用 MSD ChemStation File Translation 软件，可自动转换 GC/MS ChemStation 创建的方法，以便在 MassHunter 定量数据分析中使用。

可经常导入在 GC/MS ChemStation 中成功运行的定量方法，并在 MassHunter 定量分析中验证这些定量方法，不会出现任何错误。如果验证时发现问题，则会自动标识这些问题，并使用 MassHunter 定量分析软件验证这些问题是否可以改正。

在 MassHunter 验证时经常发现并且需要解决的一些问题包括：

• 定性比率设置为零

• 所有化合物的校正级别标签不尽相同

例如，在以下情况下，就会发生这种情况：如果方法中有四个化合物，并且

• 化合物 A、 B 和 C 都分别有校正级别 100、 150 和 200，

• 但化合物 D 的校正级别为 100、 150 和 175。

• 方法表中的某个化合物缺少校正级别

例如，在以下情况下，就会发生这种情况：如果方法中有四个化合物，并且

• 化合物 A、 B 和 C 都分别有校正级别 100、 150 和 200，

• 但化合物 D 仅有校正级别 100 和 150。

如果您的方法要求进行更改，如上面所列的情况，则可以在转换方法之前，在MassHunter 定量分析软件或 GC/MS ChemStation 中进行这些更改，具体在哪里更改取决于您的喜好。

进行验证后，即可运行此 MassHunter 定量方法，不需要进行任何进一步的修改。但是，就像最初在 MassHunter 中创建的任何方法一样，可以对新导入的方法进一步进行自定义，以充分利用 MassHunter 定量分析中可用的扩展功能。




转换方法

此过程要求可从安装了 MSD ChemStation File Translation 软件的 PC 中访问 GC/MS ChemStation 定量方法。

1 打开 GCMS Translator 桌面图标或 Windows 开始菜单后，单击 MSD ChemStation 转换定量数据库。

2 将显示 “导出 MSD ChemStation 定量数据库”对话框。

3 单击选择文件夹按钮。将显示浏览文件夹对话框。浏览到包含要转换的方法的文件夹。


将 GC/MS ChemStation 定量方法转换为 MassHunter 方法 1


4 使用统一方法可自动选中输入定量数据库文件 (qdb.mth) 和输出 MassHunter 定量方法。

5 在窗口底部，单击导出到 MassHunter 定量方法按钮。转换过程将开始。

完成后，会在此窗口的底部显示一条消息。 MassHunter 定量方法已保存到指定的位置。转换结果也会以此定量方法中的内标列表形式显示在此窗口中。展开每个内标下面的列表可查看按此参比标样分组的化合物。




6 关闭 GCMS Translator 软件。

下一步将使用 MassHunter 定量分析验证此已转换的方法。




在 MassHunter 中验证已转换的 MS WorkStation 方法

1 打开适用的 MassHunter 定量分析程序：

• MassHunter 定量分析 (MS) （用于进行单个 MS 分析）

• MassHunter 定量分析 (QQQ) （用于进行 MS/MS 分析）

2 选择方法 > 打开 > 从现有文件打开方法。将显示打开方法对话框。

3 浏览到需要在 MassHunter 中进行验证的已转换方法，然后单击打开。将在 MassHunter 方法编辑器 (ME) 中显示方法表。

4 滚动浏览方法表，以查看 MassHunter 定量分析方法的显示方式。




5 在方法任务区域的保存／退出下方，选择验证。系统将显示提示以及验证结果。

在此处，您可以使用该方法分析 MassHunter 中的样品。

如果在此方法中发现错误，则必须更正这些错误并再次验证方法，直到没有错误为止。

验证错误的一些最常见原因包括：

• 定性比率设置为零

• 所有化合物的校正级别标签不尽相同例如，在以下情况下，就会发生这种情况：如果方法中有四个化合物，并且 - 化合物 A、 B 和 C 都分别有校正级别 100、 150 和 200， - 但化合物 D 的校正级别为 100、 150 和 175。

• 方法表中的某个化合物缺少校正级别。例如，在以下情况下，就会发生这种情况：如果方法中有四个化合物，并且 - 化合物 A、 B 和 C 都分别有校正级别 100、 150 和 200， - 但化合物 D 仅有校正级别 100 和 150。

6 可首先通过双击位于 ME 右下角的方法列表表中的错误行来更正每个错误。此操作会在 ME 中突出显示存在问题的区域。根据需要修复错误，然后再次选择验证。




7 已修复的错误的条目会从方法错误列表中删除。双击方法错误列表中的下一条消息，在 ME 中修复对应的错误，进行验证，然后继续此过程直到方法错误列表为空。

8 如果没有错误，则在方法任务区域的保存／退出下，选择另存为。将显示方法另存为对话框。

9 导航到用于存储 MassHunter 已验证方法的文件夹。在文件名字段中输入方法名称，然后单击保存。系统会添加文件扩展名 *.quantmethod.xml。

10 在方法任务区域的保存／退出下，选择退出以退出 MassHunter 定量分析。

已验证的方法现在可用于 MassHunter 定量数据分析了。





15



2转换数据文件

下面介绍如何自动和手动将 GC/MS ChemStation 数据转换为 MassHunter 定量分析可以使用的格式。

在此过程中，不会以任何方式更改 ChemStation 原始数据文件。如果需要，可以继续使用 GC/MS ChemStation 访问这些文件以进行数据分析。




手动

下面介绍如何手动将 GC/MS ChemStation 样品数据文件转换为 MassHunter 定量数据分析程序可以使用的格式。

在转换过程中，GC/MS Translator 软件将创建原始数据文件的副本，并根据需要对其重新进行格式化，以符合 MassHunter 定量数据分析格式。不会以任何方式改变原来的 MS WorkStation 原始数据文件。如果需要，可以使用 MS WorkStation 继续访问这些文件以进行数据分析。

过程

1 要开始此操作，请安装 GC/MS Translator 软件，如第 4 章中所述。

2 打开 GCMS Translator 桌面快捷方式后，选择 MSD ChemStation 转换数据文件。将会显示导入 MSD ChemStation 数据文件屏幕。

3 输入路径，或单击浏览按钮并导航到包含要转换的数据文件的文件夹。

注意如果 GC/MS ChemStation File Translation 软件和用于收集原始数据的 GC/MS ChemStation 安装在同一台 PC 上，则会自动运行此过程，如下一节中所述。


转换数据文件 2


4 接下来，标识要用于存储已转换文件的位置。

如果选择在当前文件夹转换，系统将直接在包含原始数据文件的目录下创建一个子目录，以保存已转换的数据文件。

如果您选择输出文件夹，请取消选中在当前文件夹转换复选框，然后输入路径，或导航到要用于存储已转换的数据文件的目录。

在上述任一情况下，此转换都不会以任何方式更改原来的 GC/MS ChemStation 原始数据文件。您可以随时使用 MS WorkStation 继续访问这些文件。

5 单击开始转换以继续。

6 观察转换进度。每转换完一个文件，该文件就会在显示屏中列出。

7 当所有文件都完成转换后，您可以返回到此目录并查看已转换的文件。

此处是已保存的文件夹的外观。checksum.xml 文件和 AcqData 文件夹是在转换过程中添加的。原始数据文件保持不变。




转换了文件之后，可使用 MassHunter 定量数据分析对其进行分析。




自动

将收集数据的 GC/MS Translator 软件安装在 PC 上（第 4 章）并在方法中对其进行定义之后，转换器将自动创建每个收集的数据文件的副本，并对其进行格式设置以便在 MassHunter 中使用。原始 ChemStation 数据将保持不变，如果需要，还可用于 GC/MS ChemStation 中。

标识 ChemStation 方法中的后运行宏

1 打开 GC/MS ChemStation，然后调用将用于采集数据的方法。

2 单击编辑方法图标以显示编辑方法对话框。

3 由于我们只需要编辑该方法信息，因此，请取消选中仪器／采集和数据分析复选框。

4 然后单击确定以继续。这将显示方法信息屏幕，我们将在该屏幕中标识后运行转换器宏。

5 选中后运行宏／命令复选框。

6 在仪器控制字段中，导航到 MSDChem/MSexe 文件夹，然后选择 MassHunterG17701DataTranslatorUtilityMacro.mac 文件。

在安装转换器期间，此宏已复制到 ChemStation 的 /Msexe 文件夹。（默认位置是 MsdChem/Msexe）。

这是将 MSD ChemStation File Translation 软件定义为适用于此方法的后运行宏的所有必要操作。

但此时还需要考虑的另一个问题是“数据分析”选项。如果您计划在 MassHunter 中进行所有的数据分析，为了节省处理时间，可以取消选中方法信息屏幕中的数据分析复选框，否则，可保留其选中状态。

7 单击确定以继续。将显示保存方法对话框。

8 再次单击确定以保存对此方法所做的更改。

这是该方法所需的所有更改。

现在，每次运行此方法时，通过此方法收集的样品数据都会自动保存为 ChemStation 和 MassHunter 格式。




准备样品序列表

在将转换实用程序指定给方法后，请按以下所述准备样品序列表。

1 打开将用于收集数据的样品序列表。

2 分析数据分析过程。

在开发序列时，需要考虑的要点之一是 MassHunter 将如何分析数据。

MassHunter 与 GC/MS ChemStation 的区别是，在 MassHunter 中，数据分析按批处理方式进行。即，将可使用一种数据分析方法处理的所有文件归组到一个批处理中，然后使用一种方法一起处理这些文件。这样做，您可以尽可能灵活地对已分析文件的色谱图进行并排比较。

正如您将样品数据文件导入 MassHunter 中时所看到的那样，收集 GC/MS ChemStation 采集的数据的最有效方式是创建可对类似样品进行归组的样品序列表，以使结果数据文件夹仅包含使用同种数据分析方法分析的那些文件。

如果从您的序列中收集的所有数据文件都可使用同一种数据分析方法进行分析，则会大大简化处理过程。

3 按正常操作完成样品序列表，并记住，最有效的方法是将可以使用同一种数据分析方法（与对所有其他样品所用的方法相同）分析的那些样品纳入一个组中。

对于本教程，我们使用 GC/MS ChemStation 附带的样品数据文件。

该序列包含 5 个校正样品、1 个日常校正样品、1 个方法空白、2 个标准样品、 1 个基质加标以及 1 个基质加标平行样。

将从此序列生成的数据文件转换为 MassHunter 格式后，不会包括类型和级别列。

好的做法是，在 “样品名称”中提供有关样品类型和浓度级别的信息。在 MassHunter 中输入样品类型和浓度级别后，有利于进行标识。

如果仅在 MassHunter 中分析所有数据，您可以将类型和级别列保留为空。

4 单击确定以继续。

5 在方法中定义后运行宏并定义序列之后，请单击运行序列图标以显示开始序列对话框。




6 为将要在运行此序列时创建的文件输入目标文件夹。（理想情况下，在 MassHunter 中创建批处理时，该文件夹将成为批处理文件夹）。

7 单击运行序列以处理样品。

检查生成的数据文件

采集了数据之后，检查由 GC/MS ChemStation 创建的文件夹和数据文件。

.D 文件夹包含所有标准的 GC/MS ChemStation 样品数据文件。如果您要使用 GC/MS ChemStation 分析此数据，可以随时执行此操作。这些数据文件不会以任何形式发生更改。

在每个数据文件文件夹下，您还将看到 AcqData 文件夹和 checksum.xml 文件。这是 MSD ChemStation File Translation 实用程序后运行宏创建的文件夹和文件，在 MassHunter 中使用数据时需要此文件夹和文件





23



3使用 GC/MS ChemStation 生成的

文件在 MassHunter 中创建批处理

下面介绍如何使用从 GC/MS ChemStation 文件转换而来的方法和数据文件在 MassHunter 定量分析中创建批处理。




创建批处理

在 MassHunter 中创建批处理的过程从定义批处理名称以及用于保存该批处理的文件夹开始。该文件夹通常称为批处理文件夹。

如您将看到的那样，如果批处理文件夹正是包含您将放到批处理中的数据文件的文件夹，这将会非常方便。在该示例中，我们使用包含已从 GC/MS ChemStation 中转换的数据文件的文件夹。

1 打开 MassHunter 定量数据分析。

2 选择文件 > 新建批处理。

3 导航到要用作批处理文件夹的文件夹。在这种情况下，该文件夹是包含已从 GC/MS ChemStation 中转换的数据文件（这些文件已在样品序列表中标识）的文件夹。

请注意，数据文件夹（扩展名为 .D 的文件夹）已位于此文件夹中。在我们执行以下操作后（步骤 6），将这些文件夹调用到批处理中就会变得很容易。

4 为此批处理输入文件名，然后单击打开。系统将显示批处理表，并在标题栏中显示您指定的名称。还将执行以下操作：

• 在批处理目录中创建名为 QuantResults 的文件夹。

• 使用您指定的名称和扩展名 .batch.bin 创建批处理文件。

• 将批处理名称 .batch.bin 文件保存到 QuantResults 文件夹中。

下一步，我们将标识将包括在此批处理中的样品。

5 选择文件 > 添加样品。


使用 GC/MS ChemStation 生成的文件在 MassHunter 中创建批处理 3


系统将显示此文件夹中的所有样品数据文件。在这种情况下，这些是由 MS WorkStation 收集的并由 MassHunter Translator 宏自动转换的样品。

6 单击全部选择，使此文件夹中的所有样品都包含在新批处理中。

7 单击确定以继续。现在，每个已转换的文件均已纳入新的批处理中。

8 要完成该过程，请使用下拉框并为每个样品选择适用的类型。

• 对于校正样品，选择 Cal。

• 对于日常校正，选择 CC

• 对于 “空白”，选择空白

• 基质加标

• 基质加标副本

9 为每个校正样品输入相应的校正级别标签。与 ChemStation 处理类似，这些标签必须与在定量数据分析方法中存储的标签名称相同。

对于该批处理，输入：50、 100、 150、 200、 20 和 CC

该过程的最后一步是将定量方法附加到批处理。对于该示例，我们将使用以前转换的 GC/MS ChemStation 方法。

10 选择方法 > 打开 > 从现有文件打开并应用 ...。11 导航到包含您已验证的 MassHunter 定量分析方法的文件夹，然后选择要应用

于此批处理的方法。




对于该示例，我们将附加已从 GC/MS ChemStation 转换且以前在 MassHunter 中验证的方法。

12 单击打开将选定的方法应用于当前批处理。

13 从主菜单中选择文件 > 保存批处理以将此方法与此批处理一起保存。

批处理目录现在包含选定的所有样品数据文件、定量分析程序创建的名为 QuantResults 的文件夹，以及批处理名称 .batch.bin 文件。


使用 GC/MS ChemStation 生成的文件在 MassHunter 中创建批处理 3


14 附加了此方法后，请单击分析批处理以处理这些样品数据并显示结果。

MassHunter 会在批处理表中显示结果。

以红色和蓝色突出显示的部分分别指示高于或低于方法中所指定的结果。

15 单击下一个化合物按钮以查看每个化合物的结果（一次只能查看一个）。

16 分析批处理后， MassHunter 将在批处理文件夹中创建 QuantResults 文件夹。

QuantResults 文件夹将包括批处理文件的副本。





29



4安装 GC/MS ChemStation File Translation 软件

下面介绍如何安装 GCMS Translation 软件，该软件用于将 GC/MS WorkStation 数据和方法转换为 MassHunter 定量分析格式。

GCMS Translation 软件位于 MS WorkStation 附带的 MassHunter 补充磁盘上。



4 安装 GC/MS ChemStation File Translation 软件

安装

1 要开始安装，请将补充磁盘插入磁盘驱动器。

2 浏览到 GCMS Translator 文件夹，双击 Setup.exe。

3 选择您要使用的语言，然后单击确定以继续。

4 安装向导将执行安装过程，并在完成时提示您。

安装完成后，您的桌面上将显示 GCMS Translator 图标：


安装 GC/MS ChemStation File Translation 软件 4


5 启用自动数据文件转换：

a 将 V2MassHunter.cmd 文件从 GCMS 安装目录（例如：C\Program Files\ Agilent\MassHunter\GCMS Translator\）复制到 MS WorkStation 安装目录（例如：C:\GCMS）。

b 按 “标识 ChemStation 方法中的后运行宏” 第 19 页中所述，在 MS WorkStation 样品列表中，将此实用程序标识为后运行 AutoLink 宏。


© Agilent Technologies, Inc. 2014

美国印刷第二版， 2014 年 2 月

www.agilent.com



Documents

GC/MS Translator for the MS WorkStation Quick Start...和美国政府机构所受限制以 FAR 52.227-19(c)(1-2)（1987 年 6 月）中定义 的“限制性权利”为准。美国政府用户

GC/MS Translator for the MS WorkStation Quick Start...和美国政府机构所受限制以 FAR 52.227-19(c)(1-2)（1987 年 6 月）中定义的“限制性权利”为准。美国政府用户