IDENTIFIKASI DAN ISOLASI BAKTERI PATOGEN PADA USUS IKAN

LELE DUMBO (Clarias gariepinus) YANG DIBUDIDAYAKAN PADA

KOLAM TERPAL BUNDAR

SKRIPSI

Diajukan Sebagai Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Strata Satu (S1)

Program Studi Budidaya Perairan

Oleh:

PRAYOGO BUDI UTOMO

201410260311036

JURUSAN PERIKANAN

FAKULTAS PERTANIAN-PETERNAKAN

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG

2018

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT, karena dengan rahmat dan hidayahnya

penulis dapat menyelesaikan penyusunan skripsi, sholawat serta salam tetap

terlimpahkan kepada nabi besar Muhammad SAW.

Penulis usulan penelitian ini diajukan untuk memenuhi salah satu syarat

memperoleh gelar sarjana strata satu di jurusan Budidaya Perairan Fakultas Pertanian-

Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang. Penulis dapat menyelesaikan usulan

penelitian dengan judul “Identifikasi Dan Isolasi Bakteri Patogen Pada Usus Ikan Lele

Dumbo (Clarias gariepinus) Yang Dibudidayakan Pada Kolam Terpal Bundar”.

Penulis usulan penelitian ini selesai berkat bantuan dan bimbingan berbagai

pihak, maka penulis mengucapkan terimakasih yang sebesar-besarnya kepada yang

terhormat:

1. Bapak Dr. Ir. David Hermawan, M.P, IPM selaku dekan Fakultas Pertanian

Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.

2. Bapak Ganjar Adhywirawan, S.Pi, MP selaku ketua jurusan Budidaya Perairan

Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang

3. Bapak Riza Rahman Hakim, S.Pi, M.Sc selaku dosen pembimbing utama dan Drh.

Sri Samsundari, MM selaku dosen pembimbing pendamping yang senantiasa

meluangkan waktunya untuk membimbing dari proses

4. Kedua orang tua saya tercinta yang telah melahirkan, mendidik, serta

melimpahkan kasih sayangnya, memberikan dorongan dan motivasi untuk menjadi

yang terbaik dan menjadi anak yang baik serta rampalan doa restunya yang selalu

berhasil getarkan arsy-nya.

5. Terimakasih kepada teman-teman perikanan 2014 A yang selalu memberikan

dukungan dan semangat.

Tugas akhir ini masih dari jauh kata kesempurnaan, untuk itu penulis sangat

mengharapkan bantuan dari berbagai pihak, baik berupa kriti dan saran demi

penyempurna penulis ini kepadanya. Semoga tugas akhir ini bermanfaat untuk penulis

sendiri maupun pembaca, Amin.

vii

DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ................................................................................................ i

LEMBAR PENGESAHAN .................................................................................... ii

RINGKASAN ......................................................................................................... v

KATA PENGANTAR ........................................................................................... vi

DAFTAR ISI ......................................................................................................... vii

BAB I PENDAHULUAN ....................................................................................... 1

1.1 Latar Belakang ...................................................................................... 1

1.2 Rumusan Masalah ................................................................................. 2

1.3 Tujuan Penelitian ................................................................................... 3

1.4 Manfaat Penelitian ................................................................................. 3

1.5 Hipotesis ................................................................................................ 3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................. 4

2.1 Ikan Lele Dumbo (Clarias riepinus) ..................................................... 4

2.1.1 Klasifikasi Lele Dumbo ................................................................ 4

2.1.2Morfologi ....................................................................................... 5

2.1.3 Habitat dan Penyebaran ................................................................ 6

2.1.4 Pakan dan Kebiasaan Makan ........................................................ 7

2.1.5 Cara Isolasi Bakteri ...................................................................... 8

2.1.6 Bakteri Patogen Pada Usus Ikan Lele .......................................... 9

BAB III METODE PENELITIAN........................................................................ 12

3.1 Waktu dan Tempat .............................................................................. 12

3.2 Alat dan Bahan .................................................................................... 12

3.3 Metode Penelitian ................................................................................ 14

viii

3.4 Prosedur Penelitian .............................................................................. 15

3.4.1 Pengambilan Sampel Usus Ikan Lele ................................... 15

3.4.2 Isolasi Bakteri Usus Ikan Lele ............................................... 15

3.4.3 Tahap Pemurnian Kultur Bakteri ........................................... 16

3.4.4 Uji GKO ( Garam, Katalase, Oksidase) .................................. 17

3.5 BatasanVariabel ........................................................................ 18

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................................. 21

4.1 Identifikasi Dan Isolasi Bakteri Patogen ........................................... 21

4.1.1 Pengambilan sampel pada usus ikan lele dumbo (Clarias

gariepinus)............................................................................ 21

4.1.2 Isolasi Bakteri Usus Ikan Lele ............................................... 23

4.1.3 Pemurnian Bakteri .................................................................. 24

4.1.4 Uji GKO (Glukosa, Katalase, Oksidase) ................................ 26

4.1.5 Penyebab Munculnya Bakteri Patgen.................................... 29

4.2 Bakteri Patogen Yang di Temukan Pada Usus Lele Dumbo (Clarias gariepinus)

......................................................................................................... 30

BAB V PENUTUP ................................................................................................ 36

5.1 Kesimpulan ....................................................................................... 36

5.2 Saran ................................................................................................. 37

iv

DAFTAR PUSTAKA

Anastiawan.2014. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri Probiotik yang Berasal Dari

Usus Itik Pedaging Anas domesticus. Skripsi. Fakultas Matematika dan

Pengetahuan Alam. Makassar. Universitas Hasanuddin.

Anonim. 2008. Morfologi Lele Dumbo. http://www.fao.org. Diakses tanggal 13

Maret 2018.

Ashari, C., R. A. Tumbol dan M. E. F. Kolopita. 2014. Diagnosa Penyakit Bakterial

pada Ikan Nila (Oreocrhomis niloticus) yang Dibudidaya pada Jaring Tancap di

Danau Tondano. Jurnal Budidaya Perairan. 2 (3): 24 – 30.

Badjoeri, M. 2010. Preservasi Mikroba untuk Pelestarian dan Stabilitas Plasma

Nutfah. Warta Limnologi Nomor 45 tahun XXII. Pusat Limnologi LIPI.

Bailye, W.R. dan Scott, E.G. 1962. Diagnostic Microbiology. The C.V. Mosby

Company. Saint Louis. P. 143, 145-147, 152

Cai, Y.,Benno, T., Naskase, Y., & Tae-Kwang, O. 1998. Spesific probiotic

characterization of Weisella hellenica DS-12 isolated from flounder

intestine. Genet. Microbiol., 44: 311-316

Darwis, A. (2000). Journal of aquatic Animal Health :Pathology of Experimental

Edwardsiella tarda Infection in Channel Catfish Ictalurus Puntacus.

Agricultural Reseach Servise, USDA.

Direktorat Jenderal Perikanan Budidaya. 2017. Konsumsi Ikan Di Dunia Terus

Meningkat Hingga Tahun 2021. (http://www.djpb.kkp.go.id/.php/arsip,

diakses 10 April 2017).

Dwidjoseputro. 2010. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djembatan. Jakarta.

Elumalai, M. Antunes C. Guihernio L. 2013. Effects of Single Metals and Selected

Enzyms of Carcinus Water, Air and Soil Pollution. 141.

FAO/WHO. 2001. Joint FAO/WHO Expert Consultation on Evaluation of Health

and Nutritional Properties of Probiotics in Food Including Powder Milk

with Live Lactic Acid Bacteria. Amerian Córdoba Park Hotel, Córdoba,

Argentina.

Fardiaz, S. 1988. Fisiologi fermentasi. Pusat Antar Universitas. Institut Pertanian

Bogor, 186 hlm.

- 1989. Mikrobiologi Pangan. Bogor : Institut Pertanian Bogor.

Handayani, E., Desrina, D. Rukmono, dan A. Azizah. 2004. Keragaman

Ektoparasit Pada Ikan Hias Air Laut yang Dilalulintaskan Melalui Stasiun

v

Karantina Ikan Nurah Rai Bali. Makalah Prosiding Seminar Penyakit Ikan

dan Udang IV. Hal 59-64.

Handayani,. H. 2005. Parasit dan Penyakit Ikan. Universitas Muhammadiyah

Malang.

Handayani, H dan Samsundari, S. 2005. Parasit dan Penyakit Ikan. UMM Press:

Malang, Hal 26-27.

Handayani, Wuryanti, Anak Agung Istri Ratnadewi, dan Agung Budi Santoso.

2007. Pengaruh Variasi Konsentrasi Spdium Klorida Terhadap Hidrolisis

Protein Ikan Lemuru (Sardinella lemuru Bleker, 1853) oleh Protease

Ekstrak Nanas (Ananas comosus L. Merr. Var. Dulcis). Jurusan Kimia

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember.

Jurnal Teknologi Proses 6 (1) Hal : 8.

Hardiningsih, R. Rostanti N.R. N dan Titin Y. 2006. Isolasi dan Uji Resistensi

Beberapa Isolat Lactobacillus pada pH Rendah. Biodiversitas. Vol 7

Nomor . ISSN 1412-033x.

Hishino, T., Ishizaki, K., & Sakamoto, T. 1997. Isolation of a Pseudomonas

species from fish intestine that produces an active protease at low

temperature. Lett. Appl. Microbiol., 25(1): 70-72.

Holt, J.G., N.R. Kreig, P.H.A.Sneath, J.T. Staley, and S.T. Williams. (1998).

Bergey’s Manual of Bacteriology.

James, B. 2002. Guid Koi. Inggris: Interpet Publishing.

Jankauskiene, R. 2000. The dependence of the species composition of lactoflorain

the intestinal tract pf carps upon their age. Acta Zoologica Lituanica, 10(3):

78-83.

James, Joyce. 2002. Prinsip - Prinsip Sains Untuk Keperawatan. Jakarta :

Erlangga.

Kamiso, H.N, A. Sarono, Iwan Yusuf B.L, E.B.S Haryono, Widodo, Triyanto,

Nurirwan T, S. Haryanto, Ushadi W. Kusuma, W. Novianti, S. Wardani dan

Setianingtyas. (1993) Deskripsi Hama dan Penyakit Ikan Karantina

Golongan Bakteri, Pusat Karantina Perikanan, Jakarta.

Karmana. Oman. 2008. Biologi. Jakarta : PT Grafindo Media Pratama.

Khedid. K dan Faid, M. 2006. Characterization of Lactic Acid Bacteria Isolated

from the One Humped Camel Milk Produced in Morocco. Microbiology

Reseach. Vol. 164.

Lee, Supardi. 2003. Kiat Sukses Budidaya Lele di Lahan Sempit.

vi

Lukito AM. 2002. Lele Ikan Berkumis Paling Populer. Jakarta: Agromedia.

Nakayama, A., Yano, Y., & Yoshida, K. 1994. New method for isolating

Barophilles from intestinal contents of deep sea fishes retrieved from the

abyssal zone. Appl. And Environm. Mricrobiol., 60(11): 4,210-4,212.

Oxoid. 1982. The Oxoid Mannual Of Culture Media, Ingredients And Other

Laboratory Services. Fifth Edition. Published by Oxoid Limited, Wade

Road. Basingtoke, Hampshire.

Pelczar, M.J.2007. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Jakarta : UI Press

Pratiwi. Silvia. 2008. Mikrobiologi Farmasi. Jakarta: Erlangga.

Semangun, H. 1996,Pengantar ilmu penyakit tumbuhan, Gadjah Mada University

Press, Jogjakarta

Setyobudi. 1997 Karakterisasi dan Isolasi Ikan Lele Dumbo (Clarias sp.) di daerah Yogyakarta.

Fakultas Pertanian. UGM. Skripsi

Suriawiria, U. 2005. Mikrobiologi Dasar. Papas Sinar Sinanti, Jakarta.

Suyanto. 2006. Budidaya Ikan Lele. Jakarta: Penebar Swadaya.

Trumph. B.F, McDowell, E.M. and Urstila, A.U.(1980) Cellular Reaction to

Injury. In: Principles of Pathology, 3rded, R.B Hill and M.F Lavia (eds.),

Oxford University Press, New York.

Haryati, Tuti. 2011. Probiotik dan Prebiotik Sebagai Pakan Imbuhan

Nonruminansia. Makalah Wartazoa Vol.21 No.3. Bogor. Balai Penelitian

Ternak.

Waluyo, L. 2007. Mikrobiologi Umum. Malang: UMM Press.

Yanuhar, U. 2005. Peran molekul adhesi untuk diagnostik dan vaksin bakteri

patogen. Makalah Seminar Nasional Aplikasi Bioteknologi Akuakultur.

Fakultas Perikanan. Universitas Brawijaya. Malang.

vii

Lampiran 1. Dokumentasi penelitian

Sampel ikan lele dumbo

Proses memfillet ikan lele

Proses pengambilan

usus lele

Tempat untuk isolasi

bakteri

Showcase untuk

penyimpanan media

Inkubator

Media TSA dan NA

Media TSA dan NA yang

telah ditumbuhi koloni Oksidase strips

Tinta safranin

KOH 3%

Media untuk Uji GKO

viii

Objek glass

Proses Uji GKO

Proses Uji GKO

List media yang

digunakan untuk Uji

GKO

Logbook selama

penelitian

Ruang Inokulasi dan

Inkubasi