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MEDICAMENTOSINNOVADORES
Instituto Nacional de Bioinformática(una plataforma de Genoma España)
Oferta de workshops
II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores
4 de julio de 2006
Un Instituto Virtual
Bioinformatica IntegrativaO.Trelles – U. Malaga
Analisis de GenomasR.Guigo – IMIM/CRG
Estructura ProteinasM-Orozco – PCB
Nodo Computacional 1J. L. Gelpi - BSC
Nodo Computacional 2J.M. Carazo – PCM
Nodo CentralFuncion de proteinasA.Valencia –CNIO
GenomicaFuncionalJ.Dopazo –CNIO > CIPF
TrainingF.Sanz - UPF F. Martin ISCIII, F. Moran UCM
Nodo de compañiasRamon Alonso Allende BIOAlmaAlbert Villafranca eBioIntelIsabel Duran Applied Biosystems
Variabilidad GeneticaTo be organized
II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores
4 de julio de 2006 Problem ProteinAnnotation
Neighbor GroupsAnnotation
SequenceSpace
Query Protein
BLAST
A. Homology Search
B. Sequence Space Mapping
C. Automatic identification of groups. Clustering.
ISS
D. Annotation
Sistemas de Dos Componentes enStreptomyces coelicolorJF Martin (NV2)
by Osvaldo GrañaCNB-CSIC / U. Leon
II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores
4 de julio de 2006
ProjectsTranscriptional analysis of HNF1a, Jordi Ferrer , Hospital Clinic, Barcelona
Identification of Genes and Molecules Associated to Tomato Fruit Quality and Participation in the Sequencing of Euchromatic Regionsof Chr9. A Genomic Approach (ESP-SOL, ESP-SOL Consortium; Coordinator Antonio Granell, Institute of Plant Molecular and Cellular Biology(Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas) (IBMCP), CSIC-UPV, Valencia.
Data mining of gene transcriptomes of trxG, Montserrat Corominas Genetics Department, Biology Faculty, Barcelona University
Analysis of copy number alterations in cancer through the use of Array-CGH and expression microarrays. , J. C. Cigulosa, MolecularCytogenetics Group, CNIO
Study of the specific and global regulatory pathways of Streptomyces coelicolor (SCO) related to the production of antibiotics, JP Martin,U. Leon
Comparative Genome analysis of Aspergillus , M.A. Peñalva, CIB Madrid
Selection of SNPs for high-throughput genotyping studies, Switch Laboratory, Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology, Vrije BrusselUniversity (Vrije Universiteeit Brussel), Brussels, Belgium; J. Schymkowitz (PI), J. Reumers, and F. Rousseau; Endocrine Cancer Group, CNIO, Madrid;M. Robledo (PI), A. Cascon, and F. Ruiz-Lloerente.
Integration of microarray data analysis and functional annotation tools into the shared genomic platform of the citric and watermelonSpanish genomic projects., IBMCP, CSIC-UPV, Valencia, Spain; J. Forment; COMAV-UPV, Valencia, Spain; J. Blanca
Aphid Genome, Complete sequencing of the nuclear genome of the aphid Acyrthosiphon pisum. This project is mainly supported by NIH. Participants:Sequencing: Baylor College, USA., Annotation: Consortium of different INRA groups (France), the Cavanilles Institute, Valencia University (InstitutoCavanilles, Universidad de Valencia) (Spain), and INB (Spain)
Genomic study of diabetes , A.Dopazo, CNIC
Structural genomics in cancer, A.Ramirez, CBM
ProteoRed, JP Albar, ProteRed, a GE Platform.
SysMO Framework: Systems Analysis of Biotechnological Process-Induced Stresses: Towards A Quantum Increase in ProcessPerformance in the Cell Factory Pseudomonas Putida, K. N. Timmis, National Research Centre for Biotechnology, Braunschweig, GermanySpanish party in SysMO proposal: CSIC (Diaz, Ramos, Ferrer, de Lorenzo) and the National Bioinformatics Institute (Valencia, Moran)Improvement of the production in Aquiculture using Biotechnology Methods. (Aquagenomics). , Consolider Project 2006-0079, Consolider-Ingenio Programme 2010, MEC, SpainSequencing of the microbial community of the rhizosphere of the Tinto River (Spain), a natural rock drainage environment. , Dr. JoséEduardo González-Pastor (Astrobiology Centre -Centro de Astrobiología-, Madrid. Spain, with the collaboration Manuel Gómez.
II Conferencia de la Plataforma Tecnológica EspañolaMedicamentos Innovadores
4 de julio de 2006
Propuesta de workshops:Temas
• Workshop 1. Bioinformática. Manejo e integración deinformación en bases de datos moleculares (genómica,genómica funcional y proteómica, variabilidad) y bases dedatos sobre enfermedades.
• Workshop 2. Química médica. Métodos computacionales enel diseño y desarrollo de medicamentos. Cribado y cribadovirtual, diseño molecular, ADME. Formatos y métodos deintercambio de información.
• Workshop 3.- Informática en investigación clínica.Información sobre ensayos clínicos, seguimiento depacientes.
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4 de julio de 2006
Workshop 1 Bioinformática.
Manejo e integración de información en bases de datosmoleculares (genómica, genómica funcional yproteómica, variabilidad) y bases de datos sobreenfermedades.
• Extracción de información de textos (anotación y extracciónautomática de información)
• Ontologías en biología y biomedicina.• Formatos y métodos para el intercambio de información y
ejecución remota.• Bases de datos de enfermedades (OMIM, ICD y otras)
Coordina Joaquín Dopazo (CIPF) + FI
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Workshop 2.Química médica.
Métodos computacionales en el diseño y desarrollo demedicamentos.
• Químiotecas, su anotación y cribado (screening) virtual• Diseño de fármacos basado en la estructura molecular• Estrategias quimiogenómicas• Predicción in silico de ADMET• Bases de datos públicas y privadas en I+D de
medicamentos• Estrategias de integración y federación.
Coordina Ferrán Sanz (UPF-GRIB) + FI
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Workshop 3.- Informáticaen investigación clínica
• Datos clínicos: acceso, repositorios y sistemas de codificación.• Seguimiento de pacientes. Modelos de Historia Clínica.• Sistemas de información en ensayos clínicos: Redes de
Investigación Clínica – NIH, Toxicología• Minería de datos y síntesis de resultados de ensayos multiples• Experiencias piloto en integración de datos moleculares:
PharmGKB, HL7 Clinical Genomics Special Interest Group• Sistemas de información para Farmaco- vigilancia / epidemiología• Protección de datos y Aspectos éticos.• Apoyo a la comunicación con las Agencias Reguladoras• Publicación de ensayos clínicos en la literatura y en la web
Coordina Fernando Martín (ISCIII) + FI
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Propuesta: Comisión detrabajo
Estudio de las herramientas y sistemas de integración deinformación.
• Estudio de casos reales.• Ejemplos de herramientas y plataformas existentes en el
sector privado y publico.• Posibles alternativas de integración.
Documento conclusión con una(s) propuesta(s) deimplementación
Coordina Oswaldo Trelles (U. Málaga)
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Carácterísticas de losWorkshops
Promovidos desde el INB (experto INB + representante FI)
Dirigidos a: industria farmacéutica y biotecnológica, mundo clínico,centros de investigación y universidades con actividad en estesector.
Organización:• Dotación presupuestaria INB y GE.• Máximo de 20 participantes• Duración de una jornada de trabajo.
- sesión de mañana con 3-4 ponencias de carácter formativo(i.e expertos extranjeros)- sesión de tarde con mesas redondas, talleres y/o sesionesprácticas sobre las tecnologías disponibles.
• Documento conclusión sobre necesidades/posibilidades
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Coordinación de propuestas
WS3: Informática Médica
WS1: Bioinformática
WS2: Química Médica
Grupo trabajo:
herramientas integración
Workshop:
Propuestasen KM
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Nodo de Empresas Asociadas
Empresasasociadas INB:
Marco de colaboración:• Publicación del porfolio de
productos y servicios comoparte de la oferta INB
• Integración de susactividades deinvestigación
• Colaboración en laplataforma tecnológica INB
• Representación en elconsejo de dirección INB
Para ver esta película, debedisponer de QuickTime™ y deun descompresor TIFF (LZW).
Para ver esta película, debedisponer de QuickTime™ y deun descompresor TIFF (LZW).
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Socios del INB
Bioinformáticos(grupos pequeños)
• Recursos (software y hardware)• Especialización y formación
Proyectos de genómicay plataformas
(El problema del bioinformático aislado)• Análisis integrados• Protocolos establecidos para análisis• Acceso a expertos
Biólogos• Acceso a servicios integrados• Facilidad de acceso a lasactividades de formación
Compañías• Portafolio (productos, servicios)• Participación en los proyectos• Acceso a expertos y formación
Consorcios internacionales• Partners con experiencia contrastada
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4 de julio de 2006
INB access and collaboration
Model ProjectsStreptomyces (Martin)Drosophila (Corominas)Pancreas (Real / Ferrer)
Platforms / HT projectsProteored (Albar)ESP-Sol (Granell)
AssociationsCompaniesNetworks
Resources Computational resources
BSC Marenostrum / othersPCB (SG)
Systems DAS / Biomoby / Others Security / control
Access protocol Casual users (web access) Programmers (embed services)
Workflows for projects Bioinformaticians
Computational demand Associated groups / HP facilities
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Access protocol
Application with a description of the project (biology) andinitial technical / scientific demand ( software, resources)and the availability or not of bioinformaticians associatedto the project.
Criteria for selecting projects are:•The quality of the global project•The relevance of the INB contribution to the projectobjectives•The technical appropriateness of the INB infrastructure.
- 1 week viability evaluation.- Organization of a working plan/ grant applicationincluding cost and time estimates