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Hacia el establecimiento de
una conexión fenotipo-genotipo
en tomate
Irene Villalta1
José María Jiménez2, José Miguel Martínez-Zapater2
Emilio Carbonell1 & María J. Asins1
1. IVIA, Apdo. Oficial, 46113 Moncada (Valencia)
2. CNB-UAM, Cantoblanco, 28049 Madrid
L. pimpinellifolium
L. cheesmanii
(P population)
(C population)L. esculentum var. cerasiforme x
....
F1 self-pollination
F2 self-pollination
RIL1 RIL2 RIL3 RILnRIL3
F7
“The killing tomatoes”
L. esculentum x
L. cheesmanii
C population117 lines
L. esculentum x
L. pimpinellifolium
P population142 lines
VENTAJAS DE LAS POBLACIONES DE RILs
• CADA LÍNEA, UN GENOTIPO QUE SE PUEDE EVALUAR PARA TANTOS CARACTERES, MOLÉCULAS Y CONDICIONES COMO SE NECESITE
• MÍNIMA DISTANCIA ENTRE PUNTOS DE RECOMBINACIÓN (CARTOGRAFÍA FINA)
• HACE POSIBLE ESTUDIOS GXE Y AXA• MÁXIMA INFORMACIÓN DE VARIACIÓN
GENÉTICA (NATURAL) PARA UN MISMO TAMAÑO DE FAMILIA
SSRW9_180SSR13_6000
SSR41_20021
SSRW75_17532
CT167_53053 SSRW26_75054SSRW44_70057 SSR30_30059
P1
SSRW136_1480
SSRW223_8009
SSR41_20023
SSRW75_17530
C1
SSR12_7500SSRW92_1802
CT233_17007
SSR12_1400
SSR9_22012
SSRW26_17521
CT156_87026
SSRW104_90038SSRW66_20041TG30_32044
CT143_42054 SSRW11_515CT283_83055SSR22_95057
SSR12_1400
TG48_3503
SSRW26_17512
SSRW356_28025
P2 C2
CT283_2900
SSR3_22012
SSR19_900SSRW19_40019SSR11_90020CT167_340SSR24_25021SSR6_18023
SSR14_18031SSR10_13033
SSRW11_6500
SSRW70_31510SSRW356_23011SSR6_18013CT211_53014SSRW19_40015
SSR24_250
17
SSR10_13021
SSR14_18023
P3 C3
P4 C4
21
25
37383940414243
C6bCT141_3200
SSR22_2002
SSRW19_7505
SSRW47_2206
SSRW565_3107
SSRW26_950
CT283_7007
SSRW11_490CT167_800
SSR5_220
SSRW306_450CT141_320SSR22_200TG16_380SSRW19_750SSRW47_220CT176_280SSRW47_285CT283_500
SSRW350_298SSRW350_2980
CT206_2905
SSRW26_9515
P6 C6a
SSRW244_550
SSRW45_2800
SSR24_5106
SSRW565_39612
TG35_506SSR33_90031 SSR22_530SSRW356_90032 SSR12_83033
SSRW285_29044
SSRW108_16059
SSR24_7500
SSRW45_28010
SSR16_39617SSRW565_39622
SSR23_39647SSRW19_760SSR41_800SSR1_800TG43_130048SSR20_700SSRW306_340SSR30_52049SSRW26_50050 SSR34_75052SSR22_34461
SSRW285_29072SSRW241_20073
SSRW108_16087
P7 C7 CT149b_2500
SSRW38_25015SSRW594_31016 SSRW63_24017 SSRW92_50019
SSRW344_75028
SSRW47_28045 SSR37_1200SSR26_34446SSR22_325SSR37_530SSR13_46648 SSR13_298SSRW318_50049 SSRW15_192SSRW19_120050CD40_70056SSRW244_22057
SSRW344_29866
SSRW38_2500
SSRW63_2403
SSRW344_7509
SSR33_160016SSRW70_500SSRW28_37019CT156_770SSR27_101520 CT211_65021TG15_90022CD40_70024SSRW244_22025
SSRW344_29839
P8 C8 SSRW70_1200
SSRW69_1304
SSRW104_29013 SSRW28_175
15 TG16_50716 SSR20_34017 SSR27_600CT167_65018SSR13_29019 SSRW19_22020CT206_87021 SSRW19_19022
SSR42_18049
P9 C9SSR38_1540
SSRW69_13012
SSRW19_220SSRW104_290SSR19_19024 SSR30_450SSRW565_98025
SSRW383_27037
SSR42_18055
CT156_8500
SSRW11_6003
SSRW248_2706
CD40_5309SSR24_85010
SSR29_25019
12
SSR16_6000SSRW450_490CT156_850TG16_1000CT156_3441
SSRW248_2702
SSR24_8507
SSR29_250
SSRW223_230SSRW74_2400
SSRW74_2400
SSRW223_2301
P10 C10 SSRW76_2300
SSR35_420SSRW244_310 15SSRW63_530SSR1_175 16CT234_320TG16_80017SSR20_52018
SSRW20_7200
TG30_32019
SSRW104_56031
SSRW344_46039SSRW104_55042
SSR1_17548TG16_80050 TG35_51452
SSRW46_34057SSRW46_27560
P11 C11
SSRW43_4500SSRW43_2401
TG43_60010CT206_40011CT156_36512TG43_75013SSR31_13014SSRW306_31015SSRW565_30016
SSRW94_19019
TG15_48025
TG43_7500
SSR31_130SSRW450_310SSRW306_3101
CT118_3300
TG69_62010
SSRW43_460SSRW344_430
12
SSR21_90015
SSR35_29817
SSR27_4800
SSRW344_430TG69_6004 SSR21_9005SSR17_3206SSR35_2988
SSR27_31026
SSRW115_24038
SSR36_3200
SSRW223_37017SSR22_1018TG69_950CT167_650SSRW44_25019 CT156_1200SSRW94_45020CT176_29621
TG16_53023
P12C12
TG16_4400
TG48_5102
SSR30_3754
TG48_3406
C13CT206_16360
SSRW223_7009
C14
SSRW20_1600
CT156_12001
TG69_6002
SSR33_3963
SSRW44_2504
SSR22_517TG69_9505
SSR22_1018SSRW28_4406
TG16_5309
CT118_470
P5 C5
0
1
2
3
4
5
SSRW350_298
SSRW26_95
CT283_700
SSRW11_490
CT167_800
SSR5_220
SSRW306_450
CT141_320
SSR22_200
TG16_380
SSRW19_750
SSRW47_220
CT176_280
SSRW47_285
CT283_500
Map (cM)
0
1
2
3
4
5
6
SSR12_140
SSR9_220
SSRW26_175
CT156_870
SSRW104_900
SSRW66_200
TG30_320
CT143_420
SSRW11_515
CT283_830
SSR22_950
Map (cM)
0
1
2
3
4
5
SSR12_140
SSR9_220
SSRW26_175
CT156_870
SSRW104_900
SSRW66_200
TG30_320
CT143_420
SSRW11_515
CT283_830
SSR22_950
Map (cM)
GENES CANDIDATOS ASOCIADOS CON TIEMPO DE FLORACIÓN
Control
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 390
5
10
15
20
25
30
Salinity
0
5
10
15
20
B5 B1
B8
SALINIDAD CONTROL
Menos días hasta floración más frutos
GC GC2
GC1 (B5)
SALINIDAD CONTROL
GC6 (B1)GC2aGC3a (B8)
EPISTASIAS ENTRE GENES CANDIDATOS PARA TIEMPO DE
FLORACIÓN EN CONTROLSALINIDAD
SL
GC1GC2aGC3a
GC5b
GC4GC3b
GC5a
GC2aGC3a GC2b
GC5b
GC2c
GC4GC3b
GC5a
FW FW
FW
SLFW
SLFW
FN FNGC6
GXERW
¿Y A CONTINUACIÓN QUÉ?
• CLONACIÓN Y SECUENCIACIÓN DE POLIMORFISMOS RELEVANTES
• MISMO ESTUDIO EN POBLACION P (COMPROBACIÓN EN MUESTRA INDEPENDIENTE)
• ANÁLISIS DE EXPRESIÓN DE SECUENCIAS CONCRETAS
• ...
AGRADECIMIENTOS• JESÚS CUARTERO Y M. CARMEN
BOLARÍN DEL CSIC
• PERSONAL DEL LAB E INVERNADERO (PLACI, PEPE, JAIME)
• SERVICIO DE SECUENCIACIÓN DEL IBMCP (EUGENIO GRAU)
• GUILLERMO BERNET
VENTAJAS DE LAS POBLACIONES DE RILs