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7/29/2019 Karstologia
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Fdration Franaise de Splologie et Association Franaise deKarstologie
Fdration Franaise de Splologie et Association Franaise de Karstologie
Revue soutenue par lInstitut des Sciences Humaines et Sociales du CNRS
1er semestre 2009ISSN 0751 - 7688
1er semestre 2009ISSN 0751 - 7688
Stalagmites etimagerie 3D dans
laven dOrgnac
Stalagmites etimagerie 3D dans
laven dOrgnacKA
OLOGIA53
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IntroductionDepuis une vingtaine dannes, les
stalagmites font lobjet dtudes notam-ment sur leur valeur darchives naturellesenregistrant les variations environne-mentales [Ford et Williams, 2007 ;Couchoud, 2007, 2008]. En outre, ellesconstituent des go-chronomtres fiables
par datation U/Th [Quinifet al., 1993;Couchoud, 2008] ou parfois par datationU/Pb [Richards et Dorale, 2003]. Cestudes prsentent un revers: elles nces-sitent le prlvement de lchantillon.Analyser une stalagmite implique cejour de la prlever, la scier selon laxe decroissance et dchantillonner le long
de cet axe. Dans certaines cavits hautevaleur patrimoniale, ou simplementdans des cavits o les concrtions sontpeu nombreuses, une telle dmarcheimplique un acte fort qui nest pasanodin dans un contexte de plus en plusprgnant de conservation. Lanalyse desmorphologies externes peut tre un
1S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Analyse spatiale etmorphologique dunefort de stalagmitespar modlisation 3Ddans le rseau dOrgnac(Ardche, France)
Souhail HAJRI 1,Benjamin SADIER 1-2,Stphane JAILLET 1,Estelle PLOYON 1,Elisa BOCHE1-3,Aiman CHAKROUN 1,Georges-MarieSAULNIER 1,
Jean-JacquesDELANNOY 1
(1) Laboratoire EDYTEM,Universit de Savoie, CNRS,73376 Le Bourget-du-Lac [email protected]
(2) Cabinet gomtre G.Perazio, PontPicard, 38680 Pont-en-Royans
(3) Centre national de la Prhistoire,38, rue du 26e RgimentdInfanterie, 24000 Prigueux
RSUM: Lanalyse des morphologiesexternes des stalagmites est aujourdhui
facilite par les nouveaux outils comme leslidars terrestres qui autorisent le recours auxmesures sur clone numrique dense.Une fort de stalagmites de la salle 1 delaven dOrgnac (Ardche, France) a ainsi faitlobjet dun lev, scann haute rsolution.Le nuage de points obtenu a ensuite tmaill pour la ralisation dun modle TIN(Triangular Irregulated Network) hautedensit (ici, une maille moyenne de 19 mm).Nous avons ensuite dvelopp unemthodologie propre traiter ce type demodle 3D base sur la reconnaissance et
lextraction dellipses superposes en utilisantdes algorithmes spcifiques. Le travaileffectu a permis lextraction automatiquede 134 stalagmites et dune srie deparamtres (lvation, dplacement, azimut,axe des ellipses etc.) les caractrisant.La gestion de cette information a ensuiteimpos le recours une base de donnes rfrence spatiale (SIG).Au final, il a t possible de travaillerfinement sur les morphologies externes desstalagmites et didentifier des ruptures dansla croissance des stalagmites, associes lactivit dun soutirage endokarstique.Il a t possible de traiter ces informationssur la totalit de la fort en les croisantavec les donnes gomtriques du sol
(orientation du MNT, cartes des pentes).La totalit de ces travaux a pu tre effectue
sans porter atteinte lintgrit desstalagmites ou du site, ici justement classpour la qualit de son concrtionnement. lheure o les questions de conservation etde protection du monde souterrain sont deplus en plus prsentes, il semble que lerecours lanalyse 3D sur modle numriquedense constitue une piste originale quilconviendra de dvelopper.MOTS-CLEFS : splothmes, stalagmitestranslates, modle 3D, lasergrammtrie,lidar terrestre, Ardche, Orgnac.
ABSTRACT: SPATIAL AND MORPHOLOGICALANALYSIS BY HIGH-RESOLUTION3D MODELING
OF A STALAGMITES FOREST INORGNACS KARSTIC
NETWORK(ARDCHE, FRANCE). Stalagmites are
relevant paleo-environmental archives but
that imply taking-off and destruction of
samples for analyses. The recent widespread
use of terrestrial lidars allows analyses on
numerical clones and let imagine increasing
detailed analyses of external geomorphology
of stalagmites. A stalagmites forest of room
1 of the Orgnacs aven (Ardche, France) was
therefore scanned at a high resolution. The
points cloud was then meshed to set a TIN
model (Triangular Irregulated Network) with
a high density (here the average mesh size is
equal to 19 mm). An original method was
then built up to be able to analyse this 3D
model. It aims at extracting and analyse
overlaid ellipses using specific algorithms.The work presented here allowed to
automatically extract 134 stalagmites and to
quantify some of their characteristics
(elevation, displacement, azimuth, ellipses
axis, etc.). The management of these data
leads to use a spatially referenced database:
a GIS.
Finally, the high-resolution analyses of the
external morphology of the stalagmites
proved to be able. One or several diachronic
phases of object translation were then
identified. These translations are associated
to a suffusion activity in the undergroundcavity. The whole stalagmites forest was
then analysed in the same way but with
linking the acquired information to
geometric characteristics of the soil
(DTM orientation, slopes map). All
these analyses proved to be able without
damaging the stalagmites and the site.
Indeed this site is recognised and protected
for the quality of its concretions. As
conservation and protection of underground
world is more and more outlined, such 3D
analyses of numerical models may be seen as
a promising way that should be developed.
KEYWORDS: speleothem, translated
stalagmites, 3D model, lasergrammetry,
terrestrial lidar, Ardche, Orgnac.
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vecteur efficace pour limiter les prlvementsdes concrtions sous terre.
Les morphologies externes desstalagmites ont t utilises comme supportdinformations. Dreybrodt [1988] a ainsi pu
modliser la morphologie convexe des frontsde croissance des stalagmites en sappuyantsur les fonctionnements dcrits par Franke[1965]. Perrette [2000] a utilis cette variable(concave ou convexe) du front de croissancepour retracer la variabilit de lalimentationhydrique de la stalagmite. Cependant lescorrlations avec les morphologies externes
ne semblent pas videntes et il a toujoursparu dlicat dinterprter la variabilit desmorphologies externes des concrtionscomme information sur les tapes de leurcroissance [Kaufman, 2003].
Dans le rseau dOrgnac (figure 1), desobservations gomorphologiques [Sadier etal., 2004, 2007] ont permis didentifier desstalagmites ayant une morphologie externespcifique : les stalagmites translates(photo 1, figure 2). Ces stalagmites ont tinterprtes comme des enregistreurs de la
mobilit du sol associe ici lactivit dunsoutirage endokarstique. En effet, ellesreposent, dans le cas dOrgnac, sur un remplis-sage argileux qui flue peu peu en directiondu point de soutirage. Le point dalimenta-tion (au plafond) demeurant fixe et la base sedplaant de quelques centimtres, la poussede la stalagmite est dcale chaque activitdu soutirage. Les observations gomorpho-logiques menes sur le terrain [Sadier et al.,2004] ont permis de montrer quil taitpossible dutiliser la rpartition spatiale deces stalagmites pour dlimiter laire dinfluence
du soutirage. En complment, les datationsU/Th et lanalyse de la structure interne surdeux chantillons [Sadier et al., 2007] ontpermis de montrer quil existe plusieurs phasesdiachrones de mobilit du sol et donc que
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KARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Stalagmitestranslates
Stalagmitesdroites
Soutiragecombl dematrielremani
Plafond calcaire
Remplissage argileux
TRANSLATION
Rupture dansle remplissage
Stalagmitesbascules
Schma sans chelle
Figure 1 : Localisation
du site dtude dans le
rseau dOrgnac.
Location of the studied
place within the
Orgnacs network.
Figure 2 : Typologie des
stalagmites identifies dans lasalle 1 et relation avec lactivit
du soutirage endokarstique.
Stalagmites typology identified
in room 1 and relation with
suffosion activity.
Photo 1: Les stalagmitestranslates de la salle 1
dOrgnac II prsentent un coude
caractristique durant leur
croissance. Cest la mobilit du
sol (ici en relation avec lactivit
dun soutirage karstique) qui
explique la translation de lobjet
alors que lalimentation
provenant du plafond reste fixe.
Clich Stphane Jaillet.
Shifted stalagmites in room 1 of
Orgnac II show a characteristic
bend while growing. The shifts
may be explain by soil mobility
(in connection with a karsticracking) while the ceiling supply
remains stationary.
0 500mPONT-SAINT-ESPRIT
PIERRELATTEPIERRELATTE
VALLON
PONT-D'ARC
L'Ardche
LaCze
L'Ibie
L e R h
n e
0 10 km
AVEN
DORGNACSalle 1Orgnac II
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lenregistrement propos par les stalag-mites translates ne rsultait pas dununique vnement.
Etudier les stalagmites translatesapparat comme une piste intressantepour apprhender lvolution splog-nique dun rseau, ici lie des souti-rages endokarstiques. Pour aller plus
loin dans cette analyse de lenregistre-ment par translation, il convenait demultiplier les donnes en travaillant surun plus grand nombre dchantillons.Mais il ntait pas envisageable, dans cesite class, de multiplier les prlve-ments. Or lutilisation des lidarsterrestres (laserscanning 3D) permetdanalyser ces formes naturelles sansmme les atteindre [Jaillet et al., 2009].De plus, lacquisition rapide de nuagesde points autorise denvisager detravailler sur des secteurs de grande
dimension. Ainsi, le recours au clonenumrique, permet de traiter unepopulation plus importante de stalag-mites sans porter atteinte leur intgrit.
Lobjet de cet article est de prsen-ter un travail de lasergrammtrie surune fort de stalagmites de lavendOrgnac: Grand site de France depuis2004, class au titre des sites depuis1946 (et 1974 pour les nouveauxrseaux). Lenjeu de ce travail est triple:(i) procder une analyse non destruc-tive des chantillons, sans parcourir la
fort de stalagmites afin de garantir laconservation du site; (ii) atteindre unecertaine exhaustivit dans lanalyse de lafort pour ne pas rduire linterprta-tion un chantillon unique mais bienla dvelopper lchelle de la totalitdes objets et (iii) montrer quil estpossible de valoriser ce travail au-del dela simple reconnaissance de formes, maisbien de dgager des informations quiservent in fine les reconstitutions splo-gniques dj avances sur le rseau[Delannoy et al., 2007].
Aprs avoir prsent les techniquesdacquisition des nuages de points sur le
terrain et de construction du modle3D, nous montrerons en quoi le dvelop-pement spcifique de mthodes desegmentation a permis dextraire demanire automatique chaque objet dela fort de stalagmites. Cette partie ancessit le dveloppement dun outilspcifique (logiciel interne) pour traitercette question. En second lieu, uneanalyse fine des morphologies externesdes concrtions montrera quel enregis-trement il a t possible de faire ressor-tir. Finalement, lorganisation des
rsultats sous forme de base de donnes rfrent spatial (Systme dInformationGographique) permet de structurer lesrsultats et datteindre lobjectif duntravail exhaustif sur la totalit de lobjetinvestigu.
I. Un modle 3D de la fortde stalagmites dOrgnac II
Parmi les diffrents secteurs richesen stalagmites translates, le choix sestport sur la salle 1 dOrgnac II, derrireltroit passage qui livra la cl des
nouveaux rseaux [Trbuchon, 2000](figure 1). La fort de stalagmites sesitue en bordure du cheminement misen place pour la visite splologiquerglemente de la cavit [Tocino, 2007].Il est possible de faire le tour de lobjetsans y pntrer et de maintenir ainsi sonintgrit.
A. Acquisition des donnes :
le nuage de points
Deux sances de lasergrammtrieont t effectues. Dans un premiertemps, le travail a t ralis avec unscanner Optech Ilris 3D [Sadier et al.,
2006; Jaillet, 2007; Jaillet et al., 2009].Cependant, ce lidar, adapt la mesurelongue porte, fonctionnant avec unetechnologie base sur le temps de vol,induit un bruit centimtrique dans lenuage de points, trop important pournotre problmatique. De ce fait, le nuagede points a t racquis avec un scannerLeica HDS 6000 mieux adapt ce typede travail en milieu souterrain (photo 2).La mthode de mesure est base sur ledcalage de phase (prcision inframilli-mtrique) et la fentre de travail est un
dme de 360 en rotation et varie de+90 65 en vertical. La scne a tleve partir de quatre positions de scan.Le pas du lev de scan tait de 6,3 mm 10 m. Il sagit dun pas moyen, quidpend de lloignement du scanner auxobjets scanns. Il est donn ici titreindicatif distance fixe. Cependant, ladimension gnrale de la fort de stalag-mites et la multiplication des points devue ont permis lobtention dun nuagede points suffisamment dense (avec unpas infracentimtrique) et compatible
avec les questionnements associs cettetude. Des sphres de go-rfrence-ment positionnes dans la scne(photo 2) ont t scannes trs hautersolution afin de procder un ajuste-ment et un alignement des nuages depoints selon les centrodes des sphres.Cette mthode a t complte par uneprocdure de best-fit sur les nuages depoints, consolidant et validant leursalignements rciproques. Il sagit deprocdures dalignement des nuages depoints bases sur la reconnaissance etlalignement des formes naturellesprsentes dans le nuage. Avec une telle
3S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Photo 2: Le scanner Leica HDS6000 lors de
lacquisition dun nuage de points. Il est
associ ici une station totale (tachomtre)
pour la topomtrie des sphres permettant
lalignement et le go-rfrencement du
modle. Clich Stphane Jaillet.
The Leica HDS6000 scanner during points
acquisition phase. It is here associated to a
total station (tachometer) for the topometry
of spheres used for alignment and
geo-referencing of the model.
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densit de points, lincertitude du recalage esttrs bonne (inframillimtrique). Lensemblede ces traitements a t ralis en partie sous lasuite logicielle de retro-ingnierie Polyworks,puis sous le logiciel Realworks et permet in
fine dobtenir un nuage de points dense de99 939 161 de points (pour la totalit duvolume souterrain scann). Seule la partie la
plus intressante, la fort de stalagmitesproprement dite, soit un espace de 72 m2, at conserve pour la suite de ltude soit10 % du nuage initial.
B. Elimination, nettoyage,filtrage
Les points relevant du plafond de la salleou des secteurs ne comportant pas de concr-tions translates ont t limins. Une analysedu plafond et des stalactites pouvait tre tentemais les rsolutions de scan tant ici encoretrop limites, ce travail na pas t ralis. Il
peut subsister aussi quelques points aberrantsdans la scne, lis des problmes de rflexionou des effets de bords (voiles de marie quisont la marque des points mal positionns, cartangents aux objets scanns). Ces points sontla plupart du temps limins la main (figure 3). En plus de llimination des pointsaberrants, un processus de filtrage permet (i)dliminer les points redondants (lis au
recouvrement des scnes de scan), (ii) duni-formiser la densit du nuage de points parr-chantillonnage, (iii) de lisser le nuage depoints afin de diminuer les rugosits lies aubruit de mesure. Des fonctions de filtrage sontoffertes par Polyworks et 3DReshaper.Diffrents traitements sappliquent auxdonnes 3D brutes [Curless, 1999; Girod et
al., 2000; Boehler et al., 2002]. Ce nettoyagepar filtrage consiste supprimer les pointstrop loin de la surface thorique. Il y a deuxpossibilits pour appliquer ce filtrage : soitpar ajustement de lintensit (un seuil) :suivant la valeur de cette intensit, onsupprime plus au moins de points; soit pardcoupage avec un critre de distance: spara-tion du nuage de points en plusieurs nuagesdont la distance minimum est la valeurindique par loprateur. A lissue de ce traite-ment il est paradoxalement dlicat de dfinir
le pas moyen du nuage de points. En effet, enlabsence de topologie (information de voisi-nage entre points), il nest pas possible demesurer la distance entre deux points sanscritre a priori. Ce pas peut tre apprci parla densit (rapport du nombre de points auvolume de la plus petite bote englobant cespoints), mais cela ne permet pas dapprcierla dispersion. Cest finalement le regard du naturaliste qui permet dassurer dunecertaine conformit entre le nuage de pointset la forme investigue. Ce contrle est effec-tu par un certain nombre de mesures point
point sur le nuage. Il a montr ici que le pas tait le plus souvent infrieur 5 mm,cest--dire proche des paramtres annoncspar le scanner.
C. Du nuage au maillagetriangulaire
Cest finalement partir dun fichier de8310322 points que lobjet denviron 72 m2
(dimension 6 m x 12 m) a t maill. Lelogiciel 3DReshaper sest avr ici le plusefficace pour ce type de traitement1 et a permisde gnrer un maillage triangulaire irrgulier
une maille moyenne dfini par lutilisateur.On parle alors de modle TIN ou mme deHRTINM (High Resolution TriangularIrregular Network Model) pour ce type dobjetnumrique maille continue. Du nuage de8,3 millions de points, plusieurs modles, des mailles de 15 mm, 20 et 35 mm ont tgnrs. Cest finalement le modle mailledense (15 mm; 814891 faces triangulaires)qui a t retenu car sapprochant au plus prs
4S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
KARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Figure 3 : Le nuage de points
aprs assemblage des diffrentes
scnes et suppression des
secteurs non retenus pour
ltude. Noter le travail de
suppression des points
slectionns (colors ici en
rose ) par loprateur sur une
partie dun nuage de points afin
dobtenir un nuage dbarrass
des artefacts de scan ou des
problmes de voile demarie . Hauteur approximative
de la plus grande concrtion:
1 m environ.
Points cloud after scenes
merging and removal of
invalidated places. Please note
the manual removal of selected
points (drawn in pink) on part of
the cloud. This avoids scan
artefacts or wedding veil
problems. Highest concretion
height is about 1 m.
Figure 4 : Modle TIN, aprs
prtraitement, obtenu avec
3DReshaper dune partie dun
nuage de points 3D reprsentant
la fort de stalagmites de
laven dOrgnac. Ce modle
contient 276031 points et
546139 triangles.
TIN post-treated model built
with 3DReshaper of part of the
3D points cloud of the Orgnacs
stalagmites forest. This model
contains 276031 points and
546139 triangles.
1. Cest un vrai mailleur 3D, cest--dire quil cherche crer une
topologie dans le nuage de points et non un mailleur 2,5D quiutilise la normale des points et ralise le maillage sur un plan derfrence, gnralement le plan perpendiculaire laxe de scan.
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de la ralit de lobjet naturel: des stalagmitesdune dizaine de centimtres de section et demoins dun mtre de hauteur (figures 4 et 5).Cette maille est la moyenne de la longueur desartes des triangles du modle. Nos dvelop-pements internes permettent cependantde recalculer cette longueur dartes en sortiede traitement logiciel. Avec une maille choisie
15 mm en entre de traitement sur3DReshaper, on obtient une longueur dartemoyenne e de 19 mm avec un cart-typede 4 mm. La distribution par classes deslongueurs obit une loi de Gauss (figure6).Lcart type est faible, ce qui montre la faibledispersion de la population des artes et doncla rgularit satisfaisante du modle pourtant maille irrgulire. Cette valeur e (ici 19 mm)devient ainsi la rfrence pour la suite dutraitement et une certaine limite dans les inter-prtations qui vont suivre.
Avant de passer au traitement suivant, ilconvient de vrifier la conformit du modle,cest--dire sassurer quil ne comporte aucuneerreur de topologie. En effet, lors de la trian-gulation (maillage), des faces anormales sonttrs frquemment gnres. Il peut sagir de (i)
faces non-manifold : si une arte appartient trois facettes ou plus ; (ii)faces croises :si les artes dune facette traversent une autrefacette ; (iii) faces redondantes : le nombredartes et de faces qui appartiennent un mme sommet doit tre identique ;(iv)faces allonges ( pics ) : une facette
allonge peut tre identifie en fonction deplusieurs critres: longueur darte, rapportbase/hauteur, rapport arte maximale/arteminimale; (v) faces instables (inverses) :une facette est instable lorsque sa normaleprsente une incohrence par rapport auxautres facettes. Ces erreurs peuvent tre dues un filtrage insuffisant du bruit, desparamtres de triangulation incorrects(cration dartes entre des sommets ne devantpas tre relis, par exemple), ou des formesdobjets trs complexes (objets prsentantplusieurs dtails fins, par exemple).
Si visuellement le rsultat de lalgorithmede maillage de 3DReshaper est trs satisfai-sant (figures 4 et 5), il convient nanmoinsde sassurer de la cohrence topologique dece modle, cest--dire labsence des anoma-lies voques ci-dessus, pour envisager destraitements plus avancs telle que la segmen-tation 3D. Pour vrifier et mme corriger cesventuelles incohrences dans le modle TIN,on lexporte sous Polyworks et plus prci-sment sous le module IMedit. La fonctionde dtection danomalies offertes par cemodule comptabilise ces erreurs (tableau 1).
Ces dfauts ont pu tre corrigs par lemodule IMedit de Polyworks. Une autre
intervention est galementenvisageable. Elle consiste boucher les trous quipeuvent subsister dans lemodle. Ces trous, dus uneabsence de faces, peuventavoir plusieurs origines : (i)
absence de donnes: la zonena pas t scanne correc-tement (problmes demasques sur le terrain); (ii)processus de maillage ineffi-cace: les trous apparaissent lorsque la densitdune zone est plus faible que sur le reste dela vue; (iii) mauvais nettoyage de bruit: lesfacettes anormales sont supprimes ; (iv)processus de recalage: il arrive courammentque lassemblage des vues entrane la crationde trous.
Les trous dans un maillage quinavaient pas t complts de faon automa-tique peuvent tre bouchs, le plus souvent
5S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14 5
Figure 5: Modle triangulaire haute rsolution (HRTIN Model). Il sagit vritablement dune
peau numrique maille irrgulire mais continue. Le modle ne contient ici aucune erreur
topologique. Il est sans trou, le traitement peut dbuter. Hauteur approximative de la
concrtion de gauche: 1 m environ.
High-resolution triangular model (HRTIN model). It may be seen as a numerical skin, irregularbut continuous. No topologic error neither hole can be found within the model. Treatment
can then start. Left-side concretion height is about 1m.
Figure 6 : Distribution
gaussienne des longueurs
dartes du modle TIN.
Moyenne = 19 mm,
cart-type = 4 mm.
Gaussian distribution of edges
lengths. Average = 19 mm,
standard deviation = 4 mm.
Nombre de faces 814891
Nombre de sommets 411804
Faces Non manifold 1
Faces redondantes 11
Faces croises 0
Faces instables 56
Faces allonges 0
Tableau 1: Analyse du maillage
(HRTINM) de la fort de
stalagmites de laven dOrgnac
cre sous 3DReshaper.
Meshing analyse of the
stalagmite forest of Orgnacss
aven (built with 3DReshaper).
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
0
0,0
1
0,0
1
0,0
2
0,0
3
0,0
3
0,0
4
Efecti
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manuellement, laide des deux modeleursPolyworks et 3DReshaper. Le remplissagedun trou se fait suivant la courbure localedonne par la surface qui entoure ce trou.Cette opration na pas t envisage ici carelle sapparente plus la construction dinfor-mations vocation purement esthtique,pouvant fausser les rsultats en crant denouveaux triangles sans validit de terrain.
II. Classification et segmentationdes stalagmites
Lobjectif tant lidentification et la carac-trisation morphologique des stalagmites,deux tapes ont t ncessaires: extraire lespoints du maillage 3D qui se trouvent sur lesstalagmites du reste de la scne dune part,et produire des modles cartographiques desconcrtions dautre part. Ce dernier point estbas sur lajustement de primitives gom-triques: des ellipses.
La mthode mise en place, est basesur le principe quune stalagmite peut tre
modlise par une succession dellipses super-poses suivant laltitude (z) (figures 7 et 8).Les observations menes sur le terrain et partir du modle 3D montrent que lellipse estla forme la plus proche des sections de stalag-mites investigues ici. Lextraction des stalag-mites devient alors un problme dextractiondes classes de points 3D de formes elliptiques
obtenues par intersections des plans perpen-diculaires laxe Z et le modle 3D de la scne(figure 7). Trois tapes sont appliques chaque plan (section) dintersection. Pourchaque section Si (ou plan), un ensemble dedonnes 3D contenant tous les points dumodle TIN ayant des altitudes comprisesentre Zi et Zi +/- h*e est dfini (i: numro dordredu plan; h compris entre 1 et 3 ; e : maillemoyenne du modle TIN). On considre quele plan de travail possde une certainepaisseur et quil recoupe les sommets du
modle TIN (figure 7). Une premire tapebase sur lalgorithme de classificationDBSCAN (Density Based Spatial Clustering ofApplications with Noise) [Ester et al., 1996],permet lidentification des clusters de points3D, denses et de formes arbitraires prsentesdans une section Si. Une deuxime tape apour but de ne garder que les clusters deformes elliptiques (figure 7). Lidentificationet la caractrisation de ces clusters elliptiquesse font par la mthode dAndrew Fitzgibbondajustement dellipses [Fitzgibbon et al.,1999]. Celle-ci consiste ajuster au mieux
un modle (ici la primitive gomtriqueellipse) sur des donnes 3D qui sont dans lecas prsent les vertex du modle TIN.
Enfin, une dernire tape affecte lesclusters elliptiques aux stalagmites corres-pondantes et traite les cas de fusion entrestalagmites. Ces diffrentes tapes dextractiondes stalagmites sont maintenant dtaillesdans leurs aspects respectifs et prcisent leschoix raliss pour mener bien lidentifica-tion et la caractrisation des stalagmites.
6S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
KARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Stalagmite
Plan de travail
Plan n-1
Plan n-2
Plan n+1
Plan i (courant)
Plan i-1
Plan i-2
Plan i+1
Modle TIN (maille e)
Pas detravail
Epaisseurdu plan
Sommets du TIN
Sommets projets
Autre stalagmite
Distance minimumentre 2 stalagmites
Paramtre dedensit DBSCAN
Maille e
D
D
R
R
x
y
z
Figure 7 : Principe de la mthode
du plan mobile (selon laxe z).Diffrents paramtres peuvent
tre choisis lors du traitement : le
pas du plan mobile, lpaisseur
du plan, la distance entre deux
stalagmites, le rayon de travail
de lalgorithme DBSCAN. Tous
ces paramtres sont dfinis en
fonction de la moyenne de la
maille du modle TIN: e.
Mobile plan method (against Z
axis). Some parameters can be
chosen for treatments: mobile
plane step, plane width, distance
threshold between two
stalagmites, radius for DBSCANalgorithm. All these parameters
are defined as a function of the
average TIN mesh size : e.
Figure 8 : Projection sur
le plan horizontal XY des
points 3D du modle TIN
appartenant une
section Si. Traitement et
rsultat de lalgorithme
DBSCAN sur le nuage de
points dunesection S. Noter les
ellipses ainsi extraites,
mais aussi les problmes
dassemblage de portions
extraites.
Projection against XY
plane of the TIN model
3D points belonging to
section Si. Treatments
and results of DBSCAN
algorithm applied to the
3D points cloud of a
section S. Note the
extracted ellipses and the
difficulties in mergingsome of the extracted
portions.
Z
DBSCAN
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A. Extraction des clusters denses
A chaque section Si, un ensemblede points du modle TIN ayant desaltitudes comprises entre Zi et Zi- estextrait (figure6). Un premier traitementconsistant extraire les clusters (lesgroupes) denses et de formes arbitrairesest ncessaire et nous avons fait le choix
dutiliser lalgorithme DBSCAN: unalgorithme de classification non super-vis bas sur la notion de densit. Lesclusters identifis sont des rgionsdenses spares par des rgions qui lesont moins. DBSCAN repose sur lutili-sation de deux paramtres lis ladensit: le rayon maximum du voisi-nage dun objet R et le nombre minimumdobjets, MinPts, qui doit tre contenudans ce voisinage pour considrer lazone comme dense.
Lusage de DBSCAN ncessiteun choix adquat entre de ces deuxparamtres de densit. La valeur 2 estaffecte MinPts et on choisit R= 2*eavec e gal la distance moyenne entredeux points du modle 3D. Dans notrecas, le modle est un maillage 3D, donce correspond la longueur moyennedune arte du maillage. Comme cela adj t mentionn, elle est de 19 mm(figure 6).
Lalgorithme DBSCAN permet deconsidrer des clusters de formes
arbitraires telles que sphriques, tires,linaires, allonges, concentriquesIdentifier automatiquement et seule-ment les rgions de haute densit depoints permet lalgorithme de saffran-chir du bruit qui peut exister autourdun cluster dense et qui peut influen-cer la phase de modlisation des stalag-mites (ajustement dellipse). Au final,le rsultat du traitement est un ensemblede clusters de formes diffrentes.
Les clusters de forte densit ayantt extraits, il sagit ds lors dextraire
seulement les formes elliptiques, formessusceptibles de reprsenter des sectionsde stalagmites.
B. Ajustement dellipse
Lune des tches usuelles en recon-naissance de formes (identification) estdajuster une primitive gomtrique un ensemble de points. Cet ajustementconsiste chercher la primitive M, detype connu, dfini par les paramtres a(de forme et de position), qui ajuste au
mieux un ensemble de donnes. La morphologie des stalag-
mites nous a conduits choisir lellipsecomme primitive gomtrique. Cestlun des modles les plus tudisencore aujourdhui (scnes industrielles,mdicales, biologiques). Deuxmthodes ont t envisages pour ajuster
et dtecter cette primitive : (i) lesmthodes par vote/classification, tellesque les mthodes bases sur la trans-forme de Hough [Leavers, 1992; Yuenet al., 1989 ; Yin et al., 1992; Wu etWang, 1993], sur lalgorithme deRANSAC [Rosin, 1993 ; Werman etGeyzel, 1995], sur le filtre de Kalman[Porrill, 1990; Rosin et West, 1995] etcelles relevant du partitionnement flou[Dav et Bhaswan., 1992; Gath et Hoory,1995] et (ii) les mthodes doptimisa-
tion ou de moindre carr [Haralick etShapiro, 1993; Bookstein, 1979; Taubin,1991; Sampson, 1992 ; Gander et al.,1994].
Les premires techniques sontrobustes au bruit prsent dans lesdonnes (les points aberrants) mais sontmalheureusement lentes, imprcises etdemandent un grand espace mmoire.
Les autres mthodes sont basessur loptimisation dune fonction cot2 qui ajuste au mieux uneellipse sur un nuage de points donn. Les
avantages de ces dernires mthodessont leur rapidit et leur prcision. Parcontre, elles sont trop sensibles laprsence de points aberrants dans lesdonnes. Dans le cas de cette fort destalagmites, ce problme a t en partiersolu grce lutilisation de DBSCANpour le prtraitement des donnes, cest--dire lextraction des classes denses etde formes arbitraires.
En gnral, ces techniques sontbases sur un processus de minimisa-tion aux moindres carrs itratif bas
sur lexpression algbrique de lellipse(ou la conique en gnral). Ce proces-sus est coteux . De plus, dans uncontexte bruit et incomplet, il peutdevenir instable et fournir une solutionnon elliptique. Rcemment, une mthodedajustement robuste et non itrativeintgrant directement la contraintedellipticit a t propose [Fitzgibbonet al., 1999]. Elle est dj implmentesous MATLAB et disponible sur leweb3. La solution est obtenue simple-
ment en rsolvant un systme auxvaleurs propres gnralises.
Une premire segmentation parDBSCAN fournit des classes de points deformes arbitraires sur lesquelles est appli-qu lalgorithme de Fitzgibbon afindidentifier celles de formes elliptiqueset qui sont susceptibles de reprsenter
des stalagmites. Il existe deux contraintes ajouter au processus didentification(processus dajustement dellipses bassur la mthode de Fitzgibbon) desclasses elliptiques pour sassurer quellescaractrisent bien des concrtions.- Premire contrainte : observ sur le
terrain, le contour dune stalagmite,suivant une coupe transversale, estproche dun cercle. Cette propritnous amne ne garder que les classesde formes elliptiques pas trop allon-
ges, i.e. la longueur de demi-grandaxe de lellipse est infrieur au doublede la longueur de demi-petit axe;
.
- Deuxime contrainte : loprateur doitfixer le rayon maximal pour les stalag-mites extraire ; .
Lajout de ces contraintes lamthode dajustement dellipses deFitzgibbon nous permet de mieuxsegmenter les contours des stalagmitessuivant une section transversale Si
(figure 8) et permet de simplifier lesdonnes traiter et donc dacclrer leprocessus didentification.
C. Affectation des clusters aux
stalagmites correspondantes
Cette mthode dextraction desstalagmites est base sur le dplacementdun plan mobile suivant laxe Z(figure 7). Chaque classe de forme ellip-tique extraite une section Si, est traiteselon trois cas possibles: (i) elle faitpartie dune stalagmite dj extraite et
est affecte une liste de classes djidentifies; (ii) elle dfinit le dbut (latte) dune nouvelle stalagmite ou (iii)il sagit dun cas de fusion de deux stalag-mites et elle reprsentera cette fusion.Afin de diffrencier ces trois cas, onutilise la mesure des distances entre lescentres des classes elliptiques identifies des sections successives commeparamtre de classification.
On note ainsi les paramtres : Ei :une classe de forme elliptique (ou
C1 = L rmax
C1 = Ll2
{xi}1 i N
7S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
2. Cot sentend ici au sens informatique, cest--dire consommateur de temps et de mmoire.3. http://research.microsoft.com/en-us/um/people/awf/ellipse/fitellipse.html
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lellipse) extraite par la mthode de Fitzgibbon la ime section Si; Si: la ime section conte-nant les points du modle TIN ayant desaltitudes comprises entre Zi et Zi-h*e (e estla longueur moyenne des artes du maillage,h est le coefficient dpaisseur du plan mobile
compris entre 1 et 3).Pour le premier cas et chaque ellipse
Ei de la section Si, on calcule la distance eucli-dienne d entre son centre et le centre de la plusproche ellipse Ei-1 de la section prcdenteSi-1. Si d est infrieure un seuil 1 alors laclasse elliptique Ei appartient une stalag-mite dj identifie et sera donc ajoute laliste correspondante qui contient la classeEi-1. Le seuil 1 reprsente le dcalage entredeux sections transversales et successivesdune stalagmite.
On a donc: 1 = n x e avec n = 2 ou 3 ete : longueur moyenne des artes du maillage.
En gnral, on attribue la valeur 2 ndans le cas des stalagmites bien verticales etla valeur 3 dans le cas o les stalagmites sonttrop inclines par rapport la verticale. Onvite de dpasser la valeur trois pour ne pastomber dans le cas de fusion des stalagmites
expliqu ci-dessous (figures 6 et 8).Dans le deuxime cas, si Ei nappartient
pas une suite dellipses dj extraites car ladistance d est assez grande (d > 1) pour quellepuisse tre ajoute une stalagmite existante,alors on ralise le test de cas de fusion entredeux stalagmites. Il suffit de mesurer ladistance euclidienne dmoy entre son centre etle centre moyen des deux plus proches ellipsesEi-1 et Ei-1 de la section prcdente Si-1. Sidmoy est infrieure un seuil 2 alors la classeelliptique Ei reprsente une fusion (figure 9)
des deux stalagmites qui contiennent Ei-1 etEi-1. Sinon Ei ne peut tre que le dbut dunenouvelle concrtion. Une fois que tous lesclusters elliptiques sont affects aux stalag-mites correspondantes, il reste vrifier unedernire contrainte C3 avant dafficher le rsul-tat didentification des concrtions (figures 8et 9). Cette contrainte C3 impose lhypothsequune stalagmite est constitue au minimumpar 2 sections (ellipses).
A lissue de ce traitement, le modle 3Dest segment et la fort de stalagmites estautomatiquement extraite. Neuf tests
(tableau 2) ont t raliss faisant varier lepas entre deux plans (ou sections i), lpais-seur de ce plan (+/- h*e) et la distanceminimale entre deux stalagmites. Le rayonde voisinage lalgorithme DBSCAN est fixgal cette distance minimale. Les rsultatsen sortie de traitement sont variables selon cesparamtres. Le nombre de stalagmites dtec-tes varie ainsi de 88 136. Tous ces testssont globalement trs satisfaisants, mme sidans certains cas la continuit des ellipses lesunes au-dessus des autres nest pas assure,
8S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
KARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Figure 9 : Rsultat de la mthode dajustement dellipses dAndrew Fitzgibbon.
Results when applying Andrew Fitzgibbons ellipses fitting method.
TEST n Pas Epaisseur Distance min Stalagmites dtectes
1 1e +2e/-2e 3e 136
2 1e +1e/-1e 2e 112
3 1e +1e/-1e 3e 125
4 1e +1,5e/-1,5e 3e 1345 2e +2e/-2e 3e 88
6 1e +2e/-2e 2e 123
7 1e +1,5e/-1,5e 4e 128
8 1e +2,5e/-2,5e 2e 118
9 1e +2,5e/-2,5e 3e 131
Figure 10: Rsultatdidentification dune petite
partie de la fort des stalagmitespour un modle TIN de
rsolution 15 mm (14063 pointset 27536 triangles). (a) avec
dtection de la fusion des deuxstalagmites. (b) sans dtection dela fusion. On note une meilleure
identification des stalagmitespour des zones moins larges (une
dizaine de stalagmitesreprsentant presque les mmes
caractristiquesgomorphologiques). Le temps
dexcution est ici de15 secondes. Recognition resultson part of the stalagmites forestwhen using a 15 mm resolution
TIN (14063 points and27536 triangles). (a) Detection ofmerging stalagmites. (b) Without
merging detection. A betterrecognition is done when
applied on small regions (dozensof stalagmites having similar
geomorphologic characteristics).CPU time processing isabout 15 s.
Tableau 2 : Srie de testsdextraction automatique des
stalagmites en fonction dediffrents paramtres: le pas
entre deux plans (ou sections i),lpaisseur de ce plan (+/- h*e) etla distance minimale entre deux
stalagmites. Automaticstalagmites extractions using
following parameters : distancebetween two planes (or
sections i), planes width (+/- h*e)and minimal distance threshold
between two stalagmites.
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ou si dans dautres cas deux stalagmites nesont pas distingues. Une part de la validationsopre donc lil directement sur lemodle 3D. Pour la suite de ltude, nousavons choisi de retenir le test n4 qui, avec unpas de 1e et une paisseur limite (+/- 1,5 e),assure lextraction de 134 stalagmites. Avec leprojet de traiter lensemble de la fort de
stalagmites, il convenait de retenir un destests ayant maximis le nombre de stalag-mites dtectes.
Au-del de ce mode extraction et dumodle 3D color (figures 10, 11 et 12), ondispose dun tableau de synthse pour chacunedes stalagmites de la fort avec un certainnombre de paramtres affrents. Lexploitationdes donnes peut alors dbuter.
III. Exploitation des donnes:de la morphologie de chaque
chantillon ltude spatialede la fort de stalagmitesDe la fort des 134 stalagmites (photo 3),
une exploitation des donnes a t menepour une analyse gomorphologique etgographique de lobjet. Cette valorisation at dcline sous deux formes: (i) une analysede la morphologie externe des concrtions et(ii) une gestion sous base SIG de lensemblede la fort extraite.
En effet, les paramtres extraits automa-tiquement servent caractriser au mieuxlobjet dtude et permettent dans la suite
lexploitation des donnes. Il sagit notam-ment (figure 13) :- (i) de la position X, Y, Z des centres de
chaque ellipse;- (ii) des longueurs (a) et largeur (b) de
chaque ellipse;
- (iii) de lorientation par rapport au nord(axe Y) du grand axe de chaque ellipse;
- (iv) de llvation et de la distance projete(centre de lellipse de base centre de lellipsesommitale);
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Figure 11 : Exemple de rsultat dextraction dune partie de la fort de stalagmites. Noter
les stalagmites droites et bascules, bien extraites du modle et les stalagmites tombes au
sol, non extraites. Extraction result example on part of the stalagmites forest. Note the
straight and leaned stalagmites accurately extracted from the model and the fallen stalagmites
non-extracted.
Figure 12: Rsultat didentification
dune autre partie (341229 pointset 675661 triangles) de la fortdes stalagmites de lavendOrgnac; le rayon maximal estfix 0,25 m. La distance minimaleentre deux stalagmites dmin> = 4*e, o e est la longueurmoyenne dune arte du modleTIN de rsolution 15 mm. Le tempsdexcution est de quelquesminutes (entre 5 et 7 min).Recognition result on other
part of the Orgnacs stalagmiteforest (341229 points and675661 triangles). Maximumradius is set to 0,25 m. Minimal
distance threshold between twostalagmites dmin is greater orequal to 4*e with e the averagelength of TIN edges (resolution15 mm). CPU time processing isabout a few minutes (rangingfrom 5 to 7 minutes).
Photographie 3: Vue gnrale dela fort de stalagmites tudie.Noter les sphres servant aurecalage des scnes et augo-rfrencement. Le scanneremploy ici est un Optech Ilris 3D.Clich Stphane Jaillet. General viewof the studied stalagmite forest.Note the spheres used for scenes
merging and geo-referencing.The scanner used here is anOptech Ilris 3D.
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- (v) de la distance godsique (somme desdistances sparant deux centres dellipsesconscutifs) ;
- (vi) de lazimut du dplacement (centre delellipse de base vers le centre de lellipsesommitale).
Tous ces paramtres permettent de traiterrapidement une information dense et richesur la totalit de la fort de stalagmites.Quelques-uns sont prsents dans le tableau 3.
A. Les morphologies externesdes concrtions
Cest une information majeure qui a textraite. Il est en effet possible dinterprter lagomtrie externe des stalagmites pour mieuxcomprendre leur croissance et lvolutiongomorphologique du site. Ce type de valori-
sation rpond des questions gomorpholo-giques claires quant lvolution du site.
En effet, lanalyse splogntique delaven dOrgnac a mis en avant un importantcolmatage [Renault, 1967; Jaillet et al., 2007].Une part importante de ces sdiments est encours dvacuation par soutirage. La particu-larit morphologique des stalagmites tudies
ici a permis didentifier lemprise spatiale duou des soutirages et certaines modalits deleur fonctionnement.
Mesurer laction du soutirage revient mesurer le dcalage entre la base et le sommetdu coude de la stalagmite. Cependant, il a tnot sur le terrain que certaines stalagmitessont bascules et non translates (figure 2).Dans ce cas, elles ont subi une rotation deleur base et ne peuvent plus tre considrescomme enregistreuses de la mobilit par trans-lation du sol argileux. Pour tudier cette
mobilit, il est ici propos de considrer lecentre de la stalagmite (ici centre de chacunedes ellipses) comme tant laxe principal dela pousse des concrtions. Ltude de sectionspolies de quatre splothmes de cette fortla montr par ailleurs [Sadier et al., 2007]. Dslors, la mesure et la comparaison des coordon-nes X, Y, Z du centre des ellipses succes-sives dune mme stalagmite permettentdapprcier la translation observe (figure 13).Le pas entre chaque ellipse est le pas choisilors de la procdure dextraction. Ici, pour
10S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
KARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
coord.Y base
coord. X baseX
Y
Z
Elvation
D : Dplacement projet
Ellipse de base
Ellipse sommitale
a
a
b
b
D
D
azimut aazimut D
Distance godesique
0 1 2 3 4 5 6 7 8
0 1 2
2
3Axe Es t/Ouest
AxeNord/Su
d
Axe hor izontal
Axevertical
cm
cm
COUPE DEVELOPPEESTALAGMITE TRONCONNEE
PLAN
Figure 13: Vue idale dune
stalagmite translate et des
diffrentes mesures extraites
automatiquement du traitement
informatique ralis
(coordonnes X, Y, Z) du centre
de lellipse de base, diamtres a
et b de cette ellipse, azimut de
laxe a, hauteur E de la
stalagmite, dplacement D entre
base et sommet, azimut de ce
dplacement, distance
godsique.
Idealistic view of a translated
stalagmites and of the automatic
numerical measurements (X, Y, Z
coordinates) of the ellipse
centre, its a and b diameters, its
axes a azimuth, its height E, its
shifting D between base and
submit, this shifts azimuth and
its geodesic distance.
Elvation(m)
Dplacementhorizontal (m)
Distancegodsique
Axe A(m)
Axe B(m)
Max 1,254 0,258 1,295 0,237 0,212
Min 0,018 0,001 0,022 0,021 0,014
Moyenne 0,243 0,038 0,254 0,072 0,054Ecart-type 0,250 0,043 0,256 0,035 0,028
Figure 14 : Analyse de la croissance sur une des stalagmites extraites du modle 3D. La
stalagmite (ou plutt son clone numrique) est trononne selon un plan horizontal
mobile. Les sections extraites permettent danalyser la variation spatiale des centrodes
des ellipses successives. On identifie ici (en coupe dveloppe et en plan) deux phases de
translation marques par les flches orange. Elles tmoignent de la mobilit du support
de la stalagmite au cours du temps, le point dalimentation restant fixe.
Growing rate analysis of one of the extracted stalagmite from the 3D model. The
stalagmite (rather its numerical clone) is sliced horizontally. The slices allow then
quantifying the spatial variability of the ellipses centres. Two translation phases (orangearrows) were identified. This proves the displacement of the stalagmites support with
time, while the sourcing point remaining stable.
Tableau 3: Caractristiques principales de la population des 134 stalagmites de la fort de
concrtions dOrgnac. Main characteristics derived from the 134 stalagmites in Orgnacs
stalagmites forest.
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les besoins du traitement sur un chantillondmonstratif, nous avons descendu ce pas 10 mm. La figure 14 montre la mthodologiegnrale applique la mesure de la transla-tion sur cette stalagmite.
Ici, cette analyse permet de mesurerfinement une translation gnralise de lordrede 8 mm mais aussi de faire ressortir que la
stalagmite a enregistr deux phases desoutirages avec deux directions diffrentesde translation, une NE/SW et lautre SW/NE.La projection des centrodes des ellipsessuccessives, en plan et sur une coupe dvelop-pe (figure 14), fait clairement apparatre cesdeux phases diachrones de translation quiponctuent la croissance de la stalagmite. Uneplus grande acuit dans la lecture du phno-mne est obtenue ici, puisque jusqu prsent,il ne pouvait tre relev manuellement ( laboussole, photo page de couverture) quune
direction majeure [Sadier et al., 2004] et ilntait pas possible de mesurer la valeur desdeux translations enregistres dans lastalagmite.
Ce travail de dtail, men lchelle delchantillon et de la srie dellipses qui lecompose montre les potentialits dune telleapproche pour un travail de quantificationdun phnomne comme un soutirageendokarstique. Il devient possible de dtec-ter et de mesurer des enregistrements morpho-logiques fins, pas toujours visibles lil nuou lisss dans un signal global dont le dtail
chappe en premire analyse.Si la mthode montre toute sa puissance
en termes de potentiel danalyse sur lesmorphologies externes des concrtions, ellesapplique, on laura compris, sur un ensembleimportant de stalagmites. Cet ensembleimpose le recours une gestion de linfor-mation sous forme de base de donnes.
B. Un SIG pour une gestion efficace
de linformation
Loutil SIG (Systme dInformationGographique) sest impos pour la gestion,
le traitement et lexploitation de ces donnes(ici sous logiciel ArcGis). A cette base dedonnes, nous avons ajout une couchedinformation indispensable: la topographiedu sol. Elle a t extraite du modle 3D delensemble du site en ne retenant quune sriede points pertinents au sol et en faisantabstraction des stalagmites. Le MNT (modlenumrique de terrain) a t construit sousforme dune grille pas rgulier: 0,25 m. Cepremier traitement permet de proposer unfond de carte du site dtude: carte en courbesde niveaux avec une quidistance de 0,1 m.Il permet ainsi de gnrer des cartes des pentesou des orientations de pentes.
Cest sur la base de ce fond topogra-phique que lanalyse de lensemble de la fortde stalagmites a t mene sous la doubleentre suivante: orientation du dplacementet importance du dplacement.
Orientation des dplacements
Pour toutes ces orientations, huit classesont t retenues. Elles correspondent auxdirections cardinales majeures et leur bissec-trice, savoir: nord, nord-est, est, sud-est,sud, sud-ouest, ouest et nord-ouest. La distri-bution par classe (figure 15) ne permet pas,en premire analyse, de faire ressortir uneclasse dominante.
Sur le terrain, il a t possible de proc-der une srie de mesures de directions dedplacement entre la base et le sommet de25 stalagmites. Lerreur entre lorientationproduite par le traitement sur modle 3D et
la mesure sur le terrain varie de 5 175.Nous avons compar cette erreur avec linten-sit du dplacement projet (figure 16). Or cedplacement varie de 0,001 m 0,25 m(tableau 3). On constate quau-del dun dpla-cement projet (entre la base et le sommet)de 7 cm, lerreur est acceptable. Nous faisonsdonc le choix de ne retenir pour lanalyse dusoutirage, que les stalagmites ayant connuune translation suprieure cette valeur.Seules 18 stalagmites (sur 134) rpondent
11S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-14
Figure 15 : Distribution, par
classe de direction, de la
population des 134 stalagmites
retenues lissue de la
segmentation (couleurs claires)
et des 18 stalagmites retenues
lissue du tri par longueur du
dplacement (couleurs
soutenues). Sur les
134 stalagmites, toutes les
classes sont relativement bien
reprsentes et il est dlicat
didentifier une direction
significative de la dynamique de
soutirage recherche ici.
Cependant le tri par longueur du
dplacement (seuil 7 cm) montre
que, sur les 18 stalagmites
retenues, la classe nord-ouest est
la plus importante.
Directions statistical distribution
of the 134 stalagmites kept at
the end of the segmentation
process (light color) and of the
18 stalagmites kept after the
sorting process by length ofdisplacement (dark color). The
distribution of the
134 stalagmites is quite
homogenous and it is difficult to
identified one direction as the
most significant in terms of
spatial dynamics looked for in
this work. However, the sorting
by length of displacement
(>7cm), which allows to keep
only 18 stalagmites shows that
the NW orientation dominates.
0
45
90
135
180
0,00 0,05 0,10 0,15 0,20Dplacement horizontal (m)
Erreurterrain/modle
Pas de scan ( 5 mm approximatif)
Maille moyenne du TIN (19 mm)
Limite de la mthode
Figure 16 : Reprsentation delerreur mesure sur le terrain
et du dplacement propos par
le traitement sur modle 3D.
Au-del de 7 cm, lerreur est
acceptable. Cette valeur marque
la limite de la mthode.
Comparison between on-field
measured error and
displacement proposed by 3D
model extraction. The error is
acceptable, over 7 cm. This value
is the limit of the method.
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
Est
Nord
Nord-Est
Nord-
Ouest
Ouest
Sud
Sud-Est
Sud-
Ouest
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cette condition. La distribution par classe deces 18 stalagmites retenues (figure 15) montreque la population nord-ouest est la plus repr-sente. Un dplacement relatif dans la crois-sance de stalagmite vers le nord-ouest est
significatif dun dplacement rel du sol versle sud-est et cest justement vers le sud-estde la zone investigue que se situe le souti-rage. La mthode (limite aux stalagmitesretenues) semble donc valide sur ce point.
Intensit du dplacement
La distribution de lintensit des dpla-cements est reprsente par classes direc-tionnelles (figure 17) selon la mthode desbotes et moustaches. Chaque bote reprsente50 % de la distribution, la barre centrale, lamdiane et les moustaches, 90 % de cette
distribution. Les valeurs au-del sont repr-sentes par des points. Ces valeurs extrmessont le fait justement des stalagmites bascu-les et ne correspondent pas un enregistre-ment de la translation associe au soutirage.On constate ici, que la direction nord-ouest,en violet (traduisant une translation du solvers le sud-est) est caractrise par trois indica-teurs : (i) la plus large plage de gamme dedplacements (bote 50 %) ; (ii) desmoustaches courtes (90 %) et (iii) labsencede valeurs extrmes. Il sagit dune distribution en cloche , peu tale qui pourrait rvler
le bon enregistrement de la translation du sol
dans la croissance des stalagmites rassemblesici dans cette classe directionnelle.
Pour mieux identifier les stalagmitestranslates, il convenait de chercher un critrede tri automatique. Nous avons fait le choixde comparer la distance godsique (sommedes distances sparant deux centres dellipsessuccessives) lhypotnuse (distance entre
le centre de lellipse de base et le centre delellipse sommitale). Plus une stalagmite esttranslate, plus la distance godsique vatre importante au regard de lhypotnuse.La figure 18 reprsente le graphe de corrla-tion. La corrlation est trs forte, cependantcertains points sloignent de la droite y = x.Cet loignement est la marque des concr-tions translates ayant une distance god-sique plus forte que leur hypotnuse. Cesstalagmites sont identifies ici par une flche.On note que le critre seuil de dplacement
(infrieur ou suprieur 7 cm) marqupar des points bleus ou rouges nest pas li ce tri.
Analyse spatiale
La reprsentation spatiale des stalagmitespar classe dorientation de dplacement a tralise (figure 19). Sur cette figure (carte degauche), on reprsente la fois les classesdorientation du sol (grille de 0,25 m) et lesdirections des stalagmites4. Il apparat que,dans certains secteurs (partie nord et partiesud de la carte), le sol prsente majoritaire-
ment une pente oriente sud-est correspon-dant lattractivit du soutirage de la salle 1,situ effectivement dans cette direction. Lesstalagmites significatives qui prsentent undplacement suprieur 7 cm sont marquesdun trait noir pais. Parmi celles-ci, certainesprsentent effectivement une orientationnord-ouest correspondant une mobilit sud-est du sol. La gestion des donnes sous SIGpermet de les identifier et ainsi dorienter lesstratgies de prlvement qui peuvent treconduites afin daffiner la connaissance delenregistrement par translation.
Lintensit du dplacement est analyseen croisant cartographiquement la carte despentes (figure 19, carte de droite), avec lavaleur de ce dplacement. Ces pentes sont
12S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
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0.8
1
1.2
1.4
Hypotnuse
0 0.2 0.4 0.6 0.8 1 1.2 1.4Distance godsique
> 7cm
< 7cm
Hypo
tnuse
Distance projete(avec seuil 7 cm)
D
i
st
ance
god
si
que
Elevation
Figure 17: Distribution
des dplacements
horizontaux par classes
directionnelles. Pour
chaque classe, la bote
reprsente 50 % de la
distribution. La barre
horizontale dans la bote
est la mdiane. Les
moustaches hautes et
basses reprsentent 90 %
de la distribution.
Les points au-del
des moustaches
reprsentent les valeurs
qui dpassent 90 %.
Horizontal displacements
distribution. For each
class, box represents 50 % of the
distribution. Horizontal bar
within a box represents the
median. High and low
moustaches represent the 90 %
confidence interval. Out bounds
points corresponds to values
beyond the 90 % confidenceinterval.
Figure 18: Corrlation entre
lhypotnuse (distance du centre
de lellipse de base au centre de
lellipse sommitale) et la distance
godsique (somme des
distances sparant deux centres
dellipses successives).
Les chantillons sont
diffrencis selon le critre de
dplacement horizontal
(infrieur 7 cm en bleu;
suprieur 7 cm en rouge).
Correlation between hypothenus
(slope distance between basal
ellipse centre and top ellipse
centre) and geodesic distance
(total distances between two
successive ellipse centre). The
samples are differentiated
according to the criteria of
horizontal displacement ( 7cm: red).
-0.05
0
0.05
0.1
0.15
0.2
0.25
0.3
D
placementhorizontal(m)
Est
Nord
Nord-Est
Nord-Ouest
Ouest
Sud
Sud-Est
Sud-Ouest
4. Il a de mme t reprsent sur la carte 19 gauche, lorientationde laxe A de lellipse de base de chacune des stalagmites. Enpremire approximation, on pouvait supposer que cet axedallongement prfrentiel pouvait tre corrl avec la direction detranslation, mais il nen est rien. Cette orientation de laxe Apourrait plutt sexpliquer par la variabilit directionnelle desgouttes deau qui alimentent le plafond et cest peut-tre danslorientation des courants dair du rseau quil faudrait chercherlexplication. Le drain majeur est justement plutt nord-sud et cest
une direction qui est assez bien reprsente dans la population.En labsence de mesure in situ de ces courants dair, il est assezdifficile daller plus avant sur ce point.
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classes en 5 classes et le dplacement estreprsent en valeur et en orientation relle,dans le sens sommet - base. On constate queles dplacements les plus importants sontdans la partie centrale de la zone tudie, lo paradoxalement la pente nest pas la plusintense. La vrification sur le terrain montrequil sagit parfois de stalagmites bascules
(figure 2). Elles ne sont pas rattacher auxstalagmites translates recherches ici. Alinverse, dans les secteurs pente plus impor-tante, plusieurs stalagmites translates rvlentdes dplacements, gnralement infradci-mtriques, mais qui sont en accord avec lesdirections recherches, associes la prsencedu soutirage dans le sud-est de la carte.
Lanalyse spatiale conduite sur la fortsegmente des stalagmites a permis demontrer quil tait possible didentifier lesclasses directionnelles prfrentielles associes
la dynamique gomorphologique recher-che. Cependant, la distribution des direc-tions, les seuils de pertinence de dplacement,la rpartition gographique des stalagmites,les corrlations avec lintensit des pentes oulorientation du MNT montrent que lenre-gistrement du soutirage ne concerne pastoutes les stalagmites. Cet enregistrementsemble ne concerner que certaines stalag-mites et le travail prsent ici permet juste-ment de les identifier.
Discussions et conclusions
Lobjectif du travail prsent ici taittriple: il sagissait de montrer quil tait possible(i) de travailler sur des formations stalagmi-tiques sans les perturber, ni mme parcourirla zone dtude, ceci motiv ici par des soucisde conservation du site ; (ii) de travailler avecune approche complte , sur la totalit delobjet et non de limiter ltude un chan-tillon unique et (iii) dextraire de manireautomatique un certain nombre dinforma-tions et de paramtres apportant une certainerponse sur des questions gomorphologiquespralablement tablies par le dveloppement
de mthodes informatiques adaptes.Sur ces trois points, il a t possible de
montrer lintrt de la mthode. En effet, lerecours au scanner laser a permis de releversur le terrain un nuage de points hautedensit et de traiter ce nuage. Celui-ci, assem-bl, filtr, nettoy a ensuite t maill pourobtenir un modle TIN maille fine (19 mm),vritable clone numrique de la fort de stalag-mites sur lequel le traitement a pu dbuter.Ce traitement a t men sur la totalit de lafort. Il a consist en une segmentation dumodle et a permis dextraire 134 objets. Pourchacun de ces objets (une suite dellipsessuperposes et classes), des informations
automatiques ont t extraites : lvation,orientation, distance godsique, azimut, axeA et B des ellipses, etc. Ces informations ontpermis danalyser la translation de la stalag-mite au cours de sa croissance, translationlie la mobilit du sol, lui-mme sous ladpendance du soutirage endokarstiqueidentifi dans le secteur.
Loutil SIG a galement t utilis pourtraiter la totalit des informations et les croiserspatialement. Il a permis de reconnatre lesdirections supposes tre associes la
dynamique du soutirage ou de comparerlimportance du dplacement par rapport lavigueur de la pente du sol. En limitant lana-lyse une population pertinente de stalag-mites (celles ayant connu un dplacementsuprieur 7 cm), le travail a permis de dgagerune classe directionnelle prfrentielle dansles directions de mobilit. Par contre, sil napas t possible de corrler clairement limpor-tance du dplacement la pente du sol, celatient essentiellement la variabilit des stalag-mites reprsentes dans la fort. Celles-ci nesont pas synchrones [Sadier et al., 2007] etnont donc pas pu enregistrer ensemble lamobilit du sol. Un certain nombre dentre
13S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnacKARSTOLOGIA n 53, 2009 1-19
0.001
0.01
0.1
1.5 - 12
12 - 19.5
19.5 - 27.5
27.5 - 37
37 - 53
0 2m
Equidistancedes courbes deniveaux : 0,1 m
Les orientations au sol correspondent la ligne de plus grande pente de chaque portiondu modle numrique de terrain. La maille du raster est de 0.25 m (carte de gauche)
Orientation de l'axe A des stalagmites (carte de gauche).
Nord
Sud
EstOuest
Nord-Est
Sud-EstSud-Ouest
Nord-Ouest
Classes d'orientation(sol et stalagmites)
L'orientation des stalagmites est prsente par la couleur et par une flche directionnelle.Ces orientations sont calcules de la base vers le sommet (carte de gauche).Les stalagmites pertinentes (dplacement suprieur 7 cm) ont un contour plus pais.
Importance du dplacement(en mtres)
Localisation stalagmites (carte de droite).
Classes des pentes duMNT du sol (en degrs)
N
Figure 19 : Rsultatscartographiques des traitements
raliss sous systme
dinformation gographique.
gauche, les orientations des
dplacements des concrtions
(de la base vers le sommet) sont
compares avec lorientation du
sol, selon huit classes
directionnelles. Sur cette mme
carte, lorientation de laxe A de
lellipse de base est reprsente
titre indicatif. A droite,
limportance du dplacement,
cette fois du sommet vers la base
(le symbole est proportionnel
ce dplacement et correctementorient) est compare avec la
carte des pentes (5 classes
exprimes en degrs).
Maps of treatment done within
a Geographic Information
System. On left side,
displacement orientations (from
the base to the submit) are
compared to the soil orientation
against height direction classes.
On this same map, orientation of
A axis of base ellipse is drawn
for information. On right side,
displacement amplitude (symbol
is proportional to this amplitude
and correctly oriented) iscompared to the slopes map
(5 classes, unit in degrees).
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elles sont bascules et bien quelles soientconstitues dune suite dellipses, ellesne constituent pas un enregistrement dela mobilit du sol. Pour les distinguer,plusieurs critres de tri ont t tests. Lerapport hypotnuse/distance godsiquesemble pertinent, notamment pourdistinguer les stalagmites bascules de
celles translates. Il conviendra, lave-nir, de poursuivre ce type de tri surmodle 3D afin dautomatiser encore plusles procdures didentification des objetsrecherchs qui rpondent au mieux laproblmatique pose au dpart.
De lobjet endokarstique complexe(une fort de stalagmites) au modlenumrique 3D, il a t montr ici que lerecours lanalyse sur clone numriqueautorise des traitements pousss sur latotalit de lobjet sans jamais porter
atteinte lintgrit de cet objet. Loindtre une mthode alternative auxtudes menes sur les stalagmites, cetteapproche se veut complmentaire auxanalyses conduites actuellement (struc-tures internes des splothmes, gochi-mie, gochronologie) et ne saurait lesremplacer. Au contraire, conduite avec
efficacit et pralablement ces analysesdestructives, la mthode 3D sur modlenumrique pourrait permettre de repla-cer ces analyses dans un cadre plus largeet permettrait dorienter avec plus deffi-cacit les stratgies de prlvement.
En outre, dans un souci lgitime etcroissant de prservation du milieusouterrain, cette mthode externe, quilimite les interventions sur le terrain,permettrait de conserver une mmoirenumrique des stalagmites qui feraient
ventuellement lobjet des prlvementsncessaires aux analyses internes que lamthode aurait justement orients.Objets emblmatiques du milieu souter-rain, riches dune information environ-nementale sans cesse dmontre, lesstalagmites mritent bien cette attention.
Remerciements
Cette tude a t ralise dans le cadredune bourse BDI CNRS (Thse Hajri) et detravaux de recherches mens sur lavendOrgnac et financs par la DIREN Rhne-
Alpes et la commune dOrgnac-laven. Uncertain nombre de personnes ont participaux travaux dacquisition des donnes sur leterrain et nous tenons les en remercier. Il
sagit de Didier Cailhol, Isabelle Couchoud,Yago Delannoy, Russell Drysdale, JulietteGauchon, Emmanuel Malet, Anne-SophiePerroux, Franoise Prudhomme, StphaneTocino et Matthieu Thomas.
14S. HAJRI, B. SADIER, S. JAILLET et al, Analyse spatiale et morphologique dune fort de stalagmites par modlisation 3D dans le rseau dOrgnac
KARSTOLOGIA n 53 2009 1 14
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