336
Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset bakteriologia immunologia virologia genetiikka UTULab 2012 2014

Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

Embed Size (px)

Citation preview

Page 1: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset

bakteriologiaimmunologia

virologiagenetiikka

UTULab

20122014

Page 2: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

Toimittajat: Erkki Eerola Jukka Hytönen Merja Kuttila

ISSN: 1457-3997

Kirjapaino: Bookwell Oy, Porvoo 2012

Page 3: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

3

UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriotTurun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologiaTurun yliopisto, virusoppiTurun yliopisto, lääketieteellinen genetiikkaTerveyden ja hyvinvoinnin laitos, Tartuntatautiseurannan- ja torjunnan osasto, Mikrobilääkeresistenssiyksikkö, mykobakteerilaboratorio

Asiakasneuvoja Merja Kuttila puh. 0400 479 749, (02) 333 7404 email:[email protected]

Internet http://www.utulab.fi

Postiosoite Kiinamyllynkatu 13 20520 Turku

Asiakaspalaute: http://www.utulab.fi

Turun yliopiston Lääketieteellisen mikrobiologian ja immunologian laboratorio (T148) ja Virusopin laboratorio (T255) sekä THL, mykobakteerilaboratorio (T077) täyttävät kansainvälisten standardi-en SFS-EN ISO/IEC 17025 asettamat pätevyysvaatimukset laboratorion toiminnalle. Finas akkre-ditointipalvelu (the Finnish Accreditation Service) on myöntänyt laboratorioillemme akkreditoin-nin. Akkreditoinnin piiriin kuuluvat tutkimukset löytyvät Mittatekniikan keskuksen internet-sivulta http://www.finas.fi

Page 4: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

4

Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia

Osoite: Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku

Puhelimet: Toimisto (02) 333 7424, fax (02) 233 0008 Autoimmuunilaboratorio (02) 333 7419 Bakteerilaboratorio (02) 333 7415 Immunogenetiikan laboratorio (02) 333 7026 Immunokemiallinen laboratorio (02) 333 7422 Lymfosyyttilaboratorio (02) 333 7406 Näytteenottotarvikkeet, jakelu (02) 333 7501 Näytteiden käsittely (02) 333 7430 Näytteiden vastaanotto (02) 333 7080 Osastonhoitaja (02) 333 7487 PCR-laboratorio (02) 333 7420 Serologinen laboratorio (02) 333 7401 Suolistobakteerilaboratorio (02) 333 7414

Asiantuntijat:

Diagnostisen palvelutoiminnan johtaja:LKT Erkki Eerola, dosentti, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, bakteeri ja PCR-tutkimukset. Puh.(02)3337413,email:[email protected]

LT Jukka Hytönen, dosentti, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, bakteeriserologiset tutkimukset.Puh.(02)3337428,email:[email protected]

LKT Jorma Ilonen, professori, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, immunogeneettiset tutkimukset.Puh.(02)3337028,email:[email protected]

LKT Olli Lassila, professori, autoimmuuni-, komplementti- ja lymfosyyttitutkimukset. Puh.(02)3337411,email:[email protected]

LT Arno Hänninen, dosentti, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, autoimmuuni-, komplementti- jalymfosyyttitutkimukset.Puh.(02)3337526,email:[email protected]

LKT Jussi Kantele, dosentti, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, autoimmuuni-, komplementti- jalymfosyyttitutkimukset.Puh.(02)3337423,email:[email protected]

Page 5: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

5

Turun yliopisto, Virusoppi

Osoite: Kiinamyllynkatu 13 20520 Turku

Puhelimet: Toimisto (02) 333 7461 Vastauskyselyt (02) 333 7476 Näytteiden vastaanotto (02) 333 7463

Telefax (02) 251 3303

Asiantuntijat:

Diagnostisen palvelutoimen johtaja:LT Tytti Vuorinen, dosentti, kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri. Puh.(02)3337470,email:[email protected]

FT Piritta Peri, erikoistuva sairaalamikrobiologi.Puh.(02)3337473,[email protected]

LKT Veijo Hukkanen, professori, virusopin dosentti. Puh.(02)3337417,email:[email protected]

FT Matti Waris, dosentti. Puh.(02)3337465,[email protected]

Page 6: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

6

THL, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Tartuntatautiseurannan- ja torjunnan osasto, Mikrobilääkeresistenssiyksikkö, Mykobakteerilaboratorio

Osoite: Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku

Puhelimet: Vaihde 020 610 6000 Vastauskyselyt; Mykobakteerilaboratorio 020 610 6611 tai 020 610 6612

Telefax 020 610 6699

Asiantuntijat:

Laboratorion johtaja:FT Hanna Soini, dosenttiPuh.0206106608,506608(privatel),email:[email protected]

FK Merja Marjamäki, erikoistutkija Puh.0206106628,email:[email protected]

Page 7: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

7

Turun yliopisto, Lääketieteellinen genetiikka

Osoite: Kiinamyllynkatu 10, 20520 Turku

Puhelimet: Toimisto (02) 333 7451 Kromosomilaboratorio (02) 333 7233, (02) 333 7225 DNA-laboratorio (02) 333 7458

Telefax (02) 230 1280

Asiantuntijat:

Diagnostisen palvelutoimen johtaja:FT Johanna Schleutker, professoriPuh.(02)3337453,Email:[email protected]

FT Maarit Lappalainen, sairaalageneetikkoPuh.(02)3337264,Email:[email protected]

LT Marja Hietala, dosentti, perinnöllisyyslääketieteen erikoislääkäriPuh.(02)3337451,Email:[email protected]

Page 8: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

8

UTULab

Mikrobiologia terveydenhuollon tarpeisiin täyden palvelun talostaKliinisen mikrobiologian tutkimukset tähtäävät infektiotautien etiologian selvittämiseen ja elimis-tön immuunipuolustusjärjestelmän mittaamiseen. Molemmat alat ovat merkitykseltään lisäänty-viä nykyaikaisessa terveydenhuollossa. Potilaita infektoivien mikrobien lajimäärä on suuri ja ala onkin jakautunut osa-alueisiin: bakteriologia, virologia, mykologia, parasitologia. Immunologian tietämystä tarvitaan kaikilla näillä osa-aloilla. Eri alojen tutkiminen vaatii erikoistuneita ja erillisiä-kin laboratorioita, mutta asiakkaalle on tärkeää, että UTULabista saa koko mikrobiologisen tutki-musvalikoiman yhdestä lähetysosoitteesta. Tieteelliseen tutkimukseen perustuva osaamisemme immuunipuutoksista, komplementitsta ja autoimmuunitaudeista takaa hyvän diagnostiikan myös tällä osaalueella. Koska pyrimme tutkimusten korkeaan laatuun mahdollisimman edullisin kustan-nuksin, kehitämme jatkuvasti menetelmiämme ja keskinäistä työnjakoamme. Haluamme kehittää kaikkia mikrobiologian osa-aloja ja korostamme asiantuntijuuden ja tieteelliseen tutkimukseen perustuvan tuotekehittelyn merkitystä. UTULab vastaa siitä, että lähetty näyte tutkitaan ajanmu-kaisin menetelmin.

Tästä UTULabin ohjekirjasta löydätte kaikki eri laboratorioiden tekemät tutkimukset. Tiedämme, että ennen kuin laboratoriotutkimus vaikuttaa potilaan tutkimus- ja hoitoprosessiin tarvitaan usein yksityiskohtaistakin tietoa tutkimuksen perusteista ja tulkinnasta. Koko UTULabin henkilökunta haluaa palvella tehokkaamman potilashoidon hyväksi luovuttamalla tietonsa ja taitonsa käytet-täväksenne.

UTULabin puolesta

Erkki Eerola

Diagnostisen palvelutoimen johtajaTurun yliopistoUTULabLääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia

Page 9: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

9

SisällysluetteloUTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot .......................................................................................3

Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia ..............................................4Turun yliopisto, Virusoppi ........................................................................................................5THL, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Tartuntatautiseurannan- ja torjunnan osasto, Mikrobilääkeresistenssiyksikkö, Mykobakteerilaboratorio .......................................................6Turun yliopisto, Lääketieteellinen genetiikka ...........................................................................7

UTULab .........................................................................................................................................8

Mikrobiologia terveydenhuollon tarpeisiin täyden palvelun talosta ................................................8

Sisällysluettelo ...............................................................................................................................9

Yleistä mikrobiologisista tutkimuksista ........................................................................................18

Näytteiden lähetysohjeet .............................................................................................................19

Näytteiden ottaminen...................................................................................................................20Leukosyytti- ja lymfosyyttinäytteet .........................................................................................20Bakteriologiset näytteet .........................................................................................................20Serologiset näytteet ..............................................................................................................21Virologiset näytteet ................................................................................................................23Virologisten näytteiden säilytys ja lähettäminen ....................................................................24Virologisten tutkimusten valitseminen ja lähetteen täyttäminen ............................................25Oireenmukainen suositus virologisten näytteiden ottamisesta .............................................25Bakteeri-PCR-näyteohjeet ....................................................................................................29Virus-PCR-näyteohjeet .........................................................................................................30

Tutkimusmenetelmät ...................................................................................................................31Bakteriologiset tutkimukset ...................................................................................................31Autoimmuunitutkimukset .......................................................................................................31Immunogeneettiset tutkimukset ............................................................................................32Komplementtitutkimukset ......................................................................................................33S-CH100 tuloksen tulkinta** ..................................................................................................33Lymfosyytti- ja leukosyyttitutkimukset ...................................................................................35Bakteeriserologiset tutkimukset ............................................................................................35Virologiset tutkimukset ..........................................................................................................36

Yleistä genetiikan tutkimuksista...................................................................................................39

Tutkimukset aakkosjärjesteyksessä ............................................................................................43

Page 10: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

10

ADENOVIRUS, ANTIGEENI (NENÄNIELUERITTEESTÄ) .........................................................43ADENOVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA) .............................................................................44ADENOVIRUS, IGG VASTA-AINEET ..........................................................................................44ADENOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...............................................................45ADENOVIRUS, PIKAVILJELY .....................................................................................................46AKONDROPLASIA (ACH), FGFR3-GEENIN GLY380ARG-MUTAATION TUTKIMUS ...............47ALFASARKOGLYKANOPATIA (LGMD2D), SGCA-GEENIN ARG77CYS-MUTAATION TUTKIMUS ..................................................................................................................................47ALFA-THALASSEMIA-MENTAL-RETARDATION (ATRX), ATRX-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ..........................................................................................................................48AMINOGLYKOSIDIEN AIHEUTTAMA KUUROUS, MT-RNR1-GEENIN 1555G>A-MUTAATION TUTKIMUS ..................................................................................................................................49AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), D90A-MUTAATION TUTKIMUS ................50AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), SOD1-GEENIN SEKVENSOINTI ..............50ANGELMANIN OIREYHTYMÄ (AS), 15q11-q13-ALUEEN METYLAATIO- JA KOPIOLUKUANALYYSI ..............................................................................................................51S-ANTISTAFYLOLYSIINI ...........................................................................................................52ANTISTREPTOLYSIINI ...............................................................................................................53ASPERGILLUS, ANTIGEENIOSOITUS ......................................................................................53ASPERGILLUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS ..........................................................................54BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS PCR-TUOTTEEN SEKVENSOINNILLA ......................................56BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS (AEROBIBAKTEERI, ANAEROBIBAKTEERI).............................................................................56BAKTEERIN NUKLEIINIHAPON OSOITUS (BAKTEERI-PCR) ........................................................................................................................57B-MUISTISOLUT .........................................................................................................................58BOKAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................................59BORDETELLA PERTUSSIS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................60BORDETELLA PERTUSSIS, VASTA-AINEET ............................................................................61BORDETELLA PERTUSSIS, VILJELY ........................................................................................62BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET............................................................................63BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, JATKOTUTKIMUS ............................................64BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, LAAJA ...............................................................65BORRELIA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ......................................................................66BRUCELLA, VASTA-AINEET ......................................................................................................67C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, AKTIIVISUUS ........................................................................67C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, PITOISUUS ...........................................................................69CADASIL, NOTCh3-GEENIN ARG133CYS-, ARG182CYS- JA TYR1069CYS-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..................................................................................................................................70CADASIL, NOTCh3-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ...................................................71CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA HNPP, PMP22-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..........71CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 -TAUTI, CMT1C, LITAF-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS .72CHARCOT-MARIE-TOOTH 1A -TAUTI, 17P11.2 -ALUEEN KOPIOLUVUN MÄÄRITYS ...........73CHARCOT-MARIE-TOOTH 2 -TAUTI, CMT2A, MFN2-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS .74CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA 2 -TAUDIT, P0-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...........75

Page 11: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

11

CHARCOT-MARIE-TOOTH -TAUTI (X-KROMOSOMAALINEN), CMTX, CX32-GEENIN (GJB1) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS .......................................................................................................75CHARGE-OIREYHTYMÄ, ChD7-GEENIN SEKVENSOINTI ......................................................76CHLAMYDIA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..........................................77CHLAMYDIA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET ...........................................................................78CHLAMYDIA TRACHOMATIS, IGG VASTA-AINEET ..................................................................79CHLAMYDIA TRACHOMATIS, VILJELY .....................................................................................79CLOSTRIDIUM DIFFICILE GENOTYYPITYS .............................................................................80CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS ....................................81CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, VASTA-AINEET ...........................................................82DNA-ERISTYS ............................................................................................................................83DENYS-DRASH-OIREYHTYMÄ, WT1-GEENIN YLEISIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..83DRPLA-TAUTI, ATROFIINI 1 -GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ...84DIFTERIAVILJELY .......................................................................................................................85DNAD, VASTA-AINEET (DENATUROITU) ..................................................................................85DNA, VASTA-AINEET (NATIIVI) ..................................................................................................86DOMINANTTI OPTIKUSATROFIA (DOA/OPA1), OPA1-GEENIN MUTAATIOANALYYSI ..........87DUCHENNEN JA BECKERIN LIHASDYSTROFIAT, DYSTROFIINIGEENIN MLPA-TUTKIMUS ........................................................................................................................................................88DYSTROFIA MYOTONICA 1 (DM1), DMPK-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..................................................................................................................................89DYSTROFIA MYOTONICA 2 (DM2), ZNF9-GEENIN PCR-SEULONTATUTKIMUS ...................90ENA- JA TUMAVASTA-AINEIDEN ANALYYSI ............................................................................91ENDOMYSIUM, VASTA-AINEET ................................................................................................92ENTEROVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) PICORNAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .............................................................93ENTEROVIRUS, VASTA-AINEET ...............................................................................................94ENTEROVIRUS, VILJELY KATSO VIRUSVILJELY (2975) ........................................................95EPSTEIN-BARR VIRUS (EBV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN .....95EPSTEIN-BARR-VIRUS, VASTA-AINEET ..................................................................................96FABRYN TAUTI, GLA-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ....................................................96FISH-TUTKIMUS, ANEUPLOIDIA ...............................................................................................97FISH-TUTKIMUS KROONISESSA LYMFAATTISESSA LEUKEMIASSA ....................................98FISH-TUTKIMUS MULTIPPELISSA MYELOOMASSA ...............................................................98FRAGIILI X -OIREYHTYMÄ, DNA-TUTKIMUS ...........................................................................99FRANCISELLA TULARENSIS, VASTA-AINEET .......................................................................100FRIEDREICHIN ATAKSIA (FRDA), FRATAKSIINIGEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................101GLIADIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET, IGA JA IGG ....................................................................102GLOMERULUSTYVIKALVO, VASTA-AINEET ..........................................................................103GLUTAMAATTIDEKARBOKSYLAASI (GAD), VASTA-AINEET ...............................................104GONOKOKKIVILJELY ...............................................................................................................105HAE-TUTKIMUS ........................................................................................................................106HAURASHERMO-OIREYHTYMÄ (HNPP), 17P11.2-ALUEEN KOPIOLUVUN MÄÄRITYS .....107HELICOBACTER PYLORI, ANTIGEENITESTAUS ULOSTEESTA ..........................................107

Page 12: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

12

HELICOBACTER PYLORI, IGG VASTA-AINEET .....................................................................108HELICOBACTER PYLORI, VILJELY .........................................................................................109HEMATOLOGINEN FISH-TUTKIMUS SEURANTANÄYTTEESTÄ ..........................................110HEMATOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ....................................................... 111HEMATOLOGINEN TAI ONKOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS KUDOKSESTA .............. 111HEMATOLOGISEN POTILAAN DIAGNOOSIVAIHEEN FISH-TUTKIMUS ...............................112HEMATOLOGISEN POTILAAN KIMERISMITUTKIMUS ..........................................................113HEPATIITTI A-VIRUS, VASTA-AINEET .....................................................................................113HEPATIITTI B-VIRUSTUTKIMUKSET .......................................................................................114HEPATIITTI C-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVALITATIIVINEN ....................115HEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET ....................................................................................115HEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS ..............................................................116HERPES SIMPLEX-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..........................................117HERPES SIMPLEX-VIRUS, PIKAVILJELY ...............................................................................118HERPES SIMPLEX-VIRUS, VASTA-AINEET............................................................................119HERPES SIMPLEX-VIRUS 1 JA 2, VASTA-AINEET.................................................................119LI-HERPESVIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................120HERPESVIRUS 6 (HHV-6), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................121HERPESVIRUS 6, VASTA-AINEET ..........................................................................................122HISTONI, VASTA-AINEET .........................................................................................................122HI-VIRUS, VASTA-AINEET .......................................................................................................123HI-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS (SEULOTTU NÄYTE) .............................................124B-HLADRDq TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS ........................................................................124HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, KELIAKIA ....................................................................125HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, IDDM ...........................................................................126HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, NARKOLEPSIA-DR2 ..................................................127HSP-70 VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS .......................................................................127HUMAN HERPES VIRUS 7, VASTA-AINEET ...........................................................................128HUMAN T-CELL LEUCEMIA VIRUS, VASTA-AINEET .............................................................129HUNTINGTONIN TAUTI (HD), IT-15-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ................................................................................................................................129HUNTINGTONIN TAUTI 2 (HDL2), JPh3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ................................................................................................................................130HYPERKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HYPP), SCN4A-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................................................................131HYPERORNITINEMIA-GYRATA-ATROFIA (HOGA), OAT-GEENIN LEU402PRO- JA ARG180THR-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..............................................................................132HYPOKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HOKPP), CACNA1S- JA SCN4A-GEENIEN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ..................................................................................................133HYPOKONDROPLASIA (HCH), FGFR3-GEENIN ASN540LYS-MUTAATION TUTKIMUS ......134IBD-TUTKIMUS .........................................................................................................................134IHON EPITEELIN TYVIKALVON VASTA-AINEET ....................................................................136IHON EPITEELIN VÄLIAINEEN VASTA-AINEET......................................................................136IMMUNOGLOBULIINI G, ALALUOKAT .....................................................................................137IMMUNOGLOBULIINI G4 ..........................................................................................................138

Page 13: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

13

IMMUNOKOMPLEKSIT (PIPA) .................................................................................................139INCONTINENTIA PIGMENTI (IP), NEMO-GEENIN DELEETIOVALTAMUTAATION TUTKIMUS .....................................................................................................................................................140INFLUENSSA A-VIRUS, ANTIGEENI........................................................................................141INFLUENSSA A-VIRUS IGG, VASTA-AINEET ..........................................................................142INFLUENSSA B-VIRUS, ANTIGEENI .......................................................................................142INFLUENSSA B-VIRUS IGG, VASTA-AINEET..........................................................................143INFLUENSSAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .....................................................144INFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY ..........................................................................................145KAMPYLOBAKTEERI, VASTA-AINEET ....................................................................................146KAMPYLOBAKTEERIVILJELY ..................................................................................................146KARDIOLIPIINI (LUES), VASTA-AINEET LIKVORISTA ............................................................147KELIAKIATUTKIMUS ................................................................................................................148KEMOTAKSIS JA KEMILUMINESENSSI ..................................................................................151KENNEDYN OIREYHTYMÄ (SBMA), AR-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ................................................................................................................................152KIIRE-VZV .................................................................................................................................153KOMPLEMENTIN AKTIVAATIOTUTKIMUS ..............................................................................153KOMPLEMENTTI C1q, C1R, C1S, PITOISUUS ......................................................................154KOMPLEMENTTI C1q, VASTA-AINEET ..................................................................................155KOMPLEMENTTI C2, PITOISUUS ...........................................................................................156KOMPLEMENTTI C3 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C3D) ..........................................................157KOMPLEMENTTI C3 JA C4, PITOISUUDET ............................................................................158KOMPLEMENTTI C4 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C4D) ..........................................................159KOMPLEMENTTI FAKTORI B + AKTIVAATIOTUOT-TEET (BB) ..............................................160KOMPLEMENTTI FAKTORI B, PITOISUUS .............................................................................161KOMPLEMENTTI, KOKONAISAKTIIVISUUS (KLASSINEN, VAIHTOEHTOINEN JA LEKTIINITIE) ................................................................162KOMPLEMENTTI C5, C6, C7, C8, C9, PITOISUUDET ............................................................164KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS ...................................................................................165KOMPLEMENTTI, SC5B-9-KOMPLEKSI..................................................................................166KORONAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ............................................................167KRANIOSYNOSTOOSIT, FGFR2-GEENIN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .....................168KROMOSOMIEN MIKRODELEETIOIDEN FISH-TUTKIMUS ...................................................169KROMOSOMIEN MIKRODELEETIO FISH-TUTKIMUS MUUSTA KUDOKSESTA KUIN VERESTÄ ..................................................................................................................................170KROMOSOMITUTKIMUS IHONÄYTTEESTÄ ..........................................................................170KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKAPALANÄYTTEESTÄ ........................................................171KROMOSOMITUTKIMUS LUUYTIMESTÄ ...............................................................................172KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ........................................................................................172KUDOSANTIGEENI B27 ...........................................................................................................173KUDOSNESTEEN KOMPLEMENTTITUTKIMUKSET ..............................................................174KUDOSTRANSGLUTAMINAASI, VASTA-AINEET ....................................................................175KUDOSVASTA-AINEET ............................................................................................................176LAKTOOSIMALABSORPTIOON LIITTYVÄ GEENI-MUUTOS .................................................177

Page 14: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

14

LEBERIN PERINNöLLINEN NÄKöHERMOTAUTI (LHON), VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...................................................................................................................................................178LEGIONELLA PNEUMOPHILA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS................................................179LEGIONELLA, VASTA-AINEET .................................................................................................180LEGIONELLA, VILJELY ............................................................................................................181LEUKOSYYTIT, FAGOSYTOINTIKYKY JA SOLUNSISÄINEN TAPPO ....................................181LISTERIA, VASTA-AINEET .......................................................................................................182LISÄMUNUAINEN, VASTA-AINEET..........................................................................................183LYHYTKASVUISUUSOIREYHTYMÄT, FGFR3-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...........184LYMFOSYYTTIEN CMV-TETRAMEERIPOSITIIVISET SOLUT ................................................185LYMFOSYYTTIEN PHA STIMULAATIO LYMFOSYYTTIEN CON-A STIMULAATIO LYMFOSYYTTIEN PWM STIMULAATIO ..................................................................................185LYMFOSYYTTIEN PINTAMARKKERIT/ALALUOKAT ...............................................................186LYMFOSYYTTIEN PPD STIMULAATIO ....................................................................................187LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SLC7A7-GEENIN SEKVENSOINTI .........188LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SUOMALAISEN VALTAMUTAATION TUTKIMUS ................................................................................................................................189MAKSA- JA MUNUAISMIKROSOMI, VASTA-AINEET ..............................................................190MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, GEENITUTKIMUS ................................................................191MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, PITOISUUS ..........................................................................192MELAS-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATION TUTKIMUS .....194MERRF-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATION TUTKIMUS .....195METAPNEUMOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................195METISILLIINI-RESISTENTIN STAPHYLOCOCCUS AUREUKSEN (MRSA) VILJELY .............196MITOKONDRIAALINEN RESESSIIVINEN ATAKSIAOIREYHTYMÄ (MIRAS) ..........................197MITOKONDRIAALISEN DNA:N RAKENNEMUUTOSTEN TUTKIMUS KUDOKSESTA ...........198MITOKONDRIAALISET ENKEFALOPATIAT (MERRF, MELAS, NARP) ...................................199MITOKONDRIO, VASTA-AINEET .............................................................................................200MONIVÄRI-FISH-TUTKIMUS KÄYTTÄEN KAIKKIEN KROMOSOMIEN MAALAUSKOETTIMIA .....................................................................................................................................................201MUENKEN OIREYHTYMÄ, FGFR3-GEENIN PRO250ARG-MUTAATION TUTKIMUS ...........202MUU FISH-TUTKIMUS SYNNYNNÄISTEN MUUTOSTEN SELVITTÄMISEKSI ......................203MXA-PROTEIININMÄÄRITYS PERIFEERISEN VEREN VALKOSOLUISTA ............................203MYCOPLASMA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ....................................204MYCOPLASMA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET .....................................................................205MYELOPEROKSIDAASI, VASTA-AINEET ................................................................................206MYKOBAKTEERI, HERKKYYSMÄÄRITYS ..............................................................................207MYKOBAKTEERI-IDENTIFIKAATIO .........................................................................................208MYKOBAKTEERI, NUKLEIINIHAPON OSOITUS.....................................................................209MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SOLUT, GAMMAINTERFERONI, ERITTÄVÄT SOLUT, VERESTÄ ...............................................................................................210MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SOLUT, GAMMAINTERFERONI, ERITYS......................................................................................................................................212MYOSIITTITUTKIMUS ..............................................................................................................214

Page 15: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

15

MÄRKÄVILJELY 1, AEROBINEN JA ANAEROBINEN VILJELY ...............................................216MÄRKÄVILJELY 2, AEROBINEN VILJELY ...............................................................................217NARP-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..218NATALIZUMABI, VASTA-AINEET .............................................................................................218S-NEURO1, LI-NEURO1, VASTA-AINEET ...............................................................................219S-NEURO2, LI-NEURO2, VASTA-AINEET ...............................................................................220NEUTROFIILIEN SYTOPLASMA-ANTIGEENI, VASTA-AINEET ..............................................220NIELUVILJELY ..........................................................................................................................222NOCARDIAVILJELY ..................................................................................................................223NOROVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA) .............................................................................223OKULOFARYNGEAALINEN LIHASDYSTROFIA (OPMD) .......................................................224PARAINFLUENSSAVIRUS, ANTIGEENI ..................................................................................225PARAINFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY ................................................................................225PARAINFLUENSSAVIRUS 1 JA 3 IGG, VASTA-AINEET ..........................................................226PARAINFLUENSSAVIRUS 2 IGG, VASTA-AINEET ..................................................................227PARAMYOTONICA CONGENITA (PMC) ..................................................................................228PARIETAALISOLU, VASTA-AINEET .........................................................................................228PARVOROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................229PARVOROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................230PDT, VASTA-AINEET (PERTUSSIS, DIFTERIA, TETANUS) ....................................................231PERINNöLLINEN ETENEVÄ ALARAAJAHALVAUS (SPG4), SPAST-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................................................................232PERINNöLLINEN KUULOVAMMAISUUS, CX26-GEENIN (GJB2) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ....................................................................................................................................................233PNEUMOCYSTIS CARINII, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................234PNEUMOKOKKIPOLYSAKKARIDI, VASTA-AINEET ................................................................234POLYKYSTINEN MUNUAISTAUTI (AUTOSOMAALINEN RESESSESSIIVINEN, ARPKD), PKhD1-GEENIN SUOMALAISTEN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .................................235PRADER-WILLI-OIREYHTYMÄ (PWS), 15q11-q13-ALUEEN METYLAATIO- JA KOPIOLUKUANALYYSI ............................................................................................................236PROMETAFAASIKROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ............................................................237F-POLIOVIRUS, VILJELY .........................................................................................................238POLYOMAVIRUS (JCV, BKV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) KVANTITATIIVINEN ......238PROPERDIINI, PITOISUUS ......................................................................................................239PROTEINAASI 3, VASTA-AINEET ............................................................................................240PUUMALAVIRUS, VASTA-AINEET ...........................................................................................241PUUTIAISAIVOKUUMEVIRUS, VASTA-AINEET ......................................................................242RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT .......................................................................242RESPIRATORISET VIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ....................................243RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, ANTIGEENI ...................................................................244RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ............................245RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, PIKAVILJELY .................................................................246RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS IGG, VASTA-AINEET .....................................................247REUMAFAKTORI, IGM .............................................................................................................247REUMATUTKIMUS ...................................................................................................................248

Page 16: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

16

RINOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) PICORNAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................................250ROTAVIRUS, ANTIGEENI .........................................................................................................251SACCHAROMYCES CEREVISIAE, VASTA-AINEET ...............................................................252SALMONELLA, VASTA-AINEET ...............................................................................................253SALMONELLAVILJELY, SALMONELLATYYPITYS ..................................................................253SARS-KORONAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................254SENTROMEERI, VASTA-AINEET .............................................................................................255SHIGELLAVILJELY....................................................................................................................256SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKANÄYTTEESTÄ ....................................................256SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS LAPSIVEDEN SOLUISTA ..................................................257SIKOTAUTIVIRUS, VASTA-AINEET .........................................................................................257SILEÄLIHAS, VASTA-AINEET...................................................................................................258SINDBIS VIRUS, VASTA-AINEET ............................................................................................259SITRULLIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET .....................................................................................260SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN DELEETIOTUTKIMUS (MLPA) .............................262SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................263SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), SMN1-GEENIN DELEETION PCR-TUTKIMUS ........264SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), KANTAJUUSTUTKIMUS ...........................................265SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 1 (SCA1), ATXN1-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................265SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 10 (SCA10), ATXN10-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................266SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 12 (SCA12), PPP2R2P-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................267SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 17 (SCA17), TBP-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................267SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 2 (SCA2), ATXN2-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................268SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 3 (SCA3), ATXN3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................269SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 6 (SCA6), CACNL14A-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................270SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 7 (SCA7), ATXN7-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................270SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 8 (SCA8), ATXN8/ATXN8OS-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ................................................................271STREPTOKOKKI DNAASI, VASTA-AINEET .............................................................................272SYTOMEGALOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................273SYTOMEGALOVIRUS NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN .................274SYTOMEGALOVIRUS, PIKAVILJELY .......................................................................................275SYTOMEGALOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................275TANATOFORINEN DYSPLASIA (TD), FGFR3-GEENIN YLEISIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................................................................276TEIKKOHAPPO, VASTA-AINEET .............................................................................................277

Page 17: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

17

TELOMEERI-FISH-TUTKIMUS .................................................................................................278TETANUS (CLOSTRIDIUM TETANI), VASTA-AINEET .............................................................279TORSIODYSTONIA 1 (ITD), DYT1-GEENIN VALTAMUTAATION TUTKIMUS .........................279TOXOPLASMA, VASTA-AINEET ..............................................................................................280TREPONEMA PALLIDUM, FTA-ABSORPTIO ..........................................................................281TREPONEMA PALLIDUM HEMAGGLUTINAATIO (TPHA) LIKVORISTA .................................282TREPONEMA PALLIDUM, VASTA-AINEET SEERUMISTA .....................................................283TRISOMIA PCR-TUTKIMUS .....................................................................................................284TROMBOSYYTTI, VASTA-AINEET ...........................................................................................285TSH-RESEPTORI, VASTA-AINEET ..........................................................................................285TUHKAROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................286TUNNETUN DNA-MUTAATION TUTKIMUS .............................................................................287TUMA, LIUKOISET ANTIGEENIT, VASTA-AINEET ..................................................................287TUMA, VASTA-AINEET .............................................................................................................289TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS ..........................................................................291TUMA, VASTA-AINEET, TYYPITYS ..........................................................................................294TYREOIDEAPEROKSIDAASI (TPO), VASTA-AINEET .............................................................295TYREOIDEA, VASTA-AINEET 1 JA 2 .......................................................................................296TYROSINEMIA 1, FAh-GEENIN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .....................................297TYYPIN 1 DIABETEKSELLE ALTISTAVAN PERINNöLLISEN RISKIN MÄÄRITYS ................298ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- TOKSIINI ................................................299ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- VILJELY .................................................299ULOSTEVILJELY 1, ULOSTEVILJELY 2, ULOSTEVILJELY 3 .................................................300UREAPLASMA UREALYTICUM, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...................................301VANKOMYSIINIRESISTENTIN ENTEROKOKIN (VRE) SEULONTA ULOSTEESTA ...............302VESIROKKOVIRUS, ANTIGEENI .............................................................................................303VESIROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ......................................................304VESIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET .......................................................................................305VIHURIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................305VILJELTYJEN FIBROBLASTIEN PAKASTUS SOLUPANKKIIN ...............................................306VIRTSAVILJELY; SEULONNAN POSITIIVINEN, PORRASTETTU (TYYPITYS JA HERKKYYSMÄÄRITYS) ...........................................................................................................307VIRUS, VILJELY ........................................................................................................................308YERSINIA, VASTA-AINEET ......................................................................................................309YERSINIAVILJELY ....................................................................................................................310Y-KROMOSOMIN MIKRODELEETION TUTKIMUS .................................................................311YSKöSVILJELY ........................................................................................................................311

Lyhenteiden mukainen aakkosjärjestys .....................................................................................313

Kuntaliittonumero ja lyhenne ....................................................................................................320

Tutkimukset ryhmittäin ...............................................................................................................325

Page 18: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

18

Yleistä mikrobiologisista tutkimuksistaPäteväksi todettu laboratorioTurun yliopiston lääketieteellisen mikrobiologian ja immunologian laboratorio ja virusopin la-boratorio sekä THL, mykobakteerilaboratorio ovat FINAS – akkreditointipalvelun akkreditoimia laboratorioita, jotka täyttää kansainvälisen EN ISO/IEC 17025 standardin pätevyysvaatimukset laboratorion toiminnalle (http://www.finas.fi).

Mikrobiologisen ja immunologisen diagnostiikan osaaminen perustuu tutkimukseenBakteriologiset, virologiset ja immunologiset tutkimukset sekä autoimmuunitautien diagnostiikka muodostavat UTULab:iin kuuluvien laboratorioiden palvelutoiminnan rungon. Pitkät tutkimuspe-rinteet ovat tehneet laboratorioista mikrobiologian, virologian ja immunologian alan eturivin tutki-muslaboratorioita, joiden saavutukset tunnetaan kansainvälisesti.

Kattava tutkimusvalikoimaTutkimusvalikoimamme sisältää kaikki merkittävät kliiniset mikrobiologiset ja immunologiset tut-kimukset.• Bakteriologiset tutkimukset• Virologiset tutkimukset• Infektioserologiset tutkimukset• Autoimmuunitutkimukset• Immunogeneettiset tutkimukset• Komplementtitutkimukset• Lymfosyytti- ja leukosyyttitutkimukset

Menetelmien kehittäminenLaboratorioiden tieteellinen tutkimustoiminta liittyy läheisesti infektiodiagnostiikkaan. Useat tutki-mustoiminnan yhteydessä kehitetyt menetelmät ovat suoraan sovellettavissa kliinisten näytteiden analyysiin.

Kansainvälinen laaduntarkkailuUTULab:ssa toimivat diagnostiset laboratoriot ovat kaikkien eri tutkimusalueiden osalta mukana kansainvälisissä laaduntarkkailuohjelmissa. Toistuvasti lähetettävillä sokkonäytteillä testataan tu-losten oikeellisuutta.

Erikoislääkäreiden koulutuslaboratorioUTULab toimii sekä lääketieteen opiskelijoiden että kliiniseen mikrobiologiaan erikoistuvien lää-käreiden koulutuspaikkana.

Konsultaatiot aina saatavillaAsiakas voi kysyä minkä tahansa näytteen alustavaa tulosta tai vastauksen tulkintaa laborato-rioistamme joko puhelimitse tai telefaxilla. Kustakin osa-alueesta vastaavat erikoislääkärit ovat tavoitettavissa virka-aikana joka päivä.

Page 19: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

19

Näytteiden lähetysohjeetNäytteiden vastaanotto on avoinna ma–pe klo 8.00–15.30. Otamme näytelähetyksiä vastaan myös lauantaisin ympäri vuoden. Matkahuollon kautta Turkuun tulevat näytteet toimitetaan auto-maattisesti laboratorioon.

PostilähetyksetKaikki näytteet voidaan lähettää ns. vastauslähetyksinä, jolloin vastaanottaja maksaa ykkösluo-kan postimaksun. Emme vastaa erikoislähetysten postikuluista. Tietoja laboratorionäytteiden lä-hettämisestäpostitselöytyyItellannettisivuilta:www.itella.fi.

LähetteetKäytössämme on lähetteet erikseen seuraaville tutkimustyypeille: virologiset tutkimukset, bak-teeritutkimukset, mykobakteeritutkimukset, immunologiset tutkimukset, genetiikan DNA- ja kro-mosomitutkimukset. Lähetteitä voi tilata numeroista (02) 333 7424 (bakteerilähetteet ja immuno-logiset lähetteet), (02) 333 7461 (virologiset lähetteet), (02) 331 6600 (mykobakteerilähetteet) ja (02) 333 7451 tai (02) 333 7458 (genetiikan tutkimukset). Lähetteet ovat myös tulostettavissa internet-sivuiltamme.

Näytteiden lähetystarvikkeetNäytteiden ottamiseen tarvittavia maksuttomia näytteenottovälineitä ja kuljetustarvikkeita voi tie-dustella puhelimitse numeroista:

Lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia (02) 333 7501 - kuljetusputki, bakteeriviljely - ulostepurkki - pertussis-paketti (vinoagarpurkki, PCR-putki ja –tikku, ohjeet) - seerumin erotteluputki - lähetyskotelot

Virusoppi (02) 333 7476 - virusviljelyputki - sytomegaloviruksen kuljetusnesteputki - klamydiaviljelyn kuljetusnesteputki - lähetyskotelot

Lääketieteellinen genetiikka (02) 333 7458 - lähetyskotelot

Tulosten ilmoittaminenTulokset ilmoitetaan postitse lähetettävillä vastauskaavakkeilla. Kiireellistä vastaamista edellyt-tävät näytteet vastataan aina puhelimitse tai faxilla. Jos asiakas on pyytänyt lähetteessä ennak-kovastausta, ilmoitetaan se puhelimitse. Laboratoriossamme on käytössä HL7-järjestelmä, joka mahdollistaa näytepyyntöjen ja vastausten suoran välityksen ATK:lla.

Page 20: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

20

Näytteiden ottaminenLeukosyytti- ja lymfosyyttinäytteet

Laskimoverinäyte otetaan normaaliin tapaan hepariiniputkeen. Useimpiin tutkimuksiin 10 ml on hyvin riittävä näytemäärä. Mm. lymfosyyttien mitogeenisti-mulaatioiden ja lymfosyyttien alaluok-katutkimusten kohdalla huomattavasti pienempikin näytemäärä (n. 1 ml) riittää mahdollistaen esim. pienten lasten tutkimukset. IgG:n alaluokkien tutkimusta varten voidaan lähettää seerumia (n. 1 ml). Hepariiniverinäytteet toimitetaan laboratorioon huoneenlämmössä. Tämä on tärkeää, koska esim. jäätyminen tuhoaa tutkittavat solut.

Bakteriologiset näytteet

Tapoja on kolme, jotka on esitetty paremmuusjärjestyksessä.

1. Suora viljelyMenetelmä on nopein ja tehokkain. Näytteen kasvunestotekijät eivät jää häiritsemään, koska näyte laimenee viljeltäessä. Haittana on se, että suoran viljelyn käyttäminen vaatii toimivan ela-tusainehuollon ja viljelyjärjestelmän. Maljat säilytetään jääkaapissa ja otetaan ennen käyttöä muutamaksi tunniksi huoneenlämpöön niin, että liiallinen kosteus poistuu. Maljojen esilämmit-täminen lämpökaapissa on tarpeetonta. Huoneenlämmössä maljat voivat olla vuorokauden. Tar-kasta ennen viljelyä, ettei maljassa ole kasvua, ettei se ole kuivunut ja ettei se ole jäätynyt (pinta rosoinen). Näyte hajotetaan maljalle pumpulitikulla tai kertakäyttöisellä silmukalla. Kun malja on viljelty, on inkubointi aloitettava välittömästi.

Esimerkkejä suoran viljelyn käyttämisestä

Näyte Elatusaineet HuomattavaaGcSilmä

New York City -agarSuklaa- ja veriagar

HiilidioksidiinSuklaamalja hiilidioksidiin, ota näyte suoraan silmukalla

Virtsa CLED-agar tai Uricult CLED:lle kvantitatiivinen viljely silmukalla

NieluHinkuyskä

Veriagar tai StreptocultHiili-kefaleksiiniagar

Mikäli käytät suoraa viljelyä, muista lähettää kaksi ilmakuivattua värjäyslasia, koska niitä ei voi tehdä enää jälkeenpäin viljellyistä näytteistä.

2. Näyte sellaisenaan on kohtuullisen hyvä tapa lähettää näyte. Lähettämiseen käy puhdas ja ste-riili, kuiva lasiputki. Edellytyksenä on, että näyte voidaan toimittaa nopeasti, käytännössä saman työpäivän aikana, laboratorioon. Yleensä näytteen jäähdyttäminen parantaa säilyvyyttä (likvor ei saa jäähtyä). Haittana on, että kasvunestotekijät jäävät vaikuttamaan näytteeseen ja bakteerien elävyys huononee koko ajan. Agaria sisältävät lagenulat (esim. Portagerm) säilyttävät myös ana-erobeja bakteereja.

Page 21: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

21

3. Kuljetusputki on edellisten korvike. Sitä täytyy käyttää silloin kun näytemäärä on pieni ja so-pivaa suoraa viljelymenetelmää ei ole käytettävissä. Putki säilyttää useita bakteereja hyvin; ei kuitenkaan kaikkia. Neisseriat säilyvät huonosti, toisaalta enterobakteerit pyrkivät kasvamaan säilytyksen aikana. Yleensä kuljetusputki voidaan säilyttää näytteenoton jälkeen jääkaappiläm-pötilassa, toisaalta näyte on parempi ottaa vasta silloin kun se voidaan myös lähettää eteenpäin. Viljelemätön putki säilytetään huoneenlämmössä. Mikäli panet näytteen kuljetusputkeen, muista lähettää erillinen värjäyslasi, koska tikkunäytteistä ei voi jälkeenpäin tehdä värjäyksiä.

Serologiset näytteet

Vasta-ainetutkimuksia varten seerumia tarvitaan 1 ml, tarvittaessa esim. lapsilta riittää pienempi-kin määrä (0.5 ml). Näytteet kestävät säilytystä +4°C:ssa tai huoneenlämpötilassa useita päiviä. Ne voidaan toimittaa laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Page 22: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

22

Tutkimus Näyte/ määrä

Näytteenotto / lähetys Erikk.putki / määrä

P-C1InhBk P2 x 0,5 ml

Sitraatti (tai EDTA) -plasma, erotuksen jälkeen välitön pakastus, lähetetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää kylmäkuljetuksena (+4 ºC), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemoly-soitunut näyte ei kelpaa.

Sitraatti (EDTA) -putki

P-C1In P2 x 0,5 ml

EDTA -plasma, erotuksen jälkeen välitön pakastus, lähetetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää kyl-mäkuljetuksena (+4 ºC), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

EDTA -putki

P-HAE P2 x 0,5 ml

EDTA-plasma, erotetaan välittömästi ja pakastetaan heti, lähe-tetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää kylmäkuljetuksena (+4 ºC), jos se tulee laboratorioon viimeis-tään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

EDTA -putki

S-CH100(S-CH100Cl,S-CH100Al,S-CH100L)

S2 X 0,5 ml

1 ml tuoretta seerumia. Hemolyyttistä, ikteeristä tai lipeemistä näytettä ei voi käyttää. Veren annetaan hyytyä putkessa (ilman separaattoria) 60 min (20–25°C), sentrifugoidaan +4°C:ssa. Erotuksen jälkeen seerumi säilytetään +4°C:ssa tai pakastetaan välittömästi (–70°C). Tuore seerumi voidaan lähettää kylmäkul-jetuksena (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraa-van päivän aikana, muuten lähetys hiilihappojäissä.

Seerumiputki (ei geeliputki)

S-C-Def S2 X 0,5 ml

P4 x 1 ml

1 ml tuoretta seerumia. Hemolyyttistä, ikteeristä tai lipeemistä näytettä ei voi käyttää. Veren annetaan hyytyä putkessa (ilman separaattoria) 60 min (20–25°C), sentrifugoidaan +4°C:ssa. Erotuksen jälkeen seerumi säilytetään +4°C:ssa tai pakastetaan välittömästi (–70°C).EDTA -plasma, välitön pakastus, lähetetään hiilihappojäissä.Tuore plasma tai seerumi voidaan kuitenkin lähettää kylmä-kuljetuksena (+4 ºC), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

Seerumiputki (ei geeliputki)

EDTA-putki (3)

S-CIC(Immuno-kompleksit)

S2 x 0,5-1 ml

Tuore seerumi tai kudosneste. Näyte otetaan atraumaattisesti ja 3 ml verta lasketaan ensin pois. Veren annetaan hyytyä1–2 h +37°C ja näyte sentrifugoidaan välittömästi, minkä jälkeen see-rumi jaetaan 2 osaan (0.5–1 ml) ja jäädytetään (–20°C).Kudos-neste sentrifugoidaan ja supernatantti jäädytetään. Pakastetut näytteet lähetetään laboratorioon hiilihappojäissä. Näytteen otta-minen geeliputkeen voi vaikuttaa mataliin positiivisiin tuloksiin

Seerumiputki (ei geeliputki)

P-C-Aktt P3 x 1 ml

EDTA-plasma, erotetaan välittömästi ja pakastetaan heti, lähe-tetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää sulana kylmäkuljetuksena (+4 ºC), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemoly-soitunut näyte ei kelpaa.

EDTA-putki (3)

P-C3-Aktt P2 x 1 ml

EDTA-plasma, erotetaan välittömästi ja pakastetaan heti, lähete-tään hiilihappojäissä (ks. alaviite)

EDTA-putki (2)

P-C4-Aktt P2 x 1 ml

EDTA-plasma, erotetaan välittömästi ja pakastetaan heti, lähete-tään hiilihappojäissä (ks. alaviite)

EDTA-putki (2)

P-FakB-Aktt

P2 x 1 ml

EDTA-plasma, erotetaan välittömästi ja pakastetaan heti, lähete-tään hiilihappojäissä (ks. alaviite)

EDTA-putki(2)

Page 23: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

23

P-komplementti (P-C1Inh, P-C1q, P-C1r, P-C1s, C2, C3, C4, C5 jne.) näytteet lähetetään EDTA-plasmana, S-CH100 seerumina. Mikäli näytteet on jäädytetty ne on lähetettävä hiilihappojäissä (sulatusta ja uudelleen jäädytystä on vältettävä). Tuore erotettu EDTA-plasma tai seerumi voi-daan lähettää kylmäkuljetuksena (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Virologiset näytteet

Nenänielutikkunäyte (Nps) Näytteenottotikku (mieluiten nylon tai dacron-tikku ns. nukkatikku) työnnetään alaviistoon nenänpohjaa pitkin sieraimeen noin 12-15 cm syvyyteen (syvyys mitataan etukäteen, sierain-korvanipukka; aikuisilla aina >10 cm, alle 2-vuotiailla lapsilla 6-7 cm) ja kierto-liikkeellä hangataan limakalvoja siten, että tikkuun tarttuu limakalvolta irronneita soluja. Vuotoher-kiltä potilailta voidaan ottaa nenänäyte (Ns) ja näytetikku viedään sieraimeen 3-5 cm syvyyteen. Antigeenin osoitus -pyynnöissä tikku katkaistaan kuivaan laboratoriopuhtaaseen putkeen, PCR-pyynnöissä steriiliin kertakäyttöputkeen, ja virusviljelypyynnöissä virusviljeluputkeen. Potilaan nimi, henkilötunnus ja näytteenottopäivä merkitään tarraan, joka kiinnitetään putkeen.

Nenänieluimunäyte (Npa) Imuun kytketyn limanäyteputken letku työnnetään nenän kautta ne-nänieluun ja näyteputkeen imetään limaa molemmista sieraimista. Limanäyte (2-3 ml) lähetetään antigeenin osoitukseen sellaisenaan (limankeruuputkessa) saman päivän aikana. Mikäli näyt-teestä halutaan viljelytutkimusta, siirretään limaa näytteenottotikulla virusviljelyputkeen, ja PCR pyynnöissä steriiliin kertakäyttöputkeen. Potilaan nimi, henkilötunnus ja näytteenottopäivä merki-tään tarraan, joka kiinnitetään putkeen.

Nenähuuhtelunäyte. Potilasta kehotetaan taivuttamaan pää takakenoon ja sulkemaan nenä-nielunsa. Potilaan nenään pipetoidaan 2–3 ml fysiologista keittosuolaliuosta. Sen jälkeen potilas taivuttaa päänsä eteenpäin ja antaa nesteen valua nenästään petrimaljaan tms. steriiliin astiaan. Sama toistetaan toisen sieraimen osalta. Nenähuuhtelunäytteen otto edellyttää potilaalta hyvää yhteistyökykyä, joten Nps-näyte on tavallisesti suositeltavampi.

Ulostenäyte. Pieni nokare ulostetta tai n. 1 ml ripuliulostetta lähetetään sellaisenaan tiiviissä astiassa. Ulostenäyte sopii sekä viljelyyn että ripulivirusten antigeenin osoitukseen ja myös PCR testeihin, voidaan lähettää jäähdyttämättä.

Nielunäyte. Näytteenottotikulla vedetään pitkin nielukaarien ja nielun takaseinämän limakalvoa melko voimakkaasti, jotta tikkuun saataisiin lima-kalvolta irronneita soluja. Tikku katkaistaan kul-jetusnestettä sisältävään putkeen ja lähetetään laboratorioon kuten nps- tai npa-viljelynäyte. Nps-näyte on usein nielunäytettä suositeltavampi koska virusmäärä siinä on suurempi.

Virtsanäyte. CMV-viljelyä varten 3 ml puhtaasti laskettua virtsaa lisätään CMV-kuljetusnestettä sisältävään putkeen. Virtsanäyte tulee toimittaa laboratorioon mahdollisimman nopeasti. PCR-tutkimuksiin virtsanäyte laboratoriopuhtaaseen putkeen.Rakkulanäyte. Puhdistamaton mahdollisimman tuore (koska viruksen määrä on niissä suurin) rakkula rikotaan kuivalla näytteenottotikulla. Rakkulanesteen annetaan imeytyä näytteenottotik-kuun, jonka jälkeen hangataan tikulla rakkulan pohjaa solujen saamiseksi näytteeseen. Samalla tikulla voidaan ottaa näyte useammasta rakkulasta. Tikku katkaistaan kuljetusnestettä sisältä-vään putkeen ja lähetetään laboratorioon kuten Nps-viljelynäyte. Sama näyte sopii sekä viljelyyn että antigeenin osoitukseen. PCR-menetelmiä varten (enterorokko, zoster) rakkulanäytteenotto-tikku katkaistaan kuivaan, steriiliin näyteputkeen.

Selkäydinnestenäyte. Näytettä otetaan noin 2 ml kuivaan, steriliin putkeen ja toimitetaan jääh-

Page 24: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

24

dytettynä mahdollisimman nopeasti laboratorioon. Näyte sopii viljelyyn sekä PCR- ja vasta-aine-tutkimuksiin.

Kudospalat ja ruumiinavausnäytteet. Sopivat viljelyyn, nukleiinihapon osoitukseen (PCR) ja rajoituksin antigeenin osoitukseen. Virusviljelynäytteet lähetetään mieluummin jäähdytettynä vi-rusviljelyn kuljetusnesteputkessa, PCR näytteet steriilissä putkessa ja antigeeninosoitusnäytteet laboratoriopuhtaassa putkessa.

Seeruminäytteet. Yleensä riittää 2 ml seerumia. Pienemmästäkin määrästä voidaan tehdä rajoi-tettu määrä testejä. I-seerumi voidaan säilyttää –20°C:ssa ja lähettää laboratorioon yhdessä II-see-rumin kanssa. Tutkimuksen jälkeen seerumit säilytetään laboratoriossa noin yhden vuoden ajan.

Sidekalvonäyte. Näytteenottotikulla vedetään pitkin sairastunutta sidekalvoa tms. melko voi-makkaasti, jotta tikkuun saataisiin limakalvolta irronneita soluja. Tikku katkaistaan kuljetusnes-tettä sisältävään putkeen.

EDTA- tai sitraattiveri. PCR tutkimus plasmasta.

Klamydiaviljelynäytteet. Näytteet otetaan sairastuneelta limakalvolta (uretra, kervikaalikanava, sidekalvo) näytteenottotikulla pyrkien saamaan näytteeseen epiteelin soluja. Klamydianäyte tu-lee ottaa viimeiseksi Gc-, PAPA- ym. näytteiden jälkeen, jolloin on huomattava, että Gc-näytteen otossa ei saa käyttää hiilitikkua. Näytteenottotikku katkaistaan klamydiaviljelykuljetusnesteput-keen. Näytteet tulisi toimittaa laboratorioon jäähdytettynä 24 tunnin kuluessa.

PCR-näytteet. PCR-tutkimuksiin tulevat näytteet (kuten likvori, EDTA- tai sitraattiveri, kudospalat yms.) tulee ottaa steriiliin näyteputkeen kontaminaatiota välttäen. Huom. likvornäytettä otettaessa HSV-PCR-tutkimukseenkäytettävähansikkaitajahengityssuojainta.Pistoskohtaondesinfioitavaetanolilla tms. pyyhkien. Näytteen ottajana ei voi toimia huuliherpestä tai HSV-kynsivallintuleh-dusta parhaillaan poteva henkilö.

Mikäli potilaalla epäillään erityisen tartuntavaarallista virustautia, esim. SARS, lintuin-fluenssa, tropiikista saatua vaarallista virustautia tai Creutzfeldt-Jacobin tautia on ennen näytteiden ottoa ja lähettämistä otettava yhteyttä viruslaboratorioon (02) 333 7461.Virologisten näytteiden säilytys ja lähettäminen

Viljelynäytteet tulisi mieluiten toimittaa laboratorioon saman päivän aikana. Mikäli tämä ei ole mahdollista, näytteet säilytetään jääkaappilämpötilassa, jossa monet virukset kestävät säilytystä viikonlopun yli. Näytteitä ei saa säilyttää –20°C pakastimessa. Jos käytettävissä on –70°C pakas-tin, sitä voi käyttää pitempiaikaiseen säilyttämiseen.

Seeruminäyte kestää säilytystä hyvin +4°C:ssa tai huoneenlämpötilassa useita päiviä. Voidaan toimittaa laboratorioon normaalia postia käyttäen. Tutkimuksen jälkeen seerumit säilytetään labo-ratoriossa noin yhden vuoden ajan.

Klamydia-viljelynäytteet suositellaan toimitettavaksi laboratorioon saman vuorokauden kulu-essa. Säilytys ja kuljetus +4°C:ssa. Muutaman päivän säilytys +4°C:ssa on mahdollista, mutta tutkimuksen herkkyys saattaa laskea.

Nenänieluimunäyte (npa), nenätikkunäyte (nps), nenänäyte (ns) kestävät kuljetusta hyvin, kos-ka antigeenin osoitus ei edellytä ”elävien” infektiokykyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähettää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Page 25: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

25

Ulostenäyte kestää kuljetusta hyvin. Se säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähettää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

PCR-näyte on toimitettava virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mieluiten jäähdy-tettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna (-70°C), paitsi verinäyte, kts alla. Jos näyte pakastetaan se on myös lähe-tettävä pakastettuna.

Virtsanäyte tulee laittaa välittömästi jääkaappiin ja toimittaa laboratorioon mah-dollisimman no-peasti. Sytomegaloviljelyn kuljetusnesteputkia saa virusopin laboratoriosta.

EDTA- tai sitraattikokoverinäyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman nopeasti. Näy-tettä (plasmaa) voidaan säilyttää voi säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), plas-man pitempiaikainen säilytys pakastettuna (-70°C),. Jos näyte pakastetaan se on myös lähetet-tävä pakastettuna.

Virologisten tutkimusten valitseminen ja lähetteen täyttäminen

Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete. Kaikki saman potilaan tutkimukset voidaan merkitä samaan lähetteeseen. Tutkimusten valitseminen voidaan jättää laboratorion tehtäväksi, jolloin valin-ta tehdään potilaan iän, lähetteessä olevien kliinisten tietojen ja epidemiologisen tilanteen mukaan. Lähettäjä voi myös itse valita haluamansa tutkimukset. Tällöinkin on kliiniset tiedot ilmoitettava.

Oireenmukainen suositus virologisten näytteiden ottamisesta

Virusinfektioiden suuren lukumäärän ja suhteellisen lieväasteisuuden vuoksi on selvää, ettei ole perusteltua pyrkiä etiologiseen laboratoriodiagnoosiin kaikissa virusinfektioissa, vaan on harkiten valittava ne potilaat, joista virologisia näytteitä otetaan. Kun laboratoriodiagnostiikkaan päädy-tään, otettavan näytteen valintaan vaikuttaa ratkaisevasti potilaan taudinkuva, mutta myös muut seikat kuten potilaan ikä, vuodenaika, epidemiologinen tilanne ja mahdolliset tautikontaktit. Seu-raavia ohjeita ei ole tarkoitettu kirjaimellisesti noudatettavaksi, vaan niiden tarkoitus on auttaa tutkimusten pyytäjiä heidän tapauskohtaisissa valinnoissaan.

Hengitystieoireet

Yleisimmätaiheuttajaviruksetovat:adeno-,influenssaA-jaB-,parainfluenssa-,RS-,rino-jako-ronavirukset, sekä Chlamydia pneumoniae (keuhkoklamydia; TWAR) ja Mycoplasma pneumo-niae. Tonsilliitin ja/tai faryngiitin aiheuttajina on muistettava Epstein-Barr-virus, herpes simplex-vi-rus, tietyt enterovirukset ja HIV. Immuunipuutteisilla potilailla sytomegalo- ja muut herpesryhmän virukset ovat tärkeitä pneumonioiden aiheuttajia. Myös monien muiden virusten aiheut-tamissa infektioissa voi esiintyä oireita hengitysteiden alueella (esim. tuhkarokon katarraalioireet).

Näytteet • nenänieluimunäyte (npa): antigeenin osoitus, viljely ja PCR• nenänielutikkunäyte (nps): antigeenin osoitus, viljely ja PCR• nenänäyte (ns): viljely ja PCR• nenähuuhtelunäyte: viljely ja PCR• bronkoalveolaarilavaationäyte (BAL): viljely, antigeenin osoitus ja PCR• keuhkobiopsia: viljely ja PCR• EDTA- tai sitraattiverinäyte: viljely (sytomegalovirusepäilyissä) ja PCR• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin

Page 26: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

26

Ihottumat

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: parvorokkovirus (erythema infectiosum), Sindbisvirus, tietyt enterovirukset sekä rakkulaisten ihottumien aiheuttajina vesirokkovirus, herpes simplex-virukset ja enterorokkovirukset. Epstein-Barr-virus infektioihin liittyvä, etenkin ampisilliinihoitoa seuraava ihottuma on myös muistettava. Pienillä lapsilla kysymykseen tulee myös HHV6 (exanthema su-bitum/ vauvarokko). Tuhkarokko ja vihurirokko ovat myös mahdollisia, joskin MPR-rokotuksen ansiosta harvinaisia. Myös monissa muissa virusinfektioissa oireistoon voi kuulua ihottuma (mm. adeno-, sytomegalo- ja monet trooppiset arbovirukset).

Näytteet: • seeruminäyte (tarvittaessa pariseeruminäytteet): vasta-aine-määrityksiin• ulostenäyte: viljely (enterovirusdiagnostiikka)• rakkulanäyte: viljely, antigeenin osoitus ja PCR (vesirokko- ja enterovirus diagnostiikka)

Keskushermosto-oireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: entero-, herpes simplex- ja varicella-zoster-virukset. Harvi-naisempia aiheuttajia ovat adeno-, puutiaisaivokuume-, sikotauti-, tuhkarokko-, sytomegalo- ja HI-virukset. Myös Mycoplasma pneumoniae on muistettava meningiitin aiheuttajana. Ensisijainen tutkimus entero-, herpes simplex- ja varicella-zoster virusten osoittamiseksi keskushermostoin-fektioissa on geenimonistus (PCR).

Näytteet:• selkäydinnestenäyte: viljely, vasta-ainemäärityksiin ja PCR• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin• ulostenäyte: viljely• nielunäyte: viljely• nenänielunäyte: antigeenin osoitus, PCR

Huom! Yksittäisellä likvornäytteen vasta-ainemäärityksellä ei ole merkitystä, koska likvorissa esiintyvä vasta-aine voi olla seurausta aivo-verikynnyksen vau-riosta. Vain samana päivänä ote-tunseerumi-likvoriparinvasta-ainemäärityksetvoivatantaaspesifisendiagnoosin.

Kongenitaaliset ja perinataaliset infektiot

Yleisimmät kongenitaalisten infektioiden aiheuttajavirukset ovat: sytomegalo-, vihurirokko- ja en-terovirukset. Raskaudenaikainen parvorokko voi johtaa sikiön kuolemaan, mutta vaurioituneena syntyneitä lapsia ei ole kuvattu. Harvinaisissa tapauksissa myös muut raskauden aikana sai-rastetut infektiot saattavat johtaa sikiön kuolemaan tai vaurioitumiseen. Perinataalisia infektioita aiheuttavat mm. herpes simplex-, vesirokko- ja enterovirukset.

Näytteet: • seeruminäyte (napaverinäyte): vasta-ainemäärityksiin• virtsanäyte: viljely ja PCR (sytomegalovirusdiagnostiikka)• ulostenäyte: viljely (enterovirusdiagnostiikka)• rakkulanäyte: viljely, ja antigeenin osoitus (herpes simplex- ja vesirokkovirusdiagnostiikka)• nielunäyte: viljely (herpes simplex-virusdiagnostiikka)

Page 27: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

27

Kuume ilman paikallisoireita

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: adeno-, influenssaA- ja B-, sytomegalo-, Epstein-Barr- jaPuumalavirukset sekä eräät enterovirukset. Myös hepatiittivirukset, sytomegalovirus ja HIV on tietyissä tapauksissa otettava huomioon.

Näytteet: • nenänieluimunäyte (nps): antigeenin osoitus ja viljely• nielunäyte: viljely• ulostenäyte: viljely• virtsanäyte: viljely (sytomegalovirusepäilyissä)• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin

Maksaoireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: hepatiitti A-, hepatiitti B-, hepatiitti C-, sytomegalo-, Puuma-la- ja Epstein-Barr-virukset. Hepatiitti D (delta)- ja hepatiitti E-virusten aiheuttamat infektiot ovat toistaiseksi harvinaisia Suomessa. Huumeiden käyttäjillä saattaa hepatiitti D-virusta kuitenkin esiintyä. On myös muistettava, että trooppiset arbovirukset ja C. trachomatis voivat aiheuttaa maksaoireita.

Näytteet:• seeruminäyte (tarvittaessa pariseeruminäytteet): vasta-aine-määrityksiin ja HBsAg-määritys• virtsanäyte: viljely (sytomegalovirusepäilyissä)• EDTA- tai sitraattiiverinäyte: viljely tai PCR (sytomegalovirusepäilyissä)

Niveloireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: parvorokko-, Sindbis-, ja vihurirokkovirukset. Harvinaisem-pina aiheuttajina tulevat kyseeseen hepatiitti B-virus ja monet trooppiset arbovirukset. Myös C. trachomatis on muistettava reaktiivisen artriitin aiheuttajana.

Näytteet: • seeruminäytteet (tarvittaessa pariseeruminäytteet): vasta-ainemäärityksiin

Rakkulaiset iho- ja limakalvo-oireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: vesirokko- ja herpes simplex-virukset, mutta myös tietyt ente-rovirukset (esim. Coxsackie A16) aiheuttavat rakkuloita (enterorokko).

Näytteet: • rakkulanäyte: viljely ja antigeenin osoitus• ulostenäyte: viljely (enterovirusdiagnostiikka)• nielunäyte: viljely sekä PCR (enterovirusdiagnostiikka)• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin

Ripuli ja muut mahasuolioireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: noro-, adeno-, rota-, ja astrovirukset. Myös tietyt enteroviruk-set ja mahdollisesti myös koronavirukset voivat aiheuttaa gastroenteriittejä. Ripulivirukset eivät kasva normaaleissa soluviljelmissä, eikä niille ole hyvää serologista diagnostiikkaa, joten viljely-

Page 28: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

28

ja vasta-ainetutkimusten merkitys ripulidiagnostiikassa on vähäinen.Virushepatiiteissa, etenkin hepatiitti A:ssa, ripuli voi kuulua hallitseviin oireisiin, jos ikterus jää lieväksi. PCR-tutkimus on suositeltavin tutkimus noroviruksille.

Näytteet: • ulostenäyte: antigeenin osoitus, viljely ja PCR • seeruminäyte: vasta-ainemäärityksiin (vain hepatiitti-diagnostiikka)

Silmäoireet

Yleisimmät aiheuttajavirukset ovat: adeno-, herpes simplex- ja enterovirukset. Harvinaisempina tulevatkyseeseensytomegalo-,vesirokko-,influenssa-jatuhkarokkovirukset.MyösC. trachoma-tis on muistettava konjunktiviitin aiheuttajana.

Näytteet: • sidekalvoerite: viljely ja geenimonistus• sarveiskalvonäyte: viljely ja PCR • pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin

Sydänoireet

Yleisimmätaiheuttajaviruksetovat:enteroviruksetjainfluenssaA-virus.Myösadeno-jasytome-galovirukset sekä Chlamydia pneumoniae ja Mycoplasma pneumoniae on muistettava kardiitin aiheuttajina. Harvinaisissa tapauksissa kardiitti saattaa komplisoida muidenkin virusten aiheutta-mia infektioita.

Näytteet:• ulostenäyte: viljely• nielunäyte: viljely tai PCR• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin

Urogenitaalioireet

Yleisimmät aiheuttajat ovat: herpes simplex-virus ja C. trachomatis. Myös eräät muut virukset kuten vesirokko-, sytomegalo- ja adenovirukset saattavat aiheuttaa urogenitaalialueen oireita. Komplisoitumattomissa klamydiainfektioissa ja rekurroivissa herpes simplex-viruksen aiheutta-missa infektioissa ei yleensä tapahdu merkittäviä muutoksia seerumin vasta-ainetasoissa, joten vasta-ainemääritysten merkitys diagnostiikassa on vähäinen.

Näytteet: • uretranäyte: viljely (C. trachomatis, herpes simplex-virus) • cervixnäyte: viljely (C. trachomatis, herpes simplex-virus)• pariseeruminäytteet: vasta-ainemäärityksiin (erikoistapauksissa)

Page 29: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

29

Bak

teer

i-PC

R-n

äyte

ohje

et

PC

R-tu

tkim

usku

dos

likvo

ripl

eura

-ne

ste

nive

l-ne

ste

laps

i-ve

siN

P-

tikku

NP

Sys

kös

trake

a/br

onku

sas

pir.

BA

L-ne

ste

mah

a-ne

ste

virts

a

Bak

teer

i PC

R**

***

***

***

***

Asp

ergi

llus

PC

R**

****

***

***

***

***

*

Bor

dete

lla p

ertu

ssis

PC

R**

***

*

Bor

relia

PC

R**

***

***

**

Chl

amyd

ia p

neum

onia

e P

CR

***

Legi

onel

la P

CR

***

***

**

Myk

opla

sma

pneu

mon

iae

PC

R*

***

***

***

***

Myc

obac

teri

nukl

eiin

ihap

on o

soitu

s*

***

***

***

**

*

Pne

umoc

ystis

car

inii

PC

R**

***

***

*

Ure

apla

sma

urea

lytic

um P

CR

***

***

***

*

Näy

tepu

tki

11

22

13

14

11

11

**

* su

osite

ltava

näy

te

* m

ahdo

lline

n nä

yte

Näy

tepu

tket

1.

Tiiv

is n

äyte

putk

i tai

-pur

kki

2.

ED

TA-p

utki

3.

Kal

sium

algi

naat

titik

ku

kuiv

assa

st

eriil

issä

ke

rtakä

yttö

-pu

tkes

sa4.

Y

skös

purk

ki

Suo

site

ltava

näy

tem

äärä

:Li

kvor

i, ni

veln

este

, lap

sive

si, t

rake

a/br

onku

s-lim

a 1–

10 m

lY

skös

2–5

ml

BA

L-ne

ste,

virt

sa, p

leur

anes

te, m

ahan

este

10

ml

Kud

ospa

lat,

halk

aisi

ja 3

mm

Näy

tteet

voi

lähe

ttää

tava

llise

ssa

post

issa

jääh

dyttä

mät

tä.

Tied

uste

lut:

puh.

(02)

333

742

0 ta

i (02

) 333

742

3, h

aku

31 7

407

Page 30: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

30

Viru

s-PC

R-n

äyte

ohje

etlik

vor

luuy

din

nenä

niel

uni

elu

kudo

sul

oste

BA

Lra

kkul

apl

eura

nest

eE

DTA

/sirt

.ver

estä

erot

ettu

pla

sma

seer

umi/

plas

ma

laps

ives

ivi

rtsa

HS

VC

MV

Ent

HS

VH

SV

Ent

CM

VV

ZV (*

CM

VC

MV

Ent

HS

VC

MV

VZV

Par

voR

ino

Ent

VZV

E

ntE

ntE

ntE

ntP

arvo

VZV

Ade

no

CM

VH

HV-

6K

oron

aR

ino

CM

V

Rin

oH

SV

(**

Rin

oP

arvo

CM

VC

MV

BK

V

Ent

EB

VA

deno

Kor

ona

Ent

A

deno

K

oron

aH

HV-

6 E

BV

Par

voJC

V

HH

V-6

InflA/B

Ade

noP

arvo

InflA/B

A

deno

Ade

no H

CV

Infl

A/B

hM

PV

InfA

/BInflA/B

R

SV

InflA/B

JCV

R

SV

hMP

V

Parainfl.

R

SV

Parainfl.

RS

VP

arai

nf.

Bok

a

Parainfl.

Bok

a

PC

R-tu

tkim

uksi

a vo

idaa

n te

hdä

kaik

ista

näy

tteis

tä. Y

llä o

leva

an li

staa

n on

mer

kitty

, mitä

tutk

imuk

sia

mis

täki

nnä

ytte

estä

on

järk

evää

tehd

ä.

(* R

akku

lane

stee

stä

ensi

sija

inen

tutk

imus

men

etel

on V

ZV-A

G(*

* R

akku

lane

stee

stä

ensi

sija

inen

tutk

imus

men

etel

on H

SV-

Vi

Näy

tepu

tket

, säi

lyty

s- ja

lähe

tyso

hjee

t mai

nittu

kun

kin

test

in k

ohda

lla.

Tied

uste

lut (

02) 3

33 7

461

Page 31: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

31

TutkimusmenetelmätBakteriologiset tutkimukset

Kattava tutkimusvalikoimaValikoimaamme kuuluvat lähes kaikki yleiset bakteriologiset tutkimukset. Lisäksi teemme mm. seuraavia: difteriaviljely, legionellaviljely, nokardiaviljely, pertussisviljely, helicobacter pylori -vil-jely ja metisilliiniresistentin Staphylococcus aureuksenseulonta-viljely.MikrobispesifisenDNA:ntutkimme suoraan näytteestä DNA-monistukseen (PCR) perustuvalla menetelmällä.

Bakteereiden tyypitys tehokkaimmilla menetelmilläKaikkieristetytbakteerit,joitaeipidetänormaaliflooraankuuluvinatyypitetäänlajitasolle.Käytös-sämme on bakteereiden tyypitys perustuen 16S rRNA geenin sekvensointiin.

Laaja valikoima spesifisiä elatusaineitaBakteeriviljelyt eri näytetyypeistä tehdään käyttäen kansainvälisten suositusten mukaisia elatusai-nepohjia. Käytössämme on kymmeniä erilaisia elatusaineita.

Autoimmuunitutkimukset

TutkimusvalikoimaTutkimusvalikoima käsittää kaikki keskeisimmät autoimmuunisairauksien diagnostiset testit. Suu-ri osa testeistä on laboratoriossamme kehitettyjä ja tutkimustyö menetelmien kehittämiseksi jat-kuu edelleen.

Reuman ja systeemisten autoimmuunisairauksien diagnostiikkaNivelreuman diagnostiikassa spesifinen sitrulliinivasta-ainetesti (S-CCPAb) yhdessä reu-mafaktorimäärityksen kanssa parantaa erityisesti varhaisen nivelreuman diagnostiikkaa. Myös systeemisen lupus erytematosuksen (SLE), Sjögrenin syndrooman, skleroderman ja muiden systeemisten autoimmuunitautien immunologinen diagnostiikka on kehittynyt voimakkaasti vii-me vuosien aikana. Laboratoriomme on tehnyt tutkimustyötä diagnostiikan kehittämiseksi. Tuma-vasta-aineiden lisäksi mittaamme myös yksittäisiä tuman antigeenejä kohtaan syntyneitä vasta-aineita. Käytössämme oleva Phadia 250 -tekniikka on parantanut nDNA- ja ENA-vasta-aineiden tulostenherkkyyttäjaspesifisyyttä.Uusi CTD-paneeli tulee lisäämään ENA-vasta-aineiden spe-sifisyyksiä.Immunoblottauksessa(S-ANA-IB)käyttämämmeInnolia-testi täydentää tutkimusva-likoimaamme. Lisäksi tarjoamme immunoblottaustestiä (S-PMDM) myosiittien diagnostiikkaan.

Glomerulonefriittien ja vaskuliittien diagnostiikkaGlomerulonefriittien ja vaskuliittien diagnostiikkaan tarjoamme komplementtitutkimusten ja neut-rofiiliensytoplasma-antigeenivasta-aineiden(S-PR3Ab,S-MPOAb,S-ANCA-T)lisäksiherkänjaspesifisenglomerulustyvikalvovasta-ainetestin(S-GbmAb).Testitontarkoitettunopeastietene-vien Wegenerin granulomatoosin, glomerulonefriittien ja Goodpasturen syndroman diagnostiik-kaan ja tehdään siitä syystä päivittäin (arkipäivisin) myös yksittäisestä näytteestä.

Keliakian vasta-ainemäärityksetKeliakian immunologinendiagnostiikkaperustuuspesifistenkudostransglutaminaasi-,endomy-sium- ja gliadiinipeptidivasta-aineiden määrittämiseen. Laboratoriossamme tehdyn tutkimustyön ansiosta olimme ensimmäisiä laboratorioita maailmassa, joka otti käyttöönsä nämä kolme me-netelmää.Kudostransglutaminaasi-vasta-aineetmääritämmenytspesifisellähumaaniarekombi-nanttiantigeenia käyttävällä tTG-ELISA:lla.

Page 32: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

32

Kudostransglutaminaasin on osoitettu olevan keliakian spesifinen autoantigeeni ja endomy-siumantigeenin pääkomponentti.Gliadiinivasta-aineiden sijasta tarjoamme keliakian diagnostiikkaan spesifistä gliadiinipepti-divasta-ainetestiä (S-GlpepAb), joka mittaa IgA- ja IgG-vasta-aineita deamidoitua gliadiinia kohtaan). Nämä vasta-aineet korreloivat hyvin transglutaminaasi- ja endomysiumvasta-aineiden kanssa ja ovat huomattavasti normaaleja gliadiinivasta-aineita spesifisemmät ja herkemmätkeliakian diagnostiikassa. Dieetistä huolimatta pienellä osalla keliakiapotiaista suolen tulehdus jatkuu (ns. refraktorinen keliakia). Näillä potilailla gliadiinipeptidivasta-aineiden on osoitettu pysy-vänkoholla.Korkeattransglutaminaasivasta-aineet(tTGAbA)ovatspesifisiä,muttamatalatarvotvoivat olla vääriä positiivisia. Toisaalta tTGAbA ovat joskus vääriä negatiivisia tai raja-arvoja mm. ihokeliakiassajapienillälapsilla,joillaarvotuseinfluktuoivat.Näissätapauksissagliadiinipeptidi-vasta-aineet ovat useimmiten selvästi positiiviset. Koska GlpepAb-testi mittaa myös IgG-luokan vasta-aineita, suosittelemme gliadiinipeptidivasta-ainetestiä keliakian diagnostiikkaan myös IgA-puutospotilailla sekä keliakian dieettihoidon seurantaan.

Tulehduksellisten suolistosairauksien diagnostiikkaTulehdukselliset suolistosairaudet, Crohnin tauti (CD) ja ulseratiivinen koliitti (UC) ovat lisään-tyneet. Erityisesti lapsipotilailla tarvitaan seulontatestejä taudin serologiseen diagnostiikkaan. Tarjoamme Saccharomyces cerevisiae vasta-ainetestiä (ASCA IgA ja IgG) Crohnin taudin diagnostiikkaan (50–60 % positiivisia). Koska osalla potilaista Crohnin tautia ei oireiden perus-teella voi erottaa ulseratiivisesta koliitista suosittelemme diagnostiikkaan IBD-tutkimusta, jossa mitataan ASCA-testin ohella myös p-ANCA-vasta-aineet, joita esiintyy UC-potilailla n. 50–60 %:lla, mutta Crohnin tautia sairastavilla vain 10-15%:lla.

Tulehduksellisten maksasairauksien diagnostiikkaAutoimmuunihepatiittien (AIH) serologinen diagnostiikka perustuu immunofluoresenssitekniik-kaan. AIH tyyppi I:ssä esiintyy sileälihasvasta-aineita ja tumavasta-aineita, AIH tyyppi II:ssa maksa- ja munuaismikrosomi (LKM) vasta-aineita. Primaarisessa biliaarisessa kirroosissa (PBC) esiintyy mitokondriovasta-aineita. Primaarinen sklerosoiva kolangiitti (PSC) voi liittyä ulseratiivi-seen koliittiin, joss esiintyy p-ANCA vasta-aineita.

IgG4:aan assosioituvat tulehdukselliset sairaudetKorkea IgG4 liittyy moniin harvinaisiin sairauksiin, kuten PSC:ta muistuttavaan autoimmuuniko-langiittiin(AIC),autoimmuunipankreatiittiin(AIP),sialadeniittiin,inflammatoriseenpseudotuumo-riin ja retroperitoneaalifobroosiin. Näistä tavallisin on AIP. Koska sekä AIC että AIP vastaavat hyvin kortisonihoidolle on näiden tautitilojen erottaminen muista pankreatiitin ja kolangiitin muo-doista ensiarvoisen tärkeää.

Menetelmien kehittäminenAutoimmuunitautien diagnostiikassa käytettävät testit kehittyvät koko ajan ja testivalikoima on lisääntynyt voimakkaasti viimeisen kymmenen vuoden aikana. Laboratoriossamme jatkuvan ak-tiivisen tutkimustoiminnan ansiosta olemme voineet pitää testivalikoimamme ajan tasalla.

Immunogeneettiset tutkimukset

DNA-hybridisaatiotutkimuksetSairastumisalttiuteen spesifisesti assosioituvien HLA-alleelien määrittämiseen olemme kehit-täneet tautikohtaisia testejä. Nämä perustuvat geenimonistukseen PCR-menetelmällä ja sitä seuraavaan lantanidileimallatuilla koettimilla tehtävään hybridisaatioon. Menetelmän etuna on erinomaisenspesifisyydenohellaedullinenhintajanäytteenhyväsäilyvyys.Näitätestejäonso-vellettu HLA-B27 alleelin määrittämiseen sekä keliakian, narkolepsian ja insuliinista riippuvaisen

Page 33: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

33

diabeteksen geneettisen riskin tutkimiseen. Uutena testinä olemme aloittaneet laktaa-sinpuutok-seen liittyvän geenimuutoksen osoittamisen.

Komplementtitutkimukset

Komplementin puutostilatKomplementtidiagnostiikassa laboratoriollamme on maassamme täydellisin testivalikoima. Pys-tymme osoittamaan tavalliset ja harvinaiset komplementin puutostilat. Komplementin toimintaa mitataan S-CH100-testillä (komplementti, kokonaisaktiivisuus). Se on ELISA-testi, joka mittaa sekä klassisen, vaihtoehtoisen että lektiinitien toiminnan. Mikäli seulontatesti (S-C-DEF) osoit-taa toiminnan häiriön, mitataan yksittäiset komponentit (tai komplementin aktivaatiotuotteet) häi-riön syyn selvittämiseksi.

S-CH100 tuloksen tulkinta**

CH100Cl CH100L CH100Al Mahdollinen puutos* Kliiniset assosiaatiot

matala normaali normaali C1q,C1r,C1s(C1q-vasta-aineet)

SLE, autoimmuunisai-raudet

normaali matala normaali MBL, MASP2 Varhaislapsuuden infektiot,

matala matala normaali C4,C2 tai molemmat(C4A, C4B nolla-alleelit)

Infektiot, autoimmuuni-sairaudet

matala matala matala C3,C5,C6,C7,C8,C9Faktori H, I

Infektiot; C3 pyogeeni-set, C3Nef /GNC5-C9 neisseriainfektiot

normaali normaali matala Properdiini, Fakt.B,D Infektiot; properdiini: fataaleja menin-gokokki-infektioita (fami-liaarinen)

normaali normaali normaali Ei puutoksia

* Mikäli S-CH100 on poikkeava, suositellaan komplementin puutostutkimusta (S-C-DEF), jos-sa voidaan määrittää jokainen osakomponentti erikseen.**HUOM: komplementin in vivo aktivaatio, esim. autoimmuunitaudin (immuunikompleksit) tai in-fektion seurauksena voi johtaa komplementin komponenttien voimakkaaseen kulutukseen. Kulu-tus voidaan osoittaa komplementin aktivaatio- tutkimuksella (P-CAktt).

Page 34: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

34

HAE, hereditaarinen angioödeemaHereditaarinen angioneuroottinen ödeema (HAE/HANE) on auto-somaalisesti dominantisti pe-riytyvä tauti, joka ilmenee kohtauksittain ihon ja limakalvojen turvotuksina. Mutaatioista johtuen C1-estraasia ei tehdä (HAE tyyppi I). Suomessa on n. 50–100 HAE-potilasta n. 20 eri suvussa.Jos C1-esteraasin inhibiittorin pitoisuus (P-C1Inh) on normaali, C4 matala, C3 normaali, mutta P-C1InhBk (aktiviteetti) puuttuu, kyseessä on periytyvää aktiivia tautia sairastavat henkilö (n. 15 %), jolla ClInh-pitoisuus on immunokemiallisesti mitattuna normaali, mutta se ei (pistemutaation vuoksi) toimi (HAE tyyppi II). Ns. hankinnainen HAE ilmenee aikuisiällä, eikä suvussa ole HAE-tapauksia. Näillä potilailla ei ole mutaatiota C1Inh-geenissä, vaikka C1Inh on matala ja aktiviteetti alentunut. Matala C1q osoit-taa, että C1Inh lasku on sekundaarinen, esim. autoimmuunireaktiosta johtuvan C1q:n ja C1Inh:n kulutuksen aiheuttama. Teemme tarvittaessa C1q-tutkimuksen diagnoosin varmistamiseksi. (Ks. Hanna Jarva ja Seppo Meri. Angioödeeman diagnostiikka ja hoito. Suom. lääkl. 2003; 42:4229-4233).

Komplementin aktivaatiotuotteetKomplementin aktivaation osoittaminen potilaalta saadusta kudos (plasma) -näytteestä, on ainoa keino osoittaa komplementin osallistuminen autoimmuunitautien, glomerulonefriittien tai infektio-tautien syntyyn tai potilaan oireiden pahenemiseen. Tämä on mahdollista ennen kaikkea uusilla entsyymi-immunologisilla testeillä. Komplementtitutkimuksena on perinteisesti käytetty C3 ja C4 määritystä. Komplementin aktivaatiossa C3, C4 ja Faktori B kuluvat, mutta onglema on että ne ovat ns. akuutin faasin proteiineja ja pitoisuudet nousevat tulehduksessa. Lisäksi C4 voi olla matala muista syistä (HAE, C4-allotyyppien puutokset), joten vain matala C3 viittaa aktivaatioon. Plas-masta tai kudosnesteestä (mm. synovia- tai pleuraneste) tehty komplementin aktivaatio-tutkimus (P-CAktt) mittaa komponenttien lisäksi myös niiden pilkkoutumistuotteita (C3d, C4d ja Bb) ja paljastaa klassisen ja vaihtoehtoisen tien aktivaation lisäksi myös terminaalikompleksin (C5b-9) muodostumisen. Seurannassa taudin (SLE, GN, infektio) parantuessa nämä aktivaatio-tuottet häviävät verenkierrosta.

Aktivaatiossa komponentteja kuluu...C4, C3 ja faktori B laskevat...mutta C4, C3 ja B ovat akuutin faasin proteiineja ja nousevat tulehduksessa!

CH100Cl* C4** C3 B

CP ↓ ↓ ↓ N SLE, kryoglobulinemia, RA, vaskuliitti, B-hepatiitti

AP N↓ N ↓ ↓ Gram-neg bakteremia PSGN, pankreatiitti

CP + AP ↓ ↓ ↓ ↓ SLE, MPGN I

CP/fluid ↓ ↓ N N HAE

AP/fluid N↓ N ↓ ↓ MPGN II (C3Nef), lipodystrofia.,H/I-puutos

CP, klassinen tie; AP, oikotie.*CH100Cl, klassisen tien aktivaatio, ns. ”hemolyyttinen komplementti”**C4 voi olla matala myös C4 puutoksen takia (ns. C4A0 / C4B0 nolla- alleelit, voidaan osoittaa geeni- ja proteiinitutkimuksilla)

Page 35: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

35

Komplementin aktivaatiotuotteet (P-Caktt)* C4d, C3d ja Bb nousevat vain komplementin aktivaatiossa

CH100Cl C4d C3d Bb

CP ↓ ↑ N↑ N SLE, kryoglobulinemia,RA,vaskuliitti, B-hepatiitti

AP N↓ N ↑ ↑ Gram-neg bakteremia,PSGN, pankreatiitti

CP + AP ↓ ↑ ↑ ↑ SLE, MPGN I

CP/fluid ↓ ↑ N N HAE

AP/fluid N↓ N ↑ ↑ MPGN II (C3Nef),lipodystrofia.H/I-puutos

RA, nivelreuma, PSGN, poststreptokokkaalinen glomerulo-nefriitti; MPGN, membranoproliferatii-vinen GN, HAE, hereditaarinen angioödeema

Komplementti, C1q-vasta-aineet, urtikaria-angioödeema oireiden selvittelyyn ja SLE-nefriitin diagnostiikkaanKomplementin C1q-komponentti on klassisen tien aktivaation käynnistäjä. Klassinen tie osallistuu sekä puolustukseen monia mikrobeja kohtaan että komplementin toiseen tärkeään tehtävään: kuolleiden solujen ja muun debriksen poistoon. Jos C1q puuttuu tai potilaalla on C1q vasta-aineita, nämä toiminnat häiriintyvät ja seurauksena voi olla systeeminen autoimmuunitauti (SLE) tai vaskuliitti (hypokomplementeeminen urtikaria vaskuliitti syndrooma, HUVS, tai reumatoidi vas-kuliitti). C1q-vasta-aineet ennakoivat myös SLE-nefriitin syntyä ja niitä voidaan käyttää taudin diagnostiikkaan ja seurantaan. Suosittelemme anti-C1q-vasta-ainetestiä (S-C1qAb) autoimmuu-nitautien, vaskuliittien ja niihin liittyvien urtikaria-angioödeema oireiden selvittelyyn

Lymfosyytti- ja leukosyyttitutkimukset

Osaston toimintaKäytössämme on alan huippua oleva tekniikka virtaussytometria mukaanlukien.

Lymfosyyttien pintamarkkeritTämän ryhmän tutkimuksilla selvitetään eri lymfosyyttialaluokkien suhteellisia osuuksia tutkitta-vassa näytteessä, joka voi olla esim. perifeeristä verta tai luuydintä.

Lymfosyyttien toiminnan tutkiminenLymfosyyttien suhteellisten määrien lisäksi tutkimme niiden proliferoitumista mitogeeneilla tai an-tigeenillä stimuloituina sekä B-solujen kykyä tuottaa vasta-aineita in vivo tai in vitro.

Granulosyyttien toiminnan tutkiminenGranulosyyttien toimintaa tutkimme määrittämällä niiden liikkuvuutta eli kemotaksista, oksidatii-vista metaboliaa, sekä fagosytointi- ja bakteerientappokykyä.

Bakteeriserologiset tutkimukset

Serologiset tutkimukset osana infektiotautien diagnostiikkaaBakteeri-infektioserologia on bakteerieristysten ohella tärkeimpiä infektiotautien diagnostiikassa

Page 36: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

36

käytettäviä tutkimuksia. Eräissä tapauksissa serologiset tutkimukset ovat ainoa käyttökelpoinen tapa diagnosoida infektiotauteja.

Laboratoriossamme on pitkät perinteet vasta-aineiden määrityksessä ja testivalikoimaamme kuu-luu monia laboratoriossamme kehitettyjä testejä. Perinteisten entsyymi-immunologisten menetel-mien ohella käytössämme on mm. vasta-aineiden aviditeettiin perustuvia testejä ja rekombinant-tiproteiineja hyödyntäviä line-immunoassay-tutkimuksia.

Osaston toimintaSerologiset tutkimukset käsittävät noin 20 eri vasta-ainemääritystä, jotka kattavat kaikki tärkeim-mät serologisesti diagnosoitavat bakteeri-infektiot. Näytteiden käsittely- ja säilytysjärjestelmä takaavat sen, että jo lähetetystä näytteistä voidaan tarvittaessa myöhemmin tehdä uusi tutkimus-pyyntö muita vasta-ainemäärityksiä varten. Positiivisissa tuloksissa vastauksiin liitetään lausunto löydöksen merkityksestä.

Virologiset tutkimukset

Virusinfektiot ovat tavallisia tauteja ja aiheuttavat huomattavan osan kaikista potilaskäynneistä. Osa virusinfektioista on mahdollista diagnosoida kliinisesti, mutta suurella osalla taudinkuvat me-nevät päällekkäin toisten virusten ja muiden mikrobien kanssa, joten varma diagnoosi edellyttää laboratoriotutkimuksia.

Akuutin virusinfektion kulku ja menetelmien käyttö

Edellä olevassa kuvassa on kaavamaisesti esitetty akuutin virusinfektion taudinkulku. Tartuntaa seuraa vaihtelevan pituinen oireeton itämisaika. Tavallisesti sen loppupuolella, jo ennen oireiden alkamista virus on lisääntynyt siinä määrin, että sitä ja sen antigeeneja voidaan todeta kohde-elimis-sä. Samaan aikaan alkaa vasta-ainetuotanto, joka vauhtiin päästyään nopeasti vähentää vapaiden virusten määrää. Primaari-infektioissa IgM-luokan vasta-aineet ilmestyvät ensimmäisinä ja säilyvät mitattavalla tasolla 1–3 kuukautta. IgG-luokan vasta-aineet nousevat hieman hitaammin ja säilyvät vuosia, toisinaan loppuiän merkkinä sairastetusta infektiosta ja hankitusta immuniteetista.

Virusviljely tarkoittaa näytteessä olevien infektiokykyisten virusten kasvattamista soluviljelmäs-sä ja sitä seuraavaa tyypitystä. Koska viljely edellyttää virusten saamista elävinä laboratorioon, näytteen oikea käsittely ja kuljetus on tärkeää. Virusviljelyvastauksen saaminen kestää nopeim-

Page 37: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

37

millaankinuseitapäiviä.Joihinkinviruksiin(herpessimplex-,sytomegalo-,adeno-, influenssa-,parainfluenssa-jaRS-virukset)voidaansoveltaans.pikaviljelyä, jolloin kasvava virus tunniste-taan immunoperoksidaasivärjäyksellä jopa yhden vuorokauden viljelyajan jälkeen.

Antigeenidetektio eli antigeenin osoittaminen tarkoittaa virusproteiinien osoittamista suoraan potilasnäytteestä immunologisillamenetelmillä, kuten immunofluoresenssilla (IF), entsyymi-im-munoassaylla(EIA)taifluoroimmunoassaylla(TR-FIA).Koskanäytteeneitarvitsesisältääeläviäviruksia, säilytys- ja kuljetusolosuhteet eivät ole kriittiset. Näyte otetaan nenänielusta steriilillä nukkatikulla. Tikku katkaistaan laboratoriopuhteeseen putkeen. Testin herkkyys ei välttämättä ole yhtä hyvä kuin imulimanäytteistä

Antigeeninosoitustestit ovat etenkin lasten hengitystieinfektioiden diagnostiikassa osoittautuneet herkiksi ja luotettaviksi menetelmiksi. Antigeenin osoitustestien merkittävimmät edut ovat näyt-teen kuljetuskestävyys ja testin nopeus. Vastaus on – näytteen kuljetusajasta riippuen – usein saatavissa 24 tunnin sisällä näytteen ottamisesta, jolloin vastausta voidaan käyttää hyväksi välit-tömien hoitopäätösten teossa.

Antigeenin osoitustestin herkkyys hengitystieinfektioiden diagnostiikassa vaihtelee kokemuksem-me mukaan 60–95 %:n välillä riippuen viruksesta ja näytteenoton ajankohdasta.

RS Viruksen esiintymissyklit Suomessa.

Kuvassa on havainnollistettu RS-viruksen esiintyminen antigeenin-osoitusnäytteistä, jotka on tut-kittu TR-FIA-menetelmällä 1987-2008. Virus esiintyy kahden vuoden sykleissä, joissa kuhunkin esiintymiskauteen kuuluu pienempi huippu keväällä ja suurempi sitä seuraavana talvena, jonka jälkeen virusta ei merkittävästi esiinny yli puoleen vuoteen.

Nukleiinihapon osoitus perustuu tavallisimmin geenimonistukseen polymeraasiketjureaktiolla (PCR). Menetelmää voidaan käyttää sekä DNA- että RNA-viruksille. PCR:llä voidaan etsiä tiettyjä, määriteltyjä viruksia (esim. herpes simplex –virus tyyppi 1) tai virusryhmiä (esim. enterovirukset). PCR-menetelmän tärkein ominaisuus on suuri herkkyys. Esimerkiksi herpes simplex-virus-PCR:n

Page 38: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

38

detektioherkkyys on yksi infektoiva viruspartikkeli 100 mikrolitrassa likvoria. Testin herkkyyden vuoksi on näytteitä otettaessa ja analysoitaessa noudatettava poikkeuksellista varovaisuutta konta-minaation torjumiseksi. Näytteen ottajasta tai muualta ympäristöstä saattaa näyteputkeen kulkeu-tua viruksia. Siksi likvorinäytteet pitää ottaa steriileihin kertakäyttöputkiin tutkimuskäsineet kädessä ja hengityssuoja kasvoilla. PCR-menetelmä on käytettävissä lähes kaikkien virusten toteamiseen elimistön nesteistä, eritteistä ja kudospaloista. Kvantitatiivista PCR-sovellusta (qPCR) käytetään erityisesti elin- ja luuydinsiirtopotilaiden viruskuorman seuraamiseen sytomegalo-, Epstein Barr- ja polyomavirusten reaktivaation varhaiseksi toteamiseksi. PCR-tulokset vastataan positiivisena tai negatiivisena, kvantitatiivinen tulos kopiota/ml (plasma, virtsa) tai kopiota/näyte (kudospala).

Serologinen diagnostiikka perustuu IgG- ja IgM-vasta-aineiden mittaamiseen.IgG-luokan vasta-aineet säilyvät elimistössä kauan, usein koko eliniän, jolloin ne ovat merkkinä sairastetusta taudista tai hankitusta immuniteetista. Akuutin infektion diagnosoimiseksi tarvitaan IgG-määrityksiin pariseeruminäytteet, jolloin serokonversio tai merkitsevä nousu IgG-tasoissa on osoituksena tuoreesta infektiosta. Erityistapauksissa voidaan tuoreen infektion diagnostiikassa käyttää IgG:n aviditeettimääritystä.

EIA-IgM-vasta-ainemäärityksetIgM-vasta-ainemäärityksellä voidaan akuutti infektio todeta yhdestä seeruminäytteestä niissä ta-pauksissa, joissa virusinfektioon liittyy IgM-vaste. IgM-vaste liittyy säännönmukaisesti primaari-infektioihin, sen sijaan reinfektioissa ja rekurroivissa infektioissa IgM-vaste usein puuttuu. Samoin tapauksissa, joissa henkilö on aikaisemmin sairastanut lähisukuisen viruksen aiheuttaman infek-tion(esim.adeno-,entero-,influenssa-jaarbovirusinfektiot),IgM-vasteetenkinryhmäspesifisilleantigeeneille voi puuttua. Myös aikaisemmin rokotettujen sairastuessa myöhemmin luonnolliseen infektioon IgM-vaste voi puuttua. Taulukossa on IgM-vasteen keskimääräisiä esiintymisprosent-teja eri virusinfektioissa.

Infektio tai aiheuttaja IgM-vaste (%)

Infektio tai aiheuttaja IgM-vaste (%)

Adeno 30–50 Punkkiaivokuume n.100

Enterot 40–100 Puumala (myyräkuume) n.100

Epstein-Barr n.100 RSV 50–80

Hepatiitti A n.100 Sikotauti n.100

Hepatiitti B Sytomegalo

akuutti n.100 primaari n.100

krooninen 80–90 reaktiv. tai reinfektio 0–50

oireeton kantaja 20–40 Tuhkarokko n.100

Herpes simplex Vesirokko

primaari n.100 vesirokko n.100

rekurrenssi 10–20 vyöruusu 70–80

InfluenssaAjaB 50–70 Vihurirokko

Parainfluenssat 40–60 primaari n.100

Parvorokko 90–100 reaktivaatio 0–20

Pogostantauti 90–100

Page 39: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

39

Lisäksi on otettava huomioon, että positiivisissakin tapauksissa vasteet ovat usein heikkoja ja si-ten vaikeita tulkita (esim. respiratoriset infektiot) tai niiden löytäminen voi edellyttää homologisen virustyypin käyttöä antigeenina (esim. enterovirukset).

Vaikka IgM-vasta-aineiden muodostus alkaakin varsin nopeasti, vasta-ainelöydös voi olla nega-tiivinen vielä muutamia päiviä oireiden alkamisesta. Tällainen löydös ei siten sulje pois tuoretta infektiota, vaan tulos tulee tarvittaessa varmistaa uudella näytteellä.

IgM-vasta-ainemäärityksissä käytetään kvalitatiivista tulostusta ja vastaus annetaan muodossa positiivinen / negatiivinen. Mikäli tulosta ei voida varmuudella tulkita positiiviseksi tai negatiivisek-si, se vastataan raja-arvona. Tällöin lausunnossa pyritään mahdollisuuksien mukaan ottamaan kantaa siihen, tulisiko tulos varmistaa uudella näytteellä.

Akuutti infektio voidaan diagnosoida joko• osoittamallaspesifisen(IgG-)vasta-ainetasonmerkitsevänousuns.pariseerumienvälillä,

jolloin potilaasta pyritään ottamaan akuutin vaiheen seerumi mahdollisimman varhain taudin alkuvaiheessa ja toipilasvaiheen seerumi 7–14 vrk myöhemmin, tai

• osoittamalla spesifisiä IgM-vasta-aineita yhdestä seeruminäytteestä. Tällä tavoin voidaandiagnoosiin päästä nopeammin, mutta erikoisesti sekundääri-infektioissa ei muodostu IgM-vasta-aineita. Erityisesti näin on respiratorisissa virusinfektioissa.

• osoittamalla yhdestä seeruminäytteestä heikosti sitoutuvia (”matalan aviditeetin”) vasta-aineita. Tämä on vaihtoehtoinen menetelmä IgM- vasta-aineiden osoittamiselle.

Immuniteettitutkimuksessa mitataan IgG-vasta-aineita (tai totaalivasta-aineita) yhdestä see-ruminäytteestä. IgG-vasta-aineiden esiintyminen seerumissa ei kuitenkaan välttämättä merkitse suojaavaa immuniteettia, sillä kaikki vasta-aineet eivät suojaa infektiolta.

Virologinen näyte tulee ottaa mahdollisimman varhain taudin alkuvaiheessa. Viruksen tai sen antigeenisten osien määrä potentiaalisessa näytteessä on suurimmillaan vain muutamia päiviä taudin alusta, sen jälkeen alkava vasta-ainetuotanto vähentää nopeasti virusmäärää. Samaten vasta-aineiden lisääntymisen osoittaminen edellyttää, että ensimmäinen seeruminäyte on otettu taudin varhaisessa vaiheessa.

Yleistä genetiikan tutkimuksistaTurun yliopiston lääketieteellisen genetiikan laboratorio toimii lääketieteellisen biokemian ja gene-tiikan oppiaineen yhteydessä. Laboratorio tarjoaa kromosomipoikkeavuuksien sekä perinnöllis-ten sairauksien selvittämiseen tarkoitettuja sytogeneettisiä (kromosomi), molekyylisytogeneettisiä (FISH) ja molekyyligeneettisiä (DNA) tutkimuksia. Kromosomidiagnostiikka keskittyy synnynnäisten kehityshäiriöiden pre- ja postnataalisiin tutki-muksiin sekä pahanlaatuisten veritautien sytogeneettisiin ja molekyylisytogeneettisiin tutkimuk-siin. Molekyyligeneettisissä tutkimuksissa (DNA-diagnostiikassa) tutkimusten painopiste on neurologisissa sairauksissa. Tutkimustoiminnan ja kliinisen yhteistyön kautta tutkimusvalikoimaa muokataan jatkuvasti asiakkaiden toiveita vastaavaksi. Tuoreimmat tiedot tutkimusvalikoimas-tamme ovat löydettävissä www-sivuiltamme www.med.utu.fi/sivustot/genetiikka

LaaduntarkkailuLääketieteellisen genetiikan laboratorio on, kuten muutkin UTULab:iin kuuluvat osastot, mukana kansallisissa ja kansainvälisissä laaduntarkkailuohjelmissa. Vuosittain lähetettävillä laaduntark-

Page 40: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

40

kailunäytteillä testataan tulosten teknistä luotettavuutta sekä tulkinnan ja lausuntokäytäntöjen kattavuutta.

Konsultaatiot Vastaamme asiakkaiden tutkimuksia ja näytteitä koskeviin tiedusteluihin puhelimitse (puh. (02) 333 7233 (kromosomilaboratorio) ja puh. (02) 333 7458 (DNA-laboratorio)) ja sähköpostilla ([email protected])virka-aikana.

Tulosten ilmoittaminenTutkimukset vastataan aina kirjallista lausuntoa käyttäen. Laboratoriossamme on käytössä HL7-järjestelmä, joka mahdollistaa lähetteiden ja lausuntojen suoran välityksen sähköisesti. Asiakkail-le, joilla ei ole käytössä em. järjestelmää, tutkimusvastaukset postitetaan. Kiireelliset vastaukset voidaan toimittaa asiakkaalle telefaxilla erillisestä pyynnöstä.

DNA-näytteiden lähetysohjeet

DNA-tutkimusten lähetteetPyydämme liittämään kaikkiin näytteisiin DNA-tutkimuslähetteen, joita on tilattavissa osastoltam-me (puh. (02) 333 7458) tai tulostettavissa www-sivuiltamme: http://www.med.utu.fi/sivustot/ge-netiikka/lahetteet/ VerinäyteDNA-tutkimukseen otetaan näytteeksi 5-10 ml (pieniltä lapsilta 1-2 ml) EDTA-verta. Näyte säilyte-tään huoneenlämmössä ja se toimitetaan laboratorioon tavallisena postilähetyksenä. Näyte tulisi pakata huolellisesti eikä se saa jäätyä matkalla. Mikäli näyte otetaan perjantaina eikä sitä saada toimitettua laboratorioon samana päivänä, se säilytetään yli viikonlopun jääkaapissa ja lähete-tään seuraavana työpäivänä. Pakastetut näytteet tulisi toimittaa laboratorioon hiilihappojäissä.

LihasnäyteMitokondriaalisen DNA:n deleetiotutkimukseen tarvittava lihasnäyte voi olla keittosuolassa toimi-tettavatuorenäytetaipakastettu,fiksoimatonnäyte.Myöshistologisiinpreparaatteihinkäytettyfiksoimaton,pakastettulihasbiopsiakelpaaanalyysiin.

Sikiönäyte

IstukkavillusnäyteEnsisijaisesti sikiön DNA-tutkimukset tehdään istukkabiopsiasta. DNA:n eristykseen tarvitaan mahdollisimman hyvin äidin kudoksesta puhdistettu istukkabiopsianäyte. Eppendorf-putkeen kerätyt puhdistetut villukset lähete-tään pienessä elatusaine- tai keittosuolamäärässä, mieluiten pikapostina. Laboratoriota on syytä informoida etukäteen näytteen lähetyksestä.

LapsivesiMyös lapsivesinäytteestä on mahdollista tehdä sikiön DNA-tutkimus, mutta äidin verisolujen aihe-uttaman kontaminaation eliminoimiseksi lapsivesinäytteen soluja tulisi viljellä 1-2 viikkoa ennen DNA:n eristystä. Viljeltyjen lapsiveden solujen lähetys: ks. kohdasta ”Viljellyt solut”. Laboratoriota on syytä informoida etukäteen näytteen lähetyksestä.

Muu kudosnäyteDNA-tutkimus voidaan periaatteessa tehdä mistä tahansa kudoksesta, jossa esiintyy tumallisia soluja. Tuoreet kudosnäytteet voidaan toimittaa laboratorioon joko keittosuolassa tai pakastettui-na. Fiksoitujen kudosnäytteiden osalta pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon, koska kaikki

Page 41: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

41

analyysiteivätolemahdollisiafiksoidustamateriaalista.

Viljellyt solutViljellyt solut tulee lähettää huoneenlämmössä Eppendorf-putkeen kerättynä solunappina super-natantin kera. Pikapostikuljetus.

Eristetty DNAMuussa laboratoriossa eristetty DNA lähetetään tavallisena postilähetyksenä. MLPA-tutkimuk-seen toivomme saavamme tuorenäytteen, koska tutkimus ei aina onnistu muualla eristetystä DNA:sta.

DNA-näytteiden säilyttäminenKaikki laboratoriossamme eristetyt tai meille lähetetyt DNA-näytteet säilytetään mahdollisia tule-via tutkimuspyyntöjä varten.Erityistä huomioitavaaSikiö- ja kantajuustutkimusten sekä prediktiivisten eli ennustavien tutkimusten yhteydessä edelly-tetään pääsääntöisesti, että tutkittava on saanut tutkimukseen liittyvää perinnöllisyysneuvontaa. Lapsille ei tehdä kantajuustutkimuksia eikä ennustavia geenitutkimuksia, ellei tuloksella ole oleel-lista merkitystä lapsen terveyden kannalta.

Sukulaisten tutkimuksen yhteydessä toivomme lähetteeseen mainintaa suvussa todetusta mu-taatiosta tai laboratoriossamme tutkitun sukulaisen tietoja, jotta tutkimus pystytään kohdistamaan oikein. Kiireellisinä pyydetyt tutkimukset lisäävät laboratorion työmäärää ja nostavat testin rea-genssikustannuksia. Kiireelliset tutkimukset tehdään jonon ohi käytännössä yksittäisinä tutkimuk-sina. Kontrolleja, reagensseja ja työaikaa kuluu näin suhteellisesti enemmän. Tästä syystä kiireel-lisinä pyydetyistä tutkimuksista laskutetaan kiireellisyyslisä.

Lähetysosoite:Turun yliopistoUTULabLääketieteellinen genetiikka DNA-laboratorioKiinamyllynkatu 1020520 Turku Tiedustelut: puh.(02)3337458,[email protected] Kromosominäytteiden lähetysohjeetKaikissa kromosomitutkimuksissa (posken limakalvonäytteistä tehtäviä tutkimuksia lukuun otta-matta) käytetään soluviljelymenetelmiä, mistä johtuen tutkimuksiin tarvitaan eläviä soluja ja näyt-teenoton täytyy tapahtua steriilisti. Näyte täytyy lähetettäessä suojata äärilämpötiloilta ja toimittaa mahdollisimman nopeasti laboratorioon.

Kromosomitutkimusten lähetteetPyydämme liittämään kaikkiin näytteisiin kromosomitutkimuslähetteen, joita on tilattavissa osas-toltamme puh. (02) 333 7233 tai (02) 333 7225 tai tulostettavissa www-sivuiltamme www.med.utu.fi/sivustot/genetiikka/lahetteet Näytteenottoa ja lähettämistä koskevissa kysymyksissä pyydämme ottamaan yhteyttä kromo-somilaboratorioon numeroihin (02) 333 7233 tai (02) 333 7225.

Page 42: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

42

Verinäyte1. Näyte otetaan steriilisti 5 ml:n (pieniltä lapsilta 1-2 ml) vakuumiputkeen, jossa antikoagulant-

tina on litium-hepariini. HUOM! Näytettä ei saa sentrifugoida.2. Näytteen mukana on toimitettava hoitavan lääkärin täyttämä lähete, jossa on ilmoitettu klii-

niset tiedot ja mahdollinen diagnoosi sekä haluttu tutkimus.3. Äärilämpötilojen välttämiseksi, varsinkin talviaikaan, näyte on pakattava huolellisesti. Näyte

ei saa jäätyä eikä kuumentua.4. Näyte toimitetaan välittömästi pikapostilähetyksenä tai 5. bussikuljetuksena (HUOM! sovittava myös perille kuljetuksesta) kromosomilaboratorioon.6. Mikäli näytteen lähettäminen viivästyy, säilytetään sitä ensisijaisesti huoneenlämmössä.

HUOM! Jos näytettä joudutaan säilyttämään yli 1vrk, säilytetään sitä jääkaapissa. Prometa-faasinäytteiden kohdalla paras näytteenottopäivä on maanantai, ja tutkimuksen onnistumi-sen kannalta tulisi näytteenottoa keskiviikkona välttää.

Lapsivesinäyte20 ml lapsivettä lähetetään suljetussa ruiskussa laboratorion toimittamassa termoskannussa ja ”kylmälaukussa”. Tutkimuksista tehdään erikseen sopimus laboratorion kanssa.

IstukkanäyteNäytteenotosta tehtävä erikseen sopimus laboratorion kanssa.

IhonäyteNäyte otetaan steriilisti laboratorion pyynnöstä toimittamaan elatusnesteputkeen. Poikkeustapa-uksissa näyte voidaan myös ottaa steriiliin keittosuolaliuokseen, steriiliin näyteastiaan.

Luuydinnäyte2-3 ml luuydintä pistetään steriilisti laboratorion toimittamaan elatusnteampulliin. Potilaan ensim-mäisen näytteen yhteydessä otetaan myös hepariiniverinäyte peruskaryotyypin selvittämiseksi.

ImusolmukenäyteNäytteeksi tarvitaan n. 1 cm3 kudospala. Näyte otetaan steriilisti laboratorion pyynnöstä toimit-tamaan elatusnesteputkeen. Poikkeustapauksissa näyte voidaan ottaa steriiliin keittosuolaliuok-seen, steriiliin näyteastiaan.

Posken limakalvonäyteNäytteeksi otetaan pumpulipuikolla posken limakalvon soluja, jotka levitetään objektilasille pyö-rittäen pumpulipuikkoa lasia vasten. Potilaasta tarvitaan tutkimusta varten kolme erillistä näyte-lasia.Objektilasillesuihkutetaanvälittömästialkoholifiksatiivia(metanolitaietanoli).Lasinanne-taan kuivua ja näyte toimitetaan laboratorioon saman päivän aikana.

LähetysosoiteTurun yliopistoLääketieteellinen genetiikka UTULab KromosomilaboratorioKiinamyllynkatu 1020520 TURKU

Tiedustelutpuh. (02) 333 7233 (geneetikot) ja (02) 333 7225 (laboratorio),[email protected]

Page 43: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

43

ADENOVIRUS, ANTIGEENI (NENÄNIELUERITTEESTÄ)

Lyhenne: -AdenAg (4369)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hengitystieinfektioissa virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänieluerit-teeseen, jossa niiden määrä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. An-tigeenin osoituksen diagnostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen antigeenimäärä on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, mutta testi on silti käyt-tökelpoinen.

Yleensä näytteestä kannattaa tutkia samalla myös muiden respiratoris-ten virusten antigeenit. Katso tutkimus: RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Laboratoriopuhdas kertakäyttöputki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron-, rayontikku. (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi) Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-

teet Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet Nenänäyte (Ns). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa.

Voidaan lähettää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutkitaan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus adenoviruksen aiheuttamasta tuoreesta infektiosta.

Tutkimukset aakkosjärjesteyksessä

Page 44: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

44

ADENOVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA)

Lyhenne: F-AdenAg (1011)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Adenovirusta ja sen antigeenisia osia erittyy ulosteeseen adenoviruksen ai-heuttamissa ripulitaudeissa, mutta myös osassa muita adenovirusinfektioita kuten adenoviruksen aiheuttamissa hengitystieinfektioissa. Antigeenin löyty-minen ulosteesta viittaa tuoreeseen adenovirusinfektioon, joskin harvoissa tapauksissa voi esiintyä pitkittynyttä viruksen eritystä taudin jälkeen.

Indikaatiot: Ripulitautien diagnostiikka. Muissakin adenovirus-infektioissa tapahtuu viruk-sen erittymistä ulosteeseen, joten menetelmä sopii adenovirusinfektioiden diagnostiikkaan yleisemminkin.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Ulostepurkki tai muu tiivis astia

Näyte: Ulostetta 1–2 g (1–2 ml). Yleensä kannattaa samasta näytteestä tutkia myös rotavirusantigeeni.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa.

Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa tai huoneenlämmössä. Voidaan lähettää labora-torioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös viittaa tuoreeseen adenovirusin-fektioon. Joissakin harvoissa tapauksissa voi esiintyä pitkittynyttä eritystä tau-din jälkeen, joten ns. terve kantajuus on mahdollinen.

ADENOVIRUS, IGG VASTA-AINEET

Lyhenne: S-AdenAbG (4371), Li-AdenAbG (4372)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Adenoviruksia tunnetaan yli 40 serotyyppiä, joilla kaikilla on ristireagoiva ryhmäantigeeni. Käytetty testi mittaa vasta-aineita kaikkia ade-novirustyyppejä kohtaan. Adenovirusinfektioihin liittyy varsin säännönmukai-sesti immuunivaste, joten serologian diagnostinen herkkyys on varsin hyvä.

Indikaatiot: Adenovirusinfektioiden (mm. hengitystieinfektiot, kuume ilman paikallisoireita, gastroenteriitit) diagnostiikka

Page 45: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

45

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä + lausunto. Ihmiset sairastavat elämän-sä aikana useita adenovirusinfektioita, ensimmäiset jo varhaislapsuudessa, joten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita adenovirusten ryhmäantigeenia kohtaan. Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nou-su pariseerumien välillä on osoitus tuoreesta adenovirusinfektiosta.

ADENOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: -AdeNhO (4897)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR-menetelmä soveltuu virtsan adenovirusinfektioiden diagnostiikkaan sekä hematologisten potilaiden mahdollisten adenovirusinfektioiden toteami-seen.

Indikaatiot: Adenovirusinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki

Näyte: Virtsanäyte otettuna steriiliin kertakäyttöputkeen. EDTA- tai sitraattiverta 2 ml erotettuna plasmaksi. Testin voi suorittaa myös mm. nielu- ja nenänielunäytteestä, BAL-, uloste-,

selkäydin- ja pleuranesteestä sekä luuydinnäytteestä. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä putkesta.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakas-tetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Page 46: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

46

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. Adenoviruksen nukleiini-hapon löytyminen viittaa adenovirusinfektioon.

ADENOVIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: -AdeVi

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Adenoviruksia tunnetaan yli 40 serotyyppiä. Tavallisimmin ne aiheuttavat res-piratorisia infektioita mutta myös ripulitauteja ja keratokonjunktiviittejä.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden ja side/sarveiskalvotulehdusten diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin la-boratoriosta (02-333 7463). Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku. (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Bf (bronkoalveolaarilavaatio)-näyte. Sytomegalovirusviljelyn kuljetusnes-teputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä. Näyte tulee toimittaa laboratori-oon mahdollisimman pian.

Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Nenänielutikku (Nps-näyte). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Sidekalvonäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte tulisi toimittaa laboratorioon mahdollisimman pian. Lyhytaikainen säily-tys. esim. viikonlopun yli, jääkaapissa +4°C:ssa.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Kahden yön inkubaation jälkeen tehdään immunoperoksidaasivärjäys monoklonaalisilla vasta-aineilla.

Tekotiheys: Neljä kertaa viikossa. Tulos valmiina kahden vuorokauden kuluttua. Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen.

Positiivinen löydös on osoitus adenoviruksen aiheuttamasta tuoreesta infekti-osta.

Page 47: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

47

AKONDROPLASIA (ACH), FGFR3-GEENIN GLY380ARG-MU-TAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -ACH-D (11992) Ts-ACH-D (12178)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Akondroplasia (ACH) on yleisin perinnöllinen lyhytkasvuisuuden syy. Se on usein todettavissa heti vastasyntyneellä, koska lapsella on epäsuhtaisen iso pää, korkea otsa, matala nenänselkä, lyhyehköt raajat ja lyhyet olkavarret. Ly-hytraajaisuus ja muut luuston epämuotoisuudet johtuvat pitkien luiden epifyy-sirustojen kasvu- ja luutumishäiriöstä. Motorinen kehitys on potilailla normaa-lia hitaampaa, mutta henkinen kehitys normaalia. ACH periytyy autosomissa vallitsevasti, ja suurin osa tapauksista (~90 %) on sporadisia. Kehityshäiriön aiheuttavat mutaatiot fibroblastikasvutekijäreseptorigeeni 3:ssa (FGFR3). Kaksi pistemutaatiota, c.1138G>A ja c.1138G>C, johtavat kumpikin samaan aminohappomuutokseen (p.Gly380Arg). FGFR3-geenin homotsygoottinen ACH-mutaatio johtaa hyvin vaikeaan tautimuotoon.

Indikaatiot: Kliininen epäily akondroplasiasta.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR3-geenin eksoni 8:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio p.Gly380Arg-mutaation havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: p.Gly380Arg-mutaatio on osoitettavissa yli 99 %:lla kliinisesti tyypillisis-tä akondroplasiapotilaista. Normaali tulos ei siis absoluuttisesti sulje pois akondroplasiaa, sillä joskus harvoin voi kyseessä olla myös jokin muu FG-FR3-geenin mutaatio.

ALFASARKOGLYKANOPATIA (LGMD2D), SGCA-GEENIN ARG77CYS-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -LGMD-D (11995) Ts-LGMD-D (12179)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Page 48: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

48

Yleistä: Alfasarkoglykanopatia (aik. adhalinopatia) eli LGMD2D-tauti (limb girdle mus-cular dystrophy, tyyppi 2D) on autosomissa peittyvästi periytyvä Duchennen lihasdystrofiankaltainensairaus,jossaoireetalkavattavallisimminhartioidenja lantion lihaksista. Seerumin CK on voimakkaasti koholla, ja lihasbiopsian vasta-ainevärjäyksissä havaitaan alfasarkoglykaanin puutos. Taudin taustalla ovat mutaatiot alfasarkoglykaanigeenissä (SGCA).

SGCA-geenistä tunnetaan useita patogeenisia mutaatioita., mutta eksonissa 3 sijaitseva c.229C>T-transitiomutaatio (p.Arg77Cys) on sekä maailmanlaa-juisesti että erityisesti Suomessa yleinen valtamutaatio.

Indikaatiot: Kliininen epäily alfasarkoglykanopatiasta.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SGCA-geenin eksoni 3:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio p.Arg77Cys-mutaation havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Homotsygoottinen p.Arg77Cys-mutaatio varmistaa LGMD2D-diagnoosin. Heterotsygoottinen p.Arg77Cys-mutaatio yhdessä kliinisten oireiden ja poik-keavan lihasbiopsiavärjäyksen kanssa sopii alfasarkoglykanopatiaan, jolloin kyseessä on todennäköisesti yhdistelmäheterotsygotia jonkin muun SGCA-geenin mutaation kanssa.

Normaali tulos ei poissulje LGMD2D-tautia, koska kyseessä voi olla jokin muu SGCA-geenin mutaatio.

ALFA-THALASSEMIA-MENTAL-RETARDATION (ATRX), ATRX-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -ATRX-D (12192) Ts-ATRX-D (12193)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Alfa-thalassemia-mental-retardation (ATRX) on X-kromosomissa peittyvästi periytyvä oireyhtymä, jonka oireisiin kuuluvat muun muassa vaikea psyko-motorinen kehitysviive, sukupuolielinten anomaliat, mikrokefalia, tyypilliset kasvonpiirteet ja alfatalassemia. Joskus ATRX-oireyhtymän oireina on kuvattu vain lievä kehitysvammaisuus sekä epilepsia. X-kromosomaalisen periytymi-sen takia tautia esiintyy lähinnä miehillä, mutta myös kantajanaisilla voi olla oireita. Tauti johtuu ATRX-geenin mutaatioista, joita on kuvattu kymmeniä. Noin 90 % kuvatuista ATRX-geenin mutaatioista sijaitsee proteiinin sinkkisor-mi- (eksonit 7, 8 ja 9 alkuosa) ja helikaasidomeeneissa (eksonit 17–20).

Page 49: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

49

Indikaatiot: Kliininen epäily ATRX-oireyhtymästä. Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATRX-geenin eksonien 7, 8, 9 alkuosan sekä 17-20 PCR-monistus ja sekven-sointi.

Vastausaika: 10–12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen ATRX-geenistä varmistaa ATRX-oireyhtymän diagnoo-sin. Normaali tulos ei kuitenkaan sulje pois ATRX-oireyhtymää, sillä taudin taus-talla saattaa olla muualla kuin tutkituissa eksoneissa sijaitseva ATRX-geenin mutaatio.

AMINOGLYKOSIDIEN AIHEUTTAMA KUUROUS, MT-RNR1-GEENIN 1555G>A-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -1555-D (12194), Ts-1555-D (12195)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Mitokondrioiden 12S ribosomi-RNA:ta koodaavan MT-RNR1-geenin homop-lasminen m.1555G>A-mutaatio altistaa aminoglykosidien aiheuttamalle kuu-roudelle. Lisäksi kyseinen mutaatio esiintyy sensorineuraalisen ei-syndromi-sen kuulovamman taustalla.

Indikaatiot: Kuurous, jota on edeltänyt aminoglykosidiantibioottihoito. Maternaalisesti periytyvä ei-syndrominen sensorineuraalinen kuulovamma.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Mitokondrio-DNA:n (mtDNA) 12S rRNA:ta koodaavan MT-RNR1-geenin PCR-monistus ja sekvenssianalyysi 1555A>G-mutaation osoittamiseksi.

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: m.1555G>A-mutaatiolöydös vahvistaa mitokondrioperäisen aminoglykosi-dikuurouden diagnoosin tai maternaalisesti periytyvän mitokondrioperäisen sensorineuraalisen kuulovian. Negatiivinen tulos ei poissulje mtDNA:n gee-

Page 50: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

50

nivirheestä johtuvaa kuulovammaa, sillä taustalla saattaa olla myös muu mtDNA:n mutaatio.

AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), D90A-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -FALS-D (11996) Ts-FALS-D (12180)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Amyotrofinen lateraaliskleroosi (ALS) on etenevämotoneuronisairaus, jolleon ominaista lihasten toimintaa ohjaavien liikehermosolujen tuhoutuminen ja tästä aiheutuva tahdonalaisen lihaksiston surkastuminen. Arviolta noin 10 % ALS-tapauksista on familiaalisia, jolloin periytyminen voi olla tyypiltään joko vallitsevaa tai peittyvää. Peittyvästi periytyvään, usein alaraaja-alkuiseen ja hitaasti etenevään ALS-tautiin assosioituu Cu/Zn-superoksididismutaasi-1- eli SOD1-geenin D90A-mutaatio (c.269A>C, p.Asp90Ala), jota tavataan lähinnä Skandinaviassa.

Indikaatiot: Peittyvästi periytyväksi sopiva, hitaasti etenevä, usein alaraaja-alkuinen fami-liaalinen ALS (FALS).

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: D90A-mutaatio: Eksoni 4:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Homotsygoottinen D90A-mutaatiolöydös sopii resessiivisesti periytyvään ALS-tautiin.

AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), SOD1-GEE-NIN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -SOD1-D (11839) Ts-SOD1-D (12181)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Amyotrofinen lateraaliskleroosi (ALS) on etenevämotoneuronisairaus, jolle

Page 51: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

51

on ominaista lihasten toimintaa ohjaavien liikehermosolujen tuhoutuminen ja tästä aiheutuva tahdonalaisen lihaksiston surkastuminen. Arviolta noin 10 % ALS-tapauksista on familiaalisia, jolloin periytyminen voi olla tyypiltään joko vallitsevaa tai peittyvää. Vallitsevasti periytyvistä tapauksista noin 20 % as-sosioituu mutaatioihin Cu/Zn-superoksididismutaasi-1 eli SOD1-geenissä. SOD1-geenin mutaatioita on kuvattu geenin kaikista viidestä eksonista. Valta-osa geenivirheistä on pistemutaatioita, mutta joukossa on myös joitakin inser-tioita ja deleetioita.

Indikaatiot: Vallitsevasti periytyväksi sopiva ALS.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SOD1-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10–12 viikkoa.

Tulkinta: SOD1-geenin sekvenssianalyysissä osoitettu patogeeninen mutaatio sopii dominantisti periytyvään ALS-tautiin.

ANGELMANIN OIREYHTYMÄ (AS), 15q11-q13-ALUEEN ME-TYLAATIO- JA KOPIOLUKUANALYYSI

Lyhenne: B -AS-D (4288) Ts-AS-D (12198)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Angelmanin oireyhtymälle (AS) on ominaista vaikea kehitysvammaisuus, jo-hon kuuluu mm. lähes kaikilla potilailla havaittava puhumattomuus. Tyypillisiä oireita ovat yliaktiivisuus, unettomuus, nykäysmäiset liikkeet, kohtausoireilu ja puuskittainen nauru. Monet potilaista sairastavat lisäksi epilepsiaa. Noin 70 %:lla AS-potilaista on osoitettavissa äidiltä perityn kromosomi 15q11-q13-alueen mikrodeleetio. Vastaavan kromosomialueen paternaalinen uniparen-taalinen disomia on taudin taustalla noin 2-5 %:lla potilaista ja muutamalla prosentilla sairaus aiheutuu ns. metylaatiomutaatiosta. Näiden poikkeavuuk-sienaiheuttamatmetylaatiomuutoksetvoidaanhavaitametylaatiospesifiselläMLPA-analyysillä. Menetelmä mahdollistaa lisäksi mikrodeleetion ja metylaa-tiomuutosten erottamisen toisistaan AS-potilaan näytteestä. Menetelmällä ei kuitenkaan voida havaita varsinaisen AS-geenin (UBEA3A) mutaatioita, jotka ovat taudin taustalla noin 20 %:ssa tapauksista.

Indikaatiot: Kliininen epäily Angelmanin oireyhtymästä.

Page 52: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

52

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MetylaatiospesifinenMLPA(MS-MLPA).

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Maternaalisen alleelin puuttuminen MS-MLPA -analyysissä varmistaa Angelma-nin oireyhtymä -diagnoosin. Normaali tulos ei kuitenkaan sulje pois Angelmanin

oireyhtymää, sillä taudin taustalla voi olla myös jokin UBEA3A-geenin mutaatio.

S-ANTISTAFYLOLYSIINI

Lyhenne: S-ASTA (1100)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Kokeessa mitataan stafylokokki-infektioiden yhteydessä syntyviä seerumin vasta-aineita stafylokokin muodostamaa stafylolysiiniä kohtaan. Vasta-aineita todetaan syvien stafylokokki-infektioiden yhteydessä.

Indikaatiot: Epäilyt syvistä stafylokokki-infektioista (syvät abskessit, osteomyeliitti, pleura-empyema jne).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Menetelmä: Antistafylolysiinilysiinivasta-aineet määritetään agglutinaatiotekniikalla (Rapi-tex AStaL, Siemens).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan yksikköinä (U/ml). Normaalisti ASTA on <2 U/ml, patologi-nen >2.0 U/ml. Yleensä S-ASTA nousee syvien stafylokokki-infektioiden yhte-ydessä. Sen sijaan ihon stafylokokki-infektioihin ei yleensä liity nousua, joskin laajemmissa erytrodermioissa saattaa esiintyä lievästi kohonneita arvoja.

Kirjallisuus: Larinkari U. Assay of teichoic acid antibodies and antistaphylolysin in the diag-nosis of staphylococcal osteomyelitis. Scand J Infect Dis 14: 123-126, 1982.

Page 53: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

53

ANTISTREPTOLYSIINI

Lyhenne: S-AST (1101)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Kokeessa mitataan seerumin vasta-aineita tavallisimmin A-ryhmän β-hemolyyttisen streptokokin muodostamaa streptolysiini-O:ta vastaan.β-hemolyyttisistä streptokokeista streptolysiini-O:ta tuottavat suurin osa A-ryhmän kannoista sekä jotkut C- ja G-ryhmän streptokokit. Ihoinfektioissa AST ei välttämättä nouse; näissä tilanteissa streptokokki DNAasi B -vasta-ainetutkimus saattaa olla herkempi.

Indikaatiot: Epäily streptokokki-infektioista (glomerulonefriitti, reumakuume, tulirokko, ruusu).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Antistreptolysiinivasta-aineet määritetään agglutinaatiotekniikalla (Rapitex ASL, Siemens).

Tekotiheys: 1-2 kertaa viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan yksikköinä (U/ml). Normaalisti AST on aikuisilla <200 U/ml.KohonnutASTviittaaβ-hemolyyttisenstreptokokin, yleensä ryhmäA:n,aiheuttamaan infektioon. Patologinen arvo voi johtua myös ryhmä C- tai G-ryhmän streptokokin aiheuttamasta infektiosta. Titterin kohoaminen on todet-tavissa kahden viikon kuluessa infektiosta ja se yleensä normalisoituu kuuden kuukauden kuluessa. Ihoinfektioissa AST harvemmin nousee; tällöin strepto-kokki DNAasi B -vasta-aineet ovat yleensä koholla (Ks. Streptokokki DNAasi, vasta-aineet).

Kirjallisuus: Shet A. and Kaplan E. Diagnostic methods for group A streptococcal infec-tions. Manual of Molecular and Clinical Laboratory Immunology, 7th edition, 2006. Chapter 50, p. 428-433.

Cunningham MW. Pathogenesis of group A streptococcal infections, Clin. Microbiol. Rev. 2000; 13:470–511.

ASPERGILLUS, ANTIGEENIOSOITUS

Lyhenne: AspeAg (1816)

Tiedustelut: Laboratorio (02) 333 7420, lääkäri (02) 333 7428

Yleistä: Aspergillus-suvun homesieniä esiintyy yleisesti maaperässä. Ne leviävät itiöi-

Page 54: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

54

den välityksellä ja voivat aiheuttaa opportunistisia infektioita, kuten invasiivis-ta pneumoniaa ja disseminoitunutta aspergilloosia, erityisesti neutropenisilla potilailla. Tärkein aspergilloosia aiheuttava patogeeni on Aspergillus fumiga-tus. Allergisen reaktion pohjalta aspergillukset (yleisimmin A. fumigatus ja um-brosus) voivat aiheuttaa myös homepölykeuhkoa.

Aspergilloosin osoittaminen viljelyin ja värjäyksin on hankalaa. Tästä syystä mikrobiologiseen diagnostiikkaan on kehitetty aspergilluksen galaktomannaa-niantigeenin osoitus seerumi-, BAL-neste- ja virtsanäytteistä.

Indikaatiot: Invasiivisen aspergilloosin epäily immunipuutteisilla potilailla; hoidon tehon seuranta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 ml seerumia, virtsaa tai BAL-nestettä. Näyte voidaan säilyttää +4°C:ssa mi-käli se voidaan toimittaa laboratorioon 1 vrk:n kuluessa. Pitempään säilytettä-essä näyte tulee pakastaa –20°C:een ja lähettää pakastettuna.

Menetelmä: Menetelmä (Platelia Aspergillus, Bio-Rad) perustuu ns. sandwich-elisatekniik-kaan, jossa monoklonaalinen vasta-aine tunnistaa ja sitoo näytteessä olevan Aspergilluksen galaktomannaanin. Samaa vasta-ainetta käytetään peroksi-daasikonjugoituna tämän antigeenin osoittamiseen.

Tekotiheys: Kerran viikossa

Tulkinta: Tulokset vastataan positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen tulos erityisesti useampia perättäisiä näytteitä tutkittaessa viittaa invasiiviseen aspergilloo-siin. Osalla potilaista testi on positiivinen ennen radiologisten löydösten tai kliinisten oireiden ilmaantumista. Negatiivinen tulos ei sulje pois aspergilloo-sin mahdollisuutta. Antigeenitestin muuttuminen negatiiviseksi hoidon aikana korreloi hyvään ennusteeseen. Yhden prospektiivisen tutkimuksen perusteel-latestinherkkyyson91%jaspesifisyys94%.

Kirjallisuus: Salonen J, Lehtonen OP, Teräsjärvi MR, Nikoskelainen J. Scand J Infect Dis 2000; 32:485.

Sulahian A, Boutboul F, Ribaud P, Leblanc T, Lacroix C, Derouin F. Cancer 2001; 91:311.

Aquino V., Goldani L., Pasqualotto A. Mycopathologia 2007 163:191–202

ASPERGILLUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS

Lyhenne: AspeNhO (6077)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Invasiivinen Aspergillus-infektio esiintyy potilailla, joiden puolustuskyky on heikentynyt. Tällaisia ovat esimerkiksi hematologisia maligniteetteja tai neut-

Page 55: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

55

ropenioita sairastavat sekä immunosuppressiivista lääkehoitoa saavat poti-laat. Aspergilloosi voidaan diagnostisoida näytteestä tehdyllä värjäyksen tai natiivipreparaatin mikroskooppisella tarkastelulla tai sieniviljelyllä. Sienivilje-lyn herkkyys on tunnetusti huono ja edustavan näytteen saaminen viljelyä varten on vaikeaa. Lisäksi mahdollisesti aloitetut sienilääkitykset huonontavat sieniviljelyn tehokkuutta.

Invasiivisten aspergillus-infektioiden toteamiseksi olemme ottaneet käyttöön uuden DNA-monistukseen perustuvan menetelmän. Aspergillus-PCR-tutki-muksessa monistetaan näytteessä olevaa Aspergillus fumigatus-spesifistämitokondriaalista DNA:ta. Menetelmässä käytetään semikvantitatiivista Ligh-tCycler geenimonistusta. Aspergillus-infektioiden yhteydessä hengitysteiden normaalien sienikolonisaatioiden ja todellisten infektioiden erottaminen toi-sistaan on vaikeaa. Semikvantitatiivisella PCR-menetelmällä saadaan tietoa näytteensisältämänspesifinDNA:nmäärästä.Tämätietoauttaalöydöksenkliinisen merkittävyyden tulkinnassa.

Testi voidaan tehdä BAL-näytteestä, biopsiapalasta, likvornäytteestä tai pleu-ranestenäytteestä.TestionspesifinenA.fumigatus-lajeille.Muutpatogeeni-setAspergillus-lajit,kutenA.flavusjaA.niger,eivättällätestillälöydy.

Testin positiivisuuden raja on asetettu tasolle, jolla se erottaa hengitysteiden sienikolonisaatiot todellisista infektioista. Näillä rajoilla testin herkkyys BAL-näytteistäon73%jaspesifisyys93%(PPV73%,NPV95%).Tekemässäm-me tutkimuksessa testi antoi positiivisen tuloksen kaikista biopsiapaloista, joista oli viljelyssä kasvanut A. fumigatus.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: BAL-neste (5 ml), likvori (vähintään 1 ml), pleuraneste (vähintään 1 ml), tai kudos- biopsiapala (halkaisija miel. >3mm)

(Menetelmää ei ole testattu likvor- ja pleuranestenäytteillä).

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Semikvantitatiivinen, reaaliaikainen LightCycler-PCR.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulos vastataan joko positiivisena tai negatiivisena.

Kirjallisuus: K Rantakokko-Jalava, S Laaksonen, J Issakainen, J Vauras, J Nikoskelai-nen, M Viljanen, J Salonen. Semiquantitative Detection by Real-Time PCR of Aspergillus fumigatus in Bronchoalveolar Lavage Fluids and Tissue Biopsy Specimens from Patients with Invasive Aspergillosis. J Clin Micr, 2003, 41, 4304–4311.

Page 56: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

56

BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS PCR-TUOTTEEN SEKVENSOIN-NILLA

Lyhenne: Bakt-DNA-Lm

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Eri bakteerilajien perimässä on DNA sekvenssejä, jotka ovat evoluuton aikana säilyneet lähes muuttumattomina. Näitä geenialueita monistamalla voidaan näytteestä tunnistaa bakteereita, joiden tunnistaminen klassisilla bakteriolo-gisilla menetelmillä on hankalaa, hidasta tai mahdotonta. Tutkimus soveltuu minkä tahansa eristetyn bakteerin tunnistamiseen.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Maljalle puhtaaksiviljelty bakteerikanta. Maljatyypillä ei ole merkitystä. Jos maljalla on havaittavia pesäkkeitä ei bakteerin tarvitse olla elävä. Esim. ana-erobibakteerit voi lähettää ilmassa.

Tekotiheys: Tarvittaessa. Tulos ilmoitetaan noin viikon kuluessa

Menetelmä: 16S-rRNA geenin PCR monistus ja sekvensointi. Sekvenssin vertailu tunnet-tujen bakteereiden sekvenssitietokantaan.

Tulkinta: Näytteen sekvenssihomologia tunnettuihin bakteeri-sekvensseihin määrite-tään. Löydöstä seuraa lausunto.

Kirjallisuus: Skurnik & Toivanen (1991) Molecular Microbiol 5, 585–593 Weisburg et al. (1991) J Bacteriol 173, 697–703

BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS (AEROBIBAKTEERI, ANAEROBIBAKTEERI)

Lyhenne: BaktLm (1149), BakAnLm (3490)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7412, lääkäri: (02) 333 7413

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Tutkittava kanta voidaan lähettää bakteerimaljalla tai vinoagarputkella puh-taaksiviljeltynä. Maljatyypillä ei ole merkitystä. Anaerobikannat voi parhaiten lähettää maljalla anaerobipussissa. Erityistä huomiota tulee noudattaa kan-nan puhtauteen.

Menetelmä: Tarpeen mukaan biokemialliset Useissa tapakauksissa bakteeria ei pystytä tyypittämään muilla menetelmillä kuin bakteerin genomin16S r-RNA sekven-

Page 57: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

57

soinnilla. Ks. BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS PCR-TUOTTEEN SEKVENSOIN-NILLA

Tekotiheys: Tarvittaessa. Vastauksen kesto riippuu tehtävistä tutkimuksista

BAKTEERIN NUKLEIINIHAPON OSOITUS (BAKTEERI-PCR)

Lyhenne: BaktNhO (4381)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri (02) 333 7413

Yleistä: Eri bakteerilajien perimässä on DNA-sekvenssejä, jotka ovat evoluuton aika-na säilyneet lähes muuttumattomina (ribosomaalista RNA:ta koodaavat gee-nit). Monistamalla näitä geenialueita voidaan näytteestä tunnistaa bakteerei-ta, joiden kasvattaminen klassisilla bakteriologisilla menetelmillä on hankalaa, hidasta tai mahdotonta.Tutkimus soveltuu muuten steriileiltä alueilta otettuihin näytteisiin, jos on epäily bakteeri-infektiosta, erityisesti jos bakteeriviljely on negatiivinen esimerkiksi antibioottihoidon tai näytteessä mahdollisesti esiinty-vän bakteerin vaikean viljeltävyyden vuoksi.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Kudospala (halkaisija miel. >3mm) tai syvä märkänäyte steriilissä putkessa. Ohutneulabiopsianäyte. Likvori, lapsivesi tai muu hyytymätön neste (1–10 ml) steriilissä putkessa. Pleuraneste, nivelneste, luuydin, 1–10 ml EDTA- tai sitraattiputkessa. Näyte säilyy viikonlopun yli jääkaapissa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Ottokohta merkittävä lähetteeseen.

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Bakteerin osoitus DNA-monistusmenetelmällä (PCR). Positiivisessa tapauk-sessa bakteeri tunnistetaan määrittämällä ribosomaalista RNA:ta koodaavan geenin emäsjärjestys ja vertaamalla sitä tunnettujen bakteerien sekvensseihin.

Tekotiheys: Tarvittaessa. PCR-vastaus (positiivinen /negatiivinen) seuraavana arkipäivä-nä. Sekvensointivastaus 2–5 päivää.

Tulkinta: Positiivinen PCR-tulos viittaa yhden tai useamman bakteerin läsnäoloon näytteessä. Yhden bakteerin aiheuttamissa infektioissa pystytään aiheuttaja yleensä tunnistamaan laji tai sukutasolle. Jos näytteessä on rajallinen mää-rä eri bakteerilajeja voidaan analyysillä nimetä 3-4 yleisintä bakteeria. Jos bakteeria on näytteessä hyvin vähänkontaminaation mahdollisuus on otettava huomioon.

Kirjallisuus: Jalava et al (1996) Br J Obstet Gyn 103:664–9

Page 58: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

58

Kotilainen et al (1998) J Clin Microbiol 36:2205–9 Rantakokko-Jalava et al (2000) J Clin Microbiol. 38:32–9

Taulukko: Bakteri-PCR:n herkkyys ja spesifisyys infektioiden toteamisessa verrattunaviljelyyn ja kliiniseen diagnoosiin 1994–1997 (Rantakokko-Jalava et al. 2000)

Näytetyyppi n Herkkyys (%) Spesifisyys(%) PPV*(%) NPV*(%)

Kudospala 59 100 98.1 87.5 100Selkäydinnestee 249 63.2 99.6 92.3 97.1Lapsivesi 33 100 100 100 100Pleuraneste 53 60.0 98.0 75.0 96.0Nivelneste 45 100 95.1 71.4 100Märkä 49 68.4 96.8 92.9 83.3

Kaikki 513 74.2 98.7 88.5 96.6

PPV: positiivisen tuloksen ennustearvo, NPV: negatiivisen tuloksen ennus-tearvo

B-MUISTISOLUT

Lyhenne: B-LyBmem (12681)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7423

Yleistä: B-solujen keskeinen tehtävä on vasta-aineiden tuottaminen elimistön immuu-nipuolustukseen. B-solut muodostuvat luuytimessä, missä ne kypsyvät ns. naiiveiksi B-soluiksi ja siirtyvät verenkiertoon (CD19+IgD+). Verenkierrossa so-lutetsivätitselleenspesifistäantigeeniä,jasenkohdatessaannejakautuvatja lisääntyvät imusolmukkeissa saamiensa signaalien määrääminä. Osasta näitä aktivoituja soluja muodostuu vasta-ainetta tuottavia soluja, jotka siirtyvät lähinnä limakalvoille ja luuytimeen. Seerumin immunoglobuliinit ovat lähinnä peräisin luuytimeen siirtyneistä, siellä plasmasoluiksi erilaistuneista soluista.

Osa aktivoiduista soluista muodostaa muistisolujen populaation (CD19+CD27+). Ne vastaavat nopeammasta ja tehokkaammasta immuunivasteesta elimistön mahdollisesti kohdatessa saman vieraan antigeenin (esim. taudinaiheuttajan) uudelleen. Muistisolut kehittyvät itukeskuksissa, joissa ne voivat läpikäydä vasta-aineen luokanvaihdon (CD19+CD27+IgD-IgM-)sekävasta-aineenaffini-teettimaturaation. Tämän jälkeen ne pystyvät tuottamaan IgA- ja IgG-luokkien vasta-aineita. Viimeaikaisten tutkimustulosten perusteella perifeerisen veren luokanvaihdon läpikäyneiden solujen osuus korreloi immuunipuutospotilaiden oireiden kanssa paremmin kuin seerumin vasta-ainepitoisuuksien määrittämi-nen. Elimistössä juuri aktivoituneet solut voidaan löytää verenkierrosta, kun taas seerumin vasta-aineiden tuotosta vastaavat plasmasolut ovat todennä-köisesti aktivoituneet jo useita viikkoja aikaisemmin.

Akuuteissa infektioissa CD27+ B-solujen osuus saattaa hetkellisesti nousta. Tällaisissa tapauksissa on suositeltavaa tutkia myös toipilasvaiheen näyte n.

Page 59: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

59

2 viikkoa infektion jälkeen. Immuunipuutostiloissa elimistön puolustusmeka-nismit taudinaiheuttajia vastaan ovat häiriintyneet. Usein vika löytyy B-solujen toiminnasta.

Indikaatiot: Toistuvat infektiot, epäily immuunipuutostilasta. Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2ml hepariiniverta. HUOM! Näytteen ottamisesta on sovittava laboratorion kanssa 2-5 vrk aikaisemmin, puh. (02) 333 7406.

HUOM! Tutkimus tehdään VAIN samanaikaisesti LyMark-tutkimuksen kanssa.

Menetelmä: Monivärivirtaussytometria

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan B-solujen osuus lymfosyyteistä (CD19+), B-muis-tisolujen osuus kaikista B-soluista(CD19+CD27+/CD19+), sekä vasta-aine-luokanvaihdoksen läpikäyneiden muistisolujen muistisolujen osuus kaikista muistisoluista (CD19+CD27+IgD-/CD19+CD27+). Vastaukseen liittyy myös kliinisen mikrobiologian erikoislääkärin kommentti. Lisätietoja tutkimuksesta antaa erikoislääkäri Jussi Kantele, puh. (02) 333 7423.

Kirjallisuus: Alachkar H et al Clin Imminol 2006;120:310-8., Wehr C et al Blood 2008:77-85., Klein U et al JEM 1998;188:1679-89., Atosuo J pro gradu TY 2008

BOKAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: -BokaNhO (6062)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR-menetelmä soveltuu bokavirusinfektioiden toteamiseen.

Indikaatiot: Bokavirusinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki

Näyte: Testin voi suorittaa nielu- ja nenänielunäytteestä, BAL-, uloste-, selkäydin- ja pleuranesteestä.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä.

Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitem-piaikainen säilytys pakastettuna.

Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Page 60: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

60

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös osoi-tus tuoreesta infektiosta.

BORDETELLA PERTUSSIS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: BopeNhO (4345)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri (02) 333 7413

Yleistä: Bordetella pertussis aiheuttaa hinkuyskää, jonka esiintyvyys maassamme on viime vuosina lisääntynyt etenkin kouluikäisillä lapsilla. Taudinkuva saattaa heillä olla epätyypillinen, esimerkiksi hinkumista esiintyy harvoin.

Hinkuyskän laboratoriodiagnoosi perustuu viljelyyn ja serologiaan. DNA-monistusmenetelmä (PCR) on osoittautunut hyödylliseksi täydentäväksi tutkimukseksi varsinkin oireilun alkuvaiheessa, jolloin se on kaikkein herkin menetelmä B. pertussiksen osoittamiseksi. PCR-menetelmää ei tulisi käyttää diagnostiikassa, jos oireilu on kestänyt yli 6 viikkoa.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Nenänielutikku tai nenänielun imulimanäyte. Tikkunäyte nenänielusta otetaan alumiinivartisella dacron- tai kalsiumalgi-

naattitikulla. Katso bordetella pertussis-viljely. Näyte tulee lähettää kertakäyttöputkessa. Yleensä kannattaa ottaa samanai-

kaisesti PCR-testin kanssa viljelynäyte. Samaa tikkua voidaan käyttää sekä viljelyyn että PCR-testiin. Suosittelemme kuitenkin erillisen tikun ottamista kumpaakin tutkimusta varten.

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Näytteestämonistetaangeenijaksoja, jotkaovat spesifisiäB.pertussikselle(IS481).

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Oireisella potilaalla B. pertussiksen geenijaksonlöytyminenviittaahinkuyskään(diagnostinenspesifisyys>90%).Epidemioiden aikana PCR-positiivisuutta on todettu myös oireettomilla luok-katovereilla. Epidemoiden ulkopuolella B. pertussista ei ole terveillä henkilöillä

Page 61: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

61

todettu. Negatiivinen tulos ei sulje pois B. pertussis -infektion mahdollisuutta.

Kirjallisuus: He et al. (1993) J. Clin. Microbiol. 31:642–5 He et al. (1996) J. infect. Dis. 174:1288–95 He et al. (1998) JAMA 280:635–7. He et al. (1998) JAMA 280:635–7.

BORDETELLA PERTUSSIS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-BopeAb (2471) sisältää IgM ja IgA vasta-aineet S-BopeAbG (3312)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Hinkuyskä on edelleenkin otettava huomioon hoidettaessa pitkittyneitä yskä-tapauksia. Nuorilla lapsilla taudin oireet voivat olla tyypilliset, mutta vanhem-miten taudinkuva muuttuu epätyypillisemmäksi. Infektion alkuvaiheessa (alle 2 viikkoa oireilleet) suositellaan PCR- tai viljelytutkimusta, myöhemmässä vaiheessa serologinen tutkimus on käyttökelpoisempi. Alle 1-vuotiailla lapsilla serologinen vaste on heikko ja se saadaan parhaiten esiin pariseerumeita tutkimalla, vanhemmilla potilailla voidaan diagnoosiin päästä usein jo yhden näytteen IgM- ja IgA-vasta-aineiden mittauksella. Vasta-ainevälitteistä immu-niteettia selvitettäessä mitataan lisäksi IgG-vasta-aineet.

Indikaatiot: Hengitystieinfektiot lapsilla ja aikuisilla.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on mainittava potilaan lähiaikoina saamat rokotukset.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4 C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina käytetään Bordetella pertussiksesta sonikaatiolla irrotettua antigeenia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Positiivisia tuloksia seuraa aina lausunto. Pikkulapset (alle 1 v): pariseerumeissa havaittavan muutoksen perusteella an-

netaan lausunto löydöksen merkittävyydestä. Muut potilaat: IgM-vasta-aineet kohoavat 1–2 viikossa taudin alusta ja ovat usein koholla potilaan hakeutues-sa lääkäriin. IgM-vasta-aineet laskevat n. puolen vuoden kuluessa. IgA-vasta-aineet käyttäytyvat samoin, jääden kuitenkin koholle pidemmäksi aikaa.

Kirjallisuus: Viljanen MK, Ruuskanen 0, Granberg C, Salmi TT: Scand J Infect Dis 1982;14:117–122.

He q, Mertsola J, Himanen JP, Ruuskanen O, Viljanen MK. Evaluation of pooled and individual components of Bordetella pertussis as antigens in an enzyme immunoassay for diagnosis of pertussis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 1993; 12:690–695.

Page 62: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

62

BORDETELLA PERTUSSIS, VILJELY

Lyhenne: BopeVi (2472)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Hinkuyskän tyypilliset oireet ovat puuskittainen oksenteluun päättyvä yöyskä ja inspiratorinen stridor. Lukuisia epätyypillisiä tautimuotoja esiintyy, ja var-sinkin isommilla lapsilla hinkumista esiintyy harvoin. Bakteeriviljely kannattaa erityisesti ottaa pieniltä lapsilta, joilla serologinen vaste saattaa olla heikko (ks. Pertussis vasta-aineet).

Indikaatiot: Pertussis epäily.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete Näyte: Näyte otetaan nenänielusta ohuella alumiinivartisella kalsiumalginaattitikulla

(esim. Calgiswab Type 1). Tikku työnnetään varovasti sieraimeen suoraan nenän takaseinämään hieman tikkua pyörittäen. Mikäli näytteenotto sierai-men kautta on hankalaa, sen voi ottaa suun kautta taka nenänielusta. Tällöin kalsiumalginaattitikku taivutetaan n. 1 cm pumpulipäästä 90° kulmaan ja tikun pää suunnataan uvulan takaa ylös nenänieluun.

Näytetikku viljellään välittömästi serpentiinivedoin hiiliagar-maljalle, jossa on kefaleksiinia. Näytteen ottoon voidaan myös käyttää DPF-maljoja (Orion Diagnostica). Laitoksellamme on käytössä myös vinoagaria sisältävä kulje-tuspurkki, jota voi käyttää tavallisen maljan sijasta näytteen viljelyyn ja kulje-tukseen. Kuljetuspurkkia käytettäessä näyte viljellään purkin vinoagarpinnal-le; tikkua ei tarvitse jättää purkkiin. Jos samasta näytteestä halutaan myös DNA-monistusta laitetaan tikku viljelyn jälkeen kuivaan näyteputkeen.

Maljat ja kuljetuspurkit säilytetään viljelyn jälkeen +35°C:ssa kunnes lähete-tään tutkittavaksi laboratorioon, DNA-näyteputki +4°C:ssa. Näytteet voidaan kuljettaa huoneenlämmössä tavallisena postikuljetuksena.

Käyttämättömia maljoja ja purkkeja säilytetään jääkaapissa, ja ne otetaan lämpenemään huoneenlämpöön ennen näytteen viljelyä. Maljojen säilyvyys 10 vrk, kuljetuspurkit säilyvät käyttökelpoisina vähintään kuusi kuukautta ell-eivät infektoidu. Kuljetuspurkkeja ja kalsiumalginaattitikkuja voi tilata laborato-riostamme.

Menetelmä: Bakteeriviljely,tunnistusspesifisillävasta-aineilla.

Tekotiheys Arkipäivisin. Positiivinen tulos saadaan yleensä 3 vrk:ssa. Negatiivisen tulok-sen varmistus kestää viikon. Positiivinen tulos ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Potilaan saama antibakteerilääkitys voi aiheuttaa negatiivisen viljelytuloksen. Bordetella parapertussis voi olla patogeeni ja sitä tavataan hinkuyskäepidemi-oiden yhteydessä. Negatiivinen viljely ei sulje pois hinkuyskää.

Page 63: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

63

BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-BorrAb (3552), Li-BorrAb (3975)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Borrelia burgdorferi -spirokeetta aiheuttaa Lymen borrelioosia. Tartunta saa-daan yleensä puutiaisen (punkin) pureman kautta. Ensioireet kehittyvät vii-kosta kahteen kuukauteen. Tavallisimmat varhaisvaiheen oireet ovat erythe-mamigrans(EM;n.puolellapotilaista)jajoskusflunssankaltainenoireisto.Yleensä ihomuutos häviää muutaman viikon kuluessa. Tauti voi edetä myö-häisvaiheen borrelioosiksi, johon kuuluu iho-oireiden lisäksi nivel- ja lihasoi-reita (20–50 %), keskushermoston ja perifeerisen hermoston oireita (30–50 %; meningiitti, meningoradikuliitti, enkefalomyeliitti, aivohermopareesit kuten fasiaalispareesi). Kardiittia ja AV-johtumishäiriötä esiintyy alle 10 %:lla poti-laista. Myös erilaisia silmäoireita on kuvattu myöhäisborrelioosin yhteydessä.

IgG luokan vasta-aineet nousevat hitaasti, IgM-vaste on nopeampi, mutta epäspesifimpi. Osalla potilaista nähdään pitkittynyt IgM-vaste ilman IgG-vasta-aineiden nousua. Neurologisten oireiden yhteydessä on aina tutkittava myös likvorin vasta-aineet. Serologian sensitiivisyys on 30-70 % EM-tapauk-sissa ja yli 90 % disseminoituneessa borrelioosissa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Vasta-aineet voidaan tutkia myös nivelnesteestä. Näytteet kestävät säilytystä +4C:ssa useita päiviä ja ne voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Neurologisten oireiden yhteydessä 1 ml likvoria ja samanaikaisesti (+24 tun-nin sisällä) otettu seeruminäyte.

Menetelmä: EIA-menetelmä. Seulontatestissä antigeenina käytetään B. burgdorferi -tyyp-pikannasta B31 sonikoimalla irroitettua antigeenia. Seulontavaiheen positiivi-sista näytteistä tehdään vasta-ainemääritys toista antigeeniä hyödyntävällä EIA testillä.

Tekotiheys: Neljä kertaa viikossa.

Tulkinta: Positiivista löydöstä seuraa aina lausunto löydöksen merkityksestä ja suositelluista jatkotutkimuksista.

Vasta-aineet ovat usein negatiiviset EM-vaiheessa, joten negatiivinen löydös tässä tilanteessa ei sulje pois borreliainfektiota. Jos EM-diagnoosi pyritään varmentamaan serologisesti, voidaan tutkia uusi näyte n. kuukauden kuluttua akuuttivaiheesta.

Matalaa IgM-luokan vasta-ainepositiivisuutta todetaan seulontatestissä koh-talaisenusein.Näidenvasta-aineidenspesifisyysvoidaanvarmentaaS-Bo-rAbJt –jatkotutkimuksella tai toisena vaihtoehtona seurata mahdollista vasta-ainetasojen nousua pariseerumi-näytteellä. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös onuseimmitenspesifinenjatukeesitenborrelioosidiagnoosia.

Page 64: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

64

Seulontatestin väärääpositiivisuutta voi aiheuttaa lisäksimm. syfilisinfektio(lähinnä IgG-vasta-aineissa) ja tuore EBV-infektio (IgM-vasta-aineissa).

Kirjallisuus: Jarmo Oksi, Ilkka J. T. Seppälä ja Jukka Hytönen: Lymen borrelioosin diag-nostiikka ja hoito. Duodecim 2008;124:1483–91

Aguero-Rosenfeld, M. E., G. Wang, I. Schwartz, G. P. Wormser. Diagnosis of Lyme borreliosis. Clin. Microbiol. Rev. 2005; 18:484-509.

BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, JATKOTUTKIMUS

Lyhenne: S-BorAbJt (12612)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Ensivaiheen serologinen testi borrelioosiepäilyssä on pääsääntöisesti vasta-aineiden seulonta kokobakteeri-antigeenia käyttävällä EIA-testillä (S-BorrAb). S-BorAbJt -testiä käytetään seulonnassa todettujen borreliavasta-aineiden spesifisyydenvarmistamiseen.

Jos hoitava lääkäri haluaa, että näyte tutkitaan seulontatuloksesta riippumatta S-BorAbJt –immunoblot-testillä, se on mahdollista pyytämällä S-BorrAb-L –tutkimus.

Lähete: Tutkimus tehdään vain laboratoriossamme tutkitusta S-BorrAb -seulonnan positiivisesta näytteestä. Tutkimus tulee pyytää puhelimitse numerosta (02) 333 7401 tai (02) 333 7424

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: recomLine Borrelia (Mikrogen, Saksa) rekombinantti-antigeenejä käyttävä immunoblot-testi. Testi sisältää sekä IgG- että IgM- luokan vasta-aineiden määrittämisen 15 borrelia-antigeenia kohtaan.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Positiivista löydöstä seuraa aina lausunto löydöksen merkityksestä. negatiivinen: ei viitettä borrelioosista. Tulee kuitenkin muistaa, että vasta-

aineet ovat usein negatiiviset EM-vaiheessa, joten negatiivinen löydös tässä tilanteessa ei sulje pois borreliainfektiota. Jos EM-diagnoosi pyritään varmen-tamaan serologisesti, voidaan tutkia uusi näyte n. kuukauden kuluttua akuut-tivaiheesta.

raja-arvo: borrelioosia ei voida serologisesti varmistaa eikä poissulkea. Suo-sitellaan pariseerumin tutkimista n. kuukauden kuluttua.

positiivinen: sopii borrelioosiin

Page 65: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

65

Kirjallisuus: Jarmo Oksi, Ilkka J. T. Seppälä ja Jukka Hytönen: Lymen borrelioosin diagnostiikka ja hoito. Duodecim 2008;124:1483–91

Aguero-Rosenfeld, M. E., G. Wang, I. Schwartz, G. P. Wormser. Diagnosis of Lyme borreliosis. Clin. Microbiol. Rev. 2005; 18:484-509.

BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, LAAJA

Lyhenne: S-BorrAb-L (12606)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Ensivaiheen serologinen testi borrelioosiepäilyssä on pääsääntöisesti vasta-aineiden seulonta kokobakteeri-antigeenia käyttävällä EIA-testillä (S-BorrAb).

Jos hoitava lääkäri haluaa, että näyte tutkitaan seulontatuloksesta riippumatta S-BorAbJt –immunoblot-testillä, se on mahdollista pyytämällä S-BorrAb-L –tutkimus.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Menetelmät: 1) Entsyymi-immunologinen menetelmä, antigeenina B. burgdorferi B31 –

kannasta eristetty kokobakteeriantigeeni.

2) recomLine Borrelia rekombinantti-antigeenejä käyttävä immunoblot-testi (Mikrogen, Saksa). Testi sisältää sekä IgG- että IgM- luokan vasta-aineiden määrittämisen 15 borrelia-antigeenia kohtaan.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tutkimusta seuraa aina lausunto löydöksen merkityksestä. negatiivinen: ei viitettä borrelioosista. Tulee kuitenkin muistaa, että vasta-

aineet ovat usein negatiiviset EM-vaiheessa, joten negatiivinen löydös tässä tilanteessa ei sulje pois borreliainfektiota. Jos EM-diagnoosi pyritään varmen-tamaan serologisesti, voidaan tutkia uusi näyte n. kuukauden kuluttua akuut-tivaiheesta.

raja-arvo: borrelioosia ei voida serologisesti varmistaa eikä poissulkea. Suo-

sitellaan pariseerumin tutkimista n. kuukauden kuluttua.

positiivinen: sopii borrelioosiin

Kirjallisuus: Jarmo Oksi, Ilkka J. T. Seppälä ja Jukka Hytönen: Lymen

Page 66: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

66

borrelioosin diagnostiikka ja hoito. Duodecim 2008;124:1483–91

Aguero-Rosenfeld, M. E., G. Wang, I. Schwartz, G. P. Wormser. Diagnosis of Lyme borreliosis. Clin. Microbiol. Rev. 2005; 18:484-509.

BORRELIA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: BorrNhO (4202)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Lymen borrelioosi on punkinpureman välityksellä leviävä yleissairaus, jonka aiheuttaja on Borrelia burgdorferi-spirokeetta. Tauti voi olla pitkäkestoinen ja sen oireet hyvin vaihtelevia. Alkuvaiheen tyypillisin oire on puremakohdan ym-pärillä nopeasti laajeneva rengasihottuma, erythema migrans (EM), joka ke-hittyy 60–70 %:lle potilaista. EM on ehdoton hoitoindikaatio ilman muuta tau-din varmistustakin. Alkuvaiheessa hoito tehoaa hyvin. Taudin myöhäisoireet voivat ilmaantua viikkojen, kuukausien tai jopa vuosien kulutta tartunnasta, yleisimmin hermoston, nivelten, ihon tai sydämen taholta. Myöhäisvaiheessa taudin hoito vaatii pitkiä mikrobilääkekuureja. Borrelioosin laboratoriodiagnos-tiikka perustuu ensisijaisesti serologiaan. Viljely ja PCR ovat erityistutkimuk-sia, jotka eivät sovellu seulontaan.

Menetelmä: Geenimonistuksella eli polymeraasiketjureaktiolla (PCR) osoitetaan borrelia-peräinen DNA näytteessä.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen PCR kertoo, että näyt-teessä on borrelian DNA:ta, joka voi olla lähtöisin elävistä tai kuolleista bak-teereista. Negatiivinen tulos ei sulje pois borrelioosia.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Näyte lähetetään iskuilta suojattuna. Suositeltavat näytteet: Likvori, 1–2 ml Nivelneste (EDTA- putkessa), 1–10 ml Biopsianäyte (halkaisija 3 mm, ei formaliinia)

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Kirjallisuus: Ivacic et al. A LightCycler TaqMan assay for detection of Borrelia burgdorferi sensu lato in clinical samples. Diagnostic Microbiology and Infectious Dise-ase. 2007

Page 67: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

67

BRUCELLA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-BrucAb (1205)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Brusellainfektio aiheuttaa ihmisellä kroonisen kuumetaudin. Bruselloosia on erityisesti syytä epäillä, kun potilaalla on epäselvä aaltoileva kuume ja anam-neesissa kontakti eläimiin tai matkoja, tai kontakti mikrobiologiseen labora-torioon. Tutkimuksessa mitataan infektion yhteydessä syntyviä IgM-, IgG- ja IgA-luokkiin kuuluvia brusellavasta-aineita. IgM-vasta-aineilla on merkitystä tuoreen infektion diagnostiikassa. Kroonisia infektioita selvitettäessä ovat sekä IgG- että IgA-vasta-aineet merkityksellisiä.

Indikaatiot: Epäselvän kuumeilun etiologian selvittäminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina on Brucella abortus. Tämän kannan sekä B. melitensis ja B. suis-kantojen välillä on voimakas ristireaktio, joten todennäköisesti kaikkia näitä kantoja vastaan muodostuneet vasta-aineet tulevat mitatuiksi.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Aktiivisissa brusellainfektioissa esiintyy sekä IgM-, IgG- että IgA-luokkien vasta-aineita. Kroonisiin infektioihin taas liittyvät korkeat IgG- ja/tai IgA-vasta-ainepitoisuudet; IgM-vasta-aineet puuttuvat tai niitä on hyvin vähän. Jos tässä tutkimuksessa saadaan positiivinen tulos, tutkitaan automaattisesti myös Yer-sinia enterocolitica O:9 -vasta-aineet. Nämä vasta-aineet ristireagoivat huo-mattavassa määrin.

Kirjallisuus: Granfors K, Viljanen MK, Toivanen A: J Clin Microbiol 1981;14:6–14.

C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, AKTIIVISUUS

Lyhenne: P-C1InhBk (6090)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. myös HAE-tutkimus

Hereditaarinen angioödeema (HAE) on autosomaalisesti dominantisti periyty-vä tauti, joka ilmenee kohtauksittaisina ihon ja limakalvon turvotuksina. Tyypil-listä on kasvojen (huulet) ja nielun turvotus, johon voi liittyä (jopa fataali) hen-

Page 68: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

68

gitysvaikeus. Myös kämmenten ja jalkapohjien turvotuksia sekä mahavaivoja (suolen limakalvon turvotus) voi esiintyä.

Mutaatiot C1INh geinissä SERPING1 (Chromosome 11) johtaa C1-esteraa-sin (C1-INH) puutokseen tai vajavaiseen synteesiin (HAE Tyyppi I). Noin 15 %:lla potilaista C1-INH- pitoisuus on immunokemiallisesti mitattuna normaali, mutta pistemutaation vuoksi se ei toimi (HAE Tyyppi II). Näillä potilailla C1-INH:n pitoisuus voi olla jopa kohonnut. Kohtauksen aikana C4 laskee myös näillä potilailla. Inaktiivinen C1-INH voidaan osoittaa tutkimalla funktionaali-sen C1-INH:n aktiviteetti seerumista.

Äskettäin kuvatussa HAE tyyppi III syndromassa esiintyy samanlaisia oireita kuin tyyppi I ja II HAE:ssa. Näillä potilailla C1INH:n pitoisuus ja aktiviteet-ti sekä plasman C4 ovat normaalit eikä C1 estäjägeenissä ole mutaatiota. Taudin syytä ei tiedetä, mutta kohtaukseen liittyy bradykiniinin vapautuminen. Tautia esiintyy vain naisilla ja periytymisen oletetaan olevan X-linked. Taudin yleisyyttä Suomessa ei tunneta, mutta alkuperäisessä saksalaisessa aineis-tossa sitä esiintyi n. 10 %:lla potilaista.

HAE ei ole aina periytyvä. Tässä vanhemmalla iällä esiintyvässä hankinnai-sessa hAE:ssa (AAE) C1-INH ja sen funktio ovat alentuneet, lisäksi C1q on matala. AAE tyyppi I liittyy lymfoproliferatiivisiin sairauksiin. Näillä potilailla esiintyy anti-idiotyyppivasta-aineita B-solujen pinnan immunoglobuliineja vas-taan. Syntyy immuunikomplekseja, seuraa komplementin aktivaatio, ja C1q ja C1-INH kuluvat, lopulta seuraa C1-INH puutos. Tyyppi II AAE:ssa, ns. autoim-muuni-HAE:ssa syntyy vasta-aineita C1-INH kohtaan, muuten taudin kulku on kuin tyyppi I AAE:ssa.

Indikaatiot: Hereditaarisen angioödeeman (HAE) diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml (2x0,5 ml) sitraatti (tai EDTA) -plasmaa, välitön pakastus, lähetetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

Menetelmä: Biokemiallinen. Mittaa C1-INH kykyä estää C1s entsyymin esterolyyttistä ak-tiviteettia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue: Normaali >70%, alentunut 30-70%, puutos <30%. Vastausta seu-raa lausunto. Poikkeavassa tyypin II HAE:ssa voi C1-INH- pitoisuus olla nor-maalia korkeampi, mutta C1-INH:n aktiviteetti puuttuu. Kohtauksen aikana näilläkin potilailla yleensä C4 laskee. HAE tyyppi III:ssa C1-INH ja C4 ovat normaalit.

Hankinnallisessa HAE:ssa C1q on matala, C1-INH on matala ja C1-INH funk-tio puuttuu ja lisäksi voi esiintyä vasta-aineita C1-INH kohtaan.

Hereditaariselle angioödeemalle (HAE) on tyypillistä, että kohtauksen aika-na C4 laskee voimakkaasti, mutta C3 pysyy normaalina. Tämä ei kuitenkaan ole diagnostinen löydös: myös SLE:ssa tavataan usein matalia C4-tasoja. Autoimmuuni-HAE:ssa C1q on matala, esiintyy C1-INH-autovasta-aineita, C1-INH ja sen funktio ovat alentuneet. Usein samanaikainen C1-inhibiittorin

Page 69: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

69

aktiviteetin, C1q:n ja komplementin aktivaatiotuotteiden määritys voi paljastaa tämän löydöksen.

HUOM: angioödeeman syy voi olla myös vaskuliitti (hypokomplementeemi-nen urtikaria-vaskuliitti syndrooma, HUVS, tai reumatoidi vaskuliitti), ks. myös KOMPLEMENTTI, C1q, VASTA-AINEET

Kirjallisuus: Jarva H, Meri S. Angioödeeman diagnostiikka ja hoito. Suom. Lääk.l. 2003;58:4229

Ohela K. Acta Med Scand 1977;201:415. Wager 0. Duodecim 1982;98:1612. Viander M. Moodi 2/1992:124. Viander M. Komplementtidiagnostiikka. Moodi 2/2009:113.

C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, PITOISUUS

Lyhenne: P-C1Inh (1209)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. HAE-tutkimus ja C1-inhibiittori, aktiivisuus

Indikaatiot: Hereditaarisen angioödeeman (HAE) diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 x 0,5 ml EDTA-plasmaa. Plasma on erotettava välittömästi ja toimitettava heti laboratorioon (+4°C, viimeistään seuraavana päivänä), tai pakastettava ja lähe-tettävä hiilihappojäissä.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio (NOR-Partigen, Behringwerke AG).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue 0.15–0.45 mg/ml. Tyypillisessä aktiivisessa HAE-tapauksessa C1-INH- taso on <30 % normaalista ja C4-taso on matala, mutta C3-taso on yleensä normaali. Jos C1-INH taso on normaali tai kohonnut, mutta C4 las-kenut, kyseessä voi olla HAE tyyppi II (n. 15 % tapauksista), jossa C1-INH on inaktiivinen. Tällöin C1-INH:n aktiviteetin puuttuminen varmistaa diagnoosin.

HAE tyyppi III:ssa C1-INH ja C4 ovat normaalit. Hankinnallisessa HAE:ssa C1q on matala, C1-INH matala C1-INH-funktio

puuttuu ja lisäksi voi esiintyä vasta-aineita C1-INH kohtaan.

Kirjallisuus: Bork K, Barnstedt SE. Lancet 2000;356:213. Jarva H, Meri S. Angioödeeman diagnostiikka ja hoito. Suom. Lääk.l.

2003;58:4229 Ohela K. Acta Med Scand 1977;201:415. Wager 0. Duodecim 1982;98:1612. Viander M. Moodi 2/1992:124. Viander M. Komplementtidiagnostiikka. Moodi 2/2009:113.

Page 70: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

70

CADASIL, NOTCh3-GEENIN ARG133CYS-, ARG182CYS- JA TYR1069CYS-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -CADA-D (11998) Ts-CADA-D (12182)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hereditäärinen multi-infarktidementia eli CADASIL-tauti (Cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy) on autosomissa vallitsevasti periytyvä vaskulaarisen dementian muoto, jolle on ominaista 30-50 vuoden iässä alkavat auralliset migreenikohtaukset, toistuvat aivoinfarktit ja hidas dementoituminen. Oireisilla potilailla aivojen magneetti-kuvauksessa havaitaan tyypillisiä neuroradiologisia muutoksia. Tauti johtuu Notch3-geenin mutaatioista. Geenistä on kirjallisuudessa kuvattu suuri määrä erilaisia mutaatioita, joista suurin osa sijaitsee eksoneissa 3, 4 ja 8. Suoma-laisilla CADASIL-potilailla ylivoimaisesti yleisin mutaatio on C>T-transitio ek-sonissa 4, joka muuttaa arginiinin positiossa 133 kysteiiniksi (p.Arg133Cys). Muutamissa suomalaisissa perheissä on puolestaan havaittu eksonissa 20 A>G-mutaatio, joka muuttaa aminohappopositiossa 1069 olevan tyrosiinin kysteiiniksi (p.Tyr1069Cys). Yhdessä suomalaisessa perheessä on havaittu C>T-mutaatio eksonissa 4, joka johtaa aminohappomuutokseen kodonissa 182 (p.Arg182Cys). Mikäli näitä kolmea suomalaisilta potilailta tavattua mu-taatiota ei kuitenkaan DNA-tutkimuksessa löydy ja kliininen epäily CADASIL-taudista on vahva, voidaan erillisestä pyynnöstä sekvensoida Notch3-geenin eksonit 3-8, 11 ja 18-20. Näiden eksonien alueelle sijoittuu n. 84 % kirjallisuu-dessa kuvatuista Notch3-geenin patogeenisista mutaatioista.

Indikaatiot: Kliininen epäily CADASIL-taudista. Prediktiivinen geenitesti henkilöllä, jonka suvussa on tavattu CADASIL-tautiin

liittyvä Notch3-geenin p.Arg133Cys-, p.Arg182Cys- tai p.Tyr1069Cys-mutaatio.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Notch3-geenin eksonien 4 ja 20 PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio p.Arg133Cys-, p.Arg182Cys- ja p.Tyr1069Cys-mutaatioiden havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: p.Arg133Cys-, p.Arg182Cys- tai p.Tyr1069Cys-mutaation löytyminen sopii oi-reisella potilaalla CADASIL-tautiin tai kertoo oireettomalla henkilöllä riskistä sairastua kyseiseen tautiin. Oireisella potilaalla saatu normaali tulos ei sulje pois CADASIL-tautia, sillä kysymyksessä voi olla myös jokin muu Notch3-geenin mutaatio.

Page 71: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

71

CADASIL, NOTCh3-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -Notch-D (12027) Ts-Notch-D (12183)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hereditäärinen multi-infarktidementia eli CADASIL-tauti (Cerebral autosomal dominant arteriopathy with subcortical infarcts and leukoencephalopathy) on autosomissa vallitsevasti periytyvä vaskulaarisen dementian muoto, jolle on ominaista 30-50 vuoden iässä alkavat auralliset migreenikohtaukset, toistuvat aivoinfarktit ja hidas dementoituminen. Oireisilla potilailla aivojen magneetti-kuvauksessa havaitaan tyypillisiä neuroradiologisia muutoksia. Tauti johtuu Notch3-geenin mutaatioista. Valtaosa (n. 84 %) kirjallisuudessa kuvatuista patogeenisista mutaatioista sijoittuu eksonien 3-8, 11 ja 18-20 alueelle.

Indikaatiot: Kliininen epäily CADASIL-taudista, mutta normaali tulos B -CADA-D-testissä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Notch3-geenin eksonien 3-8, 11 ja 18-20 PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen oireiselta potilaalta sopii CADASIL-tau-tiin. Oireisella potilaalla saatu normaali tulos ei sulje pois CADASIL-tautia, sillä kysymyksessä voi olla myös jokin muu Notch3-geenin mutaatio.

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA HNPP, PMP22-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -PMP22-D (11894) Ts-PMP22-D (12187)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneet-tisesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häiriöitä. ENMG-tutkimuksessa Charcot-Marie-Tooth 1 (CMT1) -tyypin po-lyneuropatiaa sairastavilla potilailla on havaittavissa hidastuneet hermojoh-tonopeudet. Kliinisinä oireina ja löydöksinä esiintyvät mm. lihassurkastumat

Page 72: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

72

yhteisen pohjehermon hermottamissa lihaksissa ja käden lihaksissa sekä erilaiset jalan deformiteetit (korkea jalkaholvi ja vasaravarpaat). Noin 70 %:lla CMT1-potilaista on osoitettavissa 1.5 megaemäsparin suuruinen duplikaatio kromosomi 17:n p11.2-alueella, jossa sijaitsee perifeerisen myeliiniproteiini 22:n (PMP22) geeni (tutkimus B-CMT-D).

PMP22-geenin pistemutaatioita, pieniä deleetioita ja pujontakohtien mutaa-tioita on kuvattu sekä Charcot-Marie-Tooth 1 -taudin (CMT1) että haurasher-mo-oireyhtymän (HNPP) taustalla. PMP22-geenin mutaatiot voivat aiheuttaa myös Dejerine-Sottas-oireyhtymän.

Indikaatiot: Kliininen epäily CMT1- tai HNPP-taudista, mutta potilaalla ei ole havaittu PMP22-geenialueen duplikaatiota tai deleetiota. Polyneuropatioiden erotus-diagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: PMP22-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen varmistaa perinnöllisen polyneuropatian diagnoosin.

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 -TAUTI, CMT1C, LITAF-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -LITAF-D (12289) Ts-LITAF-D (12290)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneet-tisesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häiriöitä. ENMG-tutkimuksessa Charcot-Marie-Tooth 1 (CMT1) -tyypin poly-neuropatiaa sairastavilla potilailla on havaittavissa hidastuneet hermojohtono-peudet. Kliinisinä oireina ja löydöksinä esiintyvät mm. lihassurkastumat yhtei-sen pohjehermon hermottamissa lihaksissa ja käden lihaksissa sekä erilaiset jalan deformiteetit (korkea jalkaholvi ja vasaravarpaat).

LITAF-geenin mutaatiot aiheuttavat demyelinoivan Charcot-Marie-Tooth 1 –polyneuropatian (CMT1C).

Indikaatiot: Kliininen epäily CMT1-taudista, mutta potilaalla ei ole havaittu PMP22-geeni-

Page 73: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

73

alueen duplikaatiota. Polyneuropatioiden erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: LITAF-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen oireiselta potilaalta varmistaa CMT1-taudin diagnoosin ja luokittaa taudin CMT1C-tyypiksi.

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1A -TAUTI, 17P11.2 -ALUEEN KO-PIOLUVUN MÄÄRITYS

Lyhenne: B -CMT-D (11002) Ts-CMT-D (12184)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneet-tisesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häiriöitä. ENMG-tutkimuksessa Charcot-Marie-Tooth 1A (CMT1A) -tyypin po-lyneuropatiaa sairastavilla potilailla on havaittavissa hidastuneet hermojoh-tonopeudet. Kliinisinä oireina ja löydöksinä esiintyvät mm. lihassurkastumat yhteisen pohjehermon hermottamissa lihaksissa ja käden lihaksissa sekä erilaiset jalan deformiteetit (korkea jalkaholvi ja vasaravarpaat). Noin 70 %:lla CMT1-potilaista on osoitettavissa 1.5 megaemäsparin suuruinen duplikaatio kromosomi 17:n p11.2-alueella, jossa sijaitsee perifeerisen myeliiniproteiini 22:n (PMP22) geeni.

Indikaatiot: Kliininen epäily CMT1-taudista. Polyneuropatioiden erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Huom. MLPA-tutkimuksiin ei valmiiksi eristettyä DNA:ta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: 17p11.2-alueen MLPA-analyysi(MultiplexLigation-dependentProbeAmplifi-

cation).

Page 74: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

74

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: Duplikaation löytyminen varmistaa periytyvän polyneuropatian diagnoosin ja luokittaa taudin vielä tarkemmin CMT1A- eli HMSN1A-taudiksi. Normaali tulos ei sulje pois CMT1-neuropatiaa, koska tauti voi johtua myös muista mutaa-tioista esim. PMP22-, P0-, LITAF- ja Cx32-geeneissä. Näiden geenien sek-venssianalyysi voidaan erillisestä pyynnöstä tarvittaessa suorittaa samasta näytteestä laboratoriossamme.

CHARCOT-MARIE-TOOTH 2 -TAUTI, CMT2A, MFN2-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -MFN2-D (12202) Ts-MFN2-D (12188)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneet-tisesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häiriöitä. ENMG-tutkimuksessa Charcot-Marie-Tooth 2 (CMT2) -tyypin poly-neuropatiaa sairastavilla potilailla on havaittavissa normaalit tai lievästi alen-tuneet hermojohtonopeudet eli kyseessä on primääristi aksonaalinen neuro-patia.

CMT2 periytyy autosomissa vallitsevasti ja on geneettisesti hyvin heterogeeni-nen. Noin 20 %:lla CMT2-potilaista on kuvattu pistemutaatioita tai pieniä delee-tioita mitofusiini 2 (MFN2) -geenissä. Taudin taustalla on kuvattu myös myelin protein zero (MPZ, P0) -geenin mutaatioita, joskin nämä ovat MFN2-geenin mutaatioita huomattavasti harvinaisempia.

Indikaatiot: Kliininen epäily CMT2-taudista. Polyneuropatioiden erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MFN2-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen MFN2-geenistä varmistaa periytyvän polyneuropatian diagnoosin ja luokittaa taudin CMT2A-tyypiksi. Normaali tulos ei sulje pois CMT2-neuropatiaa, koska tauti voi johtua mutaatioista muissa, harvinaisem-missa polyneuropatiaa aiheuttavissa geeneissä.

Page 75: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

75

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA 2 -TAUDIT, P0-GEENIN MU-TAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -P0-D (11893) Ts-P0-D (12186)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneetti-sesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häi-riöitä. ENMG-tutkimuksessa demyelinoivassa polyneuropatiassa (Charcot-Ma-rie-Tooth 1, CMT1) potilailla on havaittavissa hidastuneet hermojohtonopeudet. Aksonaalisessa CMT2-polyneuropatiassa hermojohtonopeudet ovat normaalit tai vain lievästi alentuneet. Molemmat tautimuodot periytyvät useimmiten auto-somissa vallitsevasti, mutta geneettinen tausta on heterogeeninen. Osalla sekä CMT1- että CMT2-potilaista on kuvattu pistemutaatioita tai pieniä deleetioita myelin protein zero (MPZ, P0) -geenissä.

Indikaatiot: Kliininen epäily CMT2- tai CMT1-taudista. Polyneuropatioiden erotusdiagnos-tiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: P0-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen P0-geenistä varmistaa periytyvän polyneuropatian diag-noosin. P0-geenin mutaatioita on kuvattu sekä demyelinoivan CMT1B -tautityy-pin että aksonaalisten CMT2I- ja CMT2J-tautityyppien taustalta. Normaali tulos ei sulje pois CMT1- tai CMT2-neuropatiaa, koska tauti voi johtua mutaatioista muissa polyneuropatiaa aiheuttavissa geeneissä.

CHARCOT-MARIE-TOOTH -TAUTI (X-KROMOSOMAALINEN), CMTX, CX32-GEENIN (GJB1) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -Cx32-D (11544) Ts-Cx32-D (12189)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneetti-

Page 76: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

76

sesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häi-riöitä. ENMG-tutkimuksessa demyelinoivassa polyneuropatiassa (Charcot-Marie-Tooth 1, CMT1) potilailla on havaittavissa hidastuneet hermojohtono-peudet. Aksonaalisessa CMT2-polyneuropatiassa hermojohtonopeudet ovat normaalit tai vain lievästi alentuneet, eli kyseessä on primääristi aksonaalinen neuropatia.

Charcot-Marie-Toothin polyneuropatia voi periytyä myös X-kromosomissa val-litsevasti (CMTX). Hemitsygooteilla miehillä polyneuropatian oireet ovat taval-lisesti vaikeammat ja hermojohtonopeudet hitaammat kuin heterotsygooteilla naisilla. Kliinisen ja ENMG-tutkimuksen perusteella CMTX-tautia on luokiteltu niin CMT1- kuin CMT2-tyyppiin. CMTX:n taustalla ovat konneksiini 32 (Cx32/GJB1) -geenin mutaatiot. Geenin koodaavalta alueelta on löydetty lukuisia mutaatioita, joista yleisimpiä ovat aminohappokoodin muuttumiseen johtavat yhden emäksen pistemutaatiot.

Indikaatiot: X-kromosomaalisesti periytyvä polyneuropatia. Polyneuropatioiden erotus-diagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Cx32-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen Cx32-geenistä sopii X-kromosomaali-sesti periytyvään CMTX-polyneuropatiaan.

CHARGE-OIREYHTYMÄ, ChD7-GEENIN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -CHARG-D (13005) Ts-CHARG-D (13004)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: CHARGE-oireyhtymä on harvinainen, vallitsevasti periytyvä monianomalia-oireyhtymä. CHARGE on akronyymi usein esiintyvistä oireista: C=coloboma eli silmän osan kiilamainen puutos, H=heart malformations eli sydänviat, A=atresia of the choanae eli nenäaukon umpeuma, R=retardation of growth/development eli kasvun/kehityksen hitaus, G=genital hypoplasia eli suku-puolielinten kehittymättömyys ja E=ear abnormalities eli korvien poikkeamat. Edellä mainitut oireet voivat esiintyä potilailla monenlaisina yhdistelminä, mut-ta tutkimuksissa lähes kaikilta potilailta löydetään sisäkorvan epämuodostu-mia. CHARGE-oireyhtymän taustalla on n. 70 %:lla potilaista mutaatio ChD7-

Page 77: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

77

geenissä. Lähes kaikki tunnetut mutaatiot ovat heterotsygoottisia pistemu-taatioita, mutta muutamalla potilaalla on todettu myös ChD7-geenin osittain tai kokonaan poistava deleetio. Suurin osa pistemutaatioista on nonsense-mutaatioita, jotka muodostavat ennenaikaisen lopetuskodonin ja aiheuttavat lyhentyneen polypeptidin muodostumisen. Pieni osa pistemutaatioista on missense- ja splicing-mutaatioita. Yleensä oireyhtymä on sporadinen, mutta kirjallisuudessa on kuvattu muutamia tapauksia, jossa mutaatio on periytynyt lähes oireettomalta vanhemmalta tai gonadimosaikismin kautta.

Indikaatiot: Epäily CHARGE-oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ChD7-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen ChD7-geenistä vahvistaa CHARGE-oireyhtymän diag-noosin. Normaali tulos ei poissulje CHARGE-diagnoosia, koska kaikilla kliini-sesti tyypillisillä potilailla ei todeta ChD7-geenin mutaatiota.

CHLAMYDIA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: ChpnNhO (4384)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Chlamydia pneumoniae aiheuttaa ylähengitystieinfektioita ja pneumonioita. Organismin eristäminen on vaivalloista, ja diagnoosi perustuukin usein sero-logiaan. DNA-monistusmenetelmä on nopeutensa takia käyttökelpoinen me-netelmä Chlamydia pneumoniaen osoittamiseksi.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Trakea- tai bronkusaspiraatti. Näyte säilyy viikonlopun yli jääkaapissa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Chlamydia pneumoniaen läsnäolo määritetään DNA-monistusmenetelmällä.

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä.

Page 78: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

78

Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen tulos viittaa vahvasti Chlamydia pneumoniaen aiheuttamaan keuhkoinfektioon.

Kirjallisuus: Gaydos et al. (1992) J. Clin. Microbiol. 30, 796–800.

CHLAMYDIA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ChpnAb (4955), Li-ChpnAb (4956)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Chlamydia pneumoniae (keuhkoklamydia, TWAR) on hengitystie-eritteiden välityksellä ihmisestä toiseen tarttuva bakteeri, joka aiheuttaa hengitystiein-fektioita. Diagnostiikassa serologiset menetelmät ovat ensisijaisia. Ristireak-tiivisuus Chlamydia trachomatiksen kanssa on vähäistä. Näytteistä teemme ensisijaisesti vain IgG- ja IgM-luokan vasta-aineet. IgA –luokan vasta-ainetes-ti poistuu, koska testituloksen kliininen merkitys on epäselvä. IgA-tutkimus jää kuitenkin lääkärin sitä edelleen halutessa erikseen tilattavaksi (S-ChpnAbA 4497 ja Li-ChpnAbA 10943).

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka. Hengitystieinfektioiden lisäksi Chlamy-dia pneumoniae infektioihin voi liittyä mm. sydänlihastulehduksia, kyhmyruu-sua ja reaktiivista artriittia

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Diagnoosiin päästään varmimmin tutkimalla pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa

Tulkinta: IgG-vasta-ainetaso yksikköinä, IgM- ja IgA-vasta-ainetulokset kvalitatiivisina (positiivinen / negatiivinen) + lausunto. Merkitsevä nousu IgG-vasta-aineta-sossa tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoituksena tuoreesta Chla-mydia pneumoniae-infektiosta. Myös yksittäinen korkea IgG-vasta-ainetaso ja positiivinen IgA-löydös voivat viitata tuoreeseen tai joidenkin kuukausien sisällä sairastettuun infektioon.

Page 79: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

79

CHLAMYDIA TRACHOMATIS, IGG VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ChtrAbG (4100)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Serologiset menetelmät soveltuvat pääsääntöisesti vain komplisoituneiden Chlamydia trachomatis-infektioiden (PID, perihepatiitti) diagnostiikkaan. Näissä todetaan yleensä voimakas vasta-ainevaste. Komplisoitumattomissa, pinnalli-sissa infektioissa systeeminen vasta-ainevaste on usein heikko tai puuttuva. Toisaalta muodostuneet vasta-aineet säilyvät verenkierrossa usein vuosia, joten yksittäisestä korkeasta vasta-ainetasosta ei voi päätellä, onko kysees-sä tuore vai vanha infektio. Chlamydia pneumoniae (keuhkoklamydia, TWAR) saattaa reagoida jonkin verran ristiin, joten matalat vasta-ainetasot saattavat johtua respiratorisista klamydiainfektioista.

Indikaatiot: Syvien Chlamydia trachomatis-infektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Vasta-ainetaso yksikköinä + lausunto. Positiivinen tulos on osoitus joskus sai-rastetusta klamydiainfektiosta, mutta negatiivinen tulos ei ole poissulkeva. Mer-kitsevä (yli 3-kertainen) yksikkötason nousu pariseerumien välillä on osoitus tuoreesta infektiosta. Yksittäinen korkea (>15 yks.) vasta-ainetaso viittaa sai-rastettuun syvään Chlamydia trachomatis-infektioon.

CHLAMYDIA TRACHOMATIS, VILJELY

Lyhenne: -ChtrVi (2059)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Viljelyonspesifisyydeltäänparasmenetelmägenitaalialueenklamydiainfek-tioiden diagnostiikassa, mutta mm. näytteen säilytys- ja kuljetuskestävyyteen liittyvät ongelmat alentavat sen herkkyyttä.

Indikaatiot: Chlamydia trachomatis-infektioiden (mm. uretriitti, kervisiitti, PID, epididymiitti, konjunktiviitti, Reiterin tauti) diagnostiikka

Page 80: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

80

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Klamydiaviljelyn kuljetusnesteputki, joita on saatavissa Turun yliopiston virus-opin laboratoriosta, puh. (02) 333 7463.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai alginaattitikku (hiilitikku ei sovi)

Näyte: Cervixnäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. . Uretranäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Sidekalvonäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Viljelyyn voidaan lähettää myös muita näytteitä kuten nielu-, rectum- ja lapa-roskopianäytteitä.

Mikäli naisilta otetaan vain yksi näyte, cervixnäyte on suositeltava.

Lähetys: Suositeltavaa olisi toimittaa näyte laboratorioon saman vuorokauden kulu-essa. Säilytys ja kuljetus +4°C:ssa. Muutaman päivän säilytys +4°C:ssa on mahdollista, mutta tutkimuksen herkkyys saattaa laskea.

Menetelmä: Viljely McCoy soluissa, jodivärjäys ja mikroskopointi 3 vrk:n inkubaation jäl-keen.

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina 4 vrk:n kuluttua testin aloituksesta.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus Chlamydia trachomatis-infektiosta.

CLOSTRIDIUM DIFFICILE GENOTYYPITYS

Lyhenne: CldtyNhO (12518)

Yleistä Clostridium difficile on itiöitä muodostava suolistobakteeri, jonka kannoista osa tuottaa toksiineja. Toksiinien erittyminen suoleen saa aikaan ripulin tai pseu-do- membranoottisen koliitin. C. difficile -ripuli liittyy useimmiten edeltävään mikrobilääkehoitoon, joka vaikuttaa suoliston normaaliin bakteerikasvustoon aiheuttaen C. difficilen lisääntymisen. Viime vuosina on havaittu aikaisempaa vaikeampien tautimuotojen lisääntyneen erityisesti vanhuspotilaiden keskuu-dessa. Aiheuttajana on ollut uusi kanta, joka tuottaa moninkertaisen määrän toksiineja aiempiin kantoihin verrattuna. Kyseinen tautityyppi voi olla tavallista C. difficile -koliittia vakavaoireisempi ja voi johtaa jopa potilaan kuolemaan.

C. difficilen hypervirulentin kannan toteamiseksi on otettu käyttöön genotyypi-tys-testi.

Testi tehdään ilman eri pyyntöä kaikista Ulosteviljely-2 tutkimukseen lähete-tyistä näytteistä, joista on eristetty C difficile.

Testi perustuu kolmen eri geenin geenimonistukseen. Testissä tutkitaan eris-tetystä C difficile kannasta seuraavat geenit:

Page 81: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

81

cdtB Binääritoksiini, löytyy ainoastaan hypervirulenteista kan-noista

tcdB B-toksiini, löytyy kaikista toksiinipositiivisista kannoista tcdC Toksiinin tuottoa säätelevä C-geeni. Hypervirulenteissa

kannoissa geenin rakenne on muuttunut Genotyypitystestillä voidaan todeta onko tutkittava kanta C difficile, onko kan-

ta toksiinia tuottava ja onko kannassa hypervirulentille kannalle ominaiset geenimuutokset.

Menetelmä Geenimonistus.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Ulostenäyte purkissa.

Näytteen kuljetus ja säilytysaika: Näyte säilytetään ja kuljetetaan jääkaappilämpötilassa. Säilyvyysaika 3 vrk.

Tekotiheys Kahdesti viikossa. Tutkimuksen tekeminen kestää 2-3 vrk. Tulkinta Ulosteviljely-2 tutkimus vastataan normaalikäytännön mukaan. Jos näyttees-

tä kasvaa C difficile, vastataan se Ulosteviljely-2 tutkimuksen yhteydessä. Ulosteviljely-2 tutkimukseen lisätään kommentti: Kannan toksiinin tuotto ja vi-rulenssiominaisuudet tutkitaan jatkotutkimuksessa (CldityNhO), josta erillinen vastaus.

Genotyypitystutkimuksen vastausvaihtoehdot: Clostridiumdifficile,toksiininegatiivinen Clostridiumdifficile, toksiinipositiivinen,kannallaeiolehypervirulentinkan-

nan virulenssiominaisuuksia Clostridiumdifficile,toksiinipositiivinen,kannallaonhypervirulentin027ribo-

tyypin virulenssiominaisuudet Genotyypitysvastauksessa ja Ulosteviljely-2 tutkimus-vastauksessa on mo-

lemmissa näytekohtainen ID-numero, jonka avulla voidaan yhdistää mistä Ulosteviljely-2 näyt-teestä genotyypitystulos on saatu.

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri:(02) 333 7413

CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS

Lyhenne: CodiNhO (1826)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri (02) 333 7413

Yleistä: Difteria on ollut Suomessa epätodennäköinen tauti. Sen esiintyminen on kui-tenkin lisääntynyt erityisesti entisen Neuvostoliiton alueella. Tautia on esiin-tynyt runsaasti Karjalassa ja Pietarin alueella, joista sen tuloa turistien mu-

Page 82: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

82

kana pelätään. Bakteeri aiheuttaa kurkkumädän lisäksi iholeesioita. Difteria voidaan diagnostisoida difteriaviljely ja -vasta-ainetesteillä. Näiden lisäksi voi-daan C diphtheriae bakteeri osoittaa näytteessä suoralla geenimonistuksella. Testi kohdistuu difteriabakteerin toksiinigeeniin.

Indikaatiot: Epäily difteriainfektiosta tai difteriakantajuudesta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete.

Näyte: Näyte otetaan kuten nieluviljelyssä nielusta pumpulitikulla. Tikku pannaan tyhjään kuljetusputkeen. Näytettä pitäisi saada erityisesti peitteiden alta, jos sellaisia on. Yleensä kannattaa ottaa samanaikaisesti PCR-testin kanssa difteria-viljelynäyte.

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Näytteestämonistetaangeenijaksoja,jotkaovatspesifisiädifteriatoksiinigee-nille.

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Testi antaa positiivisen tuloksen, jos potilaalla on toksiinipositiivinen C diphtheriae kanta nielussa.

Testiä ei ole pystytty validoimaan kliinisellä materiaalilla, koska näytteitä ei ole ollut saatavilla. Menetelmä on osoitettu toimivaksi kansainvälisillä laaduntark-kailunäytteillä ja testikannoilla.

CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-CodiAb (1253)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Corynebacterium diphtheriae -kannoista osa on toksiinia tuottavia ja ihmiselle patogeenisia. C. diphtheriae aiheuttaa katteisen nieluinfektion, kurkkumädän, jonka jälkitauteina voi esiintyä toksiinista johtuvia sydän-, munuais- ja her-mostomanifestaatioita. Vasta-aineita difteriatoksoidia kohtaan mitataan tutkit-taessa potilaan vasta-ainevälitteisen immuniteetin toimintaa tai selvitettäessä hänen suojaansa difteriaa vastaan. Kummassakin tapauksessa mitataan IgG-luokan difteriavasta-aineita. Myös IgM- ja IgA-luokan vasta-aineet voidaan tutkia, vasta-aineiden kliinistä merkitystä ei ole tutkittu.

Indikaatiot: Immunologisen statuksen ja rokotusvasteen tutkiminen epäiltäessä vasta-ainevälitteistä immuunivajavuustilaa sekä haluttaessa tutkia yksilön suojaa difteriaa kohtaan.

Page 83: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

83

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on mainittava potilaan saamat difteriarokotukset.

Näyte: 2 ml verta tai 1 ml seerumia ennen tehosterokotusta ja 2 viikkoa sen jälkeen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä jossa antigeenina käytetään difteriatok-soidia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vasta-ainetasosta ja rokotusvasteesta annetaan lausunto.

Kirjallisuus: Ruuskanen 0, Viljanen MK, Salmi TT, Lehtonen O-P, Kouvalainen K, Peltonen T. Acta Paediatr Scand 1980;69:177–82.

DNA-ERISTYS

Lyhenne: -DNAex (4209)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Indikaatiot: DNA:n eristys veri-, solu- tai kudosnäytteestä ja säilytys mahdollisia tulevia tutkimuksia varten.

Näytteenkuljetuksen helpottuminen, kun potilaan näyte lähetetään DNA-tutki-mukseen esim. ulkomaiseen laboratorioon.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta, viljeltyjä soluja tai kudospala.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Solu- ja kudosnäytteitä lähetettäessä tulee ottaa yhteys laboratorioon.

Menetelmä: Tuore ja pakastettu kokoveri: Nucleon BACC -kittieristys. Viljellyt solut ja ku-dosnäytteet: Proteinaasi K -käsittely, fenoli-kloroformi-uutokset ja DNA:n eta-nolisaostus.

Tekotiheys: Päivittäin.

DENYS-DRASH-OIREYHTYMÄ, WT1-GEENIN YLEISIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -Denys-D (12264) Ts-Denys-D (12265)

Page 84: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

84

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Denys-Drash-oireyhtymä on yleensä sporadisesti esiintyvä oireyhtymä, jossa vastasyntyneellä havaitaan epäselvä sukupuoli. Oireyhtymään kuuluu lisäksi etenevä nefropatia sekä riski Wilmsin tuumorin kehittymiselle. Tautigeeni on Wilmsin tuumori -geeni (WT1), jossa oireyhtymää aiheuttavat mutaatiot si-joittuvat usein sinkkisormimotiiveja koodaaviin eksoneihin 8 ja 9. Yksittäisistä mutaatioista yleisin on eksonissa 9 sijaitseva p.Arg394Trp-substituutio, joka havaitaan jopa noin puolella Denys-Drash-potilaista.

Indikaatiot: Kliininen epäily Denys-Drash-oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: WT1-geenin eksonien 8 ja 9 PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen varmistaa Denys-Drash-diagnoosin. Normaali tulos ei kuitenkaan sulje pois oireyhtymää, sillä kysymyksessä saattaa olla myös muualla kuin eksoneissa 8 tai 9 sijaitseva WT1-geenin mutaatio.

DRPLA-TAUTI, ATROFIINI 1 -GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -DRPLA-D (12000) Ts-DRPLA-D (12190)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: DRPLA (Dentatorubral-pallidoluysian atrophy) on autosomissa vallitsevasti pe-riytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jolle on tyypillistä myoklooninen epilepsia, dementia, ataksia ja erilaiset pakkoliikkeet. Taudin oireet alkavat yleensä vasta 20 ikävuoden jälkeen. DRPLA voi toisinaan olla vaikeasti eroteltavissa Hun-tingtonin taudista, joten DRPLA-DNA-tutkimus saattaa olla aiheellinen, mikäli potilaalta ei ole löytynyt Huntingtonin taudille tyypillistä mutaatiota. Tauti aiheu-tuuatrofiini1-geeninCAG-toistojaksoalueenmonistumasta.DRPLA-potilaillatoistojaksoja on 49 - 88, kun normaalisti toistojaksojen määrä vaihtelee välillä 7 - 23. DRPLA-sairautta esiintyy erityisesti Japanissa, länsimaissa se on hyvin harvinainen eikä Suomesta ole toistaiseksi tavattu yhtään potilasta.

Indikaatiot: Kliininen epäily DRPLA-taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Page 85: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

85

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Atrofiini1-geeninPCR-monistusCAG-toistojaksoaluettarajaavillaalukkeillaja

alleelien koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-toistojaksomonistuman löytyminen varmistaa DRPLA-diagnoosin.

DIFTERIAVILJELY

Lyhenne: CodiVi (1254)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Difteria on ollut Suomessa epätodennäköinen tauti. Sen esiintyminen on kui-tenkin voimakkaasti lisääntynyt erityisesti Venäjän alueella. Tautia on esiinty-nyt runsaasti Karjalassa ja Pietarin alueella, joista sen tuloa turistien mukana pelätään. Bakteeri aiheuttaa kurkkumädän lisäksi iholeesioita.

Indikaatiot: Difteria- tai difteriakantajuusepäily.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Näyte otetaan pumpulitikulla kuljetusputkeen kuten tavallisen nieluviljelyn yh-teydessä. Erityisesti peitteiden alta on pyrittävä saamaan näytettä. Kuljetus-putki lähetetään heti laboratorioon tai mikäli sitä joudutaan säilyttämään, putki säilytetään huoneenlämmössä. Lähetetään huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Selektiivinen viljelyalusta (telluriittimalja) ja biokemialliset tunnistusreaktiot.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Varma tunnistus voi viedä viikon, alustava positiivinen löydös voi-daan saada 2–3 vrk:ssa.

Tulkinta: C. diphtheriae jakaantuu eri biotyyppeihin, joilla on erilainen virulenssi. Viru-lenssin selvittelyssä voi kulua viikkoja. Bakteerin tuottama toksiini on riippu-vainen siirtyvistä faagista

DNAD, VASTA-AINEET (DENATUROITU)

Lyhenne: S-DNAdAb (1259)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Page 86: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

86

Yleistä: Ks. myös ENA- JA TUMAVASTA-AINEIDEN ANALYYSI. Eräissä sidekudostaudeissa (SLE, reuma, skleroderma ym.) esiintyy vasta-

aineita useita tuman antigeeneja kohtaan, mm. kaksoiskierteistä (double stranded = ds) DNA:ta sekä denaturoitua (single stranded = ss) DNA:ta koh-taan. DNAd-vasta-aineita voi lisäksi esiintyä lääkeainereaktioissa ja virusin-fektioissa.

Indikaatiot: SLE:n, skleroderman ja muiden sidekudostautien diagnostiikka. Autoim-muunihepatiittien ja eräiden lääkeainereaktioiden selvittely.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta on aina Ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina käytetään denaturoi-tua (single stranded) DNA:ta (Calf thymus, Calbiochem).

Tekotiheys: Kerran viikossa

Tulkinta: Tulos annetaan ELISA-yksikköinä, jotka ilmoittavat tutkittavan seerumin anti-DNAd pitoisuuden verrattuna positiiviseen referenssiseerumiin (referenssisee-rumin pitoisuus on 100 EU/ml). Viitealue <6 EU/ml (6–12 EU/ml = raja-arvo).

Omassa aineistossa SLE-potilaista n. 90 %:lla ja RA-potilaista n. 10 %:lla oli todettavissa DNAd-vasta-aineita. DNAd-DNA vasta-aineita löytyy myös muissa autoimmuunisairauksissa, mm. kroonisessa aktiivissa hepatiitissa, samoin lää-keainereaktioissa sekä eräissä virusinfektioissa. Vähäisiä määriä DNAd-vas-ta-aineita on osoitettavissa yleensä kudostuhon yhteydessä. Terveillä veren-luovuttajilla (n=50) DNAd-vasta-aineita todettiin 6 %:lla. DNAd-vasta-aineiden määritystä voidaan käyttää seulonta-testinä SLE-diagnoosissa. DNAd-vasta-aineilla voi olla myös prognostista merkitystä: niiden yhteydessä SLE-potilailla esiintyy vähemmän nefriittejä kuin pelkästään DNA n-vasta-aineiden ollessa positiiviset.

Kirjallisuus: Gripenberg M, et al. Scand J Immunol 1978;7:151. KofflerD,etal.JExpMed1971;134:294. Kurki P, Gripenberg M. Duodecim 1981; 97:1135. Nakamura RM, Tucker III ES. Clin Immunol Newsl 1981;2:123. Sarvas H, et al. Acta Pathol Microbiol Scand (C) 1985;93:13). Swaak AJG, et al. Arthritis Rheum 1979; 22:226.

DNA, VASTA-AINEET (NATIIVI)

Lyhenne: S-DNAnAb (1261)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Yleistä: Eräissä sidekudostaudeissa (SLE, skleroderma, mixed connective tissue

Page 87: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

87

disease) on todettu vasta-aineita useita tuman antigeeneja kohtaan (=tu-mavasta-aineet). Vasta-aineita natiivia kaksoiskierteistä (double-stranded) ds-DNA:ta kohtaan tavataan lähes yksinomaan SLE-potilaiden seerumissa. Joskus vasta-aineita voi esiintyä myös Sjögrenin syndromassa ja autoim-muunihepatiitissa. SLE:ssa DNA-vasta-aineiden esiintymisellä näyttää olevan yhteys taudin aktiivisuuteen ja munuaisvaurion syntyyn.

Indikaatiot: SLE:n diagnostiikka, aktiivisuuden ja lääkehoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta on ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen.Testionherkkyydeltäänjaspesifisyydeltäänra-dioimmunologistenjaimmunofluoresenssi(CrithidiaIFA)menetelmienluokkaa.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa

Tulkinta: Viitealue: Negatiivinen <10 IU/ml Heikko positiivinen 10–15 IU/ml Positiivinen >15 IU/ml Positiivinen tulos on patologinen, viittaa SLE:hen. Inaktiivisessa vaiheessa

n. 50 %:lla SLE-potilaista on DNA-vasta-aineita, aktiivisessa useammalla. Menetelmä mittaa korkea-affiinisia vasta-aineita, jotka korreloituvat hyvinSLE-nefriittiin. Pleuranesteessä esiintyvät DNA-vasta-aineet viittaavat SLE-pleuriittiin.

Kirjallisuus: Davis et al: Clin Exp Immunol 1977;28: 226. Slater et al: Clin Exp Immunol 1976;25: 480. Tan et al: Postgrad Med 1973;54:143. VianderM,HietarintaM.:Highsensitivityandspecificityofanewautomated

fluorescenceimmunoassayfordsDNAantibodiesinthediagnosticsofactiveSLE with nephritis: superiority to CLIFT.

(Abstract) Molecular Medicine 2002, Reykjavik.

DOMINANTTI OPTIKUSATROFIA (DOA/OPA1), OPA1-GEENIN MUTAATIOANALYYSI

Lyhenne: B -OPA1-D (13006) Ts-OPA1-D (13007)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Autosomissa periytyvä dominantti optikusatrofia (DOA/OPA1, tunnetaanmyösKjer-tyypinoptikusatrofiana)onyleisinperinnöllinennäköhermonatro-fia,jonkaarvioituesiintyvyyson1:50000useimmissapopulaatioissa.DOA-

Page 88: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

88

potilaiden näkö alkaa heiketä usein alle 10 vuoden iässä. Näkökyvyn heikke-neminen on yleensä lievää. Taudin penetranssi vaihtelee, ja sama mutaatio voi aiheuttaa erilaisen fenotyypin jopa saman suvun sisällä.

DOA aiheutuu OPA1-geenin mutaatioista.

Indikaatiot: Kliininenepäilydominantistaoptikusatrofiasta.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: OPA1-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10–12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen OPA1-geenistä varmistaa DOA-diagnoosin. Normaali tulos ei poissulje DOA-diagnoosia, sillä sairaus voi aiheutua myös kokonais-ten eksonien tai koko geenin deleetioista, joita ei ole mahdollista osoittaa sek-venssianalyysillä.

DUCHENNEN JA BECKERIN LIHASDYSTROFIAT, DYSTRO-FIINIGEENIN MLPA-TUTKIMUS

Lyhenne: B -DMLPA-D (12285) Ts-DMLPA-D (12286)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: DuchennenjaBeckerinlihasdystrofiatovatX-kromosomissapeittyvästiperiy-tyviä sairauksia, jotka ilmenevät aluksi raajojen proksimaalisena lihasheikko-utenajarasvankertymisenäsurkastuviinlihaksiin.Duchennenlihasdystrofiaa(DMD) sairastavat pojat joutuvat usein pyörätuoliin ennen 10. ikävuotta, kun taas lievemmässä Beckerin lihasdystrofiassa (BMD) liikuntakyky voi säilyäkokoeliniän.KorkeaseeruminCKsekälihasdystrofiantyyppilöydöksetlihas-biopsiassa varmistavat omalta osaltaan kliinistä diagnoosia.

DMD- ja BMD-potilaat ovat sairauden periytymistavasta johtuen pääasiassa poikia. Joskus tauti voi kuitenkin ekspressoitua myös tytöillä, esim. jos X-kro-mosomin inaktivaatio on tapahtunut vinoutuneesti.

DMD/BMD-potilaidenyleisimmätgeenivirheetovatdystrofiinigeenindeleetiot,joiden osuus kaikista mutaatioista on noin 60 %. Lisäksi muutamalla prosen-tillapotilaistatautijohtuudystrofiinigeeninduplikaatioista.DMD-potilaillade-leetiorikkoogeeninlukukehyksensiten,ettädystrofiiniproteiiniaeisynnylain-kaan. BMD-potilailla deleetio yleensä säilyttää lukukehyksen, jolloin syntyy

Page 89: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

89

rakenteellisestipoikkeavaa,muttaosittaintoimintakykyistädystrofiinia.Tietytdystrofiinigeenin alueet deletoituvat muita herkemmin (deleetio hot-spotit).MLPA-menetelmällä voidaan määrittää dystrofiinigeenin kaikkien eksonienkopioluvut.Mikäliperheensairaaltapojaltaontunnistettavissadystrofiinigee-nin deleetio tai duplikaatio, suvun naisille voidaan tarjota kantajadiagnostiik-kaa tutkimalla kyseisen deleetio- tai duplikaatioalueen geeniannosta.

Pienempiä deleetioita, duplikaatioita, piste- tai pujontamutaatioita ei voida osoittaa MLPA-menetelmällä. Näissä tapauksissa suositellaan koko geenin sekvenssianalyysiä, joka ei kuulu laboratoriomme tutkimusvalikoimiin. Tarvit-taessa voimme kuitenkin lähettää näytteitä jatkotutkimuksiin muihin laborato-rioihin. Mikäli suvussa periytyvä pistemutaatio tunnetaan, voidaan kantaja- ja sikiötutkimukset suorittaa laboratoriossamme ko. mutaation suoralla sekvens-sianalyysillä. Näissä tapauksissa pyydämme ottamaan yhteyttä laboratori-oomme ennen näytteiden lähettämistä.

Indikaatiot: KliininenepäilyDuchennentaiBeckerinlihasdystrofiasta. Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Huom. MLPA-tutkimuksiin ei valmiiksi eristettyä DNA:ta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Deleetio- ja duplikaatiohaussa sekä kantajuustutkimuksissa MLPA (Multiplex

Ligation-dependentProbeAmplification).Tunnetunpistemutaationosoittami-sessa kyseisen eksonin PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: Deleetion tai duplikaation osoitus varmistaaXp21-lihasdystrofian.NormaalitulosMLPA-analyysissäeisuljepoisXp21-lihasdystrofiaa,koskataudintaus-

tallasaattaaollaesim.dystrofiinigeeninpistemutaatio.

DYSTROFIA MYOTONICA 1 (DM1), DMPK-GEENIN TOISTO-JAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -DM-D (4648) Ts-DM-D (4649)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Dystrofiamyotonica1 (DM1)onhitaastietenevä lihasdystrofiasairaus, jolleon ominaista lihassurkastumisen ohella lihassupistuksen hidas laukeaminen (myotonia). Kyseessä on multisysteemisairaus, johon voi lihastaudin oireiden lisäksi liittyä mm. kaihi, erilaiset endokrinologiset häiriöt (mm. hypogonadis-

Page 90: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

90

mi, diabetestaipumus), suolisto-oireet, sydämen johtumishäiriöt ja pahan-laatuisen kuumereaktion vaara tiettyjen nukutuslääkkeiden vaikutuksesta. DM1onyleisinaikuisillaesiintyvä lihasdystrofia.Tautiperiytyyautosomissavallitsevasti, ja sille on tyypillistä antisipaatio eli oireiden vaikeutuminen ja varhaisempi alkamisikä alenevissa sukupolvissa. Taudin taustalla on DMPK-geenin CTG-toistojaksoalueen monistuma. Normaalisti CTG-toistojaksojen määrä vaihtelee 5-35 välillä, lievässä DM1-taudissa toistojaksoja on 50-150 ja klassisessa DM1-taudissa noin 100-1000. Vaikeimmassa tautimuodossa, lähesyksinomaanäidinkauttaperiytyvässäkongenitaalisessadystrofiamyo-tonicassa, toistojaksoja voi esiintyä useita tuhansia. Toistojaksojen määrän lisääntyminen mutaation periytyessä sukupolvelta toiselle korreloi kliinisesti havaittavaan antisipaatioon ja taudin luokittumiseen subkliiniseen, aikuisiän, juveniiliin ja kongenitaaliseen muotoon.

Indikaatiot: Kliininenepäilydystrofiamyotonica1-taudista. Lähete: DNA-tutkimuslähete. Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: DMPK-geenin PCR-monistus CTG-toistojaksoaluetta rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä. Tarvittaessa hybridisaatioanalyysi (Southern blotting).

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CTG-jakson monistuman osoitus DMPK-geenistä sopii dystrofiamyotonica-tautiin, joskaan yksittäisestä näytteestä ei monistuman koon perusteella pys-ty luotettavasti ennustamaan taudin kliinistä tyyppiä.

DYSTROFIA MYOTONICA 2 (DM2), ZNF9-GEENIN PCR-SEULONTATUTKIMUS

Lyhenne: B -DM2ALL-D (4889)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Dystrofiamyotonica2(DM2)onyleensäDM1-tautialieväoireisempilihassai-raus, jolle on ominaista myotonian ohella tyvilihasten heikkous sekä vaihte-leva tai jaksottainen lihaskipu. Lihasoireiden ohella potilailla havaitaan mm. harmaakaihia ja sydänperäisiä oireita. Lihasten surkastumista esiintyy harvoin. Tauti periytyy autosomissa vallitsevasti ja sen taustalla on ZNF9-geenin ensim-mäiseen introniin sijoittuvan CCTG-tetranukleotiditoistoalueen laajentuma.

Indikaatiot: Kliininenepäilydystrofiamyotonica2(DM2)eliproksimaalinenmyotoninenmyopatia (PROMM) -taudista.

Page 91: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

91

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ZNF9-geenin ensimmäiseen introniin sijoittuvan CCTG-tetranukleotiditoisto-

alueen PCR-monistus toistojaksoaluetta rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä. Menetelmällä monistuvat vain normaalinkokoiset alleelit eli mutaation osoittaminen vaatii jatkotutkimuksia.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Mikäli DNA-näytteestä on monistettavissa kaksi normaalivariaatioalueelle osuvaa alleelia, voidaan DM2-tauti sulkea pois. Jos taas näytteestä monistuu vain yksi kooltaan normaalivariaatioalueelle osuva alleeli, tutkittava voi olla joko homotsygootti tämän normaalialleelin suhteen tai vaihtoehtoisesti hänel-lä voi toisessa alleelissaan olla DM2-tautiin liittyvä toistojaksomonistuma, jota käytetyllä testillä ei pystytä osoittamaan. Kyseisen geenivirheen osoittaminen edellyttää toistaiseksi joko DNA-pohjaista RP-PCR-testiä tai lihaksesta teh-tävää CISH-analyysiä, joita tehdään TAYSin neurogenetiikan laboratoriossa. Tarvittaessa voimme toimittaa tutkittavan DNA-näytteen TAYS:iin DM2-taudin jatkotutkimukseen.

ENA- JA TUMAVASTA-AINEIDEN ANALYYSI

Lyhenne: ANAAbAn (10466)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sisältää: S-ANAAb, S-DNAnAb, S-DNAdAb, S-SentAb, S-NuklAb, S-HistAb, S-ANA-IB

Tumavasta-aineita todetaan merkitsevissä tiittereissä (>320) eräissä sideku-dostaudeissa (SLE, skleroderma, mixed connective tissue disease (MCTD/UCTD), subakuutti iholupus (SCLE), neonataali lupus, krooniset hepatiitit) ja lääkehoidon yhteydessä (esim. prokainamidi, hydralatsiini, INH ja nitrofuran-toiini). Lisäksi matalia tiittereitä todetaan virusinfektioissa ja maligniteettien yhteydessä. Noin 10 %:lla normaaliväestöstä on matalia tumavasta-ainetiitte-reitä.

Immunofluoresenssitekniikallamääritetyttumavasta-aineetantavatvainhar-voin spesifisen vasta-ainelöydöksen (poikkeus: sentromeeri- vasta-aineet). Siltitumanvärjäyskuviovoiantaaviitteitävasta-aineenspesifiteetistäjatau-tiyhteydestä. (Ks. S-ANA-Ab). Värjäyskuvion perusteella voidaan myös valita jatkotutkimukset, joilla selvitetään, muita tuman antigeeneja kohtaan potilaan tumavasta-aineet olivat kehittyneet.

Systeemisten autoimmuunitautien erotusdiagnostiikkaan ja potilaiden tau-dinkuvan seurantaan tarkoitettu Tuma- ja ENA-vasta-aineiden analyysi si-

Page 92: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

92

sältää SLE:n diagnostiikassa käytettyjen tuma-, DNAn-vasta-aineiden lisäksi histoni-va ja SLE:lle spesifiset ribosomi P vasta-aineet. sekä skleroderman diagnostiikassa keskeiset sentromeeri- ja Scl70/ topoisomeraasi ! -vasta-ai-neet.

Näytteestä tutkitaan ENA-vasta-aineet ja niiden spesifiteetti seuraaville an-tigeeneille: U1-snRNP, Sm, SS-A, SS-B, Scl-70, CENP-B, Jo-1,. Vasta-aineita esiintyy useissa tulehduksellisissa reumasairauksissa, mm. SLE:ssa, MCTD/UCTD:ssa, sklerodermassa, Sjögrenin syndromassa ja myosiiteissa.

Immunoblottaus-tutkimuksen perusteella määritetty U1-RNP vasta-ainei-den spesifiteetti sisältää 70kd, A(34kd) ja C(22kd) polypeptidit, Sm spe-sifiteetti B/B’(27/28kd), D(16kd), polypeptidit,SS-Aspesifiteetti (Ro)52kdja 60kd polypeptidit. Lisäksi määritetään SS-B, Topoisomeraasi I (Scl-70), CENP-B ja Ribosomi P vasta-aineet.

Indikaatiot: Systeemisten autoimmuunisairauksien ja eräiden lääkeainereaktioiden diag-nostiikka ja taudin seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: DNAn-vasta-aineet määritetään (FEIA) menetelmällä, DNAd-vasta-aineet ELISA:lla, tumavasta-aineet immunofluoresenssilla jaENA-vasta-aineet im-munoblottaus-menetelmällä.

Tekotiheys: Kerran viikossa. Positiivisen vastauksen jatkotutkimukset seuraavalla viikolla.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan lausunto. ENA- ja tumavasta-aineiden kliiniset korre-laatiot on selitetty tarkemmin ko. tutkimusten yhteydessä (ks. TUMA,VASTA-AINEET ja TUMA VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS).

ENDOMYSIUM, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-EMA (3729), sisältää: S-EMAbA (4390), S-EMAbG (4391) (Voidaan pyytää erikseen)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: IgA-luokan endomysium vasta-aineita (IgA-EmA) todetaan yli 90 %:lla tuoreil-la keliakia-potilailla ja 90 %:lla dermatitis herpetiformis (DH) -potilaista, joilla on suolen limakalvon vaurio. Vasta-aineet kohdistuvat kudostransglutaminaa-siin (tTG), jota esiintyy suolen limakalvolla, mutta myös monessa muussa kudoksessa, mm. maksassa, luussa ja iholla. Endomysiumvasta-aineita mi-tataan käyttäen napanuoran kudosleikkeitä Koska vääriä positiivisia tuloksia todetaan hyvin harvoin, testi on gliadiinipeptidi (GlpepAb) ja transaglutami-naasivasta-aineiden ohella (ks. nämä) hyvin käyttökelpoinen DH:n ja keliaki-an primaaridiagnostiikkaan. N. 1/400:lla väestöstä on S-IgA:n puutos. Heistä

Page 93: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

93

1/10:lla esiintyy keliakiaa, kun esiintyvyys koko väestössä on 1:100. Siksi on tärkeää mitata myös IgG-luokan endomysiumvasta-aineet tai GlpepAb (IgA/IgG) jos epäillään keliakiaa IgA-puutospotilaalla.

Indikaatiot: Keliakian ja dermatitis herpetiformikseen liittyvän enteropatian (ohutsuolivau-rio) diagnostiikka ja dieettihoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Hemolyysi häiritsee määritystä.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka,antigeeninaon ihmisennapanuora.Seerumin laimennus 1:1 (IgA) tai 1:5 (IgG).

Tekotiheys: 1-2 kertaa viikossa.

Tulkinta: Viitearvot; IgA: <1 (tiitteri), 1 raja-arvo, 5 positiivinen; IgG <5 (tiittteri). Keliakiassa positiivisia IgA-luokan tiittereitä tavataan lapsilla >95 %:lla ja ai-

kuisista >90 %:lla. IgA-puutospotilailla esiintyy vain IgG-luokan endomy-siumvasta-aineita. Der-

matitis herpetiformiksessa vasta-aineita esiintyy kuten keliakiassa mikäli suo-len limakalvo on vaurioitunut. Jos suolen limakalvo on normaali (n. 30 %:lla potilaista), vasta-aineita todetaan harvoin.

Keliakian dieettihoidon seurannasta, ks. S-Keliakiatutkimukset.

Kirjallisuus: Farrell RJ, Ciaran PK. N Engl J Med 2002; 346:180–188. Ladinser B, Rossipal E, Pittschieler K: Gut 1994; 35: 776. Mäki M, Hellström O, Vesikari T, Visakorpi JK: J Pediatrics 1984;105:901. Sulkanen S, Collin P, Laurila K, Mäki M: Scand J Gastroenterol 1998 33:251–

254.

ENTEROVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) PICORNAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: EvirNhO (4392), S-EvirNhO (4780) PicoNhO (1917) (sisältää EvirNhO ja RinoNhO-tutkimukset)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Useimmat enterovirusten sadasta serotyypistä ovat keskushermostohakuisia ja ne ovat yleisimpiä meningiittien aiheuttajia. Koska subkliiniset infektiot ovat yleisiä, on enterovirusten viljely nielu- ja ulostenäytteistä ainoastaan suun-taa antavaa keskushermostoinfektioiden diagnostiikassa. Tämän johdosta virusten osoitus suoraan likvorinäytteestä PCR-menetelmällä on suositeltavin diagnostiikkamenetelmä. Menetelmä toteaa kaikki serotyypit.

Indikaatiot: Keskushermoston enterovirusinfektiot.

Page 94: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

94

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Likvoria 0.5–1 ml. Menetelmän poikkeuksellisesta herkkyydestä johtuen näy-te on otettava erityisen huolellisesti varoen kontaminaatiota. Tutkimus voi-daan tehdä myös nielu- ja ulostenäytteistä. Enterorokkoa epäiltäessä myös rakkulanäytteestä.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä.

Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitem-piaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetet-tävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Tarvittaessa viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toi-mittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. Enterovirus RNA:n löyty-minen on merkki tämän virusryhmän aiheuttamasta infektiosta.

ENTEROVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-EvirAb, Li-EvirAb Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Useimmat enterovirusten sadasta serotyypistä ovat keskushermostohakuisia ja ne ovat yleisimpiä meningiittien aiheuttajia. Seologiassa käytetään entero-virusten välillä ristiinreagoivaa EIA-menetelmää. Vasta-aineiden lisääntymistä ei kuitenkaan pystytä osoittamaan kaikissa enterovirusinfektioissa, joten kan-nattaa yleensä käyttää lisäksi myös virusviljelyä ja PCR-menetelmää diag-nostisina menetelminä.

Indikaatiot: Enterovirusinfektioiden (mm. meningiitti, sydänlihastulehdus, pleurodynia, en-terorokko, eksanteemat) diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Page 95: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

95

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-ainetaso yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positiivinen/negatiivinen) + lausunto. Valtaosalla väestöstä on enterovirus vasta-aineita, joskin titterit ovat yleensä matalia. Merkitsevä (yli 3-kertainen) IgG-vasta-aine-tason nousu pariseerumien välillä on osoitus tuoreesta enterovirusinfektiosta. Tarkempi tyypitys ei ole tällä menetelmällä mahdollista. Positiivinen IgM-tulos on merkitsevä, ja osoitus tuoreesta infektiosta.

ENTEROVIRUS, VILJELY KATSO VIRUSVILJELY (2975)

EPSTEIN-BARR VIRUS (EBV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN

Lyhenne: P-EBVNh (4775), Li-EBVNh

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Latentti Epstein-Barr virusinfektio voi aktivoitua erityisesti immunopuutteisilla potilailla aiheuttaen lymfoproliferatiivisen tilan.

Indikaatiot: Epäiltäessä EBV-infektion reaktivoitumista, esim. elinsiirtopotilaiden lymfo-proliferatiiviset tilat.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näyte-materiaalista voidaan tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: 3 ml EDTA- tai sitraattiverta erotettuna plasmaksi. 0.5-1 ml likvoria.

Lähetys: PCR-näyte on toimitettava virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeas-ti, mielellään jäähdytettynä. Näytettä (plasmaa) voidaan säilyttää jääkaappi-lämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Kvantitatiivinen PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivi-nä. Tekopäivänä klo 08:00 mennessä tullut näyte tutkitaan päivän sarjassa. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Plasmanäytteiden tulos ilmoitetaan kopioiden määränä/ml. EBV-DNA:n totea-

Page 96: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

96

minen on merkki aktivoituneesta infektiosta ja kopioiden määrä kuvaa infekti-on aktiivisuutta ja vakavuusastetta.

EPSTEIN-BARR-VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-EBVAb (1335), Li-EBVAb (1844)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: IgM-vasta-aineita alkaa muodostua jo aivan taudin varhaisvaiheessa ja ne säilyvät mitattavalla tasolla 1–3 kk. Niiden määrittäminen on ensisijainen me-netelmä Epstein-Barr-virusinfektioiden diagnostiikassa. IgG-vasta-aineiden nousu on harvoin osoitettavissa enää siinä vaiheessa kun potilas hakeutuu tutkimuksiin.

Indikaatiot: Mononukleoosin ja muiden EBV-infektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon postitse.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positiivinen / negatiivinen), IgG-vasta-ainei-den määrä yksikköinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen EBV-infektion. Useimmat saavat tartunnan jo lapsuudessa. Vasta-aineiden esiintyvyys on suunnilleen: 1v: 35 %, 5v: 60 %, 20v: 80 %, 40v: 95 %. IgM-vasta-ainetulos on normaalisti negatiivinen. Po-sitiivinen IgM-vasta-ainelöydös tai merkitsevä (yli 4-kertainen) titterin nousu IgG-vasta-ainetasoissa ovat osoitus tuoreesta EBV-infektiosta. EBV ja syto-megalovirusten välillä tavataan toisinaan ristireaktiivisuutta IgM-vasteissa.

FABRYN TAUTI, GLA-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -GLA-D (11895) Ts-GLA-D (12203)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Fabryn tauti on harvinainen rasva-aineenvaihdunnan sairaus, jossa alfaga-

Page 97: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

97

laktosidaasi A -entsyymin puutteellisesta toiminnasta johtuen kaikkien solujen lysosomeihin, keskushermoston hermosoluja lukuunottamatta, kertyy neut-raalejasfingolipidejä.Alfa-galaktosidaasiA:npuutos johtuumutaatioistaga-laktosidaasi alfa (GLA) -geenissä. Vaikka tauti periytyy X-kromosomaalisesti, se voi aiheuttaa merkittäviä oireita ja lyhentää elinikää myös naisilla.

Kertymiä alkaa muodostua jo sikiöaikana. Lapsuudessa ja nuoruudessa sai-rauden tyypillisiä oireita ja löydöksiä ovat raajojen kärkiosien voimakkaat, polttelevat kivut (akroparestesiat), joita kuume, kuumuus ja fyysinen tai psyyk-kinen rasitus pahentavat, heikentynyt hikoilu (hypohidroosi), suoliston toimin-tahäiriöt sekä sarveiskalvojen kissanviiksimäiset samentumat (cornea verti-cillata). Taudille ominaisia ihomuutoksia (angiokeratoomia) nähdään miehillä pääasiassa alavartalolla, reisissä sekä sukupuolielinten alueella ja naisilla raajoissa. Vuosien kuluessa kertymät johtavat sydän- ja verisuonisairauksiin, aivoverenkierron häiriöihin ja munuaisten toiminnanvajaukseen.

Miehillä Fabryn tauti voidaan yleensä todeta mittaamalla valkosolujen alfa-galaktosidaasiaktiivisuus. Naisten diagnosointi on ongelmallisempaa, sillä heillä entsyymiaktiivisuus voi olla lähes normaali. Mutaatiotutkimus varmistaa diagnoosin potilaan sukupuolesta riippumatta. Geneettisesti tauti on kuitenkin hyvin heterogeeninen, lähes jokaisessa suvussa on ”oma” GLA-geenin mu-taationsa.

Indikaatiot: Kliininen epäily Fabryn taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: GLA-geenin promoottorialueen sekä eksonien 1-7 PCR-monistus ja sekven-

sointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen GLA-geenistä varmistaa Fabryn taudin diagnoosin.

FISH-TUTKIMUS, ANEUPLOIDIA

Lyhenne: Am-FISHAn (4799), B –FISHAn (4815)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tavallisimpien trisomioiden (+13, +18 ja +21) tai sukupuolikromosomianeup-loidian osoittaminen kiireellisenä istukka-, lapsivesi- tai verinäytteestä esi-merkiksi poikkeavan UÄ-löydöksen johdosta tai epäiltäessä vastasyntyneellä yllämainittuja poikkeavuuksia.

Indikaatiot: Epäily 13-, 18- tai 21-trisomiasta tai sukupuolikromosomien aneuploidiasta.

Page 98: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

98

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Lapsivesi-, napaveri- tai verinäyte.

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH). Tutkimuksessa tehdään kaksi hybridisaatiota, joista toisessa käytetään X-, Y- ja 18 -kromosomien sent-romeerikoettimiajatoisessa13-ja21-kromosomienlokusspesifisiäkoettimia.

Vastausaika: 2-3 työpäivää.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

FISH-TUTKIMUS KROONISESSA LYMFAATTISESSA LEUKEMIASSA

Lyhenne: FISH-i-KLL (12049)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: FISH-tutkimus tehdään interfaasivaiheen tumista kroonisen lymfaattisen leu-kemian (KLL) ennustearvioimiseksi (sisältäen kromosomin 12 trisomian, kro-mosomialueiden 13q14, 11q22.3 ja 17p13 deleetioiden tutkimukset).

Indikaatiot: Epäily kroonisesta lymfaattisesta leukemiasta (KLL).

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljely ja fluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 3-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Klonaalisen poikkeavuuden löy-tyminen sopii KLL:an.

FISH-TUTKIMUS MULTIPPELISSA MYELOOMASSA

Lyhenne: FISH-i-MM (12048)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: FISH-tutkimus tehdään interfaasivaiheen tumista multippelin myelooman

Page 99: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

99

(MM) ennustearvioimiseksi sisältäen 1q25-alueen monistuman, 1p36-, 6q21-, 13q14.3 ja 17p13-alueiden deleetiot sekä 14q32-alueen uudelleenjärjestymät.

Indikaatiot: Epäily multippelista myeloomasta (MM).

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 3-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Klonaalisen poikkeavuuden löy-tyminen sopii multippeliin myelomaan.

FRAGIILI X -OIREYHTYMÄ, DNA-TUTKIMUS

Lyhenne: B -FraX-D (4112) Ts-FraX-D (4306)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Fragiili X -oireyhtymä on yleisin perinnöllinen kehitysvammaisuuden syy. Se periytyy X-kromosomissa semidominantisti. Oireyhtymä on yleisempi pojilla, ja klassiseen oirekuvaan kuuluvat mm. puheenkehityksen viive, kehitysvam-maisuusjadysmorfisetkasvonpiirteet(pitkänomaisetkasvot,korkeaotsa,isotkorvat) sekä miehillä makro-orkidismi. Fragiili X -täysmutaatiota kantavista naisista noin 60 %:lla havaitaan jonkinasteista kehitysvammaisuutta, jonka aste vaihtelee lievästä keskivaikeaan. Esimutaation kantajanaisilla on kohon-nutriskiennenaikaiseenovarioinsuffisienssiin(POF).

Taudin taustalla on Xq27.3-alueella sijaitsevan FMR1-geenin CGG-toistojakso-alueen laajenema, joka aikaansaa geenin metyloitumisen ja inaktivoitumisen. Toistojaksomutaation lisäksi myös FMR1-geenin pistemutaatiot ja deleetiot voivat johtaa fragiili X -oireyhtymään, joskin nämä mutaatiotyypit ovat harvinai-sia. Normaalisti CGG-toistojaksoja on 6-50. Fragiili X -esimutaation kantajilla toistojaksoja on 59-200. Tautia aiheuttava täysmutaatio on yli 200 toistojaksoa ja siihen liittyy yleensä geenin ääripään metyloituminen. (EMqN, Best Practice Guidelines). Joillakin potilailla on samanaikaisesti osoitettavissa sekä esimu-taatio että täysmutaatio (ns. mosaikismi). Joskus hybridisaatiotekniikalla on vaikea arvioida, onko kyseessä suuri normaalivariaatioalueelle kuuluva alleeli vai pieni esimutaatio. Näiden erottamiseksi voidaan PCR-menetelmällä tutkia alleelin CGG-jaksojen tarkka määrä.

Indikaatiot: Kliininen epäily fragiili X -oireyhtymästä. Kantaja- ja sikiötutkimukset perheissä, joissa esiintyy fragiili X –oireyhtymää

Page 100: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

100

tai on todettu FMR1-geenin esi- tai täysmutaatio.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Toistojaksojen tarkan määrän ja meioottisen stabiilisuuden arvioinnissa CGG-

toistojaksoalueen PCR-monistus ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä. Tarvittaessa Southern blotting -hybridisaatio.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: FMR1-geenin täysmutaatio sopii fragiili X -oireyhtymään. Normaali tulos ei välttämättä poissulje fragiili X -oireyhtymää, koska taudin taustalta on kuvattu myös pistemutaatioita ja deleetioita.

FRANCISELLA TULARENSIS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-FrtuAb (2816)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Tularemian (jänisrutto) aiheuttaja on gram-negatiivinen sauvabakteeri Franci-sella tularensis. Se aiheuttaa ihmisellä yleensä kuumeisen lymfadeniitin, johon voi liittyä märkäinen ihohaavauma. Myös kuumeilua ilman paikallisoireita voi esiintyä. Tartunta tapahtuu suoraan yleensä hyttysen pistosta tai sairastuneis-ta eläimistä niitä käsiteltäessä. Tularemian diagnosointi tapahtuu yksinomaan serologisesti, koska bakteerin viljely on vaikeaa. Immunoglobuliiniluokittainen vasta-ainemittaus ei poista pariseerumitarvetta, koska IgM- ja myös IgA-vasta-aineet säilyvät hyvin pitkään infektion jälkeen.

Indikaatiot: Epäselvät kuumetaudit, lymfadeniitti, jänisruttoepäily.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 ml verta tai 1 ml seerumia viikon välein; vahvoista epäilyistä lisänäytteet ovat suotavia.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa käytetään Francisella tularensik-sesta sonikaatiolla irrotettua anti-geenia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vasta-aineet ovat usein negatiiviset taudin alkuvaiheessa ja tulevat positiivisik-si 2-3 viikkoa oireiden alusta. Vasta-aineiden muutokset pariseerumeissa ovat perusteenapositiiviselletulkinnalle.Testionmelkospesifineneikäristireaktiota

Page 101: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

101

yersinioiden tai brusellojen aiheuttamissa infektioissa yleensä esiinny.

Kirjallisuus: Carlsson HE, Lindberg AA, Lindberg G, Hederstedt B, Karlsson K-A, Agell B0: J Clin Microbiol 1979;10:615–621.

Viljanen MK, Nurmi T, Salminen A: J Infect Dis 1983;148:715–720.

FRIEDREICHIN ATAKSIA (FRDA), FRATAKSIINIGEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -FRDA-D (12003) Ts-FRDA-D (12210)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Friedreichin ataksia (FRDA) on autosomissa peittyvästi periytyvä neurode-generatiivinen tauti, jonka oireisiin kuuluvat mm. hitaasti etenevä ataksia, dysartria, puuttuvat alaraajojen jännerefleksit, luustomuutokset, diabetesja kardiomyopatia. Oireet alkavat tavallisesti jo ennen 20. ikävuotta. Taudin taustalla ovat mutaatiot frataksiinigeenissä. Yleisin mutaatio (>98 %) on GAA-toistojaksomonistuma geenin ensimmäisessä intronissa. Normaalisti toisto-jaksojen määrä vaihtelee 6-36 välillä ja mutaatioalleeleissa toistojaksoja on 120-1700. Frataksiinigeenin homotsygoottinen mutaatio johtaa frataksiinipro-teiinin puutokseen, minkä seurauksena mitokondrioihin kertyy ylimäärin rau-taa. Tämä johtaa lisääntyneeseen vapaiden happiradikaalien muodostumi-seen ja edelleen hengitysketjuentsyymikompleksien toimintahäiriöihin. Vaikka Friedreichin ataksia on maailmanlaajuisesti yleisin perinnöllinen ataksiasaira-us, se on Suomessa harvinainen.

Indikaatiot: Kliininen epäily Friedreichin ataksiasta. Kantajatutkimukset FRDA-perheissä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete. Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Frataksiinigeenin PCR-monistus GAA-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja al-

leelien kokoanalyysi agaroosigeelielektroforeesilla.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Homotsygoottisen toistojaksomonistuman osoitus potilaan näytteestä varmis-taa FRDA-diagnoosin. Mikäli ataksiaa sairastavalta potilaalta löytyy frataksii-nigeenin GAA-toistojaksomutaatio vain toisesta alleelista, voi kyseessä olla yhdistelmäheterotsygotiatilanne, jolloin toisessa alleelissa esiintyy jokin muu mutaatio.

Page 102: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

102

GLIADIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET, IGA JA IGG

Lyhenne: S-GlpepAb (12418)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: Ravinnossa oleva kotimaisten viljojen sisältämä gluteeni/gliadiini indusoi vasta-aineita, joiden korkea taso korreloi keliakian esiintymiseen. Nämä glia-diinivasta-aineetovatkuitenkinvarsinepäspesifisiäkeliakiandiagnostiikassa.Tietylle yksittäiselle gliadiinipeptidille spesifisten vasta-aineiden esiintymisen seerumissaonsensijaanäskettäintodettu liittyvänhyvinspesifisestiikelia-kiaan ja sen kehittymiseen (1). Nämä vasta-aineet korreloivat hyvin trans-glutaminaasi- ja endomysiumvasta-aineiden kanssa ja ovat huomattavasti normaalejagliadiinivasta-aineitaspesifisemmätjaherkemmätkeliakiandiag-nostiikassa erityisesti pikkulapsilla.

IgA-puutos on yleinen (1:400). Näillä henkilöillä esiintyy keliakiaa 10–20 ker-taa enemmän kuin muulla väestöllä. Useimmilla näistä potilaista voidaan osoittaa IgG-luokan gliadiinipeptidivasta-aineita.

Dieetistä huolimatta pienellä osalla keliakiapotilaista suolen tulehdus jatkuu, ns. refraktorinen keliakia. Näillä potilailla erityisesti gliadiinipeptidivasta-ainei-den on osoitettu pysy-vän koholla. Transglutaminaasi- ja endomysiumvasta-aineet ovat joskus negatiivisia tai raja-arvoja mm. ihokeliakiassa ja pienillä lapsilla,joillaarvotuseinfluktuoi-vat.Näissätapauksissagliadiinipeptidivasta-aineet ovat useimmiten selvästi positiiviset.

Keliakian ja dermatitis herpetiformiksen oireista ja kliini-sestä kuvasta, ks. KE-LIAKIATUTKIMUKSET.

Indikaatiot: Keliakian ja dermatitis herpetiformiksen diagnostiikka, erityisesti pienillä lap-silla ja IgA-puutospotilailla. Gluteenit-toman dieetin seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lä-hete.

Näyte: 1 ml seerumia.

Menetelmä: Synteettinen deamidoitu gliadiinipeptidi sidotaan biotiny-loituna streptavidii-nilla päällystettyyn mikrotiitterilevyn kuoppaan, jossa sitä inkuboidaan tut-kittavan potilassee-rumin kanssa. Pesujen jälkeen kuopat inkuboidaan Eu-leimatulla anti-humaani IgA ja Sm-leimatulla anti-humaani IgG vasta-aineella jasitoutunutleimamitataankäyttäenaikaerotteistafluorometriaa.Sitentestihuomioi myös mahdollisen IgA puutoksen, joka keliakiapotilailla on suhteelli-sen yleinen.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue (IgA ja IgG): <150 AU. Vastauksena ilmoitetaan IgA ja IgG luokan gliadiinipeptidivasta-aineiden määrä yksikköinä (arbitrary unit) ja ilmoitetaan onko tulos kohon-nut viitearvoihin verrattuna. IgA luokan gliadiinipeptidivas-ta-aineidenherkkyysoli92%jaspesifiteetti90%87keliakiapotilaan ja81kontrollin vertailussa (2). Vastaavat luvut kaupallisella IgA EIA transglutami-

Page 103: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

103

naasivasta-ainemäärityksellä olivat 90 % ja 90 %. IgA puutoksessa yli 90%:lla keliakiapotilaista esiintyy IgG luokan gliadiini-peptidivasta-aineita.

Kirjallisuus: 1. Schwertz E, Kahlenberg F, Sack U, Richter T, Stern M, Conrad K, et al. 2004. Serologic assay based on gliadin-related nonapeptides as a highly sen-sitiveandspecificdiagnosticaidinceliacdisease.ClinChem.50:2370–5.

2. Ankelo M, Kleimola V, Simell S, Simell O, Knip M, Jokisalo E, Tarkia M, Westerlund A, He q, Viander M, Ilonen J, Hinkkanen A. 2007. Antibody res-ponsestogliadinpeptideshowhighspecificityandparalleltheresponsestotransglutaminase 2 in celiac disease. Clin Exp Immunol 2007.

3. Viander M. Keliakiadiagnostiikka muuttuu – uudet ESPGHAN kriteerit. Lab-quality Days, Helsinki 2011.

GLOMERULUSTYVIKALVO, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-GbmAb (1456)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Glomerulonefriiteissä ja etenkin Goodpasturen syndromas-sa esiintyvillä kier-tävillä tyvikalvovasta-aineilla on merkitys-tä sekä keuhko-, että munuaissaira-uksien diagnostiikassa (niitä voi esiintyä myös munuaissiirrännäisten hyljin-nässä).Nämäautovasta-aineet tunnistavat tyyppi IVkollageeninα3-ketjun,jota esiintyy sekä glomerulusten että alveolien tyvikalvoilla. Goodpasturen syndromaan liittyy huomattava munuaisten tuhoutumis- ja kuolleisuusriski, joten diagnoosiin on pyrittävä mahdollisimman nopeasti.

HUOM: Nopesti etenevässä glomerulonefriittissa tulee AINA tutkia myös neut-rofiilien sytoplasma antigeeni vasta-aineet (S-ANCA-T).

Indikaatiot: Glomerulonefriittien ja keuhkovaurioiden selvittely. Goodpasturen syndroman diagnostiikka ja hoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.Näyte: 2 ml verta tai 1 ml seerumia, voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Ennen klo 12 tulleet näytteet vastataan samana päivänä. Positii-viset tulokset ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Viitealue: Negatiivinen <7 U/ml Heikko positiivinen 7–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml

Kiertäviä glomeruluksen tyvikalvon vasta-aineita voidaan osoittaa yli 90 %:lla Goodpasturen syndroma-potilaista. Negatiivinen tulos ei kuitenkaan poissulje ko. tautia. Muilla glomerulonefriittipotilailla vasta-aineita on todettu 5 %:lla. Terveillä tulos on negatiivinen.

Page 104: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

104

Jos potilaalla on merkkejä nopeasti etenevästä glomeru-lonefriitistä ja esiin-tyy keuhkoverenvuotoja kyseessä voi olla Goodpasturen syndroma. Gbm-vasta-aineet häviävät seerumista tuloksellisen hoidon aikana. Glomeruluksen tyvikalvovasta-aineiden tason seurannalla on siten merkitystä hoidon seuran-nassa.

EROTUS-Dg: muista ANCA-vaskuliitti.

Kirjallisuus: Dixon FJ. Am J Med 1968;44:493. Hudson BG, Wieslander J, Wisdom BJ Jr, Noelken ME. Lab Invest

1989;61:256. Kurki P, Helve T, von Bonsdorff M ym. Duodecim 1983;99:43 Pedchenko V, Bondar O, Fogo AG. NEJM 2010; 363:343.

GLUTAMAATTIDEKARBOKSYLAASI (GAD), VASTA-AINEET

Lyhenne: S-GadAb (4400)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: GAD-entsyymi on yksi tyypin 1 diabetekseen liittyvistä autoantigeeneista ja GAD autovasta-aineet ovat tavallisia taudin puhkeamishetkellä (50-70% sai-rastuneista). Vasta-aineet ilmaantuvat yleensä ennen sairastumista ja säilyvät vuosikausia sairastumisen jälkeen.

Indikaatiot: Aikuisiässä diabetekseen sairastuneen potilaan taudin luokittelu. Sairastu-misriskin ennakointi perinnöllisen tyypin 1 diabeteksen alttiuden omaavilla henkilöillä.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete

Näyte: 0,5 ml seerumia.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä (Medizym® anti-GAD).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastaus ilmoitetaan kansainvälisinä yksikköinä (IU) millilitraa kohtaan. Arvot > 5 IU/ml tulkitaan positiivisiksi. Paitsi insuliinidiabeteksessa (T1D), GAD vasta-aineita tavataan lähes kaikilla harvinaista neurologista tautia, ”stiff man” –oi-reyhtymää sairastavilla.

Kirjallisuus: Sabbah E, Savola K, Ebeling T, Kulmala P, Vähäsalo P, Ilonen J, Salmela P, Knip M. Genetic, autoimmune and clinical characteristics of childhood- and adult-onset type 1 diabetes Diabetes Care 2000;23:1326-1332

Page 105: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

105

GONOKOKKIVILJELY

Lyhenne: GcVi (1506)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 3337 415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Gc-viljelyyn lähetetystä näytteestä laboratorio hakee vain gonokokkeja. Ta-vallisista bakteeriviljelyistä ei gonokokkeja kovin usein saada esille, sillä bakteerin viljelyyn tarvitaan normaaliflooralla kontaminoituneissa näytteissäselektiivisiä elatusaineita. Herkkyystilanteen seuraamiseksi on toivottavaa käyttää mahdollisimman paljon viljelymene-telmää vaikka värjäysnäyte an-taisikin diagnoosin miehen näytteestä. Naisen cervix-näytteen värjäys ei ole diagnostinen.

Indikaatiot: GC-epäily.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Näytteenotto-alueet on aina mainittava ja erikseen merkittävä myös näytteisiin.

Näyte: Cervix pyyhitään ennen näytteenottoa kuivalla harsotaitoksella. Spekulan liukastimena saa käyttää vain vettä. Näkökontrollissa cervixkanavaan työn-netään hiilitikku, annetaan sen imeä hetken aikaa eritettä ja tuodaan tikku pois varoen vaginan limakalvoja. Urethrasta näyte otetaan pyöräyttämällä. Rektumnäyte otetaan sivelynä limakalvolta, ei ulosteesta. Nielunäyte otetaan takanielukaarista ja tonsilloista voimakkaasti painaen.

Jos klamydianäyte otetaan samalla, otetaan Gc-näyte ensin. Jos tässä tapauksessa käytetään klamydia-viljelyä ei Gc-näytettä saa ottaa hiilitikulla. Tikuilla viljellään kullakin yksi Gc-malja (New York City-medium, tai Kvadricult, Orion Diagnostica). Viljelytekniikasta, ks. Suora viljely. Maljat pannaan inkuboitumaan hiilidioksidiatmosfääriin (ns. kynttiläpönttö tai Bio Bag-pussi) 35 asteen lämpökaappiin ja kuljetetaan mieluummin 1 vrk inku-boituneina tutkivaan laboratorioon. Gonokokin säilyvyys kuljetusputkessa on suhteellisen huono (<24h) ja siksi tätä tapaa on vältettävä.

Menetelmä: Selektiivinen antibiootteja sisältävä elatusaine, entsymaat-tiset tunnistusreak-tiot. Tyypityksen varmistus DNA-sekvensoinnilla.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Voimakkaasti positiiviset näytteet voivat tulla esille jo 1 vrk näyt-teenotosta, negatiivisen poissulkuun menee 3 vrk.

Tulkinta: Gonokokin löytyminen viljelyssä on aina patologinen löydös. Vääriä negativii-sia tuloksia esiintyy antibioottihoidon ja väärän näytteidenottotekniikan takia.

Page 106: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

106

HAE-TUTKIMUS

Lyhenne: P-HAE (235), sisältää: P-C1INHBk, P-C1INH, P-C3, P-C4

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7 419, lääkäri: (02) 333 7 416

Yleistä: Ks. C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, AKTIIVISUUS

Indikaatiot: Hereditaarisen angioödeeman (HAE) diagnostiikka. Äkillisten turvotusreakti-oiden selvittely.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml (2x0,5 ml) sitraatti (tai EDTA) -plasmaa , välitön pakastus, lähetetään hiilihappojäissä. Tuore näyte voidaan kuitenkin lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

Menetelmä: Biokemiallinen. Mittaa C1-INH kykyä estää C1s entsyymin esterolyyttistä ak-tiviteettia. Komponenttien pitoisuudet mitataan radiaali- immunodiffuusiolla (C1INH) ja nefelometrialla (C3 ja C4; TYKSLAB).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: C1InhBk: normaali >70%, alentunut 30-70%, puutos <30%. Tutkimusta seuraa lausunto. Tyypillisessä aktiivisessa HAE tyyppi I tapa-

uksessa C1-INH- taso on <30 % normaalista (0.15–0.45 mg/ml) ja C4-taso (0.11–0.32 mg/ml) on matala, mutta C3-taso on yleensä normaali (0.65–1.32 mg/ml).

Jos C1-INH taso on normaali tai kohonnut, C1InhBk matala ja C4 laskenut, kyseessä voi olla HAE tyyppi II, (n. 15 % tapauksista), jossa C1-INH on inak-tiivinen. HAE tyyppi III:ssa C1-INH ja C4 ovat normaalit.

Hankitussa HAE:ssa myös C1q on matala.

Kohtauksen aikana C4 laskee voimakkaasti, mutta C3 pysyy normaalina. Tämä ei kuitenkaan ole diagnostinen löydös: kyseessä saattaa olla C4AO tai C4BO, ns. ”nolla”-alleeli tai immunokompleksitautiin (SLE) liittyvä matala C4-taso.

Ei periytyvään hankittuun hAE:een liittyy matala C1q, mikä erottaa sen here-ditaarisesta muodosta. Autoimmuuni-sairauksien lisäksi hankittu HAE liittyy lymfoproliferatiivisiin sairauksiin ja B-solumalignoomiin.

HUOM: angioödeeman syy voi olla myös vaskuliitti (hypokomplementeemi-nen urtikaria-vaskuliitti syndrooma, HUVS, tai reumatoidi vaskuliitti), ks. myös KOMPLEMENTTI, C1q, VASTA-AINEET

Kirjallisuus: Jarva H, Meri S. Angioödeeman diagnostiikka ja hoito. Suom. Lääk.l. 2003;58:4229

Ohela K. Acta Med Scand 1977;201:415. Wager 0. Duodecim 1982;98:1612. Viander M. Komplementtidiagnostiikka. Labquality Days, Helsinki 2009. Moo-

di 2/2009:113.

Page 107: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

107

HAURASHERMO-OIREYHTYMÄ (HNPP), 17P11.2-ALUEEN KOPIOLUVUN MÄÄRITYS

Lyhenne: B -HNPP-D (11901) Ts-HNPP-D (12185)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Periytyvät motosensoriset polyneuropatiat (HMSN) ovat kliinisesti ja geneetti-sesti heterogeeninen tautiryhmä, joihin liittyy eriasteisia ääreishermoston häi-riöitä. Haurashermo-oireyhtymän (HNPP) oireisiin kuuluvat ohimenevät mo-noneuropatiat ja alttius hermovammoille. Noin 80 %:lla kliinisesti tyypillisistä HNPP-potilaista on havaittavissa 1,5 Mb suuruinen deleetio kromosomi 17:n p11.2-alueella, jossa sijaitsee perifeerisen myeliiniproteiini 22:n (PMP22) geeni.

Indikaatiot: Kliininen epäily HNPP-taudista. Polyneuropatioiden erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Huom. MLPA-tutkimuksiin ei valmiiksi eristettyä DNA:ta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: 17p11.2-alueen MLPA-analyysi(MultiplexLigation-dependentProbeAmplifi-cation).

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: PMP22-geenialueen deleetion löytyminen varmistaa haurashermo-oireyhty-män diagnoosin. Normaali tulos ei kuitenkaan täysin sulje pois haurashermo-oireyhtymän diagnoosia, sillä taudin taustalla on kuvattu myös PMP22-geenin pistemutaatioita. Mikäli kliininen epäily on vahva, suosittelemme jatkotutki-muksena PMP22-geenin sekvenssianalyysiä (B -PMP22-D).

HELICOBACTER PYLORI, ANTIGEENITESTAUS ULOSTEESTA

Lyhenne: F-HepyAg (3952)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: helicobacter pylori (h. pylori) bakteeri aiheuttaa kroonisen mahalaukun lima-kalvon infektion, joka liittyy etiologisesti krooniseen gastriittiin, mahahaavaan, pohjukaissuoli-haavaan, sekä näiden myöhäiskomplikaatioihin. H. pylori in-fektio voidaan diagnostisoida myös vasta-ainemäärityksellä verestä, bakteeri-

Page 108: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

108

viljelyllä mahabiopsianäytteestä, tai ns. urea-hengitystestillä.

H. pylori antigeenitesti ulosteesta vastaa tuloksiltaan urea-hengitystestiä. Se osoittaa bakteerin senhetkisen olemassaolon elimistössä. Testi tehdään taval-lisesta ulostenäytteestä. Etuina testillä on, että se ei vaadi gastroskopiaa eikä isotooppien käyttöä. Testiä voidaan käyttää H. pylori infektion primääridiag-nostiikassa sekä häätöhoidon onnistumisen tutkimisessa.

Koska testi mittaa ulosteesta bakteeriperäisiä rakenteita voivat tilat, joissa bakteerimäärä on vähentynyt antaa vääriä negatiivisia tuloksia. Testiä ei suo-sitella käytettäväksi, jos antibioottilääkitystä tai protonipump-puinhibiittoreita on käytetty alle kaksi viikkoa suunnitellusta näytteenotosta. Jos testiä käyte-tään häätöhoidon kontrollointiin suositellaan näytteiden ottamista aikaisintaan neljä viikkoa hoidon lopettamisesta johtuen bakteerirakenteiden erittymisestä ulosteeseen vielä viikkoja hoidon lopettamisen jälkeen.

Indikaatiot: H. pylori infektion osoittaminen. H. pylori häätöhoidon onnistumisen testaus.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Ulostetta ulostenäytepurkissa. Näyte on pyrittävä saamaan tutkivaan labora-torioon yhden vuorokauden kuluessa. Jos näytteen kuljetus viivästyy suositel-laan näytteen pakasta-mista.

Testi ei toimi ripuliulosteesta. Näytettä ei suositella otettavaksi alle kaksi viik-koa antibioottihoidon tai protonipumppuinhibiittorilääkityksen lopettamisesta. Jos testiä käytetään häätöhoidon onnistumisen testaukseen suositellaan näytteen ottamista aikaisintaan 4 viikkoa hoidon lopettamisesta.

Menetelmä: Antigeenitestaus kaupallisella testikitillä.

Tekotiheys: 3-4 kertaa viikossa. Vastaus samana päivänä.

Tulkinta: Vastaus on joko positiivinen tai negatiivinen.

HELICOBACTER PYLORI, IGG VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HepyAbG (3954)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: helicobacter pylori on gram-negatiivinen sauvabakteeri, joka pystyy kolonisoi-maanspesifisestiihmisenmahalaukunlimakalvonjaaiheuttamaankrooniseninfektion. Infektio saadaan henkilöstä toiseen tapahtuvana tartuntana useim-miten jo lapsuudessa. Spontaaneja paranemisia ei yleensä todeta.

h. pylori -infektio on osoitettavissa noninvasiivisesti mittaamalla seerumin helikobakteerivasta-aineet. Normaaliväestössä vasta-aineiden prevalenssi on lapsilla ja nuorilla matala, mutta nousee vanhemmissa ikäryhmissä siten, että noin puolella yli 50-vuotiaista on h. pylori vasta-aineita. Vasta-ainetutkimusta

Page 109: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

109

voidaan käyttää diagnostiikan apuna sekä häätöhoidon seurannassa. Tulee muistaa, että vasta-aineet voivat pysyä jopa vuosia mitattavalla tasolla onnis-tuneenkin häätöhoidon jälkeen. Epäselvissä tapauksissa ulosteantigeenitesti täydentää serologista diagnostiikkaa.

Indikaatiot: Epäily h. pylori -infektioihin liittyvistä maha- ja pohjukais-suolisairauksista. h. pylori -infektion häätöhoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on hyvä olla maininta mahdollisesta häätöhoidosta.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa käytetään h-pylori -kannasta so-nikoimalla irroitettua antigeenia.

Tekotiheys: 1-2 kertaa viikossa.

Tulkinta: Helicobacter pylori -infektio on epätodennäköinen, mikäli vasta-aineita ei to-deta. Positiivinen tulos vasta-ainetestissä sopii krooniseen H. pylori -infekti-oon. Raja-arvotulos suositellaan varmistamaan toisella menetelmällä, esim ulosteen helikobakteeriantigeenin osoituksella. Onnistuneen eradikaatiohoi-don seurauksena vasta-ainetaso laskee puoleen 6 kk aikana eradikaatiohoi-don alusta. Todettujen titterimuutosten merkitsevyydestä annetaan lausunto

Kirjallisuus: Veijola L, Rautelin H. Helicobacter pylori –infektion diagnostiikka – milloin ja miten? SLL 2008; 33: 2601-2605

Kosunen, TU, Seppälä K, Sarna S, Sipponen P. Diagnostic value of decrea-

sing IgG, IgA, and IgM antibody titres after eradication of helicobacter pylori. Lancet 1992; 339: 893–895.

HELICOBACTER PYLORI, VILJELY

Lyhenne: Ts-HepyVi (4117)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: helicobacter pylori on gram-negatiivinen sauvabakteeri, joka pystyy kolonisoi-maanspesifisestiihmisenmahalaukunlimakalvonjaaiheuttamaankrooniseninfektion. Muualta elimistöstä bakteeria ei ole systemaattisesti todettu. Bak-teeri voidaan osoittaa histologisesti tai viljelyllä gastroskopian yhteydessä ote-tusta limakalvobiopsiasta. Krooninen infektio ilmenee noin 90 %:lla h. pylori -viljelypositiivisistahenkilöistäns.B-tyypinkroonisenaatrofisenagastriittina.Kaikkiaan arvioidaan noin 85 % kaikista gastriiteista liittyvän h. pylori -infekti-oon. Tämän lisäksi h. pylori altistaa peptisen haavan synnylle yhdessä muiden riskitekijöiden kanssa. Tutkimusten mukaan duodenaaliulkuspotilaista 90– 100 % on h. pylori -positiivisia. Infektio saadaan ilmeisesti henkilöstä toiseen

Page 110: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

110

tapahtuvana tartuntana. Spontaaneja paranemisia ei yleensä todeta. Baktee-ri voidaan hävittää mahalaukun limakalvolta antibioottihoidolla. h. pylori -in-fektio on osoitettavissa noninvasiivisesti mittaamalla seerumin helicobacter pylori vasta-aineet tai ulosteen h. Pylori antigeeni. Bakteeri on viljeltävissä ai-noastaan mahalaukun limakalvobiopsiasta. Bakteerin osittamiseen on useita viljelyä nopeampia menetelmiä. Viljely on ainoa tutkimus josta voidaan mää-rittää bakteerin antibioot-tiherkkyydet.

Indikaatiot: Epäily h. pylori-infektioihin liittyvistä maha- ja pohjukais-suolisairauksista.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Biopsiapala steriilissä NaCl:ssa. Näyte toimitettava labora-torioon viimeistään seuraavan päivän aamuna. Näyte säilytetään ja lähetetään huoneenlämmös-sä.

Menetelmä: Bakteeriviljely. Herkkyysmääritykset metronidazolille, klaritromysiinille, tet-rasykliinille ja ampisilliinille.

Tekotiheys: Arkipäivisin.

Tulkinta: Positiivinen / Negatiivinen. Positiivissa tapauksissa ilmoite-taan myös antibi-oottiherkkyydet.

HEMATOLOGINEN FISH-TUTKIMUS SEURANTANÄYTTEESTÄ

Lyhenne: FISH-MRD (11875)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Leukemian jäännöstaudin määrittämiseksi tehtävä metafaasikromosomien FISH-tutkimus. Tutkimuksessa tarkastellaan 1000 mitoosia. Selvässä relap-sissa, jolloin poikkeavan kloonin osuus on suuri, voidaan tyytyä vähäisem-pään solumäärään vastauksen kiirehtimiseksi.

Indikaatiot: Hematologisen potilaan jäännöstaudin määritys.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä tai 5 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 1-4 viikkoa, kiireellisenä 5 työpäivää.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

Page 111: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

111

HEMATOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ

Lyhenne: B -KromHem (4551)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tutkimuksessa etsitään hematologisiin maligniteetteihin liittyviä ns. hankittu-ja, klonaalisia kromosomipoikkeavuuksia. Näillä muutoksilla tiedetään olevan paitsi diagnostista, myös ennusteellista merkitystä. Diagnoosivaiheessa ha-vaittuja muutoksia voidaan myös hyödyntää hoidon seurannassa.

Indikaatiot: Epäily hematologisesta maligniteetistä.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 10 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Hematologisen potilaan verinäytteestä tehtävässä kromosomitutkimuksessa tutkitaan suoralla menetelmällä spontaanisti jakautuvia soluja sekä lyhyen aikaa viljeltyjä soluja. Tutkimuksessa käytetään perinteistä G-raitavärjäystä. Ensimmäisen tutkimuksen yhteydessä selvitetään tarvittaessa myös potilaan peruskaryotyyppi PHA:lla jakautumaan stimuloiduista perifeerisen veren lym-fosyyteistä. Peruskaryotyypin selvitys sisältyy hintaan.

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Klonaalisen kromosomipoikkea-vuuden löytyminen sopii hematologiseen maligniteettiin.

HEMATOLOGINEN TAI ONKOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS KUDOKSESTA

Lyhenne: Ts-KromHem (4552)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tutkimuksissa etsitään maligniin kasvuun liittyviä klonaalisia kromosomipoik-keavuuksia kuten luuytimen kromosomitutkimuksissa.

Indikaatiot: Epäily hematologisesta tai onkologisesta maligniteetistä.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 1 cm3 kokoinen kudospala.

Page 112: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

112

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Lymfoomien kromosomitutkimus tehdään imusolmukenäytteestä mekaani-sesti irroitetuista soluista. Tutkimuksessa tarkastellaan spontaanisti jakautu-via imusolmukkeen soluja. Soluja voidaan myös viljellä lyhyen aikaa. Tutki-muksessa käytetään perinteistä G-raitavärjäystä.

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Klonaalisen kromosomipoikkea-vuuden löytyminen sopii hematologiseen maligniteettiin.

HEMATOLOGISEN POTILAAN DIAGNOOSIVAIHEEN FISH-TUTKIMUS

Lyhenne: FISH-DG (11874)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Diagnoosivaiheen FISH-tutkimuksessa selvitetään tai varmennetaan kromo-somitutkimuksessa havaittuja tai epäiltyjä kromosomipoikkeavuuksia. Tut-kimusta käytetään myös diagnoosivaiheen tutkimuksena leukemiapotilaille vakiotranslokaatioiden, deleetioiden/duplikaatioiden ja inversioiden toteami-seksi.

Indikaatiot: Epäily hematologisesta maligniteetista.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä tai 1 cm3 kokoinen kudospala

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH). Tutkimuksissa voidaan tarpeenmukaankäyttääkromosomispesifisiämaalaus-taisentromeerikoet-timiasekäeräidenspesifistenmuutosten,esim.translokaatioidenkatkoskoh-tiinpaikantuvialokusspesifisiäkoettimia,esim.ABL1/BCR,TEL/AML1,PML/RARA, ETO/AML1, MLL, p16, CBFB.

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

Page 113: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

113

HEMATOLOGISEN POTILAAN KIMERISMITUTKIMUS

Lyhenne: FISH-XY (11877)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Allogeenisen siirron jälkeinen kimerismitutkimus, kun luovuttaja on eri suku-puolta.

Indikaatiot: Allogeenisen siirron jälkeinen kimerismitutkimus

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä tai 5 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 1-2 viikkoa, kiireellisenä 5 vrk.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

HEPATIITTI A-VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HAVAb (3346), S-HAVAbM (1602)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hepatiitti A-virusinfektio on varmimmin todettavissa IgM-luokan vasta-aineis-ta, jotka ilmestyvät verenkiertoon heti taudin alussa jo ennen ikteruksen puh-keamista ja säilyvät 1–4 kk ajan. IgM-vaste todetaan hepatiitti A:ssa säännön-mukaisesti. IgG-vasta-aineita käytetään lähinnä immuniteetin toteamiseen.

Indikaatiot: Virushepatiittien diagnostiikka. Immuniteetin selvittäminen.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (ELFA) menetelmä kokonaisvasta-aineiden määrit-tämiseksi,sekätarvittaessaspesifinenIgM-määritys.

Page 114: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

114

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. IgM on normaalisti negatiivinen. Positii-vinen IgM-löydös on osoitus tuoreesta hepatiitti A-virusinfektiosta. IgG osoit-taa joskus sairastetun infektion tai rokotuksen ja on osoitus immuniteetista.

HEPATIITTI B-VIRUSTUTKIMUKSET

Lyhenne: S-HBsAg (1605) (pinta-antigeeni) S-HBeAg (1604) (e-antigeeni) S-HBsAb (1608) (pinta-antigeenin vasta-aine) S-HBeAb (1607) (e-antigeenin vasta-aine) S-HBcAb (1606) (ydinantigeenin vasta-aine) S-HBcAbM (3347) (ydinantigeenin IgM-luokan vasta-aine)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hepatiitti B-viruksen (HBV) aiheuttama infektio johtaa sen pinta-antigeenin (HBsAg) ilmaantumiseen vereen. Normaalisti HBsAg häviää verenkierrosta taudin parantuessa noin 1–2 kuukaudessa. Osalla potilaista tauti ei parane, vaan jää krooniseksi, jolloin HBsAg jää verenkiertoon. Tällainen henkilö voi olla joko oireeton kantaja tai hänellä voi olla eriasteisia maksan toiminnan häiriöitä.

Indikaatiot: Virushepatiittien diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 2–3 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA tai ELFA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Positiivinen HBs-antigeenilöydös on osoituksena joko akuutista tai kroonises-

ta hepatiitti B-virusinfektiosta. HBeAg positiivinen; tulos viittaa huomattavaan tartutta-vuuteen HbeAb positiivinen; tulos viittaa alhaisempaan tartutta-vuuteen Tartuttavuuden selvittämiseksi tehdään aina molemmat (S-HBeAg, S-HBeAb)

tutkimukset. HBsAb positiivinen; immuniteetin osoitus, potilas on sairastanut hepatiitti B-

virusinfektion aikaisemmin tai hän on rokotettu. HbcAb positiivinen; potilas sairastaa tai on sairastanut hepatiitti B-virusinfekti-

on. HBcAbM positiivinen; potilaalla on tuore hepatiitti B-virusinfektio.

Page 115: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

115

HEPATIITTI C-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVALITATIIVINEN

Lyhenne: S-HCVNhO (4314), HCVNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476.

Yleistä: PCR-menetelmä plasmasta soveltuu nopeasti tartunnan jälkeen infektion to-teamiseen, ja myöhemmin vasta-ainepositiivisilla potilailla infektion seuran-taan.

Indikaatiot: HCV-infektion osoittaminen

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kudosnäytteet keittosuolassa.

Näyte: 2 ml seerumia tai plasmaa (ei hepariiniplasmaa), kudosnäyte

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan laboratorioon mahdollisimman nopeasti. Näytettä voi-daan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakas-tettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tu-los valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen.Vasta-ainepositiivisella potilaalla negatiivinen PCR-tulos ei sulje pois potilaan tartuttavuutta, koska viruksen genomin määrä voi olla alle detektioherkkyyden.

HEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HCVAb (3815)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hepatiitti C on yleisin veren välityksellä tarttuvan ns. non-A, non-B-hepatiitin aiheuttajista. Hepatiitti C-virusta ei ole onnistuttu viljelemään, mutta vasta-aineita voidaan mitata käyttäen geeniteknologisesti tuotettuja antigeeneja. Vasta-aineet näitä kohtaan ilmestyvät verenkiertoon myöhään, verensiirtohe-patiitissa jopa 4–6 kk tartunnasta ja 15 viikkoa oireiden alusta.

Indikaatiot: Virushepatiittien, erityisesti kroonisten hepatiittien diagnostiikka. Viruksen kantajien etsiminen.

Page 116: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

116

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA).

Tekotiheys: 4–5 kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen, + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Vasta-ainepo-sitiiviinen tulos varmennetaan toisella testillä.

Positiivinen löydös on osoitus sairastetusta hepatiitti C -virusinfektiosta.

HEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS

Lyhenne: HCVAbCt (1749)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hepatiitti C on yleisin veren välityksellä tarttuvan ns. non-A, non-B-hepatiitin aiheuttajista. Hepatiitti C-virusta ei ole onnistuttu viljelemään, mutta vasta-aineita voidaan mitata käyttäen geeniteknologisesti tuotettuja antigeeneja. Vasta-aineet näitä kohtaan ilmestyvät verenkiertoon myöhään, verensiirtohe-patiitissa jopa 4–6 kk tartunnasta ja 15 viikkoa oireiden alusta.

Indikaatiot: Virushepatiittien diagnostiikassa tarvittaessa positiivisen vasta-ainetuloksen (S-HCVAb) varmistamiseksi.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Immunoblot-menetelmä.

Tekotiheys: Tarvittaessa.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen, + lausunto. Positiivinen löydös on osoitus hepatiitti C -virusinfektiosta.

Page 117: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

117

HERPES SIMPLEX-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: Li-HSVNhO (4404), HSVNhO (1860)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR likvorinäytteestä on ensisijainen menetelmä keskushermoston herpesvi-rusinfektioiden osoittamiseksi. Herpes simplex-virus (HSV) löytyy varmimmin ensimmäisen ja toisen sairausviikon aikana enkefaliitti- ja meningiittitapauk-sissa. Asikloviirihoito ei heikennä PCR-testin diagnostista osuvuutta. Suurin osa aikuisten herpesenkefaliiteista on tyyppi 1:n (HSV-1) aiheuttamia, kun taas vastasyntyneillä on usein aiheuttajana HSV-2. Käytetty PCR-menetelmä pystyy osoittamaan kummatkin näistä viruksista.

Indikaatiot: Keskushermoston HSV-infektioepäilyt (enkefaliitit, meningiitit), vastasynty-neen HSV-infektioepäily.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Likvoria 0.5–1.0 ml. Näytteenotossa on erityisesti varottava kontaminaatiota johtuen menetelmän herkkyydestä. Siksi näytettä otettaessa on käytettävä suojusta(maskia)kasvoilla jakertakäyttöhansikkaita.Pistokohtaondesinfi-oitava etanolilla tms. pyyhkien. Näytteen ottajana ei voi toimia huuliherpestä tai HSV-kynsivallintulehdusta parhaillaan poteva henkilö. Tutkimus voidaan tehdä myös muista näytemateriaaleista, kuten lapsivesinäytteestä. Rakkula-näytteestä ensisijainen tutkimusmenetelmä on herpes-simplex-virus pikavilje-ly. Virus kasvaa huonosti likvorinäytteestä.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekopäivänä. Aamulla klo 08.00 mennessä tulleet näytteet tutkitaan samana päivänä.

Tulkinta: Normaalisti negatiivinen. HSV-DNA:n löytyminen on merkki HSV:n aiheutta-masta infektiosta.

Page 118: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

118

HERPES SIMPLEX-VIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: -HSVPVi (4401)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Viljely on ylivoimaisesti herkin ja luotettavin menetelmä etenkin genitaalialu-een herpesinfektioiden diagnostiikassa, joten viljelyä tulee käyttää ensisijaise-na laboratoriomenetelmänä.

Indikaatiot: Herpesvirusinfektioiden (mm. rakkulaiset iho- ja limakalvoinfektiot, kervisiitti, uretriitti, keratiitti) diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin la-boratoriosta (02-333 7463). Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Näyte otetaan infektoituneelta alueelta tuoreesta rakkulasta. Näytteenottoti-kulla rikotaan rakkulan pinta ja pyritään saamaan näytteeseen infektoituneita soluja rakkulan pohjasta. Tikku katkaistaan kuljetusnestettä sisältävään put-keen. Jos rakkuloita ei ole näytteenottohetkellä näkyvissä, näyte kannattaa ottaa siltä alueelta, jossa rakkuloita on ollut, eikä automaattisesti esim. cervi-xistä.

Selkäydinnestenäytteistä PCR on aina ensisijainen tutkimusmenetelmä.

Lähetys: Suositeltavaa olisi toimittaa näyte laboratorioon mahdollisimman pian. HSV kestää kuitenkin melko hyvin parin päivän säilytyksen +4°C:ssa, esim viikon-lopun yli jääkaapissa. Näytettä ei tule pakastaa. Pitkäaikaisessa kuljetukses-sa kylmäastian käyttö on suositeltavaa.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Yhden vuorokauden viljelyn jälkeen in-fektoidusta solukosta suoritetaan immunoperoksidaasivärjäys HSV-1- ja HSV-2-tyyppispesifisillämonoklonaalisillavasta-aineilla.

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Tulos valmiina normaalisti seuraavana päivänä näytteen saapumisesta.

Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) /negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus joko primaarista tai rekurroivasta herpes simp-

lex-virusinfektiosta. Viruksen kantajat saattavat erittää virusta ilman paikallis-oireita.

Page 119: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

119

HERPES SIMPLEX-VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HSVAb (1615), Li-HSVAb (4407)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Serologiset menetelmät soveltuvat pääsääntöisesti vain primaarien herpesin-fektioiden diagnostiikkaan, koska rekurrenssit eivät yleensä aiheuta mitatta-vissa olevia muutoksia vasta-ainetasoissa. Käytetty menetelmä mittaa sekä HSV-1- että HSV-2-vasta-aineita, joten aikaisemmin sairastettu HSV-1-infek-tio häiritsee primaarin HSV-2-infektion serologista diagnostiikkaa.

Indikaatiot: Primaarien herpesvirusinfektioiden (rakkulaiset iho- ja limakalvoinfektiot, ker-visiitti, uretriitti, keratiitti) diagnostiikka, keskushermostoinfektioiden diagnos-tiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen herpes simplex-virusinfektion. Useimmat saavat tartunnan jo lapsuudessa. Aikuisväestöstä suunnilleen puolella on HSV-IgG-vasta-aineita. IgM-vasta-ainelöydös on normaalisti negatiivinen. Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu tai po-sitiivinen IgM-vasta-ainelöydös viittaavat aktiiviin herpes simplex-virusinfek-tioon. Negatiivinen löydös ei sulje pois aktiivia infektiota. Herpes simplex- ja vesirokkovirusten välillä esiintyy jonkin verran ristireaktiivisuutta, joka ei kui-tenkaan yleensä häiritse serologista diagnostiikkaa.

HERPES SIMPLEX-VIRUS 1 JA 2, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HSV1AbG (1862), S-HSV2AbG (1864), Li-HSV1AbG (1861), Li-HSV2AbG (1863)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Käytettävissäolevallamenetelmällävoidaanmäärittää tyyppispesifiset IgG-

Page 120: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

120

luokan vasta-aineet HSV-1- ja HSV-2-viruksille. Herpes simplex-viljelynäyte on ensisijainen näyte rakkulainfektiossa.

Indikaatiot: Pyrittäessä selvittämään, onko potilas sairastanut HSV-1- vai HSV-2-virusin-fektion.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1,0 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: HSV-1- ja HSV-2-IgG vasta-aineet positiivinen/negatiivinen + lausunto. Po-sitiivinen HSV-1- tai HSV-2-IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen HSV-1- tai HSV-2-virusinfektion.

päivitetty 9.9.2010/kr

LI-HERPESVIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS PCR)

Lyhenne: Li-HVirNhO (HSV1NhO, Li-HSV2NhO, Li-VZVNhO, Li-EBVNhO, Li-CMVN-hO, Li-HHV6NhO, Li-HHV7NhO)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: PCR-menetelmä soveltuu seitsemän herpesviruksen samanaikaiseen osoi-tukseen likvorinäytteistä.

Indikaatiot: Keskushermostoinfektioiden diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Likvoria 0.5–1.0 ml. Näytteenotossa on erityisesti varottava kontaminaatiota johtuen menetelmän herkkyydestä. Siksi näytettä otettaessa on käytettävä suojusta(maskia)kasvoilla jakertakäyttöhansikkaita.Pistokohtaondesinfi-oitava etanolilla tms. pyyhkien. Näytteen ottajana ei voi toimia huuliherpestä tai HSV-kynsivallintulehdusta parhaillaan poteva henkilö. Tutkimus voidaan tehdä myös esim. verinäytteestä (-HVirNhO).

Page 121: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

121

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekopäivänä. Aamulla klo 08.00 mennessä tulleet näytteet tutkitaan samana päivänä.

Tulkinta: Tunnistettu virus/negatiivinen ja lausunto

HERPESVIRUS 6 (HHV-6), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: Li-HHV6NhO (1869), HHV6NhO (1752)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476.

Yleistä: PCR eli geenimonistus likvornäytteestä on virusviljelyä herkempi menetel-mä keskushermoston herpesvirus-infektioiden osoittamiseksi. Herpesvirus-6-PCR soveltuu myös luuydinnäytteiden tutkimiseen, esimerkiksi immuu-nipuutteisten potilaiden infektiotapausten selvittelyssä. Verinäytteistä tehdyn HHV-6-DNA-määrityksen kliininen merkitys on vaikeasti arvioitavissa.

Indikaatiot: Residivoivat kuumekouristukset, keskushermoston HHV-6-infektioepäilyt (en-kefaliitit, meningiitit), vastasyntyneen HHV-6-infektioepäily, immuunipuutteis-ten infektiot.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki (ks. alla). Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Likvoria (0,5–) 1.0 ml. Näytteenotossa on erityisesti varottava kontaminaatiota johtuen menetelmän herkkyydestä. Siksi näytettä otettaessa on käytettävä suojusta (maskia) kasvoilla ja kertakäyttöhansikkaita. Luuydinnäytteitä, BAL-näytteitä sekä kudospaloja voidaan tutkia esim. immuunipuutteisten potilai-den infektiodiagnostiikassa.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Page 122: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

122

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekopäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. HHV-6-DNA:n löytyminen viittaa HHV-6:n aiheuttamaan infektioon.

HERPESVIRUS 6, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HHV6Ab (4409), Li-HHV6Ab (1870)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Primaari-infektio, yleensä vauvarokko tai epäselvä kuumeilu, sairastetaan varhaislapsuudessa. Kaksivuotiaista n. 90% on vasta-ainepositiivisia.

Indikaatiot: Vauvarokko, epäselvä kuumeilu, mononukleoosi, hepatiitti

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1,0 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (IgG EIA, IgM IF)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen HHV-6-infektion. Nelinkertainen nousu pariseerumien välillä tai positiivinen IgM-tulos on osoitus tuoreesta infektiosta. IgG-luokan vasta-aineiden matala aviditeetti viittaa myös tuoreeseen tai äskettäiseen infektioon.

HISTONI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HistAb (3548)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Histonit ovat emäksisiä tumaproteiineja, joita vastaan esiintyy vasta-aineita erityisesti lääkeaineiden indusoi-massa lupuksessa (LED). Tutkimuksella on merkitystäyhdessämuidentumaspesi-fistenvasta-aineidenkanssatutkittu-na.

Ks. myös DNA-VA, TUMA-VA, TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS, ENA- JA TUMAVASTA-AINEIDEN ANALYYSI.

Page 123: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

123

Indikaatiot: Autoimmuunitautien diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Menetelmä: INNOLIA (immunoblottaus)

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastataan positiivinen tai negatiivinen. Histoneja vastaan esiintyy vasta-ainei-ta yli 95 %:lla potilaista, joilla on lääkeaineiden aiheuttama lupus erythemato-sus (LE) (Suomessa nykyään harvinainen tauti). Lisäksi vasta-aineita voidaan tavata myös systeemistä lupusta (SLE) sairastavilla potilailla.

Lääkeaineiden aiheuttamassa LE:ssa ei yleensä esiinny vasta-aineita natii-via DNA:ta kohtaan, mutta saattaa esiintyä vasta-aineita denaturoitua DNA:ta kohtaan.

Kirjallisuus: Fritzler MJ, Tan EM. J Clin Invest 1978;62:560 Rubin RL. Enzyme-llinked immunosorbent asssay for anti-DNA and antihistone

antibodies. In: Manual of Clinical Laboratory Immunology (3rd ed.), NR Rose, H Friedman, JF Fahey (eds.), p. 744, Am. Soc. Microbiol, Washington D.C., 1986.

HI-VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HIVAgAb (3473), Li-HIVAgAb (3637)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: HI-virusvasta-aineet ilmestyvät verenkiertoon tavallisimmin 2–8 viikon kuluttua tartunnasta, joten negatiivinen vasta-ainelöydös ei sulje pois tuoreen tartunnan mahdollisuutta. Ilmestyttyään vasta-aineet säilyvät normaalisti verenkierrossa pysyvästi. Vasta-ainepositiivista henkilöä on pidettävä tartuntavaarallisena riip-pumatta siitä, onko hänellä oireita vai ei.

Indikaatiot: HIV-infektion diagnostiikka ja kantajien toteaminen.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Muista veritartuntavaara.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA ja ELFA)

Page 124: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

124

Reaktiiviset tulokset varmennetaan.

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Negatiivinen tulos on valmiina testin suorituspäivänä, positiivinen varmennettu tulos 1–2 viikon kuluttua.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Kaikki primaaristi reaktiiviset tulokset varmenne-taan tekemällä ns. immunoblotting-testi. Vastausta seuraa lausunto. Normaa-listi negatiivinen. Varmennettu positiivinen tulos osoittaa potilaan sairastavan HI-virusinfektiota. Yksittäisissä tapauksissa on vasta-ainelöydöksen todettu voivan säilyä negatiivisena kuukausia infektiosta huolimatta, joten negatiivi-nen tulos ei ehdottomalla varmuudella sulje pois HIV-infektiota.

HI-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS (SEULOTTU NÄYTE)

Lyhenne: HIVAbCt (1754)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Indikaatiot: Positiivisen HIV-vasta-ainetuloksen varmistaminen.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Normaali seeruminäyte Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Muista veritartuntavaara. Puhdas lasi- tai muoviputki

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Immunoblot-menetelmä

Tekotiheys: Tarvittaessa.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen. Tuloksista annetaan lausunto.

B-HLADRDq TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS

Lyhenne: B-HLADRDq (12560)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: HLA-luokka II -alueella sijaitsevat useiden autoimmuunitautien kohdalla sai-rastumisalttiutta säätelevät geenit. Näihin kuuluvat mm. tyypin 1 diabetes, keliakia, nivelreuma, juveniilireuma, autoimmuunityreoidiitti ja multippeliskle-roosi, joissa eri HLA-DR- ja/tai –Dq-alleeleilla on tärkeä merkitys sairastumis-riskin määrääjinä.

Indikaatiot: Perinnöllisen sairastumisalttiuden arviointi autoimmuunitaudeissa.

Page 125: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

125

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Näyte säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, +4ºC tai -20ºC lämpötiloissa.

Menetelmä: DNA-hybridisaatioon perustuvilla menetelmillä määritetään HLA-DR-Dq-hap-lotyypit tutkimalla HLA-DQB1-, -DQA1- ja -DRB1-alleelien polymorfismeja.Käytössä on pääsääntöisesti matalan resoluution menetelmä, jossa tavalliset haplotyypit pitkälti päätellään tunnettujen kytkentöjen pohjalta. Tautialttiuden kannalta tärkeiksi tiedetyt alleelit kuitenkin määritetään tarkemmin. Esimerkki-nä DR4-alatyypit, joissa alatyyppien tiedetään eroavan vaikutuksessaan tyy-pin 1 diabeteksen ja nivelreuman riskiin.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan HLA-DR-Dq-haplotyyppien muodostama geno-tyyppi. Suluissa ilmoitetaan kytkentöjen perusteella päätellyt variantit ja al-leelinimistöä käyttäen määritetyt alleelit. Esimerkiksi HLA-(DR3)-DqA1*05-DqB1*02-haplotyyppi on keliakialle, tyypin 1 diabetekselle ja autoimmuuni-tyreoidiitille altistava, HLA-DRB1*0401-DqB1*0302 tyypin 1 diabetekselle ja nivelreumalle altistava haplotyyppi, HLA-(DR15)-DqB1*0602 multippeliskle-roosille altistava haplotyyppi.

Kirjallisuus: Hermann R, Turpeinen H, Laine AP, Veijola R, Knip M, Simell O, Sipilä I, Åker-blom HK, Ilonen J. HLA DR-Dq encoded genetic determinants of childhood-onset type 1 diabetes in Finland. An analysis of 622 nuclear families. Tissue Antigens 2003;62:162-9

Klein J, Sato A. The HLA system. Second of two parts. N Engl J Med 2000;343:782-6

HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, KELIAKIA

Lyhenne: B-HLAKeli (4640)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: Alttius keliakiaan liittyy voimakkaasti HLA-DqB1*02-alleeliin ja erityisesti he-terodimeerimolekyyliä koodaavaan DqA1*05-DqB1*02 geeniyhdistelmään. 91–98 %:lla potilaista on raportoitu DqB1*02-alleeli ja 87–95 %:lla DqA1*05-DqB1*02 yhdistelmä. Vastaavat luvut taustaväestöllä ovat 24–43 % ja 16–39 %. Valtaosa DqB1*02 negatiivisista potilaista on DqB1*0302 positiivisia.

Kyseisten HLA-alleelien määrittämistä voidaan siten käyttää tukena keliakian diagnostiikassa ja arvioitaessa henkilön perinnöllistä sairastumisalttiutta esi-merkiksi keliakiapotilaiden perheenjäsenissä.

Ks. myös Keliakiavasta-ainetutkimukset.

Indikaatiot: Keliakiariskin arvioiminen. Apuna keliakian diagnostiikassa.

Page 126: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

126

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: Kaksivaiheisilla PCR-monistukseen ja DNA-hybridisaatioon perustuvil-la menetelmillä tutkitaan näytteestä onko henkilö positiivinen DqB1*02-, DqB1*0302- ja DqA1*05-alleelien suhteen.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Vastaukset ovat valmiina viikon kuluttua.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan genotyyppi tutkittujen alleelien suhteen. Vastauk-seen liittyy lausunto. DqA1*05 tutkitaan vain jos DqB1*02 on positiivinen, koska sillä ei yksinään ole merkitystä. Erikoislääkärin konsultaatio puh. (02) 3337028.Email:[email protected]

Kirjallisuus: Wolters VM & Wijmenga C. Genetic background of celiac disease and its clinical implications. Clinical Review. Am J Gastroenterol 2008;103:190-195

HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, IDDM

Lyhenne: B-HLA-IDDM (10529)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: Alttiuden sairastua insuliinista riippuvaiseen l. tyypin 1 diabetekseen tiede-tään liittyvän voimakkaasti tiettyihin HLA-alueen geeneihin. Voidaan erottaa sekä taudille eriasteisesti altistavia että siltä suojaavia tekijöitä. Määrittämällä henkilön verinäytteestä HLA-DR- ja –Dq-geenilokusten tautialttiuteen liittyvät alleelit voidaan tehdä arvio hänen perinnöllisestä sairastumisalttiudestaan.

Indikaatiot: Tyypin 1 diabeteksen perinnöllisen sairastumisriskin arviointi.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Näyte säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: DNA-hybridisaatioon perustuvilla menetelmillä tutkitaan näytteestä sarja HLA-DRB1-, -DqA1- ja -DqB1-alleeleita, jotka määrittävät tyypin 1 diabetekselle altistavat ja siltä suojaavat luokka II HLA-haplotyypit.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Vastaukset ovat valmiit noin viikon kuluttua.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan HLA DR-Dq-genotyyppi sekä lausunto sairastumisris-kistä.

Kirjallisuus: Ilonen J. Tyypin 1 diabetes ja geenit. Duodecim 2004;120:1139-1145

Page 127: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

127

HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, NARKOLEPSIA-DR2

Lyhenne: B-HLA-DR2

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: 85-95% narkolepsiapotilaista on positiivisia HLA-DR2-Dq6-haplotyypin ja spesifisemminDQB1*0602-alleelin suhteen.Samaalleeli liittyymyösalttiu-teen sairastua multippeliskleroosiin ja toisaalta estää voimakkaasti insuliinista riippuvaisen diabeteksen kehittymistä.

Indikaatiot: Apuna narkolepsian diagnostiikassa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Säilyy useita päiviä huoneen lämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: PCR-geenimonistukseen ja DNA-hybridisaatioon perustuvilla menetelmillä tutkitaan, onko henkilö positiivinen DqB1*0602-alleelin suhteen.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Vastaukset ovat valmiit viikon kuluttua.

Tulkinta: DR15(2)-Dq6 positiivinen / negatiivinen. Positiivisuus tarkoittaa, että potilas on DqB1*0602-alleelin suhteen positiivinen. Erikoislääkärin konsultaatio puh. (02) 3337 028.

Kirjallisuus: Dauvilliers Y, Arnulf I, Mignot E. Narcolepsy with cataplexy. Lancet 2007:369:499-511

HSP-70 VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS

Lyhenne: S-HSP70Ab (12432) Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, (02) 333 7526

Yleistä: Äkillinen kuulon menetys, voi johtua geneettisistä syistä, infektioista tai im-munologisesta tulehduksesta. Tämä bilateraalinen progressiivinen sensori-neuraalinen kuulon heikkeneminen voi iän mukana johtaa kuulon menetyk-seen. Osalla potilaista oireet kehittyvät nopeasti päivien tai kuukausien aika-na. Koska osalla (30–60 %) näistä potilaista kortikosteroidit voivat pysäyttää kuulon alenemisen, on esitetty, että kyseessä on spesifinen autoimmuuni-reaktio sisäkorvan antigeeneja kohtaa. Primaarin sisäkorvaan kohdistuvan autoimmuunireaktion lisäksi äkillinen kuulon menetys voi liittyä systeemisiin autoimmuunisairauksiin (SLE, skleroderma, reuma, Sjögrenin syndrooma) tai vaskuliitteihin (Wegenerin granulomatoosi).

Noin 30 %:lla potilaista, joilla on äkillinen bilateraalinen kuulon menetys esiin-tyy vasta-aineita HSP70 (heat schock protein) antigeenia kohtaan. Aktiivises-

Page 128: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

128

sa sisäkorvan tulehduksessa vasta-aineita voi esiintyä yli 80 %:lla. Näistä potilaista jopa 75 %:lla on raportoitu hyvä vaste kortikosteroidihoidolle.

Indikaatiot: Äkillisen bilateraalisen kuulonmenetyksen syyn selvittä-minen ja kortikosteroi-

divasteen arviointi.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlä pö-tilassa.

Menetelmät: Line-immunoassay (Immunoblot). Tekotiheys: Arkipäivisin 24 tunnin kuluessa näytteen saapumisesta.

Tulkinta: Viitealue: negatiivinen. Tutkimuksesta annetaan lausunto. Noin 30 %:lla potilaista, joilla on äkillinen bilateraalinen kuulon menetys esiin-

tyy vasta-aineita HSP70 (heat schock protein) antigeenia kohtaan (HUOM: oireet voivat alkaa unilateraalisena). Jos sisäkorvan tulehdus on aktiivinen vasta-aineita voi esiintyä yli 80 %:lla.

Kirjallisuus: Nadal JB. Hearing loss. N Engl J Med. 1993;329:1092 1102 McCabe BF. Autoimmune sensorineural hearing loss. Ann Otol 1979;88:585–89 Harris JP, Sharp PA. Inner ear autoantibodies in patients with rapidly progres-

sive sensorineural hearing loss. Laryngoscope 1990;99:437–444 Hirose K, Wener MH, Duckert LG. Utility of laboratory testing in autoimmune

inner ear disease. Laryngoscope 1999;109:1749–54.

HUMAN HERPES VIRUS 7, VASTA-AINEETLyhenne: S-HHV7Ab (4585), Li-HHV7Ab (4584)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333, lääkäri: (02) 333

Yleistä: HHV7 primaari-infketio sairastetaan yleensä n. neljänteen ikävuoteen men-nessä. Infektio on usein subkliininen tai ilmenee kuumetautina.

Indikaatiot: Vauvarokko, ihottuma, lymfadenopatia, epäselvä kuume, maksaoireet, kes-kushermosto-oireet.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Pariseerumi (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0.5-1 ml.

Menetelmä: IFA, IgG luokan vasta-aineet

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Serokonverssio tai nelinkertainen titterinousu pariseerumeissa on osoitus tuo-reesta infektiosta.

Page 129: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

129

HUMAN T-CELL LEUCEMIA VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-HTLVAb (4119)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: HTLV-infektion on kuvattu liityvän mm T- ja B-soluleukemiaan, krooniseen lymfaedeniittiin, sekä joihinkin neurologisiin tauteihin. HTLV-infektio voi olla oireeton vuosia.

Indikaatiot: Ihmisen T-soluleukemiaviruksen, tyypit 1 ja 2, diagnostiikka ja seulonta.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Seeruminäyte

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: EIA tai immunoblot

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti 1–2 työpäivän aikana.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen. Positiivinen tulos osoittaa potilaan sairastavan HTLV-infektiota.

HUNTINGTONIN TAUTI (HD), IT-15-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -HUNT-D (4656) Ts-HUNT-D (12211)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Huntingtonin tauti (HD) on autosomissa vallitsevasti periytyvä keskushermos-ton sairaus, johon liittyvät mm. psykiatriset oireet, ataksia, pakkoliikkeet ja de-mentia. Tauti puhkeaa keskimäärin 40-vuotiaana, joskin oireiden esiintuloajan variaatio ulottuu aina juveniilista tautimuodosta vasta vanhuudessa alkaviin oireisiin. Tautigeenin, IT-15 (hTT), sairautta aiheuttava mutaatio on luonteel-taan CAG-toistojaksoalueen laajenema.

Normaalisti toistojaksoja on 6-35, HD-potilailla toistojaksoja on tavallisesti ≥40.Välimuotoisiinalleeleihin(36-39toistojaksoa)liittyyalentunutpenetrans-si. (EMqN, Best Practice Guidelines). Taudin puhkeamisikä korreloi osittain

Page 130: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

130

toistojaksojen määrään (antisipaatio). Huntingtonin taudissa uudet mutaatiot ovat harvinaisia. Niitä voi kuitenkin syntyä suurista normaalivariaatioalueen alleeleista (27-35 CAG-jaksoa), joilla on suurempi todennäköisyys periytyä meioottisesti epästabiilisti.

Indikaatiot: Kliininen epäily Huntingtonin taudista. Prediktiiviset testit perheissä, joissa esiintyy Huntingtonin tautia.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: CAG-toistojaksoalueen PCR-monistus ja alleelien koon määritys PAGE-ana-lyysillä. Varmistusanalyysinä tarvittaessa Southern blotting -hybridisaatio.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Yli 35 CAG-toistojakson monistuman löytyminen oireiselta potilaalta sopii Huntingtonin tautiin.

HUNTINGTONIN TAUTI 2 (HDL2), JPh3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -HUNT2-D (12005) Ts-HUNT2-D (12212)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Huntingtonin taudin kaltainen sairaus (Huntington disease-like 2, HDL2) ku-vattiin vuonna 2001 isossa suvussa, jossa sairauden periytyminen noudatti autosomaalista vallitsevaa mallia, mutta potilailla ei havaittu klassista Hun-tingtonin tautiin liittyvää IT-15 (hTT) -geenin CAG-toistojaksomutaatiota. Sai-rauden puhkeamisikä on tavallisesti neljännellä vuosikymmenellä. Psykiatris-ten oireiden lisäksi potilailla havaitaan tahdottomia liikkeitä, poikkeavuuksia tahdonalaisissa liikkeissä, painonlaskua ja dementiaa. MRI ja neuropato-logiset tutkimukset paljastavat huomattavaa striatumin atrofiaa sekä lievääkortikaalistaatrofiaa.Tautigeenionjunktofiliini3-geeni(JPh3). Potilailla on havaittavissa CAG/CTG-toistojaksoalueen monistuma tässä geenissä, mut-ta geenin vaihtoehtoisen pujonnan takia ei ole vielä täysin selvää mikä on toistojaksomonistuman vaikutus geenituotteeseen. Normaalisti toistojaksojen määrä on 6-27, potilailla niitä esiintyy tavallisesti yli 40.

Tähän mennessä kuvatut potilaat ovat olleet etniseltä taustaltaan afroamerik-kalaisia tai afrikkalaisia.

Indikaatiot: Kliininen epäily Huntingtonin taudista potilaalla, jolla on saatu normaali tulos

Page 131: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

131

Huntingtonin tautiin liittyvän IT-15-geenin CAG-toistojaksoanalyysissä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: JPh3-geenin toistojaksoalueen PCR-monistus ja alleelien kokoerottelu PA-

GE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Toistojaksomonistuman löytyminen JPh3-geenistä sopii HDL2-tautiin.

HYPERKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HYPP), SCN4A-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -HYPP-D (11545) Ts-HYPP-D (12213)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hyperkaleeminen periodinen paralyysi (HYPP) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neuromuskulaaritauti, johon liittyy kohtauksittain esiintyvä, halvauk-senomainen lihasheikkous. Noin puolella potilaista on kohtauksen aikana ha-vaittavissa kohonnut seerumin kaliumpitoisuus. Yleensä lähinnä alaraajoihin ja käsivarsiin kohdistuvat halvauskohtaukset voivat alkaa jo varhain, jopa alle vuoden ikäisenä. Potilailla esiintyy usein myös myotoniaa ja joillakin sydämen rytmihäiriöitä. Tauti luokittuu ns. ionikanavataudiksi, ja sen taustalla ovat nat-riumkanavageenin (SCN4A) mutaatiot.

Indikaatiot: Kliininen epäily hyperkaleemisesta periodisesta paralyysistä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SCN4A-geenin eksonien 13, 19 ja 24 PCR-monistus ja restriktioentsyymidi-

gestio p.Thr704Met-, p.Ala1156Thr- ja p.Met1592Val-mutaatioiden testaami-seksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: p.Thr704Met-, p.Ala1156Thr- tai p.Met1592Val-mutaation löytyminen sopii

Page 132: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

132

hyperkaleemiseen periodiseen paralyysiin. Normaali tulos ei sulje pois tautia, sillä kyseessä voi olla myös jokin muu SCN4A-geenin mutaatio.

HYPERORNITINEMIA-GYRATA-ATROFIA (HOGA), OAT-GEENIN LEU402PRO- JA ARG180THR-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -HOGA-D (12006) Ts-HOGA-D (12214)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hyperornitinemia ja gyrata-atrofia eli simänpohjan suoni- ja verkkokalvonpyörörappeuma (HOGA-tauti) on suomalaiseen tautiperintöön kuuluva, au-tosomissa peittyvästi periytyvä sairaus, joka johtaa vaikeaan näkövammai-suuteen. Usein jo ennen kymmenettä ikävuotta alkava likinäköisyys ja hä-märäsokeus ovat ensimmäiset oireet. Likinäköisyys pahenee iän myötä ja potilaille kehittyy posteriorinen harmaakaihi. Näkökenttä kapenee putkimai-seksi usein 40 ikävuoteen mennessä. Joillakin potilailla saattaa esiintyä myös lievää lihasheikkoutta.

Tauti aiheutuu ornitiiniaminotransferaasin (OAT) puutoksesta. Yleisimmät OAT-geenin mutaatiot Suomessa ovat p.Leu402Pro (~90%) ja p.Arg180Thr (~10%).

Indikaatiot: Kliininen epäily HOGA-taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: OAT-geenin eksonien 6 ja 11 PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio p.Leu402Pro- ja p.Arg180Thr-mutaatioiden havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: p.Leu402Pro- tai p.Arg180Thr-mutaation löytyminen homotsygoottina tai yhdistelmäheterotsygoottina sopii HOGA-tautiin. Jos kliinisesti tyypilliseltä HOGA-potilaalta löytyy p.Leu402Pro- tai p.Arg180Thr- mutaatio vain toisesta alleelista, on toisessa alleelissa todennäköisesti jokin muu OAT-geenin mu-taatio.

Page 133: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

133

HYPOKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HOKPP), CACNA1S- JA SCN4A-GEENIEN OSITTAINEN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -HOKPP-D (11546) Ts-HOKPP-D (12215)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hypokaleeminen periodinen paralyysi (HOKPP) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neuromuskulaaritauti, joka luokitellaan ns. ionikanavasairaudeksi. Taudille on ominaista kohtauksittain esiintyvä lihasheikkous, jonka aikana seerumin kaliumpitoisuus on usein alle viitearvojen. Ionikanavien toiminta on potilailla viallinen, mikä aiheuttaa elektrolyyttiepätasapainon ja halvaus-kohtaukset. Tauti on geneettisesti heterogeeninen, ja sen taustalla on aina-kin kahden geenin, kalsiumkanava- (CACNA1S) ja natriumkanava- (SCN4A) geenien, mutaatioita. Taudin penetranssi vaihtelee riippuen siitä, kummas-sa geenissä mutaatio sijaitsee. Lisäksi taudin penetranssi on usein naisilla alempi. Kirjallisuuden mukaan valtaosa (noin 55-80% populaatiosta riippuen) HOKPP-taudin mutaatioista sijaitsee CACNA1S-geenin eksoneissa 11, 21 ja 30 sekä SCN4A-geenin eksoneissa 12 ja 18.

Indikaatiot: Kliininen epäily hypokaleemisesta periodisesta paralyysistä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: CACNA1S-geenin eksonien 11, 21 ja 30 sekä SCN4A-geenin eksonien 12 ja

18 PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10–12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen sopii HOKPP-tautiin. Normaali tulos ei kuitenkaan sul-je pois HOKPP-tautia, sillä taudin taustalla saattaa olla myös muualla CAC-NA1S- tai SCN4A-geenissä sijaitseva mutaatio.

Page 134: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

134

HYPOKONDROPLASIA (HCH), FGFR3-GEENIN ASN540LYS-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -HCH-D (12007) Ts-HCH-D (12218)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Hypokondroplasia (HCH) on autosomissa vallitsevasti periytyvä lyhytkas-vuisuusoireyhtymä, jonka oireet ovat samantyyppiset, mutta lievemmät kuin akondroplasiassa.Tautiaiheutuuuseimmitenmutaatioistafibroblastikasvute-kijäreseptori 3 -geenissä (FGFR3). Noin 50 %:lla potilaista on toinen kah-desta pistemutaatiosta, c.1620C>A tai c.1620C>G. Molemmat näistä johta-vat aminohappopositiossa 540 olevan asparagiinin muuttumiseen lysiiniksi (p.Asn540Lys). Hypokondroplasia on geneettisesti heterogeeninen, sillä osal-la perheistä tauti ei kytkeydy 4p16-alueen FGFR3-geeniin.

Indikaatiot: Kliininen epäily hypokondroplasiasta.

Lähete: DNA-tutkimuslähete. Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR3-geenin PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio c.1620C>A ja c.1620C>G-mutaatioiden havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen varmistaa HCH-diagnoosin, mutta normaali tulos ei sul-je pois kliinistä diagnoosia.

IBD-TUTKIMUS

Lyhenne: S -IBD-T (12430)

Tiedustelut: Laboratorio: (02)3337422, lääkäri: (02)3337526

Yleistä: Sisältää: S-ASCA (4880): Saccharomyces cerevisiae, vasta-aineet S-ANCA(3612):Neutrofiiliensytoplasma-antigeeni,va S-MPOAbG (4149): Myeloperoksidaasi, vasta-aineet

Kroonisten tulehduksellisten suolistosairauksien, IBD:n eli Crohnin taudin (CD) ja haavaisen paksunsuolen tulehduksen (UC) sekä tarkemmin määrit-

Page 135: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

135

telemättömän paksunsuolen tulehduksen (IC) ilmaantuvuus on lisääntynyt. Suomessa IBD lisääntyi lapsipotilailla lähes kaksinkertaiseksi n. 20 vuodessa (3.9/100000 v. 1987 ja 7.0 /100000 v. 2003).

Erityisesti lapsilla IBD:n diagnoosin teossa on apua uusista serologisista tes-teistä. Crohnin taudissa esiintyy Saccharomyces cerevisiae (ASCA) vasta-aineita n. 50 %:lla potilaista. Ulseratiivisessa koliitissa ASCA vasta-aineet ovat harvoin positiivisia. Sen sijaan UC:ssa esiintyy 60 %:lla p-ANCA, joka on posi-tiivinen vain n. 10 %:lla CD-potilaista.

Indikaatiot: Kroonisten suolistotulehdusten diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 ml verta tai 1 ml seerumia.

Menetelmä: ASCA: IgA- ja IgG-luokan vasta-aineiden määrittäminen. Entsyymi-immunologinen (ELISA) menetelmä.

ANCA:p-ANCAjac-ANCA,immunofluoresenssi. MPOAb:fluoroimmunoassay(FEIA).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealueet: ASCA: negatiivinen <20, raja-arvo 20–25, positiivinen >25 AU. ANCA: negatiivinen <20, raja-arvo 20, positiivinen >20 (tiitteri). MPOAb: negatiivinen <3,5 IU/ml, raja-arvo 3,5–5 IU/ml, positiivinen >5 IU/ml. ASCAvasta-aineidenspesifisyysCrohnintaudilleon90%,muttavainn.50%

potilaista on ASCA-positiivisia. ASCA vasta-aineita esiintyy n. 10 %:lla ulsera-tiivista koliittia sairastavilla potilailla.

Ulseratiivisessa koliitissa esiintyy p-ANCA vasta-aineita n. 60 %:lla. Nämä ns. perinukleaarisetANCAvasta-aineetkohdistuvatmuihinneutrofiilienantigee-neihin kuin myeloperoksidaasiin (MPO), joka liittyy pienten suonten vaskuliit-teihin.

ASCA+/p-ANCA-negtuloson92–97%spesifinenCrohnintaudille jap-AN-CA+/ASCA-negtuloson92–97%spesifinenulseratiivisellekoliitille(Rutgeers& Vermeire 2000).

Ks. myös S-ANCA tutkimus.

Kirjallisuus: RutgeersP,VermeireS:Serologicaldiagnosisofinflammatoryboweldisease.Lancet 2000; 356:2117–8.

Peeters M, Joossens S, Vermeire S et al. Diagnostic value of anti-Saccharo-myccescerevisiaeandantineutrophiliccytoplasmicantibodiesininflammato-ry bowel disease. Am J Gastroenterol 2001;96:730–4.

WiikA.Neutrophil-specificautoantibodiesinchronicinflammatoryboweldise-ases. Autoimmunity Rev 2002;1:67–72.

Page 136: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

136

IHON EPITEELIN TYVIKALVON VASTA-AINEET

Lyhenne: S-IhotAb (1657)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ihon epiteelin tyvikalvon ja väliaineen vasta-aineilla on merkitystä ihon rakku-latautien erotusdiagnostiikassa (pemfigus, pemfigoidi, dermatitis herpetifor-mis, erythema multiforme ja herpes gestationis).

Indikaatiot: Ihon rakkulatautien erotusdiagnostiikka ja hoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan muita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainetutkimus. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voi-daan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, jossa antigeenina on fiksoimatonapinan ruokatorvi. Ihon tyvikalvon ja väliaineen vasta-aineet voidaan tutkia samanaikaisesti. Seerumin alkulaimennus on 1:10.

Tekotiheys: Kerran viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennukset tutkitaan seuraa-valla viikolla.

Tulkinta: Pemfigoidipotilaistayli90%:llaonihonepiteelintyvikalvonkanssareagoivavasta-aine. Tyvikalvon kanssa reagoivia vasta-aineita tavataan joskus myös discoidia lupus erytematosusta sairastavilla potilailla ja herpes gestationikses-sa (jossa vasta-aineet ovat komplementtia sitovia). Muissa rakkulataudeissa ei esiinny ihon epiteelin tyvikalvon vasta-aineita. (Ks. myös S-Ihon epiteelin väliaineen vasta-aineet)

Kirjallisuus: Kiistala U, Oikarinen A. Duodecim 1985; 01:1063. Diaz LA, Provost TT: Dermatologic diseases. In Basic & Clinical Immunology,

5th ed. (DP Stites, JD Stobo, HH Fudenberg, JV Wells, eds.). Lange Medical Publications, Los Altos, 1984, pp 580–597.

IHON EPITEELIN VÄLIAINEEN VASTA-AINEET

Lyhenne: S-IhovAb (1658)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ihon epiteelin tyvikalvon ja väliaineen vasta-aineilla on merkitystä ihon rakku-latautien erotusdiagnostiikassa (pemfigus, pemfigoidi, dermatitis herpetifor-mis, erythema multiforme ja herpes gestationis).

Indikaatiot: Ihon rakkulatautien erotusdiagnostiikka ja taudin aktiviteetin seuranta.

Page 137: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

137

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan muita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainetutkimus. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voi-daan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, jossa antigeenina on fiksoimatonapinan ruokatorvi. Ihon tyvikalvon ja väliaineen vasta-aineet voidaan tutkia samanaikaisesti. Seerumin alkulaimennus on 1:10.

Tekotiheys: Kerran viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennukset tutkitaan seuraa-valla viikolla.

Tulkinta: Pemfigus-ryhmän taudeissayli90%:llapotilaistaonkeratinosyyttienpinta-antigeenin kanssa reagoivia, ns. epiteelin väliaineen vasta-aineita, jonka titteri korreloi taudin aktiviteettiin. Samanlainen vasta-aine voidaan joskus tavata palovammapotilailla, penisilliiniyliherkkyysreaktioiden jälkeen ja ihon sieni-infektioissa. Näissä titterit ovat kuitenkin matalat. Muissa rakkulataudeissa ei esiinny ihon epiteelin väliaineen vasta-aineita. (Ks. myös S-Ihon epiteelin tyvikalvon vasta-aineet).

Kirjallisuus: Kiistala U, Oikarinen A. Duodecim 1985; 01:1063. Diaz LA, Provost TT: Dermatologic diseases. In Basic & Clinical Immunology,

5th ed. (DP Stites, JD Stobo, HH Fudenberg, JV Wells, eds.). Lange Medical Publications, Los Altos, 1984, pp 580–597.

IMMUNOGLOBULIINI G, ALALUOKAT

Lyhenne: S-IgG-Sc (3192)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7423

Yleistä: Antigeenisten eroavaisuuksien perusteella IgG voidaan jakaa neljään alaluok-kaan, joiden suhteelliset osuudet seerumissa ovat seuraavat: IgG1 60–70 %, IgG2 14–20 %, IgG3 4–8 % ja IgG4 2–6 %. Lapsuusiässä IgG1- ja IgG3-tasot kohoavat nopeammin kuin IgG2:n ja IgG4:n. Selektiiviseen IgA:n puutokseen voi liittyä IgG4:n, IgE:n ja IgD:n puutos sekä harvemmin IgG2:n puutos. IgG:n alaluokkien puutoksiin liittyy lisääntynyt infektioalttius. Selektiivisessä IgG2:n ja IgG4:n puutoksessa potilailla on usein toistuvia, jopa vaikeita infektioita, usein H. influenzaen aiheuttamia. IgG3:n puutosta sairastavat potilaat kär-sivät yleensä toistuvista sinuiiteista ja bronkiiteista sekä astmasta. Mikäli IgG3:n puutokseen liittyy IgG1:n puutos, potilailla on usein vaikeampia hen-gitystieinfektioita, jopa obstruktiivisia keuhkosairauksia. Myös selektiiviseen IgG4:n puutokseen liittyy selittämättömiä toistuvia hengitystieinfektioita.

Indikaatiot: Tutkimus on aiheellinen epäiltäessä IgG:n alaluokkapuutoksesta johtuvaa im-munovajavuutta. Huomattavaa on, että IgG:n alaluokkien puutos ei välttämät-tä näy kokonais-IgG:n pitoisuudessa, koska siitä useimpien alaluokkien osuus on suhteellisen vähäinen.

Page 138: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

138

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio (PeliRIDe human IgG subclasses, SANqUIN)

Tekotiheys: Joka toinen viikko.

Tulkinta: Vastauksessa on liitteenä iänmukaiset viitearvot.:

IgG1 lG2 IgG3 IgG4

Ikä (g/l) (g/l) (g/l) (g/l)

0–1 kk 2.4–10.6 0.87–4.1 0.14–0.55 0.04–0.561–4 kk 1.8–6.7 0.38–2.1 0.14–0.70 <0.03–0.364–6 kk 1.8–7.0 0.34–2.1 0.15–0.80 <0.03–0.236–12 kk 2.0–7.7 0.34–2.3 0.15–0.97 <0.03–0.431–1.5 v 2.5–8.2 0.38–2.4 0.15–1.07 <0.03–0.621.5–2 v 2.9–8.5 0.45–2.6 0.15–1.13 <0.03–0.792–3 v 3.2–9.0 0.52–2.8 0.14–1.20 <0.03–1.063–4 v 3.5–9.4 0.63–3.0 0.13–1.26 <0.03–1.274–6 v 3.7–10.0 0.72–3.4 0.13–1.33 <0.03–1.586–9 v 4.0–10.8 0.85–4.1 0.13–1.42 <0.03–1.899–12 v 4.0–11.5 0.98–4.8 0.15–1.49 0.03–2.1012–18 v 3.7–12.8 1.06–6.1 0.18–1.63 0.04–2.30yli 18 v 4.9–11.4 1.50–6.4 0.20–1.10 0.08–1.40

Kirjallisuus: First International Symposium on Immunoglobulin Subclass Deficiencies(LÅHansonetal.,eds.)In:MonographsinAllergy,KargerAG,

Basel, vol. 20, 1986.

IMMUNOGLOBULIINI G4

Lyhenne: S-IgG4 (4228)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7423

Yleistä: Seerumin immunoglobuliini G:n alaluokista IgG4:ää on terveillä henkilöillä vain 3-6 %. Korkea IgG4 liittyy moniin harvinaisiin sairauksiin, kuten primaa-rista sklerosoivaa kolangiittia (PSC) muistuttavaan autoimmuunikolangiit-tiin (AIC), autoimmuunipankreatiittiin (AIP), sialadeniittiin, inflammatoriseenpseudotuumoriinjaretroperitoneaalifibroosiin.NäistätavallisinonAIP.Koskasekä AIC että AIP vastaavat hyvin kortisonihoidolle on näiden tautitilojen erot-taminen muista pankreatiitin ja kolangiitin muodoista ensiarvoisen tärkeää.

Näiden tautien diagnoosiin tarvitaan seerumin kohonneen IgG4-pitoisuuden lisäksi tautiin sopiva löydös histopatologisissa tai kuvantamistutkimuksissa. IgG4-pitoisuus laskee usein hoidon ansiosta, mutta IgG4-pitoisuuden seuran-nan merkitys hoidossa on vielä toistaiseksi epäselvää.

Page 139: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

139

Indikaatiot: Kolestaattisten maksasairauksien sekä sappitie- ja haimasairauksien ero-tusdiagnostiikka, (vatsan alueen) lymfadenopatia, kyynel- ja sylkirauhasten taudit, tyreoidiitti, mastiitti, aortan tulehduksellinen aneurysma, erilaiset tuleh-dukselliset keuhko- ja ihomuutokset.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia.

Menetelmä: Nefelometria

Tekotiheys: Kerran viikossa

Tulkinta: Viitearvot (aikuiset): 0.08–1.40 g/l

Kirjallisuus: Färkkilä M. Immunoglobuliini G4:ään liittyvä autoimmuunikolangiitti. Duode-cim 2011; 127:49-55.

Kamisawa T, Takuma K, Egawa N, Tsuruta K, Sasaki T. Autoimmune panc-reatitis and IgG4-related sclerosing disease. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2010; 7:401-9.

Sato Y, Notohara K, Kojima M, Takata K, Masaki Y, Yoshino T. IgG4-related disease: historical overview and pathology of hematological disorders. Pathol Int. 2010; 60:247-58.

IMMUNOKOMPLEKSIT (PIPA)

Lyhenne: S-CIC (3050), Tf-IC (3051)

Tiedustelut: Laboratorio: (02)3337422, lääkäri: (02)3337526

Yleistä: Immunokompleksit liittyvät useiden immuunisairauksien patogeneesiin: SLE, reuma, glomerulonefriitit, vaskuliitit ym. Lisäksi niitä on todettu infektioiden (mm. endokardiitti) ja maligniteettien (leukemia) yhteydessä. Immuunikomp-leksien määrityksellä on merkitystä taudin aktiviteetin määrityksessä (esim. SLE, RA, GN), plasmafereesin seurannassa ja endokardiitin diagnostiikassa ja hoidossa.

Indikaatiot: Immuunikompleksisairauksien diagnostiikka ja taudin aktivi-teetin seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Tuore seerumi tai kudosneste. Näyte otetaan atraumaattisesti ja 3 ml verta lasketaan ensin pois. Veren annetaan hyytyä 1 h +37°C ja näyte sentrifu-goidaan välittömästi, minkä jälkeen seerumi jaetaan 2 osaan (0.5–1 ml) ja jäädytetään (–20°C). Kudosneste sentrifugoidaan ja supernatanttti jäädyte-tään. Pakastetut näytteet lähetetään laboratorioon hiilihappojäissä. Näytteen ottaminen geeli-putkeen voi vaikuttaa mataliin positiivisiin tuloksiin.

Menetelmä: Testissä mitataan IgG:n sitoutumista ihmisen verihiutaleisiin. Tulokset ilmoite-

Page 140: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

140

taan SD-yksikköinä = montako standardideviaatiota potilaan seerumin antama tulos on terveiden keskiarvon yläpuolella. Yli 3 SDU arvot ovat merkitseviä. Yksittäisen tuloksen diagnostinen arvo on vähäinen, kuitenkin positiivinen tu-los vahvistaa immuunikompleksitautiepäilyn. Samanaikaisesti suositel-laan tutkittavaksi komplementin aktivaatio ja kudospalan immuunikompleksit, ja reumafaktori.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Menetelmä ei pysty erottamaan onko seerumista verihiutaleisiin sitoutunut IgG peräisin immuunikomp-lekseista vai onko kyseessä trombosyytti- tai HLA-vasta-aineiden sitoutuminen verihiutaleisiin.

Mikäli potilaalla on trombosytopenia, trombosyyttivasta-aineiden olemassaolo voidaan osoittaa tekemällä PIPA-testi polyetyleeniglykoli (PEG) -saostuksen jälkeen tai mittaamalla potilaan omista verihiutaleista niihin elimistössä sitou-tunut IgG (ks. Trombosyyttivasta-aineet).

Kirjallisuus: Kekomäki R. Väitöskirja. Helsinki 1979. Kekomäki R, Penttinen K. J Clin Lab Immmunol 1979;1:305. Wager O et al. Clin Exp Immunol 1981;46:149.

INCONTINENTIA PIGMENTI (IP), NEMO-GEENIN DELEETIO-VALTAMUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -IP-D (12008) Ts-IP-D (12219)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Incontinentia pigmenti (IP) on X-kromosomissa vallitsevasti periytyvä saira-us, joka aiheuttaa vastasyntyneelle rakkulaisen ihottuman. Ihottuma arpeutuu ja myöhemmin pigmentoituu muuta ihoa tummemmaksi ja vaalenee usein näkyvistä aikuisikään mennessä. Ihottuma esiintyy tavallisemmin mosaiikki-maisina raitoina terveen ihon lomassa, koska toisissa solulinjoissa on inakti-voituneena normaali, toisissa mutatoituneen geenin sisältävä X-kromosomi. Potilailla saattaa esiintyä myös keskushermostoperäisiä oireita, hammas- ja kynsipoikkeavuuksia, silmänpohjamuutoksia ja hiuksettomia alueita. Lähes kaikki potilaat ovat tyttöjä, sillä pojille tauti on usein letaali jo sikiövaiheessa. Tauti aiheutuu NEMO-geenin mutaatioista, joista eksonit 4-10 poistava delee-tiovaltamutaatio on osoitettavissa noin 70 %:lta potilaista. Muut raportoidut NEMO-geenin virheet ovat olleet mm. pieniä duplikaatioita, emässubstituuti-oita ja deleetioita.

Indikaatiot: Kliininen epäily incontinentia pigmenti -taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete. Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Page 141: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

141

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: NEMO-geenin PCR-monistus yleisimmän deleetiovaltamutaation havaitsemi-

seksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: NEMO-geenin deleetio on osoitettavissa noin 70 %:lta IP-potilaista. Normaali tulos ei siis sulje pois IP-tautia, koska taudin taustalla saattavat olla myös muut NEMO-geenin mutaatiot.

INFLUENSSA A-VIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: -InfAAg (4415)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hengitystieinfektioissa virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänieluerit-teeseen, jossa niiden määrä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. An-tigeenin osoituksen diagnostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen virusantigeenien määrä nenänielussa on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, mutta testi on silti käyttökelpoinen. Yleensä näytteestä kannattaa tutkia samalla myös muiden respiratoristen virusten antigeenit. ks. tutkimus RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Indikaatiot: InfluenssaA-viruksenaiheuttamienhengitystieinfektioidendiagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Laboratoriopuhdas kertakäyttöputki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron-, rayontikku. (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-teet.

Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-

kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähet-tää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutkitaan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Page 142: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

142

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalistinegatiivinen.PositiivinenlöydösonosoitusinfluenssaA-viruksen

aiheuttamasta tuoreesta infektiosta.

INFLUENSSA A-VIRUS IGG, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-InfAAbG (4419), Li-InfAAbG (1874)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: InfluenssaA-viruksillatapahtuujatkuvaaantigeenivariaatiota,muttaviruksilla,etenkin niiden sisäosilla, on kuitenkin varsin laaja ristireaktiivisuus, joten yhtä antigeeniavoidaankäyttäävasta-ainemittauksissa.InfluenssaA-virusinfekti-oihin liittyy varsin säännönmukaisesti immuunivaste.

Indikaatiot: InfluenssaA-viruksenaiheuttamienhengitystieinfektioidendiagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-aine-löydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen influenssaA-virusinfektion.IhmisetsairastavatelämänsäaikanatoistuviainfluenssaA-virusinfektioita,jo-ten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita.

Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu on osoi-tustuoreestainfluenssaA-virusinfektiosta.

INFLUENSSA B-VIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: -InfBAg (4416)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hengitystieinfektioissa virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänieluerit-teeseen, jossa niiden määrä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. An-tigeenin osoituksen diagnostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli

Page 143: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

143

näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen virusantigeenien määrä nenänielussa on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, mutta testi on silti käyttökelpoinen. Yleensä näytteestä kannattaa tutkia samalla myös muiden respiratoristen virusten antigeenit. ks. tutkimus RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai atk-lähete lähettäjän järjestmästä

Näyteputki: Laboratoriopuhdas kertakäyttöputki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille Näytetikku: Nukka-, -, dacron-, rayontikku. (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-teet.

Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähet-tää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo. 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutki-taan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalistinegatiivinen.PositiivinenlöydösonosoitusinfluenssaB-viruksen

aiheuttamasta tuoreesta infektiosta.

INFLUENSSA B-VIRUS IGG, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-InfBAbG (4957), Li-InfBAbG

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: InfluenssaB-viruksillatapahtuujatkuvaaantigeenivariaatiota,muttaviruksilla,etenkin niiden sisäosilla, on kuitenkin varsin laaja ristireaktiivisuus, joten yhtä antigeeniavoidaankäyttäävasta-ainemittauksissa.InfluenssaB-virusinfekti-oihin liittyy varsin säännönmukaisesti immuunivaste.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 144: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

144

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-aine-löydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen influenssaB-virusinfektion.Ihmiset sairastavat elämänsä aikana toistuvia influenssa B-virusinfektioita,joten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita.

Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu on osoi-tustuoreestainfluenssaB-virusinfektiosta.

INFLUENSSAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: InfNhO, InfANhO (4896), InfBNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Käytetty PCR-menetelmä pystyy osoittamaan sekä influenssa A- että in-fluenssaB-virukset,mukaan lukienmyös sikainfluenssaviruksen (H1N1) jalintuinfluenssaviruksen.

Indikaatiot: Influenssavirusinfektioepäilyt

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki tai mukusekstraktori

Näyte: Nenänielutikkunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-teet

Nenänieluimunäyte Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näytteiden pakkaaminen Näytteet pakataan tartuntavaarallisten näytteiden tapaan. Tiiviitä näytteenkuljetuskoteloita on saatavilla sairaala- ja laboratorio-tarvikkeiden toimittajilta.

Näytteiden kuljetukset laboratorioon Näytteet lähetetään tutkivaan labora-torioon mahdollisimman nopeasti lähettävän yksikön käytäntöjen mukaisesti. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa (1-3 vrk).

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Page 145: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

145

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen.Normaalistinegatiivinen.Influenssaviruksennukle-iinihaponlöytyminenonmerkkiinfluenssaviruksenaiheuttamastainfektiosta.

INFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: -InfVi

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: InfluenssaA-jaB-viruksetaiheuttavatepidemioitaloppu-syksystäjakevättal-vella.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki. Putkia saa virusopin laboratoriosta. Ne ovat tällä hetkellä valkoisella kierre-

korkilla varustettuja 5 ml:n putkia, jotka sisältävät 2 ml kellertävää kuljetus-nestettä. Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Bf (bronkoalveolaarilavaatio)-näyte. Sytomegalovirus-viljelyn kuljetusnes-teputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä. Näyte tulee toimittaa laboratori-oon mahdollisimman pian.

Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-teet

Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte tulisi toimittaa laboratorioon mahdollisimman pian. Lyhytaikainen säily-tys, esim. viikonlopun yli, jääkaapissa +4°C:ssa.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Kolmen vuorokauden inkubaation jäl-keentehdäänimmunoperoksidaasivärjäysmonoklonaalisillainfluenssaA-jaB-virusvasta-aineilla.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Normaalisti ei tehdä epideemisen ajan ulkopuolella (ke-sällä). Tulos valmiina kolmen vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinenlöydösonosoitusinfluenssaviruksenaiheuttamastatuoreestain-fektiosta.

Page 146: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

146

KAMPYLOBAKTEERI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-CampAb (3058)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Kampylobakteerin aiheuttama suolistoinfektio on maassam-me tavattavista bakteerienteriiteistä yleisimpiä. Kampylo-bakteeri-infektioon liittyy jälkitautei-na mm. reaktiivista artriit-tia sekä harvinaisena Guillan-Barrén syndrooma.

Kampylobakteerienteriitin diagnostiikassa primaaritutkimus on ulosteviljely, mutta osalla potilaista vasta-ainetutkimus on diagnostiikassa oleellinen. Eri-tyisesti ripulin jälkeisten komplikaatioiden ilmestyessä on ulosteviljely jo usein negatiivinen. Tällöin vasta-ainetutkimus on ainoa tapa päästä etiologiseen diagnoosiin.

Indikaatiot: Enterokoliitit, appendisiitti ja pseudoappendisiitti (mesenteriaalilymfadeniitti), re-aktiiviset artriitit, Guillan-Barrén syndrooma.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähe-te.

Näyte: 2 ml verta tai 1 ml seerumia.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä (EIA), jossa antigeenina käytetään Campylobacter jejuni -kannasta valmistettua hapanta ekstraktia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Kaikkiin kolmeen Ig-luokkaan kuuluvat vasta-aineet tulisi tutkia aina yhdessä. IgA vasta-aineet ovat yleensä koholla tartunnan jälkeen toisesta viidenteen viikkoon. IgM ja IgG-luokkien vasta-aineet kehittyvät vähän hitaammin ja säi-lyvät pidempään. Positiivisten löydösten merkittävyydestä annetaan arvio.

Kirjallisuus: Kosunen TU, Rautelin H, Pitkänen T, Pönkä A, Pettersson T. Infection 1983;11; 189–91.

Rautelin HI, Kosunen TU. J Clin Microbiol 1987;25;1944–51.

KAMPYLOBAKTEERIVILJELY

Lyhenne: F-CampVi (2021)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Kampylobakteerit aiheuttavat yleensä nopeasti alkavan ripulitaudin, johon voi liittyä vatsakipuja, päänsärkyä, kuumetta ja veriripulia.

Ks. Ulosteviljely 1.

Indikaatiot: Epäily kampylobakteeri-infektiosta.

Page 147: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

147

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Ripuliulostetta hiilitikulla kuljetusputkeen. Mikäli näytettä ei heti voida toimittaa laboratorioon on näyteputki säilytettävä jääkaapissa.

Menetelmä: Viljelyt tehdään rikastemaljalle, jota kasvatetaan eritysolo-suhteissa (43 astet-ta, vähennetty happiosapaine). Tunnis-tus perustuu biokemiallisiin reaktioihin, ja tyypilliseen antibioottiherkkyyteen.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Negatiivinen tulos saadaan yleensä 4 vrk:n ja positiivinen 5 vrk:n kuluessa. Positiivinen tulos ilmoitetaan myös puhelimitse.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen. Potilaan saama antibakteeri-lääkitys voi aiheuttaa negatiivisen viljelytuloksen.

Kirjallisuus: Blaser MJ, Reller RB: New Eng J Med 1981;305:1444–1452. Kosunen T: Duodecim 1978;94:961–965. Kosunen T, Kauranen O, Martio J, ym: Duodecim 1980;96: 1606–1611.

KARDIOLIPIINI (LUES), VASTA-AINEET LIKVORISTA

Lyhenne: Li-KardAb (3362)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Syfiliksen laboratoriodiagnostiikka tapahtuu pääasiassa serologisesti. Syfi-liksen seulontatestinä käytetään S–TrpaAb-testiä (ks. TREPONEMA PALLI-DUM, VASTA-AINEET SEERUMISTA), joka toteaa sekä IgM- että IgG-luokan kuppavasta-aineet ja soveltuu sekä tuoreen/hoitamattoman kupan että hoide-tun taudin toteamiseen. S-TrpaAb-testillä vältetään kardiolipiinivasta-ainemit-taukseen liittyneet väärät positiiviset tulokset.

TrpaAb ei sovellu likvornäytteiden tutkimiseen, joten Li-KardAb ja Li-TPHA toimivataktiivivaiheenneurosyfiliksenosoittajina.

Indikaatiot: NeurosyfilisepäilyyhdessäS-TrpaAb:nkanssa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähe-te.

Näyte: 1 ml selkäydinnestettä. Näyte säilyy useita päiviä +4C:ssa ja voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: VDRLflokkulaatiotesti(VDRLtest,Oxoid).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Normaalistinegatiivinen(titteri<1).Neurosyfiliksessäselkäydinnesteenkar-diolipiini-vasta-aineet ovat positiivisia noin puolessa tapauksista.

Kirjallisuus: Pope V et al. 2006. Immunological methods for the diagnosis of spirochetal

Page 148: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

148

diseases. Kirjassa (toim.) Detrick B, Hamilton RG, Folds JD. Manual of Mole-cular and Clinical Laboratory Immunology, 7. painos, s. 477–484.

KELIAKIATUTKIMUS

Lyhenne: S-Keli-T (20054), S-KELIAKIATUTKIMUS; sisältää vasta-ainetutkimukset S-GlpepAbA, S-GlpepAbG, S-tTGAbA, S-EMAbA, S-IgA (mikäli S-IgA on mata-la, näytteestä tehdään myös S-tTGAbG).

S-Keli-TL (20120), S-KELIAKIATUTKIMUS, LAAJA; sisältää samat vasta-ai-netutkimukset kuin S-Keli-T sekä B-HLA-tautiassosiaatiotutkimuksen (B-HLA-KELI).

S-Keli-TS (12392), S-KELIAKIATUTKIMUS, SUPPEA, sisältää vasta-aine-tutkimukset S-GlpepAbA, S-GlpepAbG, S-tTGAbA, ja S-IgA (mikäli S-IgA on matala, näytteestä tehdään myös S-tTGAbG).

S-Keli-S1 (13058), S-KELIAKIATUTKIMUS, SEULA 1, sisältää vasta-ainetut-kimukset S-GlpepAbA, S-GlpepAbG, S-tTGAbA.

S-Keli-S2 (13059), S-KELIAKIATUTKIMUS, SEULA 2, sisältää samat vasta-ainetutkimukset kuin S-Keli-S1 sekä B-HLA-tautiassosiaatiotutkimuksen (B-HLA-KELI).

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: S-Keli-T ja S-Keli-TS ovat yhdistelmä- paketteja, jotka sisältävät kaikki tär-keimmät keliakian vasta-ainetutkimukset. S-Keli-TL on laaja yhdistelmäpa-ketti, jossa keliakian vasta-ainetutkimuksia on täydennetty keliakian perinnöl-listä alttiutta selvittävällä kudostyypitystutkimuksella (Ks. B-HLA-tautiassosi-aatio-tutkimus/keliakia (B-HLA-KELI). S-Keli-S1 sisältää keliakian tärkeim-mät vasta-ainetutkimukset, mutta ei S-IgA:ta koska S-GlpepAbG löytää kaikki IgA-puutospotilaat, joilla on keliakia. S-Keli-S2 soveltuu myös oireettomien potilaiden seulontaan; negatiivinen HLA-KELI sulkee pois keliakian.

Keliakiavasta-aineet ovat keskeisiä keliakian diagnostisia kriteereitä (ESPG-

HAN 1990). Vuoden 1990 kriteerien mukaan diagnoosin tuli kuitenkin aina perustua ohutsuolen biopsiaan. Uudet ESPGHAN-kriteerit ovat tulossa, vuoden 2010 kokouksessa Istanbulissa ehdotettiin: (1) biopsiasta voidaan luopua oireisilla potilailla, joilla keliakia-vasta-aineet ovat korkeat positiiviset, (2) oireettomilla, esim. sukulaisilla, diagnoosin tulee perustua B-HLA-KELI –tutkimukseen ja vasta-ainetutkimuksiin; lisäksi seulonta varmistetaan biop-sialla, (3) suositeltavia vasta-ainetutkimuksia ovat endomysiumvasta-aineet (S-EMA), kudostransglutaminaasi vasta-aineet (S-tTGAb) ja gliadiinipeptidi-vasta-aineet (S-GlpepAb), (4) jos IgG-luokan vasta-aineita ei tehdä myös S-IgA tulee määrittää.

Vasta-ainetutkimuksia käytetään keliakian ja ihokeliakian (dermatitis herpeti-

formis, DH) diagnostiikassa ja hoidon seurannassa. Diagnoosi varmistetaan tarvittaessa ohutsuolibiopsialla. Ihokeliakiassa diagnoosiin tarvitaan immunof-luoresenssitutkimus terveen ihon koepalasta IgA-kasaumien osoittamiseksi.

Keliakian esiintyvyyden arvioidaan olevan maassamme 1:100. Tauti voi puh-jeta missä iässä tahansa. Patogeneesia ei varmuudella tunneta, mutta kelia-

Page 149: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

149

kia puhkeaa altistavaa geeniä kantavan potilaan herkistyessä vehnän, rukiin, tai ohran gluteenille (gliadiini). Seurauksena on aktivoituneiden lymfosyyttien aiheuttama ohutsuolen limakalvon tulehdus, johon liittyy kudostransglutami-naasin (TG2) aktivoituminen. TG2 deamidoi ruoan gliadiinin, ja syntyy im-muunivaste deamidoitua gliadiinia ja TG2 kohtaan joka lopulta johtaa suolen nukanvaurioon(”villusatrofia”).Syntyneet vasta-aineet tunnistavat sekä dea-midoidun gliadiinin, TG2:n että sileän lihaksen endomysiumin, joissa kaikissa on samoja epitooppeja, Taudin toisessa muodossa, ihokeliakiassa (dermatitis herpetiformis), voidaan osoittaa IgA-kasaumia ja tulehdussoluja dermis-papil-loissa ja raajojen ojentajapuolella esiintyy ihon tyvikalvon alaisia rakkuloita. Ihokeliakiassa esiintyy samoja vasta-aineita kuin keliakiassa. Suolen keliakia-muutoksia on n. 70 %:lla.

Keliakian kliininen kuva on vuosien mittaan muuttunut. Alle 2-vuotiailla lap-silla voi esiintyä kroonista ripulia, laihtumista ja kasvuhäiriöitä, mutta isom-milla lapsilla tyypilliset oireet puuttuvat, anemiaa ja pituuskasvun häiriöitä voi esiintyä. Aikuisilla oireina voivat olla yleisoireet, väsymys, vatsavaivat, laih-tuminen, anemia, suun haavaumat, nivelvaivat, osteoporoosi, osteomalasia, infertiliteetti tai neurologiset oireet. Pitkään jatkunut keliakia saattaa johtaa suolistolymfooman syntyyn.

Keliakian hoito on elinikäinen gluteeniton dieetti, jonka aikana yleisoireet hä-viävätmuutamassakuukaudessa.Suolen limakalvon tulehdussoluinfiltraatithäviävät ja nukan morfologia korjaantuu dieetin aikana n. 6–12 kk:ssa. Dieetin on myös todettu ehkäisevän osteoporoosin ja suolistolymfooman syntyä.

Hoidon toteutumista seurataan seerumin vasta-ainetutkimuksilla; tarvittaessa tehdään kontrollibiopsia (1 v). IgA-luokan gliadiinipeptidi-, endomysium-, ja transglutaminaasivasta-aineet laskevat samanaikaisesti suolen paranemisen kanssa. IgA-puutospotilailla seurataan IgG-luokan vasta-aineiden vähene-mistä. Tavallisin syy huonoon hoitotulokseen on epätäydellisesti toteutunut dieetti.

Keliakiaan liittyy perinnöllinen alttius, jota voidaan tutkia käyttäen HLA-tau-tiassosiaatiotutkimusta. Riskiryhmiin kuuluvat keliakiapotilaiden ensimmäisen asteen sukulaiset, diabeetikot (tyyppi 1), muita autoimmuunitauteja sairasta-vat (mm. Sjögrenin syndroma, autoimmuunityreoidiitti) ja IgA-puutospotilaat, joilla esiintyy muuta väestöä enemmän tautiin altistavaa HLA-haplotyyppiä DR3-Dq2 (DRB1*03- DqA1* 0501- DqB1*02). Yli 90 % keliakiapotilaista on positiivisia tämän haplotyypin tai DR5-Dq7/ DR7-Dq2 genotyypin koodaa-man HLA-molekyylin suhteen ja valtaosa negatiivisista on puolestaan positii-visia DR4-Dq8 (DqB1*0302) haplotyypin suhteen.

Vahva hLA-assosiaatio ja autovasta-aineiden esiintyminen osoittavat että keliakia on autoimmuunitauti. Yli 90 %:lla hoitamattomista potilaista esiintyy autovasta-aineita endomysiumia ja kudostransglutaminaasia kohtaan. Useis-sa kudoksissa, mm. suolen limakalvolla ekspressoituvan kudostransglutami-naasin on osoitettu olevan identtinen endomysium-antigeenin kanssa ja sitä pidetään keliakian autoantigeenina.

HUOM:Gliadiini-vaovatepäherkkiäjaepäspesifisiä,niidensijaankeliakiandiagnostiikkaan ja seurantaan, myös pikkulapsilla, SUOSITELLAAN herk-kääjaspesifistäGLIADIINIPEPTIDI-vatestiä(ks.S-GlpepAb).

Indikaatiot: 1. Keliakian ja dermatitis herpetiformikseen (ihokeliakia) liittyvän enteropatian (ohutsuolivaurio) diagnostiikka (erityisesti vähäoireisilla tai epätyypillisiä oirei-

Page 150: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

150

ta saaneilla henkilöillä). 2. Keliakian dieettihoidon seuranta. 3. Sairastumisalttiuden arvioiminen oireettomilla riski-henkilöillä; keliakia-

potilaiden ensimmäisen asteen sukulai-set, diabeetikot [tyyppi 1], Sjögrenin syndroma, Basedowin tauti, IgA-puutospotilaat (S-Keli-TL, B-HLA-KELI, S-Keli-S2).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: S-Keli-T, S-Keli-TS, S-Keli-S1: 1 ml seerumia. S-Keli-TL, S-Keli-S2: 1 ml seerumia ja 1 ml EDTA-verta. Seerumi säilyy useita päiviä +4C:ssä ja EDTA-veri useita päiviä huoneenläm-

mössä. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Ks. osatutkimukset

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: (Viitearvot: ks. osatutkimukset)

Koska n. 5–10 %:lla potilaista on vasta-aineita vain gliadiinipeptidia tai vain en-domysiiniä/transglutaminaasia kohtaan, keliakian seulontaan tulisi aina käyttää samanaikaisesti Gliadiinipeptidi, vasta-ainetestiä yhdessä joko transglutami-naasivasta-ainetestin tai endomysium-vasta-aineita mittaavan testin kanssa

Kudostransglutaminaasi-, endomysium- ja gliadiinipeptidi-, vasta-aineiden herkkyysjaspesifisyysohutsuolenvillusatrofianosoittajanaonsamaaluok-kaa. Pienellä osalla potilaista voi vain yksi kolmesta testistä olla positiivinen. Hoitamattomassa keliakiassa IgA-luokan vasta-aineita voidaan osoittaa lap-silla >95 %:lla ja aikuisilla >90 %:lla.

Keliakiapotilailla esiintyy 10 kertaa normaalia useammin seerumin IgA:n puu-tosta. IgA-puutospotilailla kudostrans-glutaminaasi-, ja endomysium (IgA) ja gliadiinipeptidi (IgA) vasta-ainetestit ovat negatiiviset, mutta IgG-gliadiinipep-tidi, vasta-aineet tai IgG-endomysium / transglutaminaasivasta-aineet ovat positiiviset.

Gluteenittoman dieetin aikana tiitterit laskevat. IgA-luokan gliadiinipeptidivasta-aineet laskevat 3–9 kk:ssa ja endomysium- tai kudostransglutaminaasivasta-aineet 6–12 kk kuluessa. Vasta-aineet ilmestyvät nopeasti uudelleen jos dieetti pettää. Vasta-ainemäärityksiä voidaankin käyttää dieetin seurantaan.

Riskiryhmien seulontatutkimuksissa vasta-aineita voi esiintyä oireettomilla (mm. tyyppi 1 diabeteksessa 2–5 %:lla). Jos potilaalla on keliakiaan sopiva HLA-haplotyyppi, tulee varmistaa biopsialla, onko kyseessä keliakia tai ns. latentti keliakia. Näitä potilaita on syytä seurata koska jossain vaiheessa latentti tauti muuttuu keliakiaksi.

Perinnöllisen sairastumisalttiuden selvittämiseen tarkoitettu B-hLA-keli tau-tiassosiaatiotutkimus, joka on osa laajaa keliakiatutkimus-pakettia (S-Keli-TL, S-Keli-S2), soveltuu keliakian poissulkuun erityisesti oireettomilla keliakiapoti-laiden sukulaisilla ja muilla riskiryhmillä. Testi voidaan pyytää myös erikseen tehtävänä.

Kirjallisuus: Ankelo M, et al. Clin Exp Immunol 2007. doi:10.1111/j.1365-2249.2007.03487. Collin P. Ann Med 1999;31:399.

Page 151: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

151

Collin P, et al. Keliakia. Käypä hoito päivitys. Duodecim 2011;127:296-7. Dieterich W, Ehnis T, Bauer M, ym. Nat Med 1997;3:797. Farrell RJ, Ciaran PK. N Engl J Med 2002; 346:180–188. Hällström O. Gut 1989;30:1225. Käypä hoito. Keliakian hoitosuositus. Duodecim 1997;113:82–87. Ladinser B, Rossipal E, Pittschieler K. Gut 1994;35:776. Lock RJ, Ym.Clin Exp Immunol 1999;116:258. Mäki M. Moodi 1/1995, ss. 34–35. Mäki M, Collin P. Lancet 1997;349:1755. Mäki M, Holm K, Lipsanen V, Hällström O, Viander M, ym.

Lancet 1991;338:1350. Mäki M, Mustalahti K, ym. N Engl J Med 2003; 348:25 2517 Reunala T, Chorzelski TP, Viander M, ym. Br J Dermatol 1987;117:185. Savilahti E, Viander M, ym. Lancet 1983; i: 320. Sollid LM, Thorsby E. Gastroenterology 1993; 105:910. Sulkanen S, Halttunen T, Laurila K, ym. Gastroenterology 1998; 115: 1322. Walker-Smith et al. Revised criteria for diagnosis of coeliac disease. Report of

ESPGHAN. Arch Dis Childhood 1990;65: 909-911. Viander M. Vasta-aineet deamidoituja gliadiinipeptidejä kohtaan keliakian

diagnostiikassa. Moodi 5/2008, s. 212 Viander M. Keliakiadiagnostiikka muuttuu – uudet ESPGHAN kriteerit. Lab-

quality Days, Helsinki 2011.

KEMOTAKSIS JA KEMILUMINESENSSI

Lyhenne: L-Kemotax (2394)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411

Yleistä: Neutrofiiliengranulosyyttientoimintabakteerientuhoamisessa: 1. solujen migroituminen tulehduspaikalle kemotaktisten tekijöiden houkutte-

lemana, 2. opsonoidun bakteerin fagosy- toosi sekä 3. bakteerien tuhoami-nen, jossa osallisina ovat lysosomaaliset entsyymit ja kemiallisesti aktiiviset vapaat radikaalit.

Kemotaksiksen häiriöitä on kuvattu monissa tautitiloissa, mm. LED, hyper-IgE syndrooma, Chediak-Higashin syndrooma, solukalvon glykoproteiinidefekti sekä myös palovammojen ja hemodialyysin yhteydessä. Vapaiden radikaalien muodostuminen on häiriytynyt mm. kroonisessa granulomatoositaudissa, glu-koosi 6- fosfaatindehydroge-naasin puutteessa ja NADPHoksidaasin toimin-tahäiriöissä. Yleensä puutteellisen granulosyyttifunktion kliinisessä oireena on toistuvien bakteeri-infektioiden esiintyminen.

Indikaatiot: Tutkimus on aiheellinen epäiltäessä granulosyyttien igraa-tiokyvyn tai oksida-tiivisen metabolian vajavuutta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 20–30 ml verta muovisessa Li-hepariiniputkessa, toimitettava tutkittavaksi välit-tömästi näytteenoton jälkeen. Lähetteessä mainittava potilaan saama lääkitys.

Page 152: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

152

Menetelmä: Kemotaksis mitataan käyttäen Boyden chamber-menetelmää ja migraatio il-moitetaan mikromet-reinä/inkubaatioaika. Kemotaktisina stimuluksina käyte-tään komplementtien aktivaatiotuotetta C5a:ta sekä synteettistä kemotaktista peptidiä fMLP:tä (n-formyl metionylleusyl-fenylalaniini). Myös solujen spon-taani migraatio mitataan. Kemiluminesenssin mittauksessa käytetään stimu-luksena normaaliseerumilla (pooli) aktivoitua zymosania ja tulosta (maksimi-vaste mV) verrataan normaalimateriaaliin.

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406.

Tulkinta: Kemotaksiksessa spontaania migraatiota sekä kemotaktista migraatiota verrataan normaalimateriaaliin sekä päivän kontrolliin. Kemiluminesenssis-sä maksimivastetta verrataan ajallisesti ja määrällisesti normaalimateriaaliin sekä päivän kontrolliin. Vastausta seuraa aina lausunto.

Kirjallisuus: Boxer GJ, Gurnutte JT, Boxer L. Hospital Practice, April 1985, 129. Kantele JM, Kainulainen LT, Viander M. Immuunipuutokset – oireista diagnoo-

siin. Moodi 2/2007: 74–76.

KENNEDYN OIREYHTYMÄ (SBMA), AR-GEENIN TOISTO-JAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SBMA-D (12009) Ts-SBMA-D (12220)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Kennedynoireyhtymäelibulbospinaalinenlihasatrofia(SBMA)onaikuisiälläalkava hitaasti etenevä motoneuronitauti, jonka oireisiin kuuluvat lihasheikko-us,lihasatrofiatjabulbaarioireet.Tautiasairastavillamiehillähavaitaanuseingynekomastiaa, impotenssia ja alentunut fertiliteetti. Joillakin potilailla esiin-tyy myös sensorista neuropatiaa. Kennedyn oireyhtymä periytyy peittyvästi X-kromosomissa, joten lähinnä vain miehet sairastuvat, joskin kantajanaisil-la saattaa esiintyä lieviä oireita. Taudin taustalla on CAG-toistojaksoalueen monistuma androgeenireseptorigeenissä (AR). CAG-toistojaksojen määrä on Kennedyn oireyhtymää sairastavilla potilailla yli 37, kun normaaliväestössä toistojaksojen määrä vaihtelee välillä 7-35. Suomessa Kennedyn oireyhtymää sairastavien sukujuuret ovat usein ruotsinkielisellä Pohjanmaalla.

Indikaatiot: Kliininen epäily Kennedyn oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: AR-geenin PCR-monistus CAG-toistojaksoaluetta rajaavilla alukkeilla ja al-

leelin koon määritys PAGE-analyysillä.

Page 153: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

153

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Ekspansion löytyminen varmistaa SBMA-diagnoosin.

KIIRE-VZV

Lyhenne: KIIREVZV

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Vesirokkoimmuniteetti voidaan määrittää tarvittaessa kiireellisesti saman päi-vän aikanaELFA-testillä. Näytteestä suoritetaanmyös spesifinenEIA-IgG-testi, joka vastataan myöhemmin.

Huom: myös muita seerumitutkimuksia voidaan pyytää kiireellisenä. Kiiretes-teistä peritään korotettu hinta.

Indikaatiot: Immuniteetin määrittäminen vesirokkovirukselle.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki.

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan lähettää laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: ELFA (Enzyme immunoassay)

Tekotiheys: Tarvittaessa. ELFA-tulos on valmiina näytteen laboratorioon saapumispäivä-nä. Vastaus sekä puhelimitse että kirjallisesti. Näytteestä tehdään myös EIA-IgG-määritys, joka vastataan myöhemmin.

Tulkinta: Positiivinen tulos on osoitus sairastetusta infektiosta.

KOMPLEMENTIN AKTIVAATIOTUTKIMUS

Lyhenne: P-CAktt (10470)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sisältää: P-Komplementti faktori B + aktivaatiotuotteet P-Komplementti C3 + aktivaatiotuotteet P-Komplementti C4 + aktivaatiotuotteet P-SC5b-9-kompleksi

Page 154: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

154

Indikaatiot: Komplementin vaihtoehtoisen ja klassisen tien aktivaation mittaaminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 3 x 1 ml EDTA-plasmaa (ks. näytteenotto-ohjeet s. 18) jäädytetään välittö-mästi. HUOM: Pleuraneste, synovianeste ja likvori käsitellään kuten plasma (EDTA-putki). Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tu-lee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Annetaan lausunto. Komplementin aktivaatiotuotteiden määritys on indisoitua tiloissa, joissa epäillään komplementin aktivaatiota joko klassisen (antigeeni-vasta-ainereaktio, immuunikompleksit) tai oikotieaktivaation (lipopolysakkari-di, C3NeF) kautta.Matala C4 ja C3 viittaavat ns. klassisen tien aktivaatioon, normaali C4, mutta matalat C3 ja Faktori B oikotien aktivaatioon. Alentuneen (maksasairaudet) tai lisääntyneen (akuutin faasin proteiinit) synteesin takia ko. faktorien kvantitatiivisella immuno-kemiallisella määrityksellä (radiaaliim-munodiffuu-sio) ei aina päästä diagnoosiin. Aktivaatiotuotteiden osoitus var-mistaa diagnoosin.

Kirjallisuus: Brandslund I, et al. J Immunol Methods 1981; 44: 63. Ramentol-Massana M, et al. Int Arch Allergy Appl Immunol 1982; 68:219. Lew PD, et al. J Clin Invest 1979; 63:326. Meri S. Moodi 1994; 5:220. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to

disease. Academic Press, London 1990. Schur PH. Am J Clin Pathol 1977; 68:647. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI C1q, C1R, C1S, PITOISUUS

Lyhenteet: P-C1q (720), P-C1r (10484), P-C1s (10485)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. myös S-KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS (S-C-DEF) ja P-HAE.

Komplementin C1 komponentit osallistuvat klassisen tien aktivaatioon: akti-voitunut C1qrs-kompleksi pilkkoo C4:n ja C2:n (C4a ja C2a vapautuvat), jotka muodostavat C3 konvertaasin (C4b2b). C1-komponenttien synnynnäiset puu-tokset ovat hyvin harvinaisia. Sekundaarisia, hankittuja puutoksia voi liittyä mm. hypogammaglobulinemiaan sekä voimakkaaseen komplementin akti-vaatioon. Tällainen tilanne voi johtaa myös ns. hankittuun HAE-oireyhtymään, jossa C1q ja C1Inh kuluu. Mikä tahansa puutos estää klassisen tien aktivaa-tion. Lapsipotilailla merkki klassisen tien puutoksesta voi olla infektioalttius. Aikuisilla esiintyy SLE:n kaltaisia tauteja merkkinä huonosta kyvystä käsitellä

Page 155: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

155

(poistaa) immuunikomplekseja ja hajonneiden solujen ja tuman rakenteita (glomerulonefriitteja, artralgiaa, vaskuliitteja).

Indikaatiot: Komplementin C1 komponenttien puutoksen osoittaminen. Ns. hankitun HAE:n diagnostiikka

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähe-te.

Näyte: EDTA-plasmaa 1 ml (jäädytetään välittömästi. HUOM: Nivel- ja pleuranes-teet ym. kudosnesteet myös EDTA-näytteinä. Jos pyydetään komplementin puutostutkimus lähetettävä myös tuoretta seerumia 1 ml. Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraa-van päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan prosentteina normaaliseerumipoolin keskiarvosta. (=100 %, viitearvot >80%). Sekundaarisesti alentuneita arvoja voidaan todeta klassisen tien aktivaatiossa (C4 ja C3 laskevat) ja ns. hankitussa HAE:ssa. Jopa 50 %:n lasku yksittäisen komponentin pitoisuudessa aiheuttaa vasta vähäisen laskun komplementin kokonais-aktiviteetissa. C1-puutostiloissa ei myöskään hemolyyttinen komplementti toimi.

Kirjallisuus: Meri S. Duodecim 1994;110:185. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI C1q, VASTA-AINEET

Lyhenteet: P-C1qAbG (12429)

Tiedustelut: Laboratorio: (02)3337419, lääkäri: (02)3337526

Yleistä: Komplementin C1q on klassisen tien aktivaation käynnistäjä. Klassinen tie osallistuu puolustukseen mikrobeja kohtaan sekä kuolleiden solujen, immuu-ni-kompleksien ja muun debriksen poistoon. Jos C1q puuttuu tai potilaalla on C1q vasta-aineita seurauksena voi olla immuunikompleksitauti, systeeminen lupus (SLE), glome-rulonefriitti tai vaskuliitti (hypokomplementeeminen urtika-ria-vaskuliitti syndrooma, HUVS, tai reumatoidi-vaskuliitti). HUVS on harvinai-nen, mutta voi olla selittämä-ttömän angioödeeman aiheuttaja.

Indikaatiot: Angioödeeman ja hypokomplementeemisen urtikaria-vaskuliitti syndrooman (HUVS) diagnostiikka, SLE-nefriitin diagnostiikka ja hoidon seuranta, reuma-toidi-vaskuliitin ja Feltyn syndrooman osoittaminen sekä glomerulonefriittien ja muiden immuunikompleksitautien diagnostiikka ja hoidon seuranta.

Page 156: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

156

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml (2x0,5 ml) EDTA-plasmaa. Tuore näyte lähetetään +4ºC, jos se tulee la-boratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana, muuten suos. pakastettua näytettä. Lipeeminen tai hemolysoitunut näyte ei kelpaa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa. Kiireeellisessä tapauksessa tutkimus tehdään pyydettäessä 24 tunnin kuluessa näytteen saapumisesta.

Tulkinta: Viitealue: <10 U/ml IgG-luokan C1q-vasta-aineita esiintyy HUVS-potilailla (100 %). SLE:ssä ilman

nefriittiä (20–30 %) ja aktiivisessa SLE-nefriitissä (yli 75%). Lisäksi vasta-ai-neita tavataan reumatoidi-vaskuliitissa (30 %) ja Feltyn syndroomassa (75 %). HUVS:ssa C1q on matala, mutta C1r ja C1s normaalit. SLE:ssa anti-C1q-vasta-aineiden nousu ennustaa munuaisvaurion syntyä. Anti-C1q-va korre-loituvat heikosti anti-DNA-vasta-aineisiin, joten ne toimivat markkerina myös DNA-va.negatiivisessa lupus-nefriitissä.

C1q-vasta-aineita esiintyy myös muissa immuunikomp-leksitaudeissa, MCTD:ssa, ja membranoproliferatiivisessa glomerulonefriitissä.

Kirjallisuus: Marto N, et al. Anti-C1q antibodies in nephritis: Correlation between titres and renal disease acitivity and positive predictive value in systemic lupus erythe-matosus. Ann Rheum Dis 2005;64:444–8.

Wener MH. Autoantibodies to C1q. In: Shoenfeld et.al. editors. Autoantibo-dies, 2nd ed., Amsterdam, Elsevier 2007.

KOMPLEMENTTI C2, PITOISUUS

Lyhenne: P-C2 (234)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. myös KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS (S-C-DEF)

Komplementin C2 komponentti osallistuu klassisen tien aktivaatioon: aktivoi-tunut C1qrs-kompleksi pilkkoo C4:n ja C2:n (C4a ja C2a vapautuvat), jotka muodostavat C3 konvertaasin (C4b2b). Hereditaarisesssa C2:n puutteessa klassisen tien aktivaatio ei toimi. Yleisimmässä C2:n puutostilassa esiintyy LED:n kaltaisia oireita (glomeru-lonefriitti, artalgia, vaskuliitti). Harvemmin esiintyvässäC2-puutossyndromassapotilaillaontoistuviainfektioita(hemofi-lus- ym, sepsiksiä ja meningiitteja). Näillä potilailla esiintyy usein samanaikai-sesti IgG2-alaluokan puutos. Potilaiden löytymisellä on myös merkitystä tilan hoitamisen kannalta, koska tuoreen plasman tai gammaglobuliinin annolla on tila saatu merkittävästi korjatuksi. C2 voi alentua myös sekundaarisesti: he-reditaarisessa angioneu-roottisessa ödeemassa C2 voi laskea C4:n ohella, mutta C3 pysyy normaalina. Samoin voidaan matalia C2 arvoja todeta klassi-sen tien aktivaatiossa (LED ym. immuun-ikompleksitaudit).

Page 157: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

157

Indikaatiot: Komplementin C2 komponentin puutoksen osoittaminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: EDTA-plasmaa (ks. näytteen otto-ohjeet edellä) 1 ml (jäädytetään välittömäs-ti). Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee labo-ratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan prosentteina normaaliseerumipoolin keskiarvosta. (=100 %, viitearvo > 80%). Sekundaa-risesti alentuneita arvoja voidaan todeta here-ditaarisessa angiodeemassa (C4 laskee myös, C3 normaali) sekä klassisen tien aktivaatiossa (C4 ja C3 laskevat). Jopa 50 %:n lasku yksittäisen pitoisuu-dessa aiheuttaa vasta vähäisen laskun komplementin kokonaisaktiviteetissa. C2-puutostiloissa ei myöskään hemolyyttinen komplementti toimi.

Kirjallisuus: Meri S: Duodecim 1994;110:185. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI C3 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C3D)

Lyhenne: P-C3Aktt (3066)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Komplementin komponentti C3 osallistuu sekä ns. Klassiseen että oikotietä tapahtuvaan komplementin aktivaatioon. C3d on pienimolekyylinen C3:n osa-nen joka irtoaa C3b:sta C3b-inaktivaattorin (C3bINA) vaikutuksesta. C3d voi-daan määrittää raketti-immunoelektroforeesilla saostamalla ensin natiivi C3, C3b ja C3c polyetyleeniglykolilla.

Indikaatiot: Komplementin aktivaation osoittaminen (joko klassista tai vaihtoehtoista tietä).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: EDTA-plasma 2x1 ml (jäädytetään välittömästi). HUOM: Nivel- ja pleuranes-teet ym. kudosnesteet myös EDTA-näytteinä. Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon seuraavan päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Raketti-immunoelektroforeesi (C3d). (Samanaikaisesti määritetään aina myös plasman C3). C3 teetetään alihan-kintana (TYKSLAB).

Page 158: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

158

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastausta seuraa aina lausunto. C3:n aktivaatiotuotteiden määritys on indisoi-tua tiloissa, joissa epäillään komple-mentin aktivaatiota joko klassisen (anti-geenivasta-aine -reaktio, immuunikompleksit) tai oikotieaktivaation (lipopoly-sakkaridi, C3NeF) kautta.

Ks. myös P-Komplementin aktivaatiotutkimus.

Kirjallisuus: Brandslund I, et al. J Immunol Methods 1981;44:63. Ramentol-Massana M, et al. Int Arch Allergy Appl Immunol 1982; 68:219. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-

mic Press, London 1990. Schur PH. Am J Clin Pathol 1977;68:647. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI C3 JA C4, PITOISUUDET

Lyhenne: P-C3 (4545), P-C4 (4546)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Komplementtiproteiinien tason määrityksellä on merkitystä immuunitaudeissa ja infektioissa, joissa epäillään Komp-lementin puutostiloja tai lisääntynyttä kulutusta.

Ks. myös HAE-tutkimus, P-C1INH, Komplementti C3:n ja C4:n aktivaatiotuot-teet, Komplementin aktivaatiotutkimus.

Indikaatiot: Epäily komplementin puutostilasta, immuunikompleksi-taudista tai komple-menttia kuluttavasta infektiosta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: EDTA-plasma 2 x 1 ml, jäädytetään välittömästi. HUOM: Nivel- ja pleuranes-teet ym. kudosnesteet myös EDTA-näytteinä. Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon seuraavan päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: C3 ja C4 määritetään immunonefelometrisesti. Teetetään alihankintana (TYKSLAB)

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealueet: plasma C3 0.65–1.32 g/l (seerumi C3 0.71–1.41 g/l), C4 plas-ma 0.11-0.32 g/l (seerumi 0.12-0.34) g/l. Mikäli potilaalla on C4A:n tai C4B:n puutos (nolla-alleeli), C4 taso voi olla matala. Tarvittaessa suositellaan C4 allotyyppien määritystä.

C4A:n ja C4B:n puutoksiin ja/ tai nolla-alleeleihin on todettu liittyvän immuu-

Page 159: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

159

nikompleksitauteja (SLE, glomerulonefriitit), angioödeemaa ja alttiutta toistu-viin sinuiitteihin sekä muihin hengitysteiden infektioihin, lapsilla mm. peumo-nioihin.

C3:n ja C4:n pitoisuudet voivat laskea myös klassisen tien aktivaation seurauk-sena immuunikomplekstitaudeissa tai infektioissa.

Ks. myös, P-Komplementin aktivaatiotutkimus.

Kirjallisuus: Jarva H. Komplementtitutkimukset. Moodi 1/2004:52–53. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-

mic Press, London 1990. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60

KOMPLEMENTTI C4 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C4D)

Lyhenne: P-C4Aktt (3067)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Klassisen tien aktivaatiossa C4b ja C2a muodostavat C42-kompleksin, joka toimii C3-konvertaasina pilkkoen C3:sta C3a:n. C4:n aktivoituessa muodostu-nutC4dvoidaanosoittaaspesifisenantiseeruminavulla.

Indikaatiot: Komplementin klassisen tien aktivaation osoittaminen esim. immunokomplek-sisairauksissa, SLE:ssa, reumassa, vaskuliiteissa ja endokardiitissa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: EDTA-plasma 2x1 ml (jäädytetään välittömästi). HUOM: Nivel- ja pleuranes-teet ym. kudosnesteet myös EDTA- näytteinä. Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päi-vän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä C4d EIA (qUIDEL). Samanaikaisesti määritetään aina myös plasman C4. C4 teetetään alihankintana (TYKSLAB).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastausta seuraa lausunto. Positiivinen C4d on herkkä klassisen tien aktivaa-tion indikaattori mm. SLE:ssa, reumassa, johon liittyy vaskuliitteja sekä kroo-nisessa urtikariassa, johon liittyy hypokomplementemia. Matalia C4-tasoja todetaan komplementin klassisen tien aktivaatiossa, jossa yleensä myös C3 ja komplementin aktiivisuus (CH100) ovat alentuneet. HAE:ssa C4 on matala, mutta C3 normaali.

C4 voi olla matala myös alentuneen synteesin takia (maksasairaudet) tai ge-neettisen puutoksen takia (ns. C4 nolla-alleelit). Normaali C4 akuutin faasin proteiinien (CRP ym) nousun yhteydessä ei sulje pois C4:n aktivaatiosta.

Page 160: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

160

Kirjallisuus: Jarva H. Komplementtitutkimukset. Moodi 1/2004:52–53. Meri S. Moodi 1994; 5:220. Milgrom H, et al. J Immunol 1980;124:2780. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-

mic Press, London 1990. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI FAKTORI B + AKTIVAATIOTUOT-TEET (BB)

Lyhenne: P-FakBAkt (20048)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Faktori B (C3-aktivaattori) osallistuu faktori D:n ja properdiinin kanssa komple-mentin oikotieaktivaatioon (alternative pathway). Faktori B:n aktivoituessa siitä vapautuu 2 fragmenttia (Ba, Bb). Koska natiivissa molekyylissä ja akti-vaatiotuotteissa on erilaisia antigeenisia determinantteja (Ba, Bb) ne voidaan erottaatoisistaanspesifisenantiseeruminavulla.

Indikaatiot: Komplementin vaihtoehtoisen tien aktivaation mittaaminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2x1 ml EDTA-plasmaa jäädytetään välittömästi. HUOM: Pleuraneste, syno-vianeste ja likvori käsitellään kuten plasma (EDTA-putki). Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeis-tään seu-raavan päivän aikana. (Ks. omplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Monoklonaalista vasta-ainetta käyttävä entsyymi-immunologinen menetelmä Bb EIA (qUIDEL, San Diego, USA). Samanaikaisesti määritetään aina myös plasman faktori-B.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Faktori B:n aktivaatiotuotteita voidaan osoittaa komp-lementin oikotien akti-vaatiossa, mm. gram-negatiivisessa bakteremiassa, membranoproliferatii-visessa (MPGN) ja post-streptokokkaalisessa glomerulonefriitissä (alkuvai-heessa) ja SLE:ssa. Komplementin oikotien nonimmuno-logisen aktivaation voivat aiheuttaa mm. endotoksiini (gram-negat. bakteerit), ja ”nephritic factor” (C3NeF; MPGN II). Primaarisessa oikotien aktivaatiossa C3 ja Faktori B ovat matalat ja Bb aktivaatiotuotteet positiiviset, mutta C4 on normaali, eikä C4:n aktivaatiotuotteita voida osoittaa. Sekä totaali (CH100) että oikotien kautta ak-tivoituva komplementti (CH100Al) ovat alentuneet oikotien in vivo aktivaation seurauksena.

Kirjallisuus: Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-mic Press, London 1990.

Page 161: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

161

Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992: 124–128.

Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60

KOMPLEMENTTI FAKTORI B, PITOISUUS

Lyhenne: P-FakB (6091)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Faktori B (C3-aktivaattori) osallistuu faktori D:n ja properdiinin kanssa komple-mentin oikotieaktivaatioon (alternative pathway).

Indikaatiot: Komplementin vaihtoehtoisen tien aktivaation osoittaminen (ks. myös P-FakB-Akt).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA-plasmaa (ks. näytteenotto-ohjeet) jäädytetään välittömästi. HUOM: Pleuraneste, synovianeste ja likvori käsitellään kuten plasma (EDTA-putki). Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee labo-ratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Aikuisten normaaliarvot vaihtelevat 0.1–0.4 g/l. Alentuneet Faktori B:n arvot yhdessä normaalin C4:n ja alentuneen C3:n kanssa viittaavat komplementin kiertotien aktivaatioon. Alentuneita arvoja tavataan mm. gram-negatiivisessa bakteremiassa, membranoproliferatiivisessa glomerulonefriitissä ja SLE:ssä. Akuutissa post-streptokokkaalisessa glomerulonefriitissä alentuneita arvoja tavataan taudin alkuvaiheessa. Tulehduksen yhteydessä Faktori B reagoi ku-ten nk. akuutin faasin proteiinit ja kohonneita arvoja on kuvattu mm. neoplasi-oiden, kirurgisten toimenpiteiden ja aktiivin tulehduksen yhteydessä. Akuutin faasin proteiinien ollessa koholla komplementin oikotie voi olla aktivoitunut, vaikka Faktori B olisi normaali.

Kirjallisuus: Gewurtz H, Suyehira LA. In Manual of Clinical Immunology, 2nd ed. (Ed. by NR Rose, H Friedman) American Society for Microbiology, Washington D.C., 1980, pp 163–174.

Laurell A-B. Med Laboratory 1979;6:1. Meri S. Duodecim 1994;110:185. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-

mic Press, London 1990. Schiotz PO, et al. Acta Pathol Microbiol Scand (C) 1979;87:1. Schur PH. Am J Clin Pathol 1977;68:647. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

Page 162: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

162

KOMPLEMENTTI, KOKONAISAKTIIVISUUS (KLASSINEN, VAIHTOEHTOINEN JA LEKTIINITIE)

Lyhenne: S-CH100 (4941) Sisältää: S-CH100Cl (klassinen tie; kl 3856) S-CH100Al (vaihtoehtoinen tie; 3857) S-CH100L (lektiinitie; 4976)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. myös KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS (C-Def). Tutkimus mittaa kaikkia komplementin osatekijöitä. Alentunut aktiviteetti voi-

daan todeta komplementin puutostiloissa tai huomattavasti lisääntyneessä kulutuk-sessa.

Indikaatiot: Immuunitaudit tai toistuvat infektiot, joissa epäillään komplementin puutostilo-ja tai huomattavasti lisääntynyttä kulutusta

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml tuoretta seerumia. Punasolut erotettava 30 min kuluessa ja seerumi säi-lytettävä +4° C. Hemolyysi häiritsee. Tuore seerumi voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Entsyymi-immuunimenetelmä. Testi mittaa erikseen klassisen (CP), vaihtoeh-toisen (AP) ja lektiinitien (MPL) aktivaation. Klassinen tie (C1-C9) reagoi klas-sisen tien aktivaattorin (IgM), vaihtoehtoinen tie (Faktori B, Properdiini, C3b) LPS:n ja lektiinitie mannaanin kanssa. Komplementin aktivaatio osoitetaan mittamaalla syntynyt terminaalikompleksin (C5b-C9) neoantigeeni käyttäen monoklonaalista entsyymileimattua vasta-ainetta.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Viitealue: S-CH100Cl (klassinen tie) >60 % normaalista S-CH100Al (vaihtoehtoinen tie) >40 % normaalista S-CH100L (lektiinitie) >10 % normaalista

Tulkinta: Vastaus: annetaan lausunto kustakin osatutkimuksesta erikseen. Mannoosia sitovan lektiinin mutaatiot voivat johtaa toiminnan puuttumiseen (<10 % nor-maalista) tai heikentymiseen (10–40 % normaalista). MBL puutos suositellaan varmistamaan geenitestillä tai MBL proteiinin määrityksellä.

Komplementin kokonaisaktiivisuus on alentunut synnynnäisissä tai hankituis-sa komplementin komponent--tien puutostiloissa sekä immunokompleksivälit-teisissä tau-deissa (esim. SLE, membranoproliferatiivinen glomeru-lonefriitti).

Klassisen tien komponentien puutoksista ovat tavallisimpia C2- ja C4, joihin liittyy toistuvia infektioita ja auto-immuunisairauksia. Neisseriainfektiot ovat yleisiä C5-C9 puutoksissa.

Page 163: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

163

Oikotieaktivaatioon osallistuvien faktori D:n ja faktori B:n puutokset ovat har-vinaisia, samoin properdiinin puutos, johon liittyy toistuvia vakavia meningo-kokki-infektioita.

Mannaania sitovan lektiinin (MBL) puutokset tai mutaatiot ovat yleisiä (15 %:lla). Puutos voi altistaa auto-immuunitaudeille. Puutokseen liittyy pikkulap-silla lisääntynyttä infektioalttiutta mikäli esiintyy yhdessä muiden immuunipuu-tosten, esim. IgG-alaluokkapuutosten kanssa.

Tuoreen verinäytteen tutkiminen on olennaisen tärkeää. Vaaditaan 50–80 % aleneminen yksittäisissä komplementin osatekijöissä, jotta komplementin ko-konaisaktiivisuus alenee.

S-CH100 tuloksen tulkinta**

CH100Cl CH100L CH100Al Mahdollinen puutos* Kliiniset assosiaatiot

matala normaali normaali C1q,C1r,C1s (C1q-vasta-aineet) SLE, autoimmuunisairaudet

normaali matala normaali MBL, MASP2 Varhaislapsuuden infektiot, autoim-muunisairaudet

matala matala normaali C4,C2 tai molemmat (C4A, C4B nolla-alleelit) Infektiot, autoimmuunisairaudet

matala matala matala C3,C5,C6,C7,C8,C9Faktori H, I

Infektiot; C3 pyogeeniset, C5-C9 neisseriainfektiot

normaali normaali matala Properdiini, Fakt.B,DInfektiot; properdiini: fataaleja menin-gokokki-infektioita (famili-aarinen)

normaali normaali normaali Ei puutoksia

* Mikäli S-CH100 on poikkeava, suositellaan komplementin puutostutkimusta (S-C-DEF), jossa voidaan määrittää jokainen osakomponentti erikseen.

**HUOM: komplementin in vivo aktivaatio, esim. autoimmuunitaudin (immuunikompleksit) tai infektion seurauksena voi johtaa komplementin komponenttien voimakkaaseen kulutukseen. Kulutus voidaan osoittaa komplementin aktivaatio- tutkimuksella (P-CAktt).

Kirjallisuus: Jarva H, Meri S. Duodecim 2000;116:1367 Seelen MA, Roos A, Wieslander J et al. Functional analysis of the classical,

alternative, and MBL pathways of the complement system: standardization and validation of a simple ELISA. J Imm Meth 2005; 296:187–98

Sjöholm AG. APMIS 1990;98:861 Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60

Page 164: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

164

KOMPLEMENTTI C5, C6, C7, C8, C9, PITOISUUDET

Lyhenteet: P-C5, P-C6, P-C7, P-C8, P-C9 (jokainen tilattavissa erikseen)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Komplementin komponentit C5-C9 osallistuvat solukalvoja tuhoavan komp-leksin (MAC) muodostumiseen. Näiden komponenttien puutoksissa esiintyy Neisseria-infektioita, mikä johtuu siitä että elimistö on kykenemätön tuhoa-maan gram-negatiivisten neisserioiden solukalvoa ilman toimivaa komple-menttia – normaali opsonisasatio ja fagosytoosi ei riitä.

C5-C9 komponentin puutokset ovat harvinaisia. Niiden yhteydessä on todettu Neisseria-infektioita (joista yli puolet on meningokokki-infektioita) sekä muu-ten lisääntynyttä infektioalttiutta (toistuvat infektiot). On arvioitu, että n. 10 %:lla meningokokkimeningiittipotilaista on komplementin loppupään puutos. Näistä C6:n puutos on yleisin länsimaissa – niitä on kuvattu n. 50 tapausta. Neisseriainfektioiden lisäksi C6-puutoksissa esiintyy SLE:ta ja 20 % on ter-veitä. C5-C8-puutteisista joka toinen sairastuu jossain elämänsä vaiheessa neisseria-meningiittiin, ja heille pyritäänkin antamaan profylaktinen meningo-kokkirokiotus. C9-puutos on länsimaissa harvinainen, mutta Japanissa hyvin yleinen (1: 1000) – tosin yleensä oireeton.

Indikaatiot: Komplementin C5–C9 komponenttien puutosten osoit-taminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähe-te.

Näyte: EDTA-plasmaa 2 ml (jäädytetään välittömästi, ks. näytteen otto-ohjeet). Tuore EDTA-plasma voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon vii-meistään seuraavan päivän aikana.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastausta seuraa lausunto. Viitearvot: C5 > 0.07 mg/ml. C6, C7, C8, C9 > 80%

Kirjallisuus: Meri S: Duodecim 1994;110:185. Sjöholm AG. APMIS 1990;98:861. Schur PH: Am J Clin Pathol 1977;68:647. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60

Page 165: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

165

KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS

Lyhenne: S-C-Def (11887)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sisältää: S-Komplementti, aktiivisuus, klassinen tie CH100Cl (kl 3856) S-Komplementti, aktiivisuus, oikotie CH100Al (kl 3857) S-Komplementti, aktiivisuus, lektiinitie CH100L (kl 4976) P-Komplementti C3 (kl 4545) P-Komplementti C4 (kl 4546) P-Komplementti, properdiini, pitoisuus P-Faktori B, pitoisuus lisäksi mikäli S-CH100Cl on matala: P-C1q, C1s, C1r, C2, C5, C6, C7, C8, C9

Komplementin puutostilaa voi epäillä jos potilaalla on toistuvia infektioita tai hänellä esiintyy autoimmuunisairauksiin liittyviä vaskuliitteja tai yliherkkyys-reaktioita (angioödeema). Tavallisin kliininen puutostila on hereditaarinen an-gioödeema (HAE), joka johtuu C1-esteraasin inhibiittorin puuttesta. Autoim-muunitaudeissa esiintyy C1q- C2-, C3-, C4- ja mannoosia sitovan lektiinin (MBL) puutoksia. Bakteeri-infektioissa voi esiintyä C1r,s-, C2- C3-, C4-, C5-9, properdiinin ja MBL puutoksia.

Indikaatiot: Immuunitaudit tai toistuvat infektiot, joihin liittyy primaarisen tai sekundaarisen komplementin puutoksen epäily.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Infektioanam-neesi ja tiedot autoimmuunisairauksista liitettävä mukaan.

Näyte: 2 ml tuoretta seerumia ja 2 x 1 ml EDTA plasmaa. Tuore EDTA-plasma voi-daan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana. (Ks. komplementtinäytteiden näytteenotto-ohjeet).

Menetelmä: Ks. osatutkimukset.Tutkimus aloitetaan tutkimalla S-komplementti, kokonais-aktiivisuus, P-C3, P-C4 P-properdiini ja Faktori-B. Mikäli CH100Cl on matala, tutkitaan P-C1q, C1s, C1r, C2, C5, C6, C7, C8 ja C9.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan lausunto. Komplementin koko-naisaktiivisuuteen (CH100) vaikuttavat sekä klassisen tien komponentit (C1, C4, C2, MBL) että yhteiset komponentit (C3, C5-9, faktorit H ja I). Oikotieaktivaatioon osallistuvat faktori D, faktori B ja properdiini. Faktorien D ja B puutokset ovat harvinaisia, mutta properdiinin puutoksiin liittyy toistuvia vakavia meningokokki-infektioita. Neisseria-infektiot ovat yleisiä myös C5-C9 puutoksissa. Klassisen tien puu-tokset voivat olla synnynnäisiä (C2,C4) tai hankittuja (esim. anti-C1q-vasta-aineet SLE:ssa). Myös immuunikompleksitaudit ja infektiot voivat aiheuttaa komplementin aktivaatiota in vivo, ja kuluttaa komplementtia. Vaihtoehtoinen

Page 166: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

166

tie voi aktivoitua myös Faktori H:n puutoksessa tai C3-nefriittitekijän (C3Nef) vaikutuksesta.

Mannaania sitovan lektiinin (MBL) puutokset tai mutaatiot ovat yleisiä. Niitä esiintyy n. 15 %:lla väestössä. Puutos voi altistaa autoimmuunitaudeille. Puu-toksella on kliinistä merkitystä mikäli esiintyy yhdessä muiden immuunipuu-tosten, esim. IgG-alaluokkapuutosten kanssa.

Tuoreen verinäytteen tutkiminen on olennaisen tärkeää. Vaaditaan 50–80 % aleneminen yksittäisissä komplementin osatekijöissä, jotta komplementin ko-konaisaktiivisuus alenee.

S-CH100 tuloksen tulkinta*

CH100Cl CH100L CH100Al Mahdollinen puutos Kliiniset assosiaatiot

matala normaali normaali C1q,C1r,C1s (C1q-vasta-aineet) SLE, autoimmuunisairaudet

normaali matala normaali MBL, MASP2 Varhaislapsuuden infektiot, autoim-muunisairaudet

matala matala normaali C4,C2 tai molemmat (C4A, C4B nolla-alleelit) Infektiot, autoimmuunisairaudet

matala matala matala C3,C5,C6,C7,C8,C9Faktori H, I

Infektiot; C3 pyogeeniset, C5-C9 neisseriainfektiot

normaali normaali matala Properdiini, Fakt.B,DInfektiot; properdiini: fataaleja meningokokki-infektioita (famil-iaarinen)

normaali normaali normaali Ei puutoksia

*HUOM: komplementin in vivo aktivaatio, esim. autoimmuunitaudin (immuunikompleksit) tai in-fektion seurauksena voi johtaa komplementin komponenttien voimakkaaseen kulutukseen. Ku-lutus voidaan osoittaa komplementin aktivaatio- tutkimuksella (P-CAktt).

Kirjallisuus: Jarva H, Meri S. Duodecim 2000;116:1367. Meri S. Duodecim 1994;110:185. Sjöholm AG. APMIS 1990;98:861. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

KOMPLEMENTTI, SC5B-9-KOMPLEKSI

Lyhenne: P-SC5b-9 (10982)

Tiedustelut: Laboratorio (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Komplementin loppupään aktivaation seurauksena syntyvä C5-C9 kompleksi

Page 167: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

167

inaktivoidaan liittämällä siihen vitronektiini (faktori S) ja näin syntyy liukoinen SC5-9-kompleksi. Tätä ns. terminaalikompleksia (TCC eli MAC ’Membrane Attack Complex’) on osoitettu mm. veressä, likvorissa ja pleuranesteessä sekä systeemisissä autoimmuuni-sairauksissa (SLE) että kroonisissa tuleh-duksellisissa neurologisissa sairauksissa. Myös glomerulonefriiteissä testi on käyttökelpoinen: virtsan SC5-9 taso kuvastaa taudin aktiviteettia. Liukoinen SC5b-9-kompleksi on verrattain stabiili ja säilyy elimistön nesteissä päiväkau-sia. Näytteeksi käy plasma tai seerumi.

Indikaatiot: Komplementin aktivaation osoittaminen (infektiot, vaskuliitit, SLE, glomerulo-nefriitit).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 ml EDTA-plasmaa, pleura- tai synovianestettä, likvoria tai virtsaa (ks. näyt-teenotto-ohjeet) jäädytetään välittömästi. Tuore EDTA-näyte voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Menetelmä: Monoklonaalisia vasta-aineita käyttävä entsyymi-immunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue: <725 ng/ml. Komplementin terminaalikompleksien määritys mittaa sekä klassisen että vaihtoehtoisen tien aktivaatiota. Klassinen tie aktivoituu immuunikompleksitaudeissa mm. SLE:ssa munuaisvaurion merkkinä, reu-massa, johon liittyy vaskuliitteja sekä kroonisessa urtikariassa, johon liittyy hypokomplementemia. Oikotien aktivaatiota esiintyy mm. gram-negatiivises-sa bakteremiassa, membranoproli-feratiivisessa (MPGN) ja post-streptokok-kaalisessa glomeruloprefriitissä (alkuvaiheessa) ja SLE:ssa.

Glomerulonefriiteissä terminaalikompleksien määritys kannattaa tehdä myös virtsanäytteestä.

Kirjallisuus: Honkanen E, ym.Nephrol Dial Transplant, 1994;9:1553 Meri S. Duodecim 1994;110:185. Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-

mic Press, London, 1990. Pruchno CJ, ym. Am J Pathol 1991;138:203. Viander M. Moodi 2/1992:124. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62

KORONAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: KORONANhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476.

Yleistä: Koronaviruksia tunnetaan kolme serotyyppiä, alatyyppejä on todennäköisesti useita kymmeniä. Ne aiheuttavat pääasiassa ylempien hengitysteiden infekti-oita.

Page 168: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

168

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Nenätikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet.. Nenähuuhtelunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Polymeraasiketjureaktio (PCR)

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos val-miina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löy-dös on osoitus koronavirusinfektiosta.

KRANIOSYNOSTOOSIT, FGFR2-GEENIN VALTAMUTAATIOI-DEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -FGFR2-D (11841) Ts-FGFR2-D (12204)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: FGFR2-geenin (fibroblastikasvutekijäreseptorigeeni 2) mutaatioita tavataan lähinnä eräitä kraniosynostoosioireyhtymiä, kuten Crouzonin, Pfeifferin, Aper-tin ja Jackson-Weissin oireyhtymiä sairastavilla potilailla. Kraniosynostoosin eli kallon luusaumojen ennenaikaisen sulkeutumisen ohella tyypillisiä oirei-ta ovat Crouzonin oireyhtymässä voimakas proptoosi ja Pfeifferin, Apertin ja Jackson-Weissin oireyhtymissä erilaiset raajojen luutumishäiriöt, kuten esim. syndaktyliat. Oireyhtymät periytyvät autosomissa vallitsevasti, ja sporadisten tapausten osuus on huomattava. Apertin oireyhtymässä lähes kaikki kuvatut tapaukset ovat sporadisia, muissa oireyhtymissä familiaalisia ja sporadisia ta-pauksia on suunnilleen yhtä paljon.

Kraniosynostoosioireyhtymät ovat Apertin oireyhtymää lukuun ottamatta ge-neettisesti varsin heterogeenisiä, mutta ylivoimaisesti eniten mutaatioita kes-

Page 169: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

169

kittyy FGFR2-geenin eksoneihin 8 ja 10. Sekvensoimalla nämä kaksi eksonia pystytään patogeeninen mutaatio osoittamaan jopa noin puolella Crouzonin, Pfeifferin tai Jackson-Weissin oireyhtymää sairastavista potilaista. Apertin oi-reyhtymä puolestaan on varsin homogeeninen ja lähes kaikilla potilailla on joko p.Ser252Trp-mutaatio tai p.Pro253Arg-mutaatio FGFR2-geenin eksonissa 8.

Indikaatiot: Kliininen epäily Crouzonin, Pfeifferin, Jackson-Weissin tai Apertin oireyhty-mästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR2-geenin eksonien 8 ja 10 PCR-monistus ja sekvensointi. Apertin oireyh-tymää epäiltäessä FGFR2-geenin eksonin 8 PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen FGFR2-geenin sekvenssianalyysissä varmistaa klii-nisen diagnoosin. Mutaatio on tällä menetelmällä osoitettavissa vain noin puolelta Crouzon-, Pfeiffer- tai Jackson-Weiss-oireyhtymää sairastavista poti-laista, ja siten normaali tulos ei poissulje kliinistä diagnoosia. Apertin oireyhty-mässä jompikumpi kahdesta FGFR2-geenin pistemutaatiosta on osoitettavis-sa jopa 99 %:lta potilaista.

KROMOSOMIEN MIKRODELEETIOIDEN FISH-TUTKIMUS

Lyhenne: B -FISHDel (4770)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tunnetuimpien ns. mikrodeleetiosyndroomien deleetioalueille on saatavilla spesifisiägeenikoettimia.Hybridisoitaessanäitäkoettimiapotilaanverinäyt-teestä tehdyille kromosomivalmisteille, voidaan havaita pienet deleetiot, joita ei luotettavasti voida osoittaa edes prometafaasikromosomitutkimuksissa. Tutkimukset tehdään verinäytteestä. Tarjoamamme yleisimmät mikrodeleetio-tutkimukset ovat: 1) Catch-22 22q11.2 2) Cri-du-Chat 5p15.2 3) Miller-Dieker 17p13.3 4) Prader-Willi/Angelman 15q11-13 5) Smith-Magenis 17p11.2 6) Williams 7q11.23 7) Wolf-Hirschhorn 4p16.3 8) Y-kromosomin deleetiotutki-mus 9) yksittäisten telomeerialueitten FISH-tutkimukset. Myös harvinaisem-pien mikrodeleetioiden tutkimus on mahdollista.

Indikaatiot: Kliininen epäily jostakin em. oireyhtymästä.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 5 ml Li-hepariiniverta

Page 170: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

170

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljely ja fluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Deleetion löytyminen vahvistaa kliinisen diagnoosin.

KROMOSOMIEN MIKRODELEETIO FISH-TUTKIMUS MUUS-TA KUDOKSESTA KUIN VERESTÄ

Lyhenne: FISH-Del (12171)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tunnetuimpien ns. mikrodeleetiosyndroomien deleetioalueille on saatavilla spesifisiägeenikoettimia.Hybridisoitaessanäitäkoettimiapotilaannäyttees-tä tehdyille kromosomivalmisteille, voidaan havaita pienet deleetiot, joita ei luotettavasti voida osoittaa edes prometafaasikromosomitutkimuksissa. Tar-joamamme yleisimmät mikrodeleetiotutkimukset ovat: 1) Catch-22 22q11.2 2) Cri-du-Chat 5p15.2 3) Miller-Dieker 17p13.3 4) Prader-Willi/Angelman 15q11-13 5) Smith-Magenis 17p11.2 6) Williams 7q11.23 7) Wolf-Hirschhorn 4p16.3 8) Y-kromosomin deleetiotutkimus 9) yksittäisten telomeerialueitten FISH-tut-kimukset. Myös harvinaisempien mikrodeleetioiden tutkimus on mahdollista.

Indikaatiot: Kliininen epäily jostakin em. oireyhtymästä.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Lapsivedensolut,istukkanäytetaiviljellytfibroblastit

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 2-6 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Deleetion löytyminen vahvistaa kliinisen diagnoosin.

KROMOSOMITUTKIMUS IHONÄYTTEESTÄ

Lyhenne: Sk-Kromos (2154)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Page 171: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

171

Yleistä: Kromosomitutkimusvoidaantehdäihonfibroblasteistaesimerkiksifetusmor-tus –tilanteissa tai epäiltäessä mosaikismia.

Indikaatiot: Epäily kromosomipoikkeavuudesta tai mosaikismista jonkin kromosomipoik-keavuuden suhteen.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Ihopala

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Ihonäytteestä perustetaan soluviljely ja kromosomivalmisteet tehdään viljel-lyistä fibroblasteista. Tutkimuksessa käytetään perinteistä G-raitavärjäystä.Tutkimus tehdään noin 400 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto.

Vastausaika: 4-6 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKAPALANÄYTTEESTÄ

Lyhenne: Ts-Kromos (3741), Pl-Kromos (4325)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Joissakin erikoistapauksissa, kuten fetus mortus -tilanteissa kromosomitutki-mus voidaan suorittaa istukkapalanäytteestä perustetusta viljelystä.

Indikaatiot: Epäily kromosomipoikkeavuudesta.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Istukkapala

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Istukkapalanäytteestä perustetaan soluviljely ja kromosomivalmisteet teh-dään viljellyistä soluista. Tutkimuksessa käytetään perinteistä G-raitavärjäys-tä. Tutkimus tehdään noin 400 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto.

Vastausaika: 4-6 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

Page 172: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

172

KROMOSOMITUTKIMUS LUUYTIMESTÄ

Lyhenne: Bm-Kromos (2152)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tutkimuksessa etsitään hematologisiin maligniteetteihin liittyviä ns. hankittu-ja, klonaalisia kromosomipoikkeavuuksia. Näillä muutoksilla tiedetään olevan paitsi diagnostista, myös ennusteellista merkitystä. Diagnoosivaiheessa ha-vaittuja muutoksia voidaan myös hyödyntää hoidon seurannassa.

Indikaatiot: Epäily hematologisesta maligniteetista.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä (lisäksi 5 ml Li-hepariiniverta diagnoosivaiheessa)

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Luuytimen kromosomitutkimuksessa tutkitaan suoralla menetelmällä spon-taanisti jakautuvia soluja sekä lyhyen aikaa viljeltyjä soluja. KLL:ssa ja MM:ssa käytetään myös solujen stimulaatiota. Tutkimuksessa käytetään pe-rinteistä G-raitavärjäystä. Ensimmäisen tutkimuksen yhteydessä selvitetään tarvittaessa myös potilaan peruskaryotyyppi (B –karyot (11863)) PHA:lla ja-kautumaan stimuloiduista perifeerisen veren lymfosyyteistä. Peruskaryotyy-pin selvitys sisältyy hintaan.

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Klonaalisen kromosomipoikkea-vuuden löytyminen sopii hematologiseen maligniteettiin.

KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ

Lyhenne: B -Kromos (2151)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Tavallinen kromosomitutkimus tehdään synnynnäisten kehityshäiriöiden etio-logian selvittämiseksi ja aikuisilla infertiliteetin tai spontaanien keskenmeno-jen syyn selvittämiseksi.

Indikaatiot: Tavallinen kromosomitutkimus tehdään synnynnäisen kehityshäiriön etiolo-gian selvittämiseksi: 1) Vastasyntyneillä varma tai epäilty trisomia, anomali-asyndrooma tai epäselvä sukupuoli. 2) Lapsuusiässä kehitysviive ja dysmor-fiset piirteet, kasvun poikkeavuudet. 3)Nuorilla puberteettikehityksen viive/poikkeavuudet. 4) Aikuisilla tavallinen kromosomitutkimus on aiheellinen sel-vitettäessä infertiliteetin tai spontaanien keskenmenojen (3 tai useampi) syytä

Page 173: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

173

tai jos suvussa periytyy balansoitu kromosomimuutos.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 5 ml Li-hepariiniverta (pienet lapset 1 ml)

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljely ja G-raitavärjäys. Vastasyntyneiden kiireellisissä tutkimuksissa käytetään myös DAPI-värjäystä. Tutkimus tehdään metafaasivaiheen kromo-someista noin 400 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto.

Vastausaika: 2-4 viikkoa, kiireellisenä 2-4 vrk.

Tulkinta: Kromosomitutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

KUDOSANTIGEENI B27

Lyhenne: Ly-HLAB27 (3075)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: HLA-B27 on MHC luokan I kudosantigeeni, joka löytyy Suomessa noin 14 %:lta väestössä. HLA-B27-alleelin suhteen positiivisilla henkilöillä on suuresti kohonnut riski sairastua selkärankareumaan, Reiterin tautiin, reaktiiviseen ni-veltulehdukseen, sekä ulseratiivisen koliitin ja psoriasiksen yhteydessä esiin-tyvään spondyliittiin. HLA-B27 ei kuitenkaan ole riittävä ko. tautien syntyyn, vaan esim. reaktiivisen niveltulehduksen syntyyn tarvitaan altistus Yersinia, Shigella, Chlamydia, Salmonella tai Campyloryhmien bakteereille (Ks. Chla-mydia trachomatis, vasta-aineet, Salmonella, vasta-aineet, Yersinia, vasta-aineet) Kuitenkin yli 95 % selkärankareumaa sairastavista ja noin 70–80 % Reiterin tautia tai reaktiivista niveltulehdusta sairastavista potilaista on HLA-B27 positiivisia. Myös taudinkulku ko. taudeissa on erilainen HLA-B27 positii-visilla ja -B27 negatiivisilla potilailla: Reiterin tauti ja reaktiivinen niveltulehdus ovat vaikeampia HLA-B27 positiivisilla ja selkärankareumapotilaista iriittejä on useammin HLA-B27 positiivisilla.

Indikaatiot: HLA-B27-määritys on aiheellinen epäiltäessä HLA-B27-antigeeniin assosioi-tunutta tautia, jolloin määritys on apuna diagnoosia tehtäessä.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Säilyy useita päiviä huoneen lämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: PCR-monistukseen ja DNA-hybridisaatioon perustuvalla menetelmällä tutki-taan näytteestä onko henkilö positiivinen HLA-B27-alleelin suhteen.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa.

Page 174: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

174

Tulkinta: Vastaus on joko HLA-B27+ tai HLA-B27-. Erikoislääkärin konsultaatio puh. (02) 333 7 028.

Kirjallisuus: Laitinen M & Hakala M. Selkärankareuma. Duodecim 2005;121:1635-42.

KUDOSNESTEEN KOMPLEMENTTITUTKIMUKSET

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Elimistössä tapahtuu usein paikallista komplementin aktivoitumista, esim. lo-kaalisen immuunireaktion (antigeeni-vasta-ainekompleksit ym.) seurauksena, mikä ei välttämättä näy veren komplementtitasoissa. Kudosnesteiden (nivel-neste, pleura, likvori) komplementin määritys voi tällöin olla diagnostinen.

Kudosnesteestä voidaan tehdä seuraavia määrityksiä: S-Komplementti, kokonaisaktiivisuus (CH100) P-Komplementti, properdiini, P-Faktori B-pitoisuus P-Komplementti faktori B + aktivaatiotuotteet P-Komplementti C3 + aktivaatiotuotteet P-Komplementti C4 + aktivaatiotuotteet P-SC5b-9-kompleksi

Indikaatiot: Komplementin aktivaation osoitus (pleura, synovia, likvori).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Komplementin kokonaisaktiivisuutta mitattaessa pelkkää kudosnestettä, muuten EDTA-näyte (ks. näytteenotto-ohjeet edellä) 2 ml (jäädytetään välittö-mästi). Nivel-, pleura- ym. kudosnesteet myös EDTA-näytteinä. (Ks. näytteen-otto-ohjeet).

Menetelmä: Kudosnesteestä voidaan mitata kaikkia komplementin komponentteja mitä verestäkin. Ks. yksittäisten tutkimusten kohdalta.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Ks. yksittäisten tutkimusten kohdalta. Yksittäisten komple-mentin komponent-tien määrä voi olla laskenut kudosnes-teessä, vaikka veren arvot ovat nor-maalit. Esim. LED:ssa likvorin C4:n lasku viittaa keskushermoston SLE:een ja pleuranesteen C4:n lasku keuhkojen prosessiin. Reumassa on todettu mata-lia C4 arvoja nivelnesteessä. Myös C3:n, C4:n ja Faktori B:n aktivaatiotuottei-ta voidaan osoittaa kudosnesteistä.

Kirjallisuus: Morgan BP. Complement. Clinical aspects and relevance to disease. Acade-mic Press, london, 1990.

Schur PH. Am J Clin Pathol 1977;68:647. Viander M. Moodi 2/1992;124. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

Page 175: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

175

KUDOSTRANSGLUTAMINAASI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-tTGAbA (1885), S-tTGAbG (1886), voidaan tilata erikseen

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Ks. KELIAKIATUTKIMUS.

Indikaatiot: Keliakian ja dermatitis herpetiformikseen (ihokeliakia) liittyvän enteropatian (ohut-suolivaurio) diagnostiikka ja dieettihoidon seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: S-tTGAbA: Entsyymi-immunologinen (ELISA) menetelmä. Antigeenina hu-maani rekombinantti kudostransglutaminaasi (rtTG).

S-tTGAbG:fluoroimmunologinenmenetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealueet: tTGAbA: <0.10, raja-arvo 0.10–0.14, positiivinen >0.15 EU/ml.

tTGAbG: <7, raja-arvo 7–10, positiivinen >10 U/ml. Transglutaminaasivasta-ainemääritys on herkkä ja spesifinen ohutsuolen

villusatrofian osoittaja. Hoitamattomassa tuoreessa keliakiassa positiivisiaIgA-luokan vasta-aineita voidaan osoittaa lapsilla >95 %:lla ja aikuisilla >90 %:lla. Dermatitis herpetiformiksessa (ihokeliakia) vasta-aineita tavataan niillä potilailla (n. 70 %), joilla suolen limakalvo on vaurioitunut. Mikäli suolen lima-kalvo on normaali, vasta-aineita todetaan vain 5–10 %:lla DH-potilaista. IgA-puutospotilailla transglutaminaasi (IgA) vasta-ainetesti on negatiivinen, mutta IgG-luokan transglutaminaasi-, endomysium- tai gliadiinipeptidivasta-aineet positiiviset.

Sekä keliakiassa että DH:ssa tuloksiin vaikuttaa myös se että gluteenittoman dieetin aikana titterit laskevat. IgA-luokan transglutaminaasivasta-aineet hä-viävät 6–12 kk kuluessa. Vasta-aineet ilmestyvät nopeasti jos dieetti pettää. Vasta-ainemäärityksiä voidaankin käyttää dieetin seurantaan.

Transglutaminaasivasta-aineita tavataan harvoin muilla kuin keliakiapotilail-la. Riskiryhmien seulontatutkimuksissa vasta-aineita voi esiintyä oireettomilla (mm. tyyppi 1 diabeteksessa 2–5 %:lla), tällöin kyseessä voi tuoreen keliakian sijasta olla myös latentti keliakia. Näitä potilaita on syytä seurata koska jos-sain vaiheessa latentti tauti muuttuu keliakiaksi.

Keliakiapotilaiden immuunivaste on yksilöllinen, noin 5–15 % potilaista muo-dostaa vasta-aineita vain gliadiinia tai vain endomysiiniä/retikuliinia (transglu-taminaasi) kohtaan. Keliakian seulontaan tulisikin aina käyttää samanaikai-sesti gliadiinipeptidivasta-ainetestiä sekä endomysium- ja transglutaminaasi-vasta-aineita mittaavaa testiä.

Page 176: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

176

Kirjallisuus: Collin P, Hällström O, Mäki M, Viander M, Keyriläinen O. Scand J Gastroen-terol 1990;25:245.

Dieterich W, Ehnis T, Bauer M, ym. Nat Med 1997;3:797. Farrell RJ, Ciaran PK. N Engl J Med 2002; 346:180–188. Feighery C. Brit Med J 1999;319:236. Holmes GKT, Prior P, Lane MR, ym. Gut 1989;30:333. Käypä hoito. Keliakian hoitosuositus. Duodecim 1997;113: 82–87. Ladinser B, Rossipal E, Pittschieler K. Gut 1994;35:776. Lock RJ, Gilmour JEM, Unsworth DJ. Clin Exp Immunol 1999;116:258. Mäki M, Collin P. Lancet 1997;349:1755. Mäki M, Holm K, Lipsanen V, Hällström O, Viander M, ym.

Lancet 1991;338:1350. Maki M, Mustalahti K, ym. N Engl J Med 2003; 348:25 2517 Reunala T, Chorzelski TP, Viander M, ym. Br J Dermatol 1987;117:185. Savilahti E, Viander M, Perkkiö M, Vainio E, ym. Lancet 1983;i:320. Sulkanen S, Halttunen T, Laurila K, ym. Gastroenterology 1998;115:1322. Unsworth DJ, Brown DL. Gut 1994;35:61.

KUDOSVASTA-AINEET

Lyhenne: S-KudosAb (231)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Tutkimuksessa määritetään potilaan seerumista sileälihas vasta-aineet (SMA), mitokondrio vasta-aineet (AMA), maksa ja munuaismikrosomi vasta-aineet (LKM), ja parietaalisolu vasta-aineet (PCA)

Kudosvasta-ainemäärityksellä on merkitystä kroonisten hepatiittien (SMA, AMA,LKM),pernisiöösinanemianjaatrofisengastriitin(PCA)diagnostiikassa.

Indikaatiot: Kroonistenhepatiittien,pernisiöösinanemian jaatrofisengastriitindiagnos-tiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete.

Näyte: 2 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Menetelmä: Epäsuoraimmunofluoresenssitekniikka,jossaantigeeninarotanmahalaukku,maksa ja munuainen.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennokset tutkitaan seu-raavalla kerralla.

Tulkinta: Ks. Sileälihas vasta-aineet, Maksa ja munuaismikrosomi vasta-aineet, Mito-kondrio vasta-aineet ja Parietaalisolu vasta-aineet.

Kirjallisuus: Bigazzi PE, Burek CL, Rose NR. Kirjassa: Rose NR, Friedman H, Fahey JL., toim., Manual of clinical laboratory immunology, ASM, Washington 1986:762–770.

Page 177: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

177

LAKTOOSIMALABSORPTIOON LIITTYVÄ GEENI-MUUTOS

Lyhenne: B-Lakt-D (4614)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: Primaari laktoosimalabsorptio, aikuistyyppinen primaari hypolaktasia eli laktoosi-intoleranssi on yleinen entsyymipuutos, joka tulee esiin laktaasient-syymin (LPH) aktiivisuuden alentuessa normaalisti iän mukana. Laktoosi-in-toleranssia esiintyy n. 17 %:lla suomalaisista. Tähän hankinnaiseen laktoo-sin imeytymishäiriöön liittyy yhden emäksenC/T-geenipolymorfismi -13910asemassaLPH-geenistä.Tunnistettupolymorfialiittyylaktaasientsyyminak-tiivisuuden säätelyyn RNA-tasolla. C/C-genotyyppi liittyy hankinnaiseen lak-taasinpuutokseen 100-prosenttisesti, laktoosia sietävillä esiintyy joko C/T- tai T/T-genotyyppi.

Hankinnaisen laktaasinpuutoksen kehittymisikä vaihtelee eri väestöissä. Suo-malaisilla alle 20-vuotiailla voi olla vielä toimivaa laktaasia jäljellä siitä huoli-matta, että heillä on laktaasin puutokseen liittyvä C/C-genotyyppi. On kuiten-kin odotettavissa, että kaikille C/C-genotyypin henkilöille kehittyy laktaasin-puutos 20 ikävuoteen mennessä. Käytännössä laktaasin puutokseen sopivat oireet ja positiivinen geenitesti riittävät laktaasinpuutoksen diagnoosiin. Suo-malaiset lasten gastroenterologit käyttävätkin geenitestiä jopa yksinomaisena testinä hankinnaisen laktaasinpuutoksen osoittamiseen lapsilla.

Primaarisen (hankinnaisen) laktaasinpuutoksen lisäksi laktoosin imeytymis-häiriö voi johtua sekundaarisista muutoksista suolen epiteelisoluissa. Näillä potilailla ei tarvitse esiintyä C/C-genotyyppiä. Suomessa tällaisen sekundaa-risen laktaasinpuutoksen on todettu liittyvän mm. keliakiaan, jota esiintyy n. 5 %:lla kaikista laktoosin imeytymishäiriöistä kärsivistä. Keliakiassa sekundaa-rinen laktaasinpuutos voi olla ohimenevä ja saattaa parantua suolen epiteelin tervehtyessä.

Indikaatiot: Vatsavaivojen etiologian selvittäminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: Tutkittava geenialue monistetaan PCR-menetelmällä. Monistettu alue tutki-taanDNA-hybridisaatiollakäyttäenalleelispesifisiäkoettimia.

Tekotiheys: Kerran viikossa. Vastaukset ovat valmiina n viikon kuluessa.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan genotyyppi : C/C = osoittaa hankinnaisen laktaasinpuutoksen C/T = laktoosia sietävä T/T = laktoosia sietävä

C/C-tulos osoittaa että potilaalla on hankinnaisen laktaasinpuutoksen aihe-

Page 178: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

178

uttavagenotyyppi.Geenipolymorfismistajohtuvalaktaasinpuutosonpysyvä.Potilaan oireiden syntyyn vaikuttavat kuitenkin myös muut tekijät, mm. suo-lessajäljelläolevanentsyyminmäärä,suolistonbakteerifloorajasyödynlak-toosin määrä. Kyseessä voi olla myös sekundaarinen laktaasinpuutos mikä ei tule esiin tällä testillä. Jotkut potilasryhmät, mm. ärtyvän suolen oireyhtymästä kärsivät, voivat saada herkemmin oireita laktaasinpuutoksesta.

Kirjallisuus: Savilahti E, Järvelä I. Laktoosin imeytymishäiriö ja sen diagnostiikka. Suomen Lääkärilehti 2002;57:4337–4341

LEBERIN PERINNöLLINEN NÄKöHERMOTAUTI (LHON), VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -LEBER-D (4672) Ts-LEBER-D (4673)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Leberin perinnöllinen optikusneuropatia (LHON) on maternellisti periytyvä so-keuteenjohtavatauti, jokaaffisioiuseamminmiehiäkuinnaisia.Sairausonyleisin ei-traumaperäinen sokeutumisen syy nuorilla aikuisilla. Taudin penet-ranssi on alentunut. Geenivirhettä kantavista miehistä noin 30–40 % sairas-tuu, kun taas naisilla vastaava luku on 15 %. Tauti puhkeaa yleensä nuorella aikuisiällä aiemmin täysin terveellä henkilöllä eikä sairauteen ole olemassa hoitoa. Sairauden akuutissa vaiheessa potilailla on oftalmologisessa tutki-muksessa todettavissa retinan mikroangiopatia, mutta sen löytyminen LHON-sukuun kuuluvalla henkilöllä ei välttämättä merkitse sokeutumista.

Tautiin liittyy kolme valtamutaatiota mitokondriaalisessa DNA:ssa (mtDNA). Nämä mutaatiot sijaitsevat hengitysketjukompleksi I:n alayksiköitä koodaa-vissa geeneissä mtDNA:n positioissa 3460 (ND1-geeni), 11778 (ND4-geeni) ja 14484 (ND6-geeni). Nämä mutaatiot kattavat valtaosan LHON-tapauksista. Taudin penetranssi vaihtelee eri sukujen välillä, mikä saattaa johtua esimer-kiksi muiden myötävaikuttavien mitokondriaalisten tai tuman geenien vaiku-tuksesta. Leberin taudissa patogeeniset mutaatiot ovat muista mitokondriaa-listen tautien mutaatioista poiketen yleensä homoplasmisia. Heteroplasminen LHON-mutaatio on usein merkkinä uudesta, melko äskettäin eli 1-2 sukupol-vea aikaisemmin syntyneestä mutaatiosta.

Indikaatiot: Kliininen epäily Leberin perinnöllisestä näköhermotaudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MtDNA:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio mutaatioiden havaitse-

Page 179: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

179

miseksi mtDNA:n positioista 3460, 11778 tai 14484. Tarvittaessa mtDNA:n sekvensointi soveltuvilta osin (lähinnä kompleksi I:n alayksiköitä koodaavat geenit).

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Pistemutaation löytyminen mtDNA:n positioissa 3460, 11778 tai 14484 oirei-sella potilaalla varmistaa Leberin perinnöllisen näköhermosairauden diagnoo-sin. Normaali tulos restriktioentsyymidigestiossa ei poissulje Leberin tautia, koska taudin taustalla saattaa olla jokin muu mtDNA:n mutaatio.

LEGIONELLA PNEUMOPHILA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS

Lyhenne: LepnNhO (4428)

Tiedustelut: Laboratorio (02) 333 7420, lääkäri (02) 333 7413

Yleistä: Legionelloja on syytä epäillä korkeakuumeisen pneumonian aiheuttajaksi vastustuskyvyltään alentuneella potilaalla tai aikaisemmin terveellä matkai-lijalla. Legionella-infektio voi esiintyä myös abdominaali- tai hermosto-oirein. Suomessa Legionella pneumophila aiheuttaa 85 % legionellooseista, muista lajeistakliinisestitärkeimmätovatL.micdadei,L.bozemaniijaL.dumoffi.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Yskös- tai bronkoskopianäyte 1–5 ml. BAL 5–20 ml steriilissä kertakäyttöput-kessa.

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Legionellojen läsnäolo näytteessä määritetään monistamal-la spesifisiägeenijaksoja PCR-menetelmällä. Kohteena on 16S rRNA:ta koodaava gee-ni. Uusi menetelmämme on erityisesti suunniteltu Legionella pneumophila-DNA:n osoittamiseen, mutta myös joidenkin muiden Legionella-lajien DNA monistuu (L micdadei, L. bozemanii, L. cherrii, L. anisa, L. spiritensis, L. rub-rilucans). Sen sijaan muiden ylähengitysteissä esiintyvien bakteerien DNA:n monistumis-ta ei ole todettu.

Parhaimmillaan menetelmän herkkyys riittää osoittamaan 40 cfu (cfu, colony forming unit,pesäkettä muodostavaa yksikköä) Legionella pneumophilaa 1 ml:ssa ysköstä tai 2 cfu 1 ml:ssa BAL-nestettä.

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen tulos potilas-näytteestä viittaa vahvasti taudinaiheuttajaan. Testausmateriaalissa Legionella pneu-

Page 180: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

180

mophila -PCR:nherkkyys viljelyyn verrattunaonollut 100% ja spesifisyys98.6 %.

Kirjallisuus: Rantakokko-Jalava & Jalava. (2001) J Clin Microbiology 31:2904–10.

LEGIONELLA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-LegiAb (2205)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Legionella pneumophila aiheuttaa yleisinfektion, joka useimmiten ilmenee kor-keakuumeisena keuhkokuumeena. Se aiheuttaa myös ns. Pontiac-kuumeen, joka on lievempi ei-pneumoninen taudinmuoto. Legionella voi olla myös abs-kessien, perikardiitin, endokardiitin ja peritoniitin aiheuttaja. Pneumonian suh-teen riskipotilaita ovat keski-ikäiset tai vanhemmat tupakoivat miehet, jotka saavat immunosuppressiivista hoitoa tai joilla on vastustuskykyä alentava sairaus, kuten maligniteetti tai alkoholismi. Munuaissiirtopotilaat ovat erityisen alttiita saamaan legionelloosin. Myös ulkomaanmatkan aikana saatua pneu-moniaa tulee epäillä legionellan aiheuttamaksi. Tutkimuksella mitataan IgM, IgG ja IgA-luokkien legionellavasta-aineita, ja sitä varten suositellaan otetta-vaksi ainakin kaksi näytettä 3 viikon välein, koska vasta-ainemuodostuksen on joissain tapauksissa todettu olevan hidasta.

Indikaatiot: Pneumoniat, erityisesti immuunipuutteisilla potilailla ja ulkomaanmatkojen yh-teydessä.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeeneina ovat L. pneumophi-la, serotyypit 1, 2, 3 ja 4 sekä L. micdadei (SDS-ekstrakti).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Löydösten merkittävyydestä annetaan arvio. 90 %:lla potilaista serokonversio tapahtuu kuukauden kuluessa, mutta joidenkin potilaiden kohdalla vasta-ai-neiden muodostumisen on todettu olevan hidasta. Serokonversion on osoitet-tu tapahtuvan kuitenkin viimeistää 9 viikon kuluessa tartunnasta.

Kirjallisuus: Edelstein P. 2006. Detection of antibodies to Legionella. Kirjassa (toim.) Det-rick B, Hamilton RG, Folds JD. Manual of Molecular and Clinical Laboratory Immunology, 7. painos, s. 468–476.

Page 181: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

181

LEGIONELLA, VILJELY

Lyhenne: LegiVi (2206)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Legionelloja on syytä epäillä keuhkokuumeen aiheuttajaksi, kun tavanomai-nen antibioottihoito ei tehoa korkeakuumeiseen pneumoniaan. Legionellain-fektio voi esiintyä myös abdominaali- tai hermosto-oirein. Legionelloja on eris-tetty myös märkäpesäkkeistä, erityisesti suoliston alueelta. Legionellat vaati-vat erikoiselatusaineen, eivätkä ne tule esille tavallisessa bakteeriviljelyssä.

Indikaatiot: Epäily Legionella-infektiosta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Hengitysteiden alueelta hyviä näytteitä ovat transtrakeaali-aspiraatti, kak-soiskatetrilla otettu bronkoskopianäyte ja keuhkopalat. Yskösnäyte on täysin tyydyttävä ja legionellaviljelyyn kannattaa ysköstä lähettää, vaikka se ei oli-sikaan selvästi märkäistä. Potilasnäytteet legionella-viljelyä varten on kulje-tettava saman työpäivän kuluessa laboratorioon, mutta jääkaappilämpötilaan jäähdytetty näyte kestää säilytystä kahden vuorokauden ajan. Legionelloja esiintyy 10–40 %:ssa tapauksista myös jonkin verran veressä, mutta tavalli-nen veriviljelypullo ei kasvata legionellaa. Vesijohtovesien viljely on tarpeellis-ta selviteltäessä paikallista epidemiaa. Vesinäytteitä varten tarvittavia putkia saa laboratoriosta.

Menetelmä: Elatusaine BCYE, selektiiviset elatusaineet: BMPA, MWY. Tunnistus legionellaksi kysteiiniriippuvuudenjamebraanirasvahappojenkaasukromatografianperusteel-la (sekv. 16SrRna).

Tekotiheys: Arkipäivisin. Alustavan tuloksen saa 3–5 vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Ei tunneta oireettomia kantajia. Vesijohtovesistä voidaan eristää legionelloja ilman että se liittyy tautitapauksiin.

Kirjallisuus: Edelstein PH: J Clin Microbiol 1981;14: 298–303.

LEUKOSYYTIT, FAGOSYTOINTIKYKY JA SOLUNSISÄINEN TAPPO

Lyhenne: L-Fagosyt (2229)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411

Yleistä: Leukosyyttien fagosytoositapahtuma muodostuu: 1) vieraiden partikkeleiden, tavallisimmin mikrobien, otosta solun sisään (en-

Page 182: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

182

dosytoosi) ja 2) mikrobien tappamisesta solun sisällä. Edellinen toiminta on riippuvainen mikrobien opsonisaa-tiosta eli siitä ovat-

ko ne vasta-aineiden tai komplementin komponenttien päällystämiä, ja siten useimmat endosy-toosin häiriöt johtuvatkin opsonisaatiohäiriöistä. Leukosyyt-tien mikrobisidinen toiminta on vajavaista mm. kroonisessa granulomatoosi-taudissa, leukosyyttien myeloperoksidaasin ja glukoosi -6-fosfaatti dehydro-ge-naasin puutteessa, akuutissa leukemiassa, Chediak-Higashin, Jobin ja Downin oireyhtymissä, sekä ohimenevästi keskosilla, akuuteissa infektioissa, kryoglobulinmiassa, palovammoissa ja malnutritioissa.

Indikaatiot: Tutkimus on aihellinen epäiltäessä granulosyyttien fagosytointikyvyn heik-koutta tai puutetta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 20–30 ml verta Li-hepariiniputkessa.

Menetelmä: Testissä sekoitetaan keskenään tutkittavia leukosyyttejä, eläviä bakteereja (S.aureus) ja normaalia seerumia opsoniinilähteenä. Opsonisaatiohäiriöi-tä epäiltäessä käytetään tutkittavan henkilön seerumia yhdessä normaalien leukosyyttien kanssa. Testissä seurataan elävien solunulkoisten bakteerien määrää endosytoosin selvittämiseksi sekä elävien solunsisäisten bakteerien määrää leukosyyttien bakterisidisen aktiviteetin mittaamiseksi.

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406.

Tulkinta: Normaalien henkilöiden leukosyytit tappavat kahdessa tunnissa >95 % bak-teereista, sitä vastoin esimerkiksi kroonista granulomatoositautia sairastavan henkilön leukosyytit tappavat vastaavana aikana vain <10 % testibakteereis-ta. Vastausta seuraa aina lausunto.

Kirjallisuus: Stites DP. In Basic and Clinical Immunology, 5th ed. Lange Medical Publica-tions, Los Altos, CA, 1984, pp 353–365.

LISTERIA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ListAb (2256)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Listeria monocytogenes on yleinen organismi luonnossa. Bakteerin patogeeni-syys on matala, mutta se voi aiheuttaa erityisesti vastasyntyneillä, vanhuksilla ja immunosuppres-siopotilailla mm. sepsiksiä ja meningiittejä. Raskaudenai-kainen listeriainfektio, mahdollisesti lieväoireinen, voi johtaa ennenaikaiseen synnytykseen ja sikiökuolemaan. Kokees-sa mitataan listerioosin yhteydessä syntyvien agglutinoivien vasta-aineiden määrää.

Indikaatiot: Epäily listerioosista.

Page 183: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

183

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Testissä mitataan seerumin kyky agglutinoida kaupallisia 1- ja 4b-tyyppisten listerioiden O- ja H-antigeeneja (Listeria Gruber-Widal Reaction, Siemens). Tulos ilmoitetaan seerumilaimennoksena, joka vielä aiheuttaa agglutinaation.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Luotettava listerioosidiagnoosi vaatii positiivisen viljelylöydöksen. Titteri >320 viittaa infektioon ilman viljelyäkin. Diagnostinen löydös on nelinkertainen titte-rin nousu 7–21 vrk välein otetuissa pariseerumeissa. Ristireaktioita esiintyy stafylokokkien ja muiden gram-positiivisten kokkien aiheuttamien vasta-ainei-den kanssa.

LISÄMUNUAINEN, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-AdrAb (2258)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Lisämunuaisen kuorikerroksen solujen sytoplasmisten antigeenien kanssa reagoivia vasta-aineita tavataan Addisonin tautia sairastavilla potilailla sekä joskus muissakin polyendokrinopatioissa (APECED, diabetes, pernisiöösi anemia, hypotyreoosi, hypoparatyreoosi) jolloin ne voivat edeltää Addiso-nin tautia. Isoloidussa aikuisten addisonin taudissa vasta-aineet kohdistuvat lisämunuai-sissa steroidisynteesiin osallistuvaan sytokromi P450 entsyymiin (21α-hydroksylaasi).Autoimmuunipolyglandularsyndromissa(APGStypeI,APGS type II) vasta-aineita esiintyy myös muita P450 entsyymejä kohtaan; P450scc(lisämunuaisissa,gonadeissajaistukassa)ja17-α-OH(lisämunuai-sissa ja gonadeissa).

Indikaatiot: Addisonin taudin ja polyendokrinolopatia-oireyhtymien diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka(IgG-luokanvasta-aineet), jossaan-tigeeninaonfiksoimatonapinanlisämunuainen.Seeruminalkulaimennoson1:4.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue: <4. Menetelmä mittaa auto-vasta-aineita, jotka voivat kohdistua mihin tahansa

Page 184: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

184

edellä mainituista sytokromi P450entsyy-meistä. Tulos ilmoitetaan titterinä. Positiivinen titteri on merkittävä. N. 80 %:lla APGS I ja APGS II syndromapoti-lailla esiintyy lisämunuaisvasta-aineita. Addisonin tautia sairastavista potilais-ta n. 50 %:lla on vasta-aineita. Cushingin taudissa ja muissa polyendokrino-patioissa (APECED) joskus esiintyvät vasta-aineet voivat edeltää myöhemmin kehittyvää Addisonin tautia. Insuliinidiabetesta sairastavilla lapsilla 0.5 %:lla ja heidän sisaruksistaan 0.4 %:lla esiintyy lisämunuaisvasta-aineita. Tuberku-loosin takia syntyneessä sekundaarisessa Addisonin taudissa ei vasta-aineita todeta. Normaali-västössä vasta-aineita ei juuri esiinny.

Kirjallisuus: IrvineWJ. InMedical Immunology,1sted. (ed.WJ Irvine).TeviotScientificPubl., 1979, p 129.

LYHYTKASVUISUUSOIREYHTYMÄT, FGFR3-GEENIN MU-TAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -FGFR3-D (11891) Ts-FGFR3-D (12205)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: FGFR3-geenin (fibroblastikasvutekijäreseptorigeeni 3) koodaavan alueenpistemutaatiot johtavat vaikeusasteeltaan vaihteleviin lyhytkasvuisuusoire-yhtymiin: hypokondroplasiaan (HCH), akondroplasiaan (ACH) sekä letaaliin tanatoforiseen dysplasiaan (TD). Kuhunkin oireyhtymään liittyvät valtamu-taatioiden tutkimukset ovat tilattavissa erillisillä koodeilla, ja FGFR3-geenin laajempi analyysi on tarkoitettu jatkotutkimukseksi lähinnä vahvoissa HCH- ja ACH-epäilyissä.

Hypokondroplasiaa sairastavilla potilailla on kuvattu p.Asn540Lys-valtamu-taation lisäksi muita FGFR3-geenin mutaatioita: p.Ser84Leu, p.Arg200Cys, p.Asn262His, p.Gly268Cys, p.Tyr278Cys, p.Asn328Ile, p.Val381Glu, p.Ile538Val, p.Asn540Ser, p.Asn540Thr, p.Lys650Asn ja p.Lys650Gln.

Akondroplasiaa sairastavista alle prosentilla on jokin muu FGFR3-geenin mu-taatio kuin p.Gly380Arg. Muita ACH-potilailla raportoituja FGFR3-geenin mu-taatioita ovat esim. p.Ser279Cys, p.Gly346Glu, p.Gly375Cys ja p.Thr394Ser.

Indikaatiot: Vahva kliininen epäily hypokondroplasiasta (HCH) tai akondroplasiasta (ACH) potilaalla, jolta ei ole osoitettu ko. oireyhtymään liittyviä valtamutaatioita.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR3-geenin sekvensointi soveltuvilta osilta.

Page 185: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

185

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen FGFR3-geenin sekvenssianalyysissä varmistaa kliinisen diagnoosin. Normaali tulos ei kuitenkaan sulje pois kliinistä diagnoosia, sillä mutaatio voi sijaita jossain muualla FGFR3-geenissä.

LYMFOSYYTTIEN CMV-TETRAMEERIPOSITIIVISET SOLUT

Lyhenteet: B-LyCMVTeT (12166)

Tiedustelut: Laboratorio (02) 333 7026, lääkäri (02) 333 7028

Yleistä: Sytomegalovirukselle spesifistenCD8 positiivisten solujenmäärää voidaanarvioidavärjäämällätietyilleimmunodominanteilleepitoopeillespesifisetsolutkäyttäen luokka I tetrameerikonstrukteja.

Indikaatiot: LuuydinsiirtopotilaidenCMV-spesifisten immunovasteen voimakkuuden sel-vittäminen infektioriskin arvioimiseksi.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Tutkittavan potilaan HLA-genotyyppi on ilmoitettava. Toistaiseksi näytteitä voidaan ottaa tutkittavaksi vain henkilöistä, jotka ovat positiivisia joko HLA-A2 ja/tai HLA-A*-2402-alleelin suhteen.

Näyte: 10 ml litium-hepariiniverta. Toimitettava tutkittavaan laboratorioon saman päi-vän aikana.

Menetelmä: Perifeerisen veren solut värjätään leimatuilla monoklonaalisilla vasta-aineilla lymfosyyttialaluokkia (CD3 ja CD8) kohtaan sekä CMV-tetrameerireagensseil-la.TetrameerispesifistensolujenosuusCD3/CD8positiivisistasoluistamääri-tetään virtaussytometrialla.

Tekotiheys: Tarvittaessa arkipäivisin. Näytteitä voi ottaa maanantaista torstaihin. Huom! Tutkimus on tilattava immunogenetiikan laboratoriosta puh. (02) 333 7026.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan tetrameeripositiivisten solujen osuus CD3/CD8 posi-tiivisista lymfosyyteistä. Lisäksi ilmoitetaan CD8+ solujen osuus CD3+ soluis-ta ja näiden osuus lymfosyyteistä.

LYMFOSYYTTIEN PHA STIMULAATIO LYMFOSYYTTIEN CON-A STIMULAATIO LYMFOSYYTTIEN PWM STIMULAATIO

Lyhenne: B-LyPHAS (2278), B-LyConS (2277), B-LyPWMS (2280)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411

Page 186: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

186

Yleistä: T-lymfosyytit voidaan stimuloida transformoitumaan in vitro erilaisilla kasvipe-räisillä lektiineillä, jotka yleensä toimivat mitogeeneina, ts. aktivoivat T-lymfo-syyttejäriippumattaniidenspesifiteetistä.PHAjaConAstimuloivatT-soluja,tosin ilmeisesti hieman eri T-solujen alaluokkia, ja PWM sekä T- että B-soluja.

Indikaatiot: Tutkimus on aiheellinen epäiltäessä soluvälitteisen immuniteetin vajavuusti-loja; joko primaarisia (esim. DiGeorgen oireyhtymä) tai sekundaarisia (esim. immunosuppressiivisen hoidon aikaansaamana tai maligniteetteihin liittyen).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 10 ml hepariiniverta, toimitetaan tutkittavaksi välittömästi näytteenoton jäl-keen.

Menetelmä: Tutkimuksessa veren mononukleaariset solut eristetään tiheysgradienttisent-rifugaatiolla, ja eristetyt solut viljellään mitogeenien kanssa eri konsentraatioi-ta käyttäen. Lymfosyyttien aktivoituminen mitogeenien vaikutuksesta tutkitaan mittaamalla radioaktiivisen tymidiinin inkorporoituminen DNA:han.

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406.

Tulkinta: Vastausta seuraa aina lausunto.

Kirjallisuus: Stites DP. In Basic and Clinical Immunology, 5th ed. (ed. by DP Stites, JD Stobo, HH Fudenberg, JV Wells). Lange Medical Publications, Los Altos, CA, 1984, pp 353–365.

päivitetty 22.7.2009 /mv

LYMFOSYYTTIEN PINTAMARKKERIT/ALALUOKAT

Lyhenne: B-LyMark (2279)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411

Yleistä: Tämän ryhmän tutkimuksilla selvitetään eri lymfosyyttialaluokkien suhteellisia osuuksia tutkittavassa näytteessä, joka voi olla esim. perifeeristä verta tai luu-ydintä. Tähän tutkimukseen kuuluu B-solujen, T-solujen, auttaja- ja sytotoksis-ten T-solujen sekä NK-solujen suhteellisten määrien mittaaminen CD19, CD3, CD4, CD8, CD16, ja CD56 antigeenien ekspressioon perustuen. Pyydettä-essä teemme myös ns. laajennetun immunofenotyypityksen. Lymfosyyttien alaluokkien suhteellisissa osuuksissa todetaan muutoksia mm. immunovaja-vuustiloissa, maligniteeteissa, autoimmuu-ni taudeissa ja infektioissa.

Indikaatiot: Tutkimus on aiheellinen immunovajavuusdiagnostiikassa epäiltäessä muu-toksia lymfosyyttien suhteellisissa osuuk-sissa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 5 ml hepariiniverta.

Page 187: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

187

Menetelmä: Tutkittavannäytteensolutvärjätäänerilaisillafluoresoivillamerkkiaineillalei-matuilla monoklonaalisilla vasta-aineilla. Solut analysoidaan virtaussytometri-alla.

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406.

Tulkinta: Tulokset ilmoitetaan tutkittavien solupopulaatioiden sekä prosenttiosuuksina lymfosyyttien kokonaismäärästä että absoluuttisina määrinä. Vastausta seu-raa aina lausunto.

Kirjallisuus: Reinherz EL, Schlossman SF. Cell 1980;19:821–7. Bach M-A, Bach J-F. Int J Immunopharmacol 1981;3:269–73. Lovett III EJ, et al. Lab Invest 1984;50:115–140.

LYMFOSYYTTIEN PPD STIMULAATIO

Lyhenne: B-LyPPDS (3090)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7411

Yleistä: M tuberculosis bakteerille in vivo herkistyneet lymfosyytit proliferoivat in vitro PPD-antigeeninvaikutuksesta.AinoastaanPPD:llespesifisetT-solutprolife-roivat, joten saatu responssi jää aina selvästi mitogeenien aiheuttamaa proli-feraatiota alhaisemmiksi.

Indikaatiot: Testiä voidaan käyttää tutkittaessa epäselviä ihoreaktioita Mantoux’n testissä. Lisäksi testillä on merkitystä keuhkotuberkuloosin diagnostiikassa, sillä aktii-vituber-kuloosissa puolet potilaista omaa positiivisen transformaa-tiovasteen hyvin pienelle PPD-konsentraatiolle in vitro.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 10 ml hepariiniverta, toimitetaan tutkittavaksi välittömästi näytteenoton jäl-keen.

Menetelmä: Testissä tiheysgradienttisentrifugaatiolla eristettyjä mono-nukleaarisia valko-soluja viljellään eri PPD-konsentraa-tioissa. T-lymfosyyttien aktivoituminen PPD:n vaikutuksesta tutkitaan mittaamalla radioaktiivisen tymidiinin inkorpo-roi-tuminen DNA:han.

Tekotiheys: Tilattava tutkimus, puh. (02) 333 7406.

Tulkinta: Vastausta seuraa aina lausunto.

Kirjallisuus: Viljanen MK, Eskola J: Clin Immunol Immunopathol 1977;8:28–33.

Page 188: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

188

LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SLC7A7-GEENIN SEKVENSOINTI

Lyhenne: B -SLC7-D (11896) Ts-SLC7-D (12229)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Lysinurinen proteiini-intoleranssi (LPI) on suomalaiseen tautiperintöön kuulu-va, autosomissa peittyvästi periytyvä sairaus, jossa elimistö sietää huonosti eläinvalkuaista. Taudin oireet - ruokahaluttomuus, huono painonnousu, ok-sentelu ja ripulointi - ilmaantuvat lapsen siirtyessä äidinmaidosta valkuaisai-neita sisältävään ruokavalioon. Virtsassa arginiinin, ornitiinin ja lysiinin määrät ovat kohonneet, veressä näiden aminohappojen pitoisuus on puolestaan nor-maalia pienempi. Runsaasti valkuaista sisältävästä ruokavaliosta voi pahim-millaan seurata jopa ammoniakkimyrkytys ja kooman kaltaisia keskushermos-to-oireita. Tauti on kuitenkin hoidettavissa ruokavaliolla ja sitrulliinihoidolla.

Tautigeeni on SLC7A7-geeni, josta tunnetaan yli 40 patogeenista mutaatiota. Kaikilta tutkituilta suomalaisilta potilailta on löydetty sama, geenin pujonta-kohdan pistemutaatio c.895-2A>T, p.T299IfsX10 (LPIFin). Suomesta tunnetaan viitisenkymmentä potilasta lähinnä Karjalan kannakselta Savon ja Kainuun kautta Luoteis-Lappiin ulottuvalla vyöhykkeellä. Muualla maailmassa LPI-tau-tia sairastaa yli 200 potilasta, joilla mutaatiokirjo SLC7A7-geenissä on hetero-geenisempi kuin suomalaisilla.

Indikaatiot: Mikäli kliininen epäily LPI-taudista on vahva, mutta suomalaista valtamu-taatiota ei kuitenkaan ole osoitettavissa, voimme tarvittaessa suorittaa koko SLC7A7-geenin sekvensoinnin.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SLC7A7-geenin koodaavien alueiden sekvenssianalyysi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen SLCA7-geenistä homotsygoottina tai yhdistelmähete-

rotsygoottina varmistaa LPI-taudin diagnoosin.

Page 189: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

189

LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SUOMALAI-SEN VALTAMUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -LPI-D (12010) Ts-LPI-D (12228)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Lysinurinen proteiini-intoleranssi (LPI) on suomalaiseen tautiperintöön kuulu-va, autosomissa peittyvästi periytyvä sairaus, jossa elimistö sietää huonosti eläinvalkuaista. Taudin oireet - ruokahaluttomuus, huono painonnousu, ok-sentelu ja ripulointi - ilmaantuvat lapsen siirtyessä äidinmaidosta valkuaisai-neita sisältävään ruokavalioon. Virtsassa arginiinin, ornitiinin ja lysiinin määrät ovat kohonneet, veressä näiden aminohappojen pitoisuus on puolestaan nor-maalia pienempi. Runsaasti valkuaista sisältävästä ruokavaliosta voi pahim-millaan seurata jopa ammoniakkimyrkytys ja kooman kaltaisia keskushermos-to-oireita. Tauti on kuitenkin hoidettavissa ruokavaliolla ja sitrulliinihoidolla.

Tautigeeni on SLC7A7-geeni, josta tunnetaan yli 40 patogeenista mutaatiota. Kaikilta tutkituilta suomalaisilta potilailta on löydetty sama, geenin pujonta-kohdan pistemutaatio c.895-2A>T, p.T299IfsX10 (LPIFin). Suomesta tunnetaan viitisenkymmentä potilasta lähinnä Karjalan kannakselta Savon ja Kainuun kautta Luoteis-Lappiin ulottuvalla vyöhykkeellä. Muualla maailmassa LPI-tau-tia sairastaa yli 200 potilasta, joilla mutaatiokirjo SLC7A7-geenissä on hetero-geenisempi kuin suomalaisilla.

Indikaatiot: Kliininen epäily LPI-taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SLC7A7-geenin PCR-monistus ja restriktrioentsyymianalyysi LPIFin- mutaati-on havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: LPIFin- mutaation löytyminen homotsygoottina varmistaa LPI-taudin diagnoo-

sin.

Page 190: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

190

MAKSA- JA MUNUAISMIKROSOMI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-LKMAb (2313)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Maksa- ja munuaismikrosomivasta-aineet (S-LKMAb) ovat autovasta-aineita endoplasmisen retikkelin proteiineja kohtaan. LKM-1 vasta-aineiden antigee-ni on sytokromi P450IID6 ja harvinaisten LKM 2vasta-aineiden sytokromi P450IIC8 /9/10.

Tutkimus liittyy maksasairauksien erotusdiagnostiikkaan (krooniset hepatiitit, lääkeaineiden aiheuttamat hepatiitit ja lasten hepatiitit).

Indikaatiot: Kroonisten maksasairauksien diagnostiikka, erityisesti las-ten krooninen aktii-vinen hepatiitti ja lääkeainehepatiitit.

Lähete: Immunologisten tutkimuste lähete

Näyte: l ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan useita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainetutkimus. Lapsilta riittää 0.1 ml seerumia kerta-määritykseen. Seerumunäyte säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lä-hettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuoraimmunofluoresenssitekniikka.Antigeeneinarotanmaksan,munuai-sen ja mahalaukun leike.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennokset tutkitaan seu-raavalla kerralla.

Tulkinta: Viitealue: <10. Maksa-munuaismikrosomivasta-aineet (LKM) ovat harvinai-sia normaaliväes-

tössä tai valikoimattomilla sairaalapotilailla (alle 0.5 %:lla). Suurin osa Suomessa esiintyvistä vasta-aineista on LKM 1-tyyppiä. Noin

75 % positiivisista löydöksistä liittyy maksasairauteen, useimmiten autoim-muunihepatiittiin (CAH). Hepatiitti C-viruksen aiheuttamaan hepatiittiin voi liittyä LKM1-vasta-aineita. LKM-vasta-aineita löydetään usein potilailta, joil-la ei esiinny muita autovasta-aineita (sileälihas-, mitokondrio- tai tuma-va). N. 10 % aikuisten (naisten) CAH:sta on LKM-positiivisia. Lapsilla prevalenssi voi olla korkeampi ja lasten CAH:ssa LKM1-positiivisuus liittyy huonoon en-nusteeseen.

LKM-vasta-aineita on tavattu harvinaisissa lääkeaineiden, esim. tieniilihappo, halotaani, aiheuttamissa autoimmuuni-hepatiiteissa. Näissä vasta-aineet hä-viävät hepatiitin parantuessa lääkeaineen käytön lopettamisen jälkeen.

Kirjallisuus: Alvarez F, ym: J Exp Med 1985;161:1231. Homberg J-C, ym: Hepatology 1985;5:722. Homberg J-C, Abuaf N, Bernhard O, ym.: Hepatology 1987;7: 1333. Mackay IR: Hepatology 1985;5:904. Maggiore G, Bernard 0, Homberg J-C, ym: J Pediatr 1986;108: 399.

Page 191: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

191

MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, GEENITUTKIMUS

Lyhenne: B-MBL–D (12633)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Mannoosia sitova lektiini (MBL) on veressä kiertävä proteiini, joka on osa syn-nynnäistä puolustusjärjestelmää. MBL tunnistaa useita hiilihydraattimolekyy-lejä mikrobien pintarakenteista sitoutuen näihin. MBL:n sitoutuminen mikrobin pintaan käynnistää komplementin lektiinitien. MBL:n on osoitettu sitoutuvan muun muassa useiden hengitystieinfektioita aiheuttavien patogeenien pin-taan, esim. Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae. MBL:n rooli osana puolustusjärjestelmää on erityisen suuri pienillä lapsilla, joiden hankittu immuniteetti on vielä kehittymätön.

MBL:ä koodaavassa geenissä mbl2, tunnetaan kolme yhden nukleotidin poly-morfismikohtaa,jotkasijaitsevatkodoneissa52,54,ja57javastaavatvariant-teja D, B ja C. Näitä kutsutaan myös yleisesti variantiksi O. Villityyppiä kutsu-taan variantiksi A. Mutanttivarianttien tiedetään vähentävän MBL:n biologista aktiivisuutta, joka korreloituu MBL:n pitoisuuteen veressä. Saman genotyypin edustajien välillä voidaan kuitenkin havaita merkittävää vaihtelua veren MBL-pitoisuuksissa.

Variantin B frekvenssi Euraasiassa on ~25 %, variantin D frekvenssi Euroo-passa on ~14 %. Variantti C on Euroopassa harvinainen.

Veren alhaisella MBL-pitoisuudella ja pikkulasten lisääntyneellä infektioaltti-udella on osoitettu olevan suora yhteys. Erityisesti kyseeseen tulevat akuu-tin hengitystieinfektion aiheuttavat organismit. Alhaisen MBL-pitoisuuden on osoitettu lisäävän alttiutta sairastua autoimmuunisairauksiin (SLE, nivelreu-ma, multippeliskleroosi).

MBL-aktiivisuuden indikaattorina voidaan käyttää joko (1) genotyypitystä, (2) seerumin MBL- pitoisuuden tai (3) MBL-funktion (CH100) määrittämistä tai näitä kaikkia

Indikaatiot: Infektioalttiuden syyn selvittäminen. Autoimmuunitautiin sairastumisalttiuden selvittäminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete.

Näyte: 1 ml EDTA-verta, säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, 4° C:ssa tai -20° C:ssa.

Menetelmä: Genotyypitys perustuu mbl2 geenialueen monistamiseen PCR:llä ja tuotteen pyrosekvensointiin.

Tekotiheys: Tehdään kerran viikossa. Vastaus 2-3 viikossa.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan genotyyppi: - A/A villityyppi - A/O laskenut veren MBL pitoisuus - O/O erittäin alhainen veren MBL pitoisuus

Page 192: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

192

Genotyypin mukaan voidaan tehdä jako riskiin altistua toistuviin hengitystiein-fektioihin. Genotyypillä A/O MBL:n määrä on alentunut ja riski voi olla kohon-nut, genotyypillä O/O MBL:n määrä on erittäin alhainen tai puuttuu ja voi olla osasyy toistuviin hengitystieinfektioihin tai lisääntyneeseen riskiin sairastua autoimmuunitauteihin. Geenityyppien frekvenssit suomalaisessa väestössä ovat: A/A ~65 %, A/O ~30 % ja O/O ~5 %. (viiteet 2-4).

Kirjallisuus: 1. Roos, A., Dieltjes, P., Vossen R.H.A.M., Daha, M.R. & de Knijff, P. Detecti-on of three single nucleotide polymorphisms in the gene encoding mannose-binding lectin in a single pyrosequencing reaction. J. Immunol. Methods 2006: 309: 108 – 114.

2. Aittoniemi, J., Turpeinen, H., Tiittanen, M., Knip, M., Simell, O., Ilonen, J. &Vaarala,O.Relationamongmannose-bindinglectin2genotype,β-cellau-toantibodies, and risk for type 1 diabetes in Finnish children. Hum. Immunol. 2008: 69: 108 – 111.

3. Rantala, A., Lajunen, T., Juvonen, R., Bloigu, A., Silvennoinen-Kassinen, S., Peitso, A., Saikku, P., Vainio, O. & Leinonen, M. Mannose-binding lectin concentrations, MBL2 polymorphisms, and susceptibility to respiratory tract infections in young men. J. Infect. Dis. 2008: 198:1247-1253.

4. Huttunen, R., Aittoniemi, J., Laine, R., Vuento, R., Karjalainen, J., Rovio, A.

T., Eklund, C., Hurme, M., Huhtala, H. & Syrjänen, J. Gene-environment inte-raction between MBL2 genotype and smoking, and the risk of gram-positive bacteraemia. Scand. J. Immunol. 2008: 68: 438 – 444.

MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, PITOISUUS

Lyhenne: S-MBL (12632)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Mannoosia sitova lektiini (MBL) on veressä kiertävä proteiini, joka on osa syn-nynnäistä puolustusjärjestelmää. MBL tunnistaa useita hiilihydraattimolekyy-lejä mikrobien pintarakenteista sitoutuen näihin. MBL:n sitoutuminen mikrobin pintaan käynnistää komplementin lektiinitien. MBL:n on osoitettu sitoutuvan muun muassa useiden hengitystieinfektioita aiheuttavien patogeenien pin-taan, esim. Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae. MBL:n rooli osana puolustusjärjestelmää on erityisen suuri pienillä lapsilla, joiden hankittu immuniteetti on vielä kehittymätön.

MBL:ä koodaavassa geenissä mbl2, tunnetaan kolme yhden nukleotidin poly-morfismikohtaa,jotkasijaitsevatkodoneissa52,54,ja57javastaavatvariant-teja D, B ja C. Näitä kutsutaan myös yleisesti variantiksi O. Villityyppiä kutsu-taan variantiksi A. Mutanttivarianttien tiedetään vähentävän MBL:n biologista aktiivisuutta, joka korreloituu MBL:n pitoisuuteen veressä. Saman genotyypin edustajien välillä voidaan kuitenkin havaita merkittävää vaihtelua veren MBL-pitoisuuksissa.

Page 193: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

193

Variantin B frekvenssi Euraasiassa on ~25 %, variantin D frekvenssi Euroo-passa on ~14 %. Variantti C on Euroopassa harvinainen.

Veren alhaisella MBL-pitoisuudella ja pikkulasten lisääntyneellä infektioaltti-udella on osoitettu olevan suora yhteys. Erityisesti kyseeseen tulevat akuu-tin hengitystieinfektion aiheuttavat organismit. Alhaisen MBL-pitoisuuden on osoitettu lisäävän alttiutta sairastua autoimmuunisairauksiin (SLE, nivelreu-ma, multippeliskleroosi).

MBL-aktiivisuuden indikaattorina voidaan käyttää joko (1) genotyypitystä, (2) seerumin MBL- pitoisuuden tai (3) MBL-funktion (CH100) määrittämistä tai näitä kaikkia

Indikaatiot: Infektioalttiuden syyn selvittäminen. Autoimmuunitautiin sairastumisalttiuden selvittäminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete.

Näyte: 0.5-1 ml tuoretta seerumia. Punasolut erotettava 30 min kuluessa, seerumi pakastetaan ja lähetetään pakastettuna laboratorioon. Hemolyysi häiritsee. Tuore seerumi voidaan lähettää myös sulana (4°C), jos se tulee laboratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Menetelmä: MBL:n pitoisuuden määrittäminen verestä perustuu entsyymi-immunologi-seen menetelmään.

Tekotiheys: Tehdään kerran viikossa. Vastaus 2-3 viikossa.

Tulkinta: Viitealue: >800 ng/ml normaali 50-800 ng/ml pitoisuus laskenut <50 ng/ml MBL puutos

Jos MBL:n määrä on alentunut tai se puuttuu, tämä voi olla osasyy toistuviin hengitystieinfektioihin tai lisääntyneeseen riskiin sairastua autoimmuunitau-teihin. Mittasimme MBL pitoisuuden 292 terveen suomalaisen seeruminäyt-teestä (ikäjakauma 0 – 92 vuotta). MBL:n pitoisuusjakaumaksi saatiin:

c(MBL) ng/ml selite osuus otoksesta (%)<50 MBL:n puutos 5,150–250 alentunut MBL pitoisuus 5,5250–800 alentunut MBL pitoisuus 15,8>800 normaali MBL pitoisuus 73,6

Kirjallisuus: 1. Minchinton, R.M., Dean, M.M., Clark, T.R., Heatley, S. & Mullighan, C.G. Analysis of the relationship between mannose-binding lectin (MBL) genotype, MBL levels and function in an Australian blood donor population. Scand. J. Immunol. 2002: 56:630 – 641.

2. Aittoniemi, J., Turpeinen, H., Tiittanen, M., Knip, M., Simell, O., Ilonen, J. &Vaarala,O.Relationamongmannose-bindinglectin2genotype,β-cellau-toantibodies, and risk for type 1 diabetes in Finnish children. Hum. Immunol. 2008: 69: 108 – 111.

Page 194: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

194

3. Huttunen, R., Aittoniemi, J., Laine, R., Vuento, R., Karjalainen, J., Rovio, A. T., Eklund, C., Hurme, M., Huhtala, H. & Syrjänen, J. Gene-environment inte-raction between MBL2 genotype and smoking, and the risk of gram-positive bacteraemia. Scand. J. Immunol. 2008: 68: 438 – 444.

4. Rantala, A., Lajunen, T., Juvonen, R., Bloigu, A., Silvennoinen-Kassinen, S., Peitso, A., Saikku, P., Vainio, O. & Leinonen, M. Mannose-binding lectin concentrations, MBL2 polymorphisms, and susceptibility to respiratory tract infections in young men. J. Infect. Dis. 2008: 198:1247-1253.

MELAS-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VAL-TAMUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -MELAS-D (4664) Ts-MELAS-D (4665)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: MELAS-oireyhtymän (mitochondrial encephalomyopathy, lactic acidosis, and strokelike episodes) tyypilliset oireet ovat aivohalvauksen kaltaiset tilat, kouristukset, lihasheikkous ja lisääntynyt seerumin laktaattipitoisuus. Yleisin MELAS-oireyhtymää aiheuttava mutaatio on tRNA-Leu-geenin A>G-transitio mtDNA:n positiossa 3243, joka on osoitettavissa noin 80 %:lta MELAS-po-tilaista. Mitokondriaalisille enkefalomyopatioille on ominaista että mutatoitu-neen mtDNA:n osuus eri kudoksissa (heteroplasmia-aste) vaikuttaa kliiniseen taudinkuvaan. Siksi MELAS-mutaatio voi lievimmillään aiheuttaa vasta ai-kuisiässä esiintulevan kuulonaleneman ja tyypin II diabeteksen ja pahimmil-laan vastasyntyneen vaikean enkefalopatian.

Indikaatiot: Kliininen epäily MELAS-oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Tuore tai pakastettu lihasbiopsia.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Lihasnäyte: tuorenäyte voidaan toimittaa laboratorioon keittosuolassa tai ela-tusaineessa, pakastettu näyte kuivajäissä.

Menetelmä: MtDNA:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio m.3243A>G-mutaation osoittamiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: m.3243A>G-mutaation löytyminen oireiselta potilaalta varmistaa MELAS-oireyhtymän diagnoosin. Mikäli mutaatiota ei ole osoitettavissa verinäytteestä eristetystä DNA:sta ja kliininen epäily MELAS-oireyhtymästä on vahva, suosit-

Page 195: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

195

telemme analyysin toistamista lihaskudoksesta erityisesti ikääntyneillä potilailla.

MERRF-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VAL-TAMUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -MERRF-D (4668) Ts-MERRF-D (4669)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: MERRF-oireyhtymän (myoclonic epilepsy with ragged red fibers) tyypillisiä löydöksiä ovat myoklonus-epilepsia ja lihasbiopsiassa havaittavat repalesyyt. Yleisin mutaatio MERRF-oireyhtymässa on A>G-transitio mtDNA:n positios-sa 8344, tRNA-Lys-geenissä. Tämä mutaatio on todettavissa noin 80 %:lta MERRF-potilaista. Mitokondriaalisille enkefalomyopatioille on ominaista että mutatoituneen mtDNA:n osuus eri kudoksissa (heteroplasmia-aste) vaikuttaa kliiniseen taudinkuvaan.

Indikaatiot: Kliininen epäily MERRF-oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Tuore tai pakastettu lihasbiopsia.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Lihasnäyte: tuorenäyte voidaan toimittaa laboratorioon keittosuolassa tai ela-tusaineessa, pakastettu näyte kuivajäissä.

Menetelmä: MtDNA:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio m.8344A>G-mutaation havaitsemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: m.8344A>G-mutaation löytyminen oireiselta potilaalta varmistaa MERRF-oireyhtymän diagnoosin. Mikäli mutaatiota ei ole osoitettavissa verinäytteestä eristetystä DNA:sta ja kliininen epäily MERRF-oireyhtymästä on vahva, suosit-telemme analyysin toistamista lihaskudoksesta erityisesti ikääntyneillä potilailla.

METAPNEUMOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: hMPVNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR on ensisijainen diagnostinen menetelmä metapneumoviruksen osoitta-miseksi

Page 196: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

196

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Mukusekstraktori tai steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku. (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet. Nenähuuhtelunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Vastaus annetaan aina myös kirjallisesti. Normaa-listi negatiivinen. Metapneumoviruksen nukleiinihapon löytyminen on merkki metapneumovirusinfektiosta.

METISILLIINI-RESISTENTIN STAPHYLOCOCCUS AUREUK-SEN (MRSA) VILJELY

Lyhenne: MRSAVi (4358)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Staphylococcus aureus on märkäisiä infektioita aiheuttava bakteeri, joka osallaväestössäkuuluuihonjalimakalvojennormaaliflooraan.TyypillisestiS.aureusesiintyynenänlimakalvonnormaalifloorassa.Stafylokokinmetisilliini-resistenssiä käytetään mittaaman bakteerin herkkyyttä kloksalliiniryhmän an-tibiootteja kohtaan. Herkkyys mitataan nykyisin oksasilliinia kohtaan. Metisillii-niresistentillä S. aureuksella on tavallista S. aureusta suurempi kliininen mer-kitys laitosolosuhteissa. Siellä se vaikean hoidettavuu-tensa ansiosta muo-dostuu ongelmaksi tilanteissa, joissa se kolonisoi osaston ja leviää potilaasta toiseen. Bakteerin kantajia seulottaessa tutkitaan tyypillisesti henkilökunnalta nenäkantajuus ja potilailta nenä-, kainalo-, ja nivustaive/perineumkantajuus.

Indikaatiot: Epäily metisilliiniresistentin S. aureuksen kolonisaatiosta.

Page 197: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

197

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteeseen on hyvä merkitä onko potilas jo aikaisemmin todettu MRSA-positiiviseksi. Yksi seulontatut-kimus voi koostua joko yhdestä, kolmesta tai kuudesta tikkunäyt-teestä. Kussakin tapauksessa tehdään vain yksi lähete johon merkitään tutki-musnimikkeeksi MRSA-seulonta 1-putki, 3-putkea tai 6-putkea.

Näyte: Näyte otetaan hiilitikulla, joka on ennen näytteenottoa kostutettu steriilillä keit-tosuolalla. Henkilökuntakantajuutta tutkittaessa otetaan yksi tikkunäyte sie-raimista. Potilaista otetaan tavallisesti kolme näytettä: Nenästä, kainaloista ja nivuksista/ perineumista. Lisäksi jos potilaalla on jokin ihottuma, haavauma tai ihoinfektio otetaan näyte myös kyseiseltä ihoalueelta. Lähetetään huoneen-lämpötilassa.

Menetelmä: Näyte viljellään selektiivisille maljoille. Positiiviset löydökset varmistetaan Mec-A geenin määrityksellä.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Negatiivinen lopullinen vastaus saadaan kolmen vuorokauden kuluttua. Uusista aikaisemmin negatiivisista henkilöistä alustava positiivinen vastaus ilmoitetaan puhelimella tuloksen varmistuttua, yleensä kahden vuo-rokauden kuluttua. Jo aikaisemmin todetuissa positiivisissa tapauksissa vas-taus annetaan bakteerin herkkyysmääritysten valmistuttua 3–4 vrk kuluttua.

Tulkinta: Vastaus tulee yhtenä kappaleena, jossa ilmoitetaan mistä putkista bakteeri kasvaa.

MITOKONDRIAALINEN RESESSIIVINEN ATAKSIAOIREYHTY-MÄ (MIRAS)

Lyhenne: B -MIRAS-D (12131) Ts-MIRAS-D (12199)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Mitokondriaalinen resessiivinen ataksiaoireyhtymä (MIRAS) on yleisin nuo-ruus- tai aikuisiän perinnöllinen ataksiasairaus Suomessa. Se aiheutuu kro-mosomissa 15 sijaitsevan POLG1-geenin p.Trp748Ser-mutaatiosta. POLG1-geeni koodaa mitokondrioissa toimivan polymeraasi gamma –entsyymin (POLG) katalyyttistä alfa-alayksikköä. POLG huolehtii mitokondriaalisen DNA:n replikaatiosta ja osallistuu myös replikaatiovirheiden korjaamiseen. POLG1-geenin mutaatioiden seurauksena entsyymin normaali toiminta häi-riintyy, ja mtDNA:han syntyy multippeleita deleetioita. Ne puolestaan vahin-goittavat mitokondrioiden hengitysketjun toimintaa, ja MIRAS-oireyhtymässä tämä johtaa pikkuaivojen neuronien degeneraatioon sekä ataksiaoireiston kehittymiseen. Viallisen POLG-entsyymin on havaittu liittyvän myös moniin muihin neurodegeneratiivisiin sairauksiin, kuten parkinsonismiin, sensorisiin neuropatioihin ja Alpersin oireyhtymään, sekä lihasoireistoihin, kuten mito-kondriaaliseen myopatiaan ja PEO-tautiin.

Kliiniseltä taudinkuvaltaan MIRAS muistuttaa lähinnä Friedreichin ataksiaa

Page 198: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

198

ja IOSCA:a (infantile-onset SCA). MIRAS-potilailla oireet alkavat keskimää-rin 28-vuotiaana, mutta ne voivat alkaa jo alle 10- tai vasta yli 40-vuotiaana. Vaikka kaikki potilaat ovat homotsygootteja saman p.Trp748Ser-mutaation suhteen, on sairaus fenotyypiltään hyvin heterogeeninen. Lievimmillään MI-RAS voi ilmetä polyneuropatiana; osalla potilaista taas epilepsia voi ainoana oireena edeltää muiden MIRAS-oireiden puhkeamista jopa 10 vuoden ajan. Tyypillisimpiin kliinisiin löydöksiin kuuluvat kävelyn epävarmuus, tasapaino-häiriöt, sensorinen neuropatia ja etenevä pikkuaivoperäinen ataksia. Monilla potilailla on todettu myös dysartriaa, nystagmusta, epilepsiaa sekä kognitiivi-sia tai psykiatrisia ongelmia. Aivojen kuvantamistutkimuksessa nähdään val-kean aineen muutokset molemmissa pikkuaivopuoliskoissa, lievä pikkuaivo- taivermisatrofiajajoskussymmetrisettalamusvauriot.

Indikaatiot: Kliininen epäily mitokondriaalisesta resessiivisestä ataksiaoireyhtymästä. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: POLG1-geenin PCR-monistus p.Trp748Ser-mutaatiota rajaavilla alukkeilla ja monistetun geenialueen sekvensointi.

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: Homotsygoottisen p.Trp748Ser-mutaation löytyminen POLG1-geenistä var-mistaa MIRAS-diagnoosin.

MITOKONDRIAALISEN DNA:N RAKENNEMUUTOSTEN TUT-KIMUS KUDOKSESTA

Lyhenne: Ts-Mitok-D (10297)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Mitokondriaaliset myopatiat ovat kliinisesti ja geneettisesti heterogeeninen joukko sairauksia, joihin liittyy mitokondrioiden rakenteellisia ja biokemiallisia poikkeavuuksia. Lihasnäytteen morfologisessa tutkimuksessa esiintyvät re-palesyyt(ns.raggedredfibers)ovatklassinenmitokondriopatiaanliittyvälöy-dös. Osalla mitokondriaalista myopatiaa sairastavista potilaista on havaitta-vissa mitokondriaalisen DNA:n (mtDNA) deleetio, duplikaatio tai muunlainen rakennemuutos. Nämä muutokset esiintyvät aina heteroplasmisina, mutta mutatoituneen mtDNA:n määrän perusteella ei voida sanoa taudin kliinisestä vaikeusasteesta.

Kroonista etenevää silmälihasheikkoutta (CPEO) sairastavilla potilailla noin

Page 199: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

199

30-40 %:lla on osoitettavissa lihaskudoksesta mtDNA:n rakennemuutos. Vai-keammassa Kearns-Sayre oireyhtymässä (KSS) mtDNA:n deleetio havaitaan lähes kaikilta potilailta. Deleetiot sijoittuvat rengasmaisessa mtDNA-molekyy-lissä yleensä tietylle alueelle, mutta deleetioiden koko voi vaihdella. Monella potilaalla on kuitenkin havaittavissa DNA-tasolla täysin identtinen deleetio, ns. common deletion. Edellämainituissa CPEO- ja KSS-taudeissa DNA-analyysi on aina tehtävä nimenomaan lihaskudoksesta. Sen sijaan Pearsonin oireyh-tymässa deleetio voidaan osoittaa myös perifeerisestä verestä. MtDNA:n deleetiot esiintyvät sporadisina eivätkä yleensä periydy. Poikkeuksen muo-dostaa autosomissa vallitsevasti periytyvä PEO, jossa multippelit mtDNA:n deleetiot syntyvät tuman geenin vaikutuksesta. Näitä geenejä tunnetaan gen-omista useita.

Indikaatiot: Kliininen epäily mitokondriaalisesta myopatiasta (CPEO, KSS, Pearsonin oi-reyhtymä).

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: Tuore tai pakastettu lihasbiopsia. Tuorenäyte voidaan toimittaa laboratorioon keittosuolassa tai elatusaineessa, pakastettu näyte kuivajäissä.

Menetelmä: MLPA-tutkimus, jossa koettimet kattavat ihmisen koko mitokondriogenomin.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: MtDNA:n rakennemuutoksen löytyminen sopii mitokondriaaliseen myopati-aan.

MITOKONDRIAALISET ENKEFALOPATIAT (MERRF, MELAS, NARP)

Lyhenne: B –MtPak-D (10478) Ts-MtPak-D (12231)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Mitokondriaaliset enkefalopatiat ovat kliinisesti ja geneettisesti heterogeeni-nen joukko sairauksia, joihin liittyy erilaisia mitokondriaalisen DNA:n (mtDNA) mutaatioita. Tunnetuimmat näistä enkefalopatioista ovat MERRF-, MELAS- ja NARP-/Leigh:n taudit. MERRF- ja MELAS-syndroomiin liittyy yleisimmin jokin siirtäjä-RNA:n (tRNA) pistemutaatio, mutta joskus näiden tautien yhtey-dessä on kuvattu myös suurempia mtDNA:n rakennemuutoksia. Yleisin mu-taatio MERRF-oireyhtymässa on A>G-transitio mtDNA:n positiossa 8344, tR-NA-Lys-geenissä. Vastaavasti yleisin MELAS-mutaatio on tRNA-Leu-geenin A>G-transitio mtDNA:n positiossa 3243. NARP-oireyhtymään liittyy ATPaa-si6-geenin mutaatio positiossa 8993, ja jos mutatoituneen mtDNA:n määrä on hyvin suuri, taudin kliininen diagnoosi voi olla Leigh:n tauti.

Page 200: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

200

Mitokondriaalisille enkefalomyopatioille on ominaista että mutatoituneen mtDNA:n osuus eri kudoksissa (heteroplasmia-aste) vaikuttaa kliiniseen taudinkuvaan. Siksi esimerkiksi MELAS-mutaatio voi lievimmillään aiheut-taa vasta aikuisiässä esiintulevan kuulonaleneman ja tyypin II diabeteksen ja pahimmillaan vastasyntyneen vaikean enkefalopatian. Sama mutaatio voi toisinaan aiheuttaa eri perheissä täysin toisistaan poikkeavan fenotyypin. Kliinisen ja geneettisen heterogeenisyyden vuoksi suosittelemmekin kaikkien kolmen edellä mainitun pistemutaation testaamista etiologialtaan epäselvän mitokondriotautiepäilyn selvittelyssä. Mikäli perheessä on osoitettavissa selvä maternelli periytyminen ja/tai taudin kliiniset oireet ovat tyypilliset mitokond-riotaudille, olemme tarvittaessa valmiit testaamaan myös harvinaisempia em. tauteihin liitettyjä pistemutaatioita.

Indikaatiot: Kliininen epäily MERRF-, MELAS-, NARP-oireyhtymästä tai Leigh:n taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Tuore tai pakastettu lihasbiopsia.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Lihasnäyte: tuorenäyte voidaan toimittaa laboratorioon keittosuolassa tai ela-tusaineessa, pakastettu näyte kuivajäissä.

Menetelmä: MtDNA:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestiot.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Pistemutaation löytyminen sopii maternaalisesti periytyvään mitokondriotautiin.

MITOKONDRIO, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-MitoAb (2357)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Mitokondriovasta-aineet (AMA, S-Mito-Ab) ovat nk. kudosvasta-aineita. Ns. M2-tyypin mitokondriavasta-aineet kohdistuvat mitokondrioiden palorypäle-happodehydroge-naasikompleksin E2-proteiiniin. Vasta-aineilla on (yhdessä sileälihasvasta-aineiden kanssa) merkitystä kroonisten hepatiittien, eritysesti primaarisen biliaarisen kirroosin diagnostiikassa.

Indikaatiot: Kroonisten hepatiittien, etenkin primaarisen biliaarisen kirroosin (PBC) diag-nostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan useita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainetutkimus. Seeruminäyte säilyy useita päiviä

Page 201: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

201

+4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, jossa antigeenina on rotan maha-laukku, maksa ja munuainen.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennukset tutkitaan seu-raavalla kerralla.

Tulkinta: Viitealue: <40. M2-tyypin mitokondriovasta-aineita todetaan yli 90 %:lla primaarista biliaarsta

kirroosia ja 15–25 %:lla kroonista aktiivista hepatiittia tai kryptogeenista kir-roosia sairastavista potilaista. Primaarisessa biliaarisessa kirroosissa titterit ovat yleensä korkeita (>500). Muissa maksasairauksissa titterit ovat harvoin yli 50. Matalia tiittereitä saattaa lisäksi esiintyä n. 5 %:lla sidekudos- ja au-toimmuunisairauksissa sekä alle 1 %:lla normaaliväestössä. Vääriä positii-visia mitokondriovasta-aineita esiintyy myös sekundaari-lueksessa, mutta reagiinityyppiset kardiolipiini-vasta-aineet (VDRL) eivät tule positiivisiksi tässä testissä.

Kirjallisuus: Doniach D. Progr Clin Immunol 1972;1:45. Doniach D, Walker GJ. Gut 1974;15:664. Doniach D, Walker GJ. Br Med J 1974;2: 460. Niemelä S. Autoimmuunisairaudet. SLääkl 2004; 59: 4375 Uibo R, Krohn K. Duodecim 1992;108:449.

MONIVÄRI-FISH-TUTKIMUS KÄYTTÄEN KAIKKIEN KROMO-SOMIEN MAALAUSKOETTIMIA

Lyhenne: M-FISH (11757)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: M-FISH-tutkimuksella voidaan selvittää kromosomien välisiä rakenteellisia ja numeerisia poikkeavuuksia. Tutkimus voidaan tehdä esimerkiksi balansoitu-mattoman kromosomipoikkeavuuden selvittämiseksi verinäytteestä tai hema-tologisiin maligniteetteihin liittyvien klonaalisten poikkeavuuksien karakterisoi-miseksi diagnoosivaiheen luuydin- tai imusolmukenäytteestä.

Indikaatiot: Epäily rakenteellisesta kromosomipoikkeavuudesta tai hematologiseen ma-ligniteettiin liittyvästä klonaalisesta poikkeavuudesta.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml luuydintä tai 5 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Page 202: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

202

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

MUENKEN OIREYHTYMÄ, FGFR3-GEENIN PRO250ARG-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -MUENK-D (12206) Ts-MUENK-D (12207)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Muenken oireyhtymä on autosomissa vallitsevasti periytyvä oireyhtymä, jolle on tyypillistä koronaalinen kraniosynostoosi tai makrokefalia. Synostoosi voi olla tyypiltään joko bilateraalista tai unilateraalista, joskin bilateraalinen synos-toosi on huomattavasti yleisempi. Bilateraalinen synostoosi johtaa joko bra-kykefaliaan tai turribrakykefaliaan eli tornikalloisuuteen. Unilateraalinen koro-naalinen synostoosi puolestaan johtaa anterioriseen plagiokefaliaan eli kas-vojen ja kallojen epäsymmetriaan. Toisinaan synostoosiin osallistuvat myös muut saumat ja hyvin harvoin jopa kaikki saumat (pansynostoosi). Muenken oireyhtymän taustalla on aina FGFR3-geenin p.Pro250Arg-mutaatio. Vaikka kaikilla potilailla on siis sama mutaatio, on fenotyypin vaihtelu huomattavaa jopa saman perheen sisällä, ja osa mutaation kantajista saattaa vaikuttaa jopa oireettomilta. Mutaation penetranssi on siis alentunut. Uusiutumisriskin arvioimiseksi kunkin perheen kohdalla onkin tärkeä selvittää onko kyseessä sporadinen de novo -mutaatio vai onko potilaan vanhempi mutaation oireeton kantaja.

Indikaatiot: Bilateraalinen tai unilateraalinen koronaalinen synostoosi tai makrokefalia.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR3-geenin monistus p.Pro250Arg-mutaatiota rajaavilla alukkeilla ja rest-riktioentsyymidigestio.

Vastausaika: 4-6 viikkoa.

Tulkinta: p.Pro250Arg-mutaation löytyminen potilaan FGFR3-geenistä vahvistaa Muenken oireyhtymä -diagnoosin. Normaali tulos testissä sulkee pois Muen-ken oireyhtymä -diagnoosin, sillä diagnoosi perustuu nimenomaan molekyyli-geneettiseen diagnoosiin.

Page 203: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

203

MUU FISH-TUTKIMUS SYNNYNNÄISTEN MUUTOSTEN SEL-VITTÄMISEKSI

Lyhenne: FISH (12172)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Muita kuin deleetio-FISH-tutkimuksia voidaan käyttää esimerkiksi balansoitu-mattomien rakenteellisten muutosten tai ylimääräisten markkerikromosomien alkuperän selvittämiseksi.

Indikaatiot: Tarvittaessa voidaan tehdä FISH-tutkimuksia esimerkiksi verinäytteestä, viljel-lyistä lapsiveden soluista, istukkanäytteestä tai posken limakalvon soluista. Tut-kimukset tulevat kyseeseen selvitettäessä potilaan/sikiön kromosomitutkimuk-sissa havaittuja kromosomipoikkeavuuksia, esimerkiksi balansoitumattomia rakenteellisia muutoksia tai ylimääräisten markkerikromosomien alkuperää.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Verinäyte(Li-hepariini),lapsivedensolut,istukkanäyte,viljellytfibroblastittaiposken limakalvonäyte

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 1-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

MXA-PROTEIININMÄÄRITYS PERIFEERISEN VEREN VAL-KOSOLUISTA

Lyhenne: B-MxA (4980)

Tiedustelut: Kanslia: (02) 333 7461, vastauskyselyt (02) 333 7399

Yleistä: Multippeli skleroosi (MS) potilaita hoidetaan beta-inferferonilla, joka hidastaa taudin etenemistä. Hoitovaste saattaa pitemmän ajan kuluessa vähetä tai loppua. Tämä johtuu useimmiten vasta-aineiden kehittymisestä interferonil-le. Interferonitaiheuttavatbiologisenvasteen, jossasyntyymoniaspesifisiävalkuaisaineita. Eräs näistä on MxA-proteiini, jota löytyy valkosoluista, kun in-terferonihoito on tehonnut. Koska testi mittaa biologista vastetta, voidaan hoi-don tehoa seurata sen avulla riippumatta tehoa alentavasta syystä. Näinollen MXA-testi mittaa myös interferonia neutraloivien vasta-aineiden läsnäoloa.

Indikaatiot: Beta-inferferonihoidon seuranta

Page 204: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

204

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Hepariiniveriputki. Virusopin laboratorio ei toimita näitä.

Näyte: MxA-induktionäyte Potilaasta otetaan yksi (indusoitu) kokoverinäyte hepariiniputkeen 24–36 h

interferonipistoksesta.

Lähetys: Säilytys huoneen lämmössä. Näyte lähetetään laboratorioon normaalia postia käyttäen siten, että näyte on laboratoriossa 48 tunnin kuluessa näytteenotos-ta. Sopivia ottopäiviä ovat maanantai, tiistai ja keskiviikko, sillä näyte ei säily viikonlopun yli ilman esikäsittelyä.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: <50 ug/l; potilaalla ei ole MxA-vastetta viitaten interferonivasteen puuttumi-seen.

50–100 ug/l; potilaalla on matalahko MxA-vaste viitaten heikkoon interferoni-vasteeseen.

Mikäli tulos on raja-arvo, tai näytteenottohetkellä on tiedossa tulosta häirit-sevä tekijä kuten virusinfektio, suositellaan parinäytteen ottamista interfero-nipistoksen aiheuttaman MxA-tuotannon vertaamiseksi pistosta edeltävään tasoon.

I = ei indusoitu MxA-näyte juuri ennen beta-interferonipistosta ja II = indusoitu MxA-näyte 24–36 tuntia beta-interferoniannoksen jälkeen.

>100 ug/l; potilaalla on MxA-vaste viitaten hyvään interferonivasteeseen.

MYCOPLASMA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: MypnNho (4439)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Mycoplasma pneumoniae on yleinen taudinaiheuttaja ylemmissä ja alemmis-sa hengitystieinfektioissa varsinkin lapsilla ja nuorilla aikuisilla. Laboratorio-diagnoosi perustuu yleensä serologiaan, koska viljely on hankalaa ja hidasta. DNA-monistusmenetelmä on nopeutensa takia käyttökel-poinen menetelmä Mycoplasma pneumoniaen osoittami-seksi hengitystieinfektioissa. Oireilun aikaisessa vaiheessa PCR on erityisen käyttökelpoinen, ja parhaiten diag-noosiin päästään IgM-serologian ja PCR:n yhdistelmällä.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Nenänieluaspiraatti, -tikku, nielutikku tai yskös. Tikkunäyte kuivassa putkessa.

Page 205: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

205

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: Mycoplasma pneumoniaen läsnäolo määritetään monista-malla näytteestä sille tyypillisiä geenijaksoja (ATPaasi operoni-geeni).

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen löydös viittaa vahvasti Mycoplasma pneumoniaen aiheuttamaan hengitystieinfektioon tai pneumoni-aan.

Kirjallisuus: Skakni et al. (1992) J Clin Microbiol 30, 2638–2643. Waris, et. Al (1998) J Clin Microbiol 37, 14–17.

MYCOPLASMA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-MypnAb (2367), Li-MypnAb (4440)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Mycoplasma pneumoniae aiheuttaa hengitystieinfektioita etenkin nuorilla ai-kuisilla. Mykoplasmainfektioon liittyy yleensä selvä immuunivaste, joten vas-ta-ainemääritys on varsin luotettava diagnostinen menetelmä.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA) IgG- ja IgM-osoitus

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-ainetaso yksikköinä ja/tai IgM-vasta-ainetulos kvalitatiivisena (posi-tiivinen/negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ja/tai kor-kea IgG-vasta-ainetaso on osoituksena tuoreesta Mycoplasma pneumoniae-infektiosta.

Page 206: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

206

MYELOPEROKSIDAASI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S - MPOAbG (4149)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Systeemisissä pienten suonten vaskuliiteissa kuten Wegenerin granuloma-toosissa (WG) ja mikrosooppisessa polyangiitissa (MPA) aktivoituneista neut-rofiileistavapautuusytoplasmisiaantigeeneja,joillesyntyyvasta-aineita.Vai-keissa vaskuliiteissa voi esiintyä munuais- tai keuhkomuutoksia, mutta myös muita systeemisiä oireita (ylemmät hengitystiet, nenä, korvat, keskus- ja peri-feerinen hermosto, nivelet, iho ja gastrointestinaalikanava. Vaikeiden vasku-liittien ennuste on huono mikäli immunosuppressiivisen hoidon aloittaminen viivästyy.

Neutrofiilien sytoplasma-antigeenivasta-aineita (ANCA) on todettu myösMPA:aan liittyvässä nopeasti etenevässä glomerulonefriitissä, fokaalisessa nekrotisoivassa GN:ssa sekä proliferatiivisessa ja mesangiokapillaarisessa GN:ssa.

ANCAonimmunofluoresenssitesti, jonkamittaavasta-aineitauseitaneutro-fiilienantigeenejakohtaan.p-ANCA-positiivisuusliittyyuseimmitenmyeloper-oksidaasi (MPO) vasta-aineisiin, jotka assosioituvat pienten suonten vasku-liitteihin. Toisaalta MPOAb-negatiivinen p-ANCA voi liittyä mm. ulseratiiviseen koliittiin (60 %), sklerosoivaan kolangiittiin, autoimmuunihepatiittiin, nivelreu-maan tai Sjögrenin syndroomaan; tai ns. sekundaarisiin vaskuliitteihin (reu-ma, infektiot, maligniteetit).

Ks. myös: IBD-TUTKIMUS

Indikaatiot: Vaskuliittien, erityisesti Wegenerin granulomatoosin, ja glomerulonefriittien diagnostiikka.

HUOM: Mikäli munuaismuutokset etenevät nopeasti on syytä tutkia myös DNA-va ja Anti-C1q-va SLE:n poissulkemiseksi ja glomerulustyvikalvo-vasta-aineet (S-GbmAb).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Työpäivinä (5x viikossa).

Tulkinta: Viitealue: negatiivinen <3,5 IU/ml, raja-arvo 3,5–5 IU/ml, positiivinen >5 IU/ml.

Perinukleaariset (p-ANCA) neutrofiilivasta-aineet tunnista-vat neutrofiiliensytoplasmisia ja tuman rakenteita. Näistä myeloperoksidaasi (MPO) vasta-aineet liittyvät vaskuliit-teihin, mikroskooppiseen polyangiittiin (60 %), fokaa-liseen nekrotisoivaan glomerulonefriittiin (45 %), Churg-Strauss’in syndroo-maan (30 %) tai Wegenerin granulomatoosiin (10–20 %).

MPOAb-negatiivinen p-ANCA voi liittyä mm. ulseratiiviseen koliittiin (60 %), sklerosoivaan kolangiittiin, autoimmuuni-hepatiittiin, nivelreumaan tai Sjö-

Page 207: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

207

grenin syndroomaan; tai ns. sekundaarisiin vaskuliitteihin (reuma, infektiot, maligni-teetit).

HUOM: koska osalla primaaria pienten suonten vaskuliittia sairastavista poti-laista vain c-ANCA tai p-ANCA (IF) tai Pr3Ab on positiivinen, löydöksen spe-sifisyydenvarmistami-seksisuosittelemmemyösS-ANCA-T(11943).

Kirjallisuus: Editorial (Allan Wiik). Rational use of ANCA in the diagnosis of vasculitis. Rheumatology 2002;41:481–83.

Hagen EC, Daha MR, Hermans J et al. Diagnostic value of standardizied assays for anti-neutrophil cytoplasmic antibodies inidiopathic systemic vascu-litis. Kidney Int. 1998;53:743–53.

Hagen EC, Von Gurp EAF. Use of ANCA in diagnosis. Arthr Care Res 2000;13:341–42.

Kallenberg CGM, Rarok A, et al. New insights into the pathogenesis of anti-neutrophil cytoplasmic autoantibody-associated vasculitis. Autoimmunity Rev 2002;1:61–66.

WiikA.Neutrophil-specificautoantibodiesinchronicinflammatoryboweldise-ases. Autoimmunity Rev 2002;1:67–72.

MYKOBAKTEERI, HERKKYYSMÄÄRITYS

Lyhenne: MycoHe (4245)

Tiedustelut: Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL), Mykobakteerilaboratorio, vaihde 020 610 6000, vastauskyselyt 020 610 6612/020 610 6611

Näyte: Positiivinen mykobakteeriviljely (kanta) joko kiinteällä kasvualustalla tai nes-temäisessä mediumissa. Jokainen putki/pullo suljetaan imevään materiaaliin käärittynä muovipussiin, pakataan kuljetuskoteloon pehmusteisiin käärittynä ja lähetetään postitse kategorian B näytteiden lähettämiseen tarkoitetussa keltamustaraitaisessa laatikossa (UN 3373). Lisätietoja näytteiden lähettämi-sestä löytyy Itellan nettisivuilta.

Lähete: Mykobakteerilähete täytettynä erikseen jokaiselle näytteelle. Malli saatavana THL:n toimistosta, puh 020 610 6604.

Tekotiheys: 2–3 kertaa viikossa. Yleistä: M. tuberculosis complex-kannat testataan TB-lääkkeillä: isoniatsidi, rifampisiini, streptomysiini, etambutoli ja pyratsiiniamidi. Resistentin M. tuberculosis-kannan herkkyydet tehdään tarvittaessa: syklo-seriini,etionamidi,p-aminosalisyylihappo,amikasiini,ofloksasiini. MAC-kannat (M avium complex-kannat) testataan MAC-lääkeherkkyyspa-neelilla: atsitromysiini, etambutoli, klaritro-mysiini, klofatsimiini ja rifabutiini. M. fortuitum -kompleksin lääkeherkkyys tehdään amikasii-nille, doksisykliinil-le,imipeneemille,kefoksitiinille,klaritro-mysiinille,siprofloksasiinille,sulfme-toksiatsolille ja tobramysiinille.

Muut atyyppiset mykobakteerit testataan TB-lääkkeillä ja amikasiinilla, sipro-

Page 208: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

208

floksasiinillajalevofloksasiinilla.

Menetelmä: TB-herkkyys tehdään kaupallisella menetelmällä viljelyau-tomaatissa (BD Bactec MGIT 960) ja vastataan S (herkkä) tai R (resistentti). MAC-herkkyys tehdään standardoimattomalla maljamene-telmällä suppean alueenMIC-määrityksenä.TuloksestakäyilmiMIC-arvo,(μg/ml)jatodennä-köinen S-, I -, R - arvo. M. fortuitum -kompleksin lääkeherkkyys tehdään NCCLS M24-A-standardin mukaisesti E-testillä (EAS 002, AB Bio-disk) ja vastataan S -, I -, R - arvona. Lisäherkkyysmääritys tehdään maljamenetelmänä Middleb-rook 7H10 agaril-la lääkeainekiekoilla ja vastataan S -, I -, R-arvona.

Kirjallisuus: Inderlied, C.B., and G. E. Pfyffer, 2003. Susceptibility test methods: Myco-bacteria, 1149. In E.J. Baron, J. H. Jorgen-sen, M. A. Pfaller, E.C.and R.H. Yolken (ed.), Manual of Clinical Microbiology, 8th ed. American Society for Microbi-ology, Washington D.C. Heifets, L.,1996. Minireview. Suspectibility testing of Myco-bacterium avium complex isolates. Antimicrob. Agents Chemother. 40:1759–1767

MYKOBAKTEERI-IDENTIFIKAATIO

Lyhenne: MycoTy (2366)

Tiedustelut: Terveyden ja hyvinvoinnin laitos (THL), Mykobakteerilabo-ratorio, vaihde 020 610 6000, vastauskyselyt 020 610 6612 Lab.joht.HannaSoini,email:[email protected] ErikoistutkijaMerjaMarjamäki,email:[email protected]

Näyte: Positiivinen mykobakteeriviljely (kanta) joko kiinteällä kasvualustalla tai nes-temäisessä mediumissa. Jokainen putki/pullo suljetaan imevään materiaaliin käärittynä muovipussiin, pakataan kuljetuskoteloon pehmusteisiin käärittynä ja lähetetään kategorian B näytteiden lähettämi-seen tarkoitetussa keltamus-taraitaisessa laatikossa (UN 3373). Lisätietoja näytteiden lähettämisestä löy-tyy Itellan nettisivuilta.

Lähete: Mykobakteerilähete täytettynä erikseen jokaiselle näytteel-le. Malli saatavana THL:n toimistosta, puh. 020 610 6000.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Menetelmät: 1. Genotype Mycobacterium CM - liuskahybridisaatiotesti (Hain Lifescience). Testin avulla tunnistetaan tavallisimmat mykobakteerilajit. Koetintesti on olemassa seuraaville mykobakteerilajeille: M. avium, M. abscessus, M. chelonae, M. fortuitum, M. gordonae, M. intra-cellulare, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M. marinum, M. pereg-rinum, M. scrofulaceum, M. tuberculosis complex, M. xenopi

2. PCR-tuotteen sekvensointi

Muut mykobakteerilajit tunnistetaan sekvensoimalla DNA:ta.

Page 209: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

209

Sekvensointitutkimuksessa monistetaan PCR-tekniikan avulla mykobakteeri-en 16S rRNA:ta koodaavaa geeniä. PCR-tuotteen emäsjärjestys selvitetään sekvensoimalla. Tuloksena saatua emäsjärjestystä verrataan geenipankkien vastaaviin sekvensseihin ja vertailun perusteella määritetään mykobakteerilaji.

Kirjallisuus: Kirschneretal.,1993.Genotypicidentificationofmycobac-teriabynucleicacid sequence determination: report of a 2-year experience in clinical labora-tory. J. Clin. Microbiol. 31 :2882–2889. Mäkinen et al., 2002. Evaluation of GenoType and LiPA mycobacteria as-saysforidentificationofFinnishmycobac-terialisolates.J.Clin.Microbiol.40:3478–3481 Mäkinen et al., 2006. Evaluation of a novel strip test, Geno TypeMycobacteriumCM/AS,forspeciesidentificationofmycobacterialcultures. Clin. Microbiol.Infect. 12 (5): 481–3

MYKOBAKTEERI, NUKLEIINIHAPON OSOITUS

Lyhenne: MycoNhO (4244)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri:(02) 333 7413

Yleistä: Viljely ja värjäys ovat edelleen tuberkuloosidiagnostiikan kulmakiviä. Nopeu-tensa vuoksi nukleiinihappojen monistukseen perustuvat menetelmät sopivat täydentäviksi tutkimuksiksi. Ne soveltuvat erityisesti käytettäviksi värjäyspo-sitiivisissa hengitystienäytteissä erottelemaan M. tuberculosis muista myko-bakteereista. Värjäysnega-tiivisissa hengitystienäytteissä, joissa basillia on selvästi vähemmän, monistusmenetelmien herkkyys viljelyyn verrattuna on vaihdellut eri tutkimuksissa välillä 57–100 %.

Ekstrapulmonaarisen tuberkuloosin kliininen kuva voi olla hyvin vaihteleva (tuberkuloottinen pleuriitti, luu- ja niveltuberkuloosi, munuaistuberkuloosi, tuberkuloottinen meningiitti, ihotuberkuloosi, tuberkuloottiset abskessit ja fistelit) ja diagnostiikka vaikeaa. Viljely ja värjäys ovat edelleen perusme-netelmiä. Nukleiinihappojen monistukseen perustuvaa M. tuberculosiksen osoitusta voidaan käyttää viljelyn lisänä.

Näyte: Viljelynäytteissä virallinen suositus on ottaa 2-3 näytettä. Geenimonistusnäyt-teissä ei ole virallista suositusta näytemääristä, mutta useamman näytteen ottaminen perättäisinä päivinä lisää tutkimuksen varmuutta.

Tutkittavien mykobakteereiden läsnäolo voidaan todeta sekä respiratorisista että ekstrapulmonaarisista näytteistä.

Respiratoriset näytteet: – yskös tai indusoitu yskös, vähintään 2 ml – BAL 1–10 ml – bronkuserite 1–10 ml – mahanestehuuhde 1–10 ml

Ekstrapulmonaariset näytteet: – koepalat,vähintäänØ≥3mm

Page 210: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

210

– märkänäytteet – pleuraneste (EDTA-putkessa) vähintään 1 ml – nivelneste (EDTA-putkessa) vähintään 1 ml – virtsa vähintään 10 ml – selkäydinneste vähintään 1 ml

Menetelmä: GenoType Mycobacteria Direct, Hain Lifescience. Testi tunnistaa ja nimeää näytteestä M tubeculosis kompleksin (M. tuberculo-

sis, M. bovis ja M. africanum, M. microti) sekä lajit M. avium, M. intracellulare, M. kansasii ja M. malmoense.

Tutkimus perustuu mykobakteereiden RNA:n monistamiseen ja tunnistami-seen liuskahybridisaatiolla.

Näytteen kuljetus ja säilytysaika: Näyte säilytetään ja kuljetetaan jääkaappilämpötilassa. Säilyvyysaika 3 vrk.

Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteeseen toivotaan merkintää viljely ja värjäystuloksista, mikäli ne ovat tiedossa. Myös mahdolliset lääkitykset tulisi merkitä lähetteeseen.

Tekotiheys: 1-2 kertaa viikossa. Positiiviset tulokset ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Positiivinen tulos osoittaa, että näytteessä on mykobakteeri-RNA:ta, joka kuu-luu johonkin testin havaitsemista mykobakteerilajeista. Muiden mykobakteeri-lajien olemassaoloa testi ei havaitse. Jos tulos on positiivinen, vastauksessa ilmoitetaan, mikä laji on kyseessä.

Testin luotettavuus heikkenee, jos potilaat ovat saaneet tuberkuloosihoitoa. Testi on kuitenkin luotettava jos hoidosta on kulunut yli 12 kuukautta tai hoitoa on annettu alle seitsemän vuorokautta.

Negatiivinen tulos värjäyspositiivisesta näytteestä viittaa atyyppisiin mykobak-teereihin. Muuten negatiivinen tulos ei poissulje mykobakteereiden läsnäoloa.

MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SO-LUT, GAMMAINTERFERONI, ERITTÄVÄT SOLUT, VERESTÄ

Lyhenne: B-LyTbIFN (6174)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: B-LyTbIFN-tutkimuksessa mitataan potilaan verestä tuberkuloosibakteerin antigeenejä tunnistavien lymfosyyttien määrää.

Indikaatiot: Akuutin tuberkuloosi-infektion (TB) ja latentin tuberkuloosi-infektion (LTBI) diagnosointi ja myös vaikeasti diagnosoitavat ekstrapulmonaaliset muodot, kuten luustopesäkkeet ja lymfadeniitti. Osana altistumisselvityksiä ennen LTBI:n hoidon aloitusta. Menetelmä soveltuu myös lapsipotilaille.

Page 211: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

211

B-LyTbIFN tutkimusta voidaan myös käyttää hoidon seurannassa, sillä hoi-dossa olevilla TB-potilailla reaktiivisten solujen määrä laskee noin 3 kk:n ku-luttua hoidon aloituksesta.

HUOM! Haponkestävän sauvan värjäys ja viljely ovat edelleen ensisijaisia

menetelmiä kliinisissä TB-infektioissa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Tutkimuksesta annettavaa lausuntoa varten lähetteessä on suotavaa olla mainittuna tutkimusindikaatio (bakteerikontaktin osoittaminen, immunosup-ressiivinen hoito tai sen aloittaminen, aktiivisen taudin diagnostiikka).

Näyte: Litium-hepariini putki 9 ml. (Aikuiset ja lapset > 10 vuotta: litium-hepariini putki 9 ml Lapset < 10 vuotta: litium-hepariini putki 4 ml)

Näyte on toimitettava tutkivaan laboratorioon saman päivän aikana klo 13:00 mennessä. Huom! Tutkimus on tilattava immunogenetiikan laboratoriosta puh. (02) 333 7026 viimeistään edellisenä päivänä. Näytteitä voidaan ottaa maanantaista torstaihin (ei arkipyhää edeltävänä päivänä).

Säilytys ja lähetys: Otetut näytteet säilytetään ja lähetetään huoneenlämmös-

sä +22 °C ± 5 °C (ei saa laittaa jääkaappiin, eikä pakastaa).

Menetelmä: Elispot (enzyme-linked immunospot) menetelmä (T-Spot.TB8 assay, Oxford Immunotec, Oxfordshire, UK)

Perifeeriset mononukleaariset valkosolut eristetään ja stimuloidaan M. tu-

berculosis -bakteerille spesifisillä antigeenisilla peptideilla. Aktivoituneidensolujen (efektori-T-lymfosyyttejä) tuottamaa gammainterferonia osoitetaan monoklonaalisilla vasta-aineilla, joista toinen on kiinnitetty mikrotitterilevyn membraaniin ja toinen, entsyymillä leimattu, reagoi substraatin kanssa muo-dostaen värillisiä täpliä (spotteja). Verinäytteen lymfosyyttien kyky tuottaa gammainterferonia osoitetaan PHA-stimulaatiolla (positiivinen kontrolli). Ne-gatiivisena kontrollina toimivat tutkittavan stimuloimattomat solut.

Tekotiheys: Tutkimus tehdään tarvittaessa maanantaista torstaihin. Huom! Tutkimus on tilattava immunogenetiikan laboratoriosta puh. (02) 333 7026 viimeistään edellisenä päivänä.

Tulkinta: Vastaus ilmoitetaan reaktiivisten lymfosyyttien määränä molemmille M. tuber-culosisspesifisilleantigeeneilleerikseen.AntigeeniAonESAT-6(Earlysecre-toryantigenictarget6)jaantigeeniBonCFP-10(Culturefiltrateprotein10).

Reaktiivinen ≥8täplää Raja-arvo 5-7 täplää Negatiivinen ≤4täplää

SpesifistenantigeenienantamapositiivinentulosviittaaelinkykyisenM. tuber-culosis -bakteerin läsnäoloon elimistössä.

Page 212: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

212

M. tuberculosis -infektion lisäksi harvinaiset M. kansasii, M. szulgai ja M. ma-rinum-infektiotvoivatmyösantaapositiivisentuloksenspesifisilläpeptideillä.BCG-rokotuksenvaikutusspesifisyyteenonvähäinen.

Vaikeassa tuberkuloosissa tai muussa immunosuppressiotilassa heikko tulos on yleistä tai tulos voi olla negatiivinen. Lymfopenian yhteydessä tulosten tul-kinta on epävarmaa, mutta lymfopeniapotilaille tämä tutkimus on suositelta-vampi kuin B-TbIFNg tutkimus (6173).

Kirjallisuus: Lalvani A, Pathan AA, McShane H, Wilkinson RJ, Latif M, Conlon CP, Pas-

vol G, Hill AVS. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis infection by enumerationof antigen-specificT cells.AmJRespirCritCareMed.2001;163:824-828.

Detjen AK, Kiel T, Roll S, Hauer B, Mauch H, Wahn U, Magdorf K. Interferon-gamma release assays improve the diagnosis on tuberculosis and nontuber-culous mycobacterial disease in children in a country with a low incidence of tuberculosis. Clinical Infectious Diseases. 2007; 45:322-328.

Diel R, Loddenkemper R, Meywald-Walter K, Gottschalk R, Nienhaus A. Com-parative performance of tuberculin skin test, quantiFERON-TB-Gold in tube assay, and T-Spot.TB test in contact investigations for tuberculosis. Chest 2009; 135:1010-1018.

Diel R, Goletti D, Ferrara G, Bothamely G, Cirillo D, Kampmann B, Lange C, Losi M, Markova R, Migliori GB, Nienhaus A, Ruhwald M, Wagner D, Zellwe-ger JP, Huitric E, Sandgren A, Manissero D. Interferon-gamma release assays for the diagnosis of latent Mycobacterium tuberculosis infection: a systemic review and meta-analysis. Eur Respir J 2011; 37:88-99.

MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SO-LUT, GAMMAINTERFERONI, ERITYS

Lyhenne: B-TbIFNg (6173)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: B-TbIFNg-tutkimuksessa selvitetään kokoverinäytteestä tuberkuloosibaktee-rille ominaisten peptidien aiheuttamaa gammainterferonin tuotantoa, joka hei-jastaa bakteerille herkistyneiden lymfosyyttien määrää.

Indikaatiot: Akuutin tuberkuloosi (TB) -infektion ja latentin tuberkuloosi-infektion (LTBI) diagnosointi ja myös vaikeasti diagnosoitavat ekstrapulmonaaliset muodot kuten luustopesäkkeet ja lymfadeniitti. Osana altistumisselvityksiä ennen LTBI:n hoidon aloitusta.

Pienen verinäytetilavuuden vuoksi menetelmä soveltuu hyvin myös lapsipoti-laille jo imeväisikäistä lähtien.

Page 213: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

213

HUOM! Haponkestävän sauvan värjäys ja viljely ovat edelleen ensisijaisia menetelmiä kliinisissä TB-infektioissa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Tutkimuksesta annettavaa lausuntoa varten lähetteessä on suotavaa olla mainittuna tutkimusindikaatio (bakteerikontaktin osoittaminen, immunosup-ressiivinen hoito tai sen aloittaminen, aktiivisen taudin diagnostiikka).

Näyte: Kolme quantiFERON-TB Gold erikoisputkea: Nil = harmaa, TB Antigen = pu-nainen ja Mitogen = violetti. Putkitilaukset: Immunogenetiikan laboratorio, puh (02) 333 7026.

Näytteenotto: näytteitä voi ottaa maanantaista torstaihin (ei arkipyhää edeltä-vänä päivänä).

Näytteenottojärjestys: Nil-, TB Antigen-, ja Mitogen-putki. Ota näytettä mustaan merkkiviivan asti (näytetilavuus 0.8-1,2 ml). Käännä

putkia 10 kertaa ylösalaisin. Antigeenit ovat kuivattuina putkien sisäpinnoille, sen takia on tärkeää, että putkien koko sisäpinta kastuu verellä.

Säilytys, käsittely ja lähetys: Otetut näytteet säilytetään ja lähetetään huo-

neenlämmössä +22 °C ± 5 °C (ei saa laittaa jääkaappiin, eikä pakastaa). Näytteet toimitetaan näytteenottopäivinä UTULab näytteiden vastaanottoon klo 15 mennessä. Jos lähettäminen ei onnistu yllä mainitussa ajassa, näyte-putket on esikäsiteltävä: Sekoita putkia uudelleen kuten edellä oli mainittu. In-kuboi putkia pystyasennossa 16-24 tuntia +37 °C:ssa. Tästä merkintä putkiin! Toimita inkuboidut näytteet viimeistään 3 vrk:n kuluessa UTULab näytteiden vastaanottoon. HUOM! Säilytys ja lähetys +2 – +27 °C:ssa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologian menetelmä (quantiFERON -TB Gold in-tubemethod, Cellestis, Hannover, Saksa)

Perifeerisen veren solut stimuloidaan M. tuberculosisbakteerille spesifisillä

antigeenisilla peptideilla ja solujen tuottamaa gammainterferonia mitataan EIA-menetelmällä, puhdistamatta T-lymfosyyttejä erikseen. Verinäytteen lymfosyyttien kyky tuottaa gammainterferonia osoitetaan PHA-stimulaatiolla (positiivinen kontrolli). Negatiivisena kontrollina toimivat tutkittavan stimuloi-mattomat solut.

Tekotiheys: 2-3 kertaa viikossa.

Tulkinta: Vastaus ilmoitetaan kansainvälisinä yksikköinä (IU) millilitraa kohden. Arvot > yli 0.50 IU/ml tulkitaan selvästi positiivisiksi ja arvoja 0.35-0.50 IU katsotaan raja-arvoiksi.

M. tuberculosis-infektion lisäksi harvinaiset M. kansasii, M. szulgai ja M. mari-num-infektiotvoivatmyösantaapositiivisentuloksenspesifisilläpeptideillä.

Non-reaktiivinen tulos ei sulje pois aktiivisen tuberkuloosin mahdollisuutta. Äskettäisen bakteerialtistuksen jälkeen immunologinen vaste on todennetta-

Page 214: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

214

vissa 6-8 viikon kuluttua. Vaikeassa tuberkuloosissa tai muussa immunosup-ressiotilassa non-reaktiivinen tulos on yleistä. Herkkyys tartunnan toteamises-saonnoin90%jaspesifisyysnoin97%.BCG-rokotuksenvaikutusspesifisyy-teen on vähäinen.

Lymfopenian yhteydessä tulosten tulkinta on epävarmaa. On suositeltavaa mitata lymfosyyttien taso ennen B-TbIFNg testin näytteenottoa. Lymfopenia-potilailla Ly-Tb-Spot on suositeltavampi tutkimus.

Kirjallisuus: AndersenP,MunkME,PollockJM,DohertyTM.Specificimmune-baseddiag-

nosis of tuberculosis. Lancet. 2000; 256:1099-1104.

Detjen AK, Kiel T, Roll S, Hauer B, Mauch H, Wahn U and Magdorf K. Interfe-ron-gamma release assays improve the diagnosis on tuberculosis and nontu-berculous mycobacterial disease in children in a country with a low incidence of tuberculosis. Clinical Infectious Diseases. 2007; 45:322-328.

Diel R, Loddenkemper R, Meywald-Walter K, Gottschalk R, Nienhaus A. Com-parative performance of tuberculin skin test, quantiFERON-TB-Gold in tube-assay, and T-Spot.TB test in contact investigations for tuberculosis. Chest 2009; 135:1010-1018.

MYOSIITTITUTKIMUS

Lyhenne: S-PMDM-T (12549)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Polymyosiitti (PM) ja dermatomyosiitti (DM) ovat harvinaisia tulehduksellisia autoimmuunisairauksia. Suurella osalla potilaista autoimmuunimyosiittiin liit-tyy löydöksiä muista autoimmuunisairauksista, jolloin kyseessä on ns. ”over-lapmyositis”(OM).Noin50%:llamyosiittipotilaistaesiintyymyosiittispesifisiäja 30%:lla muita autovasta-aineita.

Tiettyjen autovasta-aineiden tiedetään liittyvän vaikeampiin PM muotoihin. Interstitiellikeuhkofibroosi,artriitti,kuume,”mekaanikonkädet”,korkeaseeru-min kreatiinikinaasi ja huono vaste kortikosteroidille liittyvät ns. antisyntetaa-sisyndroomaan. Merkkivasta-aineita ovat Jo-1 (histidyl-tRNAsyntetaasi, 25-30%:lla)), PL-7 (threonyl-TRNA syntetaasi, 3-6%:lla) ja PL-12 (alanyl-tRNA syntetaasi, 3-6%:lla). Tauti vaatii usein aggressiivisen immunosuppressiivisen hoidon, ja tämän syndrooman varhainen tunnistaminen on tärkeää.

Toisaalta, jos myosiittipotilaalla tavataan SSA-vasta-aineita (Ro52), on odotet-tavissa, että tauti vastaa kortikosteroidihoitoon eikä muuta lääkitystä tarvita.

Mikäli potilaalla löytyy Raynaudin oire ja sklerodaktyliaa, mahdollinen skle-roderma-myosiitti overlap, merkkivasta-aine on PM-Skleroderma (PM/Scl = PM1) ja hänellä voi esiintyä anti-U1RNP-vasta-aineita myosiittispesifistenvasta-aineiden lisäksi.

Myosiittispesifistenanti-Mi-2-vasta-aineidenonraportoituliittyvänklassiseendermatomyosiittiin, jonka kulku on lievempi kuin PM:n. Tätä autovasta-ainetta tavataan myös nuoruusiän DM:ssä. Uudemmilla tekniikoilla (EIA, Lineblot)

Page 215: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

215

mitattavat Mi-2 vasta-aineet tunnistavat lineaarisen epitoopin, eivätkä asso-sioidu DM:iin vaan myosiitin overlap-muotoihin (OM).

Myosiittispesifisiäanti-SRP(signalrecognitionparticle)vasta-aineitaesiintyyn.5 %:lla myosiittipotilaista. Vasta-aineet liittyvät etenevään myopatiaan, tuleh-dussoluja on vähän, mutta komplementin terminaalikompleksia (SC5b-9) löytyy kudoksesta. Lihasvoima palautuu osin kortikosteroidihoidolla.

Myosiittien ja systeemisten autoimmuunitautien overlap-muotoihin assosioitu-viavasta-aineitaovatPM-Skleroderma(PM1),Ku,U1RNP,SSB,jafibrillariini-vasta-aineet. Lisäksi voidaan todeta Scl70- tai sentromeerivasta-aineita.

Anti-fibrillarin-vasta-aineidenonraportoituassosioituvantautimuotoon,jossaesiintyyRaynaudinoire,keuhkofibroosiajamuusysteeminenautoimmuuni-tauti.

Anti-SRP (signal recognation particle) vasta-aineet liittyvät nopeasti alkavaan, rajuun ja nopeasti etenevään lihasheikkouteen. Tähän taudinkuvaan liittyy usein myös sydänlihaksen muutokset ja kovat lihaskivut.

Monet myosiitteihin assosioituvat vasta-aineet (MAA) esiintyvät kaikissa au-toimmuunimyosiitin tyypeissä (PM, DM, OM), mm. Ro52, Ku, joten niillä on enemmän prognostista kuin diagnostista merkitystä.

TarjoammeautoimmuunimyosiittiendiagnostiikkaanUUDENMyositisProfile3 testin (EUROLINE-WB test)., jossa on uusina antigeeneina mm. SRP ja PM-Scl 75. Testi soveltuu jatkotutkimuksena S-ANA, S-ENA, S-ANATy ja S-ANA-IB tutkimuksille epäiltäessä autoimmuunimyosiittia.

Indikaatiot: Autoimmuunimyosiittien diagnostiikka

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Lineblot.EUROLINEMyositisProfile3(WBIgG).Vasta-aineetseuraaviaan-tigeeneja kohtaan: Mi-2, Ku 72/86, PM-Scl 100(PM1), PM-Scl 75, Jo-1, SRP, PL-7, PL-12, EJ, OJ, Ro52 (SSA).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Kvalitatiivinen testi, vastataan positiivinen / negatiivinen.

Anti-Jo-1 vasta-aineita löytyy noin 25-33%:lla autoimmuuni- myosiittipotilaista (polymyosiitti) ja taudinkuvaan liittyyusein interstitielli keuhkofibroosi. Jo-1vasta-aineiden kanssa ns. antisyntetaasi- syndroomaan liittyvät anti PL-7 ja anti PL-12 ovat harvinaisempia (3-6 %). Yli 50%:lla Jo-1-vasta-aineiden suh-teen positiivisista on myös Ro-52 vasta-aineita.

Kirjallisuudenmukaananti-Mi-2vasta-aineetovatspesifisiädermatomyosiit-tipotilaille (15-30 %) ja liittyvät usein hyvään prognoosiin (1). Lisäksi idiopaat-tisessa myosiiteissa anti-Mi-2 vasta-aineita löytyy 8-12 %:lla potilaista. On myös raportoitu, että EIA:lla tai lineblot-menetelmällä mitatut anti-Mi-2-vasta-aineet assosioituvat myosiitin / systeemisten autoimmuunitautien ylimeno-muotoihin (2).

Myosiittispesifisiäanti-SRP(signalrecognitionparticle)vasta-aineitaesiintyyn. 5 %:lla myosiittipotilaista. Vasta-aineet liittyvät etenevään myopatiaan, joka

Page 216: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

216

vastaa hyvin kortikosteroidihoitoon. Anti-Ku vasta-aineita esiintyy SLE-potilailla (n. 10 %). Potilaista, joilla on anti-

Ku vasta-aineita, 40 %:lla saattaa olla myös myosiitin tai skleroderman oireita. Anti-PM-Scl (PM1) vasta-aineita esiintyy noin 50-70 %:lla niistä potilaista, joil-

la on ns. “overlap” syndrooma (polymyosiitin/dermatomyosiitin ja etenevän skleroderman löydöksiä).

Kirjallisuus: 1.WolfeJFym.Antinuclearantibodywithdistinctspecificityforpolymyositis.J Clin Invest 1977;59:176-8.

2. Targoff IN, Reichlin M : The associtation between Mi-2 antibodies and der-matomyositis. Arthr and Rheum. 28: 796-803, 1985.

3. Koenig M, Fritzler MJ, Targoff IN, Troyanov Y, Senècal JL: Heterogeneity of autoantibodies in 100 patients with autoimmune myositis: insights into clinical features. Arthritis Res Ther R 78, 2007.

MÄRKÄVILJELY 1, AEROBINEN JA ANAEROBINEN VILJELY

Lyhenne: Pu-BaktVi1 (3491)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Anaerobien bakteereiden aiheuttamissa infektioissa on useimmiten kyseessä sekainfektio aerobisten bakteereiden kanssa. Anaerobiset bakteerit muodos-tavat valtaosan elimistön normaalifloorasta. Samoin infektioihin osallistuvatanaerobiset bakteerit ovat useimmiten peräisin elimistön normaalifloorasta,eikä näinollen voida anaerobisten bakteerien osalta tehdä yhtä selvästi eroa patogeeneihin ja saprofyytteihin kuten aerobeilla bakteereilla. Tämän vuoksi ei anaerobeja bakteereja rutiinisti määritetä näytteistä, jotka sisältävät nor-maaliflooranbakteereja.Anaerobitbakteeritmääritetäänainailmanerityistäpyyntöä:pleura-,appendix-,Bartholinin rauhas-,fisteli-,paise-,nivelneste-,sappineste-, vatsaontelo-, peritoneaalineste-, poskiontelo- ja transtrakeaali-aspiraattinäytteistä. Anaerobeja bakteereita ei normaalisti määritetä haava-märästä, nielu-, nenänielu-, yskös-, virtsa-, uloste-, vagina-, cervix-, maha-laukun sisältö-, lapsivesi-, haava-, dreeni- ja palovammanäytteistä. Anaerobi-näytteen pitkän käsittelyajan vuoksi alustavan tuloksen saantia voi nopeuttaa lähettämällä mukaan ilmakuivattu värjäyslasi näytteestä.

Indikaatiot: Näytteen bakteereiden tyypittäminen.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Yllämainitut näytteet, joista anaerobit bakteerit tutkitaan automaattisesti, eivät tarvitse eri-tyistä pyyntöä anaerobeista bakteereista. Jos muiden näytteiden yhteydessä halutaan aerobien lisäksi anaerobit bakteerit tutkittavaksi, on se pyydettävä lähetteessä erikseen. Lisäksi kysymyksenasettelun on hyvä näkyä lähettees-tänormaaliflooranbakteereidenosuudenpoissulkemiseksi.

Näyte: Punktionäytteet ruiskutetaan kuljetusampullin (esim. Portagerm) tai kuljetus-putken pohjalle. Isot märkämäärät voidaan siirtää pieneen steriiliin lasiput-keen ja lähettää sellaisenaan. Märkänäytettä ei tule ruiskuttaa veriviljelypul-

Page 217: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

217

loon, koska elatusaine ei ylläpidä kaikkien bakteerien kasvua ilman muka-naolevaa verta. Näyte voidaan hätätilassa panna hiilitikulla kuljetusputkeen. Näytteenotossa on tärkeää, ettei näyte kontaminoidu normaaliflooralla, eijoudu tekemisiin ilman kanssa, ja että se toimitetaan saman työpäivän aikana laboratorioon. Näyte säilytetään jääkaappilämpötilassa. Voidaan lähettää nor-maalina postilähetyksenä.

Menetelmä: Viljelyt veri-, suklaa- ja rikastetuille anaerobielatusaineille. Biokemialliset tyy-pitykset sekä 16S-rDNA-sekvensointi..

Ontelonesteet pannaan normaalin viljelyn lisäksi rikasteeseen.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Keskimääräinen kesto 5–7 vrk. Aerobiviljelyn tulos pyritään vas-taamaan heti sen valmistuttua.

Tulkinta: Mikälinäyteeioleotettaessakontaminoitunutnormaalifloorallaonanaerobienkasvu lajista riippumatta merkitsevää. Eräät bakteerit ovat usein patogeenejä kontaminoituneissa näytteissäkin (B. fragilis, S. intermedius, C. perfringens).

MÄRKÄVILJELY 2, AEROBINEN VILJELY

Lyhenne: Pu-BaktVi2 (3492)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Märkänäytteitä ovat mm. infektoituneista haavoista, silmärähmästä, korva- ja poskionteloeritteestä ja otetut näytteet. Märkäisissä infektioissa on aiheutta-jaorganismin eristämisessä muistettava pohtia myös obligatorisesti anaerobi-en osuutta. Anaerobien eristyksestä ks. Anaerobiviljely. Värjäys antaa paljon apua viljelyn tulkinnassa. Lisäksi sillä voi olla merkitystä kriittisissä tapauk-sissa tutkimuksen nopeuden takia. Tätä varten kannattaa märkänäytteestä valmistaa heti kaksi värjäyspreparaattia, ilmakuivata ne ja lähettää kotelossa laboratorioon. Tavallisessa märkäviljelyssä käytettävät menetelmät eivät kas-vata mykobakteereita, nokardioita, useita sieniä, legionelloja, ja muita erityis-patogeeneja, jotka on pyydet-tävä erikseen.

Indikaatiot: Näytteen aerobien bakteereiden tutkiminen.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Näytteen laa-dun merkitseminen on tärkeää märkä/erite-osaan.

Näyte: Märkä yms. neste steriilissä putkessa on hyvä näyte edellyttäen että näyte saadaan saman työpäivän aikana laboratorioon. Näytteen jäähdytys parantaa säilyvyyttä. Kuljetusputkeen pantu tikkunäyte on vaihtoehto vain silloin kun havaittavaa määrää nestettä ei saada talteen. Värjäystä ei tikkunäytteistä voi-da tehdä. Likvornäyte ei saa jäähtyä. Suoran viljelyn käyttämisestä on hyötyä kaikissa märkänäytteissä. Voidaan lähettää normaalina postilähetyksenä.

Menetelmä: Viljely veri- ja suklaaelatusaineille. Tikkunäytteitä varten käytetään stafyloko-keille ja streptokokeille selektiivisiä maljoja. Ontelonesteet pannaan normaa-lin viljelyn lisäksi rikasteeseen.

Page 218: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

218

Tekotiheys: Arkipäivisin. Keskimääräinen kesto vähintään kaksi työpäivää.

Tulkinta: Näytteet, joissa on useita (yli kolme) bakteerilajeja, joudutaan usein vastaa-maansekaflooranaellei lähetteessäolemainittuerityisestihaettavaapato-geenia. Ristiriitaisuudet värjäys- ja viljelylöydöksen välillä voivat johtua obliga-torisista anaerobeista, antibioottihoidosta tai väärästä näytteen säilytyksestä tai kuljetuksesta.

NARP-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTA-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -NARP-D (4666) Ts-NARP-D (4667)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: NARP-oireyhtymän (neurogeeninen lihasheikkous, ataksia, retinitis pig-mentosa) tyypilliset oireet ovat neuropatia, ataksia ja verkkokalvon pigment-tirappeuma. Yleisimmät NARP-oireyhtymään liittyvät mutaatiot sijaitsevat mitokondriaalisen DNA:n koodaaman ATPaasi6-geenin positiossa 8993 (m.8993T>G ja m.8993T>C). Mutatoituneen mtDNA:n osuus eri kudoksissa (heteroplasmia-aste) vaikuttaa kliiniseen taudinkuvaan. Mikäli mutatoituneen mtDNA:n osuus on suuri, saattaa taudin kliininen diagnoosi olla mitokondriaa-linen Leigh’n oireyhtymä.

Indikaatiot: Kliininen epäily NARP-oireyhtymästä tai Leigh’n oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MtDNA:n PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestiot.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: m.8993T>G- tai m.8993T>C-mutaation löytyminen oireiselta potilaalta sopii NARP-oireyhtymään tai Leigh’n oireyhtymään.

NATALIZUMABI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-NatsuAb (6028)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7399, vastauskyselyt (02) 333 7476

Page 219: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

219

Yleistä: Multippeli skleroosi (MS) potilaita hoidetaan natalizumab-vasta-aineella, joka hidastaa taudin etenemistä. Hoitovaste saattaa pitemmän ajan kuluessa vä-hetä tai loppua. Tämä johtuu useimmiten vasta-aineiden kehittymisestä nata-lizumabille.

Indikaatiot: Natalizumabhoidon seuranta

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0.5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4 C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: 1–2 kertaa kuukaudessa

Tulkinta: Posit (+) vasta-aineita osoitettavissa Negat (-); ei vasta-aineita osoitettavissa Raja-arvo (+/-); tulos raja-arvo. Suositellaan uusintanäytteen tutkimista.

S-NEURO1, LI-NEURO1, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-Neuro1, Li-Neuro1 (-HSVAb, -VZVAb, -HHV6Ab, -MypnAb, -RSVAbG)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: Etiologialtaan avoimeksi jääneen tai pitkittyneen keskushermostoinfektion selvittely.

Indikaatiot: Pitkittyneiden keskushermostoinfektioiden tai jälkioireiden diagnostiikka. En-simmäisen sairausviikon aikana PCR-tutkimukset ovat ensisijaisia.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Seerumi- ja likvorinäytteet. Näytettä tarvitaan noin 0.5-1 ml. Tulosten arvioin-tia varten tarvitaan seerumi- ja likvorinäytteet

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: 1-3 kertaa viikossa.

Tulkinta: Normaalisti likvorissa ei ole mitattavia vasta-aineita. Intratekaalinen mikro-bispesifinen vasta-ainesynteesi voidaan todeta keskushermostoinfektioissa.Vasta-aineita voidaan todeta likvorissa myös veriaivoestevaurioissa tai jos näyte on kontaminoitunut näytteenoton yhteydessä verellä. Vasta-aineet il-

Page 220: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

220

mestyvät likvoriin yleensä ensimmäisen sairausviikon jälkeen. Positiivisista tuloksista annetaan lausunto.

S-NEURO2, LI-NEURO2, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-Neuro2, Li-Neuro2 (-AdenAbG, -EvirAb, -InfAAbG, -InfBAbG, -Pin13AbG, -Pin2AbG, -RSVAbG)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: Etiologialtaan avoimeksi jääneen tai pitkittyneen keskushermostoinfektion selvittely.

Indikaatiot: Pitkittyneiden keskushermostoinfektioiden tai jälkioireiden diagnostiikka. En-simmäisen sairausviikon aikana PCR-tutkimukset ovat ensisijaisia.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Seerumi- ja likvorinäytteet. Näytettä tarvitaan noin 0.5-1 ml. Tulosten arvioin-tia varten tarvitaan seerumi- ja likvorinäytteet

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: 1-3 kertaa viikossa.

Tulkinta: Normaalisti likvorissa ei ole mitattavia vasta-aineita. Intratekaalinen mikro-bispesifinen vasta-ainesynteesi voidaan todeta keskushermostoinfektioissa.Vasta-aineita voidaan todeta likvorissa myös veriaivoestevaurioissa tai jos näyte on kontaminoitunut näytteenoton yhteydessä verellä. Vasta-aineet il-mestyvät likvoriin yleensä ensimmäisen sairausviikon jälkeen. Positiivisista tuloksista annetaan lausunto.

NEUTROFIILIEN SYTOPLASMA-ANTIGEENI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S -ANCA-T (11943), sisältää: S-ANCA (3612), Proteinaasi 3, vasta-aineet (Pr3Ab, 4160), Myeloperoksidaasi, vasta-aineet (MPOAbG, 4149). (Voidaan tilata erikseen).

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Systeemisissä pienten suonten vaskuliiteissa kuten Wegenerin granulomatoo-sissa(WG)jamikrosooppisessapolyangiitissa(MPA)aktivoituneistaneutrofii-leista vapautuu sytoplasmisia antigeeneja, joille syntyy vasta-aineita. Vaikeis-sa vaskuliiteissa voi esiintyä munuais- tai keuhkomuutoksia, mutta myös muita systeemisiä oireita (ylemmät hengitystiet, nenä, korvat, keskus- ja perifeerinen hermosto, nivelet, iho ja gastrointestinaalikanava. Vaikeiden vaskuliittien en-nuste on huono mikäli immunosuppressiivisen hoidon aloittaminen viivästyy.

Page 221: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

221

Neutrofiilien sytoplasma-antigeenivasta-aineita (ANCA) on todettu myösMPA:aan liittyvässä nopeasti etenevässä glomerulonefriitissä, fokaalisessa nekrotisoivassa GN:ssa sekä proliferatiivisessa ja mesangiokapillaarisessa GN:ssa.

ANCAonimmunofluoresenssitesti,jonkamittaavasta-aineitauseitaneutrofii-lien antigeeneja kohtaan. c-ANCA-positiivisuus liittyy useimmiten proteinaasi 3 (Pr3) vasta-aineisiin ja p-ANCA myeloperoksidaasi (MPO) vasta-aineisiin. Toisaalta MPOAb-negatiivinen p-ANCA voi liittyä mm. ulseratiiviseen koliittiin (60 %), sklerosoivaan kolangiittiin, autoimmuunihepatiittiin, nivelreumaan tai Sjögrenin syndroomaan; tai ns. sekundaarisiin vaskuliitteihin (reuma, infekti-ot, maligniteetit).

Ks. myös: IBD-TUTKIMUS

Indikaatiot: Vaskuliittien, erityisesti Wegenerin granulomatoosin, ja glomerulonefriittien diagnostiikka. Kroonisten suolistotuleh-dusten (IBD) diagnostiikka.

HUOM: Mikäli munuaismuutokset etenevät nopeasti on syytä tutkia myös DNA-va ja Anti-C1q-va SLE:n poissul-kemiseksi ja glomerulustyvikalvo-vasta-aineet (S-GbmAb).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: S-ANCA:Immunofluoresenssi.Etanolillafiksoidutihmisenleukosyytit,värjäys-kuviovarmistetaantarvittaessakäyttämälläformaliinillafiksoitujaleukosyyttejä.

Pr3Ab ja MPOAb: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealue ANCA: normaali <20, raja-arvo 20, positiivinen >20 (tiitteri) Pr3Ab normaali < 2 IU/ml, raja-arvo 2-3 IU/ml, positiivinen >3 IU/ml MPOAb : normaali < 3,5 IU/ml, raja-arvo 3,5-5 IU/ml, positiivinen >5 IU/ml

Sytoplasmiset(c-ANCA)neutrofiilivasta-aineet tunnistavatasurofiilistengra-nuloiden rakenteita, merkittävin proteinaasi-3. Pr3-vasta-aineet liittyvät vas-kuliitteihin, Wegenerin granulomatoosiin (70–80 %), mikroskooppiseen po-lyangiittiin ja Churg-Strauss’in syndroomaan (> 30 %) tai nopeasti etenevään glomerulonefriittiin (>30 %).

Perinukleaariset (p-ANCA) neutrofiilivasta-aineet tunnis-tavat neutrofiiliensytoplasmisia ja tuman rakenteita. Näistä myeloperoksidaasi (MPO) vasta-aineet liittyvät vaskuliitteihin, mikroskooppiseen polyangiittiin (60 %), fokaa-liseen nekrotisoivaan glomerulonefriittiin (45 %), Churg-Strauss’in syndroo-maan (30 %) tai Wegenerin granulomatoosiin (10–20 %).

HUOM:p-ANCA(IF)-löydöseiolespesifinen.MPOAb-negatiivinen p-ANCA voi liittyä mm. ulseratiiviseen koliittiin (60 %), sklerosoivaan kolangiittiin, au-toimmuunihepatiittiin, nivelreumaan tai Sjögrenin syndroomaan; tai ns. sekun-daarisiin vaskuliitteihin (reuma, infektiot, maligniteetit).

p-ANCA-löydöksen varmistamiseksi ja seurantaan suosittelemme S-ANCA-T (11943) tai S-MPOAbG (4149).

c-ANCA löydöksen varmistamiseksi ja seurantaan suosittelemme S-ANCA-T (11943) tai S-Pr3Ab (4160).

Page 222: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

222

Kirjallisuus: Editorial (Allan Wiik). Rational use of ANCA in the diagnosis of vasculitis. Rheumatology 2002;41:481–83.

Hagen EC, Daha MR, Hermans J et al. Diagnostic value of standardizied assays for anti-neutrophil cytoplasmic antibodies inidiopathic systemic vascu-litis. Kidney Int. 1998;53:743–53.

Hagen EC, Von Gurp EAF. Use of ANCA in diagnosis. Arthr Care Res 2000;13:341–42.

Kallenberg CGM, Rarok A, et al. New insights into the pathogenesis of anti-neutrophil cytoplasmic autoantibody-associated vasculitis. Autoimmunity Rev 2002;1:61–66.

WiikA.Neutrophil-specificautoantibodiesinchronicinflammatoryboweldise-ases. Autoimmunity Rev 2002;1:67–72.

NIELUVILJELY

Lyhenne: Ps-BaktVi (4290)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Näytteestä etsitään lähinnä ß-hemolyyttisiä streptokokkeja, mutta samalla py-ritäänmyöskuvaamaannielunvalta-flooraa.Nielunnormaaliflooraankuuluumm.pneumokok-keja,stafylokokkeja,hemofiluksiajaenterobakteereita.

Indikaatiot: Esim. maligniteetti- ja immunosuppressiopotilailta voidaan hakea normaa-liflooraankinkuuluviapatogeeneja,muttatutkimusindikaationtuleetällöinollaeritelty lähetteessä. Samoin esimerkiksi invasiivisissa hemofilusinfektioissavoidaan hakea taudinaiheuttajaa nielusta, mutta ainoastaan erillisellä pyyn-nöllä.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Kysymyksen-asettelu (haettavat patogeenit) on ehdottomasti merkittävä lähetteeseen. Po-tilaan antibioot-tihoidon on oltava tiedossa, sillä se vaikuttaa näytteen arvos-teluun.

Näyte: Hiilitikulla tonsilloista (erityisesti märkäisistä kohdista) ja takanielusta kuljetus-putkeen. Mikäli kuljetus laboratorioon viivästyy, on näyte säilytettävä ja lähe-tettävä huoneenlämmössä.

Menetelmä: Bakteeriviljelyt ja biokemialliset tyypitykset.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Keskimääräinen kesto 1–3 vrk.

Tulkinta: Tulkinta tapauskohtaisesti tutkimusindikaatioiden ja löydös-ten mukaan. Sai-raalapotilailla, erityisesti antibiootihoitojen jälkeen tavataan enterobakteerival-taistanormaaliflooraa.

Page 223: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

223

NOCARDIAVILJELY

Lyhenne: NokaVi (2403)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Nocardia on osittain haponkestävä bakteeri, joka aiheuttaa lähinnä keuhkoin-fektioita erityisesti immuunipuutteisille potilaille. Nocardia ei tule varmuudella esiin tuberkuloosi- tai tavallisessa bakteeriviljelyssä, minkä takia se on pyy-dettävä erikseen.

Indikaatiot: Epäily nocardiainfektiosta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete

Näyte: Invasiiviset keuhkonäytteet ovat parhaimpia: transtrakeaaliaspiraatti, bronku-serite, bronkoalveolaarinen lavaatio. Myös ysköksestä voi viljellä nocardiaa, mutta väärän negatiivisen tuloksen mahdollisuus on huomat-tavasti suurempi kuin edellisissä. Näyte on jäähdytettävä, ellei sitä voida toimittaa välittömästi laboratorioon. Nocardia värjäytyy gram-värjäyksellä, joka on käyttökelpoinen pika-menetelmä invasiivisista hengitystie-eritteistä bakteeria haettaessa. Voi-daan lähettää normaalina postilähetyksenä.

Menetelmä: Bakteeriviljely suklaa-, veri- ja Saboraud- elatusaineille. Tyypitys DNA-sek-vensoinnilla.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Noin viikon kuluessa saadaan alustavaa tietoa viljelystä.

Tulkinta: Ihmiselle apatogeeneja nokardioita tunnetaan, mutta esimerkiksi N. asteroi-des on jokseenkin aina liittynyt kliiniseen tautiin

NOROVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA)

Lyhenne: F-NoroAg (12528)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Noroviruksia on useita eri alaryhmiä ja ne ovat tavallisimpia ripulitautien aihe-uttajia. Aikaisemmin sairastettu norovirusinfektio ei suojaa uusilta infektioilta. Infektion aikana norovirusta ja sen antigeenisia osia erittyy runsaasti ulos-teeseen. Antigeeninosoitustestin herkkyys PCR-menetelmään verrattuna on noin 70%, mutta nopeutensa ja edullisemman hintansa vuoksi se soveltuu norovirusinfektioiden nopeaan toteamiseen.

Indikaatiot: Ripulitautien diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 224: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

224

Näyte: Ulostetta näyteputkessa.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa.

Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa tai huoneenlämmössä. Voidaan lähettää labora-torioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Tarvittaessa.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löy-dös osoitus norovirusinfektiosta.

OKULOFARYNGEAALINEN LIHASDYSTROFIA (OPMD)

Lyhenne: B -OPMD-D (12011) Ts-OPMD-D (12200)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Okulofaryngeaalinenlihasdystrofia(OPMD)onautosomissavallitsevastipe-riytyvä sairaus, jonka tyypillisiä oireita ovat mm. ptoosi, nielemisvaikeudet ja proksimaalinen raajojen heikkous. Oireet alkavat yleensä vasta aikuisiällä. OPMD-potilaiden lihasbiopsiassa voidaan havaita nukleaarisia inkluusioi-ta. Taudin aiheuttaa polyalaniinia koodaavan GCG-toistojakson ekspansio PABP2- (polyA binding protein 2) geenissä. Eksonissa 1 sijaitsevassa tois-tojaksoalueessa on normaalisti 6 GCG-jaksoa. Dominantisti periytyvässä OPMD-taudissa toistojaksoja on 8-13. Toistojaksojen määrä korreloi ilmeisesti ainakin osittain taudin vaikeusasteen ja oireiden alkamisiän kanssa. PABP2-geenistä on kuvattu myös 7 GCG-jakson variantti, joka homotsygoottisena aiheuttaa resessiivisesti periytyvän OPMD:n.

Indikaatiot: Kliininen epäily OPMD-taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: PABP2-geenin PCR-monistus GCG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja toisto-jaksoalueen koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Toistojakson ekspansion löytyminen oireiselta potilaalta sopii OPMD-tautiin.

Page 225: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

225

PARAINFLUENSSAVIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: -Pin1Ag (1904), -Pin2Ag (1907), -Pin3Ag (1908)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hengitystieinfektioissa virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänieluerit-teeseen, jossa niiden määrä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. An-tigeenin osoituksen diagnostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen virusantigeenien määrä nenänielussa on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, mutta testi on silti käyttökelpoinen. Yleensä näytteestä kannattaa tutkia samalla myös muiden respiratoristen virusten antigeenit. ks. tutkimus RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Laboratoriopuhdas kertakäyttöputki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähet-tää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutkitaan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen (viruksen nimi) + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinenlöydösonosoituskyseisenparainfluenssaviruksenaiheuttamastatuoreesta infektiosta.

PARAINFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: -PinfVi

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Parainfluenssavirustenaiheuttamatinfektiotvaihtelevatlievistäylempienhen-

Page 226: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

226

gitysteideninfektioistapneumoniaan.Parainfluenssavirus1aiheuttaayleisim-min bronkiittia ja pneumoniaa, tyyppi 2 pienten lasten laryngiittiä ja tyyppi 3 on RS-viruksen jälkeen tavallisin vastasyntyneiden alempien hengitystieinfektioi-den aiheuttaja.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin la-boratoriosta (02-333 7463). Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Bf (bronkoalveolaarilavaatio)-näyte. Sytomegalovirus-viljelyn kuljetusnes-teputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä. Näyte tulee toimittaa laboratori-oon mahdollisimman pian.

Nenänielu (Npa) näyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näyt-teet. Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte tulisi toimittaa laboratorioon mahdollisimman pian. Lyhytaikainen säily-tys, esim. viikonlopun yli, jääkaapissa +4°C:ssa.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Kolmen vuorokauden inkubaation jälkeen tehdään immunoperoksidaasivärjäys monoklonaalisilla vasta-aineilla (vasta-aineseos, tyypit 1, 2 ja 3).

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina kolmen vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Normaalistinegatiivinen.Positiivinentulosmerkitseeparainfluenssaviruksenaiheuttamaa akuuttia infektiota.

PARAINFLUENSSAVIRUS 1 JA 3 IGG, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-Pin13AbG, Li-Pi13AbG

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Parainfluenssaviruksilla1ja3onniinvoimakasristireaktiivisuus,etteiniidenvasta-aineita voida normaaleilla entsyymi-immunologisilla testeillä mitata erik-seen. Testissä käytetään siksi antigeeniseosta.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 227: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

227

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ai-nelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen parainfluenssainfektion.Ihmisetsairastavatelämänsäaikanatoistuviaparainfluenssa-virusinfektioita,joten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita.

Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu pari-seerumienvälilläonosoitustuoreestaparainfluenssavirusinfektiosta.

PARAINFLUENSSAVIRUS 2 IGG, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-Pin2AbG, Li-Pi2AbG

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Parainfluenssavirus2:llaon jonkinverran ristireaktiivisuutta tyyppien1 ja3kanssa, samoin kuin sikotautiviruksen kans-sa, mutta se ei normaalisti häirit-se serologista diagnos-tiikkaa.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan parisee-ruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-aine-löydösosoittaatestattavanjoskussairastaneenparainfluenssavirusinfektion.Ihmisetsairastavatelämänsäaikanatoistuviaparainfluenssa-virusinfektioita,joten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita.

Page 228: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

228

Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu pari-seerumienvälilläonosoitustuoreestaparainfluenssavirusinfektiosta.

PARAMYOTONICA CONGENITA (PMC)

Lyhenne: B -PMC-D (11742) Ts-PMC-D (12232)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Paramyotonica congenita (PMC) on autosomissa vallitsevasti periytyvä lihas-tauti, joka luokittuu ns. ionikanavasairauksiin. Taudin oireisiin kuuluvat eten-kin rasituksen ja kylmän indusoima lihasjäykkyys ja -heikkous. Oireet alkavat yleensä jo varhaislapsuudessa ja taudin penetranssi on korkea. Taudin taus-talta on kuvattu natriumkanavageenin (SCN4A) mutaatioita. Useilta potilailta on raportoitu mutaatioita geenin kodoneista 1313 ja 1448.

Indikaatiot: Kliininen epäily PMC:stä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SCN4A-geenin PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestiot p.Thr1313Met-, p.Arg1448His-, p.Arg1448Cys- ja p.Arg1448Pro-mutaatioiden havaitsemiseksi.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen varmistaa PMC-diagnoosin. Normaali tulos ei kuiten-kaan poissulje PMC:tä, sillä taudin taustalla saattaa olla muita, harvinaisem-pia mutaatioita.

PARIETAALISOLU, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-PsolAb (2459)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Parietaalisolu vasta-aineet (PCA) ovat elinspesifisiä autovasta-aineita, joitaesiintyypernisiöösissäanemiassajaatroofisessagastriitissa.Mataliatiitterei-tä tavataan kuiten-kin myös monissa muissa autoimmuunisairauksissa.

Parietaalisoluissa on useita autoantigeeneja (mm. gastriiinireseptori, intrinsic faktori ja H+, K+ -ATPaasi). Useimmiten vasta-aineet ovat syntyneet viimeksi mainittua entsyymiä kohtaan.

Page 229: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

229

Indikaatiot: Pernisiöösinanemianjaatrofisengastriitindiagnostiikkajaseulonta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan useita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainemääritys. Seeruminäyte säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, jossa antigeenina on hiiren maha-laukku ja rotan munuainen. Jos näytteessä on myös mito-kondriovasta-ainei-ta,paritetaalisoluvasta-aineidenspesifisyysvarmistetaanELISA:lla.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa, positiivisten näytteiden jatko-laimennokset tutkitaan seu-raavalla kerralla.

Tulkinta: Viitealue: <40. Tulosilmoitetaantitterinä.Pernisiöösissäanemiassajaatrofisessagastriitis-

sa parietaalisoluvasta-aineita esiintyy 80–95 %:lla potilaista. Lisäksi vasta-aineita esiintyy pinnallisessa gastriitissa, joissakin kilpirauhassairauksissa, sokeritaudissa, Addisonin taudissa sekä raudanpuute-anemiassa. Normaa-limateriaalissa, jossa atrofista gastriittia ei ole suljettu pois, parietaalisoluvasta-aineita esiintyy 5–15 %:lla.

Kirjallisuus: Gleeson PA, Toh BVH. Immunol Today 1991;12:233. Irvine WJ, Davies SH, Teitelbaum, ym. Ann NY Acad Sci 1965;124:657. Isokoski M et al. Scand J Gastroent 1969; 4:521. Karlsson FA, Burman P, Loof L, ym. J Clin Invest 1988;81:475. Krohn K. Duodecim 1973;89:192.

PARVOROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: ParvNhO (4620), S-ParvNhO (4344)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476.

Yleistä: IhmisenparvovirusB19onparvorokon(erythemainfectiosum,fifthdisease)aiheuttaja. Laboratoriodiagnoosi perustuu yleensä serologiaan. Viruksen osoittaminen PCR-menetelmää käyttäen on indisoitua tietyissä erityistapauk-sissa, kuten hemolyyttistä veritautia sairastavien aplastisen kriisin yhteydes-sä. Immunovajavuustiloissa tauti voi kroonistua ja serologinen vaste jäädä heikoksi. Parvoviruksen tiedetään aiheuttavan myös sikiöpöhön, jolloin sikiön kudoksista ja lapsivedestä on voitu osoittaa virusta. Parvoviruksen aiheutta-man artriitin yhteydestä virusta on löydetty synovianesteestä ja luuytimestä. Viruksen osoittaminen verituotteista on mahdollista. Osalla parvorokkopoti-laista virus on osoitettavissa seerumista taudin alkuvaiheessa.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2 ml EDTA- tai sitraattiverta erotettuna plasmaksi, tai 1 ml

Page 230: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

230

seerumia, kudosnäyte tai lapsivettä steriilissä kertakäyttöputkessa. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tila-päisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna.

Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Polymeraasiketjureaktio (PCR)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tu-los valmiina testin aloitusta seuraavana päivänä.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen löydös viittaa parvovi-rusinfektioon Suositellaan tutkimusta yhdessä vasta-ainemäärityksen kanssa, joka on yleensä ensisijainen tutkimusmenetelmä parvovirusinfektiota epäiltä-essä.

PARVOROKKOVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ParvAb (4156), Li-ParvAb

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Parvorokkovirus (human serum parvovirus, parvovirus B19) aiheuttaa lapsuus-iän eksanteemataudin, parvorokon (erythema infectiosum, fifth disease).Ai-kuisilla tyypillistä poski-ihottumaa esiintyy vain vajaalla puolella tapauksista, ja tautionusein”flunssan”kaltainen.Nivelvaivatovatyleisiäetenkinkeski-ikäisillänaisilla ja ne voivat joissakin tapauksissa kestää viikkoja. Raskauden aikainen infektio aiheuttaa osalle (n. 10 %) spontaaniabortin. Elävänä syntyneillä lapsilla ei ole todettu vaurioita. Hemolyyttisiä perustauteja sairastavilla parvovirusinfek-tio voi aiheuttaa ns. hypoplastisen kriisin. Immuunipuutteisilla potilailla infektio voi jäädä krooniseksi ja johtaa vaikeaan, krooniseen anemiaan.

Parvorokkovirusta ei ole onnistuttu viljelemään, mutta parvorokkoon liittyy säännönmukaisesti sekä IgG- että IgM-vaste.

Indikaatiot: Eksanteematautien diagnostiikka Artriittien diagnostiikka Aborttien etiologinen selvittäminen

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Tarvittaessa pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-

Page 231: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

231

oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Merkitsevä nousu IgG-vasta-ainetasoissa tai IgM- vasta-aineiden esiintyminen on osoitus tuoreesta infektiosta.

PDT, VASTA-AINEET (PERTUSSIS, DIFTERIA, TETANUS)

Lyhenne: S-PDTAb

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri (02) 333 7428

Yleistä: PDT-vasta-ainetutkimuksella selvitetään potilaan vasta-ainevälitteisen immu-niteetin toimintaa. Tutkimuksessa mitataan IgG-luokan vasta-aineet kolmea eri patogeenia bakteeria eli Bordetella pertussista (P), Corynebacterium dipht-heriaeta (D) ja Clostridium tetanita (T) kohtaan. Immuniteetti näille mikrobeille kehittyy yleensä normaalin rokotusohjelman toteutuessa. Rokotusvastetta ko. mikrobeille voidaan tutkia ennen ja jälkeen rokotusta otettujen seeruminäyttei-den vasta-ainetasojen muutoksista. Myös tehosterokotuksen tarvetta voidaan arvioida vasta-ainetasojen perusteella.

Indikaatiot: Rokotevasteen seuranta. Vasta-ainevälitteisen immuni-teetin tutkiminen epäiltäessä primaareja ja sekundaareja immunovajavuuksia. Tehosterokotuk-sen tarpeen arviointi.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on mainittava potilaan saamat pertussis-, difteria- ja tetanusrokotukset ja mah-dollinen parinäytteiden tutkiminen rokotuksen yhteydessä.

Näyte: 1 ml seerumia. Rokotevastetta arvioitaessa näytteet tulisi ottaa ennen tehos-terokotusta ja 2 viikkoa sen jälkeen.

Seerumi säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeeneina käytetään difteria- ja tetanustoksoideja sekä B.pertussiksesta sonikoimalla irrotettua antigeenia. Tutkimuksessa mitataan IgG-luokan vasta-aineet.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vasta-ainetasojen suojaavuudesta ja mahdollisesta rokotevasteesta anne-taan arvio.

Kirjallisuus: Ruuskanen O, Viljanen MK, Salmi TT, Lehtonen O-P, Kouvalainen K, Pelto-nen T: Acta Paediatr Scand 1980;69:177–82.

Page 232: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

232

Viljanen MK, Ruuskanen O, Granberg C, Salmi TT: Scand J Infect Dis 1982;14:117–122.

Viljanen MK, Nieminen S:Scand J Infect Dis 1980;12:211–213.

PERINNöLLINEN ETENEVÄ ALARAAJAHALVAUS (SPG4), SPAST-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -SPAST-D (11861) Ts-SPAST-D (12233)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Perinnölliset spastiset parapareesit / paraplegiat (HSP) eli etenevät alaraa-jahalvaustaudit ovat neurodegeneratiivisia sairauksia, joissa selvimpänä tunnusmerkkinä on alaraajojen lihastonuksen lisääntyminen ja tästä johtuva kävelyvaikeus. Muita tyypillisiä oireita ovat mm. asentotunnon heikkeneminen ja rakon toimintahäiriöt. Neurologisessa tutkimuksessa todetaan aina ala-raajojen spastisiteetti sekä jänneheijasteiden vilkastuminen. HSP-sairaudet voidaan luokitella joko yksi- tai monioireisiksi taudeiksi. Yksioireinen HSP aiheuttaa kävelyn ja liikkumisen ongelmia, mikä johtuu keskushermoston liikehermoratojen rappeumamuutoksista. Monioireisessa HSP:ssa todetaan kävelyvaikeuden ohella muita sairauteen liittyviä neurologisia oireita, kuten ääreishermojen rappeumaa, raajojen lihasten kuihtumista sekä yläraajojen ataksiaa. ENMG-tutkimuksessa nähdään usein aksonivaurioita. HSP-sairaus voi alkaa jo lapsuudessa tai vasta keski-iällä. Yksioireinen HSP ei vaikuta elinikään, mutta monioireinen HSP voi lapsuudessa alkaessaan johtaa men-taaliseen retardaatioon, aikuisiällä alkaessaan taas muistin ja oppimiskyvyn heikentymiseen, joskus jopa dementiaan.

HSP-sairaudet ovat geneettisesti heterogeenisiä: tähän mennessä on kuvattu jo yli 20 geeniä, joiden mutaatiot liittyvät HSP-sairauksiin. Yleisin HSP-sairaus on SPG4, joka kattaa yli 40 % HSP-tapauksista maailmassa. SPG4-sairaus voi puhjeta jo imeväisiällä tai vasta yli 70-vuotiaana, ja se voi olla joko yksi- tai monioireinen. Tautiin liittyy epätäydellinen penetranssi: 45-vuotiaista geenivir-heen kantajista n. 85 % sairastuu.

SPG4 periytyy autosomissa vallitsevasti, ja sen taustalla ovat SPAST-geenin mutaatiot. SPAST koodaa AAA-proteiiniperheeseen (ATPases Associated with diverse cellular Activities) kuuluvaa kuljettajaproteiinia, spastiinia, jonka arvellaan sitoutuvan solun tukirangan tubuliiniin. Suurin osa SPAST-geenin mutaatioista on missense- tai nonsense-tyyppisiä pistemutaatioita. Mutaatio-tyyppi vaikuttaa sairauden vaikeusasteeseen: missense-mutaatiot muuttavat spastiiniproteiinin tärkeimmän alayksikön AAA-kasetin rakennetta, jolloin spastiinin normaali toiminta häiriintyy. Nonsense-mutaatiot sen sijaan johtavat lyhentyneen mRNA:n pilkkomiseen solussa, jolloin spastiini-proteiinia ei syn-tetisoidu lainkaan.

Indikaatiot: Kliininen epäily autosomissa dominantisti periytyvästä spastisesta paraparee-sista eli SPG4-taudista.

Page 233: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

233

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SPAST-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi. Tunnetun

mutaation osoittaminen joko sekvensoimalla tai restriktioentsyymidigestiolla.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen SPAST-geenistä sopii autosomissa vallitsevasti periyty-vään HSP-sairauteen (SPG4). Normaali tulos ei välttämättä sulje pois SPG4-diagnoosia, sillä mutaatio voi sijaita myös SPAST-geenin introni- tai säätely-alueilla.

PERINNöLLINEN KUULOVAMMAISUUS, CX26-GEENIN (GJB2) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -Cx26-D (11679) Ts-Cx26-D (12221)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Ei-syndromista peittyvästi periytyvää sensorineuraalista kuulovammaisuutta aiheuttavia geenilokuksia on kuvattu lukuisia. Noin puolet tapauksista asso-sioituu konneksiini-26 (Cx26/GJB2) -geenin mutaatioihin, jotka ovat tyypiltään emässubstituutioita, pieniä deleetioita tai insertioita. Erilaisia geenivirheitä on kuvattu useita kymmeniä, joista geenin lukuraamin tuhoutumiseen johtava yhden nukleotidin deleetio, c.35delG, on maailmanlaajuisesti yleisin Cx26-geenin patogeenisista mutaatioista.

Indikaatiot: Varhainen ei-syndrominen sensorineuraalinen kuulovamma.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Cx26-geenin koodaavan alueen PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen Cx26-geenin molemmista alleeleista luokittaa potilaan kuulovammaisuuden etiologiaksi resessiivisen DFNB1-taudin.

Page 234: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

234

PNEUMOCYSTIS CARINII, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: PncaNhO (4446)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Pneumocystis carinii (P. jiroveci) on suurin syy kuolemaanjohtavissa pneumo-nioissa T-solujen vajavuudesta kärsivillä potilailla (immunosuppressiivista lää-kehoitoa saavat, syöpäpotilaat, AIDS). Pneumocystis carinii voidaan osoittaa hengitystienäytteestä joko immuno-fluoresenssivärjäyksellä tai DNA-monis-tuksella.ImmunofluoresenssiBAL:stataiysköksestäonspesifisinmenetelmäkliinisen P. carinii-pneumonian diagnosoimiseksi.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: BAL-neste >10 ml steriilissä putkessa. Yskösnäyte steriilissä putkessa. Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan

tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Menetelmä: P. cariniin läsnäolo määritetään DNA-monistusmenetel-mällä.

Tekotiheys: Iltapäivisin kaikkina arkipäivinä. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse.

Tulkinta: Tulos on joko positiivinen tai negatiivinen. Positiivinen tulos viittaa P. cariniin aiheuttamaan keuhkoinfektioon. P. cariniin DNA:ta löydetään joskus immu-nosuppressoiduilta potilailta ilman näyttöä Pneumocystis-pneumoniasta (ko-lonisaatio).

Kirjallisuus: Olsson et al. (2001) Clin. Microbiol. Infect 7:492–7.

PNEUMOKOKKIPOLYSAKKARIDI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-StpnAb (2481)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Pneumokokin kapselipolysakkaridivasta-ainetutkimusta ei ole tarkoitettu in-fektioiden diagnostiikkaan.

Vakaville pneumokokki-infektioille ovat erityisen alttiita potilaat, joilla on pri-maari immuunipuutos tai sekundaarinen immuunivajavuustila (kroonisen sairaus, alkoholismi, pernan poisto). IgM-, IgA- ja IgG-kapselipolysakkaridi-vasta-aineiden määrittäminen on käyttökelpoinen menetelmä arvioitaessa

Page 235: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

235

riskiryhmiin kuuluvien potilaiden rokotustarvetta sekä tutkittaessa pneumo-kokkirokotteen aikaansaamaa vasta-ainemuodostusta vasta-ainevälitteisen immuunivajavuuden selvittelyssä.

Indikaatiot: Rokotevasteen tutkiminen vasta-ainevälitteistä immuuni-puutosta epäiltäessä.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on mainittava potilaan saamat pneumokokkirokotukset.

Näyte: 1 ml seerumia. Rokotuksen yhteydessä otettava näytteet ennen rokotusta ja 3 viikkoa rokotuksen jälkeen.

Seerumi säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina käytetään polyva-lenttia pneumokokin kapselipolysakkaridia.

Tulkinta: Rokotusvasteesta annetaan lausunto.

POLYKYSTINEN MUNUAISTAUTI (AUTOSOMAALINEN RE-SESSESSIIVINEN, ARPKD), PKhD1-GEENIN SUOMALAIS-TEN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -ARPKD-D (11862) Ts-ARPKD-D (12234)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Autosomissa peittyvästi periytyvä polykystinen munuaistauti (ARPKD) on harvinainen varhaislapsuuden munuais- ja maksasairaus. Suurin osa tapa-uksista todetaan jo sikiö- tai viimeistään vastasyntyneisyyskaudella. Taudin tärkeimpinä tunnusmerkkeinä ovat sikiön tai vastasyntyneen symmetrisesti laajentuneet, monirakkulaiset munuaiset, sekä munuaisten toimintahäiriöstä johtuva vähäinen lapsiveden määrä (oligohydramnion). Muita oireita ovat mm. tyypilliset kasvonpiirteet (”Potter facies”), korkea verenpaine ja keuhkojen va-jaakehittyneisyys. Valtaosa tautia sairastavista kuolee keuhkojen vajaatoimin-taan heti vastasyntyneenä. Taudin kliininen kuva vaihtelee kuitenkin paljon, ja osa potilaista elää munuaisensiirron turvin aikuisikään asti.

ARPKD johtuu mutaatioista PKhD1-geenissä, joka on yksi ihmisen suurim-mista geeneistä; sen genominen koko on yli 470 kiloemästä ja eksoneita siinä on ainakin 86. Noin 75 %:lla suomalaisista ARPKD-potilaista on havaittu joko eksonissa 3 sijaitseva c.107C->T-transitiomutaatio (p.Thr36Met), eksonissa 16 sijaitseva c.1486C>T-transitiomutaatio (p.Arg496Ter) tai eksonissa 61 si-jaitseva c.10412T>G-transversiomutaatio (p.Val3471Gly). Lisäksi Suomessa on muutamasta perheestä löytynyt PKhD1-geenin eksonista 33 mutaatio

Page 236: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

236

c.5371C>A (p.Pro1791Thr), eksonista 52 c.8281G>T (p.Asp2761Tyr) ja ekso-nista 57 c.8870T>C (p.Ile2957Thr).

Indikaatiot: Kliininen epäily autosomaalisesti peittyvästi periytyvästä polykystisestä mu-nuaistaudista. Sikiötutkimukset perheissä, joissa esiintyy ARPKD-tautia.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: PKhD1-geenin eksonien 3, 16, 33, 52, 57 ja 61 PCR-monistus ja sekvensoin-ti suomalaisten valtamutaatioiden p.Thr36Met, p.Arg496Ter, p.Pro1791Thr, Asp2761Tyr, Ile2957Thr ja p.Val3471Gly osoittamiseksi.

Vastausaika: 3-4 viikkoa, kiireellisissä tapauksissa aikataulu sovittavissa laboratorion kanssa

Tulkinta: Mutaation löytyminen PKhD1-geenin kummastakin alleelista sopii polykysti-seen munuaistautiin.

PRADER-WILLI-OIREYHTYMÄ (PWS), 15q11-q13-ALUEEN METYLAATIO- JA KOPIOLUKUANALYYSI

Lyhenne: B -PWS-D (4348) Ts-PWS-D (12235)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Prader-Willi-oireyhtymää (PWS) luonnehtivat prenataalivaiheessa sikiön vä-hentyneet liikkeet ja neonataalivaiheessa vaikea lihashypotonia, syömison-gelmat ja huono painonnousu. Toisesta tai kolmannesta ikävuodesta alkaen jäntevyys lisääntyy, ruokahalu kasvaa ja ongelmaksi muodostuu vaikeahoitoi-nen liikalihavuus. Lisäksi PWS-potilaille ovat tyypillisiä lievä tai keskivaikea kehitysvammaisuus, käytöshäiriöt sekä hypogonadotrooppinen hypogonadis-mi. Silmät ovat mantelinmuotoiset, ja kädet ja jalat ovat pienet. Puberteetti on epätäydellinen ja potilaat jäävät yleensä keskimääräistä lyhyemmiksi. Oireyh-tymä esiintyy yleensä sporadisesti ja uusiutumisriski on pieni.

Oireyhtymän taustalla ovat muutokset kromosomi 15q11-q13-alueella. Yleisin mutaatio on kyseisen kromosomialueen paternaalinen deleetio, joka pois-taa mm. SNRPN- ja necdin-geenin. Maternaalinen uniparentaalinen disomia (UPD) esiintyy noin 28 %:lla potilaista ja ns. metylaatiomutaatio noin 2 %:lla potilaista.Metylaatiospesifinen–MLPA-analyysitunnistaakaikkiedellämaini-tut mutaatiot ja sitä käyttäen pystytään erottamaan deleetio muista mahdolli-sista syistä PWS:n taustalla.

Indikaatiot: Kliininen epäily Prader-Willi-oireyhtymästä.

Page 237: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

237

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MetylaatiospesifinenMLPA-analyysi(MS-MLPA).Lisäanalyysinävoiollatar-peen myös FISH- tai UPD-analyysi.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Paternaalisen alleelin puuttuminen MS-MLPA-analyysissä varmistaa PWS-diagnoosin.

PROMETAFAASIKROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ

Lyhenne: B-KromProm (902)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Prometafaasikromosomitutkimuksella päästään suurempaan tarkkuuteen kuin tavallisella kromosomitutkimuksella. Menetelmällä voidaan hakea pieniä deleetioita ja duplikaatioita tai muita rakenteellisia poikkeavuuksia, joita ei ta-vallisella kromosomitutkimuksella aina voida havaita.

Indikaatiot: Prometafaasikromosomitutkimus on aiheellinen epäiltäessä pientä deleetiota/duplikaatiota tai muuta rakenteellista kromosomipoikkeavuutta, vaikka taval-lisen kromosomitutkimuksen tulos olisi normaali, tai haluttaessa selvittää tar-kemmin tavallisessa kromosomitutkimuksessa havaittua/epäiltyä kromosomi-muutosta.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 5 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena. Prometafaa-sinäytteiden kohdalla paras näytteenottopäivä on maanantai, ja tutkimuksen onnistumisen kannalta tulisi näytteenottoa keskiviikkona välttää.

Menetelmä: Fytohemagglutiinilla (PHA) jakautumaan stimuloituja veren lymfosyyttejä synkronoidaan metotreksaatilla (MTX) prometafaasivaiheisten solujen kerää-miseksi. Tutkimuksessa käytetään G-raitavärjäystä. Tutkimuksessa tarkastel-laan prometafaasi- tai profaasivaiheen soluja, joissa on 500-800 raitaa/hap-loidi kromosomisto. Tarkasteltaessa koko kromosomistoa tutkimus tehdään n. 550 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto. Mikäli tiedossa on tietty kromosomialue/alueet, josta halutaan tietoa, tutkimus pyritään tekemään n. 850 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto.

Page 238: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

238

Vastausaika: 4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

F-POLIOVIRUS, VILJELY

Lyhenne: F-PoliVi (3465)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: Polio lasketaan yleisvaarallisiin tartuntatauteihin. Poliota tulee epäillä jos äkil-liselle velttohalvaukselle ei löydy muuta selitystä.

Indikaatiot: Poliovirusinfektioepäily tai polioviruskantajuuden selvittäminen (esim. maa-hantulotarkastukset, endeemiseltä alueelta saapuvat adoptiolapset ym.)

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete

Näyte: Ulostetta 1-2 g (1-2 ml) ulostepurkissa. Säilytys tarvittaessa, esim. viikonlo-pun yli, +4ºC:ssa. Voidaan lähettää normaalia postia käyttäen. Näyte tulisi ottaa halvauspotilaalta kahden ensimmäisen viikon aikana oireiden alusta.

Menetelmä: Virusviljely

Tekotiheys: Tarvittaessa

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen (tyypitystulos)

POLYOMAVIRUS (JCV, BKV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) KVANTITATIIVINEN

Lyhenne: P-PoVNh, PoVNh

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Polyomavirusvasta-aineita esiintyy aikuisväestöllä melko yleisesti merkkinä aikaisemmin sairastetusta infektiosta, jonka jälkeen virus voi jäädä latentiksi elimistöön. Immunopuutteisilla potilailla virus voi aktivoitua ja sitä voi erittyä runsaasti virtsaan ja likvoriin.

Indikaatiot: BK-virus voi liittyä hemorragiseen virtsarakkotulehdukseen. JC-virus saattaa aiheuttaa immunopuutteisilla potilailla etenevän monipesäkkeisen leukoenke-falopatian eli PMLE-taudin.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näyte-

Page 239: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

239

materiaalista voidaan tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Virtsa, selkäydinneste-, EDTA/sitr.plasma- tai kokoverinäyte

Lähetys: PCR-näyte on toimitettava virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakas-tetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Kvantitatiivinen PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan kopioiden määränä/ml. BK- tai JCV-DNA:n toteaminen on merkki aktivoituneesta infektiosta ja kopioiden määrä kuvaa infektion aktiivi-suutta ja vakavuusastetta.

PROPERDIINI, PITOISUUS

Lyhenne: P-Prop (10474)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Properdiini osallistuu komplementin oikotieaktivaatioon stabiloimalla aktivoitu-neen Faktori B:n ja C3:n kompleksin (C3BbP). Näin se on oikotieaktivaatiota voimistava tekijä. Properdiinin geeni sijaitsee X-kromosomissa, ja sen puutok-sia on todettu miehillä, jotka ovat sairastaneet meningokokki-infektioita. Poti-laita on löydetty myös pohjoismaista. Potilaat ovat olleet nuoria (10–20-vuoti-aita). Tunnetaan myös osittainen X-kromosomiin kytkeytynyt P:n puutos (n. 10 % normaalista). Noin 50 %:lla properdiinin puutospotilaista (24/53) on todettu meningokokki-infektio – kuolleisuus n. 10 %.

Indikaatiot: Properdiinin puutoksen osoittaminen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: EDTA-plasmaa 1 ml (jäädytetään välittömästi, ks. näytteen otto-ohjeet s. 20). Tuore EDTA-plasma tai -veri voidaan lähettää sulana (+4°C), jos se tulee la-boratorioon viimeistään seuraavan päivän aikana.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastausta seuraa lausunto. Pitoisuus ilmoitetaan prosentteina normaaliseeru-min arvosta (viitearvo 80%)

Kirjallisuus: Meri S: Duodecim 1994;110:185.

Page 240: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

240

Gewurtz H, Suyehira LA. Complement. In Manual of Clinical Immunology, 2nd ed. (Ed. by NR Rose, H Friedman). American Society for Microbiology, Wa-shington D.C., 1980, pp 163–174.

Schur PH: Am J Clin Pathol 1977;68:647. Sjöholm AG. APMIS 1990;98:861. Viander M: Komplementtimääritysten diagnostinen merkitys. Moodi 2/1992:

124–128. Viander M: Uutta komplementtidiagnostiikasta. Moodi 1/2007: 60–62.

PROTEINAASI 3, VASTA-AINEET

Lyhenne: S - Pr3Ab (4160)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Systeemisissä pienten suonten vaskuliiteissa kuten Wegenerin granuloma-toosissa (WG) ja mikrosooppisessa polyangiitissa (MPA) aktivoituneista neut-rofiileistavapautuusytoplasmisiaantigeeneja,joillesyntyyvasta-aineita.Vai-keissa vaskuliiteissa voi esiintyä munuais- tai keuhkomuutoksia, mutta myös muita systeemisiä oireita (ylemmät hengitystiet, nenä, korvat, keskus- ja peri-feerinen hermosto, nivelet, iho ja suolisto. Vaikeiden vaskuliittien ennuste on huono mikäli immunosuppressiivisen hoidon aloittaminen viivästyy.

liittyvässä nopeasti etenevässä glomerulonefriitissä, fokaal-isessa nekrotisoi-vassa GN:ssa sekä proliferatiivisessa ja mesangiokapillaarisessa GN:ssa.

ANCAonimmunofluoresenssitesti,jonkamittaavasta-aineitauseitaneutrofii-lien antigeeneja kohtaan. c-ANCA-positiivisuus liittyy useimmiten proteinaasi 3 (Pr3) vasta-aineisiin, jotka assosioituvat primaariin pienten suonten vasku-liitteihin, mm. Wegenerin granulomatoosiin.

Indikaatiot: Vaskuliittien, erityisesti Wegenerin granulomatoosin, ja glomerulonefriittien diagnostiikka.

HUOM: Mikäli munuaismuutokset etenevät nopeasti on syytä tutkia myös DNA-va ja Anti-C1q-va SLE:n poissulkemiseksi ja glomerulustyvikalvo-vasta-aineet (S-GbmAb).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Työpäivina (5x viikossa).

Viitealue: normaali < 2 IU/ml, raja-arvo 2-3 IU/ml, positiivinen >3 IU/ml Sytoplasmiset(c-ANCA)neutrofiilivasta-aineet tunnistavatasurofiilistengra-

nuloiden rakenteita, merkittävin proteinaasi-3. Pr3-vasta-aineet liittyvät vas-kuliitteihin, Wegenerin granulomatoosiin (70–80 %), mikroskooppiseen po-lyangiittiin ja Churg-Strauss’in syndroomaan (>30 %) tai nopeasti etenevään glomerulonefriittiin (>30 %).

Page 241: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

241

HUOM: koska osalla primaaria pienten suonten vaskuliittia sairastavista po-tilaista vain c-ANCA tai p-ANCA (IF) tai MPOAb on positiivinen, löydöksen spesifisyydenvarmista-miseksisuosittelemmemyösS-ANCA-T(11943).

Kirjallisuus: Editorial (Allan Wiik). Rational use of ANCA in the diagnosis of vasculitis. Rheumatology 2002;41:481–83.

Hagen EC, Daha MR, Hermans J et al. Diagnostic value of standardizied assays for anti-neutrophil cytoplasmic antibodies inidiopathic systemic vascu-litis. Kidney Int. 1998;53:743–53.

Hagen EC, Von Gurp EAF. Use of ANCA in diagnosis. Arthr Care Res 2000;13:341–42.

Kallenberg CGM, Rarok A, et al. New insights into the pathogenesis of anti-neutrophil cytoplasmic autoantibody-associated vasculitis. Autoimmunity Rev 2002;1:61–66.

WiikA.Neutrophil-specificautoantibodiesinchronicinflammatoryboweldise-ases. Autoimmunity Rev 2002;1:67–72.

PUUMALAVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-PuumAb (1775), Li-PuumAb (3638)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Puumalavirus aiheuttaa Nephropathia epidemican l. myyrä-kuumeen. Ensi oireina on usein näköhäiriöt, epäselvä kuume ja selkäsärky. Virtsavaivat il-maantuvat hieman myöhemmin. Myyräkuume on yleinen koko maassa, myös Länsi-Suomessa. Taudin akuuttiin vaiheeseen liittyy IgM-vaste, jonka mittaa-miseen serologinen diagnoosi perustuu. Immuniteetti voidaan todeta IgG-testillä.

Indikaatiot: Myyräkuumeen diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja / tai selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-ainetaso yksikköinä. IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positiivinen /negatiivinen) + lausunto.

IgM-vasta-aineet osoittavat äskettäin sairastetun Puumala-virusinfektion (myyräkuumeen). IgG-vasta-aineet aiemmin sairastetun infektion.

Page 242: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

242

PUUTIAISAIVOKUUMEVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-TBEAb (3756), Li-TBEAb (1926)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Puutiaisaivokuume (punkkienkefaliitti, Kumlingen tauti) on punkkien levittämä virustauti, jota esiintyy etenkin Ahvenanmaan ja Turun saaristossa (endeemi-siä alueita on myös muualla rannikkoseudulla sekä Kaakkois-Suomessa) lä-hinnä heinä-lokakuun välisenä aikana. Tautiin liittyy säännönmukaisesti sekä IgG- että IgM-vaste, ja serologiset menetelmät ovat ensisijaisia sen diagnos-tiikassa.

Indikaatiot: Meningoenkefaliittien diagnostiikka, lähinnä endeemisillä alueilla taudin esiin-tymisaikana Puutiaisaivokuumeimmuniteetin määrittäminen

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina testin suorituspäivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen puutiaisaivokuumeinfektion tai saaneen ro-kotuksen. Manner-Suomessa vasta-aineita on alle 1 %:lla väestöstä, mutta Ahvenanmaan ja Turun saaristossa vasta-aineprevalenssi on paikotellen lähes 30 %. Merkitsevä (yli 4-kertainen) nousu IgG-vasta-ainetasossa pari-seerumien välillä tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoitus tuoreesta puutiaisaivokuumeesta (tai rokotuksesta).

RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Lyhenne: Rvir-Ag (2579)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Hengitystieinfektioissa virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänieluerit-teeseen, jossa niiden määrä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. An-tigeenin osoituksen diagnostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli

Page 243: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

243

näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen virusantigeenien määrä nenänielussa on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, muttaetenkininfluenssa-jaadenovirusinfektioissamenetelmäonsiltikäyttö-kelpoinen. Tutkimus käsittää tällä hetkellä seuraavien antigeenien määrittämi-sen:

– adeno (-AdeAg) – influenssaA (-InAAg) – influenssaB (-InBAg) – parainfluenssa1 (-Pi1Ag) – parainfluenssa2 (-Pi2Ag) – parainfluenssa3 (-Pi3Ag) – respiratory syncytial (-RSVAg)

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Laboratoriopuhdas kertakäyttöputki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille

Näytetikku: Nukka- pumpuli-, dacron-, rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa. Voidaan lähet-tää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutkitaan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen (viruksen nimi) + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus kyseisen viruksen aiheuttamasta tuoreesta in-fektiosta.

RESPIRATORISET VIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: ResVirNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR-menetelmä soveltuu 12 yleisen hengitystieviruksen toteamiseen. Tutki-mukseenkuuluvatseuraavatvirukset:adenovirus,influenssaAvirus,influenssaB virus, koronavirus OC43/HKU2, koronavirus 229E/NL63, metapneumovirus,

Page 244: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

244

parainfluenssavirustyyppi1,parainfluenssavirustyyppi2,parainfluenssavirustyyppi 3, RS-virus A, RS-virus B, rinovirus.

Indikaatiot: Hengitystievirusten diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Suositeltavia näytteitä ovat imulima nenänielusta, nenä/ nenänielutikku, nie-lutikku, BAL-neste ja pleuraneste. Voidaan tehdä myös mm. veri-, seerumi-, plasma-, uloste-, selkäydin- ja luuydinnäytteestä. Kaikki samanaikaisesti ote-tut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan tehdä yhdestä putkesta.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä.

Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pi-tempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lä-hetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Tarvittaessa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä.

Tulkinta: Tunnistettu virus/negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivi-nen löydös osoitus tuoreesta infektiosta.

RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: -RSVAg (4351)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Respiratory syncytial virus on vastasyntyneiden ja pienten lasten tärkein alem-pien hengitysteiden infektioiden aiheuttaja. Virusta esiintyy myös vanhuksilla. Virusta ja sen antigeenisia osia erittyy nenänielueritteeseen, jossa niiden mää-rä varsinkin taudin alkuvaiheessa voi olla suuri. Antigeenin osoituksen diag-nostinen herkkyys on lasten infektioissa hyvä, mikäli näyte otetaan n. 5 vrk:n kuluessa taudin alusta. Sen jälkeen antigeenien määrä on selvästi laskenut. Aikuisilla herkkyys on huonompi, mutta testi on silti käyttökelpoinen.

Yleensä näytteestä kannattaa tutkia samalla myös muiden respiratoristen vi-rusten antigeenit. ks. tutkimus RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 245: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

245

Näyteputki: Laboratoriopuhdas putki. Nenänielutikkunäytteille Mukusekstraktori. Imulimanäytteille

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron-, rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Lyhytaikainen säilytys, esim. viikonlopun yli jääkaapissa +4°C:ssa.

Menetelmä: Fluoroimmunologinen (TR-FIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Aamulla klo 8.30 mennessä saapuneet näytteet tutkitaan samana päivänä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen (viruksen nimi) + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus respiratory syncytial viruksen aiheuttamasta

tuoreesta infektiosta.

RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOI-TUS (PCR)

Lyhenne: RSVNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: PCR on herkkä menetelmä erityisesti pitkittyneiden ja komplisoituneiden hen-gitystieinfektioiden diagnostiikkaan.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Mukusekstraktori tai steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet.

Nenähuuhtelunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Page 246: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

246

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mielellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakas-tetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tarvittaessa viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toimit-taa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti testin suoritus-päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. RS-viruksen nukleiinihapon löytyminen on merkki

RS-viruksen aiheuttamasta hengitystieinfektiosta.

RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: -RSVVi (4350)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Respiratory syncytial virus on vastasyntyneiden ja pienten lasten tärkein alempien hengitysteiden infektioiden aiheuttaja. Virusta esiintyy myös van-huksilla.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin la-boratoriosta (02-333 7463) Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Bf (bronkoalveolaarilavaatio)-näyte. Sytomegalo-virusviljelyn kuljetusnes-teputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä. Näyte tulee toimittaa laboratori-oon mahdollisimman pian.

Nenänielunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Näyte tulisi toimittaa laboratorioon mahdollisimman pian. Lyhytaikainen säily-tys, esim. viikonlopun yli, jääkaapissa +4°C:ssa.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Kolmen vuorokauden inkubaation jäl-keen tehdään immunoperoksidaasivärjäys monoklonaalisilla vasta-aineilla.

Page 247: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

247

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina kolmen vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus respiratory syncytial viruksen aiheuttamasta

tuoreesta infektiosta.

RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS IGG, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-RSVAbG (4455), Li-RSVAbG (1929)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Respiratory syncytial viruksen primaari-infektio sairastetaan yleensä 3kk–2v iässä, reinfektiot vanhemmilla lapsilla ja aikuisilla ovat yleisiä. Imeväisiässä vasta-ainevaste saattaa olla hyvin heikko, mutta vanhemmilla lapsilla ja aikui-silla RSV-infektioon liittyy säännöllinen immuunivaste.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte). Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml. Yleensä tarvitaan pariseeruminäytteet.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä titterinä + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöy-dös osoittaa testattavan joskus sairastaneen RSV-infektion. Ihmiset sairas-tavat elämänsä aikana toistuvia RSV-infektioita varhaislapsuudesta alkaen, joten valtaosalla väestöstä on vasta-aineita.

Merkitsevä (yli 4-kertainen) titterin nousu IgG-vasta-ainetasossa on osoitus tuoreesta respiratory syncytial viruksen infektiosta.

REUMAFAKTORI, IGM

Lyhenne: S-RFAbM (3316)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7406, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Reumatoidifaktori (Rf) on useimmiten IgM-luokan autovasta-aine IgG:n Fc-

Page 248: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

248

osan ”hidden determinantteja” kohtaan (nämä paljastuvat vasta-aineen kiin-nittyessä antigeeniinsa). Reumatoidifaktoria mitataan tavallisimmin Waaler-Rose-kokeella, mutta entsyymi-immunologinen menetelmä Rf:n mittaamisek-sionspesifisempijailmoittaamyösreumatoidifaktorinIg-luokan.Senkorre-laatio Waaler-Rose-testiin vaihtelee eri potilasaineistoissa.

Indikaatiot: Reumatautien diagnostiikka sekä autoimmuunitautien seulonta yhdessä.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säylyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina käytetään tetanus-toksoidin ja humaanin IgG-antitetanustoksoidin kompleksia. Vastaukset ilmoi-tetaan WHO:n referenssiseerumiin suhteutettuina yksikköinä (IU/ml).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitearvot, aikuisilla <18 IU/ml ja lapsilla <9 IU/ml. Terveistä verenluovuttajista (n=105) 96 %:lla ja Waaler-Rose-negatiivisista sairaalapotilaista (n=52) 100 %lla oli tulos alle 20 EU/ml. Waaler-Rose-positiivisista potilaista (n=104) 81 %:lla oli tulos yli 20 IU/ml. Terveillä 0–15 vuotiailla lapsilla oli 96 %:lla tulos alle 10 IU/ml. Kohonneita arvoja tavataan reumasairauksissa ja kroonisten infektioiden yhteydessä.

Nivelreumassa IgM-RF on positiivinen n. 80 %:ssa, juveniilissa reumassa n. 30 %:lla, SLE:ssa n. 40 %:lla. Muissa systeemisissä autoimmuunisairauksis-sa (Sjögrenin syndroma, skleroderma, dermatomyosiitti), maksasairauksissa (CAH,PBC)jakroonisissatulehduksissa(fibrosoivaalveoliitti)saattaamyösesiintyä kohonneita IgM-RF-pitoisuuksia.

HUOM: Reumafaktoria esiintyy normaalisti mm. infektioiden yhteydessä, jo-ten nivelreumaa epäiltäessä tulos on aina varmistettava CCP-va (sitrulliini-peptidi-va) tutkimuksella.

Kirjallisuus: Aho K, Heliövaara M, Maatela J, ym. J Rheumatol 1991;18:1282. Anderson SG, et al. Bull Wld Hlth Org 1970;42:311. Palosuo T, Aho K. Med Biol 1983;61:203. Viljanen MK, et al. Scand J Infect Dis 1982;14;117

REUMATUTKIMUS

Lyhenne: S –RT (12313)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sisältää: S-RFAbM (3316): Reumafaktori, IgM S-CCPAb (4744): Sitrulliinipeptidi, vasta-aineet

Page 249: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

249

Reumatoidifaktori (RF) on useimmiten IgM-luokan auto-vasta-aine IgG:n Fc-osan ”hidden determinantteja” kohtaan (nämä paljastuvat vasta-aineen kiin-nittyessä antigeeniinsa). Vaikka RF on herkkä (60–80 %) reuman indikaattori ja assosioituu vaikeaan reumaan, se eiolereumallespesifinen vaan esiintyy nivelreuman lisäksi myös muissa systeemisissä autoimmuunitaudeissa, mak-sasairauksissa, monissa infektioissa ja iäkkäillä terveillä henkilöillä.

Sitrulliinipeptidivasta-aineet (CCPAb) kohdistuvat epitoop-peihin, joita esiintyy myösepiteelisolujenfilaggriinissa.CCP-vamitataanELISA:llakäyttäenan-tigeenina synteettisiä peptideja, jotka on sitrullinoitu ja muunnettu sykliseen muotoon.

Kliinisissä kokeissa (1, 2) on voitu osoittaa, että anti-CCP ELISA on erittäin spesifinen(yli95%)jaherkkä(yli70%). Testiä voi käyttää myös erinomaise-na erosiivisen reuman markkerina (positiivinen ennustearvo 91 %; 2). Verrat-taessa anti-CCP ELISAa ja RF-testiä 250 potilaan infektiopotilasaineistossa anti-CCPELISAn spesifisyys oli 99%,muttaRF-testin vain 87%. Sirullii-nivasta-ainetestin diagnostinen osuvuus on siis huomattavasti parempi kuin RF-testin.

Indikaatiot: Nivelreuman diagnostiikka

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: RF: entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeenina käytetään teta-nustoksoidin ja humaanin IgG-antitetanustoksoidin kompleksia. Vastaukset ilmoitetaan WHO:n referenssiseerumiin suhteutettuina yksikköinä (IU/ml).

CCP: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitealueet: RF: aikuiset <18 IU/ml, lapset <9 IU/ml. CCP: Negatiivinen <7 U/ml Heikko positiivinen 7–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml

Positiivinen CCP-va tulos osoittaa yli 95 % todennäköisyydellä, että tutkitta-valla on nivelreuma, ja että hänen tautinsa on yli 90 % todennäköisyydellä erosiivinen.

Nivelreuman lisäksi CCP-vasta-aineita on raportoitu myös psoriaasiin liitty-vässä artriitissa (5–15 %), autoimmuuni-hepatiitissa (9 %) ja tuberkuloosissa potilailla, joilla on samoja HLADR1 -alleeleja kuin reumapotilailla.

VaikkaCCP-testionspesifisempikuinRF-testi,tuloksiatulkittaessaonmuis-tettava, että nivelreuman diagnoosi on kliininen. Mikäli potilaalla ei ole ni-veloireita, potilasta ei ole syytä lähettää reumatologian tutkimuksiin. Koska vasta-aineet voivat olla positiiviset jo vuosia ennen nivelreuman puhkeamista, potilaan kliinistä tilaa on syytä seurata.

Page 250: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

250

Vasta-aineiden esiintyminen ei ole riippuvainen reumafaktorista. CCP-vasta-aineita esiintyy myös RF-negatiivisilla potilailla. Eräiden tutkimus-

ten mukaan sekä CCP-va, että RF-positiivisuus ennustaa nivelreuman vaike-ampaa muotoa. Näin RF voidaan käyttää taudin aktiivisuuden osoittajana.

Kirjallisuus: NielenMM,vanSchaardenburgD,ReesinkHWetal.Specificautoantibodiesprecede the symptoms of rheumatoid arthritis: a study of serial measurements in blood donors. Arthr Rheum 2004; 50: 380–86.

Rantapää-Dahlqvist S, de Jong BAW, et al. Antibodies against cyclic citrullina-ted paptide and IgA rheumatoid factor predicts the development of rheumatoid arthritis. Arthr Rheum 2003; 48: 2741–49.

Schellekens GA, Visser H, de Jong BAW et al. The diagnostic properties of rheumatoid arthritis antibodies recognizing a cycliccitrullinated peptide. Arthri-tis Rheum 2000; 43:155–164.

Visser H, Le Cessie S, Vos K et al. How to diagnose Rheumatoid arthritis ear-ly? A prediction model for ersistent (erosive) arthritis. Arthritis Rheum 2002; 46:357–365

RINOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) PICORNAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: RinoNhO (4784) PicoNhO (1917) (sisältää EvirNhO ja RinoNhO-tutkimukset)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: Rinovirukset ovat noin sadan lähisukuisen viruksen muodostama ryhmä. Ne aiheuttavat pääasiassa nuhakuumeita, mutta myös alempien hengitysteiden infektioita. Polymeraasiketjureaktio, PCR, on nopea ja herkkä menetelmä, jol-la voidaan todeta kaikki rinovirus serotyypit.

Indikaatiot: Hengitystieinfektioiden diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Mukusekstraktori tai steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet. Nenähuuhtelunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti,

Page 251: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

251

mielellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakas-tetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Polymeraasiketjureaktio (PCR)

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Tarvittaessa viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toi-mittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti testin tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus rinoviruksen aiheuttamasta tuoreesta infektiosta.

ROTAVIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: F-RotaAg (2594)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Rotavirus on yleisin pikkulasten ripulitautien aiheuttaja. Rotavirusta ja sen antigeenisia osia erittyy ulosteeseen rotaviruksen aiheuttamissa ripulitaudeis-sa. Terveillä henkilöillä ei ole rotavirusta ulosteessa, joskin imeväisikäisillä on osoitettu tiettyjen rotaviruskantojen erittymistä ulosteeseen myös ilman taudin oireita.

Indikaatiot: Ripulitautien diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Ulostepurkki tai muu tiivis astia

Näyte: Ulostetta 1–2 g (1–2 ml). Yleensä kannattaa samasta näytteestä tutkia myös adenovirusantigeeni.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa tai huoneenläm-mössä. Voidaan lähettää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus tuoreesta rotavirus-infektiosta.

Page 252: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

252

SACCHAROMYCES CEREVISIAE, VASTA-AINEET

Lyhenne: S -ASCA (4880)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Kroonisten tulehduksellisten suolistosairauksien, IBD:n eli Crohnin taudin (CD) ja haavaisen paksunsuolen tulehduksen (UC) sekä tarkemmin määrit-telemättömän paksunsuolen tulehduksen (IC) ilmaantuvuus on lisääntynyt. Suomessa IBD lisääntyi lapsipotilailla lähes kaksinkertaiseksi n. 20 vuodessa (3.9/100000 v. 1987 ja 7.0 /100000 v. 2003).

Erityisesti lapsilla IBD:n diagnoosin teossa on apua uusista serologisista tes-teistä. Crohnin taudissa esiintyy Saccharomyces cerevisiae (ASCA) vasta-aineita n. 50 %:lla potilaista. Ulseratiivisessa koliitissa ASCA vasta-aineet ovat harvoin positiivisia. Sen sijaan UC:ssa esiintyy 60 %:lla p-ANCA, joka on po-sitiivinen vain noin 10 %:lla CD-potilaista. p-ANCA tulisikin aina kombinoida ASCAn kanssa IBD-serologiaa tutkittaessa.

Ks. myös: IBD-TUTKIMUS

Indikaatiot: Kroonisten suolistotulehdusten diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenläm-pötilassa.

Menetelmä: IgA- ja IgG-luokan vasta-aineiden määrittäminen. Entsyymi-immunologinen (ELISA) menetelmä.

Tekotiheys: Kahden viikon kuluessa näytteen saapumisesta.

Tulkinta: Viitealue: <20, raja-arvo 20–25 positiivinen >25 AU. ASCA vasta-aineiden spesifisyys Crohnin taudille on 90 %,

mutta vain n. 50 % potilaista on ASCA-positiivisia. ASCA vasta-aineita esiin-tyy n. 10 %:lla ulseratiivista koliittia sairastavilla potilailla, joilla esiintyy p-ANCA vasta-aineitan.60%:lla.ASCA-tutkimustulisikinainakombinoidaneutrofiiliensytoplasma-antigeenitutkimukseen(S-ANCA-T),jolloinvasta-aineidenprofiilinperusteella saadaan parempi erotusdiagnostinen osuvuus.

Kirjallisuus: RutgeersP,VermeireS:Serologicaldiagnosisofinflammatoryboweldisease.Lancet 2000; 356:2117–8.

WiikA.Neutrophil-specificautoantibodiesinchronicinflammatoryboweldise-ases. Autoimmunity Rev 2002;1:67–72.

Page 253: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

253

SALMONELLA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-SalmAb (2607)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Tyypillisen enterokoliitin lisäksi salmonellainfektio voi manifestoitua mm. kuumeiluna, arteriittina, osteomyeliittinä tai pehmytkudoksen abskesseina. Salmonellan aiheuttama niveltulehdus voi olla bakterielli tai reaktiivinen. Sal-monellaenteriitin diagnostiikassa ulosteviljely on primaaritutkimus. Ripulin jäl-keisten komplikaatioiden, joista yleisin on reaktiivinen artriitti, ilmestyessä on ulosteviljely jo usein negatiivinen. Tällöin vasta-ainetutkimus on ainoa käyttö-kelpoinen diagnostinen tutkimus.

Indikaatiot: Enterokoliitit, epäselvä kuumeilu, suolistoinfektion jälkeiset reaktiiviset taudit kuten artriitti, kardiitti, iriitti ja konjunktiviitti.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä (EIA), jossa antigeenina käytetään Sal-monella typhimuriumin ja Salmonella enteritidiksen lipopolysakkaridia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tutkimuksessa määritetään IgM-, IgG- ja IgA-luokkiin kuuluvat vasta-aineet. Kaikkiin kolmeen Ig-luokkaan kuuluvat vasta-aineet nousevat muutamassa päivässä tartunnan jälkeen. IgA-luokan vasta-aineet häviävät yleensä 2 kuu-kauden aikana, mutta joskus säilyvät pitempään, erityisesti artriitin yhteydes-sä. IgM-luokan vasta-aineet säilyvät 3–4 kuukauden ajan ja IgG-luokan vasta-aineet tavallisesti ainakin 7 kuukauden ajan taudin alusta. Positiivisia tuloksia seuraa aina lausunto.

Kirjallisuus: Isomäki 0, Vuento R, Granfors K. Lancet 1989; 1: 1411–1414.

SALMONELLAVILJELY, SALMONELLATYYPITYS

Lyhenne: F-SalmVi (2608), SalmTy (3604)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Salmonellojen aiheuttama ripuli alkaa usein 1–3 vrk:n inkubaatioajan jälkeen ja siihen voi liittyä kuumeilua ja vatsakipuja. Potilas saattaa erittää salmonel-laa vielä pitkään oireiden loppumisen jälkeenkin. Tutkimuspyyntö on lähinnä tarkoitettu tunnetun, positiivisen potilaan seurantatutkimukseksi. Tuntematto-man akuutin ripulitaudin diagnostiikkaan on parempi Ulosteviljely 1.

Page 254: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

254

Indikaatiot: Epäily salmonellainfektiosta tai salmonellakantajuudesta. Positiivisten potilai-den seuranta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteeseen maininta mahdollisesta ulkomaan-matkasta.

Näyte: Ripuliulostetta ulostenäytepurkkiin. Näyte säilytetään jääkaapissa mikäli sitä ei heti voida toimittaa laboratorioon.

Menetelmä: Selektiivisetbakteeriviljelyt,seleniittirikastusviljely,biokemi-allinenidentifikaa-tio ja serologinen tyypitys.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Negatiivinen tulos saadaan yleensä 2 vrk:n kuluessa ja positiivi-nen tulos 2–4 vrk:n kuluessa. Positiivinen löydös ilmoitetaan myös puhelimitse.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen. Potilaan saama antibakteeri-lääkitys voi aiheuttaa negatiivisen viljelytuloksen.

SARS-KORONAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: -SARSNhO (4773)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476. Ennen näytteen lähettämistä edellytämme yhteydenottoa puhelimitse.

Yleistä: PCR on ensisijainen diagnostinen menetelmä SARS-koronaviruksen osoitta-miseksi.

Indikaatiot: SARS-koronavirusepäily

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Mukusekstraktori tai steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nenänieluimunäyte (Npa). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset

näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Lintuinfluenssanosaltamyös ulostenäyte. Ulostetta 1–2 g / 1–2 ml.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Page 255: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

255

Menetelmä: Polymeraasiketjureaktio (PCR)

Tekotiheys: Tarvittaessa. Edellytämme yhteydenottoa puhelimitse. Tulos valmiina nor-maalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. SARS-koronaviruksen nukleiinihapon löytyminen on merkki viruksen aiheut-

tamasta infektiosta.

SENTROMEERI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-SentAb (3652)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sklerodermassa (”systemic sclerosis”) esiintyy tumavasta-aineita n. 70 %:lla potilaista. Diffuusissa (”Truncal/proximal”) sklerodermassa tumavasta-aineet voivat olla joko nukleolaarisia antigeeneja (RNA ym.) tai liukoista ENA-anti-geenia (Scl-70, ks. tämä) kohtaan. Lisäksi ihoon rajoittuneessa sklerodermas-sa (ns. CREST-syndroma) n. 80 %:lla esiintyy vasta-aineita sentromeeri/kine-tochori antigeeneja kohtaan. Nämä 17, 80 ja 140 KD:n proteiinit ovat kiinnit-tyneet kromosomien sentromeerien kromatiiniin. Koska CREST-syndroman prognoosi on parempi, ja vain näillä sklerodermapotilailla esiintyy sentromee-rivasta-aineita, on sklerodermaa epäiltäessä aina syytä tutkia sentromeeri- ja ENA-vasta-aineet.

Indikaatiot: Skleroderman diagnostiikka

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Immunofluoresenssi.IgG-vasta-aineetmitataankäyttäenHEp-2solulinjaa.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan titterinä. Positiivinen tulos on patologinen, ja viittaa kutaaniseen sklerodermaan (CREST-syndroma: Calcinosis, Raynaud, Eesophagus-motiliteetti, klerodaktylia, Teleangiektasiat). Sentro-meerivasta-aineita voi esiintyä myös primaarisessa biliaarisessa kirroosissa (30 %) ja Raynaudin oireyhtymässä (15–20 %).

Differentiaalidiagnostisesti on tärkeätä tutkia muut tumavasta-aineet sekä S-TUMA, VASTA-AINEET, TYPITYS tai S-TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOB-LOTTAUS (anti-Scl-70).

Kirjallisuus: Kurki P, Gripenberg M. Duodecim 1981; 97:1135. Masi A. (Editorial) J Rheumatol 1988;15: 894.

Page 256: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

256

Steen V, Powell DL, Medsger Jr TA. Arthritis Rheum 1988;31:196. Tan EM, Chan EKL, Sullivan KF, Rubin RL. Clin Immunol Immunopathol

1988;47:121.

SHIGELLAVILJELY

Lyhenne: F-ShigVi (2620)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Shigellat ovat kaikki humaanipatogeeneja ja tartunta on useimmiten saatu ulkomailta. Ripuli alkaa 1–3 vrk:n inkubaatioajan jälkeen ja on usein veristä. Tutkimuspyyntö on lähinnä tarkoitettu tunnetun, positiivisen potilaan seuran-tatutkimukseksi. Ks. myös Ulosteviljely 1.

Indikaatiot: Epäily Shigella-infektiosta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteeseen merkintä mahdollisesta ulkomaan-matkasta.

Näyte: Ripuliulostetta hiilitikulla kuljetusputkeen, joka tulee toimittaa mahdollisimman nopeasti laboratorioon.

Menetelmä: Selektiivinenbakteeriviljely,seleniittirikastusviljely,biokemiallinenidentifikaa-tio ja serologinen tyypitys.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Negatiivinen tulos saadaan yleensä 2 vrk:n kuluessa ja positiivi-nen tulos 2–4 vrk:n kuluessa. Positiivinen löydös ilmoitetaan myös puhelimitse.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen. Potilaan saama antibakteeri-lääkitys voi aiheuttaa negatiivisen viljelytuloksen.

SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKANÄYTTEESTÄ

Lyhenne: Cv-Kromos (3641)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Sikiön kromosomitutkimus voidaan tehdä, jos sikiöllä epäillään kromosomi-poikkeavuutta esim. poikkeavan seerumiseulatuloksen, niskaturvotuksen (NT) tai UÄ:n vuoksi.

Indikaatiot: Epäily sikiön kromosomipoikkeavuudesta.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Istukkavillusnäyte

Page 257: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

257

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Istukkanäytteessä on spontaanisti jakautuvia soluja, joista sikiön kromosomi-tutkimus voidaan suorittaa ilman soluviljelyä. Näytteestä pyritään kuitenkin aina perustamaan myös soluviljely. Tutkimuksissa käytetään perinteistä G-raitavärjäystä. Tutkimukset tehdään 350-400 raidan tarkkuudella/haploidi kro-mosomisto.

Vastausaika: 3-5 työpäivää. Mikäli tutkimus tehdään viljellyistä soluista, tällöin 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS LAPSIVEDEN SOLUISTA

Lyhenne: Am-Kromos (2150)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Sikiön kromosomitutkimus voidaan tehdä, jos sikiöllä epäillään kromosomi-poikkeavuutta esim. poikkeavan seerumiseulatuloksen, niskaturvotuksen (NT) tai UÄ:n vuoksi.

Indikaatiot: Epäily sikiön kromosomipoikkeavuudesta.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 20 ml lapsivettä

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Lapsivesinäytteestä perustetaan sekä ns. in situ maljaviljely että perinteinen pulloviljely. Tutkimuksessa käytetään perinteistä G-raitavärjäystä. Tutkimuk-set tehdään noin 400 raidan tarkkuudella/haploidi kromosomisto.

Vastausaika: Maljaviljely keskimäärin 10 vrk. Pulloviljely 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

SIKOTAUTIVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ParoAb (2633), Li-ParoAb (1915)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Sikotautiin liittyy säännönmukaisesti sekä IgG- että IgM-vaste, ja serologiset menetelmät ovat ensisijaisia sikotautidiagnostiikassa.

Page 258: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

258

Indikaatiot: Sikotautiviruksen aiheuttamien tautien (mm. sikotauti, meningoenkefaliitti) diagnostiikka. Sikotauti-immuniteetin määrittäminen.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä titterinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positii-vinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen sikotauti-infektion tai saaneen sikotautiroko-tuksen. Väestöstä yli 80 %:lla on vasta-aineita. IgM-vasta-ainelöydös on nor-maalisti negatiivinen.

Merkitsevä (yli 4-kertainen) titterin nousu IgG-vasta-ainetasossa pariseerumi-en välillä tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoitus tuoreesta sikotau-tivirusinfektiosta (tai MPR-rokotuksesta).

Sikotauti- ja parainfluenssavirusten (etenkin tyypin 2) välillä on ristireaktii-visuutta, joka ei yleensä häiritse sikotautivirusdiagnostiikkaa. Matalat siko-tautititterit saattavatkuitenkin johtua ristireagoivistaparainfluenssa-viruksenvasta-aineista.

Reinfektion IgG taso saattaa nousta viiveellä, joten II-näyte kannattaa ottaa n. 4-5 viikon kuluttua.

SILEÄLIHAS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-SiliAb (2634)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Sileälihas vasta-aineet (SMA) ovat kudosvasta-aineita, jotka tunnistavat solun sytoplasmisen tukirangan säikeitä (aktiini ym. mikrofilamentit). Vasta-aineitamuodostuu kroonisten hepatiittien yhteydessä, mutta ohimenevästi myös akuu-teissa maksan tulehdussairauksissa ja muissa infektioissa. Kroonisessa aktii-visesssa hepatiitissa (CAH) eli autoimmuunihepatiitissa tyyppi 1 (AIH 1) muo-dostuvat vasta-aineet reagoivat aktiinin kanssa, kun taas esim. infektioissa tai syöpäsairauksissa syntyvät sileälihasvasta-aineet kohdistuvat mm. myosiiniin, desmiiniin ja muihin autoantigeeneihin. Eri tyyppiset vasta-aineet antavat myös erilaisen immunofluoresenssivärjäyksen: mm. reaktio glomerulusten mesan-giumin solujen (’glomerulus vasta-aineet’), tubulusten ja sappikanalikulusten kanssaviittaavastaaineidenantiaktiinispesifiteettiin,jokasopiiCAH:een.

Page 259: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

259

Indikaatiot: Kroonisten hepatiittien erotusdiagnostiikka (krooninen aktiivinen hepatiitti). Akuutin hepatiitin seuranta.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Mikäli samanaikaisesti tutkitaan useita kudosvasta-aineita, riittää 0.5 ml seerumia/ vasta-ainetutkimus. Seeruminäyte säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, antigeenina on rotan mahalaukku,maksa ja munuainen.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa, positiivisten näytteiden jatkolaimennokset tutkitaan seu-raavalla kerralla.

Tulkinta: Viitealue: <40 (tiitteri). Vastataan aktiinityyppisten sileälihasvasta-aineiden tiitteri. Verenluovuttajilla tavataan sileälihas vasta-aineita 5–10 %:lla. Matalia (<200) tiittereitä todetaan useiden maksasairauksien, munuaissairauksien, useiden infektiotautien ja malignien tautien yhteydessä.

Aktiinityyppisiä vasta-aineita todetaan (titteri >200) kroonisessa aktiivisessa hepatiitissa 50 %:lla ja primaarisessa biliaarisessa kirroosissa 15 %:lla, har-voin muissa taudeissa.

Sileälihasvasta-aineiden kanssa esiintyvät tumavasta-aineet liittyvät aggres-siiviseen autoimmuunihepatiittiin (lupoidihepatiitti).

Kirjallisuus: Doniach D et al: Clin Exp Immunol 1966; 1:237. Kurki P, Miettinen A, Linder E, ym. Gut 1980;21:878. Kurki P, Virtanen I. J Immunol Meth 1984; 67:209. Lidman K et al: Clin Exp Immunol 1976; 24:266. Pietarinen I, Hartikainen-Sorri A-L, Kivinen S, Mäkitalo R. Am J Reprod Im-

munol 1991; 26:68

SINDBIS VIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-SindAb (3527

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Pogostan tauti on hyttyslevitteinen ihottuma-nivelkuume, jota esiintyy vaihtele-vasti eri vuosina lähinnä elo-syyskuussa. Tautiin liittyy säännönmukaisesti sekä IgG- että IgM-vaste, ja serologiset menetelmät ovatkin ensisijaisia sen diagnos-tiikassa. Antigeenina käytetään ristireagoivaa Sindbisvirusta (alfavirus).

Indikaatiot: Pogostan taudin (makulopapulaarinen eksanteema, erityisesti elo-syyskuus-sa) diagnostiikka

Artriittien diagnostiikka

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 260: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

260

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA).

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä titterinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positiivi-nen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa tes-tattavan joskus sairastaneen Pogostan taudin. Aikuisväestössä vasta-aineita on vain noin 5 %:lla, joskin paikoitellen Itä-Suomessa vasta-aineprevalenssi voi olla lähes 50 %.

Merkitsevä (yli 4-kertainen) titterin nousu IgG-vasta-ainetasossa pariseerumi-en välillä tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoitus tuoreesta Pogos-tan tauti-infektiosta.

SITRULLIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-CCPAb (4744)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri (02) 333 7526

Yleistä: Nivelreumaa sairastaa n. 1 % väestöstä. Reuma on krooninen sairaus joka voi johtaa vaikeaan toimintakyvyn heikkenemiseen.

Nykyaikaisella varhain aloitetulla lääkehoidolla voidaan taudin etenemistä kui-tenkin hidastaa merkitsevästi. Varhaisen nivelreuman diagnoosi ei ole helppo. Spesifistälaboratoriotestiäeioleolluttarjollajadiagnoosionperustunutyk-sinomaan kliiniseen tutkimukseen.

Tähän asti yleisimmin käytetty nivelreuman serologinen testi on ollut IgM-reumafaktori (RF). Sitä on mitattu joko ELISA:lla tai Waale-Rose testillä. RF-testien herkkyys on 50–80 %. IgM reumafaktoria esiintyy nivelreuman lisäksi myös muissa systeemisissä autoimmuunitaudeissa, maksasairauksissa, mo-nissa infektioissa ja iäkkäillä terveillä henkilöillä. Tästä syystä RF-testien spe-sifisyysonhuono.

Sitrulliinipeptidivasta-aineet kohdistuvat synteettisiin peptideihin, joiden epi-tooppejaesiintyymyösepiteelisolujenfilaggriinissa.

Alunperinnäitä”filaggriinivasta-aineita”mitattiinkäyttäenimmunofluoresens-sitekniikkaa (APF- antiperinukleaarifaktori/AKA - antikeratiini vasta-aineet).

Sitrulliinivasta-aineitamitataanELISA:llakäyttäenantigeeninasynteettisiäfi-laggriinin peptideja, jotka on sitrullinoitu ja muunnettu sykliseen muotoon.

Laajoissa kliinisissä kokeissa (1, 2) on voitu osoittaa, että sitrulliinivasta-ainei-tamittaavaanti-CCPELISAonerittäinspesifinen(yli95%)jaherkkä(yli70%). Testiä voi käyttää myös erinomaisena erosiivisen reuman markkerina (po-sitiivinen ennustearvo 91 %; 2). Verrattaessa anti-CCP ELISAa ja RF-testiä 250potilaaninfektiopotilasaineistossaanti-CCPELISAnspesifisyysoli99%,

Page 261: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

261

mutta RF-testin vain 87 %. Sirulliinivasta-ainetestin diagnostinen osuvuus on siis huomattavasti parempi kuin RF-testin. CCP-vasta-aineita tavataan usein vuosia ennen nivelreuman kliinistä diagnoosia joten ne auttavat reuman var-haisdiagnostiikassa.

Vasta-aineiden esiintyminen ei ole riippuvainen reumafak-torista. Niitä esintyy myös RF-negatiivisilla potilailla. Eräiden tutkimusten mukaan sa-

manaikainen CCP-vasta-aineiden ja RF-vasta-aineiden esiintyminen ennus-taa nivelreuman vaikeampaa muotoa.

Ks. myös REUMATUTKIMUS (S-RT).

Indikaatiot: Nivelreuman diagnostiikka

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä.

Tekotiheys: 2–3 kertaa viikossa.

Viitearvot: Viitealue: Negatiivinen <7 U/ml Raja-arvo 7–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml

Koska kyseessä voi olla alkava tauti, raja-arvo tuloksella suositellaan uutta näytettä myöhempänä ajankohtana.

Tulkinta: Positiivinen tulos osoittaa yli 95 % todennäköisyydellä että tutkittavalla on ni-velreuma, ja että hänen tautinsa on yli 90 % todennäköisyydellä erosiivinen.

Nivelreuman lisäksi CCP-vasta-aineita on raportoitu myös psoriaasiin liitty-vässä artriitissa (5–15 %), autoimmuuni-hepatiitissa (9 %) ja tuberkuloosissa potilailla, joilla on sa-moja HLADR1-alleeleja kuin reumapotilailla.

VaikkaCCP-testionspesifisempikuinRF-testi,tuloksiatulkittaessaonmuis-tettava, että nivelreuman diagnoosi on kliininen. Mikäli potilaalla ei ole nive-loireita, potilasta ei ole syytä lähettää reumatologian tutkimuksiin, vaan on etsittävä mahdollisia muita syitä positiiviseen tulokseen. Koska vasta-aineet voivat olla positiiviset jo vuosia ennen nivel-reuman puhkeamista, potilaan kliinistä tilaa on syytä seurata.

Kirjallisuus: NielenMM,vanSchaardenburgD,ReesinkHWetal.Specificautoantibodiesprecede the symptoms of rheumatoid arthritis: a study of serial measurements in blood donors. Arthr Rheum 2004; 50: 380–86.

Rantapää-Dahlqvist S, de Jong BAW, et al. Antibodies against cyclic citrullina-ted paptide and IgA rheumatoid factor predicts the development of rheumatoid arthritis. Arthr Rheum 2003; 48: 2741–49.

Schellekens GA, Visser H, de Jong BAW et al. The diagnostic properties of rheumatoid arthritis antibodies recognizing a cyclic citrullinated peptide. Arthritis Rheum 2000; 43:155–164.

Visser H, Le Cessie S, Vos K et al. How to diagnose Rheumatoid arthritis ear-

Page 262: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

262

ly? A prediction model for persistent (erosive) arthritis. Arthritis Rheum 2002; 46:357–365

SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN DELEETIOTUTKI-MUS (MLPA)

Lyhenne: B -SoDel-D (12348) Ts-SoDel-D (12349)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Sotosin oireyhtymä on suurikasvuisuusoireyhtymä, johon liittyy makrokefalia, nopea luuston kypsyminen ja pitkäkasvuisuus, kehityksen viivästyminen sekä tyypilliset kasvonpiirteet, kuten kupera, leveä ja korkea otsa sekä pitkä leuka. Kasvu on nopeinta varhaislapsuudessa. Raajat ovat pitkät suhteessa varta-loon, ja kämmenet ja jalkaterät ovat pituuteen nähden isot. Aikuisena Sotosin oireyhtymää sairastavat ovat kuitenkin vain hieman keskimääräistä pidempiä. Sotos-lapsilla esiintyy tavallista useammin epilepsiaa, kuumekouristuksia, vä-likorva- ja hengitystietulehduksia. Valtaosalla Sotos-lapsista esiintyy eriasteis-ta motorista ja kielellistä kehitysviivettä.

Lähes kaikki Sotos-tapaukset ovat sporadisia, ja n. 90 % aiheutuu NSD1-geenin mutaatioista. NSD1-geenin koodaama proteiini toimii androgeenire-septoriin assosioituvana transkription koregulaattorina, ja se tunnetaan myös nimellä ARA267-alfa. NSD1-geenistä on kuvattu lukuisia mutaatioita, joista yleisimpiä ovat pistemutaatiot. Jopa puolet pistemutaatioista johtaa ennenai-kaisen lopetuskodonin ja siis lyhentyneen polypeptidiketjun muodostumiseen. NSD1-geenin mikrodeleetioita tavataan lähinnä japanilaisilla Sotos-potilailla, mutta myös suomalaisilta potilailta on löytynyt sekä koko geenialueen että eksonisia deleetioita, joskin nämä löydökset ovat huomattavan harvinaisia pistemutaatioihin verrattuna.

Indikaatiot: Mikäli kliininen epäily Sotosin oireyhtymästä on vahva ja NSD1-geenitutki-muksessa ei kuitenkaan ole löytynyt selittävää, suosittelemme NSD1-geenin MLPA-tutkimusta eksonisten tai koko geenialueen deleetioiden havaitsemi-seksi.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Huom. MLPA-tutkimuksiin ei valmiiksi eristettyä DNA:ta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: NSD1-geenialueen MLPA-analyysi (Multiplex Ligation-dependent Probe Amp-lification).

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Page 263: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

263

Tulkinta: Mikrodeleetion löytyminen NSD1-geenistä varmistaa Sotosin oireyhtymän diagnoosin.

SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -NSD1-D (11860) Ts-NSD1-D (12236)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Sotosin oireyhtymä on suurikasvuisuusoireyhtymä, johon liittyy makrokefalia, nopea luuston kypsyminen ja pitkäkasvuisuus, kehityksen viivästyminen sekä tyypilliset kasvonpiirteet, kuten kupera, leveä ja korkea otsa sekä pitkä leuka. Kasvu on nopeinta varhaislapsuudessa. Raajat ovat pitkät suhteessa varta-loon, ja kämmenet ja jalkaterät ovat pituuteen nähden isot. Aikuisena Sotosin oireyhtymää sairastavat ovat kuitenkin vain hieman keskimääräistä pidempiä. Sotos-lapsilla esiintyy tavallista useammin epilepsiaa, kuumekouristuksia, vä-likorva- ja hengitystietulehduksia. Valtaosalla Sotos-lapsista esiintyy eriasteis-ta motorista ja kielellistä kehitysviivettä.

Lähes kaikki Sotos-tapaukset ovat sporadisia, ja n. 90 % aiheutuu NSD1-geenin mutaatioista. NSD1-geenin koodaama proteiini toimii androgeenire-septoriin assosioituvana transkription koregulaattorina, ja se tunnetaan myös nimellä ARA267-alfa. NSD1-geenistä on kuvattu lukuisia mutaatioita, joista yleisimpiä ovat pistemutaatiot. Jopa puolet pistemutaatioista johtaa ennenai-kaisen lopetuskodonin ja siis lyhentyneen polypeptidiketjun muodostumiseen. NSD1-geenin mikrodeleetioita tavataan lähinnä japanilaisilla Sotos-potilailla, mutta myös suomalaisilta potilailta on löytynyt sekä koko geenialueen että eksonisia deleetioita, joskin nämä löydökset ovat huomattavan harvinaisia pistemutaatioihin verrattuna.

Indikaatiot: Kliininen epäily Sotosin oireyhtymästä.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: NSD1-geenin eksonien PCR-monistus ja sekvensointi. Tarvittaessa mikrode-leetioiden tutkimus MLPA-menetelmällä (tilattavissa erikseen).

Vastausaika: 10-12 viikkoa.

Tulkinta: Mutaation löytyminen NSD1-geenistä varmistaa Sotosin oireyhtymän diag-noosin. Oireisella potilaalla saatu normaali tulos ei sulje pois Sotosin oireyhty-mää, sillä sairauden voi aiheuttaa myös jonkin muun geenin mutaatio.

Page 264: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

264

SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), SMN1-GEENIN DE-LEETION PCR-TUTKIMUS

Lyhenne: B -SMA-D (12013) Ts-SMA-D (12237)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Lapsuusiän proksimaalinen spinaalinen lihasatrofia (SMA) on autosomissapeittyvästi periytyvä etenevä lihastauti, jossa selkäytimen etusarven alfamo-toneuronien rappeutuminen johtaa raajojen ja vartalon lihasten halvaantumi-seen. Tauti jakaantuu kliinisen kuvan ja sairastumisiän perusteella kolmeen alatyyppiin. Vaikein tautimuoto on tyypin I SMA eli Werdnig-Hoffmanin tauti, joka alkaa alle puolen vuoden iässä. Välimuotoinen eli tyypin II SMA alkaa alle 18 kk iässä ja tyypin III SMA eli Kugelberg-Welanderin tauti yli 18 kk iäs-sä. Joissakin tapauksissa taudinkuva on ollut niin lievä ja sairastumisikä niin myöhäinen, että tauti on kliinisesti tyypitetty aikuisiän SMA:ksi (SMA IV), joka on geneettisesti heterogeeninen entiteetti.

Lapsuus- ja nuoruusiän proksimaalinen SMA aiheutuu SMN1-geenin mu-taatioista. Tyypillisin SMA-taudin taustalla oleva mutaatio on SMN1-geenin puutos, joka voi johtua sekä deleetiosta että ns. geenikonversiosta, jos-sa SMN1-geeni on muuttunut lähes homologiseksi, mutta toimimattomaksi SMN2-geeniksi. Noin 95 %:lla potilaista havaitaan SMN1-geenin puutos. Joillakin potilailla toisessa kromosomissa esiintyy SMN1-geenin puutos ja toisessa kromosomissa esim. SMN1-geenin pistemutaatio. Käytetyllä PCR-analyysillä ei voida tunnistaa näitä harvinaisempia pistemutaatiosta johtuvia SMA-tapauksia. Kantajuustutkimuksissa käytetään MLPA-menetelmää (Mul-tiplexLigation-dependentProbeAmplification), jonkaavullavoidaanmäärit-tää SMN1-geenin kopioluku.

Indikaatiot: Kliininenepäilyspinaalisestalihasatrofiasta(SMAI,II,III).

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: SMN-geenin eksonien 7 ja 8 PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio SMN1- ja SMN2-geenikopioiden erottelemiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: SMN1-geenin puuttuminen sopii SMA:han. Käytetyn testin sensitiivisyys on noin 95 %.

Page 265: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

265

SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), KANTAJUUSTUTKI-MUS

Lyhenne: B -SMLPA-D (12287) Ts-SMLPA-D (12288)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: SMA-MLPA-analyysin avulla voidaan selvittää SMA-taudin kantajuutta, sillä MLPA:n tuloksen perusteella voidaan määrittää SMN1-geenin kopioluku.

Indikaatiot: SMA-taudin kantajuustutkimus.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta. Huom. MLPA-tutkimuksiin ei valmiiksi eristettyä DNA:ta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: MLPA-analyysi(MultiplexLigation-dependentProbeAmplification).

Vastausaika: 6-8 viikkoa.

Tulkinta: MLPA-tutkimuksessa SMA-taudin kantajilla havaitaan useimmiten vain yksi SMN1-geenikopio. Normaali tulos ei sulje täysin pois SMA-taudin kantajuutta, sillä molemmat SMN1-geenikopiot voivat sijaita samassa kromosomissa. Näi-tä kantajia ei voida havaita MLPA-menetelmällä, kuten ei myöskään SMN1-geenin pistemutaatioiden kantajia.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 1 (SCA1), ATXN1-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA1-D (4357) Ts-SCA1-D (12238)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 1 (SCA1) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jossa ataksian ja dysartrian lisäksi voi esiintyä mm. pyramidaalioireita ja perifeeristä neuropatiaa. Tauti aiheutuu CAG-toisto-jaksoalueen monistumasta ATXN1-geenissä. Potilailla toistojaksoja on 39-83, kun niiden määrä normaalisti on 6-36. Muiden toistojaksosairauksien tapaan SCA1-taudissa esiintyy antisipaatiota.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA1-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Page 266: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

266

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN1-geenin PCR-monistus CAG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleeli-en koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Ekspansion osoittaminen potilaan näytteestä varmistaa SCA1-diagnoosin.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 10 (SCA10), ATXN10-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA10-D (12249) Ts-SCA10-D (12250)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Tyypin 10 spinoserebellaariataksia (SCA10) on autosomissa vallitsevasti pe-riytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jossa ataksian, dysartrian ja nystagmuksen lisäksi voi esiintyä ajoittaista kohtausoireilua. Sairaus on kuvattu meksikolaista syntyperää olevissa perheissä eikä sitä ole toistaiseksi raportoitu suomalaisista ataksiapotilaista. SCA10-sairauden oireet tulevat esiin keskimäärin 10-40 ikä-vuoden aikana ja perheissä on kuvattu antisipaatiota. Tauti johtuu ATXN10-gee-nin introniin 9 sijoittuvan ATTCT-pentanukleotidijakson monistumasta. Potilailla toistojaksoja on 800-4500, kun normaalivariaatio on 10-22.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA10-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN10-geenin monistus ATTCT-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon analysointi PAGE-analyysillä. Suurten ekspansioiden varmistus hybri-disaatioanalyysillä, jossa koettimena käytetään ATXN10-geenin alueelta ole-vaa DNA-jaksoa.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: ATTCT-ekspansio ATXN10-geenissä sopii SCA10-ataksiaan.

Page 267: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

267

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 12 (SCA12), PPP2R2P-GEE-NIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA12-D (12251) Ts-SCA12-D (12252)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 12 (SCA12) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jonka oireisiin voivat ataksian ja dysartrian lisäksi kuulua mm. pään ja käsivarsien vapina, poikkeavat silmänliikkeet, polyneuro-patia, ekstrapyramidaalioireita ja iäkkäillä potilailla dementia. Oireet alkavat keskimäärin 30-40-vuotiaana, mutta voivat alkaa jopa ennen kymmentä ikä-vuotta. SCA12-tautia on kuvattu intialaista ja saksalaista syntyperää olevissa perheissä, suomalaisista ataksiapotilaista sitä ei toistaiseksi ole raportoitu. Taudin taustalla on CAG-toistojakson ekspansio PPP2R2B -geenin 5´-pään säätelyalueella. Normaalisti toistojaksoja on 7-32 ja SCA12-potilailla 55-93.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA12-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: PPP2R2B -geenin CAG-toistojaksoalueen PCR-monistus ja alleelien koko-erottelu PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-ekspansion osoitus PPP2R2B -geenistä sopii SCA12-tautiin.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 17 (SCA17), TBP-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA17-D (12253) Ts-SCA17-D (12254)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 17 (SCA17) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jonka oireisiin voivat ataksian ja dysartrian lisäksi kuulua mm. ekstrapyramidaalioireet (chorea, dystonia, parkinsonismi), dysfa-gia ja dementoituminen. Tauti aiheutuu CAG-toistojaksolaajentumasta TBP-

Page 268: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

268

proteiinia koodaavassa geenissä. Potilailla toistojaksoja on 45-63, kun niiden määrä normaalisti on 25-42. Keskimäärin tauti puhkeaa 30 ikävuoden jälkeen. Monien muiden ataksiasairauksien tapaan SCA17-taudissa on kuvattu antisi-paatiota.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA17-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: TBP-geenin CAG-toistojaksoalueen PCR-monistus ja alleelien kokoerottelu PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-ekspansio TBP-geenissä sopii SCA17-ataksiaan.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 2 (SCA2), ATXN2-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA2-D (12239) Ts-SCA2-D (12240)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 2 (SCA2) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jossa tasapainohäiriöiden ja dysartrian lisäksi voi esiintyä mm. hitaat sakkadiset silmänliikkeet, perifeerinen neuropatia, alentu-neet syvät jänneheijasteet ja dementia. Tauti aiheutuu CAG-toistojaksoalueen monistumasta ATXN2-geenissä. Potilailla toistojaksoja on yli 32, kun niiden määrä normaalisti on 13-31. Monien muiden toistojaksosairauksien tapaan myös SCA2-taudissa esiintyy antisipaatiota.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA2-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN2-geenin monistus CAG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä.

Page 269: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

269

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-ekspansio ATXN2-geenissä sopii SCA2-tautiin. Normaali homotsygoot-tinen tulos ei oireisilla lapsipotilailla sulje pois SCA2-tautia, koska heillä saat-taa toisessa alleelissaan olla suuri ekspansio (yli 200 toistoa), jota ei havaita

PAGE-analyysillä.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 3 (SCA3), ATXN3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA3-D (12241) Ts-SCA3-D (12242)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 3 (SCA3) eli Machado-Josephin tauti on alunperin Portugalin Azoreilta kuvattu autosomissa vallitsevasti periytyvä ataksiasaira-us, jossa tasapainohäiriöiden ja dysartrian lisäksi voi esiintyä mm. pyramidaa-li- ja ekstrapyramidaalioireita, nystagmusta, alentunut sakkadinopeus, amyot-rofia,faskikulaatioitajatuntopuutoksia.TautiaiheutuuCAG-toistojaksoalueenmonistumasta ATXN3-geenissä. Potilailla toistojaksoja on 54-80, kun niiden määrä normaalisti on 12-40. Monien muiden toistojaksosairauksien tapaan myös SCA3-taudissa esiintyy antisipaatiota. Vaikka SCA3 on muualla maail-massa yksi yleisimmistä SCA-varianteista, toistaiseksi Suomesta ei ole löyty-nyt yhtään potilasta.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA3-taudista (MJD eli Machado-Joseph disease). Ataksia-sairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN3-geenin PCR-monistus CAG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleeli-en koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-ekspansio ATXN3-geenissä sopii SCA3-tautiin.

Page 270: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

270

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 6 (SCA6), CACNL14A-GEE-NIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA6-D (12243) Ts-SCA6-D (12244)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 6 (SCA6) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jonka oireet ovat lievä ja hyvin hitaasti etenevä ataksia ja dysartria. Joskus taudinkuvaa voi luonnehtia episodinen ataksia. Taudin taustalla on CAG-toistojakson laajentuma kalsiumkanavan alayksik-köä koodaavassa CACNL1A4-geenissä. SCA6-potilailla toistojaksoja on 20-31, kun niitä normaalisti on 4-18.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA6-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: CACNL1A4-geenin monistus CAG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleeli-en koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CAG-ekspansio CACNL1A4-geenissä sopii SCA6-tautiin.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 7 (SCA7), ATXN7-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA7-D (12245) Ts-SCA7-D (12246)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 7 (SCA7) on autosomissa vallitsevasti periytyvä neurodegeneratiivinen tauti, jonka oireisiin kuuluvat ataksian ja dysartrian li-säksi usein myös makuladegeneraatio, ja vaihteleva-asteisesti myös muita neurologisia oireita kuten oftalmoplegia ja pyramidaalioireet. Taudin aiheuttaa CAG-toistojakson monistuma ATXN7-geenissä. SCA7-potilailla toistojaksoja on yli 37 kun niitä normaalisti on 4-27. Toistojaksojen määrä korreloi kliiniseen taudinkuvaan: mitä suurempi monistuma, sitä vaikeammat oireet ja varhai-sempi taudin puhkeaminen. Kongenitaalisissa tautitapauksissa on todettu

Page 271: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

271

jopa satojen toistojaksojen ekspansioita.

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA7-taudista. Ataksiasairauksien erotusdiagnostiikka.

Lähete: DNA-tutkimuslähete. Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN7-geenin monistus CAG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: Ekspansion osoittaminen potilaan näytteestä varmistaa SCA7-diagnoosin. Hyvin suuret toistojaksot, joita esiintyy kongenitaalimuotoisessa SCA7-tau-dissa, eivät näy PAGE-analyysissä.

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 8 (SCA8), ATXN8/ATXN8OS-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS

Lyhenne: B -SCA8-D (12247) Ts-SCA8-D (12248)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Spinoserebellaariataksia 8 (SCA8) on autosomissa vallitsevasti periytyvä ataksiasairaus, joka assosioituu ATXN8/ATXN8OS-geenin CTG-toistojakso-alueen monistumaan. Potilailla toistojaksoja on 80-800, kun normaalivariaatio on 16-80. SCA8-tautiin liittyvä CTG-ekspansio on poikkeuksellinen muiden SCA-tautien joukossa, koska kyseistä CTG-monistumaa on toisinaan havait-tavissa myös terveillä henkilöillä (Suomessa 2.9 %:lla kontrolleista). Syytä siihen, miksi mutaatio aiheuttaa neurologisen oireiston vain osalle kantajis-taan, ei tunneta. Siksi SCA8-mutaatiota ei vielä tässä vaiheessa voida pitää diagnostisena edes ataksiapotilaalla. SCA8-toistojaksomonistuma ryvästyy kuitenkin selvästi ataksiaa sairastaviin ja esimerkiksi Suomessa ATXN8/ATXN8OS-geenin CTG-monistuma on osoitettavissa noin 18 %:lla dominant-tia ataksiaa sairastavista. Empiirisen aineiston perusteella SCA8-mutaatiolöy-dökselle on laskettavissa ns. prediktiivinen arvo, joka riippuu sukutaustasta. SCA8-mutaatiolöydöksen prediktiivinen arvo on korkein dominanttia ataksiaa sairastavalla (86 %), mutta käyttökelpoinen myös sporadisissa tapauksissa (47 %). SCA8:n geenitesti on siis käyttökelpoinen oireisten potilaiden ataksian syyn etsimisessä, mutta testiä ei tule käyttää terveiden sukulaisten ennakoi-vana testinä. Oireisillakin potilailla geenitestiin on syytä palata tulevaisuudes-sa, kun patogeneettinen mekanismi taudin taustalla selvitetään lopullisesti.

Huom. SCA8-geenitestiä ei voi tilata prediktiivisenä. Myöskään sikiödiagnos-tiikkaa ei tehdä SCA8-taudissa.

Page 272: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

272

Indikaatiot: Kliininen epäily SCA8-taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: ATXN8/ATXN8OS-geenin PCR-monistus CTA/CTG-toistojaksoa rajaavilla alukkeilla ja alleelien koon määritys PAGE-analyysillä. Suurten ekspansioiden varmistus LongExtend-PCR:llä.

Vastausaika: 3-6 viikkoa.

Tulkinta: CTG-monistuman löytyminen ATXN8/ATXN8OS-geenistä oireiselta ataksia-potilaalta viittaa SCA8-tautiin. Mutaatiopositiivisen potilaan lausunnossa löy-dökselle annetaan prediktiivinen arvo, joka kertoo SCA8-taudin todennäköi-syyden suomalaisista ataksiapotilaista tehdyn empiirisen tutkimusaineiston perusteella.

STREPTOKOKKI DNAASI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-StrDNAb (2700)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: β-hemolyyttisetstreptokokitvoivat tuottaamuideneksoentsyymien(strepto-lysiini, hyaluronidaasi yms.) lisäksi eri deoksiribonukleaaseja (DNAasi), joista DNAasiBontyypillinenjalähesspesifinenA-ryhmänβ-hemolyyttisellestrep-tokokille. Useimpia streptokokkien eksoentsyymejä vastaan syntyy strepto-kokki-infektioiden yhteydessä vasta-aineita (antistreptolysiini O, antistrep-todornaasi B, antihyaluronidaasi yms.). StrDNAb-testissä mitataan DNAasi B-vasta-aineita, jotka infektion yhteydessä kohoavat jonkin verran AST:tä hi-taammin, mutta toisaalta pysyvät kauemmin kohonneina. Erityisesti A-ryhmän β-hemolyyttistenstreptokokkienaiheuttamissaihoinfektioissa ja niihin mah-dollisesti liittyvissä glomerulonefriiteissä DNAasi-vasta-aineilla on diagnostis-ta merkitystä, koska tällöin AST jää usein negatiiviseksi, mutta StrDNAb on positiivinen.

Indikaatiot: Epäily streptokokki-infektiosta (glomerulonefriitti, tulirokko, erysipelas, reuma-kuume).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Samasta näytteestä voidaan tut-kia myös AST. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Testissä mitataan tutkittavan seerumin kykyä estää streptokokista peräisin

Page 273: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

273

olevan DNAasi B:n aiheuttamaa DNA:n pilkkoutumista värillisestä toluidiinisini O-DNA-substraatista (Antistreptococcal DNase B, Siemens).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulokset ilmoitetaan U/ml. Normaalisti S-StrDNAb on alle 200. Kohonneet pi-toisuudetviittaavatyleensäA-ryhmänβ-hemolyyttisenstreptokokinaiheutta-maan infektioon.

Kirjallisuus: Shet A. and Kaplan E. Diagnostic methods for group A streptococcal infec-tions. Manual of Molecular and Clinical Laboratory Immunology, 7th edition, 2006. Chapter 50, p. 428-433.

Cunningham MW. Pathogenesis of group A streptococcal infections, Clin. Microbiol. Rev. 2000; 13:470–511.

SYTOMEGALOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: CMVNhO (4359), B-CMVNhO, Li-CMVNhO

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt: (02) 333 7476

Yleistä: Sytomegalovirus (CMV) aiheuttaa tyypillisesti infektioita immunovajauspo-tilailla, esim. elinsiirto- ja immuunikatopotilailla. Eräät CMV-infektioista ovat vakavia. Yleistyneelle sytomegalovirusinfektiolle on tunnusomaista CMV:n esiintyminen veressä (viremia), lähinnä leukosyyteissä. Viremia liittyy myös elinvaurioiden syntyyn CMV-infektiossa. Viremian diagnosoiminen on muo-dostunut tärkeäksi CMV-infektion lääkitysmahdollisuuksien johdosta. PCR-menetelmä on nopea keino CMV:n osoittamiseksi leukosyyteistä ja muistakin kliinisistä näytteistä.

Indikaatiot: CMV-infektioepäily

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki (ks. alla).

Näyte: EDTA- tai sitraattiverta 2 ml erotettuna plasmaksi. Näytettä otettaessa on va-rottava kontaminaatiota. CMV-PCR-testin voi suorittaa myös mm. nielunäyt-teestä, nenänielunäytteestä, BAL- ja selkäydinnestenäytteestä, luuydinnäyt-teestä, pleuranesteestä ja virtsanäytteestä.

Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan tehdä yhdestä näyteputkesta.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon välittömästi, mielellään jäähdy-tettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähe-tettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio).

Page 274: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

274

Tekotiheys: Kerran viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tu-los valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. CMV-DNA:n löytyminen on merkki CMV:n aiheutta-

masta infektiosta.

SYTOMEGALOVIRUS NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN

Lyhenne: P-CMVNh (4777), U-CMVNh

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Sytomegalovirus (CMV) aiheuttaa tyypillisesti infektioita immunopuutteisilla potilailla, esim. elinsiirto- ja immunikatopotilailla. Eräät CMV-infektioista ovat vakavia. Yleistyneelle sytomegalovirusinfektiolle on tunnusomaista CMV:n esiintyminen veressä (viremia), lähinnä leukosyyteissä. Viremia liittyy myös elinvaurioiden syntyyn CMV-infektioissa. Viremian diagnosoiminen on muo-dostunut tärkeäksi CMV-infektion lääkitysmahdollisuuksien johdosta. PCR-menetelmä on nopea keino CMV:n osoittamiseksi plasmasta ja muistakin kliinisistä näytteistä.

Indikaatiot: Immunopuutteisen potilaan sytomegalovirusinfektio ja antiviraalisen hoidon seuranta.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näyte-materiaalista voidaan tehdä yhdestä näyteputkesta

Näyte: 3 ml EDTA- tai sitraattiverta erotettuna plasmaksi. 3 ml laimentamatonta virtsaa

Lähetys: PCR-näyte on toimitettava virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeas-ti, mielellään jäähdytettynä. Näytettä (plasmaa) voidaan säilyttää jääkaappi-lämpötilassa tilapäisesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: Kvantitatiivinen PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Kolme kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivi-nä. Tekopäivänä klo 08:00 mennessä tullut näyte tutkitaan päivän sarjassa. Tulos valmiina normaalisti sarjan tekoa seuraavana päivänä.

Tulkinta: Plasmanäytteiden tulos ilmoitetaan kopioiden määränä/ml. CMV-DNA:n to-teaminen on merkki aktivoituneesta infektiosta ja kopioiden määrä kuvaa in-fektion aktiivisuutta ja vakavuusastetta.

Page 275: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

275

SYTOMEGALOVIRUS, PIKAVILJELY

Lyhenne: U-CMVVi (2728), -CMVVi

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Sytomegalovirus aiheuttaa vaikeusasteeltaan erilaisia infektioita etenkin elin-siirto- ja muilla immuunivajavuuspotilailla. Serologiset vasteet voivat näissä tapauksissa olla poikkeavia, jolloin viljelyä kannattaa käyttää diagnostisena menetelmänä.

Indikaatiot: Sytomegaloviruksen aiheuttamien infektioiden (epäselvä kuume, lymphade-niitti, hepatiitti, immuunipuutteisten potilaiden infektiot, erityisesti pneumoniat, kongenitaaliset infektiot) diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Sytomegaloviljelyn kuljetusnesteputki: Putkia saa virusopin laboratoriosta. Ne ovat tällä hetkellä kierrekorkilla varustettuja 15 ml:n sentrifuugiputkia, jotka sisältävät 3 ml punertavaa kuljetusnestettä. Putkiin on merkitty vanhenemis-päivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Bf (bronkoalveolaarilavaatio) -näyte. Sytomegalovirus-viljelyn kuljetusnes-teputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä.

Virtsanäyte. 3 ml puhtaasti laskettua virtsaa lisätään sytomegaloviruksen kul-jetusnestettä sisältävään putkeen.

Lähetys: Näyte tulee laittaa välittömästi jääkaappiin ja toimittaa laboratorioon mahdolli-simman nopeasti.

Menetelmä: Näytteellä infektoidaan soluviljelmä. Kahden vuorokauden kasvatuksen jäl-keen tehdään immunoperoksidaasivärjäys spesifisellä monoklonaalisellavasta-aineella.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina kolmen vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus aktiivista (joko primaari, reaktivaatio tai reinfek-tio) sytomegalovirusinfektiosta.

SYTOMEGALOVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-CMVAb (2727), Li-CMVAb (4749)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Page 276: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

276

Yleistä: Sytomegalovirus voi primaari-infektion lisäksi myös reaktivoitua ja aiheuttaa myös reinfektioita. Myös näissä on serologinen (sekä IgG- että IgM-) vaste usein todettavissa. Immuunipuutteisilla potilailla voi esiintyä poikkeavia ja vai-keasti tulkittavia immuunivasteita.

Indikaatiot: Sytomegaloviruksen aiheuttamien infektioiden (epäselvä kuume, lymfadeniit-ti, hepatiitti, immuunipuutteisten potilaiden infektiot – erityisesti pneumoniat –, kongenitaaliset infektiot) diagnostiikka

Sytomegaloviruskantajuuden selvitys elinsiirtojen yhteydessä.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA IgG, ELFA IgM)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen sytomegalovirusinfektion. Useimmat saavat tartunnan jo lapsuudessa. Vasta-aineiden esiintyvyys on suunnilleen: 1v: 40 %, 5v: 50 %, 20v: 60 %, 40v: 80 %. IgM-vasta-ainetulos on normaalisti nega-tiivinen. Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu pariseerumien välillä tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös viittaavat aktiiviin sytomegalovirusinfektioon. Negatiivinen löydös ei sulje pois aktiivia infektiota. IgM-luokan reumafaktori yhdessä IgG-luokan sytomegalovirus-vasta-ainei-den kanssa voi saada aikaan väärän positiivisen IgM-vasta-ainereaktion.

TANATOFORINEN DYSPLASIA (TD), FGFR3-GEENIN YLEI-SIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS

Lyhenne: B -TD-D (12255) Ts-TD-D (12256)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Tanatoforinen dysplasia (TD) on vaikea luuston kehityshäiriöoireyhtymä, joka usein johtaa menehtymiseen jo sikiökaudella tai viimeistään vastasyntynei-syyskaudella. Kliinisten oireiden perusteella TD jaetaan kahteen tyyppiin. TDI:lle on ominaista pieniraajaisuus, käyrät reisiluut ja joskus myös apilanleh-teä muistuttava kallo. TDII:ta puolestaan luonnehtii pieniraajaisuuden ohella tyyppi I:stä poiketen suorat reisiluut, ja aina apilanlehden mallinen kallo. Yh-

Page 277: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

277

teisiä piirteitä kummallekin TD-tyypille ovat lyhyet kylkiluut, kapea rintakehä, makrokefalia, ominaiset kasvonpiirteet, brakydaktylia, hypotonia ja ihon poi-muttuneisuus raajoissa. Useimmat elävänä syntyneet TD-potilaat menehtyvät pian syntymän jälkeen hengitysinsuffisienssiin ja tiedetään vain harvoja pi-dempään selvinneitä. TD:n taustalla ovat FGFR3-geenin mutaatiot, jotka ovat lähes aina sporadisia de novo -mutaatioita. TD:aan liittyviä mutaatioita on ku-vattu FGFR3-geenin kodoneissa 248 (p.Arg248Cys), 249 (p.Ser249Cys), 370 (p.Gly370Cys), 371 (p.Ser371Cys), 373 (p.Tyr373Cys), 650 (p.Lys650Met, p.Lys650Glu) ja 807 (p.Ter807Arg, p.Ter807Gly, p.Ter807Leu, p.Ter807Cys, p.Ter807Trp).

Indikaatiot: Kliininen epäily tanatoforisesta dysplasiasta. Usein epäily herää jo sikiökau-della poikkeavan ultraäänilöydöksen perusteella tai viimeistään heti syntymän jälkeen kliinisten oireiden perusteella.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FGFR3-geenin valikoitujen alueiden PCR-monistus ja sekvensointi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa, kiireellisissä tapauksissa vastausaika sovittavissa laboratorion kanssa.

Tulkinta: Patogeenisen mutaation löytyminen FGFR3-geenistä vahvistaa tanatoforisen dysplasian diagnoosin.

TEIKKOHAPPO, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-TeikAb (2732)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Teikkohapot ovat gram-positiivisten bakteerien solusei-nämän rakenneosia. Syvissä Staphylococcus aureus -bakteerin aiheuttamissa infektioissa elimistö voi muodostaa vasta-aineita näitä bakteerin rakenneosia kohtaan. Jos poti-laalla epäillään syvää stafylokokki-infektiota, voidaan bakteerin suoran osoit-tamisen lisäksi (viljely, PCR) saada tukea stafylokokkietiologialle tutkimalla teikkohappovasta-aineet antistafylolysiinitestin (S-ASTA) lisäksi. Paikallisis-sa S.aureus infektioissa vasta-aineiden muodostusta ei yleensä todeta.

Indikaatiot: Epäily syvästä Staphylococcus aureus bakteerin aiheuttamasta infektiosta (endokardiitti, sepsis, septiset artriitit, syvät haavainfektiot, pneumonia).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete

Page 278: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

278

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpö-tilassa.

Menetelmä: Radiaalinen immunodiffuusio

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Tulos ilmoitetaan titterinä. Viitealue <2. Titterit 2–4 ovat epävarmoja positii-visia, titterit 8 positiivisia. Teikkohappovasta-aineita esiintyy eri tutkimusten perus-teella vaihtelevasti 50–90 %:ssa syvissä stafylokokki-infektioissa. Po-sitiivisen löydöksen todennäköisyys kasvaa muiden serologisten testien ta-paan, kun infektion alkamisesta on kulunut 14–30 vrk. Testiä voidaan käyttää antistafylolysiinitestin (S-ASTA) rinnalla täydentämään serologian osuvuutta.

Kirjallisuus: Larinkari U. Assay of teichoic acid antibodies and antistaphylolysin in the diag-nosis of staphylococcal osteomyelitis. Scand J Infect Dis 14: 123-126, 1982.

Granström M, Julander IG, Hedström S-Å, Möllby R. J Clin Microbiol 17: 640, 1983.

Colque-Navarro P, Söderquist B, Holmberg H, Blomqvist L, Olcen P, Möllby R. J. Med Microbiol 47: 217, 1998.

TELOMEERI-FISH-TUTKIMUS

Lyhenne: B-Telo-FISH (11723)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Telomeeri-FISH-tutkimuksella on mahdollista visualisoida samanaikaisesti kaikkien kromosomien päiden eli telomeerialueiden muutoksia, deleetioita, translokaatioita tai insertioita, jotka ovat kromosomitutkimuksella vaikeasti havaittavia tai jotka jäisivät jopa prometafaasikromosomitutkimuksella havait-sematta.

Indikaatiot: Kliininen epäily kromosomipoikkeavuudesta tai suvussa periytyvä rakenteelli-nen kromosomipoikkeavuus.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 5 ml Li-hepariiniverta

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Soluviljelyjafluoresenssiin situ hybridisaatio (FISH).

Vastausaika: 4-6 viikkoa.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto.

Page 279: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

279

TETANUS (CLOSTRIDIUM TETANI), VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ClteAb (2738), sisältää IgM, IgA ja IgG-vasta-aineet S-ClteAbG (138)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02 333 7428

Yleistä: Tetanus vasta-aineita mitataan tutkittaessa potilaan vasta-ainevälitteisen im-muniteetin aktiviteettia tai selvitettäessä hänen suojaansa tetanusta vastaan. Kummassakin tapauksessa mitataan IgG-luokan tetanus vasta-aineita. IgM- ja IgA-luokkien mittaus tulee kyseeseen epäiltäessä tetanusta. Testin diag-nostinen merkitys on epäselvä.

Indikaatiot: Immunologisen statuksen ja rokotevasteen tutkiminen epäiltäessä vasta-ainevälitteistä immuunivajavuustilaa sekä haluttaessa tutkia yksilön suojaa tetanusta kohtaan.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Lähetteessä on mainittava potilaan saamat tetanus-rokotukset ja mahdollinen anti-tetanusim-munoglobuliinin anto, mikäli kyseessä on infektioepäily.

Näyte: 1 ml seerumia ennen tehosterokotusta ja 2 viikkoa sen jälkeen. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan

lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä käyttäen antigeenina tetanustoksoidia.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: IgG vasta-aineiden määrä ilmoitetaan tuloksena IU/ml. Suojaava taso on 0.01 IU/ml, eläinten kanssa tekemisiin joutuvilla ja runsaasti kontaminoituneita naarmuja saavilla 0.05 IU/ml. Tehostevasteesta annetaan aina lausunto.

Kirjallisuus: Viljanen MK, Nieminen S. Immunity to tetanus in Finland. Scand J Infect Dis 1980;12:211–3.

TORSIODYSTONIA 1 (ITD), DYT1-GEENIN VALTAMUTAATI-ON TUTKIMUS

Lyhenne: B -ITD-D (12015) Ts-ITD-D (12257)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Idiopaattinen torsiodystonia (ITD) on autosomissa vallitsevasti periytyvä li-hastauti, joka alkaa yleensä lapsuusiässä ja ilmenee tahdosta riippumatto-mana vartalon tai niskan jäykistelynä. Tautigeeni on DYT1-geeni, joka koodaa

Page 280: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

280

torsinA-proteiinia. Valtamutaatio taudin taustalla on kolmen nukleotidin (GAG) deleetio, joka johtaa yhden glutamiinitähteen häviämiseen. Kaikki mutaation-kantajat eivät oireile, sillä taudin penetranssi on alentunut.

Indikaatiot: Kliininen epäily torsiodystonia 1 -taudista.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: DYT1-geenin PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestio GAG-deleetion osoittamiseksi.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: GAG-deleetion osoittaminen DYT1-geenin toisesta alleelista varmistaa domi-nantisti periytyvän torsiodystonia 1 -diagnoosin. Normaali tulos ei kuitenkaan sulje pois torsiodystoniaa, sillä kyseessä saattaa olla jokin muu DYT1-geenin mutaatio.

TOXOPLASMA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ToxoAb (3907)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Suurin osa toksoplasmainfektioista sairastetaan joko kokonaan ilman oireita tai vain vähäisin oirein. Tärkeimmät toksoplasmoosin löydökset ovat lymfa-deniitti, lievä lämpöily, lihasperäiset säryt ja joskus makulaarinen ihottuma. Toksoplasmoosin komplikaatioina saattaa esiintyä uveiitti, korionretiniitti, he-patiitti, meningiitti, myokardiitti tai pneumonia. Aikuisväestössä vasta-aineita esiintyy n. 20-30 %:lla ja infektion insidenssi on noin 1 %. Toksoplasmoosin merkittävin komplikaatio on raskauden aikaisen infektion seurauksena kehit-tyvä kongenitaalinen toksoplasmoosi. Raskaudenaikaisen toksoplasmainfek-tion insidenssi Suomessa on noin 2.4/1000 seronegatiivista raskautta. Siki-ön infektoitumisriski on pienin raskauden ensimmäisellä kolmanneksella ja suurin viimeisen kolmanneksen aikana. Kongenitaalinen toksoplasmoosi on pystyttävä diagnosoimaan mahdollisimman varhain, koska vaurioita voidaan vähentää tai kokonaan estää riittävän aikaisin aloitetulla antimikrobihoidolla. IgM- ja IgG-vasta-aineiden lisäksi testissä mitataan IgG-luokan vasta-ainei-den sitoutumiskykyä (aviditeetti), joiden perusteella voidaan osoittaa primaari toksoplasmainfektio.

Indikaatiot: Pprimaarin ja kongenitaalisen toksoplasmoosin epäily. Toksoplasmaimmuni-teetin selvittäminen mm. raskauden yhteydessä.

Page 281: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

281

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Kongenitaalisen toksoplasmoosin epäilyssä joko napaverinäy-te tai 2–3 verinäytettä 2–3 kuukauden välein. Näytteeksi kelpaa myös likvori. Seerumi ja likvorinäytteet säilyvät useita päiviä +4C:ssa. Voidaan

lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä. Näytteistä tutkitaan IgG-vasta-aineet ja kaikista positiivisista näytteistä lisäksi automaattisesti IgG-vasta-aineiden aviditeetti. Näytteistä, joiden aviditeetti on matala tai raja-arvo, tutkitaan IgM-vasta-aineet. IgM-vasta-aineet määritetään myös mm. likvorinäytteistä ja epäiltäessä raskaudenaikaista primaari-infektiota, kun IgG-vasta-aineet ovat negatiiviset.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Positiivisia tuloksia seuraa lausunto.

Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös kertoo potilaan sairastaneen toksoplas-mainfektion jossain vaiheessa. IgG-vasta-aineiden matala aviditeetti (alle 15 %) yhdessä positiivisen IgM-tuloksen kanssa osoittaa kyseessä olevan tuo-reen toksoplasmainfektion. Kohtalainen aviditeetti (16–30 %) viittaa viimeisen kuuden kuukauden aikana sairastettuun toksoplasmoosiin. Korkea aviditeetti (yli 30 %) poissulkee primaarin toksoplasma-infektion.

Negatiivinen IgM-vasta-ainetulos sulkee pois tuoreen toksoplasmainfektion mahdollisuuden. Toisaalta IgM-vasta-aineiden on osoitettu säilyvän positiivi-sina jopa puolitoista vuotta infektion jälkeen, joten positiivinen IgM-tulos ei välttämättä viittaa tuoreeseen infektioon.

Kongenitaalisissa infektioissa vastasyntyneen IgG-vasta-ainetasojen seuran-

ta on tärkeää, ja IgG-vasta-aineiden säilyminen/kohoaminen viittaa infektioon. Samoin positiivinen IgM viittaa vastasyntyneen infektioon.

Kirjallisuus: Lappalainen M, Koskiniemi M. Duodecim 1988;104:239.

Hedman K, et al. J Infect Dis 1989; 159:736.

Lappalainen M, Hedman K. Serodiagnosis of toxoplasmosis. The impact of measurement of IgG avidity. Ann Ist Super Sanita 2004; 40:81–88.

TREPONEMA PALLIDUM, FTA-ABSORPTIO

Lyhenne: S–FTAAbs (4171)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Treponema pallidum-spirokeettaonsyfiliksenelikupanaiheuttaja.Tartuntasaadaan yleensä sukupuoliteitse. Äidistä sikiöön tapahtuvan tartunnan seu-

Page 282: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

282

rauksenalapsellekehittyykongenitaalinensyfilis.Syfiliksenlaboratoriodiag-nostiikka tapahtuu pääasiassa serologisesti.

Kupan seulontaan tulee käyttää S–TrpaAb-testiä, joka toteaa sekä IgM- että IgG-luokan kuppavasta-aineet ja soveltuu sekä tuoreen/hoitamattoman ku-pan että hoidetun taudin toteamiseen. S-TrpaAb testin tulos on joko postiivi-nen, raja-arvo tai negatiivinen. Seulonnan positiiviset/raja-arvo näytteet var-mennetaan S-TPHA-testillä ja infektion tuoreus arvioidaan kardiolipiinitestillä. Nämä lisätestit tehdään automaattisesti S-TrpaAb positiivisista/raja-arvoisista näytteistä.

FTAAbs-testiä voidaan käyttää erityistilanteissa, esim. jos on syytä epäillä S-TrpaAb-testin ja S-TPHA-testin antamaa tulosta virheelliseksi.

Indikaatiot: Varmennustestinäsyfilistäepäiltäessä/poissuljettaessa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 2mlseerumia,neurosyfilisepäilyssä1mlselkäydinnestettä. Näytteet säilyvät +4C:ssä useita päiviä. Voidaan lähettää huoneenlämpötilas-

sa.

Menetelmä: Epäsuoraimmunofluoresenssi

Tekotiheys: Tarvittaessa.

Tulkinta: Normaalisti negatiivinen.

TREPONEMA PALLIDUM HEMAGGLUTINAATIO (TPHA) LIKVORISTA

Lyhenne: Li-TPHA (3263)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Syfiliksenlaboratoriodiagnostiikkatapahtuupääasiassaserologisesti.Syfilik-sen seulontatestinä käytetään nykyään S–TrpaAb-testiä (ks. TREPONEMA PALLIDUM, VASTA-AINEET SEERUMISTA), joka toteaa sekä IgM- että IgG-luokan kuppavasta-aineet ja soveltuu sekä tuoreen/hoitamattoman kupan että hoidetun taudin toteamiseen.

SyfiliksellespesifisempiäTreponema pallidum vasta-aineita tutkitaan TPHA-testillä (Treponema pallidum hemagglutinaatio), jolla pyritään varmentamaan seulonnan tulos.

TrpaAb ei sovellu likvornäytteiden tutkimiseen, joten Li-KardAb ja Li-TPHA ovattutkimusvalikoimassammeaktiivivaiheenneurosyfiliksenosoittajina.

Indikaatiot: NeurosyfilisepäilyyhdessäS-TrpaAb:nkanssa.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Page 283: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

283

Näyte: 1 ml selkäydinnestettä, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huo-neenlämpötilassa.

Menetelmä: Passiivinen hemagglutinaatio

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Normaalisti negatiivinen (titteri <80). Selkäydinnesteen TPHA-vasta-aineet ovatyleensäpositiivisetneurosyfiliksessä.

TREPONEMA PALLIDUM, VASTA-AINEET SEERUMISTA

Lyhenne: S-TrpaAb (4942)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Treponema pallidum-spirokeettaonsyfiliksenelikupanaiheuttaja.Tartuntasaadaan yleensä sukupuoliteitse. Äidistä sikiöön tapahtuvan tartunnan seu-rauksenalapsellekehittyykongenitaalinensyfilis.Syfiliksenlaboratoriodiag-nostiikka tapahtuu pääasiassa serologisesti.

S–TrpaAb-testi toteaa sekä IgM- että IgG-luokan kuppavasta-aineet ja so-veltuu sekä tuoreen/hoitamattoman kupan että hoidetun taudin toteamiseen. S–TrpaAb tutkimus korvaa sekä kardiolipiinitestin että S-TPHAn kupan seu-lontatestinä.

S-TrpaAb testin tulos on joko postiivinen, raja-arvo tai negatiivinen. Seulon-nan positiiviset/raja-arvo näytteet varmennetaan S-TPHA-testillä ja infektion tuoreus arvioidaan kardiolipiinitestillä. Nämä lisätestit tehdään automaattisesti S-TrpaAb positiivisista/raja-arvoisista näytteistä.

TrpaAb ei sovellu likvornäytteille, joiden tutkimiseen käytetään Li-KardAb ja Li-TPHA tutkimuksia.

Indikaatiot: Kupan seulonta

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Normaalisti negatiivinen. Positiivinen tulos tarkoittaa, että potilas sairastaa tai on joskus sairastanut kupan. S-TrpaAb jää positiiviseksi sairastetun infektion jälkeen kuten S-TPHA:kin (ns. serologinen arpi).

Page 284: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

284

Käytännön ohjeet:• Kuppaepäilyssä tai taudin poissulussa pyydä S-TrpaAb• NeurosyfilisepäilyssäpyydäS-TrpaAbsekäLi-KardAbjaLi-TPHA• Jos haluat seurata vasta-ainetasoja hoidon jälkeen, pyydä S-TrpaAb ja

lisää lähetteeseen maininta hoidosta. Näissä tilanteissa S-KardAb toimii taudin aktiivisuuden indikaattorina.

• Epäillessäsi uusintainfektiota aiemmin hoidetulla potilaalla pyydä S-Tr-paAb ja lisää lähetteeseen maininta epäilystä. Näissä tilanteissa nousu S-KardAb tiitteerissä viittaa uusintainfektioon.

TRISOMIA PCR-TUTKIMUS

Lyhenne: Am-TriNhO (6059), Cv-TriNhO (6061)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Yleisimmät autosomien trisomiat (kromosomit 21, 18 ja 13) ja sukupuolikro-mosomien X ja Y lukumäärä voidaan todeta trisomia PCR-tutkimuksella ilman perinteistä kromosomitutkimusta. Menetelmä ei vaadi soluviljelyä, joten tulos saadaan normaalisti alle viikossa.

Indikaatiot: Raskauden ensimmäisen kolmanneksen yhdistelmäseulassa saatu kohonnut kromosomipoikkeavuuden riskisuhde.

Trisomia PCR-tutkimulla voidaan korvata aneuploidia FISH-tutkimus. Triso-mia PCR-tutkimus ei voi kuitenkaan korvata perinteistä kromosomitutkimus-ta silloin, kun ultraäänitutkimuksessa on todettu sikiön rakennepoikkeavuus, sikiöllä on merkittävä kasvuhidastuma, perheessä on todettu periytyvä kro-mosomipoikkeavuus tai aiemmalla lapsella on todettu kromosomipoikkeavuu-desta johtuva sairaus.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: 2-3 ml lapsivettä (20 ml näyte, kun halutaan samalla myös kromosomitutki-mus, myös näytteen ollessa verinen) noin 5 mg istukkanäytettä (20-30 mg, kun halutaan samalla myös kromosomitutkimus)

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Solujenhajotuslysispuskurissa.Kvantitatiivinenmultiplex-PCRfluoresoivillaalukkeilla ja fragmenttien erottelu kapillaarielektroforeesissa. Genotyypitys GeneMarker-ohjelmalla. Mikäli näyte on verinen, perustetaan aina myös solu-viljely maternaalisen kontaminaatioriskin vuoksi.

Vastausaika: 1 viikko, kiireellisenä 2-4 vrk.

Tulkinta: Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto. Menetelmällä voidaan todeta kromosomien 21, 18 ja 13 trisomiat ja sukupuolikromosomien aneuploidiat. Menetelmällä ei kuitenkaan pystytä varmuudella totemaan kaikkia aneuploi-

Page 285: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

285

diamosaiikkeja. Tutkimuksella ei pystytä osoittamaan myöskään rakenteelli-sia kromosomipoikkeavuuksia eikä markkerikromosomeja.

TROMBOSYYTTI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-TrombAb (12603)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7422, lääkäri: (02) 333 7526

Yleistä: Osalla potilaista, joilla on idiopaattinen trombosytopeninen purpura (ITP) on autovasta-aineita verihiutaleita kohtaan. Nämä trombosyyttivasta-aineet ly-hentävät trombosyyttien elinikää.

Muita trombosyyttien pintaan tarttuvia ja mahdollisesti trombosytopeniaa ai-heuttavia vasta-aineita ovat allovasta-aineet (mm. HLA-va), lääkkeiden aihe-uttamat autovasta-aineet ja immuunikompleksit.

Indikaatiot: Trombosytopenian syyn selvittely.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia tai 2–3 ml verta, (näytteen otto, ks. S-Immunokompleksit, PIPA s.

Menetelmä: Testissä mitataan IgG:n sitoutumista ihmisen verihiutaleisiin ennen polyety-leeniglykoli (PEG) käsittelyä ja käsittelyn jälkeen. PEG-käsittely poistaa näyt-teestä immuuni-kompleksit. Mikäli tulos jää positiiviseksi käsittelyn jälkeen kyseessä on trombosyyttivasta-aineiden aiheuttama PIPA-positiivisuus. Jos tulos on PEG-käsittelyn jälkeen negatiivinen, PIPA-positiivisuus johtuu im-muunikomplek-seista (Ks. S-CIC).

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Vastausta seuraa aina lausunto. Positiivinen PIPA-testi voi olla merkki trom-bosyytti vasta-aineista ja/tai immuuni-komplekseista. Sekä trombosyytti vas-ta-aineet, että immuunikompleksit voivat aiheuttaa trombosytopenian.

Kirjallisuus: Kekomäki R. Väitöskirja. Helsinki 1979. Kekomäki R. Rajamäki A, Myllylä G. Vox Sang 1980;38:1. Faig D, Karpatkin S. Blood 1982;60:807

TSH-RESEPTORI, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-TSHRAb (4965)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 337526,

Yleistä: Basedowin (l. Gravesin) taudissa muodostuu kilpirauhasen tyreotropiiniresep-toriin sitoutuvia kilpirauhasta stimuloivia vasta-aineita (TSHR-Ab). Osa resep-

Page 286: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

286

toriin sitoutuvista vasta-aineista ei johda kilpirauhasen toiminnan lisääntymi-seen, vaan estämällä TSH:n sitoutumisen aiheuttavat hypotyreoosin. Käyt-tämämme RIA-menetelmä osoittaa myös näitä (harvinaisia) vasta-aineita. Aktiivisessa Basedowin taudissa TSHR-Ab löytyy 60–80 %:lla. Hoidon aikana vasta-aineet laskevat, mikäli laskua ei tapahdu tauti saattaa aktivoitua uudel-leen.

Indikaatiot: Basedowin taudin / eksoftalmus-oireyhtymän diagnostiikka. Hypertyreoosin erotusdiagnostiikka. Raskauden aikainen ja vastasyntyneen

hypertyreoosi. Hypertyreoosin seuranta hoidon aikana.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Näytettä voi säilyttää kolme päivää +4C:ssa, pidenmpiaikainen säilytys -20C:ssa. Pakastetun näytteen voi lähettää normaalissa postissa.

Menetelmä: Humaania rekombinanttiantigeenia käyttävä TRAK Human RIA-testi. Mene-telmä ei erota salpaavia ja stimuloivia vasta-aineita.

Tekotiheys: Tehdään joka toinen viikko.

Tulkinta: Viitearvo: Normaali <1.0 IU/L Raja-arvo 1.0-1.5 IU/L Kohonnut >1.5 IU/L. Positiivinen tulos viittaa hyvin vahvasti Basedowin tautiin. Basedowin taudis-

sa silmäoireet ja positiiviset TSHR-vasta-aineet voivat olla esimmäinen viite alkavasta autoimmuunisairaudesta. Basedowin tauti (kuten Hashimoton tyre-oidiitti) voi aktivoitua raskauden aikana, joten vasta-aineita on syytä seurata. Raskauden aikana IgG-luokan TSHR-vasta-aineet menevät istukan läpi siki-öön ja voivat aiheuttaa sikiölle tai vastasyntyneelle hypertyreoosin. Lapsen TSHR-Ab on tällöin syytä tutkia. Vasta-aineiden seurannasta on hyötyä myös tyreostaattihoidon aikana. Hoidon onnistuessa vasta-aineet laskevat, mutta tauti saattaa aktivoitua uudelleen ja tällöin vasta-aineet eivät laske.

Kirjallisuus: Hay ID, Klee GG. Endocr Metab Clin North Am 1988;17:473. Schott M, Morgenthaler NC, Fritzen R et al. Horm Metab Res 2004;36:92-6. Wilson R, Frazer WD, McKillop JH, ym. Acta Endocrinol (Kbh) 1989;121:666.

TUHKAROKKOVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-MorbAb (2815), Li-MorbAb (3631))

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Tuhkarokkoon liittyy säännönmukaisesti sekä IgG- että IgM-vaste, ja serologi-set menetelmät ovatkin ensisijaisia tuhkarokkovirusdiagnostiikassa.

Indikaatiot: Eksanteematautien diagnostiikka Tuhkarokkoimmuniteetin määrittäminen

Page 287: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

287

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä titterinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (positiivi-nen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa tes-tattavan sairastaneen tuhkarokkovirusinfektion tai saaneen tuhkarokkoroko-tuksen. Yli 2-vuotiaista lähes 100 %:lla on vasta-aineita, ja MPR-rokotuksella tilanne pyritään säilyttämään. IgM-vasta-ainelöydös on normaalisti negatiivi-nen.

Merkitsevä (yli 4-kertainen) titterin nousu IgG-vasta-ainetasossa tai positiivi-nen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoitus tuoreesta tuhkarokkovirusinfektiosta (tai MPR-rokotuksesta).

TUNNETUN DNA-MUTAATION TUTKIMUS

Lyhenne: B -Mut-D (12283) Ts-Mut-D (12284)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Mikäli potilaalla epäillään perinnöllistä sairautta, jonka taustalla oleva geeni-virhe on ennalta tiedossa, voimme tutkia ko. mutaation potilaan näytteestä. Kyseeseen tulevat lähinnä valikoimissamme olevien analyysien sovellukset, esimerkiksi yhden eksonin sekvensointi pyydetystä geenistä tunnetun mutaa-tion havaitsemiseksi. Suunniteltaessa tämänkaltaista DNA-testiä pyydetään ottamaan ennalta yhteyttä DNA-laboratorioon.

TUMA, LIUKOISET ANTIGEENIT, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ENAAb (3022)

Osatutkimukset: S-RNPAb (3317), S-SmAb (3324), S-SSAAb (3322), S-SSBAb (3323); (voidaan pyytää erik-seen)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Page 288: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

288

Yleistä: ENA-vasta-aineet seulotaan käyttäen 10 ENA-proteiinin seosta (sisältää anti-geenit: U1RNP [70 kDa, A, C], Sm, Ro/SSA [60 kDa, 52 kDa], La/SSB, Scl70 [Topo 1], Jo-1, CENB). Positiivisista näytteistä tehdään osatutkimukset.

ENA vasta-aineita esiintyy useissa tulehduksellisissa reumasairauksissa, mm. systeemisessa lupus erytemato-suksessa (SLE), sidekudostautisyndro-massa (MCTD/

UCTD) ja Sjögrenin syndromassa, systeemisessä sklero-dermassa ja myosii-teissa.

Tarkempi analyysi: ks. myös S-TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS ja S-TUMA, VASTA-AINEET, TYYPITYS

Indikaatiot: Tumavasta-aineidenspesifiteetinselvittäminen.Systeemis-tenautoimmuuni-sairauksien (SLE, Sjögrenin syndrooma), toistuvien aborttien ja vastasynty-neen sydämen johtumis-häiriöiden diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Kaksivaiheinenfluoroentsymoimmunologinenmenetelmä.Seulonnassaposi-tiivisista mitataan vasta-aineet neljälle ENA-antigeenille.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa.

Tulkinta: Viitearvot: S-ENAAb: normaalisti negatiivinen

S-SSAAb ja S-SSBAb Negatiivinen <7 U/ml Heikko positiivinen 7–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml S-RNPAb ja S-SmAb: Negatiivinen <5 U/ml Heikko positiivinen 5–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml

ks. myös TUMAVASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS.

Positiivinen tuma/ENA-vasta-ainelöydös viittaa tiettyyn systeemiseen autoim-muunitautiin, mutta negatiivinen löydös ei sulje sitä pois.

ENA-Ab Diagnoosi Yleisyys %

RNP MCTD/ UCTD yli 95 SLE 20–40 Systeeminen skleroderma 15–20

Page 289: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

289

Sm SLE 15–30 SS-A Sjögrenin oireyhtymä 40–70 SLE 25–35 Neonataalinen lupus, sydämen johtumishäiriö 80–100 SS-B Sjögrenin oireyhtymä 30–50 SLE 5–10

RNP-vasta-aineet MCTD-tautia sairastavat ovat RNP-vasta-ainepositiivisia, mutta vasta-aineet

eivätoletaudillespesifisiä,vaanniitätavataanmuissasysteemisissäautoim-muunisairauksissa, mm. SLE-potilailla (40%:lla, lievempi taudinkuva) ja skle-rodermassa.

Sm-vasta-aineet Sm-vasta-aineet ovat lähes spesifisiä systeemiselle lupus erytemasosukselle

(SLE). SS-A-vasta-aineet SS-A-vasta-aineita esiintyy Sjögrenin oireyhtymässä, SLE:ssa ja tumavasta-

ainenegatiivisessa lupuksessa / iholupuksessa. Jos äidillä on SS-A-vasta-aineita, ne saattavat aiheuttaa sikiöllä tai vastasyntyneellä neonataa-lisen lupuksen, johon voi liittyä sydämen johtumishäiriö; tällöin vasta-aineiden mää-rittämisellä ja seurannalla on diagnostista merkitystä.

SS-B-vasta-aineet SS-B-vasta-aineita esiintyy sekä primaarisessa että SLE:een liittyvässä Sjö-

grenin oireyhtymässä ja neonataalisessa lupuksessa, mutta harvemmin iho-lupuksessa. SLE:ssa SS-B-vasta-aineet liityvät lievempään taudinkuvaan.

Kirjallisuus: ks. TUMAVASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS.

TUMA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-ANA (2819)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Yleistä: Tumavasta-aineita todetaan merkitsevissä tiittereissä (>80) eräissä sideku-dostaudeissa (SLE, skleroderma, mixed connective tissue disease l. MCTD, krooniset hepatiitit) ja lääkehoidon yhteydessä (esim. prokainamidi, hydralat-siini, INH ja nitrofurantoiini). Lisäksi matalia tiittereitä todetaan virusinfektiois-sa ja maligniteettien yhteydessä. Noin 10 %:lla normaaliväestöstä on matalia tumavastaainetiittereitä.

Immunofluoresenssitekniikalla määritetyt tumavasta-aineet antavat vain har-voin spesifisen vasta-ainelöydöksen (esim. sentromeerivasta-aineet). Silti tumanvärjäyskuviovoiantaaviitteitävasta-aineenspesifiteetistäjatautiyhte-ydestä. Värjäyskuvion perusteella voidaan myös valita jatkotutkimukset, joilla selvitetään, muita tuman antigeeneja kohtaan potilaan tumavasta-aineet oli-vat kehittyneet.

Ks. myös DNA-VA, TUMA, LIUKOISET ANTIGEENIT, VASTA-AINEET, TUMA,

Page 290: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

290

VASTA-AINEET, IMMUNOBLOT-TAUS ja ENA- JA TUMA, VASTA-AINEIDEN ANALYYSI

Indikaatiot: SLE:n, skleroderman ja muiden systeemisten autoimmuunisairauksien ja maksasairauksien diagnostiikka (seulonta).

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Epäsuora immunofluoresenssitekniikka, jossa antigeenina on HEp-2 solu-linja. Seerumin alkulaimennos on 1:320. Positiivisista titrataan IgG-luokan vasta-aineet.

Tekotiheys: 1–2 kertaa viikossa

Tulkinta: Viitealue <320. Tulos ilmoitetaan titterinä. Korkeat titterit (>320) ovat diagnos-tisesti merkitseviä. Tietyt tuman värjäytymiskuviot antavat viitteen mitä tuman antigeeneja kohtaan potilaan vasta-aineet todennäköisesti ovat kehittyneet ja mitkä taudit saattaisivat tulla kyseeseen:

Tavallisimmat värjäyskuviot– homogeeninen (DNAn, DNP eli desoksinukleoproteiini, histonit, Scl-70)

viittaa SLE:een, lääkeineiden aiheuttaman lupukseen tai sklerodermaan. Histonivasta-aineet ovat positiiviset 95–100 %:lla lääkeaine-lupuksessa, 30 %:lla SLE:ssa ja 15–20 %:lla nivelreu-massa ja MCTD:ssa.

– hienorakeinen läiskittäinen (SSA/SSB, fine speckled). Liittyy Sjögreninsyndroomaan, sklerodermaan.

– läiskittäinen/ täplikäs (Sm, RNP, SS-A, SS-B, Scl-70, nuclear matrix) viit-taa mm. SLE:een, MCTD:een (mixed connective tissue disease), Sjögre-nin syndromaan tai sklerodermaan. (Ks. S-ENA-Ab)

– nuclear matrix eli large speckled, ”suuriläiskäinen”, voi liittyyä ns. overlap-syndroomaan (SLE, MCTD, skleroderma, myosiitti)

– nukleolaarinen, ”nukleolus”-va (Scl-70, SS-A, SS-B, 4S-6S RNA / U3 RNA /fibrillarin,RNApolymeraasiI,Th/To)viittaamm.sklerodermaan,Sjögre-nin syndrooma, SLE tai ns. nitrofurantoiini-syndroomaan.

– nuclear lamiinivasta-aineet (smooth membraneous) värjäävät tumamem-braanin antigeeneja ja liittyvät useisiin autoimmuunisairauksiin, mm. SLE, SS, nivelreuma, krooninen aktiivinen hepatiitti ja lineaarinen skleroderma.

– rakeinen, Scl-70 -kaltainen värjäytymiskuvio, viittaa systeemiseen sklero-dermaan (suos. varmistamaan S-ANATy tutkimuksella)

– sentromeerivasta-aineet ovat tyypillisiä rajoittuneessa skleroderman CREST (Calcinosis, Raynaud, Esophagus motility, Sclerodactylia, Telean-giectasia) syndromassa esiintyviä vasta-aineita, joita voi esiintyä myös primaari biliaarikirroosissa (30 %) ja Raynaud’n oireyhtymässä (15–20 %).

Harvinaiset värjäyskuviot– Coilin body (P-80 coilin), harvinainen, useissa systeemisissä autoimmuu-

nisairauksissa (skleroderma, Raunaudin oire).– Golgi -värjäytyminen, harvinainen, liittyy useaan autoimmuunitautiin (SLE,

SS,RA,myosiitti)jamuihintauteihin(pikkuaovojenatrifia,syöpä).

Page 291: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

291

– NSp-I kuvio (multiple nuclear dots; antigeenit Sp-100, PML). Harvinainen, liittyy mm. primaariin biliaariseen kirroosiin.

– NuMA (Nuclea mitosis antigen, sukkulanapa) -värjäystymiskuvio esiintyy Sjögrenin syndroomassa, nivelrreumassa sekä infektioissa.

– mitotic spindle -kuviota on tavattu UDCTD:ssa (undifferentiated connecti-ve tissue disease) ja sklerodermassa.

– midbody-kuvio liittyy systeemiseen sklerodermaan (harvinainen).– PCNA (proliferating cell nuclear antigen) näkyy myös IF-värjäyksessä.

PCNA-vasta-aineita on kuvattu 5 %:lla SLE-potilaista, mutta esiintyy myös potilailla, joilla ei ole autoimmuunitautia.

– RNA polymeraasi I -värjäystymiskuvio, liittyy systee-miseen skleroder-maan ja esiintyy osalla rajoittunutta sklerodermaa sairastavilla sekä (har-voin) SLE:ssä.

– sentriolivasta-aineita voidaan (harvoin) tavata kehittymässä olevassa ske-lodermassa.

Osatumanantigeenienkanssareagoivistavasta-aineistaonimmunofluore-senssissa ANA-negatiivisia: mm. osa ENA-vasta-aineisiin kuuluvista SS-A vasta-aineista ja JO-1 sekä kardiolipiini-vasta-aineet

KS. Tuma, vasta-aineet, immunoblottaus.

TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS

Lyhenne: S-ANA-IB (20155)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Yleistä: Ks. myös ENA- JA TUMA-VASTA-AINEIDEN ANALYYSI

Tumavasta-aineidenimmunofluoresenssimääritys(S-ANA-Ab)antaaharvoinspesifisendiagnoosin.Lisäksitestivoiantaavirheellisestinegatiivisentulok-sen mikäli antigeeni ei ekspressoidu (SS-A). Värjäyskuvio voi kuitenkin antaa viitteen siitä minkä antigeeenin kanssa vasta-aineet reagoivat.

Systeemistä autoimmuunitautia sairastavilla potilailla, joilla todetaan korkea tuma vasta-ainetitteri (läiskittäinen, ”speckled”-kuvio), tavataan usein myös vasta-aineita ns. liukoisia tuman antigeeneja (extractable nuclear antigen = ENA) vastaan. ENA-antigeeni tarkoitti alunperin niitä tuma-vasta-aineiden kanssa reagoivia liukoisia kanin kateenkorvan uutteen antigeeneja, jotka ei-vät saostuneet yhdessä DNA:n ja histonien kanssa. Nimitys on säilynyt vaik-ka kaikki ENA:t eivät ole liukoisia ja osa antigeeneista ei sijaitse tumassa vaan sytoplasmassa. ENA-antigeeneja ovat mm. ribonukleoproteiinit (RN-P70k, RNP-A, RNP-C), ribosomaalinen RNP (ribosomin P-proteiinit) sekä ns. Sm-, SS-A/Ro52, SSA/Ro60, SS-B ja Scl-70 antigeenit. ENA-antigeenit on nimetty tautiyhteyden mukaan. Esim. MCTD/ UCTD (mixed connective tis-sue disease / undifferentiated connective tissue disease) -potilailla esiintyy RNP-vasta-aineita, usein RNP70-antigeenia kohtaan. Osalla SLE-potilaista on vasta-aineita Sm-antigeenia, osalla Sjögrenin oireyhtymää sairastavista SS-A-ja SS-B-antigeenia, osalla polymyosiittipotilaista JO-1-antigeenia sekä osalla skleroderma-potilaista Scl-70-antigeenia (topoisomeraasi I) kohtaan.

Page 292: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

292

Histonivasta-aineet liittyvät lääkeainelupukseen; ribosomi P vasta-aineet SLE:n neuropsykiatrisiin häiriöihin, lupusnefriittiin ja -hepatiittiin.

Indikaatiot: Tumavasta-aineidenspesifiteetinselvittäminenjatumavasta-ainenegatiivisenlupuksen diagnostiikka. SLE:n, skleroderman ja muiden systeemisten autoim-muuni-sairauksien diagnostiikka (seulonta ja spesifiteetti). Lääkeainelupuk-sen, neurolupuksen, lupusnefriittien, toistuvien aborttien ja vastasyntyneiden sydämen johtumishäiriöiden diagnostiikka.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmät: Tumavasta-aineiden immunoblottaus tehdään käyttäen INNOLIA-immunome-netelmää. Vasta-aineita mitataan seuraavia antigeeneja kohtaan: RNP (70kd, A[34kd], C[22kd]), Sm(B/B’[27/28kd], D[16kd]), SS-A (Ro52/60kd), SS-B, Scl-70 (Topoisomerasi 1), Jo-1, Ribosomi P, CENP-B, Histonit (H1, H2A, H2B, H3, H4).

Tekotiheys: Kerran viikossa

Tulkinta: TUMA/ENA-vasta-aineet systeemisissä autoimmuuni-taudeissa:

Positiivinen tuma/ENA-vasta-ainelöydös viittaa tiettyyn systeemiseen autoim-muunitautiin, mutta negatiivinen löydös ei sulje sitä pois.

Tulkinta ENA-Ab Diagnoosi Yleisyys %

RNP MCTD/ UCTD yli 95 SLE 20–40 Systeeminen skleroderma 15–20 Sm SLE 15–30 SS-A Sjögrenin oireyhtymä 40–70 SLE 25–35 Neonataalinen lupus, sydämen johtumishäiriö 80–100 SS-B Sjögrenin oireyhtymä 30–50 SLE 5–10 Scl-70 Systeeminen skleroderma **) 20–40 Rajoittunut skleroderma 20 JO-1 Polymyosiitti/ dermatomyosiitti 20–40 Myosiitti/fibrosoivaalveoliitti 70 PCNA *) SLE (myös muissa taudeissa) 5 Ribos P SLE 5–20 CENP-B***) Rajoittunut skleroderma (CREST) 80 Systeeminen skleroderma 15

*) Proliferating cell nuclear antigen l. sykliini, KS. TUMA-VA

Page 293: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

293

**) 2/3 osalla Scl-70 positiivisista on systeeminen skleroderma ***) Ks. S-SENTROMEERI, VASTA-AINEET. CENP-B-vasta-aineet korreloivat sentromeerivasta-ainei-siin jotka on osoi-

tettu IF-tekniikalla.

Tulkinta, Ks. myös, S-HISTONI, VASTA-AINEET

Terveillä henkilöillä ei esiinny ENA vasta-aineita. Monet positiivisista vasta-ainelöydöksistä ovat diagnostisia, esim. Sm-va

SLE:n, Scl-70 Skleroderman ja JO-1 polymyosiitin diagnostiikassa. On kui-tenkin muistettava, että negatiivinen ENA-vasta-ainelöydös ei sulje pois sys-teemistä autoimmuunisairautta.

Anti-RNP vasta-aineita todetaan lähes 100 %:lla MCTD/UCTD-potilaista. Löy-döseikuitenkaanolespesifinen:SLE:ssatavataanmataliaanti-RNPtiittereitä30–40 %:ssa; lisäksi positiivisia tiittereitä todetaan joskus sklerodermassa. MCTD-potilaita seurattaessa onkin havaittu, että vuosien kuluessa monella taudinkuva muuttuu joko SLE:ksi tai sklerodermaksi tai nivelreumaksi. IMMU-NOBLOTTAUS-analyysillävoidaanosoittaavasta-aineitaspesifisiäU1-RNA-partikkeliin liittyneiden proteiinien (70kD, A = 34kD, C = 22kD) peptidiraken-teita kohtaan. Myös näillä on diagnostista merkitystä: mm. 70K-peptidi-vasta-aineet yksin esiintyessään liittyvät MCTD-potilailla erosiiviseen artriittiin, kun taas Sm (B/B’= 27/28K) -proteiinin vasta-aineet liittyvät kuumeiluun, sklero-daktyliaan ja muihin iho-oireisiin.

Sklerodermassa (”systemic sclerosis”) esiintyy tumavasta-aineita n. 70 %:lla potilaista. Diffuusissa (”truncal/proximal”) sklerodermassa tuma-vasta-aineet voivat olla joko nukleolaarisia antigeeneja (50 %:lla) (RNA ym.) tai liukoista ENA-antigeenia (Scl-70-vasta-aineet) Kohtaan. Lisäksi rajoittuneessa sklero-dermassa (ns. CREST-syndroma) n. 70 %:lla esiintyy vasta-aineita sentro-meeri/kinetochori antigeeneja kohtaan (Ks. tämä). Koska CREST-syndroman prognoosi on parempi, ja vain näillä potilailla esiintyy sentromeerivasta-ainei-ta, on sklerodermaa epäiltäessä aina syytä tutkia kaikki edellä mainitut vasta-aineet. Skleroderman lisäksi sentromeerivasta-aineita on osoitettu myös pri-maarisessa biliaarisessa kirroosissa (PBC).

SS-A ja SS-B vasta-aineita löytyy n. 60 %:lla Sjögrenin syndromaa sairas-tavista potilaista, sekä 10–30 %:lla SLE-potilaista. SS-A-vasta-aineet ovat yleisiä Sjögrenin syndromassa (n. 60 %:lla), mutta niitä esiintyy myös tuma-vasta-ainenegatiivisessa SLE:ssa (Subacute cutaneous lupus erythemato-sus, SCLE, 60 %:lla) ja neonataalisessa iholupuksessa (30 %). SS-A ja SS-B-vasta-ainepositiivisia äitejä seurataan raskauden aikana ja lapsia syntymän jälkeen: osa lapsista sairastuu neonataaliseen lupukseen ja toisille kehittyy kongenitaalinen A-V-blokki. Sydämen johtumishäiriö (totaali A-V-blokki) liittyy erityisesti SS-A-vasta-aineisiin, mutta useimmiten potilailla (ja heidän äidil-lään) todetaan myös SS-B-vasta-aineita.

SS-A-vasta-aineita on todettu joskus myös primaarissa biliaarisessa kirroo-sissa ja autoimmuunihepatiitissa sekä trombosytopenioissa (trombosyyteissä ristiinreagoiva antigeeni).

ENA vasta-aineiden esiintymiseen näyttää liittyvän oireita useista elimistä (vaskuliitteja). Toisaalta sekä anti-RNP, anti-Sm että anti-SS-B positiivisilla SLE-potilailla esiintyy vähemmän nefriittejä kuin SLE:ssa yleensä. Samoin MCTD:ssa (anti-RNP-positiivinen) vaikeita munuais-muutoksia esiintyy vä-hemmän (n.25 %:lla) kuin SLE:ssa. MCTD:n taudinkuva saattaa kuitenkin

Page 294: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

294

muuttua vuosien seurannan aikana vaikeammaksi. MCTD-potilaat näyttävät vastaavan hyvin kortikosteroidihoidolle, mutta pitkään jatkuneessa taudissa esiintyy kortikosteroidiresistenttejä skleroderman kaltaisia iho-oireita. MCTD:n prognoosi on suunnilleen sama kuin SLE:n: 10-vuoden eloonjäämisluku on yli 80 %.

Vasta-aineita ribosomaalisia P-proteiineja kohtaan esiintyy 5–20 %:lla SLE-potilaista. Ne liittyvät erityisesti neuropsykiatrisiin häiriöihin (depressio, psy-koosi). Lisäksi niitä esiintyy lupusnefriiteissä ja -hepatiiteissa.

Histonivasta-aineet liittyvät lääkeainelupukseen.

Kirjallisuus: Black C, Isenberg DA. Br J Rheumatol 1992;31:695–700. Hietarinta M, Koskimies S, Lassila O, ym. Br J Rheumatol 1993;32:336–340. Hietarinta M, Tertti R, Lassila O. Clin Exp Rheum 1993;11:457 Kurki P. Duodecim 1992;108:1380–1382. Lundberg I, ym. Br J Rheumatol1992;31:811–817. Piirainen HI, Kurki PT. Scand J Rheumatol 1990;19:51–56. Provost TT, Watson R: J Invest Dermatol 1993;100(Suppl):14. Sharp GC, Irwin WS, Tan EM, ym. Am J Med 1972;52:148–159. Sullivan WD, Hurst DJ, Harman CE, et al. Medicine 1984;63:92–98. Tan EM, Chan EKL, Sullivan KF, Rubin RL. Clin Immunol Immunopathol

1988;47:121–141. Viander M, Hietarinta M. Lassila O. Screening of ENA antibodies by

EliA™Symphony vs. routine immunodiffusion and/or immunoblotting – a two-year patient material study from Turku University Hospital. 4th International Congress on Autoimmunity, Budapest 2004.

TUMA, VASTA-AINEET, TYYPITYS

Lyhenne: S-ANA-Ty (S-ENAAb1)(4505)

Osatutkimukset: S-RNP70Ab, S-RNPAb (3317), S-SmAb (3324), S-SSAAb (3322), S-SSBAb (3323), S-Scl70Ab(3765), S-Jo-1Ab (3767), S-SentAb (CENP)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7419, lääkäri: (02) 333 7411, (02) 333 7526

Yleistä: ENA-vasta-aineet seulotaan käyttäen 10 ENA-proteiinin seosta (sisältää anti-geenit: U1RNP [70 kDa, A, C], Sm, Ro/SSA [60 kDa, 52 kDa], La/SSB, Scl70 [Topo 1], Jo-1, CENB). Positiivisista näytteistä tehdään osatutkimukset.

ENA vasta-aineita esiintyy useissa tulehduksellisissa reumasairauksissa, mm. systeemisessa lupus erytematosuksessa (SLE), sidekudostautisyndromassa (MCTD/UCTD) ja Sjögrenin syndromassa, systeemisessä sklerodermassa ja myosiiteissa.

Ks. myös, TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS.

Indikaatiot: Tumavasta-aineiden spesifiteetin selvittäminen. Skleroderman, myosiittien,SLE:n ja muiden systeemisten autoimmuunisairauksien diagnostiikka.

Page 295: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

295

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Diagnoosi ja tieto taudin aktiivisuudesta ilmoitettava.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Fluoroentsymoimmunologinen menetelmä. Seulonnassa positiivisista mita-taan vasta-aineet kahdeksalle ENA-antigeenille.

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa

Tulkinta: Viitearvot: S-RNP70Ab, S-Jo1Ab, S-Scl70Ab, S-SentAb, S-SSAAb ja S-SSBAb Negatiivinen <7 U/ml Heikko positiivinen 7–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml S-RNPAb ja S-SmAb: Negatiivinen <5 U/ml Heikko positiivinen 5–10 U/ml Positiivinen >10 U/ml Kliininen merkitys:

Kirjallisuus: ks. TUMAVASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS

TYREOIDEAPEROKSIDAASI (TPO), VASTA-AINEET

Lyhenne: S-TPOAb (4028)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7526, (02) 333 7428

Yleistä: Seerumin tyreoideaperoksidaasi- (S-TPOAb, S-TyrPAb), tyreoglobuliini- (S-TyglAb) ja tyreoideamikrosomivasta-aineet (S-TYMSAb) ovat tärkeimmät kroonisen autoimmuunityreoidiitin diagnostiikassa käytetyt vasta-ainetutki-mukset. Tyreoidean epiteelisolujen mikrosomi-fraktion tärkein antigeeni on kilpirauhashormonien synteesiin osallistuva tyreoidea-peroksidaasi (TPO).

Indikaatiot: Autoimmuunityreoidiittien diagnostiikka. Primaarisen hypotyreoosin, struu-man ja kilpirauhaskyhmyn syyn selvittely.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (ELISA).

Tekotiheys: Kerran viikossa. Määritys yhden työpäivän kuluessa.

Page 296: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

296

Tulkinta: Viitearvot: <10 IU/ml Normaali tulos (viitealue) 10–14 IU/ml Raja-arvo 15–99 IU/ml Vasta-aineet lievästi koholla 100–200 IU/ml Keskivahva positiivinen >200 IU/ml Korkea positiivinen Lievästi kohonneita arvoja todetaan n. 10 %:lla terveillä verenluovuttajilla, iän

mukana positiivisten määrä kasvaa (ad. 10–20 %), monilla näistä voi olla hil-jainen krooninen tyreoidiitti, joka myöhemmin johtaa hypotyreoosiin. Hashimo-tontyreoidiitissaTPO-vasta-aineitalöytyy95%:lla,spontaanissaatrofisessahypotyreoosissa n. 70 %:lla ja Basedowin (Gravesin) taudissa n. 50–70 %:lla. Aiemmin sairastettu autoimmuunityreoidiitti saattaa aktivoitua raskauden ai-kanaja johtaa postpartaaliseen hypotyreoosiin. Korkeat TPO-vasta-ainetasot ennustavat kehittymässä oleva hypotyreoosia.

Tyreodiittipotilaiden oireettomilla omaisilla ja polyendokrino-patioissa vasta-aineita on normaalia useammin. (esim. insuliinidiabeteksessa n. 5 %:lla).

Kirjallisuus: Beever K, Bradbury J, Philips D ym. Clin Chem 1989;35:1949. Kontiainen S, Melamies L, Miettinen A, Weber T. APMIS 1994 (in press). Lamberg B-A, Välimäki M, Mäenpää J. Kilpirauhanen. Kirjassa: Lamberg B-A,

Koivisto V, Pelkonen R, toim. Kliininen endokrinologia. Helsinki. Suomalainen lääkäriseura Duodecim, 1992:104.

TYREOIDEA, VASTA-AINEET 1 JA 2

Lyhenne: S-TyglAb (2829) S-TymsAb (2831) S-TPOAb (4028) S-Tyreoidea, vasta-aineet 1 (S-TPOAb + S-TYGLAb) (10650) S-Tyreoidea, vasta-aineet 2 (S-TYMSAb + S-TYGLAb) (10651)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7526, (02) 333 7428

Yleistä: Seerumin tyreoideaperoksidaasi- (S-TyrPAb, S-TPOAb), tyreoglobuliini- (S-TyglAb) ja tyreoideamikrosomivasta-aineet (S-TymsAb) ovat tärkeimmät kroo-nisen autoimmuunityreoidiitin diagnostiikassa käytetyt vasta-ainetutkimukset. Tyreoidean epiteelisolujen mikrosomi-fraktion tärkein antigeeni on kilpirau-hashormonien synteesiin osallistuva tyreoidea-peroksidaasi (TPO). Tyreog-lobuliinivasta-ainemäärityksistä on hyötyä niissä tapauksissa, joissa muut kilpirauhasvasta-aineet eivät ole koholla.

Indikaatiot: Autoimmuunityreoidiittien diagnostiikka. Primaarisen hypotyreoosin, struu-man ja kilpirauhaskyhmyn syyn selvittely.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia. Säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Page 297: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

297

Menetelmä: Tyreoglobuliini- ja tyreoideamikrosomivasta-aineet (S-TyglAb, S-TymsAb) määritetään agglutinaatiotekniikalla (Serodia-ATG, Serodia AMC, Fujirebio Inc.) ja tyreoideaperoksidaasivasta-aineet (S-TPOAb) entsyymi-immunologi-sella menetelmällä.

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Viitearvot: S-TyglAb <400 S-TymsAb <400 Merkittävät vasta-ainetasot: S-TyglAb- titteri >1600, S-TymsAb- titteri >6400

ja S-TPOAb tulos >15 IU/ml (raja-arvo 10–14 IU/ml).

Tulkinta, ks. myös TPO-vasta-aineet.

Kirjallisuus: Beever K, Bradbury J, Philips D ym. Clin Chem 1989;35:1949. Kontiainen S, ym. APMIS 1994; 102:716. Lamberg B-A, Välimäki M, Mäenpää J. Kilpirauhanen. Kirjassa: Lamberg B-A,

Koivisto V, Pelkonen R, toim. Kliininen endokrinologia. Helsinki. Suomalainen lääkäriseura Duodecim, 1992:104.

TYROSINEMIA 1, FAh-GEENIN VALTAMUTAATIOIDEN TUT-KIMUS

Lyhenne: B -HT1-D (12016) Ts-HT1-D (12258)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Tyrosinemia on autosomissa peittyvästi periytyvä, vaikeaan maksavikaan joh-tava sairaus. Aineenvaihdunnan häiriö aiheutuu fumaryyliasetoasetaattihyd-rolaasientsyymin (FAH) puutoksesta. Suomessa potilaita on parikymmentä, joista useimmilla on sukujuuret Etelä-Pohjanmaalla. FAh-geenissä tunnetaan maailmanlaajuisesti lukuisia mutaatioita. Suomessa yli 90 %:lla potilaista on mutaatio p.Trp262Ter. Toinen Suomessa harvinaisena tavattu geenivirhe, IVS12+5G>A, on puolestaan maailmalla yleisin FAh-geenin patogeenisistä mutaatioista.

Indikaatiot: Kliininen epäily tyrosinemiasta.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: FAh-geenin PCR-monistus ja restriktioentsyymidigestiot p.Trp262Ter- ja IVS12+5G>A-mutaatioiden tunnistamiseksi.

Page 298: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

298

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: p.Trp262Ter- tai IVS12+5G>A-mutaation löytyminen kummastakin FAh-geenin alleelista varmistaa tyrosinemia-diagnoosin. Jommankumman edellä mainitun mutaation löytyminen vain potilaan toisesta alleelista merkitsee to-dennäköisesti yhdistelmäheterotsygotiaa jonkin muun FAh-geenivirheen suh-teen.

TYYPIN 1 DIABETEKSELLE ALTISTAVAN PERINNöLLISEN RISKIN MÄÄRITYS

Lyhenne: B-T1D-gen (12561)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7026, lääkäri: (02) 333 7028

Yleistä: Alttius sairastua tyypin 1 diabetekseen määräytyy pitkälti perinnöllisen alt-tiuden pohjalta. Tähän vaikuttavat useiden eri geenien polymorfismit. Tär-keimmät näistä sijaitsevat HLA-geenialueella, jossa tietyissä geenilokuksissa tunnetaan useita eriasteisesti taudille altistavia tai siltä suojaavia alleeleja. Myös eri lokusten yhteisvaikutus on HLA-alueella hyvin tärkeä. Merkittävä vaikutus on kuitenkin myös monilla muilla geeneillä, joista parhaimmin tunnet-tuja ovat insuliinigeeni, PTPN22-geeni ja CTLA-4 geeni. Tunnettujen geenien yhteisvaikutuksella on ääritapauksissa huomattava merkitys diabetesriskiin. Esimerkiksi HLA luokka II -genotyypityksen perusteella ns. kohtalaisen diabe-tesriskin omaavan vastasyntyneen PPV-arvo 3,0% voi vaihdella muiden riski-geenienpolymorfianperusteellaääritapauksissa10,2%:nja0,66%:nvälillä.

Indikaatiot: Riskin selvittäminen alttiudesta sairastua tyypin 1 diabetekseen.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml EDTA verta. Näyte säilyy useita päiviä huoneenlämmössä, +4°C:ssa tai –20°C:ssa.

Menetelmä: DNA-hybridisaatioon perustuvilla menetelmillä määritetään tyypin 1 diabe-tekselle altistavat ja siltä suojaavat HLA-luokka II -haplotyypit, sekä insulii-nigeenin-23A/T,PTPN22-1858C/T jaCTLA4-geenin+49A/Gpolymorfis-mit. Perustuen suomalaisissa diabeetikkolapsissa ja kontrolleissa todettuihin genotyyppifrekvensseihin lasketaan suhteellinen riski (OR) ja PPV arvo, joka kuvaa genotyypin omaavan vastasyntyneen riskiä sairastua tyypin 1 diabe-tekseen ennen 15 vuoden ikää.

Tekotiheys: Viikottain. Vastaukset ovat valmiit n. kahden viikon kuluttua.

Tulkinta: Vastauksena ilmoitetaan genotyyppi kaikkien tutkittujen geenien osalta sekä suhteellinen riski (OR) ja riski sairastua lapsuusiässä (PPV-arvo)

Kirjallisuus: Ilonen J. Tyypin 1 diabetes ja geenit. Duodecim 2004;120:1139-45.

Page 299: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

299

ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- TOKSIINI

Lyhenne: F-EHECTox (1845)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Enterohemorraagiset E. coli (EHEC) kannat (tavallisimmin serotyyppi O 157: H7) aiheuttavat suolistoinfektioita, jotka ilmenevät tyypillisesti veriripulina. Komplikaationa tautiin voi erityisesti lapsilla liittyä hemolyyttis-ureemista synd-roomaa (HUS).

Tauti leviää tyypillisesti ravintoperäisinä epidemioina. Epidemian lähteenä useimmiten mainitaan naudanliha. EHEC:in aiheuttamia laajoja epidemioita on viime vuosien aikana alkanut esiintyä yhä lisääntyvässä määrin. EHEC-kannat tuottavat toksiineja, joiden osoittamista käytetään viljelyn rinnalla in-fektion diagnostiikassa. Yleisimmät toksiinit tässä yhteydessä ovat ns. Shiga-toksiinit (SLT 1 ja SLT2).

EHEC infektio voidaan diagnostisoida joko osoittamalla toksiini suoraan ulos-teesta tai viljelemällä bakteeri ulosteesta. EHEC-bakteerin viljelyyn ei tois-taiseksi ole olemassa tehokkaita selektiivisiä viljelymenetelmiä, jonka vuoksi suoraa toksiinimääritystä suositellaan seulontatut-kimukseksi viljelyä her-kempänä ja nopeampana menetel-mänä. Viljelyllä löydetään vain serotyyppi O157 mutta ei muita infektioita aiheuttavia serotyyppejä.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen. Positiivinen tulos vahvistaa hemorraagisen ko-liitti-diagnoosin, On kuitenkin huomat-tava, että Shigella dysenteriae tyyppi 1- kantojen tuottamat shiga-toksiinit saattavat antaa myös positiivisen tulok-sen. Positiivinen tulos ei myöskään sulje pois muiden infektiivisten mikrobien osallisuutta ripuliin. Positiivisissa tapauksissa suositellaan epidemiologisia selvityksiä varten sekä diagnoosin varmistamiseksi EHEC-viljelyä.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä Shiga-toksiinien osoittamiseksi ulos-teesta tehtävästä rikasteviljelystä.

Tekotiheys: Arkipäivisin.

Kirjallisuutta: Donohue-Rolfe, A, Acheson, D.W.K., Kane, A.V. and G.T. Keusch. 1989. Puri-ficationofshiga-toxinandshiga-liketoxinsIandIIbyreceptoranalogaffinitychromatography with immobilized P1 glycoprotein and production of cross-reactive monoclonal antibodies. Infect. Immun. 57:3888–3893

ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- VILJELY

Lyhenne: F-EHEC (4103)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Enterohemorraagiset E. coli (EHEC) kannat (tavallisimmin serotyyppi O 157:

Page 300: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

300

H7) aiheuttavat suolistoinfektioita, jotka ilmenevät tyypillisesti veriripulina. Komplikaationa tautiin voi erityisesti lapsilla liittyä hemolyyttis-ureemista synd-roomaa (HUS).

Tauti leviää tyypillisesti ravintoperäisinä epidemioina. Epidemian lähteenä useimmiten mainitaan naudanliha. EHEC:in aiheuttamia laajoja epidemioita on viime vuosien aikana alkanut esiintyä yhä lisääntyvässä määrin. EHEC-kannat tuottavat toksiineja, joiden osoittamista käytetään viljelyn rinnalla in-fektion diagnostiikassa. Yleisimmät toksiinit tässä yhteydessä ovat ns. Shiga-toksiinit (SLT 1 ja SLT2).

EHEC infektio voidaan diagnostisoida joko osoittamalla toksiini suoraan ulos-teesta tai viljelemällä bakteeri ulosteesta. EHEC-bakteerin viljelyyn ei tois-taiseksi ole olemassa tehokkaita selektiivisiä viljelymenetelmiä, jonka vuoksi suoraa toksiinimääritystä suositellaan seulonta-tutkimukseksi viljelyä herkem-pänä ja nopeampana menetel-mänä.

Bakteeriviljelyä suositellaan diagnoosin varmistamiseksi sekä epidemiologisia selvityksiä varten kaikissa toksiini-positiivisissa tapauksissa. Viljelyllä löyde-tään serotyyppi O157 sekä joukko muita EHEC-tautiin liitettyjä sero-tyyppejä.

Indikaatiot: Ripulin, erityisesti veriripulin, diagnostiikka.

Näyte: Ripuliulostetta ulostenäytepurkkiin. Näytteen säilytys tarvit-taessa jääkaapissa.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Vastaus: Positiivisissa tapauksissa vastataan E. coli ja sen serotyyppi. Negatiivinen tulos saadaan 2 vrk:n ja positiivinen tulos 4–7 vrk:n kuluessa. Positiiviset tulokset ilmoitetaan puhelimella. Positiivisista kannoista tutkitaan aina myös toksiinin eritys ja kannat lähetetään varmistettavaksi Terveyden ja hyvinvoin-nin laitokselle.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen.

Menetelmä: Bakteeriviljely ja todettujen E. coli kantojen serotyypitys.

Tekotiheys: Arkipäivisin.

ULOSTEVILJELY 1, ULOSTEVILJELY 2, ULOSTEVILJELY 3

Lyhenne: F-BaktVi1 (3442), F-BaktVi2 (3443), F-BaktVi3 (3584)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Kysymyksessä ovat yhdistelmätutkimukset: Ulosteviljely 1 tutkimuksella etsi-tään ulosteesta akuutin ripulitaudin aiheuttajabakteereita. Ulosteviljely 2 tutki-muksessa etsitään antibioottiripulin aiheuttajaa. Ulosteviljely 3 tutkimuksessa etsitään bakteeriperäisen ruokamyrkytyksen aiheuttaja-bakteereita. Tavalli-sesta ulosteviljelystä (Ulosteviljely 1) tutkitaan salmonellat, yersiniat, shigel-lat, kampylobakteeri, Aeromonas hydrophila ja Plesiomonas shigelloides. Em. patogeeneja voidaan tarvittaessa etsiä myös erillisinä mikäli lähetteessä näin mainitaan. Antibioottihoidon aikana esiintyvän ripulista (Ulosteviljely 2) tutki-

Page 301: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

301

taan Clostridium difficile,hiivasekäkatsotaanepäsepesifiseltämaljaltaonkobakteeriflooranvaltakasvustossamerkittäviämuutoksiataiesiintyyköbaktee-riflooranvaltakasvustossaselviäpatogeenejabakteereita.Ruokamyrkytystut-kimuksessa tutkitaan Bacillus cereus, Clostridium perfringens jaStaphylococ-cus aureus.

Indikaatiot: Ulosteviljely 1; Akuutti ripuli. Ulosteviljely 2; Antibioottiripuli. Ulosteviljely 3 ruo-kamyrkytys.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Ulosteviljely 1: Ripuliulostetta ulostepurkissa sekä kahdessa kuljetusputkes-sa (hiilitikuilla).

Ulosteviljely 2: Ripuliulostetta hiilitikulla kuljetusputkessa. Ulosteviljely 3: Ulostetta ulostenäytepurkissa sekä hiilitikulla kuljetusputkessa.

Menetelmä: Näyte viljellään useille selektiivisille elatusaineille.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Ennen klo 14.00 tulleet näytteet viljellään samana päivänä. Tulos saadaan yleensä 4 vrk:n kuluessa. Positiivinen löydös ilmoitetaan myös puhe-limitse heti löydöksen varmistuttua (2–4 vrk:ssa löydöksestä riippuen).

Tulkinta: Normaalilöydös negatiivinen.

UREAPLASMA UREALYTICUM, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: UrurNho (10899)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7420, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Ureaplasma urealyticum on mykoplasma, joka aiheuttaa sikiökalvojen infek-tioita. Ureaplasmalla epäillään olevan osuutta vastasyntyneiden pneumonian ja bronkopulmo-naarisen dysplasian kehittymiseen. Ureaplasma aiheutta-nee noin 10 % miesten non-gonokokkaalisista uretriiteista, ja mahdollisesti myös eturauhastulehduksia. Ureaplasma urealyticum on myös eristetty im-muunipuutteisen potilaan nivelestä. Ureaplasmojen viljely on hidasta, eikä serologista testiä ole saatavilla. PCR on osoittautunut herkkyydeltään viljelyn veroiseksi ja helpommaksi suorittaa.

Indikaatiot: Epäily ureaplasman aiheuttamasta infektiosta

Näyte: Korionamnioniitti: lapsivesi, 1–10 ml Vastasyntyneen pneumonia: trakea-aspiraatio ja/tai virtsa Uretriitti: Alkuvirtsa Cervix-näyte, pumpulitikku

Lähetys: Näyte on toimitettava laboratorioon mahdollisimman pian. Näytettä voidaan tilapäisesti säilyttää jääkaappilämpötilassa 1-3 vrk. Näyte voidaan lähettää huoneenlämpötilassa. Näyte lähetetään iskulta suojattuna.

Page 302: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

302

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Menetelmä: PCR. Ureaplasma osoitetaan monistamalla sille tyypillisiä geenijaksoja (ribo-somia koodaava geeni).

Tekotiheys: Arkipäivisin. Vastaus saadaan seuraavana arkipäivänä.

Tulkinta: Normaalisti steriililtä alueelta osoitettu ureaplasma on merkittävä löydös. Ureap-lasmaa esiintyy terveidenkin henkilöiden genitaalialueiden limakalvoilla, eikä virtsasta tai kohdunkaulakanavasta saadun positiivisen PCR-löydöksen kliininen merkitys ole vielä vakiintunut.

Kirjallisuutta: Jalava, J., Mäntymaa, M.-L., Ekblad, U., Toivanen, P., Skurnik, M., Lassila, O. and Alanen, A. (1996). Br. J. Obstr. Gyn. 103:664–669.

Escenbach, D.A. (1993) Clin. Inf. Dis.17: S100–106

VANKOMYSIINIRESISTENTIN ENTEROKOKIN (VRE) SEU-LONTA ULOSTEESTA

Lyhenne: F-VREVi (1788)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Enterokokkionalhaisenpatogeenisuudenomaavasuolistonnormaaliflooraankuuluva bakteeri. Bakteeri esiintyy normaalisti kaikkien ihmisten ulosteessa. Taudinaiheuttajana se esiintyy yleisimmin naisten virtsatieinfektioissa. Huono-kuntoisilla sairaalapotilailla se voi kolonisoida ihon haavaumia, olla mukana pehmytkudosinfektioissa ja joskus aiheuttaa endokardiittia ja sepsistä.

Enterokokki on varsin resistentti eri antibiooteille. Tyypillisesti sen hoitoon käytetään ampisilliinia tai ampisilliinille resistenteille enterokokeille vankomy-siiniä. Kaksi tärkeintä enterokokkilajia ovat Enterococcus faecalis ja Entero-coccus faecium. Viime vuosien aikana E.faecalis on pysynyt herkkänä am-pisilliinille ja vankomysiinille, mutta E. faecium kannat ovat tulleet yleisesti ampisilliinille resistenteiksi. Hälyttävin kehitys on kuitenkin ollut myös vanko-mysiinille resistenttien E.faecium kantojen ilmaantuminen. Näitä kantoja on viiden vuoden aikana esiintynyt ensin Yhdysvalloissa ja myöhemmin myös Keski-Euroopassa. Suomessa vankomysiinirestenttejä kantoja on esiintynyt vuosittain yksittäisinä tapauksina.

Bakteeri esiintyy tyypillisesti ulosteessa tautia aiheuttamatta. VRE ei ole ta-vallista enterokokkia virulentimpi eikä ole sen pahempi leviämään kuin ta-vallinenkaan enterokokki. Bakteerilla on tavallista enterokokkia suurempi kliininen merkitys laitosolosuhteissa, joissa se vaikean hoidettavuutensa an-siosta muodostuu ongelmaksi tilanteissa, joissa se kolonisoi osaston ja leviää potilaasta toiseen. Bakteeri leviää tyypillisesti potilaasta toiseen suoraan tai henkilökunnanvälityksellä.Bakteeriavoivatkantaanormaalifloorassaansekäpotilaat että henkilökuntaan kuuluvat. Bakteerin kantajia seulottaessa tutki-taan sekä henkilökunnalta että potilailta bakteerin esiintyminen ulosteessa. Bakteeria voidaan etsiä myös perineumin ihoalueelta.

Page 303: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

303

Indikaatiot: Epäily VRE-kolonisaatiosta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Merkintä jos potilas on aikaisemmin todettu VRE-positiiviseksi.

Näyte: Ulostetta purkissa tai iholta otettu tikkunäyte bakteeriviljelynäytteen kuljetus-putkessa.

Menetelmä: Bakteeriviljely selektiivisille elatusaineille.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Positiivisissa tapauksissa vastaus ilmoitetaan puhelimitse. Alus-tava positiivinen vastaus saadaan 1–2 vrk kuluessa. Lopullinen negatiivinen vastaus saadaan kahden vuorokauden kuluttua.

Tulkinta: Normaalilöydös negatiivinen.

VESIROKKOVIRUS, ANTIGEENI

Lyhenne: -VZVAg (3529)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Antigeenin osoitus on ensisijainen laboratoriomenetelmä vesirokkovirusinfek-tioiden diagnostiikassa.

Indikaatiot: Vesirokkoviruksen (varicella-zoster) aiheuttamien tautien (mm. vesirokko, vyöruusu, rakkulaiset iho- ja limakalvoinfektiot, meningoenkefaliitti, immuu-nipuutteisten potilaiden infektiot) diagnostiikka.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin labora-toriosta puh. (02) 333 7463. Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Voidaan käyttää myös puhtaita, tyhjiä lasiputkia.

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: Näyte otetaan infektioalueelta, jos mahdollista tuoreesta rakkulasta, koska viruksen määrä on niissä suurin. Runsas näyte lisää tutkimuksen herkkyyttä. Näytteenottotikulla rikotaan rakkulan pinta ja pyritään saamaan näytteeseen infektoituneita soluja rakkulan pohjasta. Tikku katkaistaan kuljetusnestettä si-sältävään putkeen. Samasta näytteestä voidaan tehdä myös HSV-viljely.

Lähetys: Näyte kestää kuljetusta hyvin, koska tutkimus ei edellytä ”elävien” infektioky-kyisten virusten olemassaoloa. Näyte säilyy päiviä +4°C:ssa tai huoneenläm-mössä. Voidaan lähettää laboratorioon normaalia postia käyttäen.

Page 304: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

304

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa Tulos valmiina normaalisti seuraavana päivänä näytteen saapumisesta.

Tulkinta: Positiivinen / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivi-nen. Positiivinen löydös on osoitus joko primaarista (vesirokko) tai reaktivoituneesta (vyöruusu) vesirokkovirus-infektiosta.

VESIROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)

Lyhenne: Li-VZVNhO, -VZVNhO (1781)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476.

Yleistä: PCR eli geenimonistus likvorinäytteestä on virusviljelyä herkempi menetelmä keskushermoston varicella-zoster infektioiden osoittamiseksi. Varicella-zoster virus (VZV) lisääntyy varmimmin ensimmäisen ja toisen sairausviikon aikana enkefaliitti- ja meningiittitapauksissa.

Indikaatiot: Keskushermoston VZV-infektioepäilyt (enkefaliitit, menin-giitit), vastasynty-neen VZV-infektioepäily

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Steriili kertakäyttöputki. Kaikki halutut virus-PCR-tutkimukset samasta näytemateriaalista voidaan

tehdä yhdestä näyteputkesta.

Näyte: Likvoria 0,5–1.0 ml. Näytteenotossa on erityisesti varottava kontaminaatiota johtuenmenetelmänpoikkeuksellisestaherkkyydestä.Pistokohtaondesinfi-oitava etanolilla tms. pyyhkien.

Tutkimus voidaan tehdä myös muista näytemateriaaleista.

Lähetys: PCR-näyte toimitetaan virusopin laboratorioon mahdollisimman nopeasti, mie-lellään jäähdytettynä. Näytettä voidaan säilyttää jääkaappilämpötilassa tilapäi-sesti (1–3 vrk), pitempiaikainen säilytys pakastettuna. Jos näyte pakastetaan, se on myös lähetettävä pakastettuna.

Menetelmä: PCR (polymeraasiketjureaktio).

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa. Näyte voidaan toimittaa virusopille kaikkina arkipäivinä. Tulos valmiina normaalisti testin suorituspäivänä.

Tulkinta: Positiivinen/negatiivinen. Normaalisti negatiivinen. VZV-DNA:n löytyminen viittaa VZV:n aiheuttamaan infektioon.

Page 305: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

305

VESIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-VZVAb (2923), Li-VZVAb (3632)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Serologinen vaste todetaan säännönmukaisesti vesirokossa, mutta lähes aina myös vyöruusussa, mikäli ensimmäinen näyte on otettu riittävän varhai-sessa vaiheessa.

Indikaatiot: Vesirokkoviruksen aiheuttamien tautien (mm. vesirokko, vyöruusu, rakkulai-set iho- ja limakalvoinfektiot, meningoenkefaliitti, immuunipuutteisten potilai-den infektiot) diagnostiikka. Immuniteetin määrittäminen vesirokkovirukselle.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte (ja selkäydinnestenäyte) Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA)

Tekotiheys: Kaksi kertaa viikossa. Kiireellisissä tapauksissa katso myös kiire-VZV. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen vesirokkovirusinfektion. Useimmat saavat tartunnan jo lapsuudessa. Vasta-aineiden esiintyvyys on suunnilleen: 1v: 25 %, 5v: 60 %, 20v: 90 %, 40v: 100 %. Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu tai positiivinen IgM-vasta-ainelöydös ovat osoitus aktiivista vesirokkovirusinfektiosta. Negatiivinen löydös ei sulje pois aktiivia infektiota. Herpes simplex- ja vesirokkovirusten välillä on lievää ristireaktiivi-suutta, joka ei yleensä kuitenkaan häiritse vesirokkovirusinfektioiden serolo-gista diagnostiikkaa.

VIHURIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-RubeAb (2960), Li-RubeAb (1934)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Vasta-ainepitoisuuden (IgG ja IgM) nousu tapahtuu säännönmukaisesti vihu-rirokossa, mutta osalla potilaista se on todettavissa vasta 4–5 vrk:n kuluttua

Page 306: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

306

ihottuman puhkeamisesta. Negatiivinen löydös taudin varhaisessa vaiheessa ei siten sulje pois tuoreen infektion mahdollisuutta. Jos viikon sisällä tartunta-mahdollisuudesta otetussa näytteessä todetaan vasta-aineita, tulkitaan nämä varmuudella aikaisemmasta taudista peräisin oleviksi, eli potilas on ollut tar-tuntahetkellä immuuni.

Indikaatiot: Eksanteematautien diagnostiikka, kongenitaalisen infektion diagnostiikka, vi-hurirokkoimmuniteetin määrittäminen.

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputki: Puhdas lasi- tai muoviputki

Näyte: Normaali seeruminäyte. Näytettä tarvitaan 0,5–1 ml.

Lähetys: Näyte kestää säilytystä +4°C:ssa viikonlopun yli. Voidaan toimittaa laboratori-oon normaalia postia käyttäen.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen (EIA IgG, ELFA IgM)

Tekotiheys: Kerran viikossa. Tulos valmiina seuraavana päivänä.

Tulkinta: IgG-vasta-aineiden määrä yksikköinä, IgM-vasta-aineet kvalitatiivisesti (posi-tiivinen / negatiivinen) + lausunto. Positiivinen IgG-vasta-ainelöydös osoittaa testattavan joskus sairastaneen vihurirokkoinfektion tai saaneen vihurirokko-rokotuksen. Väestöstä noin 95 %:lla on vasta-aineita, ja MPR-rokotuksella vasta-aineprevalenssi pyritään säilyttämään. Vasta-ainetaso yli 20 yksikköä merkitsee immuniteettia. IgM-vasta-ainelöydös on normaalisti negatiivinen. Merkitsevä (yli 3-kertainen yksikkökasvu) IgG-vasta-ainetason nousu tai posi-tiivinen IgM ovat osoituksena tuoreesta vihurirokosta (tai MPR-rokotuksesta).

VILJELTYJEN FIBROBLASTIEN PAKASTUS SOLUPANKKIIN

Lyhenne: Sk-ViN2 (903)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7233, (02) 333 7225

Yleistä: Ihon fibroblasteja voidaan pakastaa nestetyppeen mahdollisia myöhempiätutkimuksia varten.

Lähete: Kromosomitutkimuslähete

Näyte: Ihopala

Lähetys: Huoneenlämmössä pikapostilähetyksenä tai bussikuljetuksena.

Menetelmä: Näytteestäperustetaansoluviljely javiljeltyjäfibroblastejapakastetaannes-tetyppeen ja voidaan tarvittaessa ottaa uudelleen kasvatukseen myöhempiä tutkimuksia varten. Tutkimuksesta on erikseen sovittava laboratorion kanssa.

Page 307: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

307

VIRTSAVILJELY; SEULONNAN POSITIIVINEN, PORRASTET-TU (TYYPITYS JA HERKKYYSMÄÄRITYS)

Lyhenne: U-Baktalv (3154), U-BaktJVi (3777)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Virtsan bakteerien viljelyllä on kaksi tavoitetta: 1. Oireisen virtsatieinfektion aiheuttajan selvittäminen 2. Virtsan bakteerien tutkiminen silloin, kun halu-taantietääpotilaanvirtsanbakteerifloora,vaikkaeikyseessäolisikaaninfek-tio (=bakteruriatutkimus). 1-kohdassa viljelyyn joudutaan silloin kun virtsan seulontatestit (leukosyytit, albumiini, nitraatti, veri) ovat antaneet positiivisen tuloksen tai kun lääkäri on oireisessa tapauksessa pyytänyt suoraan virtsan bakteerien viljelyä. 2- kohdassa kyseessä on erityispotilas (odottava äiti, dia-beetikko, lapsen virtsatieanomalia), joissa tapauksissa bakterurian selvittely ilman akuuttia infektiota on mielekästä.

Indikaatiot: Virtsatieinfektion diagnostiikka.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete, jossa on mainittava mahdollinen lääkitys. Mikäli halutaan bakteruriatutkimusta, on se erikseen mainittava. Näytteenot-totavasta on huomattava, että uudesta kestokatetrista otettu näyte merkitään katetrinäytteeksi (eli katetroimalla saaduksi näytteeksi).

Näyte: Puhtaasti laskettu virtsa otetaan huolellisen mekaanisen alapesun jälkeen (ilman desinfektioaineita). Kestokatetrista näyte otetaan neulalla ja ruiskulla alkoholilla pyyhityn kalvon tai kumiletkun seinämän läpi; katetrin liitosta ei saa avata. Virtsanäyte on jäähdytettävä ennen kuljetusta. Näyte viljellään CLED-elatusaineelle tai vastaavalle kaupalliselle viljelyalustalle (Uricult, Orion Diag-nostica). Rakkopunktio on syytä viljellä suoraan myös suklaaelatusaineelle.

Menetelmä: Kvantatiivinen viljely CLED-elatusaineelle. Jatkoviljelmistä biokemialliset tyypi-tykset; E.colin tunnistus -glukuronidaasin avulla. Suoraan virtsana lähetetyistä näytteistä myös värjäys.

Tekotiheys: Arkipäivisin.

Tulkinta: Puhtaasti lasketusta virtsanäytteessä merkitsevät bakteeripitoisuudet: Oireeton bakteruria >105/ml Lapset, miehet >104/ml Oireiset naiset, joilla E. coli tai S. saprophyticus >103/ml

Page 308: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

308

VIRUS, VILJELY

Lyhenne: VirVi (2975)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7463, vastauskyselyt (02) 333 7476

Yleistä: Virusviljelyssä virusta pyritään kasvattamaan soluviljelmässä, jonka jälkeen viljelty virus tyypitetään eri menetelmillä. Viljely edellyttää elävien, infektioky-kyisten virusten olemassaoloa näytteessä, joten kuljetuksen laboratorioon on mieluimmin tapahduttava nopeasti ja jäähdytettynä.

Indikaatiot: Virusinfektion etiologian selvittely

Lähete: Virustutkimuslähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyteputket: Virusviljelyn kuljetusnesteputki: – kudospalat ja ruumiinavausnäytteet – nenänieluimunäyte (ottoon tarvitaan lisäksi mukusekstraktori) nenänielutikkunäyte – nielunäyte – rakkulanäyte – sidekalvonäyte ja muut limakalvonäytteet Virusviljelyn kuljetusnesteputki: kierrekorkilla varustettuja 5 ml:n putkia, joissa

on sisällä 2.5 ml kellertävää kuljetusnestettä, putkia voi tilata virusopin la-boratoriosta (02-333 7463). Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putki on hylättävä.

Sytomegalovirusviljelyn kuljetusnesteputki: – BAL (bronkoalveolaarilavaatio) -näyte – virtsanäyte Putkia saa virusopin laboratoriosta. Ne ovat tällä hetkellä 15 ml:n kierrekor-

killa varustettuja sentrifuugiputkia, jotka sisältävät 3 ml punertavaa kuljetus-nestettä. Putkiin on merkitty vanhenemispäivä. Jos neste muuttuu sameaksi, putkea ei voida käyttää.

Steriili lasi- tai muoviputki: – selkäydinnestenäyte, muut steriilit nesteet Ulostepurkki (tai muu tiivis astia): – ulostenäyte

Näytetikku: Nukka-, pumpuli-, dacron- tai rayontikku (Alginaatti- ja hiilitikut eivät sovi)

Näyte: BAL (bronkoalveolaarilavaatio)-näyte. Sytomegalovirus-viljelyn kuljetus-nesteputkeen lisätään 3 ml Bf-huuhtelunestettä. Näyte tulee toimittaa labora-torioon mahdollisimman pian.

Kudospalat ja ruumiinavausnäytteet. Mahdollisimman puhtaasti otetut näytteet laitetaan virusviljelyn kuljetusnesteputkeen ja lähetetään laboratori-oon, mieluimmin jäähdytettynä.

Nenänieluimunäyte (Npa).Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Nenänielutikku (Nps). Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Nielunäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Page 309: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

309

Rakkulanäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Selkäydinnestenäyte ja muut steriilit nesteet. Katso kohta: Näytteiden ot-

taminen, Virologiset näytteet. Sidekalvonäyte ja muut limakalvonäytteet. Katso kohta: Näytteiden ottami-

nen, Virologiset näytteet. Ulostenäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet. Virtsanäyte. Katso kohta: Näytteiden ottaminen, Virologiset näytteet.

Lähetys: Suositeltavaa olisi toimittaa näyte laboratorioon mahdollisimman nopeas-ti, mieluimmin saman vuorokauden kuluessa. Useimmat vaipalliset virukset (mm.sytomegalo-jainfluenssavirukset)kestävätsäilytystäsuhteellisenhuo-nosti. Vaipallisista viruksista herpes simplex virus kestää kuitenkin melko hy-vin parin päivän säilytyksen +4°C:ssa. Sen sijaan vaipattomat virukset (mm. adeno- ja enterovirukset) kestävät säilytystä varsin hyvin. Jos viljelynäytettä täytyy säilyttää ennen lähettämistä, esim viikonlopun yli, se tulee tehdä jää-kaapissa +4°C:ssa. Näytettä ei tule pakastaa –20°C lämpötilaan. Pitkäaikai-sessa kuljetuksessa kylmäastian käyttö on suositeltavaa.

Menetelmä: Virusviljely soluviljelmässä ja tyypityksessä tarvittavat jatkotutkimukset.

Tekotiheys: Viisi kertaa viikossa, klo 11 mennessä tulleet näytteet viljellään samana päivä-nä. Positiivinen vastaus saadaan joissakin tapauksissa parissa vuorokaudes-sa, mutta usein virusviljely vaatii 2–3 viikkoa.

Tulkinta: Positiivinen (viruksen nimi) / negatiivinen + lausunto. Normaalisti negatiivinen. Positiivinen löydös on osoitus ao. viruksen aiheuttamasta tuoreesta infektiosta.

YERSINIA, VASTA-AINEET

Lyhenne: S-YersAb (2985)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7401, lääkäri: (02) 333 7428

Yleistä: Yersiniainfektio saattaa olla akuuttien vatsatautien, reaktiivisten artriittien, erythema nodosumin, erythema multiformen, iriittien, kardiittien ja epäselvi-en kuumetautien aiheuttajana. Tutkimuksessa mitataan infektion yhteydessä syntyviä IgM-, IgG- ja IgA-luokkiin kuuluvia yersiniavasta-aineita.

Indikaatiot: Enterokoliitit, appendisiitti, pseudoappendisiitti (mesente-riaalilymfadeniitti), reaktiiviset artriitit, kardiitit, iriitit, erythema nodosum ja multiforme sekä epä-selvät kuumetaudit.

Lähete: Immunologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: 1 ml seerumia, säilyy useita päiviä +4C:ssa. Voidaan lähettää huoneenlämpötilassa.

Menetelmä: Entsyymi-immunologinen menetelmä, jossa antigeeneina ovat Y. enterocolitica O:3, Y. enterocolitica O:9, Y. pseudotuberculosis IA ja Y. pseudotuberculosis III.

Page 310: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

310

Tekotiheys: Kerran viikossa.

Tulkinta: Positiivisia tuloksia seuraa aina lausunto. IgM-luokan yersiniavasta-aineet nousevat muutamassa viikossa ja häviävät

yleensä 3 kuukaudessa infektion alkamisesta. IgG-luokan vasta-aineet nou-sevat melkein samanaikaisesti IgM-luokan vasta-aineiden kanssa ja säilyvät ainakin 5 kuukauden ajan, toisinaan jopa vuosia, erityisesti artriitin yhteydes-sä. IgA-luokan vasta-aineiden on todettu aina nousevan nopeasti ja säilyvän pitkään potilailla, joilla on yersiniainfektion jälkeisiä niveloireita.

Jos tutkimuksessa saadaan positiivinen tulos Y.enterocolitica O:9 vasta-ai-neiden suhteen, tutkitaan automaattisesti myös mahdollisesti ristireagoivat brusellavasta-aineet.

Kirjallisuus: Granfors K, Viljanen MK, Tiilikainen A, Toivanen A: Duodecim 1980;96:850–6. Granfors K, Vuento R, Leino R, Toivanen A: Duodecim 1983;99:1001–1009. Mattila L, Granfors K, Toivanen A: Br J Ophth 1982;66:209–12.

YERSINIAVILJELY

Lyhenne: F-YersVi (2989)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Yersiniat aiheuttavat kuumeisia ripuli- ja vatsatauteja, erythema nodosumia, artriitteja ja Reiterin syndroomaa. Bakteeri voi myös aiheuttaa appendisiittia simuloivan mesenteriaalilymfadeniitin, jolloin ulostenäytteen lisäksi on aiheel-lista viljellä myös appendix. Tavallisimmat Suomessa todetut yersiniat ovat Y. enterocolitica 3 ja 9. Ks. myös Ulosteviljely 1.

Indikaatiot: Epäily Yersinia-infektiosta.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete.

Näyte: Ulostetta normaaliin ulostenäytepurkkiin. Mikäli näytettä ei voida heti toimittaa laboratorioon, on se säilytettävä jääkaapissa.

Menetelmä: Bakteeriviljely, selektiivinen viljelyalusta (CIN), kylmärikas-tukset, biokemialli-nenidentifikaatiojaserologinentyypitys.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Positiivinen tulos saadaan yleensä 3 vrk:n kuluessa, lopullinen vastaus kestää noin 10 vrk. bakteerin rikastuskäsittelystä johtuen. Positiiviset löydökset ilmoitetaan hoitavalle lääkärille myös puhelimitse.

Tulkinta: Normaalitulos negatiivinen. Potilaan saama antibakteeri-lääkitys voi aiheut-taa negatiivisen viljelytuloksen. Joskus, varsinkin rikastusviljelyistä, saadaan eristetyksi yersinioita, jotka serotyypiltään poikkeavat tavallisesta tautia-aihe-uttavista. Tällaisia ’apatogeeneja’ yersinioita on tavattu 1–2 %:lla normaalivä-estöstä.

Page 311: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

311

Y-KROMOSOMIN MIKRODELEETION TUTKIMUS

Lyhenne: B -Ydel-D (12017) Ts-Ydel-D (12259)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7458

Yleistä: Y-kromosomissa sijaitsee kivesten kehityksen ohjaavan geenin (SRY) lisäksi useita geenejä, jotka ovat tärkeitä spermatogeneesissä. Niitä Y-kromosomin pitkän varren eukromatiinialueita, joilla näitä geenejä sijaitsee, kutsutaan AZF-alueiksi. AZF-alueet jaetaan tavallisesti kolmeen eri alueeseen (a, b ja c). Näillä alueilla sijaitsevien Y-kromosomin mikrodeleetioiden on havaittu as-sosioituvan miehen hedelmättömyyteen ja kirjallisuuden mukaan noin 7 %:lla hedelmättömistä miehistä on havaittavissa Y-kromosomin mikrodeleetio. Tämä frekvenssi on kuitenkin paljolti riippuvainen tutkimukseen lähetettyjen potilaiden valintakriteereistä. Erityisen yleisiä mikrodeleetiot ovat azoospermi-silla miehillä. Yleensä mikrodeleetiot ovat sporadisia eli mutaatio on tapahtu-nut hedelmättömän miehen isän ituradassa. Mikrodeleetio voi kuitenkin periy-tyä isältä pojalle ICSI- ja IVF-hoidon myötä, ja siten on mahdollista, että myös hedelmättömyys periytyy.

Indikaatiot: Miehen hedelmättömyyden syyn selvittäminen erityisesti niillä miehillä, joilla on todettu azoospermia tai vaikea oligozoospermia.

Lähete: DNA-tutkimuslähete.

Näyte: 5-10 ml EDTA-verta.

Lähetys: EDTA-verinäyte lähetetään huoneenlämmössä. Perjantaina otetut näytteet voi säilyttää viikonlopun ajan jääkaapissa ja postittaa maanantaina.

Menetelmä: Spermatogeneesin kannalta tärkeille Y-kromosomialueille sijoittuvien 8 mark-kerin multiplex-PCR-monistus ja analysointi agaroosigeelielektroforeesilla.

Vastausaika: 2-4 viikkoa.

Tulkinta: Testatut markkerit havaitsevat yli 90 % Y-kromosomin AZFa-, AZFb- ja AZFc-alueilla kuvatuista deleetioista.

YSKöSVILJELY

Lyhenne: Ex-BaktVi (3493)

Tiedustelut: Laboratorio: (02) 333 7415, lääkäri: (02) 333 7413

Yleistä: Yskösnäytteellä tutkitaan ylähengitysteiden patogeeneja bronkiitti- tai pneu-moniatapauksissa. Yskösnäytteen antama informaatio ei ole yksiselitteinen, koskanäyteonainakontaminoitunutnielunnormaaliflooralla, joka toisaalta

Page 312: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

312

sisältää useita potentiaaleja pneumonian aiheuttajia. Tbc ja legionella eivät tule esille tavallisessa yskösviljelyssä, vaan ne on pyydettävä erikseen.

Indikaatiot: Epäily bakteeriperäisestä pneumoniasta tai bronkiitista.

Lähete: Bakteriologisten tutkimusten lähete tai asiakkaan oma lähete. Legionella on pyydettävä erikseen. Haettu, mahdollinen taudinaiheuttaja kannattaa maini-ta, myös muut lähetteen tiedot parantavat tutkimuksen osuvuutta (’avohoidon pneumonia’, ’sairaalapneumonia’, ’alkoholistin pneumonia’).

Näyte: Näyte otetaan mieluummin aamulla ennen ruokailua ja hampaiden pesun jäl-keen. Näytteen tulisi olla ysköstä eikä sylkeä. Yskösnäyte pilaantuu erittäin nopeasti ja se on saatava laboratorioon saman työpäivän aikana. Näytteen jäähdyttäminen hidastaa pilaantumista. Bronkusaspiraatti ja trakealima kä-sitellään kuten yskös. Sen sijaan transtrakeaaliaspiraatti ja kaksoiskatetrilla otettu bronkoskopianäyte pyydetään omina tutkimuksinaan.

Menetelmä: Näytteen tarkastelu, värjäys, semikvantitatiivinen viljely, biokemialliset tunnis-tustestit.

Tekotiheys: Arkipäivisin. Tutkimuksen kesto yleensä 2–4 vrk.

Tulkinta: Värjäyksellä pyritään arvioimaan näytteen edustavuus, johon viljelylöydökset on suhteutettava. Levyepiteelisolut paljastavat näytteen kontaminoituneen syljellä.

Page 313: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

313

Lyhenteiden mukainen aakkosjärjestys

123B- 1555-D ............................49Ts- 1555-D ............................49

AB- ACH-D ............................47Ts- ACH-D ............................47S- AdenAbG ........................44Li- AdenAbG ........................44 -AdenAbG .....................220F- AdenAg ...........................44 -AdenAg ..........................43 -AdeNhO .........................45 -AdeVi .............................46S- AdrAb ............................183Rvir- Ag .................................242S- ANA ...............................289 ANAAbAn ........................91S- ANA-IB ..........................291S- ANA-Ty .........................294S- ANCA ............................220S- ANCA-T ........................220B- ARPKD-D ......................235Ts- ARPKD-D ......................235S- ASCA ............................252B- AS-D ...............................51Ts- AS-D ...............................51 AspeAg ...........................53 AspeNhO ........................54S- AST .................................53S- ASTA ...............................52B- ATRX-D ...........................48Ts- ATRX-D ...........................48

B BakAnLm ........................56U- Baktalv ..........................307 Bakt-DNA-Lm ..................56U- BaktJVi ..........................307 BaktLm ............................56 BaktNhO .........................57Ps- BaktVi ...........................222

Ex- BaktVi ........................... 311Pu- BaktVi1 .........................216F- BaktVi1 .........................300Pu- BaktVi2 .........................217F- BaktVi2 .........................300F- BaktVi3 .........................300 -BokaNhO .......................59S- BopeAb ...........................61S- BopeAbG ........................61 BopeNhO ........................60 BopeVi ............................62S- BorAbJt ...........................64S- BorrAb .............................63Li- BorrAb .............................63S- BorrAb-L..........................65 BorrNhO ..........................66S- BrucAb ............................67

CP- C1Inh ..............................69P- C1INH ...........................106P- C1InhBk ..........................67P- C1INHBk .......................106P- C1q ...............................154P- C1qAbG ........................155P- C1r ................................154P- C1s ...............................154P- C2 .................................156P- C3 .................................106P- C3 .................................158P- C3Aktt ...........................157P- C4 .................................106P- C4 .................................158P- C4Aktt ...........................159P- C5 .................................164P- C6 .................................164P- C7 .................................164P- C8 .................................164P- C9 .................................164B- CADA-D ..........................70Ts- CADA-D ..........................70P- CAktt .............................153

Page 314: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

314

S- CampAb ........................146F- CampVi .........................146S- CCPAb ..........................260S- CH100 ...........................162S- CH100Al .......................162S- CH100Cl .......................162S- CH100L .........................162B- CHARG-D .......................76Ts- CHARG-D .......................76S- ChpnAb ...........................78Li- ChpnAb ...........................78 ChpnNhO ........................77S- ChtrAbG ..........................79 -ChtrVi .............................79S- CIC ................................139 CldtyNhO ........................80S- ClteAb ...........................279S- ClteAbG ........................279B- CMT-D ............................73Ts- CMT-D ............................73S- CMVAb ..........................275Li CMVAb ..........................275P- CMVNh .........................274U- CMVNh .........................274Li- CMVNhO ......................120 CMVNhO ......................273B- CMVNhO ......................273Li- CMVNhO ......................273U- CMVVi ...........................275 -CMVVi .........................275S- CodiAb ............................82 CodiNhO .........................81 CodiVi .............................85B- Cx26-D ..........................233Ts- Cx26-D ..........................233B- Cx32-D ............................75Ts- Cx32-D ............................75

DB- Denys-D ..........................83Ts- Denys-D ..........................83B- DM2ALL-D ......................90B- DM-D ..............................89Ts- DM-D ..............................89B- DMLPA-D ........................88

Ts- DMLPA-D ........................88S- DNAdAb ..........................85 -DNAex ...........................83S- DNAnAb ..........................86B- DRPLA-D ........................84Ts- DRPLA-D ........................84

ES- EBVAb ............................96Li- EBVAb ............................96P- EBVNh ............................95Li- EBVNh ............................95Li- EBVNhO .......................120F- EHEC ............................299F- EHECTox ......................299S- EMA ................................92S- EMAbA ............................92S- EMAbA ..........................148S- EMAbG ...........................92S- ENAAb ..........................287S- EvirAb .............................94Li- EvirAb .............................94 -EvirAb ..........................220 EvirNhO ..........................93S- EvirNhO ..........................93 EvirNhO ..........................93 EvirNhO ........................250

FL- Fagosyt .........................181P- FakB .............................161P- FakBAkt ........................160B- FALS-D ...........................50Ts- FALS-D ...........................50B- FGFR2-D ......................168Ts- FGFR2-D ......................168B- FGFR3-D ......................184Ts- FGFR3-D ......................184M- FISH ..............................201 FISH ..............................203Am- FISHAn ...........................97B– FISHAn ...........................97B- FISHDel ........................169 FISH-Del .......................170 FISH-DG ....................... 112

Page 315: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

315

FISH-i-KLL ......................98 FISH-i-MM ......................98 FISH-MRD .................... 110 FISH-XY ........................ 113B- FraX-D ............................99Ts- FraX-D ............................99B- FRDA-D ........................101Ts- FRDA-D ........................101S- FrtuAb ...........................100S– FTAAbs .........................281 F-VREVi ........................302

GS- GadAb ...........................104S- GbmAb ..........................103 GcVi ..............................105B- GLA-D .............................96Ts- GLA-D .............................96S- GlpepAbA ......................148S- GlpepAbG .....................148

HP- HAE .............................106S- HAVAb........................... 113S- HAVAbM........................ 113S- HBcAb ........................... 114S- HBcAbM ........................ 114S- HBeAb .......................... 114S- HBeAg .......................... 114S- HBsAb ........................... 114S- HBsAg ........................... 114B- HCH-D ..........................134Ts- HCH-D ..........................134S- HCVAb .......................... 115 HCVAbCt ...................... 116S- HCVNhO ....................... 115 HCVNhO ....................... 115S- HepyAbG ......................108F- HepyAg .........................107Ts- HepyVi ..........................109S- HHV6Ab ........................122Li- HHV6Ab ........................122 -HHV6Ab .......................219Li- HHV6NhO .....................120Li- HHV6NhO .....................121

HHV6NhO .....................121S- HHV7Ab ........................128Li- HHV7Ab ........................128Li- HHV7NhO .....................120S- HistAb ...........................122 HIVAbCt ........................124S- HIVAgAb .......................123Li- HIVAgAb .......................123Ly- HLAB27 ........................173B- HLA-DR2 ......................127B- HLADRDq ....................124B- HLA-IDDM ....................126B- HLA-KEL .......................148B- HLAKeli .........................125 hMPVNhO .....................195B- HNPP-D ........................107Ts- HNPP-D ........................107B- HOGA-D .......................132Ts- HOGA-D .......................132B- HOKPP-D .....................133Ts- HOKPP-D .....................133S- HSP70Ab ......................127S- HSV1AbG ..................... 119Li- HSV1AbG ..................... 119 HSV1NhO .....................120S- HSV2AbG ..................... 119Li- HSV2AbG ..................... 119Li- HSV2NhO .....................120S- HSVAb .......................... 119Li- HSVAb .......................... 119 -HSVAb .........................219Li- HSVNhO ....................... 117 HSVNhO ....................... 117 -HSVPVi ........................ 118B- HT1-D ...........................297Ts- HT1-D ...........................297S- HTLVAb .........................129B- HUNT2-D ......................130Ts- HUNT2-D ......................130B- HUNT-D ........................129Ts- HUNT-D ........................129Li- HVirNhO .......................120B- HYPP-D ........................131Ts- HYPP-D ........................131

Page 316: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

316

IS- IBD-T ............................134Tf- IC ..................................139S- IgA .................................148S- IgG4 ..............................138S- IgG-Sc ...........................137S- IhotAb ...........................136S- IhovAb ...........................136S- InfAAbG ........................142Li- InfAAbG ........................142 -InfAAbG .......................220 -InfAAg ..........................141 InfANhO ........................144S- InfBAbG ........................143Li- InfBAbG ........................143 -InfBAbG .......................220 -InfBAg ..........................142 InfBNhO ........................144 InfNhO ..........................144 -InfVi .............................145B- IP-D ...............................140Ts- IP-D ...............................140B- ITD-D ............................279Ts ITD-D ............................279

JS- Jo-1Ab ..........................294

KLi- KardAb ..........................147S- Keli-S1 ..........................148S- Keli-S2 ..........................148S- Keli-T ............................148S- Keli-TL...........................148S- Keli-TS ..........................148L- Kemotax ........................151 KIIREVZV .....................153 KORONANhO ...............167B- KromHem ...................... 111Ts- KromHem ...................... 111Sk- Kromos .........................170Ts- Kromos .........................171Pl- Kromos .........................171Bm- Kromos .........................172B- Kromos .........................172

Cv- Kromos .........................256Am- Kromos .........................257B- KromProm .....................237S- KudosAb .......................176

LB- Lakt-D ...........................177B- LEBER-D ......................178Ts- LEBER-D ......................178S- LegiAb ...........................180 LegiVi ............................181 LepnNhO ......................179B- LGMD-D ..........................47Ts- LGMD-D ..........................47S- ListAb ............................182B- LITAF-D ..........................72Ts- LITAF-D ..........................72S- LKMAb ..........................190B- LPI-D .............................189Ts- LPI-D .............................189B- LyBmem ..........................58B- LyCMVTeT ....................185B- LyConS .........................185B- LyMark ..........................186B- LyPHAS ........................185B- LyPPDS ........................187B- LyPWMS .......................185B- LyTbIFN ........................210

MS- MBL...............................192B- MBL–D ..........................191B- MELAS-D ......................194Ts- MELAS-D ......................194B- MERRF-D .....................195Ts- MERRF-D .....................195B- MFN2-D ..........................74Ts- MFN2-D ..........................74B- MIRAS-D .......................197Ts- MIRAS-D .......................197S- MitoAb ...........................200Ts- Mitok-D .........................198S- MorbAb .........................286Li- MorbAb .........................286S- MPOAbG ......................206

Page 317: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

317

MPOAbG ......................220 MRSAVi.........................196B– MtPak-D ........................199Ts- MtPak-D ........................199B- MUENK-D .....................202Ts- MUENK-D .....................202B- Mut-D ............................287Ts- Mut-D ............................287B- MxA ...............................203 MycoHe .........................207 MycoNhO ......................209 MycoTy .........................208S- MypnAb .........................205Li- MypnAb .........................205 -MypnAb .......................219 MypnNho ......................204

NB- NARP-D ........................218Ts- NARP-D ........................218S- NatsuAb ........................218S- Neuro1 ..........................219Li- Neuro1 ..........................219S- Neuro2 ..........................220Li- Neuro2 ..........................220 NokaVi ..........................223F- NoroAg ..........................223B- Notch-D ...........................71Ts- Notch-D ...........................71B- NSD1-D ........................263Ts- NSD1-D ........................263

OB- OPA1-D ...........................87Ts- OPA1-D ...........................87B- OPMD-D .......................224Ts- OPMD-D .......................224

PB- P0-D ................................75Ts- P0-D ................................75S- ParoAb ..........................257Li- ParoAb ..........................257S- ParvAb ..........................230Li- ParvAb ..........................230

ParvNhO .......................229S- ParvNhO .......................229S- PDTAb ..........................231Li- Pi13AbG .......................226Li- Pi2AbG .........................227 PicoNhO .........................93 PicoNhO .......................250S- Pin13AbG .....................226 -Pin13AbG ....................220 -Pin1Ag .........................225S- Pin2AbG .......................227 -Pin2AbG ......................220 -Pin2Ag .........................225 -Pin3Ag .........................225 -PinfVi ...........................225B- PMC-D ..........................228Ts- PMC-D ..........................228S- PMDM-T .......................214B- PMP22-D ........................71Ts- PMP22-D ........................71 PncaNhO ......................234F- PoliVi .............................238P- PoVNh ..........................238 PoVNh ..........................238 Pr3Ab ............................220S- Pr3Ab ............................240P- Prop ..............................239S- PsolAb ..........................228S- PuumAb ........................241Li- PuumAb ........................241B- PWS-D ..........................236Ts- PWS-D ..........................236

R ResVirNhO ....................243S- RFAbM ..........................247 RinoNhO .........................93 RinoNhO .......................250 RinoNhO .......................250S- RNP70Ab ......................294S- RNPAb ..........................294F- RotaAg ..........................251S- RSVAbG .......................247Li- RSVAbG .......................247 -RSVAbG ......................219

Page 318: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

318

-RSVAbG ......................220 -RSVAg .........................244 RSVNhO .......................245 -RSVVi ..........................246S– RT .................................248S- RubeAb .........................305Li- RubeAb .........................305

SS- SalmAb .........................253 SalmTy ..........................253F- SalmVi ..........................253 -SARSNhO ...................254B- SBMA-D ........................152Ts- SBMA-D ........................152P- SC5b-9 ..........................166B- SCA10-D .......................266Ts- SCA10-D .......................266B- SCA12-D .......................267Ts- SCA12-D .......................267B- SCA17-D .......................267Ts- SCA17-D .......................267B- SCA1-D .........................265Ts- SCA1-D .........................265B- SCA2-D .........................268Ts- SCA2-D .........................268B- SCA3-D .........................269Ts- SCA3-D .........................269B- SCA6-D .........................270Ts- SCA6-D .........................270B- SCA7-D .........................270Ts- SCA7-D .........................270B- SCA8-D .........................271Ts- SCA8-D .........................271S- Scl70Ab ........................294S- SentAb ..........................255S- SentAb ..........................294F- ShigVi ...........................256S- SiliAb .............................258S- SindAb ..........................259B- SLC7-D .........................188Ts- SLC7-D .........................188S- SmAb ............................294B- SMA-D ..........................264Ts- SMA-D ..........................264

B- SMLPA-D ......................265Ts- SMLPA-D ......................265B- SOD1-D ..........................50Ts- SOD1-D ..........................50B- SoDel-D ........................262Ts- SoDel-D ........................262B- SPAST-D .......................232Ts- SPAST-D .......................232S- SSAAb ..........................294S- SSBAb ..........................294S- StpnAb ..........................234S- StrDNAb ........................272

TB- T1D-gen ........................298S- TBEAb ..........................242Li- TBEAb ..........................242B- TbIFNg ..........................212B- TD-D .............................276Ts TD-D .............................276S- TeikAb ...........................277B- Telo-FISH ......................278S- ToxoAb ..........................280Li TPHA ............................282S- TPOAb ..........................295S- TPOAb ..........................296S- TPOAb ..........................296Am- TriNhO ..........................284Cv- TriNhO ..........................284S- TrombAb .......................285S- TrpaAb ..........................283S- TSHRAb ........................285S- tTGAbA .........................148S- tTGAbA .........................175S- tTGAbG .........................148S- tTGAbG .........................175S- TyglAb ...........................296S- TymsAb .........................296S- TYMSAb .......................296

U UrurNho ........................301

VSk- ViN2 ..............................306

Page 319: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

319

VirVi ..............................308S- VZVAb ...........................305Li- VZVAb ...........................305 -VZVAb .........................219 -VZVAg .........................303Li- VZVNhO .......................120Li- VZVNhO .......................304 -VZVNhO ......................304

YB- Ydel-D ........................... 311Ts- Ydel-D ........................... 311S- YersAb ..........................309F- YersVi ............................310

Page 320: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

320

Kuntaliittonumero ja lyhenne

138 S-ClteAbG .....................279231 S-KudosAb ....................176234 P-C2 ..............................156235 P-HAE ..........................106720 P-C1q ............................154902 B-KromProm .................237903 Sk-ViN2 .........................3061011 F-AdenAg ........................441100 S-ASTA ...........................521101 S-AST .............................531149 BaktLm ............................561205 S-BrucAb ........................671209 P-C1Inh ...........................691253 S-CodiAb ........................821254 CodiVi .............................851259 S-DNAdAb ......................851261 S-DNAnAb ......................861335 S-EBVAb .........................961456 S-GbmAb ......................1031506 GcVi ..............................1051602 S-HAVAbM .................... 1131604 S-HBeAg ....................... 1141605 S-HBsAg ....................... 1141606 S-HBcAb ....................... 1141607 S-HBeAb ....................... 1141608 S-HBsAb ....................... 1141615 S-HSVAb ....................... 1191657 S-IhotAb ........................1361658 S-IhovAb .......................1361749 HCVAbCt ...................... 1161752 HHV6NhO .....................1211754 HIVAbCt ........................1241775 S-PuumAb ....................2411781 -VZVNhO ......................3041788 F-VREVi ........................3021816 AspeAg ...........................531826 CodiNhO .........................811844 Li-EBVAb ........................961845 F-EHECTox ...................2991860 HSVNhO ....................... 1171861 Li-HSV1AbG ................. 1191862 S-HSV1AbG .................. 119

1863 Li-HSV2AbG ................. 1191864 S-HSV2AbG .................. 1191869 Li-HHV6NhO .................1211870 Li-HHV6Ab ....................1221874 Li-InfAAbG ....................1421885 S-tTGAbA ......................1751886 S-tTGAbG .....................1751904 -Pin1Ag .........................2251907 -Pin2Ag .........................2251908 -Pin3Ag .........................2251915 Li-ParoAb ......................2571917 EvirNhO ..........................931917 PicoNhO .........................931917 PicoNhO .......................2501917 RinoNhO .........................931926 Li-TBEAb ......................2421929 Li-RSVAbG ...................2471934 Li-RubeAb .....................3052021 F-CampVi ......................1462059 -ChtrVi .............................792150 Am-Kromos ...................2572151 B-Kromos ......................1722152 Bm-Kromos ...................1722154 Sk-Kromos ....................1702205 S-LegiAb .......................1802206 LegiVi ............................1812229 L-Fagosyt ......................1812256 S-ListAb ........................1822258 S-AdrAb ........................1832277 B-LyConS......................1852278 B-LyPHAS .....................1852279 B-LyMark.......................1862280 B-LyPWMS ...................1852313 S-LKMAb ......................1902357 S-MitoAb .......................2002366 MycoTy .........................2082367 S-MypnAb .....................2052394 L-Kemotax ....................1512403 NokaVi ..........................2232459 S-PsolAb .......................2282471 S-BopeAb .......................612472 BopeVi ............................62

Page 321: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

321

2481 S-StpnAb ......................2342579 Rvir-Ag ..........................2422594 F-RotaAg ......................2512607 S-SalmAb ......................2532608 F-SalmVi .......................2532620 F-ShigVi ........................2562633 S-ParoAb ......................2572634 S-SiliAb .........................2582700 S-StrDNAb ....................2722727 S-CMVAb ......................2752728 U-CMVVi .......................2752732 S-TeikAb .......................2772738 S-ClteAb .......................2792815 S-MorbAb ......................2862816 S-FrtuAb .......................1002819 S-ANA ...........................2892829 S-TyglAb .......................2962831 S-TymsAb .....................2962923 S-VZVAb .......................3052960 S-RubeAb .....................3052975 VirVi ..............................3082985 S-YersAb .......................3092989 F-YersVi ........................3103022 S-ENAAb ......................2873050 S-CIC ............................1393051 Tf-IC ..............................1393058 S-CampAb ....................1463066 P-C3Aktt .......................1573067 P-C4Aktt .......................1593075 Ly-HLAB27....................1733090 B-LyPPDS .....................1873154 U-Baktalv ......................3073192 S-IgG-Sc .......................1373263 LiTPHA ..........................2823312 S-BopeAbG .....................613316 S-RFAbM ......................2473317 S-RNPAb ......................2943322 S-SSAAb .......................2943323 S-SSBAb .......................2943324 S-SmAb ........................2943346 S-HAVAb ....................... 1133347 S-HBcAbM .................... 1143362 Li-KardAb ......................1473442 F-BaktVi1 ......................3003443 F-BaktVi2 ......................300

3465 F-PoliVi .........................2383473 S-HIVAgAb ....................1233490 BakAnLm ........................563491 Pu-BaktVi1 ....................2163492 Pu-BaktVi2 ....................2173493 Ex-BaktVi ...................... 3113527 S-SindAb .......................2593529 -VZVAg .........................3033548 S-HistAb ........................1223552 S-BorrAb .........................633584 F-BaktVi3 ......................3003604 SalmTy ..........................2533612 S-ANCA ........................2203631 Li-MorbAb .....................2863632 Li-VZVAb .......................3053637 Li-HIVAgAb ...................1233638 Li-PuumAb ....................2413641 Cv-Kromos ....................2563652 S-SentAb ......................2553729 S-EMA .............................923741 Ts-Kromos .....................1713756 S-TBEAb .......................2423765 S-Scl70Ab .....................2943767 S-Jo-1Ab .......................2943777 U-BaktJVi ......................3073815 S-HCVAb ...................... 1153856 S-CH100Cl ....................1623857 S-CH100Al ....................1623907 S-ToxoAb ......................2803952 F-HepyAg ......................1073954 S-HepyAbG ...................1083975 Li-BorrAb .........................634028 S-TPOAb ......................2954028 S-TPOAb ......................2964100 S-ChtrAbG ......................794103 F-EHEC ........................2994112 B-FraX-D .........................994117 Ts-HepyVi .....................1094119 S-HTLVAb .....................1294149 S-MPOAbG ...................2064149 MPOAbG ......................2204156 S-ParvAb ......................2304160 Pr3Ab ............................2204160 S-Pr3Ab ........................2404171 S–FTAAbs .....................281

Page 322: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

322

4202 BorrNhO ..........................664209 -DNAex ...........................834228 S-IgG4 ..........................1384244 MycoNhO ......................2094245 MycoHe .........................2074288 B-AS-D ............................514290 Ps-BaktVi ......................2224306 Ts-FraX-D .......................994314 S-HCVNhO ................... 1154325 Pl-Kromos .....................1714344 S-ParvNhO ...................2294345 BopeNhO ........................604348 B-PWS-D ......................2364350 -RSVVi ..........................2464351 -RSVAg .........................2444357 B-SCA1-D .....................2654358 MRSAVi.........................1964359 CMVNhO ......................2734369 -AdenAg ..........................434371 S-AdenAbG .....................444372 Li-AdenAbG ....................444381 BaktNhO .........................574384 ChpnNhO ........................774390 S-EMAbA ........................924391 S-EMAbG ........................924392 EvirNhO ..........................934400 S-GadAb .......................1044401 -HSVPVi ........................ 1184404 Li-HSVNhO ................... 1174407 Li-HSVAb ...................... 1194409 S-HHV6Ab ....................1224415 -InfAAg ..........................1414416 -InfBAg ..........................1424419 S-InfAAbG .....................1424428 LepnNhO ......................1794439 MypnNho ......................2044440 Li-MypnAb .....................2054446 PncaNhO ......................2344455 S-RSVAbG ....................2474505 S-ANA-Ty ......................2944545 P-C3 ..............................1584546 P-C4 ..............................1584551 B-KromHem .................. 1114552 Ts-KromHem ................. 1114584 Li-HHV7Ab ....................128

4585 S-HHV7Ab ....................1284614 B-Lakt-D ........................1774620 ParvNhO .......................2294640 B-HLAKeli .....................1254648 B-DM-D ...........................894649 Ts-DM-D ..........................894656 B-HUNT-D .....................1294664 B-MELAS-D ..................1944665 Ts-MELAS-D .................1944666 B-NARP-D ....................2184667 Ts-NARP-D ...................2184668 B-MERRF-D ..................1954669 Ts-MERRF-D ................1954672 B-LEBER-D ...................1784673 Ts-LEBER-D .................1784744 S-CCPAb ......................2604749 LiCMVAb .......................2754770 B-FISHDel .....................1694773 -SARSNhO ...................2544775 P-EBVNh ........................954777 P-CMVNh ......................2744780 S-EvirNhO .......................934784 RinoNhO .......................2504799 Am-FISHAn .....................974815 B–FISHAn .......................974880 S-ASCA .........................2524889 B-DM2ALL-D ..................904896 InfANhO ........................1444897 -AdeNhO .........................454941 S-CH100 .......................1624942 S-TrpaAb.......................2834955 S-ChpnAb .......................784956 Li-ChpnAb .......................784957 S-InfBAbG .....................1434965 S-TSHRAb ....................2854976 S-CH100L .....................1624980 B-MxA ...........................2036028 S-NatsuAb ....................2186059 Am-TriNhO ....................2846061 Cv-TriNhO .....................2846062 -BokaNhO .......................596077 AspeNhO ........................546090 P-C1InhBk ......................676091 P-FakB ..........................1616173 B-TbIFNg ......................212

Page 323: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

323

6174 B-LyTbIFN.....................21010297 Ts-Mitok-D .....................19810466 ANAAbAn ........................9110470 P-CAktt .........................15310474 P-Prop ...........................23910478 B–MtPak-D ...................19910484 P-C1r ............................15410485 P-C1s ............................15410529 B-HLA-IDDM .................12610650 S-TPOAb ......................29610651 S-TYMSAb ....................29610899 UrurNho ........................30110982 P-SC5b-9 ......................16611002 B-CMT-D .........................7311544 B-Cx32-D ........................7511545 B-HYPP-D .....................13111546 B-HOKPP-D ..................13311679 B-Cx26-D ......................23311723 B-Telo-FISH ..................27811742 B-PMC-D ......................22811757 M-FISH .........................20111839 B-SOD1-D .......................5011841 B-FGFR2-D ...................16811860 B-NSD1-D .....................26311861 B-SPAST-D ...................23211862 B-ARPKD-D ..................23511874 FISH-DG ....................... 11211875 FISH-MRD .................... 11011877 FISH-XY ........................ 11311891 B-FGFR3-D ...................18411893 B-P0-D ............................7511894 B-PMP22-D .....................7111895 B-GLA-D .........................9611896 B-SLC7-D .....................18811901 B-HNPP-D ....................10711943 S-ANCA-T .....................22011992 B-ACH-D .........................4711995 B-LGMD-D ......................4711996 B-FALS-D ........................5011998 B-CADA-D ......................7012000 B-DRPLA-D ....................8412003 B-FRDA-D .....................10112005 B-HUNT2-D ..................13012006 B-HOGA-D ....................13212007 B-HCH-D .......................134

12008 B-IP-D ...........................14012009 B-SBMA-D ....................15212010 B-LPI-D .........................18912011 B-OPMD-D ....................22412013 B-SMA-D .......................26412015 B-ITD-D .........................27912016 B-HT1-D ........................29712017 B-Ydel-D ....................... 31112027 B-Notch-D .......................7112048 FISH-i-MM ......................9812049 FISH-i-KLL ......................9812131 B-MIRAS-D ...................19712166 B-LyCMVTeT .................18512171 FISH-Del .......................17012172 FISH ..............................20312178 Ts-ACH-D ........................4712179 Ts-LGMD-D .....................4712180 Ts-FALS-D ......................5012181 Ts-SOD1-D .....................5012182 Ts-CADA-D .....................7012183 Ts-Notch-D ......................7112184 Ts-CMT-D ........................7312185 Ts-HNPP-D ...................10712186 Ts-P0-D ...........................7512187 Ts-PMP22-D ...................7112188 Ts-MFN2-D .....................7412189 Ts-Cx32-D .......................7512190 Ts-DRPLA-D ...................8412192 B-ATRX-D .......................4812193 Ts-ATRX-D ......................4812194 B-1555-D ........................4912195 Ts-1555-D .......................4912198 Ts-AS-D ..........................5112199 Ts-MIRAS-D ..................19712200 Ts-OPMD-D ..................22412202 B-MFN2-D .......................7412203 Ts-GLA-D ........................9612204 Ts-FGFR2-D .................16812205 Ts-FGFR3-D .................18412206 B-MUENK-D .................20212207 Ts-MUENK-D ................20212210 Ts-FRDA-D ...................10112211 Ts-HUNT-D ...................12912212 Ts-HUNT2-D .................13012213 Ts-HYPP-D ...................131

Page 324: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

324

12214 Ts-HOGA-D ...................13212215 Ts-HOKPP-D .................13312218 Ts-HCH-D .....................13412219 Ts-IP-D ..........................14012220 Ts-SBMA-D ...................15212221 Ts-Cx26-D .....................23312228 Ts-LPI-D ........................18912229 Ts-SLC7-D ....................18812231 Ts-MtPak-D ...................19912232 Ts-PMC-D .....................22812233 Ts-SPAST-D ..................23212234 Ts-ARPKD-D .................23512235 Ts-PWS-D .....................23612236 Ts-NSD1-D ....................26312237 Ts-SMA-D .....................26412238 Ts-SCA1-D ....................26512239 B-SCA2-D .....................26812240 Ts-SCA2-D ....................26812241 B-SCA3-D .....................26912242 Ts-SCA3-D ....................26912243 B-SCA6-D .....................27012244 Ts-SCA6-D ....................27012245 B-SCA7-D .....................27012246 Ts-SCA7-D ....................27012247 B-SCA8-D .....................27112248 Ts-SCA8-D ....................27112249 B-SCA10-D ...................26612250 Ts-SCA10-D ..................26612251 B-SCA12-D ...................26712252 Ts-SCA12-D ..................26712253 B-SCA17-D ...................26712254 Ts-SCA17-D ..................26712255 B-TD-D ..........................27612256 TsTD-D ..........................27612257 TsITD-D .........................27912258 Ts-HT1-D ......................29712259 Ts-Ydel-D ...................... 31112264 B-Denys-D ......................8312265 Ts-Denys-D .....................8312283 B-Mut-D ........................28712284 Ts-Mut-D .......................28712285 B-DMLPA-D ....................8812286 Ts-DMLPA-D ...................8812287 B-SMLPA-D ..................26512288 Ts-SMLPA-D .................265

12289 B-LITAF-D .......................7212290 Ts-LITAF-D ......................7212313 S–RT .............................24812348 B-SoDel-D .....................26212349 Ts-SoDel-D ...................26212392 S-Keli-TS ......................14812429 P-C1qAbG ....................15512430 S-IBD-T .........................13412432 S-HSP70Ab ..................12712518 CldtyNhO ........................8012528 F-NoroAg ......................22312549 S-PMDM-T ....................21412560 B-HLADRDq .................12412561 B-T1D-gen ....................29812603 S-TrombAb....................28512606 S-BorrAb-L ......................6512612 S-BorAbJt .......................6412632 S-MBL ...........................19212633 B-MBL–D ......................19112681 B-LyBmem ......................5813004 Ts-CHARG-D ..................7613005 B-CHARG-D ...................7613006 B-OPA1-D .......................8713007 Ts-OPA1-D ......................8713058 S-Keli-S1 .......................14813059 S-Keli-S2 .......................14820048 P-FakBAkt .....................16020054 S-Keli-T .........................14820120 S-Keli-TL .......................14820155 S-ANA-IB ......................291

Page 325: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

325

AUTOIMMUUNITAUTIEN TUTKIMUKSET

SIDEKUDOSTAUTIEN DIAGNOSTIIKKADNA, VASTA-AINEET (NATIIVI) ..................................................................................................86ENA- JA TUMAVASTA-AINEIDEN ANALYYSI ............................................................................91HISTONI, VASTA-AINEET .........................................................................................................122MYOSIITTITUTKIMUS ..............................................................................................................214SENTROMEERI, VASTA-AINEET .............................................................................................255TUMA, LIUKOISET ANTIGEENIT, VASTA-AINEET ..................................................................287TUMA, VASTA-AINEET .............................................................................................................289TUMA, VASTA-AINEET, IMMUNOBLOTTAUS ..........................................................................291TUMA, VASTA-AINEET, TYYPITYS ..........................................................................................294

REUMATUTKIMUKSETREUMAFAKTORI, IGM .............................................................................................................247REUMATUTKIMUS ...................................................................................................................248KUDOSANTIGEENI B27 ...........................................................................................................173SITRULLIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET .....................................................................................260

VASKULIITTITUTKIMUKSETIMMUNOKOMPLEKSIT (PIPA) .................................................................................................139MYELOPEROKSIDAASI, VASTA-AINEET ................................................................................206NEUTROFIILIEN SYTOPLASMA-ANTIGEENI, VASTA-AINEET ..............................................220PROTEINAASI 3, VASTA-AINEET ............................................................................................240GLOMERULUSTYVIKALVO, VASTA-AINEET ..........................................................................103

KELIAKIATUTKIMUKSETENDOMYSIUM, VASTA-AINEET ................................................................................................92GLIADIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET, IGA JA IGG ....................................................................102HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, KELIAKIA ....................................................................125KELIAKIATUTKIMUS ................................................................................................................148KUDOSTRANSGLUTAMINAASI, VASTA-AINEET ....................................................................175

KOMPLEMENTTITUTKIMUKSETC1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, AKTIIVISUUS ........................................................................67C1-ESTERAASIN INHIBIITTORI, PITOISUUS ...........................................................................69HAE-TUTKIMUS ........................................................................................................................106KOMPLEMENTIN AKTIVAATIOTUTKIMUS ..............................................................................153KOMPLEMENTTI C1q, C1R, C1S, PITOISUUS ......................................................................154KOMPLEMENTTI C1q, VASTA-AINEET ..................................................................................155KOMPLEMENTTI C2, PITOISUUS ...........................................................................................156KOMPLEMENTTI C3 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C3D) ..........................................................157

Tutkimukset ryhmittäin

Page 326: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

326

KOMPLEMENTTI C3 JA C4, PITOISUUDET ............................................................................158KOMPLEMENTTI C4 + AKTIVAATIOTUOTTEET (C4D) ..........................................................159KOMPLEMENTTI FAKTORI B + AKTIVAATIOTUOT-TEET (BB) ..............................................160KOMPLEMENTTI FAKTORI B, PITOISUUS .............................................................................161KOMPLEMENTTI, KOKONAISAKTIIVISUUS (KLASSINEN, VAIHTOEHTOINEN JA LEKTIINITIE) .............................................................................................................................162KOMPLEMENTTI C5, C6, C7, C8, C9, PITOISUUDET ............................................................164KOMPLEMENTIN PUUTOSTUTKIMUS ...................................................................................165KOMPLEMENTTI, SC5B-9-KOMPLEKSI..................................................................................166KUDOSNESTEEN KOMPLEMENTTITUTKIMUKSET ..............................................................174MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, GEENITUTKIMUS ................................................................191MANNOOSIA SITOVA LEKTIINI, PITOISUUS ..........................................................................192PROPERDIINI, PITOISUUS ......................................................................................................239

MAKSATUTKIMUKSET (AUTOIMMUUNI)KUDOSVASTA-AINEET ............................................................................................................176MAKSA- JA MUNUAISMIKROSOMI, VASTA-AINEET ..............................................................190MITOKONDRIO, VASTA-AINEET .............................................................................................200SILEÄLIHAS, VASTA-AINEET...................................................................................................258IMMUNOGLOBULIINI IGG4 ......................................................................................................138

TULEHDUKSELLISET SUOLISTOSAIRAUDET IBD-TUTKIMUS .........................................................................................................................134SACCHAROMYCES CEREVISIAE, VASTA-AINEET ...............................................................252

KILPIRAUHASTUTKIMUKSETTSH-RESEPTORI, VASTA-AINEET ..........................................................................................285TYREOIDEAPEROKSIDAASI (TPO), VASTA-AINEET .............................................................295TYREOIDEA, VASTA-AINEET 1 JA 2 .......................................................................................296

IHON RAKKULATAUTIEN DIAGNOSTIIKKAIHON EPITEELIN TYVIKALVON VASTA-AINEET ....................................................................136IHON EPITEELIN VÄLIAINEEN VASTA-AINEET......................................................................136

MUUT AUTOIMMUUNITAUDITPARIETAALISOLU, VASTA-AINEET .........................................................................................228 LISÄMUNUAINEN, VASTA-AINEET..........................................................................................183 TROMBOSYYTTI, VASTA-AINEET ...........................................................................................285HSP-70 VASTA AINEET, IMMUNOBLOTTAUS ........................................................................127

IMMUUNIPUUTOSTAUTIEN DIAGNOSTIIKKA (KOMPLEMENTTITUTKIMUKSET, KS. AUTOIMMUUNITAUDIT)IMMUNOGLOBULIINI IGG, ALALUOKAT .................................................................................137KEMOTAKSIS JA KEMILUMINESENSSI ..................................................................................151LEUKOSYYTIT, FAGOSYTOINTIKYKY JA SOLUNSISÄINEN TAPPO ....................................181

Page 327: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

327

LYMFOSYYTTIEN PHA STIMULAATIOLYMFOSYYTTIEN CON-A STIMULAATIOLYMFOSYYTTIEN PWM STIMULAATIO ..................................................................................185LYMFOSYYTTIEN PINTAMARKKERIT/ALALUOKAT ...............................................................186LYMFOSYYTTIEN PPD STIMULAATIO ....................................................................................187PDT, VASTA-AINEET (PERTUSSIS, DIFTERIA, TETANUS) ....................................................231

BAKTEERISEROLOGIA

ANTISTAFYLOLYSIINI ...............................................................................................................52ANTISTREPTOLYSIINI ...............................................................................................................53BORDETELLA PERTUSSIS, VASTA-AINEET ............................................................................61BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET............................................................................63BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, JATKOTUTKIMUS ............................................64BORRELIA BURGDORFERI, VASTA-AINEET, LAAJA ...............................................................65BRUCELLA, VASTA-AINEET ......................................................................................................67CHLAMYDIA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET ...........................................................................78CHLAMYDIA TRACHOMATIS, IGG VASTA-AINEET ..................................................................79CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, VASTA-AINEET ...........................................................82FRANCISELLA TULARENSIS, VASTA-AINEET .......................................................................100HELICOBACTER PYLORI, IGG VASTA-AINEET .....................................................................108KAMPYLOBAKTEERI, VASTA-AINEET ....................................................................................146KARDIOLIPIINI (LUES), VASTA-AINEET LIKVORISTA ............................................................147LEGIONELLA, VASTA-AINEET .................................................................................................180LISTERIA, VASTA-AINEET .......................................................................................................182MYCOPLASMA PNEUMONIAE, VASTA-AINEET .....................................................................205PDT, VASTA-AINEET (PERTUSSIS, DIFTERIA, TETANUS) ....................................................231PNEUMOKOKKIPOLYSAKKARIDI, VASTA-AINEET ................................................................234SALMONELLA, VASTA-AINEET ...............................................................................................253STREPTOKOKKI DNAASI, VASTA-AINEET .............................................................................272TEIKKOHAPPO, VASTA-AINEET .............................................................................................277TETANUS (CLOSTRIDIUM TETANI), VASTA-AINEET .............................................................279TOXOPLASMA, VASTA-AINEET ..............................................................................................280TREPONEMA PALLIDUM, FTA-ABSORPTIO ..........................................................................281TREPONEMA PALLIDUM HEMAGGLUTINAATIO (TPHA) LIKVORISTA .................................282TREPONEMA PALLIDUM, VASTA-AINEET SEERUMISTA .....................................................283YERSINIA, VASTA-AINEET ......................................................................................................309

BAKTERIOLOGISET VILJELYTUTKIMUKSET

BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS (AEROBIBAKTEERI, ANAEROBIBAKTEERI).............................................................................56BORDETELLA PERTUSSIS, VILJELY ........................................................................................62CHLAMYDIA TRACHOMATIS, VILJELY .....................................................................................79DIFTERIAVILJELY .......................................................................................................................85

Page 328: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

328

GONOKOKKIVILJELY ...............................................................................................................105HELICOBACTER PYLORI, VILJELY .........................................................................................109KAMPYLOBAKTEERIVILJELY ..................................................................................................146LEGIONELLA, VILJELY ............................................................................................................181METISILLIINI-RESISTENTIN STAPHYLOCOCCUS AUREUKSEN (MRSA) VILJELY .............196MYKOBAKTEERI, HERKKYYSMÄÄRITYS ..............................................................................207MÄRKÄVILJELY 1, AEROBINEN JA ANAEROBINEN VILJELY ...............................................216MÄRKÄVILJELY 2, AEROBINEN VILJELY ...............................................................................217NIELUVILJELY ..........................................................................................................................222NOCARDIAVILJELY ..................................................................................................................223SALMONELLAVILJELY, SALMONELLATYYPITYS ..................................................................253SHIGELLAVILJELY....................................................................................................................256ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- VILJELY .................................................299ULOSTEVILJELY 1, ULOSTEVILJELY 2, ULOSTEVILJELY 3 .................................................300VANKOMYSIINIRESISTENTIN ENTEROKOKIN (VRE) SEULONTA ULOSTEESTA ...............302VIRTSAVILJELY; SEULONNAN POSITIIVINEN, PORRASTETTU (TYYPITYS JA HERKKYYSMÄÄRITYS) ...........................................................................................................307YERSINIAVILJELY ....................................................................................................................310YSKöSVILJELY ........................................................................................................................311

BAKTERIOLOGISET PCR-TUTKIMUKSET

BAKTEERIN LAJIMÄÄRITYS PCR-TUOTTEEN SEKVENSOINNILLA ......................................56BAKTEERIN NUKLEIINIHAPON OSOITUS (BAKTEERI-PCR) ........................................................................................................................57BORDETELLA PERTUSSIS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................60BORRELIA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ......................................................................66CHLAMYDIA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..........................................77CLOSTRIDIUM DIFFICILE GENOTYYPITYS .............................................................................80CORYNEBACTERIUM DIPHTHERIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS ....................................81LEGIONELLA PNEUMOPHILA, NUKLEIINIHAPON OSOITUS................................................179MYCOPLASMA PNEUMONIAE, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ....................................204MYKOBAKTEERI-IDENTIFIKAATIO .........................................................................................208MYKOBAKTEERI, NUKLEIINIHAPON OSOITUS.....................................................................209PNEUMOCYSTIS CARINII, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................234UREAPLASMA UREALYTICUM, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...................................301

BAKTEERIANTIGEENIOSOITUSHELICOBACTER PYLORI, ANTIGEENITESTAUS ULOSTEESTA ..........................................107ULOSTEEN ENTEROHEMORRAAGINEN E. COLI- TOKSIINI ................................................299

DNA-TUTKIMUKSET, MLPA-POLYNEUROPATIATUTKIMUKSET

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1A -TAUTI, 17P11.2 -ALUEEN KOPIOLUVUN MÄÄRITYS ...........36HAURASHERMO-OIREYHTYMÄ (HNPP), 17P11.2-ALUEEN KOPIOLUVUN MÄÄRITYS .......63

Page 329: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

329

DNA-TUTKIMUKSET, POLYNEUROPATIAGEENIEN SEKVENSOINTITUTKIMUKSET

CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA 2 -TAUDIT, P0-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...........40CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 JA HNPP, PMP22-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..........32CHARCOT-MARIE-TOOTH 1 -TAUTI, CMT1C, LITAF-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...34CHARCOT-MARIE-TOOTH 2 -TAUTI, CMT2A, MFN2-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ...38CHARCOT-MARIE-TOOTH -TAUTI (X-KROMOSOMAALINEN), CMTX, CX32-GEENIN (GJB1) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS .......................................................................................................42

DNA-TUTKIMUKSET, SPINOCEREBELLARIATAKSIAT (SCA-TAUDIT)

SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 1 (SCA1), ATXN1-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................118SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 2 (SCA2), ATXN2-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................124SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 3 (SCA3), ATXN3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................125SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 6 (SCA6), CACNL14A-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................126SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 7 (SCA7), ATXN7-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................127SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 8 (SCA8), ATXN8/ATXN8OS-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ................................................................129SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 10 (SCA10), ATXN10-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................119SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 12 (SCA12), PPP2R2P-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................121SPINOSEREBELLAARIATAKSIA 17 (SCA17), TBP-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ........................................................................................................123

DNA-TUTKIMUKSET, MITOKONDRIOTAUDIT

MELAS-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATION TUTKIMUS .......89MERRF-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATION TUTKIMUS .......91MITOKONDRIAALINEN RESESSIIVINEN ATAKSIAOIREYHTYMÄ (MIRAS) ............................93MITOKONDRIAALISEN DNA:N RAKENNEMUUTOSTEN TUTKIMUS KUDOKSESTA .............95MITOKONDRIAALISET ENKEFALOPATIAT (MERRF, MELAS, NARP) .....................................97NARP-OIREYHTYMÄ, MITOKONDRIAALISEN DNA:N VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..101

DNA-TUTKIMUKSET, NEUROLOGISET JA NEUROMUSKULAARISAIRAUDET

ALFASARKOGLYKANOPATIA (LGMD2D), SGCA-GEENIN ARG77CYS-MUTAATION TUTKIMUS ..................................................................................................................................19AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), D90A-MUTAATION TUTKIMUS ................24

Page 330: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

330

AMYOTROFINEN LATERAALISKLEROOSI (ALS), SOD1-GEENIN SEKVENSOINTI ..............25CADASIL, NOTCH3-GEENIN ARG133CYS-, ARG182CYS- JA TYR1069CYS-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..................................................................................................................................28CADASIL, NOTCH3-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ...................................................30DRPLA-TAUTI, ATROFIINI 1 -GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ...48DUCHENNEN JA BECKERIN LIHASDYSTROFIAT, DYSTROFIINIGEENIN MLPA-TUTKIMUS ........................................................................................................................................................51DYSTROFIA MYOTONICA 1 (DM1), DMPK-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..................................................................................................................................53DYSTROFIA MYOTONICA 2 (DM2), ZNF9-GEENIN PCR-SEULONTATUTKIMUS ...................55FRIEDREICHIN ATAKSIA (FRDA), FRATAKSIINIGEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..........................................................................................................61HUNTINGTONIN TAUTI (HD), IT-15-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..................................................................................................................................67HUNTINGTONIN TAUTI 2 (HDL2), JPH3-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..................................................................................................................................65HYPERKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HYPP), SCN4A-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..................................................................................................................................69HYPOKALEEMINEN PERIODINEN PARALYYSI (HOKPP), CACNA1S- JA SCN4A-GEENIEN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ....................................................................................................73KENNEDYN OIREYHTYMÄ (SBMA), AR-GEENIN TOISTOJAKSOALUEEN EKSPANSION TUTKIMUS ..................................................................................................................................78OKULOFARYNGEAALINEN LIHASDYSTROFIA (OPMD) .......................................................102PARAMYOTONICA CONGENITA (PMC) ..................................................................................103PERINNöLLINEN ETENEVÄ ALARAAJAHALVAUS (SPG4), SPAST-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................................................................104SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), KANTAJUUSTUTKIMUS ...........................................117SPINAALINEN LIHASATROFIA (SMA), SMN1-GEENIN DELEETION PCR-TUTKIMUS ........115TORSIODYSTONIA 1 (ITD), DYT1-GEENIN VALTAMUTAATION TUTKIMUS .........................133

DNA-TUTKIMUKSET, MUUT TUTKIMUKSET

AKONDROPLASIA (ACH), FGFR3-GEENIN GLY380ARG-MUTAATION TUTKIMUS .................6ALFA-THALASSEMIA-MENTAL-RETARDATION (ATRX), ATRX-GEENIN OSITTAINEN SEKVENSOINTI ..........................................................................................................................21AMINOGLYKOSIDIEN AIHEUTTAMA KUUROUS, MT-RNR1-GEENIN 1555G>A-MUTAATION TUTKIMUS ..................................................................................................................................23ANGELMANIN OIREYHTYMÄ (AS), 15q11-q13-ALUEEN SOUTHERN BLOT -TUTKIMUS ...26CHARGE-OIREYHTYMÄ, CHD7-GEENIN SEKVENSOINTI ......................................................44DENYS-DRASH-OIREYHTYMÄ, WT1-GEENIN YLEISIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ..50DNA-ERISTYS ............................................................................................................................46DOMINANTTI OPTIKUSATROFIA (DOA/OPA1), OPA1-GEENIN MUTAATIOANALYYSI ..........47FABRYN TAUTI, GLA-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ....................................................57FRAGIILI X -OIREYHTYMÄ, DNA-TUTKIMUS ...........................................................................59HYPERORNITINEMIA-GYRATA-ATROFIA (HOGA), OAT-GEENIN LEU402PRO- JA

Page 331: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

331

ARG180THR-MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................71HYPOKONDROPLASIA (HCH), FGFR3-GEENIN ASN540LYS-MUTAATION TUTKIMUS ........75INCONTINENTIA PIGMENTI (IP), NEMO-GEENIN DELEETIOVALTAMUTAATION TUTKIMUS .......................................................................................................................................................76KRANIOSYNOSTOOSIT, FGFR2-GEENIN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .......................79LEBERIN PERINNöLLINEN NÄKöHERMOTAUTI (LHON), VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .....................................................................................................................................................81LYHYTKASVUISUUSOIREYHTYMÄT, FGFR3-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS .............83LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SLC7A7-GEENIN SEKVENSOINTI ...........85LYSINURINEN PROTEIINI-INTOLERANSSI (LPI), SUOMALAISEN VALTAMUTAATION TUTKIMUS ..................................................................................................................................87MUENKEN OIREYHTYMÄ, FGFR3-GEENIN PRO250ARG-MUTAATION TUTKIMUS .............99PERINNöLLINEN KUULOVAMMAISUUS, CX26-GEENIN (GJB2) MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ....................................................................................................................................................106POLYKYSTINEN MUNUAISTAUTI (AUTOSOMAALINEN RESESSESSIIVINEN, ARPKD), PKHD1-GEENIN SUOMALAISTEN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .................................107PRADER-WILLI-OIREYHTYMÄ (PWS), 15q11-q13-ALUEEN SOUTHERN BLOT -TUTKIMUS .....................................................................................................................................................109SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN DELEETIOTUTKIMUS (MLPA) .............................110SOTOSIN OIREYHTYMÄ, NSD1-GEENIN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................113TANATOFORINEN DYSPLASIA (TD), FGFR3-GEENIN YLEISIMPIEN MUTAATIOIDEN TUTKIMUS ................................................................................................................................131TUNNETUN DNA-MUTAATION TUTKIMUS .............................................................................134TYROSINEMIA 1, FAH-GEENIN VALTAMUTAATIOIDEN TUTKIMUS .....................................135Y-KROMOSOMIN MIKRODELEETION TUTKIMUS .................................................................137

FISH-TUTKIMUKSET

FISH-TUTKIMUS, ANEUPLOIDIA ...............................................................................................97FISH-TUTKIMUS KROONISESSA LYMFAATTISESSA LEUKEMIASSA ....................................98FISH-TUTKIMUS MULTIPPELISSA MYELOOMASSA ...............................................................98HEMATOLOGINEN FISH-TUTKIMUS SEURANTANÄYTTEESTÄ ..........................................110HEMATOLOGISEN POTILAAN DIAGNOOSIVAIHEEN FISH-TUTKIMUS ...............................112HEMATOLOGISEN POTILAAN KIMERISMITUTKIMUS ..........................................................113KROMOSOMIEN MIKRODELEETIOIDEN FISH-TUTKIMUS ...................................................169KROMOSOMIEN MIKRODELEETIO FISH-TUTKIMUS MUUSTA KUDOKSESTA KUIN VERESTÄ ..................................................................................................................................170MONIVÄRI-FISH-TUTKIMUS KÄYTTÄEN KAIKKIEN KROMOSOMIEN MAALAUSKOETTIMIA .....................................................................................................................................................201TELOMEERI-FISH-TUTKIMUS .................................................................................................278

HLA-TAUTIASSOSIAATIO- JA GEENITUTKIMUKSET

B-HLADRDq TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS ........................................................................124HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, KELIAKIA ....................................................................125

Page 332: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

332

HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, IDDM ...........................................................................126HLA-TAUTIASSOSIAATIOTUTKIMUS, NARKOLEPSIA-DR2 ..................................................127KUDOSANTIGEENI B27 ...........................................................................................................173LAKTOOSIMALABSORPTIOON LIITTYVÄ GEENI-MUUTOS .................................................177TYYPIN 1 DIABETEKSELLE ALTISTAVAN PERINNöLLISEN RISKIN MÄÄRITYS ................298

KELIAKIA

GLIADIINIPEPTIDI, VASTA-AINEET, IGA JA IGG ....................................................................102

KROMOSOMITUTKIMUKSET

HEMATOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ....................................................... 111HEMATOLOGINEN TAI ONKOLOGINEN KROMOSOMITUTKIMUS KUDOKSESTA .............. 111KROMOSOMITUTKIMUS IHONÄYTTEESTÄ ..........................................................................170KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKAPALANÄYTTEESTÄ ........................................................171KROMOSOMITUTKIMUS LUUYTIMESTÄ ...............................................................................172KROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ........................................................................................172PROMETAFAASIKROMOSOMITUTKIMUS VERESTÄ ............................................................237SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS ISTUKKANÄYTTEESTÄ ....................................................256SIKIöN KROMOSOMITUTKIMUS LAPSIVEDEN SOLUISTA ..................................................257TRISOMIA PCR-TUTKIMUS .....................................................................................................284

LYMFOSYYTTI- JA LEUKOSYYTTITUTKIMUKSET

LYMFOSYYTTIEN CMV-TETRAMEERIPOSITIIVISET SOLUT ................................................185MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SOLUT, GAMMAINTERFERONI, ERITTÄVÄT SOLUT, VERESTÄ ...............................................................................................210MYKOBAKTERICUM TUBERCULOSIS –HERKISTYNEET SOLUT, GAMMAINTERFERONI, ERITYS......................................................................................................................................212

MS-TAUTITUTKIMUKSET

MXA-PROTEIININMÄÄRITYS PERIFEERISEN VEREN VALKOSOLUISTA ............................203NATALIZUMABI, VASTA-AINEET .............................................................................................218

MYKOLOGIA

ASPERGILLUS, ANTIGEENIOSOITUS ......................................................................................53ASPERGILLUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS ..........................................................................54

TYYPIN 1 DIABETES

GLUTAMAATTIDEKARBOKSYLAASI (GAD), VASTA-AINEET ...............................................104

Page 333: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

333

VIRUSTEN PCR-TUTKIMUKSET

ADENOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...............................................................45BOKAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................................59ENTEROVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..............................................................93EPSTEIN-BARR VIRUS (EBV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN .....95HEPATIITTI C-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVALITATIIVINEN ....................115HERPES SIMPLEX-VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..........................................117LI-HERPESVIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................120HERPESVIRUS 6 (HHV-6), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................121INFLUENSSAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .....................................................144METAPNEUMOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................195PARVOROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................229PICORNAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ...........................................................250POLYOMAVIRUS (JCV, BKV), NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) KVANTITATIIVINEN ......238RESPIRATORISET VIRUKSET, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ....................................243RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ............................245RINOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR)SARS-KORONAVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) .................................................254SYTOMEGALOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ..................................................273SYTOMEGALOVIRUS NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR), KVANTITATIIVINEN .................274VESIROKKOVIRUS, NUKLEIINIHAPON OSOITUS (PCR) ......................................................304

VIROLOGISET VASTA-AINETUTKIMUKSET

ADENOVIRUS, IGG VASTA-AINEET ..........................................................................................44EPSTEIN-BARR-VIRUS, VASTA-AINEET ..................................................................................96ENTEROVIRUS, VASTA-AINEET ...............................................................................................94HEPATIITTI A-VIRUS, VASTA-AINEET .....................................................................................113HEPATIITI B VIRUS, PINTA-ANTIGEENIN (S-AG) VASTA-AINEETHEPATIITTI B VIRUS, E -ANTIGEENIN (E-AG) VASTA-AINEETHEPATIITTI B VIRUS, YDINANTIGEENIN (CORE) VASTA-AINEETHEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET ....................................................................................115HEPATIITTI C-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS ..............................................................116HERPES SIMPLEX-VIRUS, VASTA-AINEET............................................................................119HERPES SIMPLEX-VIRUS 1 JA 2, VASTA-AINEET.................................................................119HERPESVIRUS 6, VASTA-AINEET ..........................................................................................122HERPESVIRUS 7, VASTA-AINEET ..........................................................................................128HI-VIRUS, VASTA-AINEET .......................................................................................................123HI-VIRUS, VASTA-AINEET, VARMISTUS .................................................................................124HUMAN T-CELL LEUCEMIA VIRUS, VASTA-AINEET .............................................................129INFLUENSSA A-VIRUS IGG, VASTA-AINEET ..........................................................................142INFLUENSSA B-VIRUS IGG, VASTA-AINEET..........................................................................143KIIRE-VZV .................................................................................................................................153PARAINFLUENSSAVIRUS 1,2 JA 3 IGG, VASTA-AINEET .......................................................226

Page 334: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun

334

PARVOROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................230PUUMALAVIRUS, VASTA-AINEET ...........................................................................................241PUUTIAISAIVOKUUMEVIRUS, VASTA-AINEET ......................................................................242RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS IGG, VASTA-AINEET .....................................................247SIKOTAUTIVIRUS, VASTA-AINEET .........................................................................................257SINDBIS VIRUS, VASTA-AINEET ............................................................................................259SYTOMEGALOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................275TUHKAROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................286VESIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET .......................................................................................305VIHURIROKKOVIRUS, VASTA-AINEET ...................................................................................305

VIRUSTEN ANTIGEENINOSOITUKSET

ADENOVIRUS, ANTIGEENI (NENÄNIELUERITTEESTÄ) .........................................................43ADENOVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA) .............................................................................44HEPATIITTI B VRUS, PINTA-ANTIGEENI (S -AG)HEPATIITTI B VRUS, YDINANTIGEENI (CORE-AG)HEPATIITTI B VRUS, E -ANTIGEENI INFLUENSSA A-VIRUS, ANTIGEENI........................................................................................141INFLUENSSA B-VIRUS, ANTIGEENI .......................................................................................142NOROVIRUS, ANTIGEENI (ULOSTEESTA) .............................................................................223PARAINFLUENSSAVIRUS, ANTIGEENI ..................................................................................225RESPIRATORISTEN VIRUSTEN ANTIGEENIT .......................................................................242RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, ANTIGEENI ...................................................................244ROTAVIRUS, ANTIGEENI .........................................................................................................251VESIROKKOVIRUS, ANTIGEENI .............................................................................................303

VIRUSVILJELY

ADENOVIRUS, PIKAVILJELY .....................................................................................................46ENTEROVIRUS, VILJELY KATSO VIRUSVILJELY (2975) ........................................................95HERPES SIMPLEX-VIRUS, PIKAVILJELY ...............................................................................118INFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY ..........................................................................................145PARAINFLUENSSAVIRUS, PIKAVILJELY ................................................................................225POLIOVIRUS, VILJELY ULOSTEESTA.....................................................................................238RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS, PIKAVILJELY .................................................................246SYTOMEGALOVIRUS, PIKAVILJELY .......................................................................................275VIRUS, VILJELY ........................................................................................................................308

Page 335: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun
Page 336: Kliinisen mikrobiologian ja genetiikan tutkimukset 2012-2014 · 3 UTULab:iin kuuluvat erilliset laboratoriot Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia Turun